src/gromacs/listed-forces/bonded.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /*! \internal \file
  38  *
  39  * \brief This file defines functions necessary for mdrun and tools to
  40  * compute energies and forces for bonded interactions.
  41  *
  42  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  43  *
  44  * \ingroup module_listed-forces
  45  */
  46 #include "gmxpre.h"
  47
  48 #include "bonded.h"
  49
  50 #include "config.h"
  51
  52 #include <assert.h>
  53
  54 #include <cmath>
  55
  56 #include <algorithm>
  57
  58 #include "gromacs/legacyheaders/disre.h"
  59 #include "gromacs/legacyheaders/force.h"
  60 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  61 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  62 #include "gromacs/legacyheaders/nonbonded.h"
  63 #include "gromacs/legacyheaders/ns.h"
  64 #include "gromacs/legacyheaders/orires.h"
  65 #include "gromacs/legacyheaders/txtdump.h"
  66 #include "gromacs/math/units.h"
  67 #include "gromacs/math/utilities.h"
  68 #include "gromacs/math/vec.h"
  69 #include "gromacs/pbcutil/ishift.h"
  70 #include "gromacs/pbcutil/mshift.h"
  71 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  72 #include "gromacs/simd/simd.h"
  73 #include "gromacs/simd/simd_math.h"
  74 #include "gromacs/simd/vector_operations.h"
  75 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  76 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  77
  78 #include "restcbt.h"
  79
  80 /*! \brief Mysterious CMAP coefficient matrix */
  81 const int cmap_coeff_matrix[] = {
  82     1, 0, -3,  2, 0, 0,  0,  0, -3,  0,  9, -6,  2,  0, -6,  4,
  83     0, 0,  0,  0, 0, 0,  0,  0,  3,  0, -9,  6, -2,  0,  6, -4,
  84     0, 0,  0,  0, 0, 0,  0,  0,  0,  0,  9, -6,  0,  0, -6,  4,
  85     0, 0,  3, -2, 0, 0,  0,  0,  0,  0, -9,  6,  0,  0,  6, -4,
  86     0, 0,  0,  0, 1, 0, -3,  2, -2,  0,  6, -4,  1,  0, -3,  2,
  87     0, 0,  0,  0, 0, 0,  0,  0, -1,  0,  3, -2,  1,  0, -3,  2,
  88     0, 0,  0,  0, 0, 0,  0,  0,  0,  0, -3,  2,  0,  0,  3, -2,
  89     0, 0,  0,  0, 0, 0,  3, -2,  0,  0, -6,  4,  0,  0,  3, -2,
  90     0, 1, -2,  1, 0, 0,  0,  0,  0, -3,  6, -3,  0,  2, -4,  2,
  91     0, 0,  0,  0, 0, 0,  0,  0,  0,  3, -6,  3,  0, -2,  4, -2,
  92     0, 0,  0,  0, 0, 0,  0,  0,  0,  0, -3,  3,  0,  0,  2, -2,
  93     0, 0, -1,  1, 0, 0,  0,  0,  0,  0,  3, -3,  0,  0, -2,  2,
  94     0, 0,  0,  0, 0, 1, -2,  1,  0, -2,  4, -2,  0,  1, -2,  1,
  95     0, 0,  0,  0, 0, 0,  0,  0,  0, -1,  2, -1,  0,  1, -2,  1,
  96     0, 0,  0,  0, 0, 0,  0,  0,  0,  0,  1, -1,  0,  0, -1,  1,
  97     0, 0,  0,  0, 0, 0, -1,  1,  0,  0,  2, -2,  0,  0, -1,  1
  98 };
  99
 100
 101 /* TODO This function should go and live in nonbonded.c where it is
 102    really needed. Here, it only supports giving a fatal error message
 103    with FENE_bonds */
 104 int glatnr(int *global_atom_index, int i)
 105 {
 106     int atnr;
 107
 108     if (global_atom_index == NULL)
 109     {
 110         atnr = i + 1;
 111     }
 112     else
 113     {
 114         atnr = global_atom_index[i] + 1;
 115     }
 116
 117     return atnr;
 118 }
 119
 120 /*! \brief Compute dx = xi - xj, modulo PBC if non-NULL
 121  *
 122  * \todo This kind of code appears in many places. Consolidate it */
 123 static int pbc_rvec_sub(const t_pbc *pbc, const rvec xi, const rvec xj, rvec dx)
 124 {
 125     if (pbc)
 126     {
 127         return pbc_dx_aiuc(pbc, xi, xj, dx);
 128     }
 129     else
 130     {
 131         rvec_sub(xi, xj, dx);
 132         return CENTRAL;
 133     }
 134 }
 135
 136 #ifdef GMX_SIMD_HAVE_REAL
 137
 138 /* SIMD PBC data structure, containing 1/boxdiag and the box vectors */
 139 typedef struct {
 140     gmx_simd_real_t inv_bzz;
 141     gmx_simd_real_t inv_byy;
 142     gmx_simd_real_t inv_bxx;
 143     gmx_simd_real_t bzx;
 144     gmx_simd_real_t bzy;
 145     gmx_simd_real_t bzz;
 146     gmx_simd_real_t byx;
 147     gmx_simd_real_t byy;
 148     gmx_simd_real_t bxx;
 149 } pbc_simd_t;
 150
 151 /*! \brief Set the SIMD pbc data from a normal t_pbc struct */
 152 static void set_pbc_simd(const t_pbc *pbc, pbc_simd_t *pbc_simd)
 153 {
 154     rvec inv_bdiag;
 155     int  d;
 156
 157     /* Setting inv_bdiag to 0 effectively turns off PBC */
 158     clear_rvec(inv_bdiag);
 159     if (pbc != NULL)
 160     {
 161         for (d = 0; d < pbc->ndim_ePBC; d++)
 162         {
 163             inv_bdiag[d] = 1.0/pbc->box[d][d];
 164         }
 165     }
 166
 167     pbc_simd->inv_bzz = gmx_simd_set1_r(inv_bdiag[ZZ]);
 168     pbc_simd->inv_byy = gmx_simd_set1_r(inv_bdiag[YY]);
 169     pbc_simd->inv_bxx = gmx_simd_set1_r(inv_bdiag[XX]);
 170
 171     if (pbc != NULL)
 172     {
 173         pbc_simd->bzx = gmx_simd_set1_r(pbc->box[ZZ][XX]);
 174         pbc_simd->bzy = gmx_simd_set1_r(pbc->box[ZZ][YY]);
 175         pbc_simd->bzz = gmx_simd_set1_r(pbc->box[ZZ][ZZ]);
 176         pbc_simd->byx = gmx_simd_set1_r(pbc->box[YY][XX]);
 177         pbc_simd->byy = gmx_simd_set1_r(pbc->box[YY][YY]);
 178         pbc_simd->bxx = gmx_simd_set1_r(pbc->box[XX][XX]);
 179     }
 180     else
 181     {
 182         pbc_simd->bzx = gmx_simd_setzero_r();
 183         pbc_simd->bzy = gmx_simd_setzero_r();
 184         pbc_simd->bzz = gmx_simd_setzero_r();
 185         pbc_simd->byx = gmx_simd_setzero_r();
 186         pbc_simd->byy = gmx_simd_setzero_r();
 187         pbc_simd->bxx = gmx_simd_setzero_r();
 188     }
 189 }
 190
 191 /*! \brief Correct distance vector *dx,*dy,*dz for PBC using SIMD */
 192 static gmx_inline void
 193 pbc_dx_simd(gmx_simd_real_t *dx, gmx_simd_real_t *dy, gmx_simd_real_t *dz,
 194             const pbc_simd_t *pbc)
 195 {
 196     gmx_simd_real_t sh;
 197
 198     sh  = gmx_simd_round_r(gmx_simd_mul_r(*dz, pbc->inv_bzz));
 199     *dx = gmx_simd_fnmadd_r(sh, pbc->bzx, *dx);
 200     *dy = gmx_simd_fnmadd_r(sh, pbc->bzy, *dy);
 201     *dz = gmx_simd_fnmadd_r(sh, pbc->bzz, *dz);
 202
 203     sh  = gmx_simd_round_r(gmx_simd_mul_r(*dy, pbc->inv_byy));
 204     *dx = gmx_simd_fnmadd_r(sh, pbc->byx, *dx);
 205     *dy = gmx_simd_fnmadd_r(sh, pbc->byy, *dy);
 206
 207     sh  = gmx_simd_round_r(gmx_simd_mul_r(*dx, pbc->inv_bxx));
 208     *dx = gmx_simd_fnmadd_r(sh, pbc->bxx, *dx);
 209 }
 210
 211 #endif /* GMX_SIMD_HAVE_REAL */
 212
 213 /*! \brief Morse potential bond
 214  *
 215  * By Frank Everdij. Three parameters needed:
 216  *
 217  * b0 = equilibrium distance in nm
 218  * be = beta in nm^-1 (actually, it's nu_e*Sqrt(2*pi*pi*mu/D_e))
 219  * cb = well depth in kJ/mol
 220  *
 221  * Note: the potential is referenced to be +cb at infinite separation
 222  *       and zero at the equilibrium distance!
 223  */
 224 real morse_bonds(int nbonds,
 225                  const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
 226                  const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
 227                  const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
 228                  real lambda, real *dvdlambda,
 229                  const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
 230                  int gmx_unused *global_atom_index)
 231 {
 232     const real one = 1.0;
 233     const real two = 2.0;
 234     real       dr, dr2, temp, omtemp, cbomtemp, fbond, vbond, fij, vtot;
 235     real       b0, be, cb, b0A, beA, cbA, b0B, beB, cbB, L1;
 236     rvec       dx;
 237     int        i, m, ki, type, ai, aj;
 238     ivec       dt;
 239
 240     vtot = 0.0;
 241     for (i = 0; (i < nbonds); )
 242     {
 243         type = forceatoms[i++];
 244         ai   = forceatoms[i++];
 245         aj   = forceatoms[i++];
 246
 247         b0A   = forceparams[type].morse.b0A;
 248         beA   = forceparams[type].morse.betaA;
 249         cbA   = forceparams[type].morse.cbA;
 250
 251         b0B   = forceparams[type].morse.b0B;
 252         beB   = forceparams[type].morse.betaB;
 253         cbB   = forceparams[type].morse.cbB;
 254
 255         L1 = one-lambda;                            /* 1 */
 256         b0 = L1*b0A + lambda*b0B;                   /* 3 */
 257         be = L1*beA + lambda*beB;                   /* 3 */
 258         cb = L1*cbA + lambda*cbB;                   /* 3 */
 259
 260         ki   = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[aj], dx); /*   3          */
 261         dr2  = iprod(dx, dx);                       /*   5          */
 262         dr   = dr2*gmx_invsqrt(dr2);                /*  10          */
 263         temp = exp(-be*(dr-b0));                    /*  12          */
 264
 265         if (temp == one)
 266         {
 267             /* bonds are constrainted. This may _not_ include bond constraints if they are lambda dependent */
 268             *dvdlambda += cbB-cbA;
 269             continue;
 270         }
 271
 272         omtemp    = one-temp;                                                                                        /*   1          */
 273         cbomtemp  = cb*omtemp;                                                                                       /*   1          */
 274         vbond     = cbomtemp*omtemp;                                                                                 /*   1          */
 275         fbond     = -two*be*temp*cbomtemp*gmx_invsqrt(dr2);                                                          /*   9          */
 276         vtot     += vbond;                                                                                           /*   1          */
 277
 278         *dvdlambda += (cbB - cbA) * omtemp * omtemp - (2-2*omtemp)*omtemp * cb * ((b0B-b0A)*be - (beB-beA)*(dr-b0)); /* 15 */
 279
 280         if (g)
 281         {
 282             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), SHIFT_IVEC(g, aj), dt);
 283             ki = IVEC2IS(dt);
 284         }
 285
 286         for (m = 0; (m < DIM); m++)                    /*  15          */
 287         {
 288             fij                 = fbond*dx[m];
 289             f[ai][m]           += fij;
 290             f[aj][m]           -= fij;
 291             fshift[ki][m]      += fij;
 292             fshift[CENTRAL][m] -= fij;
 293         }
 294     }                                         /*  83 TOTAL    */
 295     return vtot;
 296 }
 297
 298 //! \cond
 299 real cubic_bonds(int nbonds,
 300                  const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
 301                  const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
 302                  const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
 303                  real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda,
 304                  const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
 305                  int gmx_unused *global_atom_index)
 306 {
 307     const real three = 3.0;
 308     const real two   = 2.0;
 309     real       kb, b0, kcub;
 310     real       dr, dr2, dist, kdist, kdist2, fbond, vbond, fij, vtot;
 311     rvec       dx;
 312     int        i, m, ki, type, ai, aj;
 313     ivec       dt;
 314
 315     vtot = 0.0;
 316     for (i = 0; (i < nbonds); )
 317     {
 318         type = forceatoms[i++];
 319         ai   = forceatoms[i++];
 320         aj   = forceatoms[i++];
 321
 322         b0   = forceparams[type].cubic.b0;
 323         kb   = forceparams[type].cubic.kb;
 324         kcub = forceparams[type].cubic.kcub;
 325
 326         ki   = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[aj], dx);     /*   3          */
 327         dr2  = iprod(dx, dx);                           /*   5          */
 328
 329         if (dr2 == 0.0)
 330         {
 331             continue;
 332         }
 333
 334         dr         = dr2*gmx_invsqrt(dr2);                  /*  10          */
 335         dist       = dr-b0;
 336         kdist      = kb*dist;
 337         kdist2     = kdist*dist;
 338
 339         vbond      = kdist2 + kcub*kdist2*dist;
 340         fbond      = -(two*kdist + three*kdist2*kcub)/dr;
 341
 342         vtot      += vbond;   /* 21 */
 343
 344         if (g)
 345         {
 346             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), SHIFT_IVEC(g, aj), dt);
 347             ki = IVEC2IS(dt);
 348         }
 349         for (m = 0; (m < DIM); m++)                    /*  15          */
 350         {
 351             fij                 = fbond*dx[m];
 352             f[ai][m]           += fij;
 353             f[aj][m]           -= fij;
 354             fshift[ki][m]      += fij;
 355             fshift[CENTRAL][m] -= fij;
 356         }
 357     }                                         /*  54 TOTAL    */
 358     return vtot;
 359 }
 360
 361 real FENE_bonds(int nbonds,
 362                 const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
 363                 const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
 364                 const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
 365                 real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda,
 366                 const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
 367                 int *global_atom_index)
 368 {
 369     const real half = 0.5;
 370     const real one  = 1.0;
 371     real       bm, kb;
 372     real       dr2, bm2, omdr2obm2, fbond, vbond, fij, vtot;
 373     rvec       dx;
 374     int        i, m, ki, type, ai, aj;
 375     ivec       dt;
 376
 377     vtot = 0.0;
 378     for (i = 0; (i < nbonds); )
 379     {
 380         type = forceatoms[i++];
 381         ai   = forceatoms[i++];
 382         aj   = forceatoms[i++];
 383
 384         bm   = forceparams[type].fene.bm;
 385         kb   = forceparams[type].fene.kb;
 386
 387         ki   = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[aj], dx);     /*   3          */
 388         dr2  = iprod(dx, dx);                           /*   5          */
 389
 390         if (dr2 == 0.0)
 391         {
 392             continue;
 393         }
 394
 395         bm2 = bm*bm;
 396
 397         if (dr2 >= bm2)
 398         {
 399             gmx_fatal(FARGS,
 400                       "r^2 (%f) >= bm^2 (%f) in FENE bond between atoms %d and %d",
 401                       dr2, bm2,
 402                       glatnr(global_atom_index, ai),
 403                       glatnr(global_atom_index, aj));
 404         }
 405
 406         omdr2obm2  = one - dr2/bm2;
 407
 408         vbond      = -half*kb*bm2*log(omdr2obm2);
 409         fbond      = -kb/omdr2obm2;
 410
 411         vtot      += vbond;   /* 35 */
 412
 413         if (g)
 414         {
 415             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), SHIFT_IVEC(g, aj), dt);
 416             ki = IVEC2IS(dt);
 417         }
 418         for (m = 0; (m < DIM); m++)                    /*  15          */
 419         {
 420             fij                 = fbond*dx[m];
 421             f[ai][m]           += fij;
 422             f[aj][m]           -= fij;
 423             fshift[ki][m]      += fij;
 424             fshift[CENTRAL][m] -= fij;
 425         }
 426     }                                         /*  58 TOTAL    */
 427     return vtot;
