src/programs/legacymodules.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \brief
  36  * Registers command-line modules for pre-5.0 binaries.
  37  *
  38  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  39  */
  40 #include "gmxpre.h"
  41
  42 #include "legacymodules.h"
  43
  44 #include <cstdio>
  45
  46 #include "gromacs/commandline/cmdlinemodule.h"
  47 #include "gromacs/commandline/cmdlinemodulemanager.h"
  48
  49 #include "gromacs/gmxana/gmx_ana.h"
  50 #include "gromacs/gmxpreprocess/genconf.h"
  51 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp.h"
  52 #include "gromacs/gmxpreprocess/insert-molecules.h"
  53 #include "gromacs/gmxpreprocess/pdb2gmx.h"
  54 #include "gromacs/gmxpreprocess/protonate.h"
  55 #include "gromacs/gmxpreprocess/solvate.h"
  56 #include "gromacs/gmxpreprocess/x2top.h"
  57 #include "gromacs/tools/check.h"
  58 #include "gromacs/tools/convert_tpr.h"
  59 #include "gromacs/tools/dump.h"
  60
  61 #include "mdrun/mdrun_main.h"
  62 #include "view/view.h"
  63
  64 namespace
  65 {
  66
  67 /*! \brief
  68  * Command line module that provides information about obsolescence.
  69  *
  70  * Prints a message directing the user to a wiki page describing replacement
  71  * options.
  72  */
  73 class ObsoleteToolModule : public gmx::CommandLineModuleInterface
  74 {
  75     public:
  76         //! Creates an obsolete tool module for a tool with the given name.
  77         explicit ObsoleteToolModule(const char *name)
  78             : name_(name)
  79         {
  80         }
  81
  82         virtual const char *name() const
  83         {
  84             return name_;
  85         }
  86         virtual const char *shortDescription() const
  87         {
  88             return NULL;
  89         }
  90
  91         virtual void init(gmx::CommandLineModuleSettings * /*settings*/)
  92         {
  93         }
  94         virtual int run(int /*argc*/, char * /*argv*/[])
  95         {
  96             printMessage();
  97             return 0;
  98         }
  99         virtual void writeHelp(const gmx::CommandLineHelpContext & /*context*/) const
 100         {
 101             printMessage();
 102         }
 103
 104     private:
 105         void printMessage() const
 106         {
 107             std::fprintf(stderr,
 108                          "This tool has been removed from Gromacs 5.0. Please see\n"
 109                          "  http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Tool_Changes_for_5.0\n"
 110                          "for ideas how to perform the same tasks with the "
 111                          "new tools.\n");
 112         }
 113
 114         const char             *name_;
 115 };
 116
 117 // TODO: Consider removing duplication with CMainCommandLineModule from
 118 // cmdlinemodulemanager.cpp.
 119 class NoNiceModule : public gmx::CommandLineModuleInterface
 120 {
 121     public:
 122         //! \copydoc gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction
 123         typedef gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction CMainFunction;
 124
 125         /*! \brief
 126          * Creates a wrapper module for the given main function.
 127          *
 128          * \param[in] name             Name for the module.
 129          * \param[in] shortDescription One-line description for the module.
 130          * \param[in] mainFunction     Main function to wrap.
 131          *
 132          * Does not throw.
 133          */
 134         NoNiceModule(const char *name, const char *shortDescription,
 135                      CMainFunction mainFunction)
 136             : name_(name), shortDescription_(shortDescription),
 137               mainFunction_(mainFunction)
 138         {
 139         }
 140
 141         virtual const char *name() const
 142         {
 143             return name_;
 144         }
 145         virtual const char *shortDescription() const
 146         {
 147             return shortDescription_;
 148         }
 149
 150         virtual void init(gmx::CommandLineModuleSettings *settings)
 151         {
 152             settings->setDefaultNiceLevel(0);
 153         }
 154         virtual int run(int argc, char *argv[])
 155         {
 156             return mainFunction_(argc, argv);
 157         }
 158         virtual void writeHelp(const gmx::CommandLineHelpContext &context) const
 159         {
 160             writeCommandLineHelpCMain(context, name_, mainFunction_);
 161         }
 162
 163     private:
 164         const char             *name_;
 165         const char             *shortDescription_;
 166         CMainFunction           mainFunction_;
 167 };
 168
 169 /*! \brief
 170  * Convenience function for creating and registering a module.
