src/gromacs/mdtypes/state_propagator_data_gpu_impl.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  *
  37  * \brief Declaration of low-level functions and fields of GPU state propagator object.
  38  *
  39  * \author Artem Zhmurov <zhmurov@gmail.com>
  40  *
  41  * \ingroup module_mdtypes
  42  */
  43 #ifndef GMX_MDTYPES_STATE_PROPAGATOR_DATA_GPU_IMPL_H
  44 #define GMX_MDTYPES_STATE_PROPAGATOR_DATA_GPU_IMPL_H
  45
  46 #include "gmxpre.h"
  47
  48 #include "config.h"
  49
  50 #include <memory>
  51
  52 #include "gromacs/gpu_utils/devicebuffer.h"
  53 #include "gromacs/gpu_utils/gpueventsynchronizer.h"
  54 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  55 #include "gromacs/mdtypes/state_propagator_data_gpu.h"
  56 #include "gromacs/utility/enumerationhelpers.h"
  57
  58 struct gmx_wallcycle;
  59
  60 namespace gmx
  61 {
  62
  63 class StatePropagatorDataGpu::Impl
  64 {
  65 public:
  66     Impl();
  67
  68
  69     /*! \brief Constructor
  70      *
  71      * The buffers are reallocated only at the reinit call, the padding is
  72      * used there for the coordinates buffer. It is needed for PME and added at
  73      * the end of the buffer. It is assumed that if the rank has PME duties on the
  74      * GPU, all coordinates are copied to the GPU and hence, for this rank, the
  75      * coordinates buffer is not split into local and non-local ranges. For other
  76      * ranks, the padding size is zero. This works because only one rank ever does
  77      * PME work on the GPU, and if that rank also does PP work that is the only
  78      * rank. So all coordinates are always transferred.
  79      *
  80      * In OpenCL, only pmeStream is used since it is the only stream created in
  81      * PME context. The local and non-local streams are only needed when buffer
  82      * ops are offloaded. This feature is currently not available in OpenCL and
  83      * hence these streams are not set in these builds.
  84      *
  85      *  \param[in] deviceStreamManager         Object that owns the DeviceContext and DeviceStreams.
  86      *  \param[in] transferKind                H2D/D2H transfer call behavior (synchronous or not).
  87      *  \param[in] allocationBlockSizeDivisor  Determines the padding size for coordinates buffer.
  88      *  \param[in] wcycle                      Wall cycle counter data.
  89      */
  90     Impl(const DeviceStreamManager& deviceStreamManager,
  91          GpuApiCallBehavior         transferKind,
  92          int                        allocationBlockSizeDivisor,
  93          gmx_wallcycle*             wcycle);
  94
  95     /*! \brief Constructor to use in PME-only rank and in tests.
  96      *
  97      *  This constructor should be used if only a coordinate device buffer should be managed
  98      *  using a single stream. Any operation on force or velocity buffer as well as copy of
  99      *  non-local coordinates will exit with assertion failure. Note, that the pmeStream can
 100      *  not be a nullptr and the constructor will exit with an assertion failure.
 101      *
 102      *  \todo Currently, unsupported copy operations are blocked by assertion that the stream
 103      *        not nullptr. This should be improved.
 104      *
 105      *  \param[in] pmeStream       Device PME stream, nullptr is not allowed.
 106      *  \param[in] deviceContext   Device context, nullptr allowed for non-OpenCL builds.
 107      *  \param[in] transferKind    H2D/D2H transfer call behavior (synchronous or not).
 108      *  \param[in] allocationBlockSizeDivisor  Determines the padding size for coordinates buffer.
 109      *  \param[in] wcycle          Wall cycle counter data.
 110      */
 111     Impl(const DeviceStream*  pmeStream,
 112          const DeviceContext& deviceContext,
 113          GpuApiCallBehavior   transferKind,
 114          int                  allocationBlockSizeDivisor,
 115          gmx_wallcycle*       wcycle);
 116
 117     ~Impl();
 118
 119
 120     /*! \brief Set the ranges for local and non-local atoms and reallocates buffers.
 121      *
 122      * Reallocates coordinate, velocities and force buffers on the device.
 123      *
 124      * \note
 125      * The coordinates buffer is (re)allocated, when required by PME, with a padding,
 126      * the size of which is set by the constructor. The padding region clearing kernel
 127      * is scheduled in the \p pmeStream_ (unlike the coordinates H2D) as only the PME
 128      * task uses this padding area.
 129      *
 130      * \note
 131      * The force buffer is cleared if its size increases, so that previously unused
 132      * memory is cleared before forces are accumulated.
 133      *
 134      *  \param[in] numAtomsLocal  Number of atoms in local domain.
 135      *  \param[in] numAtomsAll    Total number of atoms to handle.
