src/gromacs/trajectoryanalysis/cmdlinerunner.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2010,2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \file
  36  * \brief
  37  * Declares gmx::TrajectoryAnalysisCommandLineRunner.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \inpublicapi
  41  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  42  */
  43 #ifndef GMX_TRAJECTORYANALYSIS_CMDLINERUNNER_H
  44 #define GMX_TRAJECTORYANALYSIS_CMDLINERUNNER_H
  45
  46 #include "gromacs/trajectoryanalysis/analysismodule.h"
  47 #include "gromacs/utility/classhelpers.h"
  48
  49 namespace gmx
  50 {
  51
  52 class CommandLineModuleManager;
  53 class CommandLineHelpContext;
  54
  55 /*! \brief
  56  * Runner class for command-line analysis tools.
  57  *
  58  * This class implements a command-line analysis program, given a
  59  * TrajectoryAnalysisModule object.  It takes care of converting command-line
  60  * parameters to a form understood by the module, as well as parsing common
  61  * options, initializing and evaluating selections, and looping over trajectory
  62  * frames.
  63  *
  64  * \inpublicapi
  65  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  66  */
  67 class TrajectoryAnalysisCommandLineRunner
  68 {
  69     public:
  70         /*! \brief
  71          * Factory method type for creating a trajectory analysis module.
  72          *
  73          * This method allows the module creation to be postponed to be inside
  74          * the try/catch block in runAsMain()/registerModule() implementation
  75          * methods and still keep the implementation out of the header, making
  76          * the ABI more stable.
  77          */
  78         typedef TrajectoryAnalysisModulePointer (*ModuleFactoryMethod)();
  79
  80         /*! \brief
  81          * Factory functor class for creating a trajectory analysis module.
  82          *
  83          * Old compilers that still must be supported do not have std::function,
  84          * so we have to implement runAsMain overload accepting a functor instead
  85          * of a function pointer.
  86          *
  87          * This abstract class should be subclassed to be used. The main usage is for
  88          * python bindings.
  89          */
  90         class ModuleFactoryFunctor
  91         {
  92             public:
  93                 /*! \brief
  94                  * operator() that returns a pointer to valid TrajectoryAnalysisModule
  95                  */
  96                 virtual TrajectoryAnalysisModulePointer operator() () = 0;
  97                 virtual ~ModuleFactoryFunctor() {};
  98         };
  99
 100         /*! \brief
 101          * Implements a main() method that runs a given module.
 102          *
 103          * \tparam ModuleType  Trajectory analysis module.
 104          * \param  argc        \c argc passed to main().
 105          * \param  argv        \c argv passed to main().
 106          *
 107          * This method abstracts away all the logic required to implement a
 108          * main() method in user tools, allowing that to be changed without
 109          * requiring changes to the tools themselves.
 110          *
 111          * \p ModuleType should be default-constructible and derive from
 112          * TrajectoryAnalysisModule.
 113          *
 114          * Does not throw.  All exceptions are caught and handled internally.
 115          */
 116         template <class ModuleType>
 117         static int runAsMain(int argc, char *argv[])
 118         {
 119             return runAsMain(argc, argv, &createModule<ModuleType>);
 120         }
 121         /*! \brief
 122          * Registers a command-line module that runs a given module.
 123          *
 124          * \tparam ModuleType  Trajectory analysis module.
 125          * \param  manager     Manager to register the module to.
 126          * \param  name        Name of the module to register.
 127          * \param  description One-line description for the module to register.
 128          *
 129          * \p ModuleType should be default-constructible and derive from
 130          * TrajectoryAnalysisModule.
 131          *
 132          * \p name and \p descriptions must be string constants or otherwise
 133          * stay valid for the duration of the program execution.
 134          */
 135         template <class ModuleType>
 136         static void registerModule(CommandLineModuleManager *manager,
 137                                    const char *name, const char *description)
 138         {
 139             registerModule(manager, name, description, &createModule<ModuleType>);
 140         }
 141         /*! \brief
 142          * Registers a command-line module that runs a given module.
 143          *
 144          * \tparam ModuleType  Trajectory analysis module.
 145          * \param  manager     Manager to register the module to.
 146          * \param  name        Name of the module to register.
 147          * \param  description One-line description for the module to register.
 148          * \param  factory     Function that creates the module on demand.
 149          *
 150          * \p name and \p descriptions must be string constants or otherwise
 151          * stay valid for the duration of the program execution.
 152          *
 153          * Implements the template registerModule() method, but can also be
 154          * used independently.
 155          */
 156         static void registerModule(CommandLineModuleManager *manager,
 157                                    const char *name, const char *description,
 158                                    ModuleFactoryMethod factory);
 159
 160         /*! \brief
 161          * Create a new runner with the provided module.
 162          *
 163          * \param  module  Analysis module to run using the runner.
 164          * \throws std::bad_alloc if out of memory.
 165          *
 166          * The caller should ensure that the provided module is not destroyed
 167          * while the runner exists.
 168          */
 169         TrajectoryAnalysisCommandLineRunner(TrajectoryAnalysisModule *module);
 170         ~TrajectoryAnalysisCommandLineRunner();
 171
 172         /*! \brief
 173          * Sets whether default index groups are initialized.
 174          *
 175          * This is intended only for internal unit testing purposes to avoid
 176          * repeated, unnecessary initialization of the default groups, which
 177          * can be expensive under, e.g., valgrind.
 178          *
 179          * Does not throw.
 180          */
 181         void setUseDefaultGroups(bool bUseDefaults);
 182         /*! \brief
 183          * Sets the default debugging level for selections.
 184          *
 185          * \param[in] debuglevel  Level of debugging verbosity.
 186          *
 187          * This is intended only for use by internal debugging tools.
 188          *
 189          * Does not throw.
 190          *
 191          * \see SelectionCollection::setDebugLevel()
 192          */
 193         void setSelectionDebugLevel(int debuglevel);
 194         /*! \brief
 195          * Parses options from the given command line and runs the analysis.
 196          *
 197          * \throws  multiple  Exceptions are used to indicate errors.
 198          * \returns Zero on success.
 199          */
 200         int run(int argc, char *argv[]);
 201         /*! \brief
 202          * Prints help for the module, including common options from the runner.
 203          *
 204          * \param[in] context  Context object for writing the help.
 205          * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
 206          * \throws    FileIOError on any I/O error.
 207          */
 208         void writeHelp(const CommandLineHelpContext &context);
 209
 210         //! Implements the template runAsMain() method.
 211         static int runAsMain(int argc, char *argv[],
 212                              ModuleFactoryMethod factory);
 213         //! Overload of runAsMain accepting functor.
 214         static int runAsMain(int argc, char *argv[],
 215                              ModuleFactoryFunctor *factory);
 216     private:
 217         /*! \brief
 218          * Creates a trajectory analysis module of a given type.
 219          *
 220          * \tparam ModuleType  Module to create.
 221          */
 222         template <class ModuleType>
 223         static TrajectoryAnalysisModulePointer createModule()
 224         {
 225             return TrajectoryAnalysisModulePointer(new ModuleType());
 226         }
 227
 228
 229         class Impl;
 230
 231         PrivateImplPointer<Impl> impl_;
 232 };
 233
 234 } // namespace gmx
 235
 236 #endif