src/gromacs/tools/convert_tpr.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "config.h"
  40
  41 #include <math.h>
  42
  43 #include "gromacs/legacyheaders/types/inputrec.h"
  44 #include "gromacs/legacyheaders/types/simple.h"
  45 #include "gromacs/legacyheaders/types/state.h"
  46 #include "gromacs/topology/index.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  49 #include "gromacs/gmxpreprocess/readir.h"
  50 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  51 #include "gromacs/legacyheaders/checkpoint.h"
  52 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  53 #include "gromacs/fileio/trnio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  55 #include "gromacs/utility/futil.h"
  56
  57 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  58 #include "gromacs/math/vec.h"
  59 #include "gromacs/random/random.h"
  60 #include "gromacs/topology/topology.h"
  61 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  62 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  63
  64 #define RANGECHK(i, n) if ((i) >= (n)) gmx_fatal(FARGS, "Your index file contains atomnumbers (e.g. %d)\nthat are larger than the number of atoms in the tpr file (%d)", (i), (n))
  65
  66 static gmx_bool *bKeepIt(int gnx, int natoms, atom_id index[])
  67 {
  68     gmx_bool *b;
  69     int       i;
  70
  71     snew(b, natoms);
  72     for (i = 0; (i < gnx); i++)
  73     {
  74         RANGECHK(index[i], natoms);
  75         b[index[i]] = TRUE;
  76     }
  77
  78     return b;
  79 }
  80
  81 static atom_id *invind(int gnx, int natoms, atom_id index[])
  82 {
  83     atom_id *inv;
  84     int      i;
  85
  86     snew(inv, natoms);
  87     for (i = 0; (i < gnx); i++)
  88     {
  89         RANGECHK(index[i], natoms);
  90         inv[index[i]] = i;
  91     }
  92
  93     return inv;
  94 }
  95
  96 static void reduce_block(gmx_bool bKeep[], t_block *block,
  97                          const char *name)
  98 {
  99     atom_id *index;
 100     int      i, j, newi, newj;
 101
 102     snew(index, block->nr);
 103
 104     newi = newj = 0;
 105     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
 106     {
 107         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
 108         {
 109             if (bKeep[j])
 110             {
 111                 newj++;
 112             }
 113         }
 114         if (newj > index[newi])
 115         {
 116             newi++;
 117             index[newi] = newj;
 118         }
 119     }
 120
 121     fprintf(stderr, "Reduced block %8s from %6d to %6d index-, %6d to %6d a-entries\n",
 122             name, block->nr, newi, block->index[block->nr], newj);
 123     block->index = index;
 124     block->nr    = newi;
 125 }
 126
 127 static void reduce_blocka(atom_id invindex[], gmx_bool bKeep[], t_blocka *block,
 128                           const char *name)
 129 {
 130     atom_id *index, *a;
 131     int      i, j, k, newi, newj;
 132
 133     snew(index, block->nr);
 134     snew(a, block->nra);
 135
 136     newi = newj = 0;
 137     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
 138     {
 139         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
 140         {
 141             k = block->a[j];
 142             if (bKeep[k])
 143             {
 144                 a[newj] = invindex[k];
 145                 newj++;
 146             }
 147         }
 148         if (newj > index[newi])
 149         {
 150             newi++;
 151             index[newi] = newj;
 152         }
 153     }
 154
 155     fprintf(stderr, "Reduced block %8s from %6d to %6d index-, %6d to %6d a-entries\n",
 156             name, block->nr, newi, block->nra, newj);
 157     block->index = index;
 158     block->a     = a;
 159     block->nr    = newi;
 160     block->nra   = newj;
 161 }
 162
 163 static void reduce_rvec(int gnx, atom_id index[], rvec vv[])
 164 {
 165     rvec *ptr;
 166     int   i;
 167
 168     snew(ptr, gnx);
 169     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 170     {
 171         copy_rvec(vv[index[i]], ptr[i]);
 172     }
 173     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 174     {
 175         copy_rvec(ptr[i], vv[i]);
 176     }
 177     sfree(ptr);
 178 }
 179
 180 static void reduce_atom(int gnx, atom_id index[], t_atom atom[], char ***atomname,