 428 }
 429
 430 real harmonic(real kA, real kB, real xA, real xB, real x, real lambda,
 431               real *V, real *F)
 432 {
 433     const real half = 0.5;
 434     real       L1, kk, x0, dx, dx2;
 435     real       v, f, dvdlambda;
 436
 437     L1    = 1.0-lambda;
 438     kk    = L1*kA+lambda*kB;
 439     x0    = L1*xA+lambda*xB;
 440
 441     dx    = x-x0;
 442     dx2   = dx*dx;
 443
 444     f          = -kk*dx;
 445     v          = half*kk*dx2;
 446     dvdlambda  = half*(kB-kA)*dx2 + (xA-xB)*kk*dx;
 447
 448     *F    = f;
 449     *V    = v;
 450
 451     return dvdlambda;
 452
 453     /* That was 19 flops */
 454 }
 455
 456
 457 real bonds(int nbonds,
 458            const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
 459            const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
 460            const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
 461            real lambda, real *dvdlambda,
 462            const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
 463            int gmx_unused *global_atom_index)
 464 {
 465     int  i, m, ki, ai, aj, type;
 466     real dr, dr2, fbond, vbond, fij, vtot;
 467     rvec dx;
 468     ivec dt;
 469
 470     vtot = 0.0;
 471     for (i = 0; (i < nbonds); )
 472     {
 473         type = forceatoms[i++];
 474         ai   = forceatoms[i++];
 475         aj   = forceatoms[i++];
 476
 477         ki   = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[aj], dx); /*   3      */
 478         dr2  = iprod(dx, dx);                       /*   5              */
 479         dr   = dr2*gmx_invsqrt(dr2);                /*  10              */
 480
 481         *dvdlambda += harmonic(forceparams[type].harmonic.krA,
 482                                forceparams[type].harmonic.krB,
 483                                forceparams[type].harmonic.rA,
 484                                forceparams[type].harmonic.rB,
 485                                dr, lambda, &vbond, &fbond); /*  19  */
 486
 487         if (dr2 == 0.0)
 488         {
 489             continue;
 490         }
 491
 492
 493         vtot  += vbond;            /* 1*/
 494         fbond *= gmx_invsqrt(dr2); /*   6               */
 495 #ifdef DEBUG
 496         if (debug)
 497         {
 498             fprintf(debug, "BONDS: dr = %10g  vbond = %10g  fbond = %10g\n",
 499                     dr, vbond, fbond);
 500         }
 501 #endif
 502         if (g)
 503         {
 504             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), SHIFT_IVEC(g, aj), dt);
 505             ki = IVEC2IS(dt);
 506         }
 507         for (m = 0; (m < DIM); m++)     /*  15          */
 508         {
 509             fij                 = fbond*dx[m];
 510             f[ai][m]           += fij;
 511             f[aj][m]           -= fij;
 512             fshift[ki][m]      += fij;
 513             fshift[CENTRAL][m] -= fij;
 514         }
 515     }               /* 59 TOTAL */
 516     return vtot;
 517 }
 518
 519 real restraint_bonds(int nbonds,
 520                      const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
 521                      const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
 522                      const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
 523                      real lambda, real *dvdlambda,
 524                      const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
 525                      int gmx_unused *global_atom_index)
 526 {
 527     int  i, m, ki, ai, aj, type;
 528     real dr, dr2, fbond, vbond, fij, vtot;
 529     real L1;
 530     real low, dlow, up1, dup1, up2, dup2, k, dk;
 531     real drh, drh2;
 532     rvec dx;
 533     ivec dt;
 534
 535     L1   = 1.0 - lambda;
 536
 537     vtot = 0.0;
 538     for (i = 0; (i < nbonds); )
 539     {
 540         type = forceatoms[i++];
 541         ai   = forceatoms[i++];
 542         aj   = forceatoms[i++];
 543
 544         ki   = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[aj], dx); /*   3      */
 545         dr2  = iprod(dx, dx);                       /*   5              */
 546         dr   = dr2*gmx_invsqrt(dr2);                /*  10              */
 547
 548         low  = L1*forceparams[type].restraint.lowA + lambda*forceparams[type].restraint.lowB;
 549         dlow =   -forceparams[type].restraint.lowA +        forceparams[type].restraint.lowB;
 550         up1  = L1*forceparams[type].restraint.up1A + lambda*forceparams[type].restraint.up1B;
 551         dup1 =   -forceparams[type].restraint.up1A +        forceparams[type].restraint.up1B;
 552         up2  = L1*forceparams[type].restraint.up2A + lambda*forceparams[type].restraint.up2B;
 553         dup2 =   -forceparams[type].restraint.up2A +        forceparams[type].restraint.up2B;
 554         k    = L1*forceparams[type].restraint.kA   + lambda*forceparams[type].restraint.kB;
 555         dk   =   -forceparams[type].restraint.kA   +        forceparams[type].restraint.kB;
 556         /* 24 */
 557
 558         if (dr < low)
 559         {
 560             drh         = dr - low;
 561             drh2        = drh*drh;
 562             vbond       = 0.5*k*drh2;
 563             fbond       = -k*drh;
 564             *dvdlambda += 0.5*dk*drh2 - k*dlow*drh;
 565         } /* 11 */
 566         else if (dr <= up1)
 567         {
 568             vbond = 0;
 569             fbond = 0;
 570         }
 571         else if (dr <= up2)
 572         {
 573             drh         = dr - up1;
 574             drh2        = drh*drh;
 575             vbond       = 0.5*k*drh2;
 576             fbond       = -k*drh;
 577             *dvdlambda += 0.5*dk*drh2 - k*dup1*drh;
 578         } /* 11 */
 579         else
 580         {
 581             drh         = dr - up2;
 582             vbond       = k*(up2 - up1)*(0.5*(up2 - up1) + drh);
 583             fbond       = -k*(up2 - up1);
 584             *dvdlambda += dk*(up2 - up1)*(0.5*(up2 - up1) + drh)
 585                 + k*(dup2 - dup1)*(up2 - up1 + drh)
 586                 - k*(up2 - up1)*dup2;
 587         }
 588
 589         if (dr2 == 0.0)
 590         {
 591             continue;
 592         }
 593
 594         vtot  += vbond;            /* 1*/
 595         fbond *= gmx_invsqrt(dr2); /*   6               */
 596 #ifdef DEBUG
 597         if (debug)
 598         {
 599             fprintf(debug, "BONDS: dr = %10g  vbond = %10g  fbond = %10g\n",
 600                     dr, vbond, fbond);
 601         }
 602 #endif
 603         if (g)
 604         {
 605             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), SHIFT_IVEC(g, aj), dt);
 606             ki = IVEC2IS(dt);
 607         }
 608         for (m = 0; (m < DIM); m++)             /*  15          */
 609         {
 610             fij                 = fbond*dx[m];
 611             f[ai][m]           += fij;
 612             f[aj][m]           -= fij;
 613             fshift[ki][m]      += fij;
 614             fshift[CENTRAL][m] -= fij;
 615         }
 616     }                   /* 59 TOTAL     */
 617
 618     return vtot;
 619 }
 620
 621 real polarize(int nbonds,
 622               const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
 623               const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
 624               const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
 625               real lambda, real *dvdlambda,
 626               const t_mdatoms *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
 627               int gmx_unused *global_atom_index)
 628 {
 629     int  i, m, ki, ai, aj, type;
 630     real dr, dr2, fbond, vbond, fij, vtot, ksh;
 631     rvec dx;
 632     ivec dt;
 633
 634     vtot = 0.0;
 635     for (i = 0; (i < nbonds); )
 636     {
 637         type = forceatoms[i++];
 638         ai   = forceatoms[i++];
 639         aj   = forceatoms[i++];
 640         ksh  = sqr(md->chargeA[aj])*ONE_4PI_EPS0/forceparams[type].polarize.alpha;
 641         if (debug)
 642         {
 643             fprintf(debug, "POL: local ai = %d aj = %d ksh = %.3f\n", ai, aj, ksh);
 644         }
 645
 646         ki   = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[aj], dx);                         /*   3      */
 647         dr2  = iprod(dx, dx);                                               /*   5              */
 648         dr   = dr2*gmx_invsqrt(dr2);                                        /*  10              */
 649
 650         *dvdlambda += harmonic(ksh, ksh, 0, 0, dr, lambda, &vbond, &fbond); /*  19  */
 651
 652         if (dr2 == 0.0)
 653         {
 654             continue;
 655         }
 656
 657         vtot  += vbond;            /* 1*/
 658         fbond *= gmx_invsqrt(dr2); /*   6               */
 659
 660         if (g)
 661         {
 662             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), SHIFT_IVEC(g, aj), dt);
 663             ki = IVEC2IS(dt);
 664         }
 665         for (m = 0; (m < DIM); m++)     /*  15          */
 666         {
 667             fij                 = fbond*dx[m];
 668             f[ai][m]           += fij;
 669             f[aj][m]           -= fij;
 670             fshift[ki][m]      += fij;
 671             fshift[CENTRAL][m] -= fij;
 672         }
 673     }               /* 59 TOTAL */
 674     return vtot;
 675 }
 676
 677 real anharm_polarize(int nbonds,
 678                      const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
 679                      const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
 680                      const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
 681                      real lambda, real *dvdlambda,
 682                      const t_mdatoms *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
 683                      int gmx_unused *global_atom_index)
 684 {
 685     int  i, m, ki, ai, aj, type;
 686     real dr, dr2, fbond, vbond, fij, vtot, ksh, khyp, drcut, ddr, ddr3;
 687     rvec dx;
 688     ivec dt;
 689
 690     vtot = 0.0;
 691     for (i = 0; (i < nbonds); )
 692     {
 693         type  = forceatoms[i++];
 694         ai    = forceatoms[i++];
 695         aj    = forceatoms[i++];
 696         ksh   = sqr(md->chargeA[aj])*ONE_4PI_EPS0/forceparams[type].anharm_polarize.alpha; /* 7*/
 697         khyp  = forceparams[type].anharm_polarize.khyp;
 698         drcut = forceparams[type].anharm_polarize.drcut;
 699         if (debug)
 700         {
 701             fprintf(debug, "POL: local ai = %d aj = %d ksh = %.3f\n", ai, aj, ksh);
 702         }
 703
 704         ki   = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[aj], dx);                         /*   3      */
 705         dr2  = iprod(dx, dx);                                               /*   5              */
 706         dr   = dr2*gmx_invsqrt(dr2);                                        /*  10              */
 707
 708         *dvdlambda += harmonic(ksh, ksh, 0, 0, dr, lambda, &vbond, &fbond); /*  19  */
 709
 710         if (dr2 == 0.0)
 711         {
 712             continue;
 713         }
 714
 715         if (dr > drcut)
 716         {
 717             ddr    = dr-drcut;
 718             ddr3   = ddr*ddr*ddr;
 719             vbond += khyp*ddr*ddr3;
 720             fbond -= 4*khyp*ddr3;
 721         }
 722         fbond *= gmx_invsqrt(dr2); /*   6               */
 723         vtot  += vbond;            /* 1*/
 724
 725         if (g)
 726         {
 727             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), SHIFT_IVEC(g, aj), dt);
 728             ki = IVEC2IS(dt);
 729         }
 730         for (m = 0; (m < DIM); m++)     /*  15          */
 731         {
 732             fij                 = fbond*dx[m];
 733             f[ai][m]           += fij;
 734             f[aj][m]           -= fij;
 735             fshift[ki][m]      += fij;
 736             fshift[CENTRAL][m] -= fij;
 737         }
 738     }               /* 72 TOTAL */
 739     return vtot;
 740 }
 741
 742 real water_pol(int nbonds,
 743                const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
 744                const rvec x[], rvec f[], rvec gmx_unused fshift[],
 745                const t_pbc gmx_unused *pbc, const t_graph gmx_unused *g,
 746                real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda,
 747                const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
 748                int gmx_unused *global_atom_index)
 749 {
 750     /* This routine implements anisotropic polarizibility for water, through
 751      * a shell connected to a dummy with spring constant that differ in the
 752      * three spatial dimensions in the molecular frame.
 753      */
 754     int  i, m, aO, aH1, aH2, aD, aS, type, type0, ki;
 755     ivec dt;
 756     rvec dOH1, dOH2, dHH, dOD, dDS, nW, kk, dx, kdx, proj;
 757 #ifdef DEBUG
 758     rvec df;
 759 #endif
 760     real vtot, fij, r_HH, r_OD, r_nW, tx, ty, tz, qS;
 761
 762     vtot = 0.0;
 763     if (nbonds > 0)
 764     {
 765         type0  = forceatoms[0];
 766         aS     = forceatoms[5];
 767         qS     = md->chargeA[aS];
 768         kk[XX] = sqr(qS)*ONE_4PI_EPS0/forceparams[type0].wpol.al_x;
 769         kk[YY] = sqr(qS)*ONE_4PI_EPS0/forceparams[type0].wpol.al_y;
 770         kk[ZZ] = sqr(qS)*ONE_4PI_EPS0/forceparams[type0].wpol.al_z;
 771         r_HH   = 1.0/forceparams[type0].wpol.rHH;
 772         if (debug)
 773         {
 774             fprintf(debug, "WPOL: qS  = %10.5f aS = %5d\n", qS, aS);
 775             fprintf(debug, "WPOL: kk  = %10.3f        %10.3f        %10.3f\n",
 776                     kk[XX], kk[YY], kk[ZZ]);
 777             fprintf(debug, "WPOL: rOH = %10.3f  rHH = %10.3f  rOD = %10.3f\n",
 778                     forceparams[type0].wpol.rOH,
 779                     forceparams[type0].wpol.rHH,
 780                     forceparams[type0].wpol.rOD);
 781         }
 782         for (i = 0; (i < nbonds); i += 6)
 783         {
 784             type = forceatoms[i];
 785             if (type != type0)
 786             {
 787                 gmx_fatal(FARGS, "Sorry, type = %d, type0 = %d, file = %s, line = %d",
 788                           type, type0, __FILE__, __LINE__);
 789             }
 790             aO   = forceatoms[i+1];
 791             aH1  = forceatoms[i+2];
 792             aH2  = forceatoms[i+3];
 793             aD   = forceatoms[i+4];
 794             aS   = forceatoms[i+5];
 795
 796             /* Compute vectors describing the water frame */
 797             pbc_rvec_sub(pbc, x[aH1], x[aO], dOH1);
 798             pbc_rvec_sub(pbc, x[aH2], x[aO], dOH2);
 799             pbc_rvec_sub(pbc, x[aH2], x[aH1], dHH);
 800             pbc_rvec_sub(pbc, x[aD], x[aO], dOD);
 801             ki = pbc_rvec_sub(pbc, x[aS], x[aD], dDS);
 802             cprod(dOH1, dOH2, nW);
 803
 804             /* Compute inverse length of normal vector
 805              * (this one could be precomputed, but I'm too lazy now)
 806              */
 807             r_nW = gmx_invsqrt(iprod(nW, nW));
 808             /* This is for precision, but does not make a big difference,
 809              * it can go later.
