src/gromacs/tools/dump.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2013, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "config.h"
  40
  41 #include <assert.h>
  42 #include <math.h>
  43 #include <stdio.h>
  44 #include <string.h>
  45
  46 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/txtdump.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/txtdump.h"
  50 #include "gromacs/legacyheaders/checkpoint.h"
  51 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  52 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  53 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  55 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  56 #include "gromacs/fileio/trnio.h"
  57 #include "gromacs/utility/futil.h"
  58 #include "gromacs/fileio/tngio.h"
  59 #include "gromacs/fileio/tngio_for_tools.h"
  60
  61 #ifdef HAVE_UNISTD_H
  62 #include <unistd.h>
  63 #endif
  64
  65 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  66 #include "gromacs/fileio/mtxio.h"
  67 #include "gromacs/gmxpreprocess/gmxcpp.h"
  68 #include "gromacs/linearalgebra/sparsematrix.h"
  69 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  70 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  71
  72 static void list_tpx(const char *fn, gmx_bool bShowNumbers, const char *mdpfn,
  73                      gmx_bool bSysTop)
  74 {
  75     FILE         *gp;
  76     int           fp, indent, i, j, **gcount, atot;
  77     t_state       state;
  78     rvec         *f = NULL;
  79     t_inputrec    ir;
  80     t_tpxheader   tpx;
  81     gmx_mtop_t    mtop;
  82     gmx_groups_t *groups;
  83     t_topology    top;
  84
  85     read_tpxheader(fn, &tpx, TRUE, NULL, NULL);
  86
  87     read_tpx_state(fn,
  88                    tpx.bIr  ? &ir : NULL,
  89                    &state, tpx.bF ? f : NULL,
  90                    tpx.bTop ? &mtop : NULL);
  91
  92     if (mdpfn && tpx.bIr)
  93     {
  94         gp = gmx_fio_fopen(mdpfn, "w");
  95         pr_inputrec(gp, 0, NULL, &(ir), TRUE);
  96         gmx_fio_fclose(gp);
  97     }
  98
  99     if (!mdpfn)
 100     {
 101         if (bSysTop)
 102         {
 103             top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop);
 104         }
 105
 106         if (available(stdout, &tpx, 0, fn))
 107         {
 108             indent = 0;
 109             indent = pr_title(stdout, indent, fn);
 110             pr_inputrec(stdout, 0, "inputrec", tpx.bIr ? &(ir) : NULL, FALSE);
 111
 112             indent = 0;
 113             pr_header(stdout, indent, "header", &(tpx));
 114
 115             if (!bSysTop)
 116             {
 117                 pr_mtop(stdout, indent, "topology", &(mtop), bShowNumbers);
 118             }
 119             else
 120             {
 121                 pr_top(stdout, indent, "topology", &(top), bShowNumbers);
 122             }
 123
 124             pr_rvecs(stdout, indent, "box", tpx.bBox ? state.box : NULL, DIM);
 125             pr_rvecs(stdout, indent, "box_rel", tpx.bBox ? state.box_rel : NULL, DIM);
 126             pr_rvecs(stdout, indent, "boxv", tpx.bBox ? state.boxv : NULL, DIM);
 127             pr_rvecs(stdout, indent, "pres_prev", tpx.bBox ? state.pres_prev : NULL, DIM);
 128             pr_rvecs(stdout, indent, "svir_prev", tpx.bBox ? state.svir_prev : NULL, DIM);
 129             pr_rvecs(stdout, indent, "fvir_prev", tpx.bBox ? state.fvir_prev : NULL, DIM);
 130             /* leave nosehoover_xi in for now to match the tpr version */
 131             pr_doubles(stdout, indent, "nosehoover_xi", state.nosehoover_xi, state.ngtc);
 132             /*pr_doubles(stdout,indent,"nosehoover_vxi",state.nosehoover_vxi,state.ngtc);*/
 133             /*pr_doubles(stdout,indent,"therm_integral",state.therm_integral,state.ngtc);*/
 134             pr_rvecs(stdout, indent, "x", tpx.bX ? state.x : NULL, state.natoms);
 135             pr_rvecs(stdout, indent, "v", tpx.bV ? state.v : NULL, state.natoms);
 136             if (tpx.bF)
 137             {
 138                 pr_rvecs(stdout, indent, "f", f, state.natoms);
 139             }
 140         }
 141
 142         groups = &mtop.groups;
 143
 144         snew(gcount, egcNR);
 145         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 146         {
 147             snew(gcount[i], groups->grps[i].nr);
 148         }
 149
 150         for (i = 0; (i < mtop.natoms); i++)
 151         {
 152             for (j = 0; (j < egcNR); j++)
 153             {
 154                 gcount[j][ggrpnr(groups, j, i)]++;
 155             }
 156         }
 157         printf("Group statistics\n");
 158         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 159         {
 160             atot = 0;
