src/gromacs/selection/tests/toputils.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements test helper routines from toputils.h.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_selection
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "toputils.h"
  45
  46 #include <cstring>
  47
  48 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  49 #include "gromacs/fileio/trx.h"
  50 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  51 #include "gromacs/math/vec.h"
  52 #include "gromacs/topology/atoms.h"
  53 #include "gromacs/topology/topology.h"
  54 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  55 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  56 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  57
  58 #include "testutils/testfilemanager.h"
  59
  60 namespace gmx
  61 {
  62 namespace test
  63 {
  64
  65 TopologyManager::TopologyManager()
  66     : top_(NULL), frame_(NULL)
  67 {
  68 }
  69
  70 TopologyManager::~TopologyManager()
  71 {
  72     if (top_ != NULL)
  73     {
  74         free_t_atoms(&top_->atoms, TRUE);
  75         done_top(top_);
  76         sfree(top_);
  77     }
  78
  79     if (frame_ != NULL)
  80     {
  81         sfree(frame_->x);
  82         sfree(frame_->v);
  83         sfree(frame_->f);
  84         sfree(frame_);
  85     }
  86 }
  87
  88 void TopologyManager::requestFrame()
  89 {
  90     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL,
  91                        "Frame must be requested before initializing topology");
  92     if (frame_ == NULL)
  93     {
  94         snew(frame_, 1);
  95     }
  96 }
  97
  98 void TopologyManager::requestVelocities()
  99 {
 100     GMX_RELEASE_ASSERT(frame_ != NULL,
 101                        "Velocities requested before requesting a frame");
 102     frame_->bV = TRUE;
 103     if (frame_->natoms > 0)
 104     {
 105         snew(frame_->v, frame_->natoms);
 106     }
 107 }
 108
 109 void TopologyManager::requestForces()
 110 {
 111     GMX_RELEASE_ASSERT(frame_ != NULL,
 112                        "Forces requested before requesting a frame");
 113     frame_->bF = TRUE;
 114     if (frame_->natoms > 0)
 115     {
 116         snew(frame_->f, frame_->natoms);
 117     }
 118 }
 119
 120 void TopologyManager::loadTopology(const char *filename)
 121 {
 122     char    title[STRLEN];
 123     int     ePBC;
 124     rvec   *xtop = NULL;
 125     matrix  box;
 126
 127     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL, "Topology initialized more than once");
 128     snew(top_, 1);
 129     read_tps_conf(gmx::test::TestFileManager::getInputFilePath(filename).c_str(),
 130                   title, top_, &ePBC, frame_ != NULL ? &xtop : NULL,
 131                   NULL, box, FALSE);
 132
 133     if (frame_ != NULL)
 134     {
 135         frame_->flags  = TRX_NEED_X;
 136         frame_->natoms = top_->atoms.nr;
 137         frame_->bX     = TRUE;
 138         snew(frame_->x, frame_->natoms);
 139         std::memcpy(frame_->x, xtop, sizeof(*frame_->x) * frame_->natoms);
 140         frame_->bBox   = TRUE;
 141         copy_mat(box, frame_->box);
 142     }
 143
 144     sfree(xtop);
 145 }
 146
 147 void TopologyManager::initAtoms(int count)
 148 {
 149     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL, "Topology initialized more than once");
 150     snew(top_, 1);
 151     init_t_atoms(&top_->atoms, count, FALSE);
 152     for (int i = 0; i < count; ++i)
 153     {
 154         top_->atoms.atom[i].m = (i % 3 == 0 ? 2.0 : 1.0);
 155     }
 156     if (frame_ != NULL)
 157     {
 158         frame_->flags  = TRX_NEED_X;
 159         frame_->natoms = count;
 160         frame_->bX     = TRUE;
 161         snew(frame_->x, count);
 162         if (frame_->bV)
 163         {
 164             snew(frame_->v, count);
 165         }
 166         if (frame_->bF)
 167         {
 168             snew(frame_->f, count);
 169         }
 170     }
 171 }
 172
 173 void TopologyManager::initAtomTypes(int count, const char *const types[])
 174 {
 175     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 176     atomtypes_.reserve(count);
 177     for (int i = 0; i < count; ++i)
 178     {
 179         atomtypes_.push_back(gmx_strdup(types[i]));
 180     }
 181     snew(top_->atoms.atomtype, top_->atoms.nr);
 182     for (int i = 0, j = 0; i < top_->atoms.nr; ++i, ++j)
 183     {
 184         if (j == count)
 185         {
 186             j = 0;
 187         }
 188         top_->atoms.atomtype[i] = &atomtypes_[j];
 189     }
 190 }
 191
 192 void TopologyManager::initUniformResidues(int residueSize)
 193 {
 194     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 195     int residueIndex = -1;
 196     for (int i = 0; i < top_->atoms.nr; ++i)
 197     {
 198         if (i % residueSize == 0)
 199         {
 200             ++residueIndex;
 201         }
 202         top_->atoms.atom[i].resind = residueIndex;
 203     }
 204 }
 205
 206 void TopologyManager::initUniformMolecules(int moleculeSize)
 207 {
 208     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 209     int index = 0;
 210     top_->mols.nalloc_index = (top_->atoms.nr + moleculeSize - 1) / moleculeSize + 1;
 211     snew(top_->mols.index, top_->mols.nalloc_index);
 212     top_->mols.nr = 0;
 213     while (index < top_->atoms.nr)
 214     {
 215         top_->mols.index[top_->mols.nr] = index;
 216         ++top_->mols.nr;
 217         index += moleculeSize;
 218     }
 219     top_->mols.index[top_->mols.nr] = top_->atoms.nr;
 220 }
 221
 222 } // namespace test
 223 } // namespace gmx