src/programs/mdrun/tests/swapcoords.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Tests utilities for "Computational Electrophysiology" setups.
  39  *
  40  * \author Carsten Kutzner <ckutzne@gwdg.de>
  41  * \ingroup module_mdrun
  42  */
  43 #include "gmxpre.h"
  44
  45 #include "moduletest.h"
  46
  47 namespace gmx
  48 {
  49 namespace test
  50 {
  51
  52 class SwapTestFixture : public MdrunTestFixture
  53 {
  54     protected:
  55         SwapTestFixture();
  56         ~SwapTestFixture();
  57 };
  58
  59
  60 SwapTestFixture::SwapTestFixture()
  61 {
  62 }
  63
  64 SwapTestFixture::~SwapTestFixture()
  65 {
  66 }
  67
  68
  69
  70 //! Test fixture for mdrun with "Computational Electrophysiology" settings,
  71 // i.e. double membrane sandwich with ion/water exchange protocol
  72 typedef gmx::test::SwapTestFixture CompelTest;
  73
  74 /* This test ensures that the compel protocol can be run, that all of
  75  * the swapcoords parameters from the .mdp file are understood, and that
  76  * the swap state variables can be written to and read from checkpoint. */
  77 TEST_F(CompelTest, SwapCanRun)
  78 {
  79     std::string name = "OctaneSandwich";
  80     useTopGroAndNdxFromDatabase(name.c_str());
  81     mdpInputFileName = fileManager_.getInputFilePath((name + ".mdp").c_str());
  82
  83     EXPECT_EQ(0, callGrompp());
  84
  85     cptFileName       = fileManager_.getTemporaryFilePath(".cpt");
  86     groOutputFileName = fileManager_.getTemporaryFilePath(".gro");
  87     swapFileName      = fileManager_.getTemporaryFilePath("swap.xvg");
  88
  89     ::gmx::test::CommandLine swapCaller;
  90     swapCaller.append("mdrun");
  91     swapCaller.addOption("-c", groOutputFileName);
  92     swapCaller.addOption("-swap", swapFileName);
  93
  94     // Do an initial mdrun that writes a checkpoint file
  95     ::gmx::test::CommandLine firstCaller(swapCaller);
  96     firstCaller.addOption("-cpo", cptFileName);
  97     ASSERT_EQ(0, callMdrun(firstCaller));
  98     // Continue mdrun from that checkpoint file
  99     ::gmx::test::CommandLine secondCaller(swapCaller);
 100     secondCaller.addOption("-cpi", cptFileName);
 101     nsteps = 2;
 102     ASSERT_EQ(0, callMdrun(secondCaller));
 103 }
 104
 105
 106
 107 /*! \todo Add other tests for the compel module, e.g.
 108  *
 109  *  - a test that checks that actually ion/water swaps have been done, by
 110  *    calling gmxcheck on the swap output file and a reference file
 111  */
 112
 113
 114 } // namespace test
 115 } // namespace gmx