 171  *
 172  * \param[in] manager          Module manager to which to register the module.
 173  * \param[in] mainFunction     Main function to wrap.
 174  * \param[in] name             Name for the new module.
 175  * \param[in] shortDescription One-line description for the new module.
 176  */
 177 void registerModule(gmx::CommandLineModuleManager                *manager,
 178                     gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction  mainFunction,
 179                     const char *name, const char *shortDescription)
 180 {
 181     manager->addModuleCMain(name, shortDescription, mainFunction);
 182 }
 183
 184 /*! \brief
 185  * Convenience function for creating and registering a module that defaults to
 186  * -nice 0.
 187  *
 188  * \param[in] manager          Module manager to which to register the module.
 189  * \param[in] mainFunction     Main function to wrap.
 190  * \param[in] name             Name for the new module.
 191  * \param[in] shortDescription One-line description for the new module.
 192  */
 193 void registerModuleNoNice(gmx::CommandLineModuleManager                *manager,
 194                           gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction  mainFunction,
 195                           const char *name, const char *shortDescription)
 196 {
 197     gmx::CommandLineModulePointer module(
 198             new NoNiceModule(name, shortDescription, mainFunction));
 199     manager->addModule(move(module));
 200 }
 201
 202 /*! \brief
 203  * Convenience function for registering a module for an obsolete tool.
 204  *
 205  * \param[in] manager          Module manager to which to register the module.
 206  * \param[in] name             Name for the obsolete tool.
 207  */
 208 void registerObsoleteTool(gmx::CommandLineModuleManager *manager,
 209                           const char                    *name)
 210 {
 211     gmx::CommandLineModulePointer module(new ObsoleteToolModule(name));
 212     manager->addModule(move(module));
 213 }
 214
 215 } // namespace
 216
 217 void registerLegacyModules(gmx::CommandLineModuleManager *manager)
 218 {
 219     // Modules from this directory (were in src/kernel/).
 220     registerModule(manager, &gmx_check, "check",
 221                    "Check and compare files");
 222     registerModule(manager, &gmx_dump, "dump",
 223                    "Make binary files human readable");
 224     registerModule(manager, &gmx_grompp, "grompp",
 225                    "Make a run input file");
 226     registerModule(manager, &gmx_pdb2gmx, "pdb2gmx",
 227                    "Convert coordinate files to topology and FF-compliant coordinate files");
 228     registerModule(manager, &gmx_convert_tpr, "convert-tpr",
 229                    "Make a modifed run-input file");
 230     registerObsoleteTool(manager, "tpbconv");
 231
 232     registerModule(manager, &gmx_protonate, "protonate",
 233                    "Protonate structures");
 234     registerModule(manager, &gmx_x2top, "x2top",
 235                    "Generate a primitive topology from coordinates");
 236
 237     registerModuleNoNice(manager, &gmx_mdrun, "mdrun",
 238                          "Perform a simulation, do a normal mode analysis or an energy minimization");
 239
 240     // Modules from gmx_ana.h.
