src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_file_generator/make_verlet_simd_kernel_files.py

   1 #!/usr/bin/python
   2 #
   3 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   4 #
   5 # Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   6 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9 #
  10 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13 # of the License, or (at your option) any later version.
  14 #
  15 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18 # Lesser General Public License for more details.
  19 #
  20 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 # License along with GROMACS; if not, see
  22 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24 #
  25 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26 # consider that scientific software is very special. Version
  27 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  29 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31 # official version at http://www.gromacs.org.
  32 #
  33 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35
  36 # This script is used by the GROMACS developers to build most of the
  37 # files from which the nbnxn kernels are compiled. It is not called at
  38 # CMake time, and users should never need to use it. It currently
  39 # works for nbnxn kernel structure types 2xnn and 4xn. The generated
  40 # files are versions of the *.pre files in this directory, customized
  41 # for the kernel structure type and/or the detailed kernel type. These
  42 # are:
  43 #
  44 #   A single header file that declares all the kernel functions for
  45 #   this nbnxn kernel structure type, including the function that does
  46 #   the dispatch via the function pointer table.
  47 #
  48 #   A single C kernel dispatcher file that defines the function that
  49 #   decides at run time which kernel to call.
  50 #
  51 #   Many C kernel files, each defining a single kernel function. These
  52 #   functions can take a noticeable time to compile, and should tend
  53 #   to be in seperate files to take advantage of make-time
  54 #   parallelism.
  55 #
  56 # This script should be run from the directory in which it is
  57 # located. The generated files are located in ../simd_<type>. There
  58 # are three other files in those locations that are not generated. These
  59 # contain:
  60 #
  61 #   setup logic peculiar to the kernel structure type but common to
  62 #   all the kernels within that type, and
  63 #
  64 #   the logic for the outer and inner loops of the kernels, as
  65 #   customized by numerous preprocessor defines to suit the hardware
  66 #   and kernel type.
  67 #
  68 # Note that while functions for both nbnxn kernel structures are
  69 # compiled and built into an mdrun executable, because that executable
  70 # is not portable, only the functions for the useful nbnxn kernel
  71 # structure for the hardware selected at CMake time contain real
  72 # kernel logic. A run-time error occurs if an inappropriate kernel
  73 # dispatcher function is called (but that is normally impossible).
  74
  75 import re
  76 import sys
  77 import os
  78 import collections # Requires Python 2.7
  79 sys.path.append('../../../../../admin')
  80 from copyright import create_copyright_header
  81
  82 FileHeader = create_copyright_header('2012,2013,2014')
  83 FileHeader += """/*
  84  * Note: this file was generated by the Verlet kernel generator for
  85  * kernel type {0}.
  86  */
  87
  88 """
  89
  90 def read_kernel_template(filename):
  91     with open(filename, "r") as TemplateFile:
  92         TemplateText = TemplateFile.read()
  93     copyright_re = r'/\*\n \* This file is part of the GROMACS molecular simulation package\.\n( \*.*\n)* \*/\n'
  94     match = re.match(copyright_re, TemplateText)
  95     if match:
  96         TemplateText = TemplateText[match.end():]
  97     return TemplateText
  98
  99 # The dict order must match the order of an enumeration in
 100 # nbnxn_kernel_simd_template.c.pre
 101 ElectrostaticsDict = collections.OrderedDict()
 102 ElectrostaticsDict['ElecRF'] = { 'define' : '#define CALC_COUL_RF' }
 103 ElectrostaticsDict['ElecQSTab'] = { 'define' : '#define CALC_COUL_TAB' }
 104 ElectrostaticsDict['ElecQSTabTwinCut'] = { 'define' : '#define CALC_COUL_TAB\n#define VDW_CUTOFF_CHECK /* Use twin-range cut-off */' }
 105 ElectrostaticsDict['ElecEw'] = { 'define' : '#define CALC_COUL_EWALD' }
 106 ElectrostaticsDict['ElecEwTwinCut'] = { 'define' : '#define CALC_COUL_EWALD\n#define VDW_CUTOFF_CHECK /* Use twin-range cut-off */' }
 107
 108 # The dict order must match the order of a C enumeration.