 161             printf("%-12s: ", gtypes[i]);
 162             for (j = 0; (j < groups->grps[i].nr); j++)
 163             {
 164                 printf("  %5d", gcount[i][j]);
 165                 atot += gcount[i][j];
 166             }
 167             printf("  (total %d atoms)\n", atot);
 168             sfree(gcount[i]);
 169         }
 170         sfree(gcount);
 171     }
 172     done_state(&state);
 173     sfree(f);
 174 }
 175
 176 static void list_top(const char *fn)
 177 {
 178     int       status, done;
 179 #define BUFLEN 256
 180     char      buf[BUFLEN];
 181     gmx_cpp_t handle;
 182     char     *cppopts[] = { NULL };
 183
 184     status = cpp_open_file(fn, &handle, cppopts);
 185     if (status != 0)
 186     {
 187         gmx_fatal(FARGS, cpp_error(&handle, status));
 188     }
 189     do
 190     {
 191         status = cpp_read_line(&handle, BUFLEN, buf);
 192         done   = (status == eCPP_EOF);
 193         if (!done)
 194         {
 195             if (status != eCPP_OK)
 196             {
 197                 gmx_fatal(FARGS, cpp_error(&handle, status));
 198             }
 199             else
 200             {
 201                 printf("%s\n", buf);
 202             }
 203         }
 204     }
 205     while (!done);
 206     status = cpp_close_file(&handle);
 207     if (status != eCPP_OK)
 208     {
 209         gmx_fatal(FARGS, cpp_error(&handle, status));
 210     }
 211 }
 212
 213 static void list_trn(const char *fn)
 214 {
 215     t_fileio       *fpread, *fpwrite;
 216     int             nframe, indent;
 217     char            buf[256];
 218     rvec           *x, *v, *f;
 219     matrix          box;
 220     t_trnheader     trn;
 221     gmx_bool        bOK;
 222
 223     fpread  = open_trn(fn, "r");
 224     fpwrite = open_tpx(NULL, "w");
 225     gmx_fio_setdebug(fpwrite, TRUE);
 226
 227     nframe = 0;
 228     while (fread_trnheader(fpread, &trn, &bOK))
 229     {
 230         snew(x, trn.natoms);
 231         snew(v, trn.natoms);
 232         snew(f, trn.natoms);
 233         if (fread_htrn(fpread, &trn,
 234                        trn.box_size ? box : NULL,
 235                        trn.x_size   ? x : NULL,
 236                        trn.v_size   ? v : NULL,
 237                        trn.f_size   ? f : NULL))
 238         {
 239             sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 240             indent = 0;
 241             indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 242             pr_indent(stdout, indent);
 243             fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10d  time=%12.7e  lambda=%10g\n",
 244                     trn.natoms, trn.step, trn.t, trn.lambda);
 245             if (trn.box_size)
 246             {
 247                 pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 248             }
 249             if (trn.x_size)
 250             {
 251                 pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, trn.natoms);
 252             }
 253             if (trn.v_size)
 254             {
 255                 pr_rvecs(stdout, indent, "v", v, trn.natoms);
 256             }
 257             if (trn.f_size)
 258             {
 259                 pr_rvecs(stdout, indent, "f", f, trn.natoms);
 260             }
 261         }
 262         else
 263         {
 264             fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame: nr %d, t=%g\n",
 265                     nframe, trn.t);
 266         }
 267
 268         sfree(x);
 269         sfree(v);
 270         sfree(f);
 271         nframe++;
 272     }
 273     if (!bOK)
 274     {
 275         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame header: nr %d, t=%g\n",
 276                 nframe, trn.t);
 277     }
 278     close_tpx(fpwrite);
 279     close_trn(fpread);
 280 }
 281
 282 void list_xtc(const char *fn)
 283 {
 284     t_fileio  *xd;
 285     int        indent;
 286     char       buf[256];
 287     rvec      *x;
 288     matrix     box;
 289     int        nframe, natoms, step;
 290     real       prec, time;
 291     gmx_bool   bOK;
 292
 293     xd = open_xtc(fn, "r");
 294     read_first_xtc(xd, &natoms, &step, &time, box, &x, &prec, &bOK);
 295
 296     nframe = 0;
 297     do
 298     {
 299         sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 300         indent = 0;
 301         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 302         pr_indent(stdout, indent);
 303         fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10d  time=%12.7e  prec=%10g\n",
 304                 natoms, step, time, prec);
 305         pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 306         pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, natoms);
