src/gromacs/selection/selvalue.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2009,2010,2011,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Declares ::gmx_ana_selvalue_t.
  38  *
  39  * There should be no need to use the data structures in this file directly
  40  * unless implementing a custom selection routine.
  41  *
  42  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  43  * \ingroup module_selection
  44  */
  45 #ifndef GMX_SELECTION_SELVALUE_H
  46 #define GMX_SELECTION_SELVALUE_H
  47
  48 #include "../utility/real.h"
  49
  50 /** Defines the value type of a different selection objects. */
  51 typedef enum
  52 {
  53     NO_VALUE,           /**< No value; either an error condition or an boolean
  54                              parameter. */
  55     INT_VALUE,          /**< One or more integer values. */
  56     REAL_VALUE,         /**< One or more real values. */
  57     STR_VALUE,          /**< One or more string values. */
  58     POS_VALUE,          /**< One or more position values. */
  59     GROUP_VALUE         /**< One group of atoms. */
  60 } e_selvalue_t;
  61
  62 /*! \internal
  63  * \brief
  64  * Describes a value of a selection expression or of a selection method
  65  * parameter.
  66  *
  67  * Which field in the union is used depends on the \p type.
  68  */
  69 typedef struct gmx_ana_selvalue_t
  70 {
  71     /** Type of the value. */
  72     e_selvalue_t                type;
  73     /*! \brief
  74      * Number of values in the array pointed by the union.
  75      *
  76      * Note that for position and group values, it is the number of
  77      * data structures in the array, not the number of positions or
  78      * the number of atoms in the group.
  79      */
  80     int                         nr;
  81     /** Pointer to the value. */
  82     union {
  83         /*! \brief
  84          * Generic pointer for operations that do not need type information.
  85          *
  86          * Needs to be the first member to be able to use initialized arrays.
  87          */
  88         void                   *ptr;
  89         /** Integer value(s) (type \ref INT_VALUE). */
  90         int                    *i;
  91         /** Real value(s) (type \ref REAL_VALUE). */
  92         real                   *r;
  93         /** String value(s) (type \ref STR_VALUE). */
  94         char                  **s;
  95         /** Structure for the position value(s) (type \ref POS_VALUE). */
  96         struct gmx_ana_pos_t   *p;
  97         /** Group value (type \ref GROUP_VALUE). */
  98         struct gmx_ana_index_t *g;
  99         /** Boolean value (only parameters of type \ref NO_VALUE); */
 100         bool                   *b;
 101     }                           u;
 102     /*! \brief
 103      * Number of elements allocated for the value array.
 104      */
 105     int                         nalloc;
 106 } gmx_ana_selvalue_t;
 107
 108 /** Initializes an empty selection value structure. */
 109 void
 110 _gmx_selvalue_clear(gmx_ana_selvalue_t *val);
 111 /** Reserve memory for storing selection values. */
 112 int
 113 _gmx_selvalue_reserve(gmx_ana_selvalue_t *val, int n);
 114 /** Sets the memory for storing selection values. */
 115 int
 116 _gmx_selvalue_setstore(gmx_ana_selvalue_t *val, void *ptr);
 117 /** Sets the memory for storing selection values and marks it for automatic freeing. */
 118 int
 119 _gmx_selvalue_setstore_alloc(gmx_ana_selvalue_t *val, void *ptr, int nalloc);
 120
 121 #endif