 181                         int *nres, t_resinfo *resinfo)
 182 {
 183     t_atom    *ptr;
 184     char    ***aname;
 185     t_resinfo *rinfo;
 186     int        i, nr;
 187
 188     snew(ptr, gnx);
 189     snew(aname, gnx);
 190     snew(rinfo, atom[index[gnx-1]].resind+1);
 191     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 192     {
 193         ptr[i]   = atom[index[i]];
 194         aname[i] = atomname[index[i]];
 195     }
 196     nr = -1;
 197     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 198     {
 199         atom[i]     = ptr[i];
 200         atomname[i] = aname[i];
 201         if ((i == 0) || (atom[i].resind != atom[i-1].resind))
 202         {
 203             nr++;
 204             rinfo[nr] = resinfo[atom[i].resind];
 205         }
 206         atom[i].resind = nr;
 207     }
 208     nr++;
 209     for (i = 0; (i < nr); i++)
 210     {
 211         resinfo[i] = rinfo[i];
 212     }
 213     *nres = nr;
 214
 215     sfree(aname);
 216     sfree(ptr);
 217     sfree(rinfo);
 218 }
 219
 220 static void reduce_ilist(atom_id invindex[], gmx_bool bKeep[],
 221                          t_ilist *il, int nratoms, const char *name)
 222 {
 223     t_iatom *ia;
 224     int      i, j, newnr;
 225     gmx_bool bB;
 226
 227     if (il->nr)
 228     {
 229         snew(ia, il->nr);
 230         newnr = 0;
 231         for (i = 0; (i < il->nr); i += nratoms+1)
 232         {
 233             bB = TRUE;
 234             for (j = 1; (j <= nratoms); j++)
 235             {
 236                 bB = bB && bKeep[il->iatoms[i+j]];
 237             }
 238             if (bB)
 239             {
 240                 ia[newnr++] = il->iatoms[i];
 241                 for (j = 1; (j <= nratoms); j++)
 242                 {
 243                     ia[newnr++] = invindex[il->iatoms[i+j]];
 244                 }
 245             }
 246         }
 247         fprintf(stderr, "Reduced ilist %8s from %6d to %6d entries\n",
 248                 name, il->nr/(nratoms+1),
 249                 newnr/(nratoms+1));
 250
 251         il->nr = newnr;
 252         for (i = 0; (i < newnr); i++)
 253         {
 254             il->iatoms[i] = ia[i];
 255         }
 256
 257         sfree(ia);
 258     }
 259 }
 260
 261 static void reduce_topology_x(int gnx, atom_id index[],
 262                               gmx_mtop_t *mtop, rvec x[], rvec v[])
 263 {
 264     t_topology   top;
 265     gmx_bool    *bKeep;
 266     atom_id     *invindex;
 267     int          i;
 268
 269     top      = gmx_mtop_t_to_t_topology(mtop);
 270     bKeep    = bKeepIt(gnx, top.atoms.nr, index);
 271     invindex = invind(gnx, top.atoms.nr, index);
 272
 273     reduce_block(bKeep, &(top.cgs), "cgs");
 274     reduce_block(bKeep, &(top.mols), "mols");
 275     reduce_blocka(invindex, bKeep, &(top.excls), "excls");
 276     reduce_rvec(gnx, index, x);
 277     reduce_rvec(gnx, index, v);
 278     reduce_atom(gnx, index, top.atoms.atom, top.atoms.atomname,
 279                 &(top.atoms.nres), top.atoms.resinfo);
 280
 281     for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 282     {
 283         reduce_ilist(invindex, bKeep, &(top.idef.il[i]),
 284                      interaction_function[i].nratoms,
 285                      interaction_function[i].name);
 286     }
 287
 288     top.atoms.nr = gnx;
 289
 290     mtop->nmoltype = 1;
 291     snew(mtop->moltype, mtop->nmoltype);
 292     mtop->moltype[0].name  = mtop->name;
 293     mtop->moltype[0].atoms = top.atoms;
 294     for (i = 0; i < F_NRE; i++)
 295     {
 296         mtop->moltype[0].ilist[i] = top.idef.il[i];
 297     }
 298     mtop->moltype[0].atoms = top.atoms;
 299     mtop->moltype[0].cgs   = top.cgs;
 300     mtop->moltype[0].excls = top.excls;
 301
 302     mtop->nmolblock = 1;
 303     snew(mtop->molblock, mtop->nmolblock);
 304     mtop->molblock[0].type       = 0;
 305     mtop->molblock[0].nmol       = 1;
 306     mtop->molblock[0].natoms_mol = top.atoms.nr;
 307     mtop->molblock[0].nposres_xA = 0;
 308     mtop->molblock[0].nposres_xB = 0;
 309
 310     mtop->natoms                 = top.atoms.nr;
 311 }
 312
 313 static void zeroq(atom_id index[], gmx_mtop_t *mtop)
 314 {
 315     int mt, i;
 316
 317     for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
 318     {
 319         for (i = 0; (i < mtop->moltype[mt].atoms.nr); i++)