 810              */
 811             r_OD = gmx_invsqrt(iprod(dOD, dOD));
 812
 813             /* Normalize the vectors in the water frame */
 814             svmul(r_nW, nW, nW);
 815             svmul(r_HH, dHH, dHH);
 816             svmul(r_OD, dOD, dOD);
 817
 818             /* Compute displacement of shell along components of the vector */
 819             dx[ZZ] = iprod(dDS, dOD);
 820             /* Compute projection on the XY plane: dDS - dx[ZZ]*dOD */
 821             for (m = 0; (m < DIM); m++)
 822             {
 823                 proj[m] = dDS[m]-dx[ZZ]*dOD[m];
 824             }
 825
 826             /*dx[XX] = iprod(dDS,nW);
 827                dx[YY] = iprod(dDS,dHH);*/
 828             dx[XX] = iprod(proj, nW);
 829             for (m = 0; (m < DIM); m++)
 830             {
 831                 proj[m] -= dx[XX]*nW[m];
 832             }
 833             dx[YY] = iprod(proj, dHH);
 834             /*#define DEBUG*/
 835 #ifdef DEBUG
 836             if (debug)
 837             {
 838                 fprintf(debug, "WPOL: dx2=%10g  dy2=%10g  dz2=%10g  sum=%10g  dDS^2=%10g\n",
 839                         sqr(dx[XX]), sqr(dx[YY]), sqr(dx[ZZ]), iprod(dx, dx), iprod(dDS, dDS));
 840                 fprintf(debug, "WPOL: dHH=(%10g,%10g,%10g)\n", dHH[XX], dHH[YY], dHH[ZZ]);
 841                 fprintf(debug, "WPOL: dOD=(%10g,%10g,%10g), 1/r_OD = %10g\n",
 842                         dOD[XX], dOD[YY], dOD[ZZ], 1/r_OD);
 843                 fprintf(debug, "WPOL: nW =(%10g,%10g,%10g), 1/r_nW = %10g\n",
 844                         nW[XX], nW[YY], nW[ZZ], 1/r_nW);
 845                 fprintf(debug, "WPOL: dx  =%10g, dy  =%10g, dz  =%10g\n",
 846                         dx[XX], dx[YY], dx[ZZ]);
 847                 fprintf(debug, "WPOL: dDSx=%10g, dDSy=%10g, dDSz=%10g\n",
 848                         dDS[XX], dDS[YY], dDS[ZZ]);
 849             }
 850 #endif
 851             /* Now compute the forces and energy */
 852             kdx[XX] = kk[XX]*dx[XX];
 853             kdx[YY] = kk[YY]*dx[YY];
 854             kdx[ZZ] = kk[ZZ]*dx[ZZ];
 855             vtot   += iprod(dx, kdx);
 856
 857             if (g)
 858             {
 859                 ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, aS), SHIFT_IVEC(g, aD), dt);
 860                 ki = IVEC2IS(dt);
 861             }
 862
 863             for (m = 0; (m < DIM); m++)
 864             {
 865                 /* This is a tensor operation but written out for speed */
 866                 tx        =  nW[m]*kdx[XX];
 867                 ty        = dHH[m]*kdx[YY];
 868                 tz        = dOD[m]*kdx[ZZ];
 869                 fij       = -tx-ty-tz;
 870 #ifdef DEBUG
 871                 df[m] = fij;
 872 #endif
 873                 f[aS][m]           += fij;
 874                 f[aD][m]           -= fij;
 875                 fshift[ki][m]      += fij;
 876                 fshift[CENTRAL][m] -= fij;
 877             }
 878 #ifdef DEBUG
 879             if (debug)
 880             {
 881                 fprintf(debug, "WPOL: vwpol=%g\n", 0.5*iprod(dx, kdx));
 882                 fprintf(debug, "WPOL: df = (%10g, %10g, %10g)\n", df[XX], df[YY], df[ZZ]);
 883             }
 884 #endif
 885         }
 886     }
 887     return 0.5*vtot;
 888 }
 889
 890 static real do_1_thole(const rvec xi, const rvec xj, rvec fi, rvec fj,
 891                        const t_pbc *pbc, real qq,
 892                        rvec fshift[], real afac)
 893 {
 894     rvec r12;
 895     real r12sq, r12_1, r12bar, v0, v1, fscal, ebar, fff;
 896     int  m, t;
 897
 898     t      = pbc_rvec_sub(pbc, xi, xj, r12);                      /*  3 */
 899
 900     r12sq  = iprod(r12, r12);                                     /*  5 */
 901     r12_1  = gmx_invsqrt(r12sq);                                  /*  5 */
 902     r12bar = afac/r12_1;                                          /*  5 */
 903     v0     = qq*ONE_4PI_EPS0*r12_1;                               /*  2 */
 904     ebar   = exp(-r12bar);                                        /*  5 */
 905     v1     = (1-(1+0.5*r12bar)*ebar);                             /*  4 */
 906     fscal  = ((v0*r12_1)*v1 - v0*0.5*afac*ebar*(r12bar+1))*r12_1; /* 9 */
 907     if (debug)
 908     {
 909         fprintf(debug, "THOLE: v0 = %.3f v1 = %.3f r12= % .3f r12bar = %.3f fscal = %.3f  ebar = %.3f\n", v0, v1, 1/r12_1, r12bar, fscal, ebar);
 910     }
 911
 912     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 913     {
 914         fff                 = fscal*r12[m];
 915         fi[m]              += fff;
 916         fj[m]              -= fff;
 917         fshift[t][m]       += fff;
 918         fshift[CENTRAL][m] -= fff;
 919     }             /* 15 */
 920
 921     return v0*v1; /* 1 */
 922     /* 54 */
 923 }
 924
 925 real thole_pol(int nbonds,
 926                const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
 927                const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
 928                const t_pbc *pbc, const t_graph gmx_unused *g,
 929                real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda,
 930                const t_mdatoms *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
 931                int gmx_unused *global_atom_index)
 932 {
 933     /* Interaction between two pairs of particles with opposite charge */
 934     int        i, type, a1, da1, a2, da2;
 935     real       q1, q2, qq, a, al1, al2, afac;
 936     real       V             = 0;
 937     const real minusOneOnSix = -1.0/6.0;
 938
 939     for (i = 0; (i < nbonds); )
 940     {
 941         type  = forceatoms[i++];
 942         a1    = forceatoms[i++];
 943         da1   = forceatoms[i++];
 944         a2    = forceatoms[i++];
 945         da2   = forceatoms[i++];
 946         q1    = md->chargeA[da1];
 947         q2    = md->chargeA[da2];
 948         a     = forceparams[type].thole.a;
 949         al1   = forceparams[type].thole.alpha1;
 950         al2   = forceparams[type].thole.alpha2;
 951         qq    = q1*q2;
 952         afac  = a*pow(al1*al2, minusOneOnSix);
 953         V    += do_1_thole(x[a1], x[a2], f[a1], f[a2], pbc, qq, fshift, afac);
 954         V    += do_1_thole(x[da1], x[a2], f[da1], f[a2], pbc, -qq, fshift, afac);
 955         V    += do_1_thole(x[a1], x[da2], f[a1], f[da2], pbc, -qq, fshift, afac);
 956         V    += do_1_thole(x[da1], x[da2], f[da1], f[da2], pbc, qq, fshift, afac);
 957     }
 958     /* 290 flops */
 959     return V;
 960 }
 961
 962 real bond_angle(const rvec xi, const rvec xj, const rvec xk, const t_pbc *pbc,
 963                 rvec r_ij, rvec r_kj, real *costh,
 964                 int *t1, int *t2)
 965 /* Return value is the angle between the bonds i-j and j-k */
 966 {
 967     /* 41 FLOPS */
 968     real th;
 969
 970     *t1 = pbc_rvec_sub(pbc, xi, xj, r_ij); /*  3                */
 971     *t2 = pbc_rvec_sub(pbc, xk, xj, r_kj); /*  3                */
 972
 973     *costh = cos_angle(r_ij, r_kj);        /* 25                */
 974     th     = acos(*costh);                 /* 10                */
 975     /* 41 TOTAL */
 976     return th;
 977 }
 978
 979 real angles(int nbonds,
 980             const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
 981             const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
 982             const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
 983             real lambda, real *dvdlambda,
 984             const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
 985             int gmx_unused *global_atom_index)
 986 {
 987     int  i, ai, aj, ak, t1, t2, type;
 988     rvec r_ij, r_kj;
 989     real cos_theta, cos_theta2, theta, dVdt, va, vtot;
 990     ivec jt, dt_ij, dt_kj;
 991
 992     vtot = 0.0;
 993     for (i = 0; i < nbonds; )
 994     {
 995         type = forceatoms[i++];
 996         ai   = forceatoms[i++];
 997         aj   = forceatoms[i++];
 998         ak   = forceatoms[i++];
 999
1000         theta  = bond_angle(x[ai], x[aj], x[ak], pbc,
1001                             r_ij, r_kj, &cos_theta, &t1, &t2);  /*  41          */
1002
1003         *dvdlambda += harmonic(forceparams[type].harmonic.krA,
1004                                forceparams[type].harmonic.krB,
1005                                forceparams[type].harmonic.rA*DEG2RAD,
1006                                forceparams[type].harmonic.rB*DEG2RAD,
1007                                theta, lambda, &va, &dVdt);  /*  21  */
1008         vtot += va;
1009
1010         cos_theta2 = sqr(cos_theta);
1011         if (cos_theta2 < 1)
1012         {
1013             int  m;
1014             real st, sth;
1015             real cik, cii, ckk;
1016             real nrkj2, nrij2;
1017             real nrkj_1, nrij_1;
1018             rvec f_i, f_j, f_k;
1019
1020             st  = dVdt*gmx_invsqrt(1 - cos_theta2); /*  12              */
1021             sth = st*cos_theta;                     /*   1              */
1022 #ifdef DEBUG
1023             if (debug)
1024             {
1025                 fprintf(debug, "ANGLES: theta = %10g  vth = %10g  dV/dtheta = %10g\n",
1026                         theta*RAD2DEG, va, dVdt);
1027             }
1028 #endif
1029             nrij2 = iprod(r_ij, r_ij);      /*   5              */
1030             nrkj2 = iprod(r_kj, r_kj);      /*   5              */
1031
1032             nrij_1 = gmx_invsqrt(nrij2);    /*  10              */
1033             nrkj_1 = gmx_invsqrt(nrkj2);    /*  10              */
1034
1035             cik = st*nrij_1*nrkj_1;         /*   2              */
1036             cii = sth*nrij_1*nrij_1;        /*   2              */
1037             ckk = sth*nrkj_1*nrkj_1;        /*   2              */
1038
1039             for (m = 0; m < DIM; m++)
1040             {           /*  39          */
1041                 f_i[m]    = -(cik*r_kj[m] - cii*r_ij[m]);
1042                 f_k[m]    = -(cik*r_ij[m] - ckk*r_kj[m]);
1043                 f_j[m]    = -f_i[m] - f_k[m];
1044                 f[ai][m] += f_i[m];
1045                 f[aj][m] += f_j[m];
1046                 f[ak][m] += f_k[m];
1047             }
1048             if (g != NULL)
1049             {
1050                 copy_ivec(SHIFT_IVEC(g, aj), jt);
1051
1052                 ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), jt, dt_ij);
1053                 ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ak), jt, dt_kj);
1054                 t1 = IVEC2IS(dt_ij);
1055                 t2 = IVEC2IS(dt_kj);
1056             }
1057             rvec_inc(fshift[t1], f_i);
1058             rvec_inc(fshift[CENTRAL], f_j);
1059             rvec_inc(fshift[t2], f_k);
1060         }                                           /* 161 TOTAL        */
1061     }
1062
1063     return vtot;
1064 }
1065
1066 #ifdef GMX_SIMD_HAVE_REAL
1067
1068 /* As angles, but using SIMD to calculate many dihedrals at once.
1069  * This routines does not calculate energies and shift forces.
1070  */
1071 static gmx_inline void
1072 angles_noener_simd(int nbonds,
1073                    const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
1074                    const rvec x[], rvec f[],
1075                    const t_pbc *pbc, const t_graph gmx_unused *g,
1076                    real gmx_unused lambda,
1077                    const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
1078                    int gmx_unused *global_atom_index)
1079 {
1080     const int            nfa1 = 4;
1081     int                  i, iu, s, m;
1082     int                  type, ai[GMX_SIMD_REAL_WIDTH], aj[GMX_SIMD_REAL_WIDTH];
1083     int                  ak[GMX_SIMD_REAL_WIDTH];
1084     real                 coeff_array[2*GMX_SIMD_REAL_WIDTH+GMX_SIMD_REAL_WIDTH], *coeff;
1085     real                 dr_array[2*DIM*GMX_SIMD_REAL_WIDTH+GMX_SIMD_REAL_WIDTH], *dr;
1086     real                 f_buf_array[6*GMX_SIMD_REAL_WIDTH+GMX_SIMD_REAL_WIDTH], *f_buf;
1087     gmx_simd_real_t      k_S, theta0_S;
1088     gmx_simd_real_t      rijx_S, rijy_S, rijz_S;
1089     gmx_simd_real_t      rkjx_S, rkjy_S, rkjz_S;
1090     gmx_simd_real_t      one_S;
1091     gmx_simd_real_t      min_one_plus_eps_S;
1092     gmx_simd_real_t      rij_rkj_S;
1093     gmx_simd_real_t      nrij2_S, nrij_1_S;
1094     gmx_simd_real_t      nrkj2_S, nrkj_1_S;
1095     gmx_simd_real_t      cos_S, invsin_S;
1096     gmx_simd_real_t      theta_S;
1097     gmx_simd_real_t      st_S, sth_S;
1098     gmx_simd_real_t      cik_S, cii_S, ckk_S;
1099     gmx_simd_real_t      f_ix_S, f_iy_S, f_iz_S;
1100     gmx_simd_real_t      f_kx_S, f_ky_S, f_kz_S;
1101     pbc_simd_t           pbc_simd;
1102
1103     /* Ensure register memory alignment */
1104     coeff = gmx_simd_align_r(coeff_array);
1105     dr    = gmx_simd_align_r(dr_array);
1106     f_buf = gmx_simd_align_r(f_buf_array);
1107
1108     set_pbc_simd(pbc, &pbc_simd);
1109
1110     one_S = gmx_simd_set1_r(1.0);
1111
1112     /* The smallest number > -1 */
1113     min_one_plus_eps_S = gmx_simd_set1_r(-1.0 + 2*GMX_REAL_EPS);
1114
1115     /* nbonds is the number of angles times nfa1, here we step GMX_SIMD_REAL_WIDTH angles */
1116     for (i = 0; (i < nbonds); i += GMX_SIMD_REAL_WIDTH*nfa1)
1117     {
1118         /* Collect atoms for GMX_SIMD_REAL_WIDTH angles.
1119          * iu indexes into forceatoms, we should not let iu go beyond nbonds.
1120          */
1121         iu = i;
1122         for (s = 0; s < GMX_SIMD_REAL_WIDTH; s++)
1123         {
1124             type  = forceatoms[iu];
1125             ai[s] = forceatoms[iu+1];
1126             aj[s] = forceatoms[iu+2];
1127             ak[s] = forceatoms[iu+3];
1128
1129             coeff[s]                     = forceparams[type].harmonic.krA;
1130             coeff[GMX_SIMD_REAL_WIDTH+s] = forceparams[type].harmonic.rA*DEG2RAD;
1131
1132             /* If you can't use pbc_dx_simd below for PBC, e.g. because
1133              * you can't round in SIMD, use pbc_rvec_sub here.
1134              */
1135             /* Store the non PBC corrected distances packed and aligned */
1136             for (m = 0; m < DIM; m++)
1137             {
1138                 dr[s +      m *GMX_SIMD_REAL_WIDTH] = x[ai[s]][m] - x[aj[s]][m];
1139                 dr[s + (DIM+m)*GMX_SIMD_REAL_WIDTH] = x[ak[s]][m] - x[aj[s]][m];
1140             }
1141
1142             /* At the end fill the arrays with identical entries */
1143             if (iu + nfa1 < nbonds)
1144             {
1145                 iu += nfa1;
1146             }
1147         }
1148
1149         k_S       = gmx_simd_load_r(coeff);
1150         theta0_S  = gmx_simd_load_r(coeff+GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1151
1152         rijx_S    = gmx_simd_load_r(dr + 0*GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1153         rijy_S    = gmx_simd_load_r(dr + 1*GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1154         rijz_S    = gmx_simd_load_r(dr + 2*GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1155         rkjx_S    = gmx_simd_load_r(dr + 3*GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1156         rkjy_S    = gmx_simd_load_r(dr + 4*GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1157         rkjz_S    = gmx_simd_load_r(dr + 5*GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1158
1159         pbc_dx_simd(&rijx_S, &rijy_S, &rijz_S, &pbc_simd);
1160         pbc_dx_simd(&rkjx_S, &rkjy_S, &rkjz_S, &pbc_simd);
1161
1162         rij_rkj_S = gmx_simd_iprod_r(rijx_S, rijy_S, rijz_S,
1163                                      rkjx_S, rkjy_S, rkjz_S);
1164
1165         nrij2_S   = gmx_simd_norm2_r(rijx_S, rijy_S, rijz_S);
1166         nrkj2_S   = gmx_simd_norm2_r(rkjx_S, rkjy_S, rkjz_S);
1167
1168         nrij_1_S  = gmx_simd_invsqrt_r(nrij2_S);
1169         nrkj_1_S  = gmx_simd_invsqrt_r(nrkj2_S);
1170
1171         cos_S     = gmx_simd_mul_r(rij_rkj_S, gmx_simd_mul_r(nrij_1_S, nrkj_1_S));
1172
1173         /* To allow for 180 degrees, we take the max of cos and -1 + 1bit,
1174          * so we can safely get the 1/sin from 1/sqrt(1 - cos^2).
1175          * This also ensures that rounding errors would cause the argument
1176          * of gmx_simd_acos_r to be < -1.
1177          * Note that we do not take precautions for cos(0)=1, so the outer
1178          * atoms in an angle should not be on top of each other.
