src/programs/legacymodules.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \brief
  36  * Registers command-line modules for pre-5.0 binaries.
  37  *
  38  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  39  */
  40 #include "gmxpre.h"
  41
  42 #include "legacymodules.h"
  43
  44 #include <cstdio>
  45
  46 #include "gromacs/commandline/cmdlinemodule.h"
  47 #include "gromacs/commandline/cmdlinemodulemanager.h"
  48 #include "gromacs/gmxana/gmx_ana.h"
  49 #include "gromacs/gmxpreprocess/genconf.h"
  50 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp.h"
  51 #include "gromacs/gmxpreprocess/insert-molecules.h"
  52 #include "gromacs/gmxpreprocess/pdb2gmx.h"
  53 #include "gromacs/gmxpreprocess/protonate.h"
  54 #include "gromacs/gmxpreprocess/solvate.h"
  55 #include "gromacs/gmxpreprocess/x2top.h"
  56 #include "gromacs/tools/check.h"
  57 #include "gromacs/tools/convert_tpr.h"
  58 #include "gromacs/tools/dump.h"
  59
  60 #include "mdrun/mdrun_main.h"
  61 #include "view/view.h"
  62
  63 namespace
  64 {
  65
  66 /*! \brief
  67  * Command line module that provides information about obsolescence.
  68  *
  69  * Prints a message directing the user to a wiki page describing replacement
  70  * options.
  71  */
  72 class ObsoleteToolModule : public gmx::CommandLineModuleInterface
  73 {
  74     public:
  75         //! Creates an obsolete tool module for a tool with the given name.
  76         explicit ObsoleteToolModule(const char *name)
  77             : name_(name)
  78         {
  79         }
  80
  81         virtual const char *name() const
  82         {
  83             return name_;
  84         }
  85         virtual const char *shortDescription() const
  86         {
  87             return NULL;
  88         }
  89
  90         virtual void init(gmx::CommandLineModuleSettings * /*settings*/)
  91         {
  92         }
  93         virtual int run(int /*argc*/, char * /*argv*/[])
  94         {
  95             printMessage();
  96             return 0;
  97         }
  98         virtual void writeHelp(const gmx::CommandLineHelpContext & /*context*/) const
  99         {
 100             printMessage();
 101         }
 102
 103     private:
 104         void printMessage() const
 105         {
 106             std::fprintf(stderr,
 107                          "This tool has been removed from Gromacs 5.0. Please see\n"
 108                          "  http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Tool_Changes_for_5.0\n"
 109                          "for ideas how to perform the same tasks with the "
 110                          "new tools.\n");
 111         }
 112
 113         const char             *name_;
 114 };
 115
 116 // TODO: Consider removing duplication with CMainCommandLineModule from
 117 // cmdlinemodulemanager.cpp.
 118 class NoNiceModule : public gmx::CommandLineModuleInterface
 119 {
 120     public:
 121         //! \copydoc gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction
 122         typedef gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction CMainFunction;
 123
 124         /*! \brief
 125          * Creates a wrapper module for the given main function.
 126          *
 127          * \param[in] name             Name for the module.
 128          * \param[in] shortDescription One-line description for the module.
 129          * \param[in] mainFunction     Main function to wrap.
 130          *
 131          * Does not throw.
 132          */
 133         NoNiceModule(const char *name, const char *shortDescription,
 134                      CMainFunction mainFunction)
 135             : name_(name), shortDescription_(shortDescription),
 136               mainFunction_(mainFunction)
 137         {
 138         }
 139
 140         virtual const char *name() const
 141         {
 142             return name_;
 143         }
 144         virtual const char *shortDescription() const
 145         {
 146             return shortDescription_;
 147         }
 148
 149         virtual void init(gmx::CommandLineModuleSettings *settings)
 150         {
 151             settings->setDefaultNiceLevel(0);
 152         }
 153         virtual int run(int argc, char *argv[])
 154         {
 155             return mainFunction_(argc, argv);
 156         }
 157         virtual void writeHelp(const gmx::CommandLineHelpContext &context) const
 158         {
 159             writeCommandLineHelpCMain(context, name_, mainFunction_);
 160         }
 161
 162     private:
 163         const char             *name_;
 164         const char             *shortDescription_;
 165         CMainFunction           mainFunction_;
 166 };
 167
 168 /*! \brief
 169  * Convenience function for creating and registering a module.