 307         nframe++;
 308     }
 309     while (read_next_xtc(xd, natoms, &step, &time, box, x, &prec, &bOK));
 310     if (!bOK)
 311     {
 312         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g\n", time);
 313     }
 314     sfree(x);
 315     close_xtc(xd);
 316 }
 317
 318 /*! \brief Callback used by list_tng_for_gmx_dump. */
 319 static void list_tng_inner(const char *fn,
 320                            gmx_bool    bFirstFrame,
 321                            real       *values,
 322                            gmx_int64_t step,
 323                            double      frame_time,
 324                            gmx_int64_t n_values_per_frame,
 325                            gmx_int64_t n_atoms,
 326                            real        prec,
 327                            gmx_int64_t nframe,
 328                            char       *block_name)
 329 {
 330     char                 buf[256];
 331     int                  indent = 0;
 332
 333     if (bFirstFrame)
 334     {
 335         sprintf(buf, "%s frame %" GMX_PRId64, fn, nframe);
 336         indent = 0;
 337         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 338         pr_indent(stdout, indent);
 339         fprintf(stdout, "natoms=%10" GMX_PRId64 "  step=%10" GMX_PRId64 "  time=%12.7e",
 340                 n_atoms, step, frame_time);
 341         if (prec > 0)
 342         {
 343             fprintf(stdout, "  prec=%10g", prec);
 344         }
 345         fprintf(stdout, "\n");
 346     }
 347     pr_reals_of_dim(stdout, indent, block_name, values, n_atoms, n_values_per_frame);
 348 }
 349
 350 static void list_tng(const char gmx_unused *fn)
 351 {
 352 #ifdef GMX_USE_TNG
 353     tng_trajectory_t     tng;
 354     gmx_int64_t          nframe = 0;
 355     gmx_int64_t          i, *block_ids = NULL, step, ndatablocks;
 356     gmx_bool             bOK;
 357
 358     gmx_tng_open(fn, 'r', &tng);
 359     gmx_print_tng_molecule_system(tng, stdout);
 360
 361     bOK    = gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, -1,
 362                                                         0,
 363                                                         NULL,
 364                                                         &step, &ndatablocks,
 365                                                         &block_ids);
 366     do
 367     {
 368         for (i = 0; i < ndatablocks; i++)
 369         {
 370             double               frame_time;
 371             real                 prec, *values = NULL;
 372             gmx_int64_t          n_values_per_frame, n_atoms;
 373             char                 block_name[STRLEN];
 374
 375             gmx_get_tng_data_next_frame_of_block_type(tng, block_ids[i], &values,
 376                                                       &step, &frame_time,
 377                                                       &n_values_per_frame, &n_atoms,
 378                                                       &prec,
 379                                                       block_name, STRLEN, &bOK);
 380             if (!bOK)
 381             {
 382                 /* Can't write any output because we don't know what
 383                    arrays are valid. */
 384                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g, will not write output\n", frame_time);
 385             }
 386             else
 387             {
 388                 list_tng_inner(fn, (0 == i), values, step, frame_time,
 389                                n_values_per_frame, n_atoms, prec, nframe, block_name);
 390             }
 391         }
 392         nframe++;
 393     }
 394     while (gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, step,
 395                                                       0,
 396                                                       NULL,
 397                                                       &step,
 398                                                       &ndatablocks,
 399                                                       &block_ids));
 400
 401     if (block_ids)
 402     {
 403         sfree(block_ids);
 404     }
 405
 406     gmx_tng_close(&tng);
 407 #endif
 408 }
 409
 410 void list_trx(const char *fn)
 411 {
 412     int ftp;
 413
 414     ftp = fn2ftp(fn);
 415     if (ftp == efXTC)
 416     {
 417         list_xtc(fn);
 418     }
 419     else if ((ftp == efTRR) || (ftp == efTRJ))
 420     {
 421         list_trn(fn);
 422     }
 423     else if (ftp == efTNG)
 424     {
 425         list_tng(fn);
 426     }
 427     else
 428     {
 429         fprintf(stderr, "File %s is of an unsupported type. Try using the command\n 'less %s'\n",