1179          */
1180         cos_S     = gmx_simd_max_r(cos_S, min_one_plus_eps_S);
1181
1182         theta_S   = gmx_simd_acos_r(cos_S);
1183
1184         invsin_S  = gmx_simd_invsqrt_r(gmx_simd_sub_r(one_S, gmx_simd_mul_r(cos_S, cos_S)));
1185
1186         st_S      = gmx_simd_mul_r(gmx_simd_mul_r(k_S, gmx_simd_sub_r(theta0_S, theta_S)),
1187                                    invsin_S);
1188         sth_S     = gmx_simd_mul_r(st_S, cos_S);
1189
1190         cik_S     = gmx_simd_mul_r(st_S,  gmx_simd_mul_r(nrij_1_S, nrkj_1_S));
1191         cii_S     = gmx_simd_mul_r(sth_S, gmx_simd_mul_r(nrij_1_S, nrij_1_S));
1192         ckk_S     = gmx_simd_mul_r(sth_S, gmx_simd_mul_r(nrkj_1_S, nrkj_1_S));
1193
1194         f_ix_S    = gmx_simd_mul_r(cii_S, rijx_S);
1195         f_ix_S    = gmx_simd_fnmadd_r(cik_S, rkjx_S, f_ix_S);
1196         f_iy_S    = gmx_simd_mul_r(cii_S, rijy_S);
1197         f_iy_S    = gmx_simd_fnmadd_r(cik_S, rkjy_S, f_iy_S);
1198         f_iz_S    = gmx_simd_mul_r(cii_S, rijz_S);
1199         f_iz_S    = gmx_simd_fnmadd_r(cik_S, rkjz_S, f_iz_S);
1200         f_kx_S    = gmx_simd_mul_r(ckk_S, rkjx_S);
1201         f_kx_S    = gmx_simd_fnmadd_r(cik_S, rijx_S, f_kx_S);
1202         f_ky_S    = gmx_simd_mul_r(ckk_S, rkjy_S);
1203         f_ky_S    = gmx_simd_fnmadd_r(cik_S, rijy_S, f_ky_S);
1204         f_kz_S    = gmx_simd_mul_r(ckk_S, rkjz_S);
1205         f_kz_S    = gmx_simd_fnmadd_r(cik_S, rijz_S, f_kz_S);
1206
1207         gmx_simd_store_r(f_buf + 0*GMX_SIMD_REAL_WIDTH, f_ix_S);
1208         gmx_simd_store_r(f_buf + 1*GMX_SIMD_REAL_WIDTH, f_iy_S);
1209         gmx_simd_store_r(f_buf + 2*GMX_SIMD_REAL_WIDTH, f_iz_S);
1210         gmx_simd_store_r(f_buf + 3*GMX_SIMD_REAL_WIDTH, f_kx_S);
1211         gmx_simd_store_r(f_buf + 4*GMX_SIMD_REAL_WIDTH, f_ky_S);
1212         gmx_simd_store_r(f_buf + 5*GMX_SIMD_REAL_WIDTH, f_kz_S);
1213
1214         iu = i;
1215         s  = 0;
1216         do
1217         {
1218             for (m = 0; m < DIM; m++)
1219             {
1220                 f[ai[s]][m] += f_buf[s + m*GMX_SIMD_REAL_WIDTH];
1221                 f[aj[s]][m] -= f_buf[s + m*GMX_SIMD_REAL_WIDTH] + f_buf[s + (DIM+m)*GMX_SIMD_REAL_WIDTH];
1222                 f[ak[s]][m] += f_buf[s + (DIM+m)*GMX_SIMD_REAL_WIDTH];
1223             }
1224             s++;
1225             iu += nfa1;
1226         }
1227         while (s < GMX_SIMD_REAL_WIDTH && iu < nbonds);
1228     }
1229 }
1230
1231 #endif /* GMX_SIMD_HAVE_REAL */
1232
1233 real linear_angles(int nbonds,
1234                    const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
1235                    const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
1236                    const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
1237                    real lambda, real *dvdlambda,
1238                    const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
1239                    int gmx_unused *global_atom_index)
1240 {
1241     int  i, m, ai, aj, ak, t1, t2, type;
1242     rvec f_i, f_j, f_k;
1243     real L1, kA, kB, aA, aB, dr, dr2, va, vtot, a, b, klin;
1244     ivec jt, dt_ij, dt_kj;
1245     rvec r_ij, r_kj, r_ik, dx;
1246
1247     L1   = 1-lambda;
1248     vtot = 0.0;
1249     for (i = 0; (i < nbonds); )
1250     {
1251         type = forceatoms[i++];
1252         ai   = forceatoms[i++];
1253         aj   = forceatoms[i++];
1254         ak   = forceatoms[i++];
1255
1256         kA   = forceparams[type].linangle.klinA;
1257         kB   = forceparams[type].linangle.klinB;
1258         klin = L1*kA + lambda*kB;
1259
1260         aA   = forceparams[type].linangle.aA;
1261         aB   = forceparams[type].linangle.aB;
1262         a    = L1*aA+lambda*aB;
1263         b    = 1-a;
1264
1265         t1 = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[aj], r_ij);
1266         t2 = pbc_rvec_sub(pbc, x[ak], x[aj], r_kj);
1267         rvec_sub(r_ij, r_kj, r_ik);
1268
1269         dr2 = 0;
1270         for (m = 0; (m < DIM); m++)
1271         {
1272             dr        = -a * r_ij[m] - b * r_kj[m];
1273             dr2      += dr*dr;
1274             dx[m]     = dr;
1275             f_i[m]    = a*klin*dr;
1276             f_k[m]    = b*klin*dr;
1277             f_j[m]    = -(f_i[m]+f_k[m]);
1278             f[ai][m] += f_i[m];
1279             f[aj][m] += f_j[m];
1280             f[ak][m] += f_k[m];
1281         }
1282         va          = 0.5*klin*dr2;
1283         *dvdlambda += 0.5*(kB-kA)*dr2 + klin*(aB-aA)*iprod(dx, r_ik);
1284
1285         vtot += va;
1286
1287         if (g)
1288         {
1289             copy_ivec(SHIFT_IVEC(g, aj), jt);
1290
1291             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), jt, dt_ij);
1292             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ak), jt, dt_kj);
1293             t1 = IVEC2IS(dt_ij);
1294             t2 = IVEC2IS(dt_kj);
1295         }
1296         rvec_inc(fshift[t1], f_i);
1297         rvec_inc(fshift[CENTRAL], f_j);
1298         rvec_inc(fshift[t2], f_k);
1299     }                                         /* 57 TOTAL       */
1300     return vtot;
1301 }
1302
1303 real urey_bradley(int nbonds,
1304                   const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
1305                   const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
1306                   const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
1307                   real lambda, real *dvdlambda,
1308                   const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
1309                   int gmx_unused *global_atom_index)
1310 {
1311     int  i, m, ai, aj, ak, t1, t2, type, ki;
1312     rvec r_ij, r_kj, r_ik;
1313     real cos_theta, cos_theta2, theta;
1314     real dVdt, va, vtot, dr, dr2, vbond, fbond, fik;
1315     real kthA, th0A, kUBA, r13A, kthB, th0B, kUBB, r13B;
1316     ivec jt, dt_ij, dt_kj, dt_ik;
1317
1318     vtot = 0.0;
1319     for (i = 0; (i < nbonds); )
1320     {
1321         type  = forceatoms[i++];
1322         ai    = forceatoms[i++];
1323         aj    = forceatoms[i++];
1324         ak    = forceatoms[i++];
1325         th0A  = forceparams[type].u_b.thetaA*DEG2RAD;
1326         kthA  = forceparams[type].u_b.kthetaA;
1327         r13A  = forceparams[type].u_b.r13A;
1328         kUBA  = forceparams[type].u_b.kUBA;
1329         th0B  = forceparams[type].u_b.thetaB*DEG2RAD;
1330         kthB  = forceparams[type].u_b.kthetaB;
1331         r13B  = forceparams[type].u_b.r13B;
1332         kUBB  = forceparams[type].u_b.kUBB;
1333
1334         theta  = bond_angle(x[ai], x[aj], x[ak], pbc,
1335                             r_ij, r_kj, &cos_theta, &t1, &t2);                     /*  41               */
1336
1337         *dvdlambda += harmonic(kthA, kthB, th0A, th0B, theta, lambda, &va, &dVdt); /*  21  */
1338         vtot       += va;
1339
1340         ki   = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[ak], r_ik);                               /*   3      */
1341         dr2  = iprod(r_ik, r_ik);                                                   /*   5              */
1342         dr   = dr2*gmx_invsqrt(dr2);                                                /*  10              */
1343
1344         *dvdlambda += harmonic(kUBA, kUBB, r13A, r13B, dr, lambda, &vbond, &fbond); /*  19  */
1345
1346         cos_theta2 = sqr(cos_theta);                                                /*   1              */
1347         if (cos_theta2 < 1)
1348         {
1349             real st, sth;
1350             real cik, cii, ckk;
1351             real nrkj2, nrij2;
1352             rvec f_i, f_j, f_k;
1353
1354             st  = dVdt*gmx_invsqrt(1 - cos_theta2); /*  12              */
1355             sth = st*cos_theta;                     /*   1              */
1356 #ifdef DEBUG
1357             if (debug)
1358             {
1359                 fprintf(debug, "ANGLES: theta = %10g  vth = %10g  dV/dtheta = %10g\n",
1360                         theta*RAD2DEG, va, dVdt);
1361             }
1362 #endif
1363             nrkj2 = iprod(r_kj, r_kj);  /*   5          */
1364             nrij2 = iprod(r_ij, r_ij);
1365
1366             cik = st*gmx_invsqrt(nrkj2*nrij2); /*  12           */
1367             cii = sth/nrij2;                   /*  10           */
1368             ckk = sth/nrkj2;                   /*  10           */
1369
1370             for (m = 0; (m < DIM); m++)        /*  39           */
1371             {
1372                 f_i[m]    = -(cik*r_kj[m]-cii*r_ij[m]);
1373                 f_k[m]    = -(cik*r_ij[m]-ckk*r_kj[m]);
1374                 f_j[m]    = -f_i[m]-f_k[m];
1375                 f[ai][m] += f_i[m];
1376                 f[aj][m] += f_j[m];
1377                 f[ak][m] += f_k[m];
1378             }
1379             if (g)
1380             {
1381                 copy_ivec(SHIFT_IVEC(g, aj), jt);
1382
1383                 ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), jt, dt_ij);
1384                 ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ak), jt, dt_kj);
1385                 t1 = IVEC2IS(dt_ij);
1386                 t2 = IVEC2IS(dt_kj);
1387             }
1388             rvec_inc(fshift[t1], f_i);
1389             rvec_inc(fshift[CENTRAL], f_j);
1390             rvec_inc(fshift[t2], f_k);
1391         }                                       /* 161 TOTAL    */
1392         /* Time for the bond calculations */
1393         if (dr2 == 0.0)
1394         {
1395             continue;
1396         }
1397
1398         vtot  += vbond;            /* 1*/
1399         fbond *= gmx_invsqrt(dr2); /*   6               */
1400
1401         if (g)
1402         {
1403             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), SHIFT_IVEC(g, ak), dt_ik);
1404             ki = IVEC2IS(dt_ik);
1405         }
1406         for (m = 0; (m < DIM); m++)     /*  15          */
1407         {
1408             fik                 = fbond*r_ik[m];
1409             f[ai][m]           += fik;
1410             f[ak][m]           -= fik;
1411             fshift[ki][m]      += fik;
1412             fshift[CENTRAL][m] -= fik;
1413         }
1414     }
1415     return vtot;
1416 }
1417
1418 real quartic_angles(int nbonds,
1419                     const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
1420                     const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
1421                     const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
1422                     real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda,
1423                     const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
1424                     int gmx_unused *global_atom_index)
1425 {
1426     int  i, j, ai, aj, ak, t1, t2, type;
1427     rvec r_ij, r_kj;
1428     real cos_theta, cos_theta2, theta, dt, dVdt, va, dtp, c, vtot;
1429     ivec jt, dt_ij, dt_kj;
1430
1431     vtot = 0.0;
1432     for (i = 0; (i < nbonds); )
1433     {
1434         type = forceatoms[i++];
1435         ai   = forceatoms[i++];
1436         aj   = forceatoms[i++];
1437         ak   = forceatoms[i++];
1438
1439         theta  = bond_angle(x[ai], x[aj], x[ak], pbc,
1440                             r_ij, r_kj, &cos_theta, &t1, &t2); /*  41           */
1441
1442         dt = theta - forceparams[type].qangle.theta*DEG2RAD;   /* 2          */
1443
1444         dVdt = 0;
1445         va   = forceparams[type].qangle.c[0];
1446         dtp  = 1.0;
1447         for (j = 1; j <= 4; j++)
1448         {
1449             c     = forceparams[type].qangle.c[j];
1450             dVdt -= j*c*dtp;
1451             dtp  *= dt;
1452             va   += c*dtp;
1453         }
1454         /* 20 */
1455
1456         vtot += va;
1457
1458         cos_theta2 = sqr(cos_theta);            /*   1          */
1459         if (cos_theta2 < 1)
1460         {
1461             int  m;
1462             real st, sth;
1463             real cik, cii, ckk;
1464             real nrkj2, nrij2;
1465             rvec f_i, f_j, f_k;
1466
1467             st  = dVdt*gmx_invsqrt(1 - cos_theta2); /*  12              */
1468             sth = st*cos_theta;                     /*   1              */
1469 #ifdef DEBUG
1470             if (debug)
1471             {
1472                 fprintf(debug, "ANGLES: theta = %10g  vth = %10g  dV/dtheta = %10g\n",
1473                         theta*RAD2DEG, va, dVdt);
1474             }
1475 #endif
1476             nrkj2 = iprod(r_kj, r_kj);  /*   5          */
1477             nrij2 = iprod(r_ij, r_ij);
1478
1479             cik = st*gmx_invsqrt(nrkj2*nrij2); /*  12           */
1480             cii = sth/nrij2;                   /*  10           */
1481             ckk = sth/nrkj2;                   /*  10           */
1482
1483             for (m = 0; (m < DIM); m++)        /*  39           */
1484             {
1485                 f_i[m]    = -(cik*r_kj[m]-cii*r_ij[m]);
1486                 f_k[m]    = -(cik*r_ij[m]-ckk*r_kj[m]);
1487                 f_j[m]    = -f_i[m]-f_k[m];
1488                 f[ai][m] += f_i[m];
1489                 f[aj][m] += f_j[m];
1490                 f[ak][m] += f_k[m];
1491             }
1492             if (g)
1493             {
1494                 copy_ivec(SHIFT_IVEC(g, aj), jt);
1495
1496                 ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), jt, dt_ij);
1497                 ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ak), jt, dt_kj);
1498                 t1 = IVEC2IS(dt_ij);
1499                 t2 = IVEC2IS(dt_kj);
1500             }
1501             rvec_inc(fshift[t1], f_i);
1502             rvec_inc(fshift[CENTRAL], f_j);
1503             rvec_inc(fshift[t2], f_k);
1504         }                                       /* 153 TOTAL    */
1505     }
1506     return vtot;
1507 }
1508
1509 real dih_angle(const rvec xi, const rvec xj, const rvec xk, const rvec xl,
1510                const t_pbc *pbc,
1511                rvec r_ij, rvec r_kj, rvec r_kl, rvec m, rvec n,
1512                real *sign, int *t1, int *t2, int *t3)
1513 {
1514     real ipr, phi;
1515
1516     *t1 = pbc_rvec_sub(pbc, xi, xj, r_ij); /*  3        */
1517     *t2 = pbc_rvec_sub(pbc, xk, xj, r_kj); /*  3                */
1518     *t3 = pbc_rvec_sub(pbc, xk, xl, r_kl); /*  3                */
1519
1520     cprod(r_ij, r_kj, m);                  /*  9        */
1521     cprod(r_kj, r_kl, n);                  /*  9                */
1522     phi     = gmx_angle(m, n);             /* 49 (assuming 25 for atan2) */
1523     ipr     = iprod(r_ij, n);              /*  5        */
1524     (*sign) = (ipr < 0.0) ? -1.0 : 1.0;
1525     phi     = (*sign)*phi;                 /*  1                */
1526     /* 82 TOTAL */
1527     return phi;
1528 }
1529
1530
1531 #ifdef GMX_SIMD_HAVE_REAL
1532
1533 /* As dih_angle above, but calculates 4 dihedral angles at once using SIMD,
1534  * also calculates the pre-factor required for the dihedral force update.
1535  * Note that bv and buf should be register aligned.
1536  */
1537 static gmx_inline void
1538 dih_angle_simd(const rvec *x,
1539                const int *ai, const int *aj, const int *ak, const int *al,
1540                const pbc_simd_t *pbc,
1541                real *dr,
1542                gmx_simd_real_t *phi_S,
1543                gmx_simd_real_t *mx_S, gmx_simd_real_t *my_S, gmx_simd_real_t *mz_S,
1544                gmx_simd_real_t *nx_S, gmx_simd_real_t *ny_S, gmx_simd_real_t *nz_S,
1545                gmx_simd_real_t *nrkj_m2_S,
1546                gmx_simd_real_t *nrkj_n2_S,
1547                real *p,
1548                real *q)
1549 {
1550     int             s, m;
1551     gmx_simd_real_t rijx_S, rijy_S, rijz_S;
1552     gmx_simd_real_t rkjx_S, rkjy_S, rkjz_S;
1553     gmx_simd_real_t rklx_S, rkly_S, rklz_S;
1554     gmx_simd_real_t cx_S, cy_S, cz_S;
1555     gmx_simd_real_t cn_S;
1556     gmx_simd_real_t s_S;
1557     gmx_simd_real_t ipr_S;
1558     gmx_simd_real_t iprm_S, iprn_S;
1559     gmx_simd_real_t nrkj2_S, nrkj_1_S, nrkj_2_S, nrkj_S;
1560     gmx_simd_real_t toler_S;
1561     gmx_simd_real_t p_S, q_S;
1562     gmx_simd_real_t nrkj2_min_S;
1563     gmx_simd_real_t real_eps_S;
1564
1565     /* Used to avoid division by zero.
1566      * We take into acount that we multiply the result by real_eps_S.
1567      */
1568     nrkj2_min_S = gmx_simd_set1_r(GMX_REAL_MIN/(2*GMX_REAL_EPS));
1569
1570     /* The value of the last significant bit (GMX_REAL_EPS is half of that) */
1571     real_eps_S  = gmx_simd_set1_r(2*GMX_REAL_EPS);
1572
1573     for (s = 0; s < GMX_SIMD_REAL_WIDTH; s++)
1574     {
1575         /* If you can't use pbc_dx_simd below for PBC, e.g. because
1576          * you can't round in SIMD, use pbc_rvec_sub here.
1577          */
1578         for (m = 0; m < DIM; m++)
1579         {
1580             dr[s + (0*DIM + m)*GMX_SIMD_REAL_WIDTH] = x[ai[s]][m] - x[aj[s]][m];
1581             dr[s + (1*DIM + m)*GMX_SIMD_REAL_WIDTH] = x[ak[s]][m] - x[aj[s]][m];
1582             dr[s + (2*DIM + m)*GMX_SIMD_REAL_WIDTH] = x[ak[s]][m] - x[al[s]][m];
1583         }
1584     }
1585
1586     rijx_S = gmx_simd_load_r(dr + 0*GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1587     rijy_S = gmx_simd_load_r(dr + 1*GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1588     rijz_S = gmx_simd_load_r(dr + 2*GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1589     rkjx_S = gmx_simd_load_r(dr + 3*GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1590     rkjy_S = gmx_simd_load_r(dr + 4*GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1591     rkjz_S = gmx_simd_load_r(dr + 5*GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1592     rklx_S = gmx_simd_load_r(dr + 6*GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1593     rkly_S = gmx_simd_load_r(dr + 7*GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1594     rklz_S = gmx_simd_load_r(dr + 8*GMX_SIMD_REAL_WIDTH);
1595
1596     pbc_dx_simd(&rijx_S, &rijy_S, &rijz_S, pbc);
1597     pbc_dx_simd(&rkjx_S, &rkjy_S, &rkjz_S, pbc);
1598     pbc_dx_simd(&rklx_S, &rkly_S, &rklz_S, pbc);
1599
1600     gmx_simd_cprod_r(rijx_S, rijy_S, rijz_S,
1601                      rkjx_S, rkjy_S, rkjz_S,
1602                      mx_S, my_S, mz_S);
1603
1604     gmx_simd_cprod_r(rkjx_S, rkjy_S, rkjz_S,
1605                      rklx_S, rkly_S, rklz_S,
1606                      nx_S, ny_S, nz_S);
1607
1608     gmx_simd_cprod_r(*mx_S, *my_S, *mz_S,
1609                      *nx_S, *ny_S, *nz_S,
1610                      &cx_S, &cy_S, &cz_S);
1611
1612     cn_S       = gmx_simd_sqrt_r(gmx_simd_norm2_r(cx_S, cy_S, cz_S));
1613
1614     s_S        = gmx_simd_iprod_r(*mx_S, *my_S, *mz_S, *nx_S, *ny_S, *nz_S);
1615
1616     /* Determine the dihedral angle, the sign might need correction */
1617     *phi_S     = gmx_simd_atan2_r(cn_S, s_S);
1618
1619     ipr_S      = gmx_simd_iprod_r(rijx_S, rijy_S, rijz_S,
1620                                   *nx_S, *ny_S, *nz_S);
1621
1622     iprm_S     = gmx_simd_norm2_r(*mx_S, *my_S, *mz_S);
1623     iprn_S     = gmx_simd_norm2_r(*nx_S, *ny_S, *nz_S);
1624
1625     nrkj2_S    = gmx_simd_norm2_r(rkjx_S, rkjy_S, rkjz_S);
1626
1627     /* Avoid division by zero. When zero, the result is multiplied by 0
1628      * anyhow, so the 3 max below do not affect the final result.
1629      */
1630     nrkj2_S    = gmx_simd_max_r(nrkj2_S, nrkj2_min_S);
1631     nrkj_1_S   = gmx_simd_invsqrt_r(nrkj2_S);
1632     nrkj_2_S   = gmx_simd_mul_r(nrkj_1_S, nrkj_1_S);
1633     nrkj_S     = gmx_simd_mul_r(nrkj2_S, nrkj_1_S);
1634
1635     toler_S    = gmx_simd_mul_r(nrkj2_S, real_eps_S);
1636
1637     /* Here the plain-C code uses a conditional, but we can't do that in SIMD.
1638      * So we take a max with the tolerance instead. Since we multiply with
1639      * m or n later, the max does not affect the results.