 170  *
 171  * \param[in] manager          Module manager to which to register the module.
 172  * \param[in] mainFunction     Main function to wrap.
 173  * \param[in] name             Name for the new module.
 174  * \param[in] shortDescription One-line description for the new module.
 175  */
 176 void registerModule(gmx::CommandLineModuleManager                *manager,
 177                     gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction  mainFunction,
 178                     const char *name, const char *shortDescription)
 179 {
 180     manager->addModuleCMain(name, shortDescription, mainFunction);
 181 }
 182
 183 /*! \brief
 184  * Convenience function for creating and registering a module that defaults to
 185  * -nice 0.
 186  *
 187  * \param[in] manager          Module manager to which to register the module.
 188  * \param[in] mainFunction     Main function to wrap.
 189  * \param[in] name             Name for the new module.
 190  * \param[in] shortDescription One-line description for the new module.
 191  */
 192 void registerModuleNoNice(gmx::CommandLineModuleManager                *manager,
 193                           gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction  mainFunction,
 194                           const char *name, const char *shortDescription)
 195 {
 196     gmx::CommandLineModulePointer module(
 197             new NoNiceModule(name, shortDescription, mainFunction));
 198     manager->addModule(move(module));
 199 }
 200
 201 /*! \brief
 202  * Convenience function for registering a module for an obsolete tool.
 203  *
 204  * \param[in] manager          Module manager to which to register the module.
 205  * \param[in] name             Name for the obsolete tool.
 206  */
 207 void registerObsoleteTool(gmx::CommandLineModuleManager *manager,
 208                           const char                    *name)
 209 {
 210     gmx::CommandLineModulePointer module(new ObsoleteToolModule(name));
 211     manager->addModule(move(module));
 212 }
 213
 214 } // namespace
 215
 216 void registerLegacyModules(gmx::CommandLineModuleManager *manager)
 217 {
 218     // Modules from this directory (were in src/kernel/).
 219     registerModule(manager, &gmx_check, "check",
 220                    "Check and compare files");
 221     registerModule(manager, &gmx_dump, "dump",
 222                    "Make binary files human readable");
 223     registerModule(manager, &gmx_grompp, "grompp",
 224                    "Make a run input file");
 225     registerModule(manager, &gmx_pdb2gmx, "pdb2gmx",
 226                    "Convert coordinate files to topology and FF-compliant coordinate files");
 227     registerModule(manager, &gmx_convert_tpr, "convert-tpr",
 228                    "Make a modifed run-input file");
 229     registerObsoleteTool(manager, "tpbconv");
 230
 231     registerModule(manager, &gmx_protonate, "protonate",
 232                    "Protonate structures");
 233     registerModule(manager, &gmx_x2top, "x2top",
 234                    "Generate a primitive topology from coordinates");
 235
 236     registerModuleNoNice(manager, &gmx_mdrun, "mdrun",
 237                          "Perform a simulation, do a normal mode analysis or an energy minimization");
 238
 239     // Modules from gmx_ana.h.
