src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_common.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "gmxpre.h"
  36
  37 #include "gromacs/pbcutil/ishift.h"
  38
  39 #include "nbnxn_kernel_common.h"
  40
  41 static void
  42 clear_f_all(const nbnxn_atomdata_t *nbat, real *f)
  43 {
  44     int i;
  45
  46     for (i = 0; i < nbat->natoms*nbat->fstride; i++)
  47     {
  48         f[i] = 0;
  49     }
  50 }
  51
  52 static void
  53 clear_f_flagged(const nbnxn_atomdata_t *nbat, int output_index, real *f)
  54 {
  55     const nbnxn_buffer_flags_t *flags;
  56     unsigned                    our_flag;
  57     int g, b, a0, a1, i;
  58
  59     flags = &nbat->buffer_flags;
  60
  61     our_flag = (1U << output_index);
  62
  63     for (b = 0; b < flags->nflag; b++)
  64     {
  65         if (flags->flag[b] & our_flag)
  66         {
  67             a0 = b*NBNXN_BUFFERFLAG_SIZE;
  68             a1 = a0 + NBNXN_BUFFERFLAG_SIZE;
  69             for (i = a0*nbat->fstride; i < a1*nbat->fstride; i++)
  70             {
  71                 f[i] = 0;
  72             }
  73         }
  74     }
  75 }
  76
  77 void
  78 clear_f(const nbnxn_atomdata_t *nbat, int output_index, real *f)
  79 {
  80     if (nbat->bUseBufferFlags)
  81     {
  82         clear_f_flagged(nbat, output_index, f);
  83     }
  84     else
  85     {
  86         clear_f_all(nbat, f);
  87     }
  88 }
  89
  90 void
  91 clear_fshift(real *fshift)
  92 {
  93     int i;
  94
  95     for (i = 0; i < SHIFTS*DIM; i++)
  96     {
  97         fshift[i] = 0;
  98     }
  99 }
 100
 101 void
 102 reduce_energies_over_lists(const nbnxn_atomdata_t     *nbat,
 103                            int                         nlist,
 104                            real                       *Vvdw,
 105                            real                       *Vc)
 106 {
 107     int nb;
 108     int i, j, ind, indr;
 109
 110     for (nb = 0; nb < nlist; nb++)
 111     {
 112         for (i = 0; i < nbat->nenergrp; i++)
 113         {
 114             /* Reduce the diagonal terms */
 115             ind        = i*nbat->nenergrp + i;
 116             Vvdw[ind] += nbat->out[nb].Vvdw[ind];
 117             Vc[ind]   += nbat->out[nb].Vc[ind];
 118
 119             /* Reduce the off-diagonal terms */
 120             for (j = i+1; j < nbat->nenergrp; j++)
 121             {
 122                 /* The output should contain only one off-diagonal part */
 123                 ind        = i*nbat->nenergrp + j;
 124                 indr       = j*nbat->nenergrp + i;
 125                 Vvdw[ind] += nbat->out[nb].Vvdw[ind] + nbat->out[nb].Vvdw[indr];
 126                 Vc[ind]   += nbat->out[nb].Vc[ind]   + nbat->out[nb].Vc[indr];
 127             }
 128         }
 129     }
 130 }