1640      */
1641     iprm_S     = gmx_simd_max_r(iprm_S, toler_S);
1642     iprn_S     = gmx_simd_max_r(iprn_S, toler_S);
1643     *nrkj_m2_S = gmx_simd_mul_r(nrkj_S, gmx_simd_inv_r(iprm_S));
1644     *nrkj_n2_S = gmx_simd_mul_r(nrkj_S, gmx_simd_inv_r(iprn_S));
1645
1646     /* Set sign of phi_S with the sign of ipr_S; phi_S is currently positive */
1647     *phi_S     = gmx_simd_xor_sign_r(*phi_S, ipr_S);
1648     p_S        = gmx_simd_iprod_r(rijx_S, rijy_S, rijz_S,
1649                                   rkjx_S, rkjy_S, rkjz_S);
1650     p_S        = gmx_simd_mul_r(p_S, nrkj_2_S);
1651
1652     q_S        = gmx_simd_iprod_r(rklx_S, rkly_S, rklz_S,
1653                                   rkjx_S, rkjy_S, rkjz_S);
1654     q_S        = gmx_simd_mul_r(q_S, nrkj_2_S);
1655
1656     gmx_simd_store_r(p, p_S);
1657     gmx_simd_store_r(q, q_S);
1658 }
1659
1660 #endif /* GMX_SIMD_HAVE_REAL */
1661
1662
1663 void do_dih_fup(int i, int j, int k, int l, real ddphi,
1664                 rvec r_ij, rvec r_kj, rvec r_kl,
1665                 rvec m, rvec n, rvec f[], rvec fshift[],
1666                 const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
1667                 const rvec x[], int t1, int t2, int t3)
1668 {
1669     /* 143 FLOPS */
1670     rvec f_i, f_j, f_k, f_l;
1671     rvec uvec, vvec, svec, dx_jl;
1672     real iprm, iprn, nrkj, nrkj2, nrkj_1, nrkj_2;
1673     real a, b, p, q, toler;
1674     ivec jt, dt_ij, dt_kj, dt_lj;
1675
1676     iprm  = iprod(m, m);       /*  5    */
1677     iprn  = iprod(n, n);       /*  5    */
1678     nrkj2 = iprod(r_kj, r_kj); /*  5    */
1679     toler = nrkj2*GMX_REAL_EPS;
1680     if ((iprm > toler) && (iprn > toler))
1681     {
1682         nrkj_1 = gmx_invsqrt(nrkj2); /* 10      */
1683         nrkj_2 = nrkj_1*nrkj_1;      /*  1      */
1684         nrkj   = nrkj2*nrkj_1;       /*  1      */
1685         a      = -ddphi*nrkj/iprm;   /* 11      */
1686         svmul(a, m, f_i);            /*  3      */
1687         b     = ddphi*nrkj/iprn;     /* 11      */
1688         svmul(b, n, f_l);            /*  3  */
1689         p     = iprod(r_ij, r_kj);   /*  5      */
1690         p    *= nrkj_2;              /*  1      */
1691         q     = iprod(r_kl, r_kj);   /*  5      */
1692         q    *= nrkj_2;              /*  1      */
1693         svmul(p, f_i, uvec);         /*  3      */
1694         svmul(q, f_l, vvec);         /*  3      */
1695         rvec_sub(uvec, vvec, svec);  /*  3      */
1696         rvec_sub(f_i, svec, f_j);    /*  3      */
1697         rvec_add(f_l, svec, f_k);    /*  3      */
1698         rvec_inc(f[i], f_i);         /*  3      */
1699         rvec_dec(f[j], f_j);         /*  3      */
1700         rvec_dec(f[k], f_k);         /*  3      */
1701         rvec_inc(f[l], f_l);         /*  3      */
1702
1703         if (g)
1704         {
1705             copy_ivec(SHIFT_IVEC(g, j), jt);
1706             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, i), jt, dt_ij);
1707             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, k), jt, dt_kj);
1708             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, l), jt, dt_lj);
1709             t1 = IVEC2IS(dt_ij);
1710             t2 = IVEC2IS(dt_kj);
1711             t3 = IVEC2IS(dt_lj);
1712         }
1713         else if (pbc)
1714         {
1715             t3 = pbc_rvec_sub(pbc, x[l], x[j], dx_jl);
1716         }
1717         else
1718         {
1719             t3 = CENTRAL;
1720         }
1721
1722         rvec_inc(fshift[t1], f_i);
1723         rvec_dec(fshift[CENTRAL], f_j);
1724         rvec_dec(fshift[t2], f_k);
1725         rvec_inc(fshift[t3], f_l);
1726     }
1727     /* 112 TOTAL    */
1728 }
1729
1730 /* As do_dih_fup above, but without shift forces */
1731 static void
1732 do_dih_fup_noshiftf(int i, int j, int k, int l, real ddphi,
1733                     rvec r_ij, rvec r_kj, rvec r_kl,
1734                     rvec m, rvec n, rvec f[])
1735 {
1736     rvec f_i, f_j, f_k, f_l;
1737     rvec uvec, vvec, svec;
1738     real iprm, iprn, nrkj, nrkj2, nrkj_1, nrkj_2;
1739     real a, b, p, q, toler;
1740
1741     iprm  = iprod(m, m);       /*  5    */
1742     iprn  = iprod(n, n);       /*  5    */
1743     nrkj2 = iprod(r_kj, r_kj); /*  5    */
1744     toler = nrkj2*GMX_REAL_EPS;
1745     if ((iprm > toler) && (iprn > toler))
1746     {
1747         nrkj_1 = gmx_invsqrt(nrkj2); /* 10      */
1748         nrkj_2 = nrkj_1*nrkj_1;      /*  1      */
1749         nrkj   = nrkj2*nrkj_1;       /*  1      */
1750         a      = -ddphi*nrkj/iprm;   /* 11      */
1751         svmul(a, m, f_i);            /*  3      */
1752         b     = ddphi*nrkj/iprn;     /* 11      */
1753         svmul(b, n, f_l);            /*  3  */
1754         p     = iprod(r_ij, r_kj);   /*  5      */
1755         p    *= nrkj_2;              /*  1      */
1756         q     = iprod(r_kl, r_kj);   /*  5      */
1757         q    *= nrkj_2;              /*  1      */
1758         svmul(p, f_i, uvec);         /*  3      */
1759         svmul(q, f_l, vvec);         /*  3      */
1760         rvec_sub(uvec, vvec, svec);  /*  3      */
1761         rvec_sub(f_i, svec, f_j);    /*  3      */
1762         rvec_add(f_l, svec, f_k);    /*  3      */
1763         rvec_inc(f[i], f_i);         /*  3      */
1764         rvec_dec(f[j], f_j);         /*  3      */
1765         rvec_dec(f[k], f_k);         /*  3      */
1766         rvec_inc(f[l], f_l);         /*  3      */
1767     }
1768 }
1769
1770 /* As do_dih_fup_noshiftf above, but with pre-calculated pre-factors */
1771 static gmx_inline void
1772 do_dih_fup_noshiftf_precalc(int i, int j, int k, int l,
1773                             real p, real q,
1774                             real f_i_x, real f_i_y, real f_i_z,
1775                             real mf_l_x, real mf_l_y, real mf_l_z,
1776                             rvec f[])
1777 {
1778     rvec f_i, f_j, f_k, f_l;
1779     rvec uvec, vvec, svec;
1780
1781     f_i[XX] = f_i_x;
1782     f_i[YY] = f_i_y;
1783     f_i[ZZ] = f_i_z;
1784     f_l[XX] = -mf_l_x;
1785     f_l[YY] = -mf_l_y;
1786     f_l[ZZ] = -mf_l_z;
1787     svmul(p, f_i, uvec);
1788     svmul(q, f_l, vvec);
1789     rvec_sub(uvec, vvec, svec);
1790     rvec_sub(f_i, svec, f_j);
1791     rvec_add(f_l, svec, f_k);
1792     rvec_inc(f[i], f_i);
1793     rvec_dec(f[j], f_j);
1794     rvec_dec(f[k], f_k);
1795     rvec_inc(f[l], f_l);
1796 }
1797
1798
1799 real dopdihs(real cpA, real cpB, real phiA, real phiB, int mult,
1800              real phi, real lambda, real *V, real *F)
1801 {
1802     real v, dvdlambda, mdphi, v1, sdphi, ddphi;
1803     real L1   = 1.0 - lambda;
1804     real ph0  = (L1*phiA + lambda*phiB)*DEG2RAD;
1805     real dph0 = (phiB - phiA)*DEG2RAD;
1806     real cp   = L1*cpA + lambda*cpB;
1807
1808     mdphi =  mult*phi - ph0;
1809     sdphi = sin(mdphi);
1810     ddphi = -cp*mult*sdphi;
1811     v1    = 1.0 + cos(mdphi);
1812     v     = cp*v1;
1813
1814     dvdlambda  = (cpB - cpA)*v1 + cp*dph0*sdphi;
1815
1816     *V = v;
1817     *F = ddphi;
1818
1819     return dvdlambda;
1820
1821     /* That was 40 flops */
1822 }
1823
1824 static void
1825 dopdihs_noener(real cpA, real cpB, real phiA, real phiB, int mult,
1826                real phi, real lambda, real *F)
1827 {
1828     real mdphi, sdphi, ddphi;
1829     real L1   = 1.0 - lambda;
1830     real ph0  = (L1*phiA + lambda*phiB)*DEG2RAD;
1831     real cp   = L1*cpA + lambda*cpB;
1832
1833     mdphi = mult*phi - ph0;
1834     sdphi = sin(mdphi);
1835     ddphi = -cp*mult*sdphi;
1836
1837     *F = ddphi;
1838
1839     /* That was 20 flops */
1840 }
1841
1842 static void
1843 dopdihs_mdphi(real cpA, real cpB, real phiA, real phiB, int mult,
1844               real phi, real lambda, real *cp, real *mdphi)
1845 {
1846     real L1   = 1.0 - lambda;
1847     real ph0  = (L1*phiA + lambda*phiB)*DEG2RAD;
1848
1849     *cp    = L1*cpA + lambda*cpB;
1850
1851     *mdphi = mult*phi - ph0;
1852 }
1853
1854 static real dopdihs_min(real cpA, real cpB, real phiA, real phiB, int mult,
1855                         real phi, real lambda, real *V, real *F)
1856 /* similar to dopdihs, except for a minus sign  *
1857  * and a different treatment of mult/phi0       */
1858 {
1859     real v, dvdlambda, mdphi, v1, sdphi, ddphi;
1860     real L1   = 1.0 - lambda;
1861     real ph0  = (L1*phiA + lambda*phiB)*DEG2RAD;
1862     real dph0 = (phiB - phiA)*DEG2RAD;
1863     real cp   = L1*cpA + lambda*cpB;
1864
1865     mdphi = mult*(phi-ph0);
1866     sdphi = sin(mdphi);
1867     ddphi = cp*mult*sdphi;
1868     v1    = 1.0-cos(mdphi);
1869     v     = cp*v1;
1870
1871     dvdlambda  = (cpB-cpA)*v1 + cp*dph0*sdphi;
1872
1873     *V = v;
1874     *F = ddphi;
1875
1876     return dvdlambda;
1877
1878     /* That was 40 flops */
1879 }
1880
1881 real pdihs(int nbonds,
1882            const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
1883            const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
1884            const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
1885            real lambda, real *dvdlambda,
1886            const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
1887            int gmx_unused *global_atom_index)
1888 {
1889     int  i, type, ai, aj, ak, al;
1890     int  t1, t2, t3;
1891     rvec r_ij, r_kj, r_kl, m, n;
1892     real phi, sign, ddphi, vpd, vtot;
1893
1894     vtot = 0.0;
1895
1896     for (i = 0; (i < nbonds); )
1897     {
1898         type = forceatoms[i++];
1899         ai   = forceatoms[i++];
1900         aj   = forceatoms[i++];
1901         ak   = forceatoms[i++];
1902         al   = forceatoms[i++];
1903
1904         phi = dih_angle(x[ai], x[aj], x[ak], x[al], pbc, r_ij, r_kj, r_kl, m, n,
1905                         &sign, &t1, &t2, &t3);  /*  84      */
1906         *dvdlambda += dopdihs(forceparams[type].pdihs.cpA,
1907                               forceparams[type].pdihs.cpB,
1908                               forceparams[type].pdihs.phiA,
1909                               forceparams[type].pdihs.phiB,
1910                               forceparams[type].pdihs.mult,
1911                               phi, lambda, &vpd, &ddphi);
1912
1913         vtot += vpd;
1914         do_dih_fup(ai, aj, ak, al, ddphi, r_ij, r_kj, r_kl, m, n,
1915                    f, fshift, pbc, g, x, t1, t2, t3); /* 112            */
1916
1917 #ifdef DEBUG
1918         fprintf(debug, "pdih: (%d,%d,%d,%d) phi=%g\n",
1919                 ai, aj, ak, al, phi);
1920 #endif
1921     } /* 223 TOTAL  */
1922
1923     return vtot;
1924 }
1925
1926 void make_dp_periodic(real *dp)  /* 1 flop? */
1927 {
1928     /* dp cannot be outside (-pi,pi) */
1929     if (*dp >= M_PI)
1930     {
1931         *dp -= 2*M_PI;
1932     }
1933     else if (*dp < -M_PI)
1934     {
1935         *dp += 2*M_PI;
1936     }
1937     return;
1938 }
1939
1940 /* As pdihs above, but without calculating energies and shift forces */
1941 static void
1942 pdihs_noener(int nbonds,
1943              const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
1944              const rvec x[], rvec f[],
1945              const t_pbc gmx_unused *pbc, const t_graph gmx_unused *g,
1946              real lambda,
1947              const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
1948              int gmx_unused *global_atom_index)
1949 {
1950     int  i, type, ai, aj, ak, al;
1951     int  t1, t2, t3;
1952     rvec r_ij, r_kj, r_kl, m, n;
1953     real phi, sign, ddphi_tot, ddphi;
1954
1955     for (i = 0; (i < nbonds); )
1956     {
1957         ai   = forceatoms[i+1];
1958         aj   = forceatoms[i+2];
1959         ak   = forceatoms[i+3];
1960         al   = forceatoms[i+4];
1961
1962         phi = dih_angle(x[ai], x[aj], x[ak], x[al], pbc, r_ij, r_kj, r_kl, m, n,
1963                         &sign, &t1, &t2, &t3);
1964
1965         ddphi_tot = 0;
1966
1967         /* Loop over dihedrals working on the same atoms,
1968          * so we avoid recalculating angles and force distributions.
1969          */
1970         do
1971         {
1972             type = forceatoms[i];
1973             dopdihs_noener(forceparams[type].pdihs.cpA,
1974                            forceparams[type].pdihs.cpB,
1975                            forceparams[type].pdihs.phiA,
1976                            forceparams[type].pdihs.phiB,
1977                            forceparams[type].pdihs.mult,
1978                            phi, lambda, &ddphi);
1979             ddphi_tot += ddphi;
1980
1981             i += 5;
1982         }
1983         while (i < nbonds &&
1984                forceatoms[i+1] == ai &&
1985                forceatoms[i+2] == aj &&
1986                forceatoms[i+3] == ak &&
1987                forceatoms[i+4] == al);
1988
1989         do_dih_fup_noshiftf(ai, aj, ak, al, ddphi_tot, r_ij, r_kj, r_kl, m, n, f);
1990     }
1991 }
1992
1993
1994 #ifdef GMX_SIMD_HAVE_REAL
1995
1996 /* As pdihs_noner above, but using SIMD to calculate many dihedrals at once */
1997 static void
1998 pdihs_noener_simd(int nbonds,
1999                   const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
2000                   const rvec x[], rvec f[],
2001                   const t_pbc *pbc, const t_graph gmx_unused *g,
2002                   real gmx_unused lambda,
2003                   const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
2004                   int gmx_unused *global_atom_index)
2005 {
2006     const int             nfa1 = 5;
2007     int                   i, iu, s;
2008     int                   type, ai[GMX_SIMD_REAL_WIDTH], aj[GMX_SIMD_REAL_WIDTH], ak[GMX_SIMD_REAL_WIDTH], al[GMX_SIMD_REAL_WIDTH];
2009     real                  dr_array[3*DIM*GMX_SIMD_REAL_WIDTH+GMX_SIMD_REAL_WIDTH], *dr;
2010     real                  buf_array[7*GMX_SIMD_REAL_WIDTH+GMX_SIMD_REAL_WIDTH], *buf;
2011     real                 *cp, *phi0, *mult, *p, *q;
2012     gmx_simd_real_t       phi0_S, phi_S;
2013     gmx_simd_real_t       mx_S, my_S, mz_S;
2014     gmx_simd_real_t       nx_S, ny_S, nz_S;
2015     gmx_simd_real_t       nrkj_m2_S, nrkj_n2_S;
2016     gmx_simd_real_t       cp_S, mdphi_S, mult_S;
2017     gmx_simd_real_t       sin_S, cos_S;
2018     gmx_simd_real_t       mddphi_S;
2019     gmx_simd_real_t       sf_i_S, msf_l_S;
2020     pbc_simd_t            pbc_simd;
2021
2022     /* Ensure SIMD register alignment */
2023     dr  = gmx_simd_align_r(dr_array);
2024     buf = gmx_simd_align_r(buf_array);
2025
2026     /* Extract aligned pointer for parameters and variables */
2027     cp    = buf + 0*GMX_SIMD_REAL_WIDTH;
2028     phi0  = buf + 1*GMX_SIMD_REAL_WIDTH;
2029     mult  = buf + 2*GMX_SIMD_REAL_WIDTH;
2030     p     = buf + 3*GMX_SIMD_REAL_WIDTH;
2031     q     = buf + 4*GMX_SIMD_REAL_WIDTH;
2032
2033     set_pbc_simd(pbc, &pbc_simd);
2034
2035     /* nbonds is the number of dihedrals times nfa1, here we step GMX_SIMD_REAL_WIDTH dihs */
2036     for (i = 0; (i < nbonds); i += GMX_SIMD_REAL_WIDTH*nfa1)
2037     {
2038         /* Collect atoms quadruplets for GMX_SIMD_REAL_WIDTH dihedrals.
2039          * iu indexes into forceatoms, we should not let iu go beyond nbonds.
