src/programs/mdrun/tests/grompp.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2015,2019,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Tests for basic grompp functionality
  39  *
  40  * \todo Refactor SimulationRunner to split off SimulationPreparer, so
  41  * that integration tests of grompp can stand apart from tests of
  42  * mdrun.
  43  *
  44  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  45  * \ingroup module_mdrun_integration_tests
  46  */
  47 #include "gmxpre.h"
  48
  49 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  50 #include "gromacs/gmxpreprocess/readir.h"
  51
  52 #include <gtest/gtest.h>
  53
  54 #include "moduletest.h"
  55
  56 #include "testutils/testexceptions.h"
  57
  58 namespace
  59 {
  60
  61 //! Test fixture for grompp
  62 class GromppTest : public gmx::test::MdrunTestFixture
  63 {
  64 public:
  65     //! Execute the trajectory writing test
  66     void runTest()
  67     {
  68         runner_.useTopGroAndNdxFromDatabase("spc-and-methanol");
  69         EXPECT_EQ(0, runner_.callGrompp());
  70     }
  71 };
  72
  73 /* This test ensures that an empty .mdp file (ie. all default values) works. */
  74 TEST_F(GromppTest, EmptyMdpFileWorks)
  75 {
  76     runner_.useEmptyMdpFile();
  77     runTest();
  78 }
  79
  80 /* Test for making sure grompp can handle simulated annealing data */
  81 TEST_F(GromppTest, SimulatedAnnealingWorks)
  82 {
  83     runner_.useStringAsMdpFile(
  84             "annealing = periodic\n"
  85             "annealing-npoints = 4\n"
  86             "annealing-time = 0 2 4 6\n"
  87             "annealing-temp = 298 320 320 298\n");
  88     runTest();
  89 }
  90
  91 TEST_F(GromppTest, SimulatedAnnealingWorksWithMultipleGroups)
  92 {
  93     runner_.useStringAsMdpFile(
  94             "tc-grps = Methanol SOL\n"
  95             "tau-t = 0.1 0.1\n"
  96             "ref_t = 298 298\n"
  97             "annealing = single periodic\n"
  98             "annealing-npoints = 3 4\n"
  99             "annealing-time = 0 3 6 0 2 4 6\n"
 100             "annealing-temp = 298 280 270 298 320 320 298\n");
 101     runTest();
 102 }
 103
 104 #if HAVE_MUPARSER
 105
 106 TEST_F(GromppTest, ValidTransformationCoord)
 107 {
 108     const char* inputMdpFile[] = {
 109         "pull = yes",
 110         "pull-ncoords = 2",
 111         "pull-ngroups = 2",
 112         "pull-group1-name = SOL",
 113         "pull-group2-name = Methanol",
 114         "pull-coord1-geometry = distance",
 115         "pull-coord1-groups = 1 2",
 116         "pull-coord2-geometry = transformation",
 117         "pull-coord2-expression = x1", // Valid expression
 118     };
 119     runner_.useStringAsMdpFile(gmx::joinStrings(inputMdpFile, "\n"));
 120     runTest();
 121 }
 122
 123 TEST_F(GromppTest, InvalidTransformationCoord)
 124 {
 125     const char* inputMdpFile[] = {
 126         "pull = yes",
 127         "pull-ncoords = 2",
 128         "pull-ngroups = 2",
 129         "pull-group1-name = SOL",
 130         "pull-group2-name = Methanol",
 131         "pull-coord1-geometry = distance",
 132         "pull-coord1-groups = 1 2",
 133         "pull-coord2-geometry = transformation",
 134         "pull-coord2-expression = x2", // Invalid expression -> evaluation should fail
 135     };
 136     runner_.useStringAsMdpFile(gmx::joinStrings(inputMdpFile, "\n"));
 137     ASSERT_THROW(runTest(), gmx::InconsistentInputError);
 138     done_inputrec_strings(); // This allows grompp to be called again in another test
 139 }
 140 #endif // HAVE_MUPARSER
 141
 142
 143 } // namespace