 320         {
 321             mtop->moltype[mt].atoms.atom[index[i]].q  = 0;
 322             mtop->moltype[mt].atoms.atom[index[i]].qB = 0;
 323         }
 324     }
 325 }
 326
 327 int gmx_convert_tpr(int argc, char *argv[])
 328 {
 329     const char       *desc[] = {
 330         "[THISMODULE] can edit run input files in four ways.[PAR]",
 331         "[BB]1.[bb] by modifying the number of steps in a run input file",
 332         "with options [TT]-extend[tt], [TT]-until[tt] or [TT]-nsteps[tt]",
 333         "(nsteps=-1 means unlimited number of steps)[PAR]",
 334         "[BB]2.[bb] (OBSOLETE) by creating a run input file",
 335         "for a continuation run when your simulation has crashed due to e.g.",
 336         "a full disk, or by making a continuation run input file.",
 337         "This option is obsolete, since mdrun now writes and reads",
 338         "checkpoint files.",
 339         "[BB]Note[bb] that a frame with coordinates and velocities is needed.",
 340         "When pressure and/or Nose-Hoover temperature coupling is used",
 341         "an energy file can be supplied to get an exact continuation",
 342         "of the original run.[PAR]",
 343         "[BB]3.[bb] by creating a [TT].tpx[tt] file for a subset of your original",
 344         "tpx file, which is useful when you want to remove the solvent from",
 345         "your [TT].tpx[tt] file, or when you want to make e.g. a pure C[GRK]alpha[grk] [TT].tpx[tt] file.",
 346         "Note that you may need to use [TT]-nsteps -1[tt] (or similar) to get",
 347         "this to work.",
 348         "[BB]WARNING: this [TT].tpx[tt] file is not fully functional[bb].[PAR]",
 349         "[BB]4.[bb] by setting the charges of a specified group",
 350         "to zero. This is useful when doing free energy estimates",
 351         "using the LIE (Linear Interaction Energy) method."
 352     };
 353
 354     const char       *top_fn, *frame_fn;
 355     t_fileio         *fp;
 356     ener_file_t       fp_ener = NULL;
 357     t_trnheader       head;
 358     int               i;
 359     gmx_int64_t       nsteps_req, run_step, frame;
 360     double            run_t, state_t;
 361     gmx_bool          bOK, bNsteps, bExtend, bUntil, bTime, bTraj;
 362     gmx_bool          bFrame, bUse, bSel, bNeedEner, bReadEner, bScanEner, bFepState;
 363     gmx_mtop_t        mtop;
 364     t_atoms           atoms;
 365     t_inputrec       *ir, *irnew = NULL;
 366     t_gromppopts     *gopts;
 367     t_state           state;
 368     rvec             *newx = NULL, *newv = NULL, *tmpx, *tmpv;
 369     matrix            newbox;
 370     int               gnx;
 371     char             *grpname;
 372     atom_id          *index = NULL;
 373     int               nre;
 374     gmx_enxnm_t      *enm     = NULL;
 375     t_enxframe       *fr_ener = NULL;
 376     char              buf[200], buf2[200];
 377     output_env_t      oenv;
 378     t_filenm          fnm[] = {
 379         { efTPX, NULL,  NULL,    ffREAD  },
 380         { efTRN, "-f",  NULL,    ffOPTRD },
 381         { efEDR, "-e",  NULL,    ffOPTRD },
 382         { efNDX, NULL,  NULL,    ffOPTRD },
 383         { efTPX, "-o",  "tpxout", ffWRITE }
 384     };
 385 #define NFILE asize(fnm)
 386
 387     /* Command line options */
 388     static int      nsteps_req_int = 0;
 389     static real     start_t        = -1.0, extend_t = 0.0, until_t = 0.0;
 390     static int      init_fep_state = 0;
 391     static gmx_bool bContinuation  = TRUE, bZeroQ = FALSE, bVel = TRUE;
 392     static t_pargs  pa[]           = {
 393         { "-extend",        FALSE, etREAL, {&extend_t},
 394           "Extend runtime by this amount (ps)" },
 395         { "-until",         FALSE, etREAL, {&until_t},
 396           "Extend runtime until this ending time (ps)" },
 397         { "-nsteps",        FALSE, etINT,  {&nsteps_req_int},
 398           "Change the number of steps" },
 399         { "-time",          FALSE, etREAL, {&start_t},
 400           "Continue from frame at this time (ps) instead of the last frame" },
 401         { "-zeroq",         FALSE, etBOOL, {&bZeroQ},
 402           "Set the charges of a group (from the index) to zero" },
 403         { "-vel",           FALSE, etBOOL, {&bVel},
 404           "Require velocities from trajectory" },