 240     registerModule(manager, &gmx_do_dssp, "do_dssp",
 241                    "Assign secondary structure and calculate solvent accessible surface area");
 242     registerModule(manager, &gmx_editconf, "editconf",
 243                    "Convert and manipulates structure files");
 244     registerModule(manager, &gmx_eneconv, "eneconv",
 245                    "Convert energy files");
 246     registerModule(manager, &gmx_solvate, "solvate",
 247                    "Solvate a system");
 248     registerModule(manager, &gmx_insert_molecules, "insert-molecules",
 249                    "Insert molecules into existing vacancies");
 250     registerObsoleteTool(manager, "genbox");
 251     registerModule(manager, &gmx_genconf, "genconf",
 252                    "Multiply a conformation in 'random' orientations");
 253     registerModule(manager, &gmx_genion, "genion",
 254                    "Generate monoatomic ions on energetically favorable positions");
 255     registerModule(manager, &gmx_genpr, "genrestr",
 256                    "Generate position restraints or distance restraints for index groups");
 257     registerModule(manager, &gmx_make_edi, "make_edi",
 258                    "Generate input files for essential dynamics sampling");
 259     registerModule(manager, &gmx_make_ndx, "make_ndx",
 260                    "Make index files");
 261     registerModule(manager, &gmx_mk_angndx, "mk_angndx",
 262                    "Generate index files for 'gmx angle'");
 263     registerModule(manager, &gmx_trjcat, "trjcat",
 264                    "Concatenate trajectory files");
 265     registerModule(manager, &gmx_trjconv, "trjconv",
 266                    "Convert and manipulates trajectory files");
 267     registerModule(manager, &gmx_trjorder, "trjorder",
 268                    "Order molecules according to their distance to a group");
 269     registerModule(manager, &gmx_xpm2ps, "xpm2ps",
 270                    "Convert XPM (XPixelMap) matrices to postscript or XPM");
 271
 272     registerModule(manager, &gmx_anadock, "anadock",
 273                    "Cluster structures from Autodock runs");
 274     registerModule(manager, &gmx_anaeig, "anaeig",
 275                    "Analyze eigenvectors/normal modes");
 276     registerModule(manager, &gmx_analyze, "analyze",
 277                    "Analyze data sets");
 278     registerModule(manager, &gmx_g_angle, "angle",
 279                    "Calculate distributions and correlations for angles and dihedrals");
 280     registerModule(manager, &gmx_bar, "bar",
 281                    "Calculate free energy difference estimates through Bennett's acceptance ratio");
 282     registerObsoleteTool(manager, "bond");
 283     registerObsoleteTool(manager, "dist");
 284     registerObsoleteTool(manager, "sas");
 285     registerObsoleteTool(manager, "sgangle");
 286
 287     registerModule(manager, &gmx_bundle, "bundle",
 288                    "Analyze bundles of axes, e.g., helices");
 289     registerModule(manager, &gmx_chi, "chi",
 290                    "Calculate everything you want to know about chi and other dihedrals");
 291     registerModule(manager, &gmx_cluster, "cluster",
 292                    "Cluster structures");
 293     registerModule(manager, &gmx_clustsize, "clustsize",
 294                    "Calculate size distributions of atomic clusters");
 295     registerModule(manager, &gmx_confrms, "confrms",
 296                    "Fit two structures and calculates the RMSD");
 297     registerModule(manager, &gmx_covar, "covar",
 298                    "Calculate and diagonalize the covariance matrix");
 299     registerModule(manager, &gmx_current, "current",
 300                    "Calculate dielectric constants and current autocorrelation function");
 301     registerModule(manager, &gmx_density, "density",
 302                    "Calculate the density of the system");
 303     registerModule(manager, &gmx_densmap, "densmap",
 304                    "Calculate 2D planar or axial-radial density maps");
 305     registerModule(manager, &gmx_densorder, "densorder",
 306                    "Calculate surface fluctuations");
 307     registerModule(manager, &gmx_dielectric, "dielectric",
 308                    "Calculate frequency dependent dielectric constants");
 309     registerModule(manager, &gmx_dipoles, "dipoles",
 310                    "Compute the total dipole plus fluctuations");
 311     registerModule(manager, &gmx_disre, "disre",
 312                    "Analyze distance restraints");