 136      */
 137     void reinit(int numAtomsLocal, int numAtomsAll);
 138
 139     /*! \brief Returns the range of atoms to be copied based on the copy type (all, local or non-local).
 140      *
 141      * \todo There are at least three versions of the function with this functionality in the code:
 142      *       this one and two more in NBNXM. These should be unified in a shape of a general function
 143      *       in DD.
 144      *
 145      * \param[in]  atomLocality    If all, local or non-local ranges are needed.
 146      *
 147      * \returns Tuple, containing the index of the first atom in the range and the total number of atoms in the range.
 148      */
 149     std::tuple<int, int> getAtomRangesFromAtomLocality(AtomLocality atomLocality) const;
 150
 151
 152     /*! \brief Get the positions buffer on the GPU.
 153      *
 154      *  \returns GPU positions buffer.
 155      */
 156     DeviceBuffer<RVec> getCoordinates();
 157
 158     /*! \brief Copy positions to the GPU memory.
 159      *
 160      *  \param[in] h_x           Positions in the host memory.
 161      *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 162      */
 163     void copyCoordinatesToGpu(gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> h_x, AtomLocality atomLocality);
 164
 165     /*! \brief Get the event synchronizer of the coordinates ready for the consumption on the device.
 166      *
 167      * Returns the event synchronizer which indicates that the coordinates are ready for the
 168      * consumption on the device. Takes into account that the producer may be different.
 169      *
 170      * If the update is offloaded, and the current step is not a DD/search step, the returned
 171      * synchronizer indicates the completion of GPU update-constraint kernels. Otherwise, on search
 172      * steps and if update is not offloaded, the coordinates are provided by the H2D copy and the
 173      * returned synchronizer indicates that the copy is complete.
 174      *
 175      *  \param[in] atomLocality    Locality of the particles to wait for.
 176      *  \param[in] simulationWork  The simulation lifetime flags.
 177      *  \param[in] stepWork        The step lifetime flags.
 178      *  \param[in] gpuCoordinateHaloLaunched Event recorded when GPU coordinate halo has been launched.
 179      *
 180      *  \returns  The event to synchronize the stream that consumes coordinates on device.
 181      */
 182     GpuEventSynchronizer* getCoordinatesReadyOnDeviceEvent(AtomLocality              atomLocality,
 183                                                            const SimulationWorkload& simulationWork,
 184                                                            const StepWorkload&       stepWork,
 185                                                            GpuEventSynchronizer* gpuCoordinateHaloLaunched = nullptr);
 186
 187     /*! \brief Blocking wait until coordinates are copied to the device.
 188      *
 189      * Synchronizes the stream in which the copy was executed.
 190      *
 191      *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to wait for.
 192      */
 193     void waitCoordinatesCopiedToDevice(AtomLocality atomLocality);
 194
 195     /*! \brief Setter for the event synchronizer for the update is done on th GPU
 196      *
 197      *  \param[in] xUpdatedOnDeviceEvent  The event to synchronize the stream coordinates wre updated on device.
 198      */
 199     void setXUpdatedOnDeviceEvent(GpuEventSynchronizer* xUpdatedOnDeviceEvent);
 200
 201     /*! \brief Copy positions from the GPU memory, with an optional explicit dependency.
 202      *
 203      *  \param[in] h_x           Positions buffer in the host memory.
 204      *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 205      *  \param[in] dependency    Dependency event for this operation.
 206      */
 207     void copyCoordinatesFromGpu(gmx::ArrayRef<gmx::RVec> h_x,
 208                                 AtomLocality             atomLocality,
 209                                 GpuEventSynchronizer*    dependency = nullptr);
 210
 211     /*! \brief Wait until coordinates are available on the host.
 212      *
 213      *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to wait for.
 214      */
 215     void waitCoordinatesReadyOnHost(AtomLocality atomLocality);
 216
 217
 218     /*! \brief Get the velocities buffer on the GPU.
 219      *
 220      *  \returns GPU velocities buffer.
 221      */
 222     DeviceBuffer<RVec> getVelocities();
 223
 224     /*! \brief Copy velocities to the GPU memory.
 225      *
 226      *  \param[in] h_v           Velocities in the host memory.
 227      *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 228      */
 229     void copyVelocitiesToGpu(gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> h_v, AtomLocality atomLocality);
 230
 231     /*! \brief Copy velocities from the GPU memory.
 232      *
 233      *  \param[in] h_v           Velocities buffer in the host memory.
 234      *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 235      */
 236     void copyVelocitiesFromGpu(gmx::ArrayRef<gmx::RVec> h_v, AtomLocality atomLocality);
 237
 238     /*! \brief Wait until velocities are available on the host.
 239      *
 240      *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to wait for.
 241      */
 242     void waitVelocitiesReadyOnHost(AtomLocality atomLocality);
 243
 244
 245     /*! \brief Get the force buffer on the GPU.
