src/gromacs/options/filenameoptionmanager.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements gmx::FileNameOptionManager.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_options
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "filenameoptionmanager.h"
  45
  46 #include <cstring>
  47
  48 #include <string>
  49
  50 #include "gromacs/fileio/filenm.h"
  51 #include "gromacs/options/basicoptions.h"
  52 #include "gromacs/options/filenameoption.h"
  53 #include "gromacs/options/options.h"
  54 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  55 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  56 #include "gromacs/utility/fileredirector.h"
  57 #include "gromacs/utility/path.h"
  58 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  59
  60 namespace gmx
  61 {
  62
  63 namespace
  64 {
  65
  66 //! Extensions that are recognized as compressed files.
  67 const char *const c_compressedExtensions[] =
  68 { ".gz", ".Z" };
  69
  70 /********************************************************************
  71  * Helper functions
  72  */
  73
  74 /*! \brief
  75  * Adds an extension to \p prefix if it results in an existing file.
  76  *
  77  * Tries to add each extension for this file type to \p prefix and
  78  * checks whether this results in an existing file.
  79  * The first match is returned.
  80  * Returns an empty string if no existing file is found.
  81  */
  82 std::string findExistingExtension(const std::string                  &prefix,
  83                                   const FileNameOptionInfo           &option,
  84                                   const IFileInputRedirector         *redirector)
  85 {
  86     ConstArrayRef<int>                 types = option.fileTypes();
  87     ConstArrayRef<int>::const_iterator i;
  88     for (i = types.begin(); i != types.end(); ++i)
  89     {
  90         std::string testFilename(prefix + ftp2ext_with_dot(*i));
  91         if (redirector->fileExists(testFilename))
  92         {
  93             return testFilename;
  94         }
  95     }
  96     return std::string();
  97 }
  98
  99 }   // namespace
 100
 101 /********************************************************************
 102  * FileNameOptionManager::Impl
 103  */
 104
 105 /*! \internal \brief
 106  * Private implemention class for FileNameOptionManager.
 107  *
 108  * \ingroup module_options
 109  */
 110 class FileNameOptionManager::Impl
 111 {
 112     public:
 113         Impl()
 114             : redirector_(&defaultFileInputRedirector()),
 115               bInputCheckingDisabled_(false)
 116         {
 117         }
 118
 119         //! Redirector for file existence checks.
 120         const IFileInputRedirector         *redirector_;
 121         //! Global default file name, if set.
 122         std::string                         defaultFileName_;
 123         //! Whether input option processing has been disabled.
 124         bool                                bInputCheckingDisabled_;
 125 };
 126
 127 /********************************************************************
 128  * FileNameOptionManager
 129  */
 130
 131 FileNameOptionManager::FileNameOptionManager()
 132     : impl_(new Impl())
 133 {
 134 }
 135
 136 FileNameOptionManager::~FileNameOptionManager()
 137 {
 138 }
 139
 140 void FileNameOptionManager::setInputRedirector(
 141         const IFileInputRedirector *redirector)
 142 {
 143     impl_->redirector_ = redirector;
 144 }
 145
 146 void FileNameOptionManager::disableInputOptionChecking(bool bDisable)
 147 {
 148     impl_->bInputCheckingDisabled_ = bDisable;
 149 }
 150
 151 void FileNameOptionManager::addDefaultFileNameOption(
 152         Options *options, const char *name)
 153 {
 154     options->addOption(
 155             StringOption(name).store(&impl_->defaultFileName_)
 156                 .description("Set the default filename for all file options"));
 157 }
 158
 159 std::string FileNameOptionManager::completeFileName(
 160         const std::string &value, const FileNameOptionInfo &option)
 161 {
 162     const bool bAllowMissing = option.allowMissing();
 163     const bool bInput
 164         = option.isInputFile() || option.isInputOutputFile();
 165     // Currently, directory options are simple, and don't need any
 166     // special processing.
 167     // TODO: Consider splitting them into a separate DirectoryOption.
 168     if (option.isDirectoryOption())
 169     {
 170         if (!impl_->bInputCheckingDisabled_ && bInput && !bAllowMissing
 171             && !Directory::exists(value))
 172         {
 173             std::string message
 174                 = formatString("Directory '%s' does not exist or is not accessible.",
 175                                value.c_str());
 176             // TODO: Get actual errno value from the attempt to open the file
 177             // to provide better feedback to the user.