 313     registerModule(manager, &gmx_dos, "dos",
 314                    "Analyze density of states and properties based on that");
 315     registerModule(manager, &gmx_dyecoupl, "dyecoupl",
 316                    "Extract dye dynamics from trajectories");
 317     registerModule(manager, &gmx_dyndom, "dyndom",
 318                    "Interpolate and extrapolate structure rotations");
 319     registerModule(manager, &gmx_enemat, "enemat",
 320                    "Extract an energy matrix from an energy file");
 321     registerModule(manager, &gmx_energy, "energy",
 322                    "Writes energies to xvg files and display averages");
 323     registerModule(manager, &gmx_filter, "filter",
 324                    "Frequency filter trajectories, useful for making smooth movies");
 325     registerModule(manager, &gmx_gyrate, "gyrate",
 326                    "Calculate the radius of gyration");
 327     registerModule(manager, &gmx_h2order, "h2order",
 328                    "Compute the orientation of water molecules");
 329     registerModule(manager, &gmx_hbond, "hbond",
 330                    "Compute and analyze hydrogen bonds");
 331     registerModule(manager, &gmx_helix, "helix",
 332                    "Calculate basic properties of alpha helices");
 333     registerModule(manager, &gmx_helixorient, "helixorient",
 334                    "Calculate local pitch/bending/rotation/orientation inside helices");
 335     registerModule(manager, &gmx_hydorder, "hydorder",
 336                    "Compute tetrahedrality parameters around a given atom");
 337     registerModule(manager, &gmx_lie, "lie",
 338                    "Estimate free energy from linear combinations");
 339     registerModule(manager, &gmx_mdmat, "mdmat",
 340                    "Calculate residue contact maps");
 341     registerModule(manager, &gmx_mindist, "mindist",
 342                    "Calculate the minimum distance between two groups");
 343     registerModule(manager, &gmx_morph, "morph",
 344                    "Interpolate linearly between conformations");
 345     registerModule(manager, &gmx_msd, "msd",
 346                    "Calculates mean square displacements");
 347     registerModule(manager, &gmx_nmeig, "nmeig",
 348                    "Diagonalize the Hessian for normal mode analysis");
 349     registerModule(manager, &gmx_nmens, "nmens",
 350                    "Generate an ensemble of structures from the normal modes");
 351     registerModule(manager, &gmx_nmtraj, "nmtraj",
 352                    "Generate a virtual oscillating trajectory from an eigenvector");
 353     registerModule(manager, &gmx_options, "options", NULL);
 354     registerModule(manager, &gmx_order, "order",
 355                    "Compute the order parameter per atom for carbon tails");
 356     registerModule(manager, &gmx_pme_error, "pme_error",
 357                    "Estimate the error of using PME with a given input file");
 358     registerModule(manager, &gmx_polystat, "polystat",
 359                    "Calculate static properties of polymers");
 360     registerModule(manager, &gmx_potential, "potential",
 361                    "Calculate the electrostatic potential across the box");
 362     registerModule(manager, &gmx_principal, "principal",
 363                    "Calculate principal axes of inertia for a group of atoms");
 364     registerModule(manager, &gmx_rama, "rama",
 365                    "Compute Ramachandran plots");
 366     registerModule(manager, &gmx_rdf, "rdf",
 367                    "Calculate radial distribution functions");
 368     registerModule(manager, &gmx_rms, "rms",
 369                    "Calculate RMSDs with a reference structure and RMSD matrices");
 370     registerModule(manager, &gmx_rmsdist, "rmsdist",
 371                    "Calculate atom pair distances averaged with power -2, -3 or -6");
 372     registerModule(manager, &gmx_rmsf, "rmsf",
 373                    "Calculate atomic fluctuations");
 374     registerModule(manager, &gmx_rotacf, "rotacf",
 375                    "Calculate the rotational correlation function for molecules");
 376     registerModule(manager, &gmx_rotmat, "rotmat",
 377                    "Plot the rotation matrix for fitting to a reference structure");
 378     registerModule(manager, &gmx_saltbr, "saltbr",
 379                    "Compute salt bridges");
 380     registerModule(manager, &gmx_sans, "sans",
 381                    "Compute small angle neutron scattering spectra");
 382     registerModule(manager, &gmx_saxs, "saxs",