 405         { "-cont",          FALSE, etBOOL, {&bContinuation},
 406           "For exact continuation, the constraints should not be applied before the first step" },
 407         { "-init_fep_state", FALSE, etINT, {&init_fep_state},
 408           "fep state to initialize from" },
 409     };
 410     int             nerror = 0;
 411
 412     /* Parse the command line */
 413     if (!parse_common_args(&argc, argv, 0, NFILE, fnm, asize(pa), pa,
 414                            asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
 415     {
 416         return 0;
 417     }
 418
 419     /* Convert int to gmx_int64_t */
 420     nsteps_req = nsteps_req_int;
 421     bNsteps    = opt2parg_bSet("-nsteps", asize(pa), pa);
 422     bExtend    = opt2parg_bSet("-extend", asize(pa), pa);
 423     bUntil     = opt2parg_bSet("-until", asize(pa), pa);
 424     bFepState  = opt2parg_bSet("-init_fep_state", asize(pa), pa);
 425     bTime      = opt2parg_bSet("-time", asize(pa), pa);
 426     bTraj      = (opt2bSet("-f", NFILE, fnm) || bTime);
 427
 428     top_fn = ftp2fn(efTPX, NFILE, fnm);
 429     fprintf(stderr, "Reading toplogy and stuff from %s\n", top_fn);
 430
 431     snew(ir, 1);
 432     read_tpx_state(top_fn, ir, &state, NULL, &mtop);
 433     run_step = ir->init_step;
 434     run_t    = ir->init_step*ir->delta_t + ir->init_t;
 435
 436     if (!EI_STATE_VELOCITY(ir->eI))
 437     {
 438         bVel = FALSE;
 439     }
 440
 441     if (bTraj)
 442     {
 443         fprintf(stderr, "\n"
 444                 "NOTE: Reading the state from trajectory is an obsolete feature of gmx convert-tpr.\n"
 445                 "      Continuation should be done by loading a checkpoint file with mdrun -cpi\n"
 446                 "      This guarantees that all state variables are transferred.\n"
 447                 "      gmx convert-tpr is now only useful for increasing nsteps,\n"
 448                 "      but even that can often be avoided by using mdrun -maxh\n"
 449                 "\n");
 450
 451         if (ir->bContinuation != bContinuation)
 452         {
 453             fprintf(stderr, "Modifying ir->bContinuation to %s\n",
 454                     bool_names[bContinuation]);
 455         }
 456         ir->bContinuation = bContinuation;
 457
 458
 459         bNeedEner = (ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN || ir->etc == etcNOSEHOOVER);
 460         bReadEner = (bNeedEner && ftp2bSet(efEDR, NFILE, fnm));
 461         bScanEner = (bReadEner && !bTime);
 462
 463         if (ir->epc != epcNO || EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD)
 464         {
 465             fprintf(stderr, "NOTE: The simulation uses pressure coupling and/or stochastic dynamics.\n"
 466                     "gmx convert-tpr can not provide binary identical continuation.\n"
 467                     "If you want that, supply a checkpoint file to mdrun\n\n");
 468         }
 469
 470         if (EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD)
 471         {
 472             fprintf(stderr, "\nChanging ld-seed from %"GMX_PRId64 " ", ir->ld_seed);
 473             ir->ld_seed = (gmx_int64_t)gmx_rng_make_seed();
 474             fprintf(stderr, "to %"GMX_PRId64 "\n\n", ir->ld_seed);
 475         }
 476
 477         frame_fn = ftp2fn(efTRN, NFILE, fnm);
 478
 479         if (fn2ftp(frame_fn) == efCPT)
 480         {
 481             int sim_part;
 482
 483             fprintf(stderr,
 484                     "\nREADING STATE FROM CHECKPOINT %s...\n\n",
 485                     frame_fn);
 486
 487             read_checkpoint_state(frame_fn, &sim_part,
 488                                   &run_step, &run_t, &state);
 489         }
 490         else
 491         {
 492             fprintf(stderr,
 493                     "\nREADING COORDS, VELS AND BOX FROM TRAJECTORY %s...\n\n",
 494                     frame_fn);
 495
 496             fp = open_trn(frame_fn, "r");
 497             if (bScanEner)
 498             {
 499                 fp_ener = open_enx(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm), "r");
 500                 do_enxnms(fp_ener, &nre, &enm);
 501                 snew(fr_ener, 1);
 502                 fr_ener->t = -1e-12;
 503             }
 504
 505             /* Now scan until the last set of x and v (step == 0)
 506              * or the ones at step step.