2040          */
2041         iu = i;
2042         for (s = 0; s < GMX_SIMD_REAL_WIDTH; s++)
2043         {
2044             type  = forceatoms[iu];
2045             ai[s] = forceatoms[iu+1];
2046             aj[s] = forceatoms[iu+2];
2047             ak[s] = forceatoms[iu+3];
2048             al[s] = forceatoms[iu+4];
2049
2050             cp[s]   = forceparams[type].pdihs.cpA;
2051             phi0[s] = forceparams[type].pdihs.phiA*DEG2RAD;
2052             mult[s] = forceparams[type].pdihs.mult;
2053
2054             /* At the end fill the arrays with identical entries */
2055             if (iu + nfa1 < nbonds)
2056             {
2057                 iu += nfa1;
2058             }
2059         }
2060
2061         /* Caclulate GMX_SIMD_REAL_WIDTH dihedral angles at once */
2062         dih_angle_simd(x, ai, aj, ak, al, &pbc_simd,
2063                        dr,
2064                        &phi_S,
2065                        &mx_S, &my_S, &mz_S,
2066                        &nx_S, &ny_S, &nz_S,
2067                        &nrkj_m2_S,
2068                        &nrkj_n2_S,
2069                        p, q);
2070
2071         cp_S     = gmx_simd_load_r(cp);
2072         phi0_S   = gmx_simd_load_r(phi0);
2073         mult_S   = gmx_simd_load_r(mult);
2074
2075         mdphi_S  = gmx_simd_sub_r(gmx_simd_mul_r(mult_S, phi_S), phi0_S);
2076
2077         /* Calculate GMX_SIMD_REAL_WIDTH sines at once */
2078         gmx_simd_sincos_r(mdphi_S, &sin_S, &cos_S);
2079         mddphi_S = gmx_simd_mul_r(gmx_simd_mul_r(cp_S, mult_S), sin_S);
2080         sf_i_S   = gmx_simd_mul_r(mddphi_S, nrkj_m2_S);
2081         msf_l_S  = gmx_simd_mul_r(mddphi_S, nrkj_n2_S);
2082
2083         /* After this m?_S will contain f[i] */
2084         mx_S     = gmx_simd_mul_r(sf_i_S, mx_S);
2085         my_S     = gmx_simd_mul_r(sf_i_S, my_S);
2086         mz_S     = gmx_simd_mul_r(sf_i_S, mz_S);
2087
2088         /* After this m?_S will contain -f[l] */
2089         nx_S     = gmx_simd_mul_r(msf_l_S, nx_S);
2090         ny_S     = gmx_simd_mul_r(msf_l_S, ny_S);
2091         nz_S     = gmx_simd_mul_r(msf_l_S, nz_S);
2092
2093         gmx_simd_store_r(dr + 0*GMX_SIMD_REAL_WIDTH, mx_S);
2094         gmx_simd_store_r(dr + 1*GMX_SIMD_REAL_WIDTH, my_S);
2095         gmx_simd_store_r(dr + 2*GMX_SIMD_REAL_WIDTH, mz_S);
2096         gmx_simd_store_r(dr + 3*GMX_SIMD_REAL_WIDTH, nx_S);
2097         gmx_simd_store_r(dr + 4*GMX_SIMD_REAL_WIDTH, ny_S);
2098         gmx_simd_store_r(dr + 5*GMX_SIMD_REAL_WIDTH, nz_S);
2099
2100         iu = i;
2101         s  = 0;
2102         do
2103         {
2104             do_dih_fup_noshiftf_precalc(ai[s], aj[s], ak[s], al[s],
2105                                         p[s], q[s],
2106                                         dr[     XX *GMX_SIMD_REAL_WIDTH+s],
2107                                         dr[     YY *GMX_SIMD_REAL_WIDTH+s],
2108                                         dr[     ZZ *GMX_SIMD_REAL_WIDTH+s],
2109                                         dr[(DIM+XX)*GMX_SIMD_REAL_WIDTH+s],
2110                                         dr[(DIM+YY)*GMX_SIMD_REAL_WIDTH+s],
2111                                         dr[(DIM+ZZ)*GMX_SIMD_REAL_WIDTH+s],
2112                                         f);
2113             s++;
2114             iu += nfa1;
2115         }
2116         while (s < GMX_SIMD_REAL_WIDTH && iu < nbonds);
2117     }
2118 }
2119
2120 #endif /* GMX_SIMD_HAVE_REAL */
2121
2122
2123 real idihs(int nbonds,
2124            const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
2125            const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
2126            const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
2127            real lambda, real *dvdlambda,
2128            const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
2129            int gmx_unused *global_atom_index)
2130 {
2131     int  i, type, ai, aj, ak, al;
2132     int  t1, t2, t3;
2133     real phi, phi0, dphi0, ddphi, sign, vtot;
2134     rvec r_ij, r_kj, r_kl, m, n;
2135     real L1, kk, dp, dp2, kA, kB, pA, pB, dvdl_term;
2136
2137     L1        = 1.0-lambda;
2138     dvdl_term = 0;
2139     vtot      = 0.0;
2140     for (i = 0; (i < nbonds); )
2141     {
2142         type = forceatoms[i++];
2143         ai   = forceatoms[i++];
2144         aj   = forceatoms[i++];
2145         ak   = forceatoms[i++];
2146         al   = forceatoms[i++];
2147
2148         phi = dih_angle(x[ai], x[aj], x[ak], x[al], pbc, r_ij, r_kj, r_kl, m, n,
2149                         &sign, &t1, &t2, &t3);  /*  84          */
2150
2151         /* phi can jump if phi0 is close to Pi/-Pi, which will cause huge
2152          * force changes if we just apply a normal harmonic.
2153          * Instead, we first calculate phi-phi0 and take it modulo (-Pi,Pi).
2154          * This means we will never have the periodicity problem, unless
2155          * the dihedral is Pi away from phiO, which is very unlikely due to
2156          * the potential.
2157          */
2158         kA = forceparams[type].harmonic.krA;
2159         kB = forceparams[type].harmonic.krB;
2160         pA = forceparams[type].harmonic.rA;
2161         pB = forceparams[type].harmonic.rB;
2162
2163         kk    = L1*kA + lambda*kB;
2164         phi0  = (L1*pA + lambda*pB)*DEG2RAD;
2165         dphi0 = (pB - pA)*DEG2RAD;
2166
2167         dp = phi-phi0;
2168
2169         make_dp_periodic(&dp);
2170
2171         dp2 = dp*dp;
2172
2173         vtot += 0.5*kk*dp2;
2174         ddphi = -kk*dp;
2175
2176         dvdl_term += 0.5*(kB - kA)*dp2 - kk*dphi0*dp;
2177
2178         do_dih_fup(ai, aj, ak, al, -ddphi, r_ij, r_kj, r_kl, m, n,
2179                    f, fshift, pbc, g, x, t1, t2, t3); /* 112            */
2180         /* 218 TOTAL    */
2181 #ifdef DEBUG
2182         if (debug)
2183         {
2184             fprintf(debug, "idih: (%d,%d,%d,%d) phi=%g\n",
2185                     ai, aj, ak, al, phi);
2186         }
2187 #endif
2188     }
2189
2190     *dvdlambda += dvdl_term;
2191     return vtot;
2192 }
2193
2194
2195 /*! \brief returns dx, rdist, and dpdl for functions posres() and fbposres()
2196  */
2197 static void posres_dx(const rvec x, const rvec pos0A, const rvec pos0B,
2198                       const rvec comA_sc, const rvec comB_sc,
2199                       real lambda,
2200                       t_pbc *pbc, int refcoord_scaling, int npbcdim,
2201                       rvec dx, rvec rdist, rvec dpdl)
2202 {
2203     int  m, d;
2204     real posA, posB, L1, ref = 0.;
2205     rvec pos;
2206
2207     L1 = 1.0-lambda;
2208
2209     for (m = 0; m < DIM; m++)
2210     {
2211         posA = pos0A[m];
2212         posB = pos0B[m];
2213         if (m < npbcdim)
2214         {
2215             switch (refcoord_scaling)
2216             {
2217                 case erscNO:
2218                     ref      = 0;
2219                     rdist[m] = L1*posA + lambda*posB;
2220                     dpdl[m]  = posB - posA;
2221                     break;
2222                 case erscALL:
2223                     /* Box relative coordinates are stored for dimensions with pbc */
2224                     posA *= pbc->box[m][m];
2225                     posB *= pbc->box[m][m];
2226                     assert(npbcdim <= DIM);
2227                     for (d = m+1; d < npbcdim; d++)
2228                     {
2229                         posA += pos0A[d]*pbc->box[d][m];
2230                         posB += pos0B[d]*pbc->box[d][m];
2231                     }
2232                     ref      = L1*posA + lambda*posB;
2233                     rdist[m] = 0;
2234                     dpdl[m]  = posB - posA;
2235                     break;
2236                 case erscCOM:
2237                     ref      = L1*comA_sc[m] + lambda*comB_sc[m];
2238                     rdist[m] = L1*posA       + lambda*posB;
2239                     dpdl[m]  = comB_sc[m] - comA_sc[m] + posB - posA;
2240                     break;
2241                 default:
2242                     gmx_fatal(FARGS, "No such scaling method implemented");
2243             }
2244         }
2245         else
2246         {
2247             ref      = L1*posA + lambda*posB;
2248             rdist[m] = 0;
2249             dpdl[m]  = posB - posA;
2250         }
2251
2252         /* We do pbc_dx with ref+rdist,
2253          * since with only ref we can be up to half a box vector wrong.
2254          */
2255         pos[m] = ref + rdist[m];
2256     }
2257
2258     if (pbc)
2259     {
2260         pbc_dx(pbc, x, pos, dx);
2261     }
2262     else
2263     {
2264         rvec_sub(x, pos, dx);
2265     }
2266 }
2267
2268 /*! \brief Computes forces and potential for flat-bottom cylindrical restraints.
2269  *         Returns the flat-bottom potential. */
2270 static real do_fbposres_cylinder(int fbdim, rvec fm, rvec dx, real rfb, real kk, gmx_bool bInvert)
2271 {
2272     int     d;
2273     real    dr, dr2, invdr, v, rfb2;
2274
2275     dr2  = 0.0;
2276     rfb2 = sqr(rfb);
2277     v    = 0.0;
2278
2279     for (d = 0; d < DIM; d++)
2280     {
2281         if (d != fbdim)
2282         {
2283             dr2 += sqr(dx[d]);
2284         }
2285     }
2286
2287     if  (dr2 > 0.0 &&
2288          ( (dr2 > rfb2 && bInvert == FALSE ) || (dr2 < rfb2 && bInvert == TRUE ) )
2289          )
2290     {
2291         dr     = sqrt(dr2);
2292         invdr  = 1./dr;
2293         v      = 0.5*kk*sqr(dr - rfb);
2294         for (d = 0; d < DIM; d++)
2295         {
2296             if (d != fbdim)
2297             {
2298                 fm[d] = -kk*(dr-rfb)*dx[d]*invdr; /* Force pointing to the center */
2299             }
2300         }
2301     }
2302
2303     return v;
2304 }
2305
2306 /*! \brief Adds forces of flat-bottomed positions restraints to f[]
2307  *         and fixes vir_diag. Returns the flat-bottomed potential. */
2308 real fbposres(int nbonds,
2309               const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
2310               const rvec x[], rvec f[], rvec vir_diag,
2311               t_pbc *pbc,
2312               int refcoord_scaling, int ePBC, rvec com)
2313 /* compute flat-bottomed positions restraints */
2314 {
2315     int              i, ai, m, d, type, npbcdim = 0, fbdim;
2316     const t_iparams *pr;
2317     real             vtot, kk, v;
2318     real             dr, dr2, rfb, rfb2, fact;
2319     rvec             com_sc, rdist, dx, dpdl, fm;
2320     gmx_bool         bInvert;
2321
2322     npbcdim = ePBC2npbcdim(ePBC);
2323
2324     if (refcoord_scaling == erscCOM)
2325     {
2326         clear_rvec(com_sc);
2327         for (m = 0; m < npbcdim; m++)
2328         {
2329             assert(npbcdim <= DIM);
2330             for (d = m; d < npbcdim; d++)
2331             {
2332                 com_sc[m] += com[d]*pbc->box[d][m];
2333             }
2334         }
2335     }
2336
2337     vtot = 0.0;
2338     for (i = 0; (i < nbonds); )
2339     {
2340         type = forceatoms[i++];
2341         ai   = forceatoms[i++];
2342         pr   = &forceparams[type];
2343
2344         /* same calculation as for normal posres, but with identical A and B states, and lambda==0 */
2345         posres_dx(x[ai], forceparams[type].fbposres.pos0, forceparams[type].fbposres.pos0,
2346                   com_sc, com_sc, 0.0,
2347                   pbc, refcoord_scaling, npbcdim,
2348                   dx, rdist, dpdl);
2349
2350         clear_rvec(fm);
2351         v = 0.0;
2352
2353         kk   = pr->fbposres.k;
2354         rfb  = pr->fbposres.r;
2355         rfb2 = sqr(rfb);
2356
2357         /* with rfb<0, push particle out of the sphere/cylinder/layer */
2358         bInvert = FALSE;
2359         if (rfb < 0.)
