src/gromacs/mdlib/wnblist.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "config.h"
  41
  42 #include <stdio.h>
  43 #include <string.h>
  44 #include "gromacs/legacyheaders/force.h"
  45 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/types/commrec.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/ns.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/nrnb.h"
  49 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  50 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  51 #include "gromacs/utility/futil.h"
  52 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  53 #include "gromacs/legacyheaders/domdec.h"
  54 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  55
  56 #define header "Neighborlist:"
  57
  58 static void write_nblist(FILE *out, gmx_domdec_t *dd, t_nblist *nblist, int nDNL)
  59 {
  60     int                 i, nii, ii, j, zi, zj0, zj1, aj, zj, nj;
  61     int                 ca1[DD_MAXZONE], np[DD_MAXZONE];
  62     gmx_domdec_zones_t *dd_zones;
  63
  64     if (nblist->nri > 0)
  65     {
  66         fprintf(out, "ielec: %d, ivdw: %d, type: %d, Solvent opt: %s\n",
  67                 nblist->ielec, nblist->ivdw, nblist->type,
  68                 gmx_nblist_geometry_names[nblist->igeometry]);
  69         fprintf(out, "nri: %d  npair: %d\n", nblist->nri, nblist->nrj);
  70         if (dd)
  71         {
  72             dd_zones = domdec_zones(dd);
  73
  74             for (zi = 0; zi < dd_zones->n; zi++)
  75             {
  76                 ca1[zi] = dd->cgindex[dd_zones->cg_range[zi+1]];
  77             }
  78             i = 0;
  79             for (zi = 0; zi < dd_zones->nizone; zi++)
  80             {
  81                 zj0 = dd_zones->izone[zi].j0;
  82                 zj1 = dd_zones->izone[zi].j1;
  83                 for (zj = zj0; zj < zj1; zj++)
  84                 {
  85                     np[zj] = 0;
  86                 }
  87                 while (i < nblist->nri && nblist->iinr[i] < ca1[zi])
  88                 {
  89                     for (j = nblist->jindex[i]; (j < nblist->jindex[i+1]); j++)
  90                     {
  91                         aj = nblist->jjnr[j];
  92                         zj = zj0;
  93                         while (aj >= ca1[zj])
  94                         {
  95                             zj++;
  96                         }
  97                         np[zj]++;
  98                     }
  99                     i++;
 100                 }
 101                 fprintf(out, "DD zone %d:", zi);
 102                 for (zj = zj0; zj < zj1; zj++)
 103                 {
 104                     fprintf(out, " %d %d", zj, np[zj]);
 105                 }
 106                 fprintf(out, "\n");
 107             }
 108         }
 109         if (nDNL >= 2)
 110         {
 111             for (i = 0; i < nblist->nri; i++)
 112             {
 113                 nii = 1;
 114                 if (nDNL >= 3 && nblist->igeometry != GMX_NBLIST_GEOMETRY_PARTICLE_PARTICLE)
 115                 {
 116                     nii = 3;
 117                 }
 118                 nj = nblist->jindex[i+1] - nblist->jindex[i];
 119                 fprintf(out, "i: %d shift: %d gid: %d nj: %d\n",
 120                         ddglatnr(dd, nblist->iinr[i]),
 121                         nblist->shift[i], nblist->gid[i], nj);
 122                 for (ii = 0; ii < nii; ii++)
 123                 {
 124                     for (j = nblist->jindex[i]; (j < nblist->jindex[i+1]); j++)
 125                     {
 126                         fprintf(out, "  i: %5d  j: %5d\n",
 127                                 ddglatnr(dd, nblist->iinr[i]+ii),
 128                                 ddglatnr(dd, nblist->jjnr[j]));
 129                     }
 130                 }
 131             }
 132         }
 133         fflush(out);
 134     }
 135 }
 136
 137 static void set_mat(FILE *fp, int **mat, int i0, int ni, int j0, int nj,
 138                     gmx_bool bSymm, int shift)
 139 {
 140     int i, j;
 141
 142     for (i = i0; (i < i0+ni); i++)
 143     {
 144         for (j = j0; (j < j0+nj); j++)
 145         {
 146             if (mat[i][j] != 0)
 147             {
 148                 fprintf(fp, "mat[%d][%d] changing from %d to %d\n",
 149                         i, j, mat[i][j], shift+1);
 150             }
 151             mat[i][j] = shift+1;
 152             if (bSymm)
 153             {
 154                 mat[j][i] = 27-shift;
 155             }
 156         }
 157     }
 158 }
 159
 160
 161
 162 void dump_nblist(FILE *out, t_commrec *cr, t_forcerec *fr, int nDNL)
 163 {
 164 #if 0
 165     static FILE *fp = NULL;
 166     char         buf[STRLEN];
 167     int          n, i;
 168
 169     if (fp == NULL)
 170     {
 171         if (PAR(cr))
 172         {
 173             sprintf(buf, "nlist_n%d.txt", cr->nodeid);
 174         }
 175         else
 176         {
 177             sprintf(buf, "nlist.txt");
 178         }
 179         fp = gmx_fio_fopen(buf, "w");
 180     }
 181     fprintf(fp, "%s\n", header);
 182
 183     for (n = 0; (n < fr->nnblists); n++)
 184     {
 185         for (i = 0; (i < eNL_NR); i++)
 186         {
 187             write_nblist(fp, cr->dd, &fr->nblists[n].nlist_sr[i], nDNL);
 188         }
 189     }
 190 #endif
 191     char buf[STRLEN];
 192     int  n, i;
 193
 194     fprintf(out, "%s\n", header);
 195
 196     for (n = 0; (n < fr->nnblists); n++)
 197     {
 198         for (i = 0; (i < eNL_NR); i++)
 199         {
 200             write_nblist(out, cr->dd, &fr->nblists[n].nlist_sr[i], nDNL);
 201         }
 202     }
 203
 204 }