 383                    "Compute small angle X-ray scattering spectra");
 384     registerModule(manager, &gmx_sham, "sham",
 385                    "Compute free energies or other histograms from histograms");
 386     registerModule(manager, &gmx_sigeps, "sigeps",
 387                    "Convert c6/12 or c6/cn combinations to and from sigma/epsilon");
 388     registerModule(manager, &gmx_sorient, "sorient",
 389                    "Analyze solvent orientation around solutes");
 390     registerModule(manager, &gmx_spatial, "spatial",
 391                    "Calculate the spatial distribution function");
 392     registerModule(manager, &gmx_spol, "spol",
 393                    "Analyze solvent dipole orientation and polarization around solutes");
 394     registerModule(manager, &gmx_tcaf, "tcaf",
 395                    "Calculate viscosities of liquids");
 396     registerModule(manager, &gmx_traj, "traj",
 397                    "Plot x, v, f, box, temperature and rotational energy from trajectories");
 398     registerModule(manager, &gmx_tune_pme, "tune_pme",
 399                    "Time mdrun as a function of PME ranks to optimize settings");
 400     registerModule(manager, &gmx_vanhove, "vanhove",
 401                    "Compute Van Hove displacement and correlation functions");
 402     registerModule(manager, &gmx_velacc, "velacc",
 403                    "Calculate velocity autocorrelation functions");
 404     registerModule(manager, &gmx_wham, "wham",
 405                    "Perform weighted histogram analysis after umbrella sampling");
 406     registerModule(manager, &gmx_wheel, "wheel",
 407                    "Plot helical wheels");
 408     registerModuleNoNice(manager, &gmx_view, "view",
 409                          "View a trajectory on an X-Windows terminal");
 410
 411     {
 412         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 413             manager->addModuleGroup("Generating topologies and coordinates");
 414         group.addModuleWithDescription("editconf", "Edit the box and write subgroups");
 415         group.addModule("protonate");
 416         group.addModule("x2top");
 417         group.addModule("solvate");
 418         group.addModule("insert-molecules");
 419         group.addModule("genconf");
 420         group.addModule("genion");
 421         group.addModule("genrestr");
 422         group.addModule("pdb2gmx");
 423     }
 424     {
 425         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 426             manager->addModuleGroup("Running a simulation");
 427         group.addModule("grompp");
 428         group.addModule("mdrun");
 429         group.addModule("convert-tpr");
 430     }
 431     {
 432         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 433             manager->addModuleGroup("Viewing trajectories");
 434         group.addModule("nmtraj");
 435         group.addModule("view");
 436     }
 437     {
 438         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 439             manager->addModuleGroup("Processing energies");
 440         group.addModule("enemat");
 441         group.addModule("energy");
 442         group.addModuleWithDescription("mdrun", "(Re)calculate energies for trajectory frames with -rerun");
 443     }
 444     {
 445         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 446             manager->addModuleGroup("Converting files");
 447         group.addModule("editconf");
 448         group.addModule("eneconv");
 449         group.addModule("sigeps");
 450         group.addModule("trjcat");
 451         group.addModule("trjconv");
 452         group.addModule("xpm2ps");
 453     }
 454     {
 455         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 456             manager->addModuleGroup("Tools");
 457         group.addModule("analyze");
 458         group.addModule("dyndom");
 459         group.addModule("filter");
 460         group.addModule("lie");
 461         group.addModule("morph");
 462         group.addModule("pme_error");
 463         group.addModule("sham");
 464         group.addModule("spatial");
 465         group.addModule("traj");
 466         group.addModule("tune_pme");
 467         group.addModule("wham");
 468         group.addModule("check");
 469         group.addModule("dump");
 470         group.addModule("make_ndx");
 471         group.addModule("mk_angndx");
 472         group.addModule("trjorder");
 473         group.addModule("xpm2ps");
 474     }
 475     {
 476         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 477             manager->addModuleGroup("Distances between structures");
