src/gromacs/utility.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2010,2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \defgroup module_utility Low-Level Utilities (utility)
  36  * \ingroup group_utilitymodules
  37  * \brief
  38  * Provides low-level utilities for error handling and other tasks.
  39  *
  40  * This module provides various low-level utilities for tasks such as error
  41  * handling and string formatting, as well as helper classes and common custom
  42  * containers to simplify implementation of other code.  Contents of the module
  43  * are discussed in more details under the different headings below.
  44  * Some of the code in installed headers in the module is intended for use
  45  * directly from code outside the Gromacs library, but a significant portion is
  46  * exposed only because other public headers depend on it.
  47  *
  48  * Since this module implements error handling, it should be at the lowest
  49  * level: it should not depend on other modules.  Any functionality needed by
  50  * the error handling code should also be kept in this module.
  51  *
  52  * <H3>Error Handling</H3>
  53  *
  54  * Exception classes used in the library are declared in the exceptions.h header
  55  * file.  Most Gromacs-specific exceptions derive from gmx::GromacsException.
  56  *
  57  * This header also declares a ::GMX_THROW macro that should be used for
  58  * throwing exceptions.  ::GMX_THROW_WITH_ERRNO is also provided for reporting
  59  * syscall errors, but its use should be mostly limited to within the library.
  60  * This header also declares helper functions printFatalErrorMessage(),
  61  * formatExceptionMessageToString(), formatExceptionMessageToFile(), and
  62  * translateException() for creating standard error messages and translating
  63  * exceptions to error return codes.  processExceptionAtExit() provides
  64  * clean-up code before exiting the program after an exception.
  65  * To help in cases where bottom-up conversion to C++ is appropriate, macro
  66  * ::GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR is also provided to catch all
  67  * exceptions at C++ to C boundary.
  68  *
  69  * Use of error return codes should be avoided in new code except in C wrappers
  70  * and similar, but to ease migration (and for these cases where they are
  71  * necessary), facilities for handling them are provided by the errorcodes.h
  72  * header file.
  73  * It provides a set of error codes (the enum \ref gmx::ErrorCode) that should
  74  * be used for return codes in functions.
  75  * It also provides macros ::GMX_ERROR and ::GMX_ERROR_NORET that should be
  76  * used for returning an error code.  setFatalErrorHandler() is provided to
  77  * alter the behavior of ::GMX_ERROR and ::GMX_ERROR_NORET.  The default
  78  * handler prints the reason of the error to \c stderr and aborts the
  79  * execution.
  80  *
  81  * Header file gmxassert.h is also provided for assertions.  It declares macros
  82  * ::GMX_ASSERT and ::GMX_RELEASE_ASSERT that should be used for assertions.
  83  *
  84  * \if internal
  85  * Internally, functions from errorformat.h are used for all the above cases to
  86  * format error messages to \c stderr.
  87  * \endif
  88  *
  89  *
  90  * <H3>Basic %File Handling</H3>
  91  *
  92  * The header file.h declares a gmx::File class for basic I/O support.
  93  *
  94  * The header path.h declares helpers for manipulating paths and for managing
  95  * directories.
  96  *
  97  * The fate of these headers depends on what is decided in Redmine issue #950.
  98  *
  99  *
 100  * <H3>Implementation Helpers</H3>
 101  *
 102  * The header common.h implements a gmx::PrivateImplPointer template for easily
 103  * writing classes that use the private implementation idiom.  This header also
 104  * declares ::GMX_DISALLOW_COPY_AND_ASSIGN and ::GMX_DISALLOW_ASSIGN macros for
 105  * class declarations, and ::GMX_IGNORE_RETURN_VALUE for cleanly ignoring a
 106  * return value from a function.
 107  *
 108  * The header flags.h implements a gmx::FlagsTemplate template for better type
 109  * safety when using bit flag fields.
 110  *
 111  *
 112  * <H3>Other Functionality</H3>
 113  *
 114  * The header init.h declares gmx::init() and gmx::finalize() for initializing
 115  * and deinitializing the Gromacs library.
 116  *
 117  * The header arrayref.h implements a gmx::ConstArrayRef class for exposing a
 118  * C array or part of a std::vector (basically, any continuous stretch of
 119  * memory) throuh a std::vector-like interface.
 120  *
 121  * The header stringutil.h declares various string utility routines.
 122  *
 123  * \if libapi
 124  *
 125  * The header gmxmpi.h abstracts away the mechanism of including either MPI or
 126  * thread-MPI headers depending on compilation options.
 127  * Similarly, gmxomp.h removes the need to use conditional compilation for code
 128  * that needs to include omp.h for OpenMP functions.
 129  *
 130  * The header gmxregex.h declares gmx::Regex and regexMatch() for basic regular
 131  * expression matching using an interface similar to C++11.
 132  *
 133  * The header messagestringcollector.h declares a gmx::MessageStringCollector
 134  * class for composing messages with context information.
 135  *
 136  * The header programcontext.h declares a gmx::ProgramContextInterface that is
 137  * used to
 138  * initialize and access information about the running program, such as the
 139  * name and path of the executable.  This information is used, e.g., by the
 140  * error handling code in formatting standard error messages.
 141  *
 142  * The header qsort_threadsafe.h provides a guaranteed threadsafe
 143  * implementation for qsort().
 144  *
 145  * The header uniqueptr.h declares gmx::gmx_unique_ptr, which is intended for
 146  * declaring smart pointer types with unique ownership.
 147  *
 148  * \endif
 149  *
 150  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
 151  */
 152 /*! \file
 153  * \brief
 154  * Public API convenience header for low-level utilities.
 155  *
 156  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
 157  * \inpublicapi
 158  * \ingroup module_utility
 159  */
 160 #ifndef GMX_UTILITY_H
 161 #define GMX_UTILITY_H
 162
 163 #include "utility/errorcodes.h"
 164 #include "utility/exceptions.h"
 165 #include "utility/gmxassert.h"
 166 #include "utility/init.h"
 167 #include "utility/programcontext.h"
 168
 169 #endif