src/gromacs/trajectoryanalysis/analysissettings.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2010,2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements classes in analysissettings.h.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "analysissettings.h"
  45
  46 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  47 #include "gromacs/math/vec.h"
  48 #include "gromacs/topology/topology.h"
  49 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  50 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  51
  52 #include "analysissettings-impl.h"
  53
  54 namespace gmx
  55 {
  56
  57
  58 /********************************************************************
  59  * TrajectoryAnalysisSettings
  60  */
  61
  62 TrajectoryAnalysisSettings::TrajectoryAnalysisSettings()
  63     : impl_(new Impl)
  64 {
  65     impl_->frflags |= TRX_NEED_X;
  66 }
  67
  68
  69 TrajectoryAnalysisSettings::~TrajectoryAnalysisSettings()
  70 {
  71 }
  72
  73
  74 const TimeUnitManager &
  75 TrajectoryAnalysisSettings::timeUnitManager() const
  76 {
  77     return impl_->timeUnitManager;
  78 }
  79
  80
  81 const AnalysisDataPlotSettings &
  82 TrajectoryAnalysisSettings::plotSettings() const
  83 {
  84     return impl_->plotSettings;
  85 }
  86
  87
  88 unsigned long
  89 TrajectoryAnalysisSettings::flags() const
  90 {
  91     return impl_->flags;
  92 }
  93
  94
  95 bool
  96 TrajectoryAnalysisSettings::hasFlag(unsigned long flag) const
  97 {
  98     return impl_->flags & flag;
  99 }
 100
 101
 102 bool
 103 TrajectoryAnalysisSettings::hasPBC() const
 104 {
 105     return impl_->bPBC;
 106 }
 107
 108
 109 bool
 110 TrajectoryAnalysisSettings::hasRmPBC() const
 111 {
 112     return impl_->bRmPBC;
 113 }
 114
 115
 116 int
 117 TrajectoryAnalysisSettings::frflags() const
 118 {
 119     return impl_->frflags;
 120 }
 121
 122
 123 void
 124 TrajectoryAnalysisSettings::setFlags(unsigned long flags)
 125 {
 126     impl_->flags = flags;
 127 }
 128
 129
 130 void
 131 TrajectoryAnalysisSettings::setFlag(unsigned long flag, bool bSet)
 132 {
 133     if (bSet)
 134     {
 135         impl_->flags |= flag;
 136     }
 137     else
 138     {
 139         impl_->flags &= ~flag;
 140     }
 141 }
 142
 143
 144 void
 145 TrajectoryAnalysisSettings::setPBC(bool bPBC)
 146 {
 147     impl_->bPBC = bPBC;
 148 }
 149
 150
 151 void
 152 TrajectoryAnalysisSettings::setRmPBC(bool bRmPBC)
 153 {
 154     impl_->bRmPBC = bRmPBC;
 155 }
 156
 157
 158 void
 159 TrajectoryAnalysisSettings::setFrameFlags(int frflags)
 160 {
 161     impl_->frflags = frflags;
 162 }
 163
 164
 165 /********************************************************************
 166  * TopologyInformation
 167  */
 168
 169 TopologyInformation::TopologyInformation()
 170     : top_(NULL), bTop_(false), xtop_(NULL), ePBC_(-1)
 171 {
 172     clear_mat(boxtop_);
 173 }
 174
 175
 176 TopologyInformation::~TopologyInformation()
 177 {
 178     if (top_)
 179     {
 180         free_t_atoms(&top_->atoms, TRUE);
 181         done_top(top_);
 182         sfree(top_);
 183     }
 184     sfree(xtop_);
 185 }
 186
 187
 188 void
 189 TopologyInformation::getTopologyConf(rvec **x, matrix box) const
 190 {
 191     if (box)
 192     {
 193         copy_mat(const_cast<rvec *>(boxtop_), box);
 194     }
 195     if (x)
 196     {
 197         if (!xtop_)
 198         {
 199             *x = NULL;
 200             GMX_THROW(APIError("Topology coordinates requested without setting efUseTopX"));
 201         }
 202         *x = xtop_;
 203     }
 204 }
 205
 206 } // namespace gmx