 246      *
 247      *  \returns GPU force buffer.
 248      */
 249     DeviceBuffer<RVec> getForces();
 250
 251     /*! \brief Copy forces to the GPU memory.
 252      *
 253      *  \param[in] h_f           Forces in the host memory.
 254      *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 255      */
 256     void copyForcesToGpu(gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> h_f, AtomLocality atomLocality);
 257
 258     /*! \brief Clear forces in the GPU memory.
 259      *
 260      *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to clear.
 261      *  \param[in] dependency    Dependency event for this operation.
 262      */
 263     void clearForcesOnGpu(AtomLocality atomLocality, GpuEventSynchronizer* dependency);
 264
 265     /*! \brief Get the event synchronizer for the forces ready on device.
 266      *
 267      *  Returns either of the event synchronizers, depending on the offload scenario
 268      *  for the current simulation timestep:
 269      *  1. The forces are copied to the device (when GPU buffer ops are off)
 270      *  2. The forces are reduced on the device (GPU buffer ops are on)
 271      *
 272      *  \param[in] stepWork        Step workload flags
 273      *  \param[in] simulationWork  Simulation workload flags
 274      *
 275      *  \returns  The event to synchronize the stream that consumes forces on device.
 276      */
 277     GpuEventSynchronizer* getLocalForcesReadyOnDeviceEvent(StepWorkload       stepWork,
 278                                                            SimulationWorkload simulationWork);
 279
 280     /*! \brief Getter for the event synchronizer for when forces are reduced on the GPU.
 281      *
 282      *  \param[in] atomLocality      Locality of the particles to wait for.
 283      *  \returns                     The event to mark when forces are reduced on the GPU.
 284      */
 285     GpuEventSynchronizer* fReducedOnDevice(AtomLocality atomLocality);
 286
 287     /*! \brief Getter for the event synchronizer for the forces are ready for GPU update.
 288      *
 289      *  \param[in] atomLocality      Locality of the particles to wait for.
 290      *  \returns                     The event to mark when forces are ready for GPU update.
 291      */
 292     GpuEventSynchronizer* fReadyOnDevice(AtomLocality atomLocality);
 293
 294     /*! \brief Copy forces from the GPU memory.
 295      *
 296      *  \param[in] h_f           Forces buffer in the host memory.
 297      *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 298      */
 299     void copyForcesFromGpu(gmx::ArrayRef<gmx::RVec> h_f, AtomLocality atomLocality);
 300
 301     /*! \brief Wait until forces are available on the host.
 302      *
 303      *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to wait for.
 304      */
 305     void waitForcesReadyOnHost(AtomLocality atomLocality);
 306
 307     /*! \brief Getter for the update stream.
 308      *
 309      *  \todo This is temporary here, until the management of this stream is taken over.
 310      *
 311      *  \returns The device command stream to use in update-constraints.
 312      */
 313     const DeviceStream* getUpdateStream();
 314
 315     /*! \brief Getter for the number of local atoms.
 316      *
 317      *  \returns The number of local atoms.
 318      */
 319     int numAtomsLocal() const;
 320
 321     /*! \brief Getter for the total number of atoms.
 322      *
 323      *  \returns The total number of atoms.
 324      */
 325     int numAtomsAll() const;
 326
 327 private:
 328     //! GPU PME stream.
 329     const DeviceStream* pmeStream_;
 330     //! GPU NBNXM local stream.
 331     const DeviceStream* localStream_;
 332     //! GPU NBNXM non-local stream.
 333     const DeviceStream* nonLocalStream_;
 334     //! GPU Update-constraints stream.
 335     const DeviceStream* updateStream_;
 336
 337     // Streams to use for coordinates H2D and D2H copies (one event for each atom locality)
 338     EnumerationArray<AtomLocality, const DeviceStream*> xCopyStreams_ = { { nullptr } };
 339     // Streams to use for velocities H2D and D2H copies (one event for each atom locality)
 340     EnumerationArray<AtomLocality, const DeviceStream*> vCopyStreams_ = { { nullptr } };
 341     // Streams to use for forces H2D and D2H copies (one event for each atom locality)
 342     EnumerationArray<AtomLocality, const DeviceStream*> fCopyStreams_ = { { nullptr } };
 343     // Streams internal to this module
 344     std::unique_ptr<DeviceStream> copyInStream_;
 345     std::unique_ptr<DeviceStream> memsetStream_;
 346
 347     /*! \brief An array of events that indicate H2D copy is complete (one event for each atom locality)
 348      *
 349      * \todo Reconsider naming. It should be xCopiedToDevice or xH2DCopyComplete, etc.
