src/gromacs/topology/block.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <algorithm>
  40 #include "gromacs/topology/block.h"
  41
  42 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  43
  44 void init_block(t_block *block)
  45 {
  46     block->nr           = 0;
  47     block->nalloc_index = 1;
  48     snew(block->index, block->nalloc_index);
  49     block->index[0]     = 0;
  50 }
  51
  52 void init_blocka(t_blocka *block)
  53 {
  54     block->nr           = 0;
  55     block->nra          = 0;
  56     block->nalloc_index = 1;
  57     snew(block->index, block->nalloc_index);
  58     block->index[0]     = 0;
  59     block->nalloc_a     = 0;
  60     block->a            = NULL;
  61 }
  62
  63 t_blocka *new_blocka(void)
  64 {
  65     t_blocka *block;
  66
  67     snew(block, 1);
  68     snew(block->index, 1);
  69
  70     return block;
  71 }
  72
  73 void done_block(t_block *block)
  74 {
  75     block->nr    = 0;
  76     sfree(block->index);
  77     block->nalloc_index = 0;
  78 }
  79
  80 void done_blocka(t_blocka *block)
  81 {
  82     block->nr    = 0;
  83     block->nra   = 0;
  84     sfree(block->index);
  85     sfree(block->a);
  86     block->index        = NULL;
  87     block->a            = NULL;
  88     block->nalloc_index = 0;
  89     block->nalloc_a     = 0;
  90 }
  91
  92 void stupid_fill_block(t_block *grp, int natom, gmx_bool bOneIndexGroup)
  93 {
  94     if (bOneIndexGroup)
  95     {
  96         grp->nalloc_index = 2;
  97         snew(grp->index, grp->nalloc_index);
  98         grp->index[0] = 0;
  99         grp->index[1] = natom;
 100         grp->nr       = 1;
 101     }
 102     else
 103     {
 104         grp->nalloc_index = natom+1;
 105         snew(grp->index, grp->nalloc_index);
 106         snew(grp->index, natom+1);
 107         for (int i = 0; i <= natom; ++i)
 108         {
 109             grp->index[i] = i;
 110         }
 111         grp->nr = natom;
 112     }
 113 }
 114
 115 void stupid_fill_blocka(t_blocka *grp, int natom)
 116 {
 117     grp->nalloc_a = natom;
 118     snew(grp->a, grp->nalloc_a);
 119     for (int i = 0; i < natom; ++i)
 120     {
 121         grp->a[i] = i;
 122     }
 123     grp->nra = natom;
 124
 125     grp->nalloc_index = natom + 1;
 126     snew(grp->index, grp->nalloc_index);
 127     for (int i = 0; i <= natom; ++i)
 128     {
 129         grp->index[i] = i;
 130     }
 131     grp->nr = natom;
 132 }
 133
 134 void copy_blocka(const t_blocka *src, t_blocka *dest)
 135 {
 136     dest->nr           = src->nr;
 137     /* Workaround for inconsistent handling of nalloc_index in
 138      * other parts of the code. Often nalloc_index and nalloc_a
 139      * are not set.
 140      */
 141     dest->nalloc_index = std::max(src->nalloc_index, dest->nr + 1);
 142     snew(dest->index, dest->nalloc_index);
 143     for (int i = 0; i < dest->nr+1; ++i)
 144     {
 145         dest->index[i] = src->index[i];
 146     }
 147     dest->nra      = src->nra;
 148     /* See above. */
 149     dest->nalloc_a = std::max(src->nalloc_a, dest->nra);
 150     snew(dest->a, dest->nalloc_a);
 151     for (int i = 0; i < dest->nra; ++i)
 152     {
 153         dest->a[i] = src->a[i];
 154     }
 155 }