 430                 fn, fn);
 431     }
 432 }
 433
 434 void list_ene(const char *fn)
 435 {
 436     int            ndr;
 437     ener_file_t    in;
 438     gmx_bool       bCont;
 439     gmx_enxnm_t   *enm = NULL;
 440     t_enxframe    *fr;
 441     int            i, j, nre, b;
 442     real           rav, minthird;
 443     char           buf[22];
 444
 445     printf("gmx dump: %s\n", fn);
 446     in = open_enx(fn, "r");
 447     do_enxnms(in, &nre, &enm);
 448     assert(enm);
 449
 450     printf("energy components:\n");
 451     for (i = 0; (i < nre); i++)
 452     {
 453         printf("%5d  %-24s (%s)\n", i, enm[i].name, enm[i].unit);
 454     }
 455
 456     minthird = -1.0/3.0;
 457     snew(fr, 1);
 458     do
 459     {
 460         bCont = do_enx(in, fr);
 461
 462         if (bCont)
 463         {
 464             printf("\n%24s  %12.5e  %12s  %12s\n", "time:",
 465                    fr->t, "step:", gmx_step_str(fr->step, buf));
 466             printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 467                    "", "", "nsteps:", gmx_step_str(fr->nsteps, buf));
 468             printf("%24s  %12.5e  %12s  %12s\n",
 469                    "delta_t:", fr->dt, "sum steps:", gmx_step_str(fr->nsum, buf));
 470             if (fr->nre == nre)
 471             {
 472                 printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 473                        "Component", "Energy", "Av. Energy", "Sum Energy");
 474                 if (fr->nsum > 0)
 475                 {
 476                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 477                     {
 478                         printf("%24s  %12.5e  %12.5e  %12.5e\n",
 479                                enm[i].name, fr->ener[i].e, fr->ener[i].eav,
 480                                fr->ener[i].esum);
 481                     }
 482                 }
 483                 else
 484                 {
 485                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 486                     {
 487                         printf("%24s  %12.5e\n",
 488                                enm[i].name, fr->ener[i].e);
 489                     }
 490                 }
 491             }
 492             for (b = 0; b < fr->nblock; b++)
 493             {
 494                 const char *typestr = "";
 495
 496                 t_enxblock *eb = &(fr->block[b]);
 497                 printf("Block data %2d (%3d subblocks, id=%d)\n",
 498                        b, eb->nsub, eb->id);
 499
 500                 if (eb->id < enxNR)
 501                 {
 502                     typestr = enx_block_id_name[eb->id];
 503                 }
 504                 printf("  id='%s'\n", typestr);
 505                 for (i = 0; i < eb->nsub; i++)
 506                 {
 507                     t_enxsubblock *sb = &(eb->sub[i]);
 508                     printf("  Sub block %3d (%5d elems, type=%s) values:\n",
 509                            i, sb->nr, xdr_datatype_names[sb->type]);
 510
 511                     switch (sb->type)
 512                     {
 513                         case xdr_datatype_float:
 514                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 515                             {
 516                                 printf("%14d   %8.4f\n", j, sb->fval[j]);
 517                             }
 518                             break;
 519                         case xdr_datatype_double:
 520                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 521                             {
 522                                 printf("%14d   %10.6f\n", j, sb->dval[j]);
 523                             }
 524                             break;
 525                         case xdr_datatype_int:
 526                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 527                             {
 528                                 printf("%14d %10d\n", j, sb->ival[j]);
 529                             }
 530                             break;
 531                         case xdr_datatype_int64:
 532                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 533                             {
 534                                 printf("%14d %s\n",
 535                                        j, gmx_step_str(sb->lval[j], buf));
 536                             }
 537                             break;
 538                         case xdr_datatype_char:
 539                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 540                             {
 541                                 printf("%14d %1c\n", j, sb->cval[j]);
 542                             }
 543                             break;