 507              */
 508             bFrame = TRUE;
 509             frame  = 0;
 510             while (bFrame)
 511             {
 512                 bFrame = fread_trnheader(fp, &head, &bOK);
 513                 if (bOK && frame == 0)
 514                 {
 515                     if (mtop.natoms != head.natoms)
 516                     {
 517                         gmx_fatal(FARGS, "Number of atoms in Topology (%d) "
 518                                   "is not the same as in Trajectory (%d)\n",
 519                                   mtop.natoms, head.natoms);
 520                     }
 521                     snew(newx, head.natoms);
 522                     snew(newv, head.natoms);
 523                 }
 524                 bFrame = bFrame && bOK;
 525                 if (bFrame)
 526                 {
 527                     bOK = fread_htrn(fp, &head, newbox, newx, newv, NULL);
 528                 }
 529                 bFrame = bFrame && bOK;
 530                 bUse   = FALSE;
 531                 if (bFrame &&
 532                     (head.x_size) && (head.v_size || !bVel))
 533                 {
 534                     bUse = TRUE;
 535                     if (bScanEner)
 536                     {
 537                         /* Read until the energy time is >= the trajectory time */
 538                         while (fr_ener->t < head.t && do_enx(fp_ener, fr_ener))
 539                         {
 540                             ;
 541                         }
 542                         bUse = (fr_ener->t == head.t);
 543                     }
 544                     if (bUse)
 545                     {
 546                         tmpx                  = newx;
 547                         newx                  = state.x;
 548                         state.x               = tmpx;
 549                         tmpv                  = newv;
 550                         newv                  = state.v;
 551                         state.v               = tmpv;
 552                         run_t                 = head.t;
 553                         run_step              = head.step;
 554                         state.fep_state       = head.fep_state;
 555                         state.lambda[efptFEP] = head.lambda;
 556                         copy_mat(newbox, state.box);
 557                     }
 558                 }
 559                 if (bFrame || !bOK)
 560                 {
 561                     sprintf(buf, "\r%s %s frame %s%s: step %s%s time %s",
 562                             "%s", "%s", "%6", GMX_PRId64, "%6", GMX_PRId64, " %8.3f");
 563                     fprintf(stderr, buf,
 564                             bUse ? "Read   " : "Skipped", ftp2ext(fn2ftp(frame_fn)),
 565                             frame, head.step, head.t);
 566                     frame++;
 567                     if (bTime && (head.t >= start_t))
 568                     {
 569                         bFrame = FALSE;
 570                     }
 571                 }
 572             }
 573             if (bScanEner)
 574             {
 575                 close_enx(fp_ener);
 576                 free_enxframe(fr_ener);
 577                 free_enxnms(nre, enm);
 578             }
 579             close_trn(fp);
 580             fprintf(stderr, "\n");
 581
 582             if (!bOK)
 583             {
 584                 fprintf(stderr, "%s frame %s (step %s, time %g) is incomplete\n",
 585                         ftp2ext(fn2ftp(frame_fn)), gmx_step_str(frame-1, buf2),
 586                         gmx_step_str(head.step, buf), head.t);
 587             }
 588             fprintf(stderr, "\nUsing frame of step %s time %g\n",
 589                     gmx_step_str(run_step, buf), run_t);
 590
 591             if (bNeedEner)
 592             {
 593                 if (bReadEner)
 594                 {
 595                     get_enx_state(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm), run_t, &mtop.groups, ir, &state);
 596                 }
 597                 else
 598                 {