2360         {
2361             bInvert = TRUE;
2362             rfb     = -rfb;
2363         }
2364
2365         switch (pr->fbposres.geom)
2366         {
2367             case efbposresSPHERE:
2368                 /* spherical flat-bottom posres */
2369                 dr2 = norm2(dx);
2370                 if (dr2 > 0.0 &&
2371                     ( (dr2 > rfb2 && bInvert == FALSE ) || (dr2 < rfb2 && bInvert == TRUE ) )
2372                     )
2373                 {
2374                     dr   = sqrt(dr2);
2375                     v    = 0.5*kk*sqr(dr - rfb);
2376                     fact = -kk*(dr-rfb)/dr; /* Force pointing to the center pos0 */
2377                     svmul(fact, dx, fm);
2378                 }
2379                 break;
2380             case efbposresCYLINDERX:
2381                 /* cylindrical flat-bottom posres in y-z plane. fm[XX] = 0. */
2382                 fbdim = XX;
2383                 v     = do_fbposres_cylinder(fbdim, fm, dx, rfb, kk, bInvert);
2384                 break;
2385             case efbposresCYLINDERY:
2386                 /* cylindrical flat-bottom posres in x-z plane. fm[YY] = 0. */
2387                 fbdim = YY;
2388                 v     = do_fbposres_cylinder(fbdim, fm, dx, rfb, kk, bInvert);
2389                 break;
2390             case efbposresCYLINDER:
2391             /* equivalent to efbposresCYLINDERZ for backwards compatibility */
2392             case efbposresCYLINDERZ:
2393                 /* cylindrical flat-bottom posres in x-y plane. fm[ZZ] = 0. */
2394                 fbdim = ZZ;
2395                 v     = do_fbposres_cylinder(fbdim, fm, dx, rfb, kk, bInvert);
2396                 break;
2397             case efbposresX: /* fbdim=XX */
2398             case efbposresY: /* fbdim=YY */
2399             case efbposresZ: /* fbdim=ZZ */
2400                 /* 1D flat-bottom potential */
2401                 fbdim = pr->fbposres.geom - efbposresX;
2402                 dr    = dx[fbdim];
2403                 if ( ( dr > rfb && bInvert == FALSE ) || ( 0 < dr && dr < rfb && bInvert == TRUE )  )
2404                 {
2405                     v         = 0.5*kk*sqr(dr - rfb);
2406                     fm[fbdim] = -kk*(dr - rfb);
2407                 }
2408                 else if ( (dr < (-rfb) && bInvert == FALSE ) || ( (-rfb) < dr && dr < 0 && bInvert == TRUE ))
2409                 {
2410                     v         = 0.5*kk*sqr(dr + rfb);
2411                     fm[fbdim] = -kk*(dr + rfb);
2412                 }
2413                 break;
2414         }
2415
2416         vtot += v;
2417
2418         for (m = 0; (m < DIM); m++)
2419         {
2420             f[ai][m]   += fm[m];
2421             /* Here we correct for the pbc_dx which included rdist */
2422             vir_diag[m] -= 0.5*(dx[m] + rdist[m])*fm[m];
2423         }
2424     }
2425
2426     return vtot;
2427 }
2428
2429
2430 real posres(int nbonds,
2431             const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
2432             const rvec x[], rvec f[], rvec vir_diag,
2433             t_pbc *pbc,
2434             real lambda, real *dvdlambda,
2435             int refcoord_scaling, int ePBC, rvec comA, rvec comB)
2436 {
2437     int              i, ai, m, d, type, npbcdim = 0;
2438     const t_iparams *pr;
2439     real             L1;
2440     real             vtot, kk, fm;
2441     rvec             comA_sc, comB_sc, rdist, dpdl, dx;
2442     gmx_bool         bForceValid = TRUE;
2443
2444     if ((f == NULL) || (vir_diag == NULL))    /* should both be null together! */
2445     {
2446         bForceValid = FALSE;
2447     }
2448
2449     npbcdim = ePBC2npbcdim(ePBC);
2450
2451     if (refcoord_scaling == erscCOM)
2452     {
2453         clear_rvec(comA_sc);
2454         clear_rvec(comB_sc);
2455         for (m = 0; m < npbcdim; m++)
2456         {
2457             assert(npbcdim <= DIM);
2458             for (d = m; d < npbcdim; d++)
2459             {
2460                 comA_sc[m] += comA[d]*pbc->box[d][m];
2461                 comB_sc[m] += comB[d]*pbc->box[d][m];
2462             }
2463         }
2464     }
2465
2466     L1 = 1.0 - lambda;
2467
2468     vtot = 0.0;
2469     for (i = 0; (i < nbonds); )
2470     {
2471         type = forceatoms[i++];
2472         ai   = forceatoms[i++];
2473         pr   = &forceparams[type];
2474
2475         /* return dx, rdist, and dpdl */
2476         posres_dx(x[ai], forceparams[type].posres.pos0A, forceparams[type].posres.pos0B,
2477                   comA_sc, comB_sc, lambda,
2478                   pbc, refcoord_scaling, npbcdim,
2479                   dx, rdist, dpdl);
2480
2481         for (m = 0; (m < DIM); m++)
2482         {
2483             kk          = L1*pr->posres.fcA[m] + lambda*pr->posres.fcB[m];
2484             fm          = -kk*dx[m];
2485             vtot       += 0.5*kk*dx[m]*dx[m];
2486             *dvdlambda +=
2487                 0.5*(pr->posres.fcB[m] - pr->posres.fcA[m])*dx[m]*dx[m]
2488                 + fm*dpdl[m];
2489
2490             /* Here we correct for the pbc_dx which included rdist */
2491             if (bForceValid)
2492             {
2493                 f[ai][m]    += fm;
2494                 vir_diag[m] -= 0.5*(dx[m] + rdist[m])*fm;
2495             }
2496         }
2497     }
2498
2499     return vtot;
2500 }
2501
2502 static real low_angres(int nbonds,
2503                        const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
2504                        const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
2505                        const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
2506                        real lambda, real *dvdlambda,
2507                        gmx_bool bZAxis)
2508 {
2509     int  i, m, type, ai, aj, ak, al;
2510     int  t1, t2;
2511     real phi, cos_phi, cos_phi2, vid, vtot, dVdphi;
2512     rvec r_ij, r_kl, f_i, f_k = {0, 0, 0};
2513     real st, sth, nrij2, nrkl2, c, cij, ckl;
2514
2515     ivec dt;
2516     t2 = 0; /* avoid warning with gcc-3.3. It is never used uninitialized */
2517
2518     vtot = 0.0;
2519     ak   = al = 0; /* to avoid warnings */
2520     for (i = 0; i < nbonds; )
2521     {
2522         type = forceatoms[i++];
2523         ai   = forceatoms[i++];
2524         aj   = forceatoms[i++];
2525         t1   = pbc_rvec_sub(pbc, x[aj], x[ai], r_ij);       /*  3               */
2526         if (!bZAxis)
2527         {
2528             ak   = forceatoms[i++];
2529             al   = forceatoms[i++];
2530             t2   = pbc_rvec_sub(pbc, x[al], x[ak], r_kl);  /*  3                */
2531         }
2532         else
2533         {
2534             r_kl[XX] = 0;
2535             r_kl[YY] = 0;
2536             r_kl[ZZ] = 1;
2537         }
2538
2539         cos_phi = cos_angle(r_ij, r_kl); /* 25          */
2540         phi     = acos(cos_phi);         /* 10           */
2541
2542         *dvdlambda += dopdihs_min(forceparams[type].pdihs.cpA,
2543                                   forceparams[type].pdihs.cpB,
2544                                   forceparams[type].pdihs.phiA,
2545                                   forceparams[type].pdihs.phiB,
2546                                   forceparams[type].pdihs.mult,
2547                                   phi, lambda, &vid, &dVdphi); /*  40  */
2548
2549         vtot += vid;
2550
2551         cos_phi2 = sqr(cos_phi);                /*   1          */
2552         if (cos_phi2 < 1)
2553         {
2554             st    = -dVdphi*gmx_invsqrt(1 - cos_phi2); /*  12           */
2555             sth   = st*cos_phi;                        /*   1           */
2556             nrij2 = iprod(r_ij, r_ij);                 /*   5           */
2557             nrkl2 = iprod(r_kl, r_kl);                 /*   5          */
2558
2559             c   = st*gmx_invsqrt(nrij2*nrkl2);         /*  11           */
2560             cij = sth/nrij2;                           /*  10           */
2561             ckl = sth/nrkl2;                           /*  10           */
2562
2563             for (m = 0; m < DIM; m++)                  /*  18+18       */
2564             {
2565                 f_i[m]    = (c*r_kl[m]-cij*r_ij[m]);
2566                 f[ai][m] += f_i[m];
2567                 f[aj][m] -= f_i[m];
2568                 if (!bZAxis)
2569                 {
2570                     f_k[m]    = (c*r_ij[m]-ckl*r_kl[m]);
2571                     f[ak][m] += f_k[m];
2572                     f[al][m] -= f_k[m];
2573                 }
2574             }
2575
2576             if (g)
2577             {
2578                 ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), SHIFT_IVEC(g, aj), dt);
2579                 t1 = IVEC2IS(dt);
2580             }
2581             rvec_inc(fshift[t1], f_i);
2582             rvec_dec(fshift[CENTRAL], f_i);
2583             if (!bZAxis)
2584             {
2585                 if (g)
2586                 {
2587                     ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ak), SHIFT_IVEC(g, al), dt);
2588                     t2 = IVEC2IS(dt);
2589                 }
2590                 rvec_inc(fshift[t2], f_k);
2591                 rvec_dec(fshift[CENTRAL], f_k);
2592             }
2593         }
2594     }
2595
2596     return vtot; /*  184 / 157 (bZAxis)  total  */
2597 }
2598
2599 real angres(int nbonds,
2600             const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
2601             const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
2602             const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
2603             real lambda, real *dvdlambda,
2604             const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
2605             int gmx_unused *global_atom_index)
2606 {
2607     return low_angres(nbonds, forceatoms, forceparams, x, f, fshift, pbc, g,
2608                       lambda, dvdlambda, FALSE);
2609 }
2610
2611 real angresz(int nbonds,
2612              const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
2613              const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
2614              const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
2615              real lambda, real *dvdlambda,
2616              const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
2617              int gmx_unused *global_atom_index)
2618 {
2619     return low_angres(nbonds, forceatoms, forceparams, x, f, fshift, pbc, g,
2620                       lambda, dvdlambda, TRUE);
2621 }
2622
2623 real dihres(int nbonds,
2624             const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
2625             const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
2626             const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
2627             real lambda, real *dvdlambda,
2628             const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
2629             int gmx_unused  *global_atom_index)
2630 {
2631     real vtot = 0;
2632     int  ai, aj, ak, al, i, k, type, t1, t2, t3;
2633     real phi0A, phi0B, dphiA, dphiB, kfacA, kfacB, phi0, dphi, kfac;
2634     real phi, ddphi, ddp, ddp2, dp, sign, d2r, L1;
2635     rvec r_ij, r_kj, r_kl, m, n;
2636
2637     L1 = 1.0-lambda;
2638
2639     d2r = DEG2RAD;
2640     k   = 0;
2641
2642     for (i = 0; (i < nbonds); )
2643     {
2644         type = forceatoms[i++];
2645         ai   = forceatoms[i++];
2646         aj   = forceatoms[i++];
2647         ak   = forceatoms[i++];
2648         al   = forceatoms[i++];
2649
2650         phi0A  = forceparams[type].dihres.phiA*d2r;
2651         dphiA  = forceparams[type].dihres.dphiA*d2r;
2652         kfacA  = forceparams[type].dihres.kfacA;
2653
2654         phi0B  = forceparams[type].dihres.phiB*d2r;
2655         dphiB  = forceparams[type].dihres.dphiB*d2r;
2656         kfacB  = forceparams[type].dihres.kfacB;
2657
2658         phi0  = L1*phi0A + lambda*phi0B;
2659         dphi  = L1*dphiA + lambda*dphiB;
2660         kfac  = L1*kfacA + lambda*kfacB;
2661
2662         phi = dih_angle(x[ai], x[aj], x[ak], x[al], pbc, r_ij, r_kj, r_kl, m, n,
2663                         &sign, &t1, &t2, &t3);
2664         /* 84 flops */
2665
2666         if (debug)
2667         {
2668             fprintf(debug, "dihres[%d]: %d %d %d %d : phi=%f, dphi=%f, kfac=%f\n",
2669                     k++, ai, aj, ak, al, phi0, dphi, kfac);
2670         }
2671         /* phi can jump if phi0 is close to Pi/-Pi, which will cause huge
2672          * force changes if we just apply a normal harmonic.
2673          * Instead, we first calculate phi-phi0 and take it modulo (-Pi,Pi).
2674          * This means we will never have the periodicity problem, unless
2675          * the dihedral is Pi away from phiO, which is very unlikely due to
2676          * the potential.
2677          */
2678         dp = phi-phi0;
2679         make_dp_periodic(&dp);
2680
2681         if (dp > dphi)
2682         {
2683             ddp = dp-dphi;
2684         }
2685         else if (dp < -dphi)
2686         {
2687             ddp = dp+dphi;
2688         }
2689         else
2690         {
2691             ddp = 0;
2692         }
2693
2694         if (ddp != 0.0)
2695         {
2696             ddp2  = ddp*ddp;
2697             vtot += 0.5*kfac*ddp2;
2698             ddphi = kfac*ddp;
2699
2700             *dvdlambda += 0.5*(kfacB - kfacA)*ddp2;
2701             /* lambda dependence from changing restraint distances */
2702             if (ddp > 0)
2703             {
2704                 *dvdlambda -= kfac*ddp*((dphiB - dphiA)+(phi0B - phi0A));
2705             }
2706             else if (ddp < 0)
2707             {
2708                 *dvdlambda += kfac*ddp*((dphiB - dphiA)-(phi0B - phi0A));
2709             }
2710             do_dih_fup(ai, aj, ak, al, ddphi, r_ij, r_kj, r_kl, m, n,
2711                        f, fshift, pbc, g, x, t1, t2, t3);      /* 112           */
2712         }
2713     }
2714     return vtot;
2715 }
2716
2717
2718 real unimplemented(int gmx_unused nbonds,
2719                    const t_iatom gmx_unused forceatoms[], const t_iparams gmx_unused forceparams[],
2720                    const rvec gmx_unused x[], rvec gmx_unused f[], rvec gmx_unused fshift[],
2721                    const t_pbc gmx_unused *pbc, const t_graph  gmx_unused *g,
2722                    real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda,
2723                    const t_mdatoms  gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
2724                    int gmx_unused *global_atom_index)
2725 {
2726     gmx_impl("*** you are using a not implemented function");
2727
2728     return 0.0; /* To make the compiler happy */
2729 }
2730
2731 real restrangles(int nbonds,
2732                  const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
2733                  const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
2734                  const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
2735                  real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda,
2736                  const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
2737                  int gmx_unused *global_atom_index)
2738 {
2739     int  i, d, ai, aj, ak, type, m;
2740     int  t1, t2;
2741     real v, vtot;
2742     ivec jt, dt_ij, dt_kj;
2743     rvec f_i, f_j, f_k;
2744     real prefactor, ratio_ante, ratio_post;
2745     rvec delta_ante, delta_post, vec_temp;
2746
2747     vtot = 0.0;
2748     for (i = 0; (i < nbonds); )
2749     {
2750         type = forceatoms[i++];
2751         ai   = forceatoms[i++];
2752         aj   = forceatoms[i++];
2753         ak   = forceatoms[i++];
2754
2755         t1 = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[aj], vec_temp);
2756         pbc_rvec_sub(pbc, x[aj], x[ai], delta_ante);
2757         t2 = pbc_rvec_sub(pbc, x[ak], x[aj], delta_post);
2758
2759
2760         /* This function computes factors needed for restricted angle potential.
2761          * The restricted angle potential is used in coarse-grained simulations to avoid singularities
2762          * when three particles align and the dihedral angle and dihedral potential
2763          * cannot be calculated. This potential is calculated using the formula:
2764            real restrangles(int nbonds,
2765             const t_iatom forceatoms[],const t_iparams forceparams[],
2766             const rvec x[],rvec f[],rvec fshift[],
2767             const t_pbc *pbc,const t_graph *g,
2768             real gmx_unused lambda,real gmx_unused *dvdlambda,
2769             const t_mdatoms gmx_unused *md,t_fcdata gmx_unused *fcd,
2770             int gmx_unused *global_atom_index)
2771            {
2772            int  i, d, ai, aj, ak, type, m;
2773            int t1, t2;
2774            rvec r_ij,r_kj;
2775            real v, vtot;
2776            ivec jt,dt_ij,dt_kj;
2777            rvec f_i, f_j, f_k;
2778            real prefactor, ratio_ante, ratio_post;
2779            rvec delta_ante, delta_post, vec_temp;
2780
2781            vtot = 0.0;
2782            for(i=0; (i<nbonds); )
2783            {
2784            type = forceatoms[i++];
2785            ai   = forceatoms[i++];
2786            aj   = forceatoms[i++];
2787            ak   = forceatoms[i++];
2788
2789          * \f[V_{\rm ReB}(\theta_i) = \frac{1}{2} k_{\theta} \frac{(\cos\theta_i - \cos\theta_0)^2}
2790          * {\sin^2\theta_i}\f] ({eq:ReB} and ref \cite{MonicaGoga2013} from the manual).
2791          * For more explanations see comments file "restcbt.h". */
2792
2793         compute_factors_restangles(type, forceparams,  delta_ante, delta_post,
2794                                    &prefactor, &ratio_ante, &ratio_post, &v);
2795
2796         /*   Forces are computed per component */
2797         for (d = 0; d < DIM; d++)
2798         {
2799             f_i[d] = prefactor * (ratio_ante * delta_ante[d] - delta_post[d]);
2800             f_j[d] = prefactor * ((ratio_post + 1.0) * delta_post[d] - (ratio_ante + 1.0) * delta_ante[d]);
2801             f_k[d] = prefactor * (delta_ante[d] - ratio_post * delta_post[d]);
2802         }
2803
2804         /*   Computation of potential energy   */
2805
2806         vtot += v;
2807
2808         /*   Update forces */
2809
2810         for (m = 0; (m < DIM); m++)
2811         {
2812             f[ai][m] += f_i[m];
2813             f[aj][m] += f_j[m];
2814             f[ak][m] += f_k[m];
2815         }
2816
2817         if (g)
2818         {
2819             copy_ivec(SHIFT_IVEC(g, aj), jt);
2820             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), jt, dt_ij);
2821             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ak), jt, dt_kj);
2822             t1 = IVEC2IS(dt_ij);
2823             t2 = IVEC2IS(dt_kj);
2824         }
2825
2826         rvec_inc(fshift[t1], f_i);
2827         rvec_inc(fshift[CENTRAL], f_j);
2828         rvec_inc(fshift[t2], f_k);
2829     }
2830     return vtot;
2831 }
2832
2833
2834 real restrdihs(int nbonds,
2835                const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
2836                const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
2837                const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
2838                real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvlambda,
2839                const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
2840                int gmx_unused *global_atom_index)
2841 {
2842     int  i, d, type, ai, aj, ak, al;
2843     rvec f_i, f_j, f_k, f_l;
2844     rvec dx_jl;
2845     ivec jt, dt_ij, dt_kj, dt_lj;
2846     int  t1, t2, t3;
2847     real v, vtot;
2848     rvec delta_ante,  delta_crnt, delta_post, vec_temp;
2849     real factor_phi_ai_ante, factor_phi_ai_crnt, factor_phi_ai_post;
2850     real factor_phi_aj_ante, factor_phi_aj_crnt, factor_phi_aj_post;
2851     real factor_phi_ak_ante, factor_phi_ak_crnt, factor_phi_ak_post;
2852     real factor_phi_al_ante, factor_phi_al_crnt, factor_phi_al_post;
2853     real prefactor_phi;
2854
2855
2856     vtot = 0.0;
2857     for (i = 0; (i < nbonds); )
2858     {
2859         type = forceatoms[i++];
2860         ai   = forceatoms[i++];
2861         aj   = forceatoms[i++];
2862         ak   = forceatoms[i++];
2863         al   = forceatoms[i++];
2864
2865         t1 = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[aj], vec_temp);
2866         pbc_rvec_sub(pbc, x[aj], x[ai], delta_ante);
2867         t2 = pbc_rvec_sub(pbc, x[ak], x[aj], delta_crnt);
2868         pbc_rvec_sub(pbc, x[ak], x[al], vec_temp);
2869         pbc_rvec_sub(pbc, x[al], x[ak], delta_post);
2870
2871         /* This function computes factors needed for restricted angle potential.
2872          * The restricted angle potential is used in coarse-grained simulations to avoid singularities
2873          * when three particles align and the dihedral angle and dihedral potential cannot be calculated.
2874          * This potential is calculated using the formula:
2875          * \f[V_{\rm ReB}(\theta_i) = \frac{1}{2} k_{\theta}
2876          * \frac{(\cos\theta_i - \cos\theta_0)^2}{\sin^2\theta_i}\f]
2877          * ({eq:ReB} and ref \cite{MonicaGoga2013} from the manual).