 109 VdwTreatmentDict = collections.OrderedDict()
 110 VdwTreatmentDict['VdwLJCombGeom'] = { 'define' : '#define LJ_CUT\n#define LJ_COMB_GEOM' }
 111 VdwTreatmentDict['VdwLJCombLB'] = { 'define' : '#define LJ_CUT\n#define LJ_COMB_LB' }
 112 VdwTreatmentDict['VdwLJ'] = { 'define' : '#define LJ_CUT\n/* Use full LJ combination matrix */' }
 113 VdwTreatmentDict['VdwLJFSw'] = { 'define' : '#define LJ_FORCE_SWITCH\n/* Use full LJ combination matrix */' }
 114 VdwTreatmentDict['VdwLJPSw'] = { 'define' : '#define LJ_POT_SWITCH\n/* Use full LJ combination matrix */' }
 115 VdwTreatmentDict['VdwLJEwCombGeom'] = { 'define' : '#define LJ_CUT\n#define LJ_EWALD_GEOM\n/* Use full LJ combination matrix + geometric rule for the grid correction */' }
 116
 117 # This is OK as an unordered dict
 118 EnergiesComputationDict = {
 119     'F'  : {
 120         'function type' : 'nbk_func_noener',
 121         'define' : '/* Will not calculate energies */',
 122     },
 123     'VF'    : {
 124         'function type' : 'nbk_func_ener',
 125         'define' : '#define CALC_ENERGIES',
 126     },
 127     'VgrpF' : {
 128         'function type' : 'nbk_func_ener',
 129         'define' : '#define CALC_ENERGIES\n#define ENERGY_GROUPS',
 130     },
 131 }
 132
 133 # This is OK as an unordered dict
 134 VerletKernelTypeDict = {
 135     '2xnn' : {
 136         'Define' : 'GMX_NBNXN_SIMD_2XNN',
 137         'WidthSetup' : '/* Include the full-width SIMD macros */\n',
 138         'WidthCheck' : ('#if !(GMX_SIMD_REAL_WIDTH == 8 || GMX_SIMD_REAL_WIDTH == 16)\n' \
 139                         '#error "unsupported SIMD width"\n' \
 140                         '#endif\n'),
 141         'UnrollSize' : 2,
 142     },
 143     '4xn' : {
 144         'Define' : 'GMX_NBNXN_SIMD_4XN',
 145         'WidthSetup' : (''),
 146         'WidthCheck' : ('#if !(GMX_SIMD_REAL_WIDTH == 2 || GMX_SIMD_REAL_WIDTH == 4 || GMX_SIMD_REAL_WIDTH == 8)\n' \
 147                         '#error "unsupported SIMD width"\n' \
 148                         '#endif\n'),
 149         'UnrollSize' : 1,
 150     },
 151 }
 152
 153 KernelDispatcherTemplate = read_kernel_template("nbnxn_kernel_simd_template.c.pre")
 154 KernelsHeaderTemplate = read_kernel_template("nbnxn_kernel_simd_template.h.pre")
 155
 156 # For each Verlet kernel type, write three kinds of files:
 157 #   a header file defining the functions for all the kernels,
 158 #   a code file containing the kernel function lookup table and
 159 #     the kernel dispatcher function
 160 #   for each kernel, a file defining the single C function for that kernel
 161 for type in VerletKernelTypeDict:
 162     DirName = "../simd_{0}".format(type)
 163     KernelNamePrefix = 'nbnxn_kernel'
 164     KernelsName = "{0}_simd_{1}".format(KernelNamePrefix,type)
 165     KernelsHeaderFileName = "{0}.h".format(KernelsName,type)
 166     KernelFunctionLookupTable = {}
 167     KernelDeclarations = ''
 168     KernelTemplate = read_kernel_template("{0}_kernel.c.pre".format(KernelsName))
 169
 170     # Loop over all kernels
 171     for ener in EnergiesComputationDict:
 172         KernelFunctionLookupTable[ener] = '{\n'
 173         for elec in ElectrostaticsDict:
 174             KernelFunctionLookupTable[ener] += '    {\n'
 175             for ljtreat in VdwTreatmentDict:
 176                 KernelName = ('{0}_{1}_{2}_{3}_{4}'
 177                               .format(KernelNamePrefix,elec,ljtreat,ener,type))
 178
 179                 # Declare the kernel function
 180                 KernelDeclarations += ('{1:21} {0};\n'
 181                                        .format(KernelName,
 182                                                EnergiesComputationDict[ener]['function type']))
 183
 184                 # Write the file with the kernel definition
 185                 with open('{0}/{1}.c'.format(DirName,KernelName), 'w') as kernelfp:
 186                     kernelfp.write(FileHeader.format(type))
 187                     kernelfp.write(KernelTemplate
 188                                    .format(VerletKernelTypeDict[type]['Define'],
 189                                            ElectrostaticsDict[elec]['define'],
 190                                            VdwTreatmentDict[ljtreat]['define'],
 191                                            EnergiesComputationDict[ener]['define'],
 192                                            KernelsHeaderFileName,
 193                                            KernelName,
 194                                            " " * (len(KernelName) + 1),
 195                                            VerletKernelTypeDict[type]['UnrollSize'],
 196                                        )
 197                                )
 198
 199                 # Enter the kernel function in the lookup table
 200                 KernelFunctionLookupTable[ener] += '        {0},\n'.format(KernelName)
 201
 202             KernelFunctionLookupTable[ener] += '    },\n'
 203         KernelFunctionLookupTable[ener] += '};\n'
 204         KernelDeclarations += '\n'
 205
 206     # Write the header file that declares all the kernel
 207     # functions for this type
 208     with open('{0}/{1}'.format(DirName,KernelsHeaderFileName),'w') as fp:
 209         fp.write(FileHeader.format(type))
 210         fp.write(KernelsHeaderTemplate
 211                  .format(KernelsName,
 212                          " " * (len(KernelsName) + 1),
 213                          KernelDeclarations))
 214
 215     # Write the file defining the kernel dispatcher
 216     # function for this type
 217     with open('{0}/{1}'.format(DirName,"{0}.c".format(KernelsName,type)),'w') as fp:
 218         fp.write(FileHeader.format(type))
 219         fp.write(KernelDispatcherTemplate
 220                  .format(VerletKernelTypeDict[type]['Define'],
 221                          VerletKernelTypeDict[type]['WidthSetup'],
 222                          VerletKernelTypeDict[type]['WidthCheck'],
 223                          VerletKernelTypeDict[type]['UnrollSize'],
 224                          KernelsHeaderFileName,
 225                          KernelsName,
 226                          ' ' * (len(KernelsName)+1),
 227                          KernelFunctionLookupTable['F'],
 228                          KernelFunctionLookupTable['VF'],
 229                          KernelFunctionLookupTable['VgrpF'],
 230                      )
 231              )
 232
 233 sys.exit()