 599                     fprintf(stderr, "\nWARNING: The simulation uses %s temperature and/or %s pressure coupling,\n"
 600                             "         the continuation will only be exact when an energy file is supplied\n\n",
 601                             ETCOUPLTYPE(etcNOSEHOOVER),
 602                             EPCOUPLTYPE(epcPARRINELLORAHMAN));
 603                 }
 604             }
 605             if (bFepState)
 606             {
 607                 ir->fepvals->init_fep_state = init_fep_state;
 608             }
 609         }
 610     }
 611
 612     if (bNsteps)
 613     {
 614         fprintf(stderr, "Setting nsteps to %s\n", gmx_step_str(nsteps_req, buf));
 615         ir->nsteps = nsteps_req;
 616     }
 617     else
 618     {
 619         /* Determine total number of steps remaining */
 620         if (bExtend)
 621         {
 622             ir->nsteps = ir->nsteps - (run_step - ir->init_step) + (gmx_int64_t)(extend_t/ir->delta_t + 0.5);
 623             printf("Extending remaining runtime of by %g ps (now %s steps)\n",
 624                    extend_t, gmx_step_str(ir->nsteps, buf));
 625         }
 626         else if (bUntil)
 627         {
 628             printf("nsteps = %s, run_step = %s, current_t = %g, until = %g\n",
 629                    gmx_step_str(ir->nsteps, buf),
 630                    gmx_step_str(run_step, buf2),
 631                    run_t, until_t);
 632             ir->nsteps = (gmx_int64_t)((until_t - run_t)/ir->delta_t + 0.5);
 633             printf("Extending remaining runtime until %g ps (now %s steps)\n",
 634                    until_t, gmx_step_str(ir->nsteps, buf));
 635         }
 636         else
 637         {
 638             ir->nsteps -= run_step - ir->init_step;
 639             /* Print message */
 640             printf("%s steps (%g ps) remaining from first run.\n",
 641                    gmx_step_str(ir->nsteps, buf), ir->nsteps*ir->delta_t);
 642         }
 643     }
 644
 645     if (bNsteps || bZeroQ || (ir->nsteps > 0))
 646     {
 647         ir->init_step = run_step;
 648
 649         if (ftp2bSet(efNDX, NFILE, fnm) ||
 650             !(bNsteps || bExtend || bUntil || bTraj))
 651         {
 652             atoms = gmx_mtop_global_atoms(&mtop);
 653             get_index(&atoms, ftp2fn_null(efNDX, NFILE, fnm), 1,
 654                       &gnx, &index, &grpname);
 655             if (!bZeroQ)
 656             {
 657                 bSel = (gnx != state.natoms);
 658                 for (i = 0; ((i < gnx) && (!bSel)); i++)
 659                 {
 660                     bSel = (i != index[i]);
 661                 }
 662             }
 663             else
 664             {
 665                 bSel = FALSE;
 666             }
 667             if (bSel)
 668             {
 669                 fprintf(stderr, "Will write subset %s of original tpx containing %d "
 670                         "atoms\n", grpname, gnx);
 671                 reduce_topology_x(gnx, index, &mtop, state.x, state.v);
 672                 state.natoms = gnx;
 673             }
 674             else if (bZeroQ)
 675             {
 676                 zeroq(index, &mtop);
 677                 fprintf(stderr, "Zero-ing charges for group %s\n", grpname);
 678             }
 679             else
 680             {
 681                 fprintf(stderr, "Will write full tpx file (no selection)\n");
 682             }
 683         }
 684
 685         state_t = ir->init_t + ir->init_step*ir->delta_t;
 686         sprintf(buf,   "Writing statusfile with starting step %s%s and length %s%s steps...\n", "%10", GMX_PRId64, "%10", GMX_PRId64);
 687         fprintf(stderr, buf, ir->init_step, ir->nsteps);
 688         fprintf(stderr, "                                 time %10.3f and length %10.3f ps\n",
 689                 state_t, ir->nsteps*ir->delta_t);
 690         write_tpx_state(opt2fn("-o", NFILE, fnm), ir, &state, &mtop);
 691     }
 692     else
 693     {
 694         printf("You've simulated long enough. Not writing tpr file\n");
 695     }
 696
 697     return 0;
 698 }