src/programs/mdrun/tests/rerun.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Tests for the mdrun -rerun functionality
  39  *
  40  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  41  * \ingroup module_mdrun
  42  */
  43 #include "gmxpre.h"
  44
  45 #include "config.h"
  46
  47 #include <gtest/gtest.h>
  48
  49 #include "gromacs/options/filenameoption.h"
  50
  51 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  52
  53 #include "moduletest.h"
  54
  55 namespace
  56 {
  57
  58 //! Test fixture for mdrun -rerun
  59 class MdrunRerun : public gmx::test::MdrunTestFixture,
  60                    public ::testing::WithParamInterface<const char *>
  61 {
  62 };
  63
  64 /* Among other things, this test ensures mdrun can read a trajectory. */
  65 TEST_P(MdrunRerun, WithDifferentInputFormats)
  66 {
  67     useEmptyMdpFile();
  68     useTopGroAndNdxFromDatabase("spc2");
  69     EXPECT_EQ(0, callGrompp());
  70
  71     std::string rerunFileName = fileManager_.getInputFilePath(GetParam());
  72
  73     ::gmx::test::CommandLine rerunCaller;
  74     rerunCaller.append("mdrun");
  75     rerunCaller.addOption("-rerun", rerunFileName);
  76     ASSERT_EQ(0, callMdrun(rerunCaller));
  77 }
  78
  79 /*! \brief Helper array of input files present in the source repo
  80  * database. These all have two identical frames of two SPC water
  81  * molecules, which were generated via trjconv from the .gro
  82  * version. */
  83 const char *trajectoryFileNames[] = {
  84     "../../../gromacs/gmxana/legacytests/spc2-traj.trr",
  85 #if defined GMX_USE_TNG && defined HAVE_ZLIB
  86     "../../../gromacs/gmxana/legacytests/spc2-traj.tng",
  87 #endif
  88     "../../../gromacs/gmxana/legacytests/spc2-traj.xtc",
  89     "../../../gromacs/gmxana/legacytests/spc2-traj.gro",
  90     "../../../gromacs/gmxana/legacytests/spc2-traj.pdb",
  91     "../../../gromacs/gmxana/legacytests/spc2-traj.g96"
  92 };
  93 // TODO later. Find a better way to manage this file database and
  94 // these string arrays that index it
  95
  96 #ifdef __INTEL_COMPILER
  97 #pragma warning( disable : 177 )
  98 #endif
  99
 100 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(NoFatalErrorFrom,
 101                         MdrunRerun,
 102                             ::testing::ValuesIn(gmx::ArrayRef<const char*>(trajectoryFileNames)));
 103
 104 /*! \todo Add other tests for mdrun -rerun, e.g.
 105  *
 106  * - RerunReproducesRunWhenRunOnlyWroteEnergiesOnNeighborSearchSteps
 107  *   (e.g. do such a run, do a rerun, call gmxcheck)
 108  * - TpiExitsNormally (since it uses the -rerun machinery)
 109  */
 110
 111 } // namespace