src/gromacs/mdlib/compute_io.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "compute_io.h"
  40
  41 #include <signal.h>
  42 #include <stdlib.h>
  43
  44 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  45
  46 static int div_nsteps(int nsteps, int nst)
  47 {
  48     if (nst > 0)
  49     {
  50         return (1 + nsteps + nst - 1)/nst;
  51     }
  52     else
  53     {
  54         return 0;
  55     }
  56 }
  57
  58 double compute_io(t_inputrec *ir, int natoms, gmx_groups_t *groups,
  59                   int nrener, int nrepl)
  60 {
  61
  62     int    nsteps = ir->nsteps;
  63     int    i, nxtcatoms = 0;
  64     int    nstx, nstv, nstf, nste, nstlog, nstxtc, nfep = 0;
  65     double cio;
  66
  67     nstx   = div_nsteps(nsteps, ir->nstxout);
  68     nstv   = div_nsteps(nsteps, ir->nstvout);
  69     nstf   = div_nsteps(nsteps, ir->nstfout);
  70     nstxtc = div_nsteps(nsteps, ir->nstxout_compressed);
  71     if (ir->nstxout_compressed > 0)
  72     {
  73         for (i = 0; i < natoms; i++)
  74         {
  75             if (groups->grpnr[egcCompressedX] == NULL || groups->grpnr[egcCompressedX][i] == 0)
  76             {
  77                 nxtcatoms++;
  78             }
  79         }
  80     }
  81     nstlog = div_nsteps(nsteps, ir->nstlog);
  82     /* We add 2 for the header */
  83     nste   = div_nsteps(2+nsteps, ir->nstenergy);
  84
  85     cio  = 80*natoms;
  86     cio += (nstx+nstf+nstv)*sizeof(real)*(3.0*natoms);
  87     cio += nstxtc*(14*4 + nxtcatoms*5.0); /* roughly 5 bytes per atom */
  88     cio += nstlog*(nrener*16*2.0);        /* 16 bytes per energy term plus header */
  89     /* t_energy contains doubles, but real is written to edr */
  90     cio += (1.0*nste)*nrener*3*sizeof(real);
  91
  92     if ((ir->efep != efepNO || ir->bSimTemp) && (ir->fepvals->nstdhdl > 0))
  93     {
  94         int ndh    = ir->fepvals->n_lambda;
  95         int ndhdl  = 0;
  96         int nchars = 0;
  97
  98         for (i = 0; i < efptNR; i++)
  99         {
 100             if (ir->fepvals->separate_dvdl[i])
 101             {
 102                 ndhdl += 1;
 103             }
 104         }
 105
 106         if (ir->fepvals->separate_dhdl_file == esepdhdlfileYES)
 107         {
 108             nchars = 8 + ndhdl*8 + ndh*10; /* time data ~8 chars/entry, dH data ~10 chars/entry */
 109             if (ir->expandedvals->elmcmove > elmcmoveNO)
 110             {
 111                 nchars += 5;   /* alchemical state */
 112             }
 113
 114             if (ir->fepvals->edHdLPrintEnergy != edHdLPrintEnergyNO)
 115             {
 116                 nchars += 12; /* energy for dhdl */
 117             }
 118             cio += div_nsteps(nsteps, ir->fepvals->nstdhdl)*nchars;
 119         }
 120         else
 121         {
 122             /* dH output to ener.edr: */
 123             if (ir->fepvals->dh_hist_size <= 0)
 124             {
 125                 int ndh_tot = ndh+ndhdl;
 126                 if (ir->expandedvals->elmcmove > elmcmoveNO)
 127                 {
 128                     ndh_tot += 1;
 129                 }
 130                 if (ir->fepvals->edHdLPrintEnergy != edHdLPrintEnergyNO)
 131                 {
 132                     ndh_tot += 1;
 133                 }
 134                 /* as data blocks: 1 real per dH point */
 135                 cio += div_nsteps(nsteps, ir->fepvals->nstdhdl)*ndh_tot*sizeof(real);
 136             }
 137             else
 138             {
 139                 /* as histograms: dh_hist_size ints per histogram */
 140                 cio += div_nsteps(nsteps, ir->nstenergy)*
 141                     sizeof(int)*ir->fepvals->dh_hist_size*ndh;
 142             }
 143         }
 144     }
 145     if (ir->pull != NULL)
 146     {
 147         cio += div_nsteps(nsteps, ir->pull->nstxout)*20; /* roughly 20 chars per line */
 148         cio += div_nsteps(nsteps, ir->pull->nstfout)*20; /* roughly 20 chars per line */
 149     }
 150
 151     return cio*nrepl/(1024*1024);
 152 }