 241     registerModule(manager, &gmx_do_dssp, "do_dssp",
 242                    "Assign secondary structure and calculate solvent accessible surface area");
 243     registerModule(manager, &gmx_editconf, "editconf",
 244                    "Convert and manipulates structure files");
 245     registerModule(manager, &gmx_eneconv, "eneconv",
 246                    "Convert energy files");
 247     registerModule(manager, &gmx_solvate, "solvate",
 248                    "Solvate a system");
 249     registerModule(manager, &gmx_insert_molecules, "insert-molecules",
 250                    "Insert molecules into existing vacancies");
 251     registerObsoleteTool(manager, "genbox");
 252     registerModule(manager, &gmx_genconf, "genconf",
 253                    "Multiply a conformation in 'random' orientations");
 254     registerModule(manager, &gmx_genion, "genion",
 255                    "Generate monoatomic ions on energetically favorable positions");
 256     registerModule(manager, &gmx_genpr, "genrestr",
 257                    "Generate position restraints or distance restraints for index groups");
 258     registerModule(manager, &gmx_make_edi, "make_edi",
 259                    "Generate input files for essential dynamics sampling");
 260     registerModule(manager, &gmx_make_ndx, "make_ndx",
 261                    "Make index files");
 262     registerModule(manager, &gmx_mk_angndx, "mk_angndx",
 263                    "Generate index files for 'gmx angle'");
 264     registerModule(manager, &gmx_trjcat, "trjcat",
 265                    "Concatenate trajectory files");
 266     registerModule(manager, &gmx_trjconv, "trjconv",
 267                    "Convert and manipulates trajectory files");
 268     registerModule(manager, &gmx_trjorder, "trjorder",
 269                    "Order molecules according to their distance to a group");
 270     registerModule(manager, &gmx_xpm2ps, "xpm2ps",
 271                    "Convert XPM (XPixelMap) matrices to postscript or XPM");
 272
 273     registerModule(manager, &gmx_anadock, "anadock",
 274                    "Cluster structures from Autodock runs");
 275     registerModule(manager, &gmx_anaeig, "anaeig",
 276                    "Analyze eigenvectors/normal modes");
 277     registerModule(manager, &gmx_analyze, "analyze",
 278                    "Analyze data sets");
 279     registerModule(manager, &gmx_g_angle, "angle",
 280                    "Calculate distributions and correlations for angles and dihedrals");
 281     registerModule(manager, &gmx_bar, "bar",
 282                    "Calculate free energy difference estimates through Bennett's acceptance ratio");
 283     registerObsoleteTool(manager, "bond");
 284     registerObsoleteTool(manager, "dist");
 285     registerObsoleteTool(manager, "sas");
 286     registerObsoleteTool(manager, "sgangle");
 287
 288     registerModule(manager, &gmx_bundle, "bundle",
 289                    "Analyze bundles of axes, e.g., helices");
 290     registerModule(manager, &gmx_chi, "chi",
 291                    "Calculate everything you want to know about chi and other dihedrals");
 292     registerModule(manager, &gmx_cluster, "cluster",
 293                    "Cluster structures");
 294     registerModule(manager, &gmx_clustsize, "clustsize",
 295                    "Calculate size distributions of atomic clusters");
 296     registerModule(manager, &gmx_confrms, "confrms",
 297                    "Fit two structures and calculates the RMSD");
 298     registerModule(manager, &gmx_covar, "covar",
 299                    "Calculate and diagonalize the covariance matrix");
 300     registerModule(manager, &gmx_current, "current",
 301                    "Calculate dielectric constants and current autocorrelation function");
 302     registerModule(manager, &gmx_density, "density",
 303                    "Calculate the density of the system");
 304     registerModule(manager, &gmx_densmap, "densmap",
 305                    "Calculate 2D planar or axial-radial density maps");
 306     registerModule(manager, &gmx_densorder, "densorder",
 307                    "Calculate surface fluctuations");
 308     registerModule(manager, &gmx_dielectric, "dielectric",
 309                    "Calculate frequency dependent dielectric constants");
 310     registerModule(manager, &gmx_dipoles, "dipoles",
 311                    "Compute the total dipole plus fluctuations");
 312     registerModule(manager, &gmx_disre, "disre",
 313                    "Analyze distance restraints");
