src/gromacs/topology/symtab.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "symtab.h"
  40
  41 #include "config.h"
  42
  43 #include <stdio.h>
  44 #include <string.h>
  45
  46 #include <algorithm>
  47
  48 #include "gromacs/legacyheaders/txtdump.h"
  49
  50 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  51 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  52 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  53
  54 #define BUFSIZE         1024
  55 #define TABLESIZE       5
  56
  57 static char *trim_string(const char *s, char *out, int maxlen)
  58 /*
  59  * Returns a pointer to a static area which contains a copy
  60  * of s without leading or trailing spaces. Strings are
  61  * truncated to BUFSIZE positions.
  62  */
  63 {
  64     int len, i;
  65
  66     if (strlen(s) > (size_t)(maxlen-1))
  67     {
  68         gmx_fatal(FARGS, "String '%s' (%d) is longer than buffer (%d).\n",
  69                   s, strlen(s), maxlen-1);
  70     }
  71
  72     for (; (*s) && ((*s) == ' '); s++)
  73     {
  74         ;
  75     }
  76     for (len = strlen(s); (len > 0); len--)
  77     {
  78         if (s[len-1] != ' ')
  79         {
  80             break;
  81         }
  82     }
  83     if (len >= BUFSIZE)
  84     {
  85         len = BUFSIZE-1;
  86     }
  87     for (i = 0; i < len; i++)
  88     {
  89         out[i] = *(s++);
  90     }
  91     out[i] = 0;
  92     return out;
  93 }
  94
  95 int lookup_symtab(t_symtab *symtab, char **name)
  96 {
  97     int       base;
  98     t_symbuf *symbuf;
  99
 100     base   = 0;
 101     symbuf = symtab->symbuf;
 102     while (symbuf != NULL)
 103     {
 104         const int index = name-symbuf->buf;
 105         if ( ( index >= 0 ) && ( index < symbuf->bufsize ) )
 106         {
 107             return index+base;
 108         }
 109         else
 110         {
 111             base  += symbuf->bufsize;
 112             symbuf = symbuf->next;
 113         }
 114     }
 115     gmx_fatal(FARGS, "symtab lookup \"%s\" not found", *name);
 116     return -1;
 117 }
 118
 119 char **get_symtab_handle(t_symtab *symtab, int name)
 120 {
 121     t_symbuf *symbuf;
 122
 123     symbuf = symtab->symbuf;
 124     while (symbuf != NULL)
 125     {
 126         if (name < symbuf->bufsize)
 127         {
 128             return &(symbuf->buf[name]);
 129         }
 130         else
 131         {
 132             name  -= symbuf->bufsize;
 133             symbuf = symbuf->next;
 134         }
 135     }
 136     gmx_fatal(FARGS, "symtab get_symtab_handle %d not found", name);
 137     return NULL;
 138 }
 139
 140 static t_symbuf *new_symbuf(void)
 141 {
 142     t_symbuf *symbuf;
 143
 144     snew(symbuf, 1);
 145     symbuf->bufsize = TABLESIZE;
 146     snew(symbuf->buf, symbuf->bufsize);
 147     symbuf->next = NULL;
 148
 149     return symbuf;
 150 }
 151
 152 static char **enter_buf(t_symtab *symtab, char *name)
 153 {
 154     int          i;
 155     t_symbuf    *symbuf;
 156     gmx_bool     bCont;
 157
 158     if (symtab->symbuf == NULL)
 159     {
 160         symtab->symbuf = new_symbuf();
 161     }
 162
 163     symbuf = symtab->symbuf;
 164     do
 165     {
 166         for (i = 0; (i < symbuf->bufsize); i++)
 167         {
 168             if (symbuf->buf[i] == NULL)
 169             {
 170                 symtab->nr++;
 171                 symbuf->buf[i] = gmx_strdup(name);
 172                 return &(symbuf->buf[i]);
 173             }
 174             else if (strcmp(symbuf->buf[i], name) == 0)
 175             {
 176                 return &(symbuf->buf[i]);
 177             }
 178         }
 179         if (symbuf->next != NULL)
 180         {
 181             symbuf = symbuf->next;
 182             bCont  = TRUE;
 183         }
 184         else
 185         {
 186             bCont = FALSE;
 187         }
 188     }
 189     while (bCont);
 190
 191     symbuf->next = new_symbuf();
 192     symbuf       = symbuf->next;
 193
 194     symtab->nr++;
 195     symbuf->buf[0] = gmx_strdup(name);
 196     return &(symbuf->buf[0]);
 197 }
 198
 199 char **put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name)
 200 {
 201     char buf[1024];
 202
 203     return enter_buf(symtab, trim_string(name, buf, 1023));
 204 }
 205
 206 void open_symtab(t_symtab *symtab)
 207 {
 208     symtab->nr     = 0;
 209     symtab->symbuf = NULL;
 210 }
 211
 212 void close_symtab(t_symtab gmx_unused *symtab)
 213 {
 214 }
 215
 216 void done_symtab(t_symtab *symtab)
 217 {
 218     int       i;
 219     t_symbuf *symbuf, *freeptr;
 220
 221     close_symtab(symtab);
 222     symbuf = symtab->symbuf;
 223     while (symbuf != NULL)
 224     {
 225         for (i = 0; (i < symbuf->bufsize) && (i < symtab->nr); i++)
 226         {
 227             sfree(symbuf->buf[i]);
 228         }
 229         symtab->nr -= i;
 230         sfree(symbuf->buf);
 231         freeptr = symbuf;
 232         symbuf  = symbuf->next;
 233         sfree(freeptr);
 234     }
 235     symtab->symbuf = NULL;
 236     if (symtab->nr != 0)
 237     {
 238         gmx_incons("Freeing symbol table (symtab) structure");
 239     }
 240 }
 241
 242 void free_symtab(t_symtab *symtab)
 243 {
 244     t_symbuf *symbuf, *freeptr;
 245
 246     close_symtab(symtab);
 247     symbuf = symtab->symbuf;
 248     while (symbuf != NULL)
 249     {
 250         symtab->nr -= std::min(symbuf->bufsize, symtab->nr);
 251         freeptr     = symbuf;
 252         symbuf      = symbuf->next;
 253         sfree(freeptr);
 254     }
 255     symtab->symbuf = NULL;
 256     if (symtab->nr != 0)
 257     {
 258         gmx_incons("Freeing symbol table (symtab) structure");
 259     }
 260 }
 261
 262 void pr_symtab(FILE *fp, int indent, const char *title, t_symtab *symtab)
 263 {
 264     int       i, j, nr;
 265     t_symbuf *symbuf;
 266
 267     if (available(fp, symtab, indent, title))
 268     {
 269         indent = pr_title_n(fp, indent, title, symtab->nr);
 270         i      = 0;
 271         nr     = symtab->nr;
 272         symbuf = symtab->symbuf;
 273         while (symbuf != NULL)
 274         {
 275             for (j = 0; (j < symbuf->bufsize) && (j < nr); j++)
 276             {
 277                 pr_indent(fp, indent);
 278                 (void) fprintf(fp, "%s[%d]=\"%s\"\n", title, i++, symbuf->buf[j]);
 279             }
 280             nr    -= j;
 281             symbuf = symbuf->next;
 282         }
 283         if (nr != 0)
 284         {
 285             gmx_incons("Printing symbol table (symtab) structure");
 286         }
 287     }
 288 }