 178             GMX_THROW(InvalidInputError(message));
 179         }
 180         return value;
 181     }
 182     const int fileType = fn2ftp(value.c_str());
 183     if (bInput && !impl_->bInputCheckingDisabled_)
 184     {
 185         if (fileType == efNR && impl_->redirector_->fileExists(value))
 186         {
 187             ConstArrayRef<const char *>                 compressedExtensions(c_compressedExtensions);
 188             ConstArrayRef<const char *>::const_iterator ext;
 189             for (ext = compressedExtensions.begin(); ext != compressedExtensions.end(); ++ext)
 190             {
 191                 if (endsWith(value, *ext))
 192                 {
 193                     std::string newValue = value.substr(0, value.length() - std::strlen(*ext));
 194                     if (option.isValidType(fn2ftp(newValue.c_str())))
 195                     {
 196                         return newValue;
 197                     }
 198                     else
 199                     {
 200                         return std::string();
 201                     }
 202                 }
 203             }
 204             // VMD plugins may be able to read the file.
 205             if (option.isInputFile() && option.isTrajectoryOption())
 206             {
 207                 return value;
 208             }
 209         }
 210         else if (fileType == efNR)
 211         {
 212             const std::string processedValue
 213                 = findExistingExtension(value, option, impl_->redirector_);
 214             if (!processedValue.empty())
 215             {
 216                 return processedValue;
 217             }
 218             if (bAllowMissing)
 219             {
 220                 return value + option.defaultExtension();
 221             }
 222             else if (option.isLibraryFile())
 223             {
 224                 // TODO: Treat also library files here.
 225                 return value + option.defaultExtension();
 226             }
 227             else
 228             {
 229                 std::string message
 230                     = formatString("File '%s' does not exist or is not accessible.\n"
 231                                    "The following extensions were tried to complete the file name:\n  %s",
 232                                    value.c_str(), joinStrings(option.extensions(), ", ").c_str());
 233                 GMX_THROW(InvalidInputError(message));
 234             }
 235         }
 236         else if (option.isValidType(fileType))
 237         {
 238             if (option.isLibraryFile())
 239             {
 240                 // TODO: Treat also library files.
 241             }
 242             else if (!bAllowMissing && !impl_->redirector_->fileExists(value))
 243             {
 244                 std::string message
 245                     = formatString("File '%s' does not exist or is not accessible.",
 246                                    value.c_str());
 247                 // TODO: Get actual errno value from the attempt to open the file
 248                 // to provide better feedback to the user.
 249                 GMX_THROW(InvalidInputError(message));
 250             }
 251             return value;
 252         }
 253     }
 254     else // Not an input file
 255     {
 256         if (fileType == efNR)
 257         {
 258             return value + option.defaultExtension();
 259         }
 260         else if (option.isValidType(fileType))
 261         {
 262             return value;
 263         }
 264     }
 265     return std::string();
 266 }
 267
 268 std::string FileNameOptionManager::completeDefaultFileName(
 269         const std::string &prefix, const FileNameOptionInfo &option)
 270 {
 271     if (option.isDirectoryOption())
 272     {
 273         return std::string();
 274     }
 275     const bool        bInput = option.isInputFile() || option.isInputOutputFile();
 276     const std::string realPrefix
 277         = !impl_->defaultFileName_.empty() ? impl_->defaultFileName_ : prefix;
 278     if (bInput && !impl_->bInputCheckingDisabled_)
 279     {
 280         const std::string completedName
 281             = findExistingExtension(realPrefix, option, impl_->redirector_);
 282         if (!completedName.empty())
 283         {
 284             return completedName;
 285         }
 286         if (option.allowMissing())
 287         {
 288             return realPrefix + option.defaultExtension();
 289         }
 290         else if (option.isLibraryFile())
 291         {
 292             // TODO: Treat also library files here.
 293             return realPrefix + option.defaultExtension();
 294         }
 295         else if (option.isSet())
 296         {
 297             std::string message
 298                 = formatString("No file name was provided, and the default file "
 299                                "'%s' does not exist or is not accessible.\n"
 300                                "The following extensions were tried to complete the file name:\n  %s",
 301                                prefix.c_str(), joinStrings(option.extensions(), ", ").c_str());
 302             GMX_THROW(InvalidInputError(message));
 303         }
 304         else if (option.isRequired())
 305         {
 306             std::string message
 307                 = formatString("Required option was not provided, and the default file "
 308                                "'%s' does not exist or is not accessible.\n"
 309                                "The following extensions were tried to complete the file name:\n  %s",
 310                                prefix.c_str(), joinStrings(option.extensions(), ", ").c_str());
 311             GMX_THROW(InvalidInputError(message));
 312         }
 313         // We get here with the legacy optional behavior.
 314     }
 315     return realPrefix + option.defaultExtension();
 316 }
 317
 318 } // namespace gmx