 314     registerModule(manager, &gmx_dos, "dos",
 315                    "Analyze density of states and properties based on that");
 316     registerModule(manager, &gmx_dyecoupl, "dyecoupl",
 317                    "Extract dye dynamics from trajectories");
 318     registerModule(manager, &gmx_dyndom, "dyndom",
 319                    "Interpolate and extrapolate structure rotations");
 320     registerModule(manager, &gmx_enemat, "enemat",
 321                    "Extract an energy matrix from an energy file");
 322     registerModule(manager, &gmx_energy, "energy",
 323                    "Writes energies to xvg files and display averages");
 324     registerModule(manager, &gmx_filter, "filter",
 325                    "Frequency filter trajectories, useful for making smooth movies");
 326     registerModule(manager, &gmx_gyrate, "gyrate",
 327                    "Calculate the radius of gyration");
 328     registerModule(manager, &gmx_h2order, "h2order",
 329                    "Compute the orientation of water molecules");
 330     registerModule(manager, &gmx_hbond, "hbond",
 331                    "Compute and analyze hydrogen bonds");
 332     registerModule(manager, &gmx_helix, "helix",
 333                    "Calculate basic properties of alpha helices");
 334     registerModule(manager, &gmx_helixorient, "helixorient",
 335                    "Calculate local pitch/bending/rotation/orientation inside helices");
 336     registerModule(manager, &gmx_hydorder, "hydorder",
 337                    "Compute tetrahedrality parameters around a given atom");
 338     registerModule(manager, &gmx_lie, "lie",
 339                    "Estimate free energy from linear combinations");
 340     registerModule(manager, &gmx_mdmat, "mdmat",
 341                    "Calculate residue contact maps");
 342     registerModule(manager, &gmx_mindist, "mindist",
 343                    "Calculate the minimum distance between two groups");
 344     registerModule(manager, &gmx_morph, "morph",
 345                    "Interpolate linearly between conformations");
 346     registerModule(manager, &gmx_msd, "msd",
 347                    "Calculates mean square displacements");
 348     registerModule(manager, &gmx_nmeig, "nmeig",
 349                    "Diagonalize the Hessian for normal mode analysis");
 350     registerModule(manager, &gmx_nmens, "nmens",
 351                    "Generate an ensemble of structures from the normal modes");
 352     registerModule(manager, &gmx_nmtraj, "nmtraj",
 353                    "Generate a virtual oscillating trajectory from an eigenvector");
 354     registerModule(manager, &gmx_options, "options", NULL);
 355     registerModule(manager, &gmx_order, "order",
 356                    "Compute the order parameter per atom for carbon tails");
 357     registerModule(manager, &gmx_pme_error, "pme_error",
 358                    "Estimate the error of using PME with a given input file");
 359     registerModule(manager, &gmx_polystat, "polystat",
 360                    "Calculate static properties of polymers");
 361     registerModule(manager, &gmx_potential, "potential",
 362                    "Calculate the electrostatic potential across the box");
 363     registerModule(manager, &gmx_principal, "principal",
 364                    "Calculate principal axes of inertia for a group of atoms");
 365     registerModule(manager, &gmx_rama, "rama",
 366                    "Compute Ramachandran plots");
 367     registerModule(manager, &gmx_rdf, "rdf",
 368                    "Calculate radial distribution functions");
 369     registerModule(manager, &gmx_rms, "rms",
 370                    "Calculate RMSDs with a reference structure and RMSD matrices");
 371     registerModule(manager, &gmx_rmsdist, "rmsdist",
 372                    "Calculate atom pair distances averaged with power -2, -3 or -6");
 373     registerModule(manager, &gmx_rmsf, "rmsf",
 374                    "Calculate atomic fluctuations");
 375     registerModule(manager, &gmx_rotacf, "rotacf",
 376                    "Calculate the rotational correlation function for molecules");
 377     registerModule(manager, &gmx_rotmat, "rotmat",
 378                    "Plot the rotation matrix for fitting to a reference structure");
 379     registerModule(manager, &gmx_saltbr, "saltbr",
 380                    "Compute salt bridges");
 381     registerModule(manager, &gmx_sans, "sans",
 382                    "Compute small angle neutron scattering spectra");
 383     registerModule(manager, &gmx_saxs, "saxs",