 350      */
 351     EnumerationArray<AtomLocality, GpuEventSynchronizer> xReadyOnDevice_;
 352     //! A pointer to an event that the coordinates are ready after update-constraints execution
 353     GpuEventSynchronizer* xUpdatedOnDeviceEvent_ = nullptr;
 354     //! An array of events that indicate D2H copy of coordinates is complete (one event for each atom locality)
 355     EnumerationArray<AtomLocality, GpuEventSynchronizer> xReadyOnHost_;
 356
 357     //! An array of events that indicate D2H copy of velocities is complete (one event for each atom locality)
 358     EnumerationArray<AtomLocality, GpuEventSynchronizer> vReadyOnHost_;
 359
 360     //! An array of events that indicate H2D copy of forces is complete (one event for each atom locality)
 361     EnumerationArray<AtomLocality, GpuEventSynchronizer> fReadyOnDevice_;
 362     //! An array of events that indicate the forces were reduced on the GPU (one event for each atom locality)
 363     EnumerationArray<AtomLocality, GpuEventSynchronizer> fReducedOnDevice_;
 364     //! An array of events that indicate D2H copy of forces is complete (one event for each atom locality)
 365     EnumerationArray<AtomLocality, GpuEventSynchronizer> fReadyOnHost_;
 366
 367     //! GPU context (for OpenCL builds)
 368     const DeviceContext& deviceContext_;
 369     //! Default GPU calls behavior
 370     GpuApiCallBehavior transferKind_ = GpuApiCallBehavior::Async;
 371     //! Required minimum divisor of the allocation size of the coordinates buffer
 372     int allocationBlockSizeDivisor_ = 0;
 373
 374     //! Number of local atoms
 375     int numAtomsLocal_ = -1;
 376     //! Total number of atoms
 377     int numAtomsAll_ = -1;
 378
 379     //! Device positions buffer
 380     DeviceBuffer<RVec> d_x_;
 381     //! Number of particles saved in the positions buffer
 382     int d_xSize_ = -1;
 383     //! Allocation size for the positions buffer
 384     int d_xCapacity_ = -1;
 385
 386     //! Device velocities buffer
 387     DeviceBuffer<RVec> d_v_;
 388     //! Number of particles saved in the velocities buffer
 389     int d_vSize_ = -1;
 390     //! Allocation size for the velocities buffer
 391     int d_vCapacity_ = -1;
 392
 393     //! Device force buffer
 394     DeviceBuffer<RVec> d_f_;
 395     //! Number of particles saved in the force buffer
 396     int d_fSize_ = -1;
 397     //! Allocation size for the force buffer
 398     int d_fCapacity_ = -1;
 399
 400     //! \brief Pointer to wallcycle structure.
 401     gmx_wallcycle* wcycle_;
 402
 403     /*! \brief Performs the copy of data from host to device buffer.
 404      *
 405      * \todo Template on locality.
 406      *
 407      *  \param[out] d_data         Device-side buffer.
 408      *  \param[in]  h_data         Host-side buffer.
 409      *  \param[in]  dataSize       Device-side data allocation size.
 410      *  \param[in]  atomLocality   If all, local or non-local ranges should be copied.
 411      *  \param[in]  deviceStream   GPU stream to execute copy in.
 412      */
 413     void copyToDevice(DeviceBuffer<RVec>             d_data,
 414                       gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> h_data,
 415                       int                            dataSize,
 416                       AtomLocality                   atomLocality,
 417                       const DeviceStream&            deviceStream);
 418
 419     /*! \brief Performs the copy of data from device to host buffer.
 420      *
 421      *  \param[out] h_data         Host-side buffer.
 422      *  \param[in]  d_data         Device-side buffer.
 423      *  \param[in]  dataSize       Device-side data allocation size.
 424      *  \param[in]  atomLocality   If all, local or non-local ranges should be copied.
 425      *  \param[in]  deviceStream   GPU stream to execute copy in.
 426      */
 427     void copyFromDevice(gmx::ArrayRef<gmx::RVec> h_data,
 428                         DeviceBuffer<RVec>       d_data,
 429                         int                      dataSize,
 430                         AtomLocality             atomLocality,
 431                         const DeviceStream&      deviceStream);
 432
 433     /*! \brief Performs the clearing of data in device buffer.
 434      *
 435      * \todo Template on locality.
 436      *
 437      *  \param[out] d_data         Device-side buffer.
 438      *  \param[in]  dataSize       Device-side data allocation size.
 439      *  \param[in]  atomLocality   If all, local or non-local ranges should be cleared.
 440      *  \param[in]  deviceStream   GPU stream to execute copy in.
 441      */
 442     void clearOnDevice(DeviceBuffer<RVec>  d_data,
 443                        int                 dataSize,
 444                        AtomLocality        atomLocality,
 445                        const DeviceStream& deviceStream) const;
 446 };
 447
 448 } // namespace gmx
 449
 450 #endif // GMX_MDTYPES_STATE_PROPAGATOR_DATA_GPU_IMPL_H