src/gromacs/topology/topology.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "gromacs/topology/topology.h"
  40
  41 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  42 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  43
  44 static void init_groups(gmx_groups_t *groups)
  45 {
  46     groups->ngrpname = 0;
  47     groups->grpname  = NULL;
  48     for (int g = 0; g < egcNR; g++)
  49     {
  50         groups->grps[g].nm_ind = NULL;
  51         groups->ngrpnr[g]      = 0;
  52         groups->grpnr[g]       = NULL;
  53     }
  54
  55 }
  56
  57 void init_mtop(gmx_mtop_t *mtop)
  58 {
  59     mtop->name         = NULL;
  60     mtop->nmoltype     = 0;
  61     mtop->moltype      = NULL;
  62     mtop->nmolblock    = 0;
  63     mtop->molblock     = NULL;
  64     mtop->maxres_renum = 0;
  65     mtop->maxresnr     = -1;
  66     init_groups(&mtop->groups);
  67     init_block(&mtop->mols);
  68     open_symtab(&mtop->symtab);
  69 }
  70
  71 void init_top(t_topology *top)
  72 {
  73     top->name = NULL;
  74     init_atom(&(top->atoms));
  75     init_atomtypes(&(top->atomtypes));
  76     init_block(&top->cgs);
  77     init_block(&top->mols);
  78     init_blocka(&top->excls);
  79     open_symtab(&top->symtab);
  80 }
  81
  82
  83 void done_moltype(gmx_moltype_t *molt)
  84 {
  85     done_atom(&molt->atoms);
  86     done_block(&molt->cgs);
  87     done_blocka(&molt->excls);
  88
  89     for (int f = 0; f < F_NRE; f++)
  90     {
  91         sfree(molt->ilist[f].iatoms);
  92         molt->ilist[f].nalloc = 0;
  93     }
  94 }
  95
  96 void done_molblock(gmx_molblock_t *molb)
  97 {
  98     if (molb->nposres_xA > 0)
  99     {
 100         molb->nposres_xA = 0;
 101         sfree(molb->posres_xA);
 102     }
 103     if (molb->nposres_xB > 0)
 104     {
 105         molb->nposres_xB = 0;
 106         sfree(molb->posres_xB);
 107     }
 108 }
 109
 110 void done_mtop(gmx_mtop_t *mtop, gmx_bool bDoneSymtab)
 111 {
 112     if (bDoneSymtab)
 113     {
 114         done_symtab(&mtop->symtab);
 115     }
 116
 117     sfree(mtop->ffparams.functype);
 118     sfree(mtop->ffparams.iparams);
 119
 120     for (int i = 0; i < mtop->nmoltype; i++)
 121     {
 122         done_moltype(&mtop->moltype[i]);
 123     }
 124     sfree(mtop->moltype);
 125     for (int i = 0; i < mtop->nmolblock; i++)
 126     {
 127         done_molblock(&mtop->molblock[i]);
 128     }
 129     sfree(mtop->molblock);
 130     done_block(&mtop->mols);
 131 }
 132
 133 void done_top(t_topology *top)
 134 {
 135     sfree(top->idef.functype);
 136     sfree(top->idef.iparams);
 137     for (int f = 0; f < F_NRE; ++f)
 138     {
 139         sfree(top->idef.il[f].iatoms);
 140         top->idef.il[f].iatoms = NULL;
 141         top->idef.il[f].nalloc = 0;
 142     }
 143
 144     done_atom(&(top->atoms));
 145
 146     /* For GB */
 147     done_atomtypes(&(top->atomtypes));
 148
 149     done_symtab(&(top->symtab));
 150     done_block(&(top->cgs));
 151     done_block(&(top->mols));
 152     done_blocka(&(top->excls));
 153 }