 384                    "Compute small angle X-ray scattering spectra");
 385     registerModule(manager, &gmx_sham, "sham",
 386                    "Compute free energies or other histograms from histograms");
 387     registerModule(manager, &gmx_sigeps, "sigeps",
 388                    "Convert c6/12 or c6/cn combinations to and from sigma/epsilon");
 389     registerModule(manager, &gmx_sorient, "sorient",
 390                    "Analyze solvent orientation around solutes");
 391     registerModule(manager, &gmx_spatial, "spatial",
 392                    "Calculate the spatial distribution function");
 393     registerModule(manager, &gmx_spol, "spol",
 394                    "Analyze solvent dipole orientation and polarization around solutes");
 395     registerModule(manager, &gmx_tcaf, "tcaf",
 396                    "Calculate viscosities of liquids");
 397     registerModule(manager, &gmx_traj, "traj",
 398                    "Plot x, v, f, box, temperature and rotational energy from trajectories");
 399     registerModule(manager, &gmx_tune_pme, "tune_pme",
 400                    "Time mdrun as a function of PME ranks to optimize settings");
 401     registerModule(manager, &gmx_vanhove, "vanhove",
 402                    "Compute Van Hove displacement and correlation functions");
 403     registerModule(manager, &gmx_velacc, "velacc",
 404                    "Calculate velocity autocorrelation functions");
 405     registerModule(manager, &gmx_wham, "wham",
 406                    "Perform weighted histogram analysis after umbrella sampling");
 407     registerModule(manager, &gmx_wheel, "wheel",
 408                    "Plot helical wheels");
 409     registerModuleNoNice(manager, &gmx_view, "view",
 410                          "View a trajectory on an X-Windows terminal");
 411
 412     {
 413         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 414             manager->addModuleGroup("Generating topologies and coordinates");
 415         group.addModuleWithDescription("editconf", "Edit the box and write subgroups");
 416         group.addModule("protonate");
 417         group.addModule("x2top");
 418         group.addModule("solvate");
 419         group.addModule("insert-molecules");
 420         group.addModule("genconf");
 421         group.addModule("genion");
 422         group.addModule("genrestr");
 423         group.addModule("pdb2gmx");
 424     }
 425     {
 426         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 427             manager->addModuleGroup("Running a simulation");
 428         group.addModule("grompp");
 429         group.addModule("mdrun");
 430         group.addModule("convert-tpr");
 431     }
 432     {
 433         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 434             manager->addModuleGroup("Viewing trajectories");
 435         group.addModule("nmtraj");
 436         group.addModule("view");
 437     }
 438     {
 439         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 440             manager->addModuleGroup("Processing energies");
 441         group.addModule("enemat");
 442         group.addModule("energy");
 443         group.addModuleWithDescription("mdrun", "(Re)calculate energies for trajectory frames with -rerun");
 444     }
 445     {
 446         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 447             manager->addModuleGroup("Converting files");
 448         group.addModule("editconf");
 449         group.addModule("eneconv");
 450         group.addModule("sigeps");
 451         group.addModule("trjcat");
 452         group.addModule("trjconv");
 453         group.addModule("xpm2ps");
 454     }
 455     {
 456         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 457             manager->addModuleGroup("Tools");
 458         group.addModule("analyze");
 459         group.addModule("dyndom");
 460         group.addModule("filter");
 461         group.addModule("lie");
 462         group.addModule("morph");
 463         group.addModule("pme_error");
 464         group.addModule("sham");
 465         group.addModule("spatial");
 466         group.addModule("traj");
 467         group.addModule("tune_pme");
 468         group.addModule("wham");
 469         group.addModule("check");
 470         group.addModule("dump");
 471         group.addModule("make_ndx");
 472         group.addModule("mk_angndx");
 473         group.addModule("trjorder");
 474         group.addModule("xpm2ps");
 475     }
 476     {