 544                         case xdr_datatype_string:
 545                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 546                             {
 547                                 printf("%14d %80s\n", j, sb->sval[j]);
 548                             }
 549                             break;
 550                         default:
 551                             gmx_incons("Unknown subblock type");
 552                     }
 553                 }
 554             }
 555         }
 556     }
 557     while (bCont);
 558
 559     close_enx(in);
 560
 561     free_enxframe(fr);
 562     sfree(fr);
 563     sfree(enm);
 564 }
 565
 566 static void list_mtx(const char *fn)
 567 {
 568     int                  nrow, ncol, i, j, k;
 569     real                *full   = NULL, value;
 570     gmx_sparsematrix_t * sparse = NULL;
 571
 572     gmx_mtxio_read(fn, &nrow, &ncol, &full, &sparse);
 573
 574     if (full == NULL)
 575     {
 576         snew(full, nrow*ncol);
 577         for (i = 0; i < nrow*ncol; i++)
 578         {
 579             full[i] = 0;
 580         }
 581
 582         for (i = 0; i < sparse->nrow; i++)
 583         {
 584             for (j = 0; j < sparse->ndata[i]; j++)
 585             {
 586                 k              = sparse->data[i][j].col;
 587                 value          = sparse->data[i][j].value;
 588                 full[i*ncol+k] = value;
 589                 full[k*ncol+i] = value;
 590             }
 591         }
 592         gmx_sparsematrix_destroy(sparse);
 593     }
 594
 595     printf("%d %d\n", nrow, ncol);
 596     for (i = 0; i < nrow; i++)
 597     {
 598         for (j = 0; j < ncol; j++)
 599         {
 600             printf(" %g", full[i*ncol+j]);
 601         }
 602         printf("\n");
 603     }
 604
 605     sfree(full);
 606 }
 607
 608 int gmx_dump(int argc, char *argv[])
 609 {
 610     const char *desc[] = {
 611         "[THISMODULE] reads a run input file ([TT].tpa[tt]/[TT].tpr[tt]/[TT].tpb[tt]),",
 612         "a trajectory ([TT].trj[tt]/[TT].trr[tt]/[TT].xtc[tt]), an energy",
 613         "file ([TT].ene[tt]/[TT].edr[tt]), or a checkpoint file ([TT].cpt[tt])",
 614         "and prints that to standard output in a readable format.",
 615         "This program is essential for checking your run input file in case of",
 616         "problems.[PAR]",
 617         "The program can also preprocess a topology to help finding problems.",
 618         "Note that currently setting [TT]GMXLIB[tt] is the only way to customize",
 619         "directories used for searching include files.",
 620     };
 621     const char *bugs[] = {
 622         "Position restraint output from -sys -s is broken"
 623     };
 624     t_filenm    fnm[] = {
 625         { efTPX, "-s", NULL, ffOPTRD },
 626         { efTRX, "-f", NULL, ffOPTRD },
 627         { efEDR, "-e", NULL, ffOPTRD },
 628         { efCPT, NULL, NULL, ffOPTRD },
 629         { efTOP, "-p", NULL, ffOPTRD },
 630         { efMTX, "-mtx", "hessian", ffOPTRD },
 631         { efMDP, "-om", NULL, ffOPTWR }
 632     };
 633 #define NFILE asize(fnm)
 634
 635     output_env_t    oenv;
 636     /* Command line options */
 637     static gmx_bool bShowNumbers = TRUE;
 638     static gmx_bool bSysTop      = FALSE;
 639     t_pargs         pa[]         = {
 640         { "-nr", FALSE, etBOOL, {&bShowNumbers}, "Show index numbers in output (leaving them out makes comparison easier, but creates a useless topology)" },
 641         { "-sys", FALSE, etBOOL, {&bSysTop}, "List the atoms and bonded interactions for the whole system instead of for each molecule type" }
 642     };
 643
 644     if (!parse_common_args(&argc, argv, 0, NFILE, fnm, asize(pa), pa,
 645                            asize(desc), desc, asize(bugs), bugs, &oenv))
 646     {
 647         return 0;
 648     }
 649
 650
 651     if (ftp2bSet(efTPX, NFILE, fnm))
 652     {
 653         list_tpx(ftp2fn(efTPX, NFILE, fnm), bShowNumbers,
 654                  ftp2fn_null(efMDP, NFILE, fnm), bSysTop);
 655     }
 656     else if (ftp2bSet(efTRX, NFILE, fnm))
 657     {
 658         list_trx(ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm));
 659     }
 660     else if (ftp2bSet(efEDR, NFILE, fnm))
 661     {
 662         list_ene(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm));
 663     }
 664     else if (ftp2bSet(efCPT, NFILE, fnm))
 665     {
 666         list_checkpoint(ftp2fn(efCPT, NFILE, fnm), stdout);
 667     }
 668     else if (ftp2bSet(efTOP, NFILE, fnm))
 669     {
 670         list_top(ftp2fn(efTOP, NFILE, fnm));
 671     }
 672     else if (ftp2bSet(efMTX, NFILE, fnm))
 673     {
 674         list_mtx(ftp2fn(efMTX, NFILE, fnm));
 675     }
 676
 677     return 0;
 678 }