 478         group.addModule("cluster");
 479         group.addModule("confrms");
 480         group.addModule("rms");
 481         group.addModule("rmsf");
 482     }
 483     {
 484         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 485             manager->addModuleGroup("Distances in structures over time");
 486         group.addModule("mindist");
 487         group.addModule("mdmat");
 488         group.addModule("polystat");
 489         group.addModule("rmsdist");
 490     }
 491     {
 492         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 493             manager->addModuleGroup("Mass distribution properties over time");
 494         group.addModule("gyrate");
 495         group.addModule("msd");
 496         group.addModule("polystat");
 497         group.addModule("rdf");
 498         group.addModule("rotacf");
 499         group.addModule("rotmat");
 500         group.addModule("sans");
 501         group.addModule("saxs");
 502         group.addModule("traj");
 503         group.addModule("vanhove");
 504     }
 505     {
 506         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 507             manager->addModuleGroup("Analyzing bonded interactions");
 508         group.addModule("angle");
 509         group.addModule("mk_angndx");
 510     }
 511     {
 512         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 513             manager->addModuleGroup("Structural properties");
 514         group.addModule("anadock");
 515         group.addModule("bundle");
 516         group.addModule("clustsize");
 517         group.addModule("disre");
 518         group.addModule("hbond");
 519         group.addModule("order");
 520         group.addModule("principal");
 521         group.addModule("rdf");
 522         group.addModule("saltbr");
 523         group.addModule("sorient");
 524         group.addModule("spol");
 525     }
 526     {
 527         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 528             manager->addModuleGroup("Kinetic properties");
 529         group.addModule("bar");
 530         group.addModule("current");
 531         group.addModule("dos");
 532         group.addModule("dyecoupl");
 533         group.addModule("principal");
 534         group.addModule("tcaf");
 535         group.addModule("traj");
 536         group.addModule("vanhove");
 537         group.addModule("velacc");
 538     }
 539     {
 540         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 541             manager->addModuleGroup("Electrostatic properties");
 542         group.addModule("current");
 543         group.addModule("dielectric");
 544         group.addModule("dipoles");
 545         group.addModule("potential");
 546         group.addModule("spol");
 547         group.addModule("genion");
 548     }
 549     {
 550         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 551             manager->addModuleGroup("Protein-specific analysis");
 552         group.addModule("do_dssp");
 553         group.addModule("chi");
 554         group.addModule("helix");
 555         group.addModule("helixorient");
 556         group.addModule("rama");
 557         group.addModule("wheel");
 558     }
 559     {
 560         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 561             manager->addModuleGroup("Interfaces");
 562         group.addModule("bundle");
 563         group.addModule("density");
 564         group.addModule("densmap");
 565         group.addModule("densorder");
 566         group.addModule("h2order");
 567         group.addModule("hydorder");
 568         group.addModule("order");
 569         group.addModule("potential");
 570     }
 571     {
 572         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 573             manager->addModuleGroup("Covariance analysis");
 574         group.addModuleWithDescription("anaeig", "Analyze the eigenvectors");
 575         group.addModule("covar");
 576         group.addModule("make_edi");
 577     }
 578     {
 579         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 580             manager->addModuleGroup("Normal modes");
 581         group.addModuleWithDescription("anaeig", "Analyze the normal modes");
 582         group.addModule("nmeig");
 583         group.addModule("nmtraj");
 584         group.addModule("nmens");
 585         group.addModule("grompp");
 586         group.addModuleWithDescription("mdrun", "Find a potential energy minimum and calculate the Hessian");
 587     }
 588 }