 477         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 478             manager->addModuleGroup("Distances between structures");
 479         group.addModule("cluster");
 480         group.addModule("confrms");
 481         group.addModule("rms");
 482         group.addModule("rmsf");
 483     }
 484     {
 485         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 486             manager->addModuleGroup("Distances in structures over time");
 487         group.addModule("mindist");
 488         group.addModule("mdmat");
 489         group.addModule("polystat");
 490         group.addModule("rmsdist");
 491     }
 492     {
 493         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 494             manager->addModuleGroup("Mass distribution properties over time");
 495         group.addModule("gyrate");
 496         group.addModule("msd");
 497         group.addModule("polystat");
 498         group.addModule("rdf");
 499         group.addModule("rotacf");
 500         group.addModule("rotmat");
 501         group.addModule("sans");
 502         group.addModule("saxs");
 503         group.addModule("traj");
 504         group.addModule("vanhove");
 505     }
 506     {
 507         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 508             manager->addModuleGroup("Analyzing bonded interactions");
 509         group.addModule("angle");
 510         group.addModule("mk_angndx");
 511     }
 512     {
 513         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 514             manager->addModuleGroup("Structural properties");
 515         group.addModule("anadock");
 516         group.addModule("bundle");
 517         group.addModule("clustsize");
 518         group.addModule("disre");
 519         group.addModule("hbond");
 520         group.addModule("order");
 521         group.addModule("principal");
 522         group.addModule("rdf");
 523         group.addModule("saltbr");
 524         group.addModule("sorient");
 525         group.addModule("spol");
 526     }
 527     {
 528         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 529             manager->addModuleGroup("Kinetic properties");
 530         group.addModule("bar");
 531         group.addModule("current");
 532         group.addModule("dos");
 533         group.addModule("dyecoupl");
 534         group.addModule("principal");
 535         group.addModule("tcaf");
 536         group.addModule("traj");
 537         group.addModule("vanhove");
 538         group.addModule("velacc");
 539     }
 540     {
 541         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 542             manager->addModuleGroup("Electrostatic properties");
 543         group.addModule("current");
 544         group.addModule("dielectric");
 545         group.addModule("dipoles");
 546         group.addModule("potential");
 547         group.addModule("spol");
 548         group.addModule("genion");
 549     }
 550     {
 551         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 552             manager->addModuleGroup("Protein-specific analysis");
 553         group.addModule("do_dssp");
 554         group.addModule("chi");
 555         group.addModule("helix");
 556         group.addModule("helixorient");
 557         group.addModule("rama");
 558         group.addModule("wheel");
 559     }
 560     {
 561         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 562             manager->addModuleGroup("Interfaces");
 563         group.addModule("bundle");
 564         group.addModule("density");
 565         group.addModule("densmap");
 566         group.addModule("densorder");
 567         group.addModule("h2order");
 568         group.addModule("hydorder");
 569         group.addModule("order");
 570         group.addModule("potential");
 571     }
 572     {
 573         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 574             manager->addModuleGroup("Covariance analysis");
 575         group.addModuleWithDescription("anaeig", "Analyze the eigenvectors");
 576         group.addModule("covar");
 577         group.addModule("make_edi");
 578     }
 579     {
 580         gmx::CommandLineModuleGroup group =
 581             manager->addModuleGroup("Normal modes");
 582         group.addModuleWithDescription("anaeig", "Analyze the normal modes");
 583         group.addModule("nmeig");
 584         group.addModule("nmtraj");
 585         group.addModule("nmens");
 586         group.addModule("grompp");
 587         group.addModuleWithDescription("mdrun", "Find a potential energy minimum and calculate the Hessian");
 588     }
 589 }