src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/sasa.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for functionality of the "sasa" trajectory analysis module.
  38  *
  39  * These tests test the basic functionality of the tool itself, but currently
  40  * the following are missing:
  41  *  - Tests related to -odg output.  This would require a full tpr file, and
  42  *    some investigation on what kind of tpr it should be to produce reasonable
  43  *    output.
  44  *  - Tests for the X axes in the area per atom/residue plots.  These could be
  45  *    added once better X axes are implemented.
  46  *  - Tests for XVG labels.  This is a limitation of the current testing
  47  *    framework.
  48  *
  49  * The actual surface area algorithm should be tested separately with a more
  50  * extensive set of data, but those fit better as a separate set of unit tests.
  51  *
  52  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  53  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  54  */
  55 #include "gmxpre.h"
  56
  57 #include <gtest/gtest.h>
  58
  59 #include "gromacs/trajectoryanalysis/modules/sasa.h"
  60
  61 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  62 #include "testutils/testasserts.h"
  63
  64 #include "moduletest.h"
  65
  66 namespace
  67 {
  68
  69 using gmx::test::CommandLine;
  70
  71 /********************************************************************
  72  * Tests for gmx::analysismodules::Sas.
  73  */
  74
  75 //! Test fixture for the select analysis module.
  76 typedef gmx::test::TrajectoryAnalysisModuleTestFixture<gmx::analysismodules::SasaInfo>
  77     SasaModuleTest;
  78
  79 TEST_F(SasaModuleTest, BasicTest)
  80 {
  81     const char *const cmdline[] = {
  82         "sasa",
  83         "-surface", "all",
  84         "-output", "name N CA C O H"
  85     };
  86     setTopology("lysozyme.gro");
  87     setOutputFileNoTest("-o", "xvg");
  88     setOutputFileNoTest("-or", "xvg");
  89     setOutputFileNoTest("-oa", "xvg");
  90     setOutputFileNoTest("-tv", "xvg");
  91     excludeDataset("dgsolv");
  92     setDatasetTolerance("area", gmx::test::ulpTolerance(8));
  93     setDatasetTolerance("volume", gmx::test::ulpTolerance(8));
  94     runTest(CommandLine(cmdline));
  95 }
  96
  97 TEST_F(SasaModuleTest, WritesConnollySurfaceWithSolute)
  98 {
  99     const char *const cmdline[] = {
 100         "sasa",
 101         "-surface", "atomnr 1"
 102     };
 103     setTopology("lysozyme.gro");
 104     setOutputFileNoTest("-o", "xvg");
 105     setOutputFile("-q", "connolly.pdb");
 106     includeDataset("area");
 107     runTest(CommandLine(cmdline));
 108 }
 109
 110 // The CONECT records written to the output make this very difficult to test
 111 // without parsing the output file, since by construction, there are a lot of
 112 // dot pairs that are at exactly the same distance from each other in exact
 113 // arithmetic, and depending on rounding etc., different pairs get picked into
 114 // the output for single and double precision.
 115 #if 0
 116 TEST_F(SasaModuleTest, WritesConnollySurfaceWithoutSolute)
 117 {
 118     const char *const cmdline[] = {
 119         "sasa",
 120         "-surface", "atomnr 1",
 121         "-noprot"
 122     };
 123     setTopology("lysozyme.gro");
 124     setOutputFileNoTest("-o", "xvg");
 125     setOutputFile("-q", "connolly.pdb");
 126     includeDataset("area");
 127     runTest(CommandLine(cmdline));
 128 }
 129 #endif
 130
 131 TEST_F(SasaModuleTest, HandlesDynamicOutputGroup)
 132 {
 133     const char *const cmdline[] = {
 134         "sasa",
 135         "-surface", "all",
 136         "-output", "y > 1.5"
 137     };
 138     setTopology("lysozyme.gro");
 139     setOutputFileNoTest("-o", "xvg");
 140     setOutputFileNoTest("-or", "xvg");
 141     setOutputFileNoTest("-oa", "xvg");
 142     excludeDataset("volume");
 143     excludeDataset("dgsolv");
 144     setDatasetTolerance("area", gmx::test::ulpTolerance(8));
 145     runTest(CommandLine(cmdline));
 146 }
 147
 148 TEST_F(SasaModuleTest, HandlesDynamicCalculationGroup)
 149 {
 150     const char *const cmdline[] = {
 151         "sasa",
 152         "-surface", "y > 1.5",
 153         "-output", "y > 1.5 and z > 0"
 154     };
 155     setTopology("lysozyme.gro");
 156     setOutputFileNoTest("-o", "xvg");
 157     setOutputFileNoTest("-or", "xvg");
 158     setOutputFileNoTest("-oa", "xvg");
 159     excludeDataset("volume");
 160     excludeDataset("dgsolv");
 161     setDatasetTolerance("area", gmx::test::ulpTolerance(8));
 162     runTest(CommandLine(cmdline));
 163 }
 164
 165 } // namespace