src/gromacs/topology/invblock.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "gromacs/topology/invblock.h"
  41
  42 #include "gromacs/legacyheaders/types/simple.h"
  43
  44 #include "gromacs/topology/block.h"
  45 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  46 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  47
  48 atom_id *make_invblock(const t_block *block, int nr)
  49 {
  50     int      i, j;
  51     atom_id *invblock;
  52
  53     snew(invblock, nr+1);
  54     /* Mark unused numbers */
  55     for (i = 0; i <= nr; i++)
  56     {
  57         invblock[i] = NO_ATID;
  58     }
  59     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
  60     {
  61         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
  62         {
  63             if (invblock[j] == NO_ATID)
  64             {
  65                 invblock[j] = i;
  66             }
  67             else
  68             {
  69                 gmx_fatal(FARGS, "Double entries in block structure. Item %d is in blocks %d and %d\n"
  70                           " Cannot make an unambiguous inverse block.",
  71                           j, i, invblock[j]);
  72             }
  73         }
  74     }
  75     return invblock;
  76 }
  77
  78 atom_id *make_invblocka(const t_blocka *block, int nr)
  79 {
  80     int      i, j;
  81     atom_id *invblock;
  82
  83     snew(invblock, nr+1);
  84     /* Mark unused numbers */
  85     for (i = 0; i <= nr; i++)
  86     {
  87         invblock[i] = NO_ATID;
  88     }
  89     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
  90     {
  91         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
  92         {
  93             if (invblock[block->a[j]] == NO_ATID)
  94             {
  95                 invblock[block->a[j]] = i;
  96             }
  97             else
  98             {
  99                 gmx_fatal(FARGS, "Double entries in block structure. Item %d is in blocks %d and %d\n"
 100                           " Cannot make an unambiguous inverse block.",
 101                           j, i, invblock[block->a[j]]);
 102             }
 103         }
 104     }
 105     return invblock;
 106 }