src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/select.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for functionality of the "select" trajectory analysis module.
  38  *
  39  * These tests test most of the functionality of the module, but currently
  40  * missing are:
  41  *  - Tests related to -oc output.  This would require a more complex input
  42  *    structure for reasonable testing (the same structure could also be used
  43  *    in selection unit tests for 'insolidangle' keyword).
  44  *  - Tests for XVG labels.  This is a limitation of the current testing
  45  *    framework.
  46  *
  47  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  48  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  49  */
  50 #include "gmxpre.h"
  51
  52 #include <gtest/gtest.h>
  53
  54 #include "gromacs/trajectoryanalysis/modules/select.h"
  55
  56 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  57
  58 #include "moduletest.h"
  59
  60 namespace
  61 {
  62
  63 using gmx::test::CommandLine;
  64
  65 /********************************************************************
  66  * Tests for gmx::analysismodules::Select.
  67  */
  68
  69 //! Test fixture for the select analysis module.
  70 typedef gmx::test::TrajectoryAnalysisModuleTestFixture<gmx::analysismodules::SelectInfo>
  71     SelectModuleTest;
  72
  73 TEST_F(SelectModuleTest, BasicTest)
  74 {
  75     const char *const cmdline[] = {
  76         "select",
  77         "-select", "y < 2.5", "resname RA"
  78     };
  79     setTopology("simple.gro");
  80     setTrajectory("simple.gro");
  81     setOutputFile("-oi", "index.dat");
  82     setOutputFile("-on", "index.ndx");
  83     excludeDataset("cfrac");
  84     runTest(CommandLine(cmdline));
  85 }
  86
  87 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesPDBOutputWithNonPDBInput)
  88 {
  89     const char *const cmdline[] = {
  90         "select",
  91         "-select", "resname RA RD and y < 2.5"
  92     };
  93     setTopology("simple.gro");
  94     setTrajectory("simple.gro");
  95     includeDataset("occupancy");
  96     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
  97     runTest(CommandLine(cmdline));
  98 }
  99
 100 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesPDBOutputWithPDBInput)
 101 {
 102     const char *const cmdline[] = {
 103         "select",
 104         "-select", "resname RA RD and y < 2.5"
 105     };
 106     setTopology("simple.pdb");
 107     setTrajectory("simple.gro");
 108     includeDataset("occupancy");
 109     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
 110     runTest(CommandLine(cmdline));
 111 }
 112
 113 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesMaxPDBOutput)
 114 {
 115     const char *const cmdline[] = {
 116         "select",
 117         "-select", "resname RA RD and y < 2.5", "resname RA RB",
 118         "-pdbatoms", "maxsel"
 119     };
 120     setTopology("simple.pdb");
 121     setTrajectory("simple.gro");
 122     includeDataset("occupancy");
 123     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
 124     runTest(CommandLine(cmdline));
 125 }
 126
 127 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesSelectedPDBOutput)
 128 {
 129     const char *const cmdline[] = {
 130         "select",
 131         "-select", "resname RA RD and y < 2.5", "resname RA RB",
 132         "-pdbatoms", "selected"
 133     };
 134     setTopology("simple.pdb");
 135     setTrajectory("simple.gro");
 136     includeDataset("occupancy");
 137     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
 138     runTest(CommandLine(cmdline));
 139 }
 140
 141 TEST_F(SelectModuleTest, NormalizesSizes)
 142 {
 143     const char *const cmdline[] = {
 144         "select",
 145         "-select", "y < 2.5", "resname RA and y < 2.5", "resname RA",
 146         "-norm"
 147     };
 148     setTopology("simple.gro");
 149     includeDataset("size");
 150     runTest(CommandLine(cmdline));
 151 }
 152
 153 TEST_F(SelectModuleTest, WritesResidueNumbers)
 154 {
 155     const char *const cmdline[] = {
 156         "select",
 157         "-select", "res_com of resname RA RD"
 158     };
 159     setTopology("simple.gro");
 160     includeDataset("index");
 161     runTest(CommandLine(cmdline));
 162 }
 163
 164 TEST_F(SelectModuleTest, WritesResidueIndices)
 165 {
 166     const char *const cmdline[] = {
 167         "select",
 168         "-select", "res_com of resname RA RD",
 169         "-resnr", "index"
 170     };
 171     setTopology("simple.gro");
 172     includeDataset("index");
 173     runTest(CommandLine(cmdline));
 174 }
 175
 176 } // namespace