2878          * For more explanations see comments file "restcbt.h" */
2879
2880         compute_factors_restrdihs(type, forceparams,
2881                                   delta_ante, delta_crnt, delta_post,
2882                                   &factor_phi_ai_ante, &factor_phi_ai_crnt, &factor_phi_ai_post,
2883                                   &factor_phi_aj_ante, &factor_phi_aj_crnt, &factor_phi_aj_post,
2884                                   &factor_phi_ak_ante, &factor_phi_ak_crnt, &factor_phi_ak_post,
2885                                   &factor_phi_al_ante, &factor_phi_al_crnt, &factor_phi_al_post,
2886                                   &prefactor_phi, &v);
2887
2888
2889         /*      Computation of forces per component */
2890         for (d = 0; d < DIM; d++)
2891         {
2892             f_i[d] = prefactor_phi * (factor_phi_ai_ante * delta_ante[d] + factor_phi_ai_crnt * delta_crnt[d] + factor_phi_ai_post * delta_post[d]);
2893             f_j[d] = prefactor_phi * (factor_phi_aj_ante * delta_ante[d] + factor_phi_aj_crnt * delta_crnt[d] + factor_phi_aj_post * delta_post[d]);
2894             f_k[d] = prefactor_phi * (factor_phi_ak_ante * delta_ante[d] + factor_phi_ak_crnt * delta_crnt[d] + factor_phi_ak_post * delta_post[d]);
2895             f_l[d] = prefactor_phi * (factor_phi_al_ante * delta_ante[d] + factor_phi_al_crnt * delta_crnt[d] + factor_phi_al_post * delta_post[d]);
2896         }
2897         /*      Computation of the energy */
2898
2899         vtot += v;
2900
2901
2902
2903         /*    Updating the forces */
2904
2905         rvec_inc(f[ai], f_i);
2906         rvec_inc(f[aj], f_j);
2907         rvec_inc(f[ak], f_k);
2908         rvec_inc(f[al], f_l);
2909
2910
2911         /* Updating the fshift forces for the pressure coupling */
2912         if (g)
2913         {
2914             copy_ivec(SHIFT_IVEC(g, aj), jt);
2915             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), jt, dt_ij);
2916             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ak), jt, dt_kj);
2917             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, al), jt, dt_lj);
2918             t1 = IVEC2IS(dt_ij);
2919             t2 = IVEC2IS(dt_kj);
2920             t3 = IVEC2IS(dt_lj);
2921         }
2922         else if (pbc)
2923         {
2924             t3 = pbc_rvec_sub(pbc, x[al], x[aj], dx_jl);
2925         }
2926         else
2927         {
2928             t3 = CENTRAL;
2929         }
2930
2931         rvec_inc(fshift[t1], f_i);
2932         rvec_inc(fshift[CENTRAL], f_j);
2933         rvec_inc(fshift[t2], f_k);
2934         rvec_inc(fshift[t3], f_l);
2935
2936     }
2937
2938     return vtot;
2939 }
2940
2941
2942 real cbtdihs(int nbonds,
2943              const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
2944              const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
2945              const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
2946              real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda,
2947              const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
2948              int gmx_unused *global_atom_index)
2949 {
2950     int  type, ai, aj, ak, al, i, d;
2951     int  t1, t2, t3;
2952     real v, vtot;
2953     rvec vec_temp;
2954     rvec f_i, f_j, f_k, f_l;
2955     ivec jt, dt_ij, dt_kj, dt_lj;
2956     rvec dx_jl;
2957     rvec delta_ante, delta_crnt, delta_post;
2958     rvec f_phi_ai, f_phi_aj, f_phi_ak, f_phi_al;
2959     rvec f_theta_ante_ai, f_theta_ante_aj, f_theta_ante_ak;
2960     rvec f_theta_post_aj, f_theta_post_ak, f_theta_post_al;
2961
2962
2963
2964
2965     vtot = 0.0;
2966     for (i = 0; (i < nbonds); )
2967     {
2968         type = forceatoms[i++];
2969         ai   = forceatoms[i++];
2970         aj   = forceatoms[i++];
2971         ak   = forceatoms[i++];
2972         al   = forceatoms[i++];
2973
2974
2975         t1 = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[aj], vec_temp);
2976         pbc_rvec_sub(pbc, x[aj], x[ai], delta_ante);
2977         t2 = pbc_rvec_sub(pbc, x[ak], x[aj], vec_temp);
2978         pbc_rvec_sub(pbc, x[ak], x[aj], delta_crnt);
2979         pbc_rvec_sub(pbc, x[ak], x[al], vec_temp);
2980         pbc_rvec_sub(pbc, x[al], x[ak], delta_post);
2981
2982         /* \brief Compute factors for CBT potential
2983          * The combined bending-torsion potential goes to zero in a very smooth manner, eliminating the numerical
2984          * instabilities, when three coarse-grained particles align and the dihedral angle and standard
2985          * dihedral potentials cannot be calculated. The CBT potential is calculated using the formula:
2986          * \f[V_{\rm CBT}(\theta_{i-1}, \theta_i, \phi_i) = k_{\phi} \sin^3\theta_{i-1} \sin^3\theta_{i}
2987          * \sum_{n=0}^4 { a_n \cos^n\phi_i}\f] ({eq:CBT} and ref \cite{MonicaGoga2013} from the manual).
2988          * It contains in its expression not only the dihedral angle \f$\phi\f$
2989          * but also \f[\theta_{i-1}\f] (theta_ante bellow) and \f[\theta_{i}\f] (theta_post bellow)
2990          * --- the adjacent bending angles.
2991          * For more explanations see comments file "restcbt.h". */
2992
2993         compute_factors_cbtdihs(type, forceparams, delta_ante, delta_crnt, delta_post,
2994                                 f_phi_ai, f_phi_aj, f_phi_ak, f_phi_al,
2995                                 f_theta_ante_ai, f_theta_ante_aj, f_theta_ante_ak,
2996                                 f_theta_post_aj, f_theta_post_ak, f_theta_post_al,
2997                                 &v);
2998
2999
3000         /*      Acumulate the resuts per beads */
3001         for (d = 0; d < DIM; d++)
3002         {
3003             f_i[d] = f_phi_ai[d] + f_theta_ante_ai[d];
3004             f_j[d] = f_phi_aj[d] + f_theta_ante_aj[d] + f_theta_post_aj[d];
3005             f_k[d] = f_phi_ak[d] + f_theta_ante_ak[d] + f_theta_post_ak[d];
3006             f_l[d] = f_phi_al[d] + f_theta_post_al[d];
3007         }
3008
3009         /*      Compute the potential energy */
3010
3011         vtot += v;
3012
3013
3014         /*  Updating the forces */
3015         rvec_inc(f[ai], f_i);
3016         rvec_inc(f[aj], f_j);
3017         rvec_inc(f[ak], f_k);
3018         rvec_inc(f[al], f_l);
3019
3020
3021         /* Updating the fshift forces for the pressure coupling */
3022         if (g)
3023         {
3024             copy_ivec(SHIFT_IVEC(g, aj), jt);
3025             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), jt, dt_ij);
3026             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ak), jt, dt_kj);
3027             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, al), jt, dt_lj);
3028             t1 = IVEC2IS(dt_ij);
3029             t2 = IVEC2IS(dt_kj);
3030             t3 = IVEC2IS(dt_lj);
3031         }
3032         else if (pbc)
3033         {
3034             t3 = pbc_rvec_sub(pbc, x[al], x[aj], dx_jl);
3035         }
3036         else
3037         {
3038             t3 = CENTRAL;
3039         }
3040
3041         rvec_inc(fshift[t1], f_i);
3042         rvec_inc(fshift[CENTRAL], f_j);
3043         rvec_inc(fshift[t2], f_k);
3044         rvec_inc(fshift[t3], f_l);
3045     }
3046
3047     return vtot;
3048 }
3049
3050 real rbdihs(int nbonds,
3051             const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
3052             const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
3053             const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
3054             real lambda, real *dvdlambda,
3055             const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
3056             int gmx_unused *global_atom_index)
3057 {
3058     const real c0 = 0.0, c1 = 1.0, c2 = 2.0, c3 = 3.0, c4 = 4.0, c5 = 5.0;
3059     int        type, ai, aj, ak, al, i, j;
3060     int        t1, t2, t3;
3061     rvec       r_ij, r_kj, r_kl, m, n;
3062     real       parmA[NR_RBDIHS];
3063     real       parmB[NR_RBDIHS];
3064     real       parm[NR_RBDIHS];
3065     real       cos_phi, phi, rbp, rbpBA;
3066     real       v, sign, ddphi, sin_phi;
3067     real       cosfac, vtot;
3068     real       L1        = 1.0-lambda;
3069     real       dvdl_term = 0;
3070
3071     vtot = 0.0;
3072     for (i = 0; (i < nbonds); )
3073     {
3074         type = forceatoms[i++];
3075         ai   = forceatoms[i++];
3076         aj   = forceatoms[i++];
3077         ak   = forceatoms[i++];
3078         al   = forceatoms[i++];
3079
3080         phi = dih_angle(x[ai], x[aj], x[ak], x[al], pbc, r_ij, r_kj, r_kl, m, n,
3081                         &sign, &t1, &t2, &t3);  /*  84          */
3082
3083         /* Change to polymer convention */
3084         if (phi < c0)
3085         {
3086             phi += M_PI;
3087         }
3088         else
3089         {
3090             phi -= M_PI;    /*   1              */
3091
3092         }
3093         cos_phi = cos(phi);
3094         /* Beware of accuracy loss, cannot use 1-sqrt(cos^2) ! */
3095         sin_phi = sin(phi);
3096
3097         for (j = 0; (j < NR_RBDIHS); j++)
3098         {
3099             parmA[j] = forceparams[type].rbdihs.rbcA[j];
3100             parmB[j] = forceparams[type].rbdihs.rbcB[j];
3101             parm[j]  = L1*parmA[j]+lambda*parmB[j];
3102         }
3103         /* Calculate cosine powers */
3104         /* Calculate the energy */
3105         /* Calculate the derivative */
3106
3107         v            = parm[0];
3108         dvdl_term   += (parmB[0]-parmA[0]);
3109         ddphi        = c0;
3110         cosfac       = c1;
3111
3112         rbp          = parm[1];
3113         rbpBA        = parmB[1]-parmA[1];
3114         ddphi       += rbp*cosfac;
3115         cosfac      *= cos_phi;
3116         v           += cosfac*rbp;
3117         dvdl_term   += cosfac*rbpBA;
3118         rbp          = parm[2];
3119         rbpBA        = parmB[2]-parmA[2];
3120         ddphi       += c2*rbp*cosfac;
3121         cosfac      *= cos_phi;
3122         v           += cosfac*rbp;
3123         dvdl_term   += cosfac*rbpBA;
3124         rbp          = parm[3];
3125         rbpBA        = parmB[3]-parmA[3];
3126         ddphi       += c3*rbp*cosfac;
3127         cosfac      *= cos_phi;
3128         v           += cosfac*rbp;
3129         dvdl_term   += cosfac*rbpBA;
3130         rbp          = parm[4];
3131         rbpBA        = parmB[4]-parmA[4];
3132         ddphi       += c4*rbp*cosfac;
3133         cosfac      *= cos_phi;
3134         v           += cosfac*rbp;
3135         dvdl_term   += cosfac*rbpBA;
3136         rbp          = parm[5];
3137         rbpBA        = parmB[5]-parmA[5];
3138         ddphi       += c5*rbp*cosfac;
3139         cosfac      *= cos_phi;
3140         v           += cosfac*rbp;
3141         dvdl_term   += cosfac*rbpBA;
3142
3143         ddphi = -ddphi*sin_phi;         /*  11          */
3144
3145         do_dih_fup(ai, aj, ak, al, ddphi, r_ij, r_kj, r_kl, m, n,
3146                    f, fshift, pbc, g, x, t1, t2, t3); /* 112            */
3147         vtot += v;
3148     }
3149     *dvdlambda += dvdl_term;
3150
3151     return vtot;
3152 }
3153
3154 //! \endcond
3155
3156 /*! \brief Mysterious undocumented function */
3157 static int
3158 cmap_setup_grid_index(int ip, int grid_spacing, int *ipm1, int *ipp1, int *ipp2)
3159 {
3160     int im1, ip1, ip2;
3161
3162     if (ip < 0)
3163     {
3164         ip = ip + grid_spacing - 1;
3165     }
3166     else if (ip > grid_spacing)
3167     {
3168         ip = ip - grid_spacing - 1;
3169     }
3170
3171     im1 = ip - 1;
3172     ip1 = ip + 1;
3173     ip2 = ip + 2;
3174
3175     if (ip == 0)
3176     {
3177         im1 = grid_spacing - 1;
3178     }
3179     else if (ip == grid_spacing-2)
3180     {
3181         ip2 = 0;
3182     }
3183     else if (ip == grid_spacing-1)
3184     {
3185         ip1 = 0;
3186         ip2 = 1;
3187     }
3188
3189     *ipm1 = im1;
3190     *ipp1 = ip1;
3191     *ipp2 = ip2;
3192
3193     return ip;
3194
3195 }
3196
3197 /*! \brief Compute CMAP dihedral energies and forces */
3198 static real
3199 cmap_dihs(int nbonds,
3200           const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
3201           const gmx_cmap_t *cmap_grid,
3202           const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
3203           const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
3204           real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda,
3205           const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
3206           int  gmx_unused *global_atom_index)
3207 {
3208     int         i, j, k, n, idx;
3209     int         ai, aj, ak, al, am;
3210     int         a1i, a1j, a1k, a1l, a2i, a2j, a2k, a2l;
3211     int         type, cmapA;
3212     int         t11, t21, t31, t12, t22, t32;
3213     int         iphi1, ip1m1, ip1p1, ip1p2;
3214     int         iphi2, ip2m1, ip2p1, ip2p2;
3215     int         l1, l2, l3;
3216     int         pos1, pos2, pos3, pos4;
3217
3218     real        ty[4], ty1[4], ty2[4], ty12[4], tc[16], tx[16];
3219     real        phi1, cos_phi1, sin_phi1, sign1, xphi1;
3220     real        phi2, cos_phi2, sin_phi2, sign2, xphi2;
3221     real        dx, xx, tt, tu, e, df1, df2, vtot;
3222     real        ra21, rb21, rg21, rg1, rgr1, ra2r1, rb2r1, rabr1;
3223     real        ra22, rb22, rg22, rg2, rgr2, ra2r2, rb2r2, rabr2;
3224     real        fg1, hg1, fga1, hgb1, gaa1, gbb1;
3225     real        fg2, hg2, fga2, hgb2, gaa2, gbb2;
3226     real        fac;
3227
3228     rvec        r1_ij, r1_kj, r1_kl, m1, n1;
3229     rvec        r2_ij, r2_kj, r2_kl, m2, n2;
3230     rvec        f1_i, f1_j, f1_k, f1_l;
3231     rvec        f2_i, f2_j, f2_k, f2_l;
3232     rvec        a1, b1, a2, b2;
3233     rvec        f1, g1, h1, f2, g2, h2;
3234     rvec        dtf1, dtg1, dth1, dtf2, dtg2, dth2;
3235     ivec        jt1, dt1_ij, dt1_kj, dt1_lj;
3236     ivec        jt2, dt2_ij, dt2_kj, dt2_lj;
3237
3238     const real *cmapd;
3239
3240     int         loop_index[4][4] = {
3241         {0, 4, 8, 12},
3242         {1, 5, 9, 13},
3243         {2, 6, 10, 14},
3244         {3, 7, 11, 15}
3245     };
3246
3247     /* Total CMAP energy */
3248     vtot = 0;
3249
3250     for (n = 0; n < nbonds; )
3251     {
3252         /* Five atoms are involved in the two torsions */
3253         type   = forceatoms[n++];
3254         ai     = forceatoms[n++];
3255         aj     = forceatoms[n++];
3256         ak     = forceatoms[n++];
3257         al     = forceatoms[n++];
3258         am     = forceatoms[n++];
3259
3260         /* Which CMAP type is this */
3261         cmapA = forceparams[type].cmap.cmapA;
3262         cmapd = cmap_grid->cmapdata[cmapA].cmap;
3263
3264         /* First torsion */
3265         a1i   = ai;
3266         a1j   = aj;
3267         a1k   = ak;
3268         a1l   = al;
3269
3270         phi1  = dih_angle(x[a1i], x[a1j], x[a1k], x[a1l], pbc, r1_ij, r1_kj, r1_kl, m1, n1,
3271                           &sign1, &t11, &t21, &t31);  /* 84 */
3272
3273         cos_phi1 = cos(phi1);
3274
3275         a1[0] = r1_ij[1]*r1_kj[2]-r1_ij[2]*r1_kj[1];
3276         a1[1] = r1_ij[2]*r1_kj[0]-r1_ij[0]*r1_kj[2];
3277         a1[2] = r1_ij[0]*r1_kj[1]-r1_ij[1]*r1_kj[0]; /* 9 */
3278
3279         b1[0] = r1_kl[1]*r1_kj[2]-r1_kl[2]*r1_kj[1];
3280         b1[1] = r1_kl[2]*r1_kj[0]-r1_kl[0]*r1_kj[2];
3281         b1[2] = r1_kl[0]*r1_kj[1]-r1_kl[1]*r1_kj[0]; /* 9 */
3282
3283         pbc_rvec_sub(pbc, x[a1l], x[a1k], h1);
3284
3285         ra21  = iprod(a1, a1);       /* 5 */
3286         rb21  = iprod(b1, b1);       /* 5 */
3287         rg21  = iprod(r1_kj, r1_kj); /* 5 */
3288         rg1   = sqrt(rg21);
3289
3290         rgr1  = 1.0/rg1;
3291         ra2r1 = 1.0/ra21;
3292         rb2r1 = 1.0/rb21;
3293         rabr1 = sqrt(ra2r1*rb2r1);
3294
3295         sin_phi1 = rg1 * rabr1 * iprod(a1, h1) * (-1);
3296
3297         if (cos_phi1 < -0.5 || cos_phi1 > 0.5)
3298         {
3299             phi1 = asin(sin_phi1);
3300
3301             if (cos_phi1 < 0)
3302             {
3303                 if (phi1 > 0)
3304                 {
3305                     phi1 = M_PI - phi1;
3306                 }
3307                 else
3308                 {
3309                     phi1 = -M_PI - phi1;
3310                 }
3311             }
3312         }
3313         else
3314         {
3315             phi1 = acos(cos_phi1);
3316
3317             if (sin_phi1 < 0)
3318             {
3319                 phi1 = -phi1;
3320             }
3321         }
3322
3323         xphi1 = phi1 + M_PI; /* 1 */
3324
3325         /* Second torsion */
3326         a2i   = aj;
3327         a2j   = ak;
3328         a2k   = al;
3329         a2l   = am;
3330
3331         phi2  = dih_angle(x[a2i], x[a2j], x[a2k], x[a2l], pbc, r2_ij, r2_kj, r2_kl, m2, n2,
3332                           &sign2, &t12, &t22, &t32); /* 84 */
3333
3334         cos_phi2 = cos(phi2);
3335
3336         a2[0] = r2_ij[1]*r2_kj[2]-r2_ij[2]*r2_kj[1];
3337         a2[1] = r2_ij[2]*r2_kj[0]-r2_ij[0]*r2_kj[2];
3338         a2[2] = r2_ij[0]*r2_kj[1]-r2_ij[1]*r2_kj[0]; /* 9 */
3339
3340         b2[0] = r2_kl[1]*r2_kj[2]-r2_kl[2]*r2_kj[1];
3341         b2[1] = r2_kl[2]*r2_kj[0]-r2_kl[0]*r2_kj[2];
3342         b2[2] = r2_kl[0]*r2_kj[1]-r2_kl[1]*r2_kj[0]; /* 9 */
3343
3344         pbc_rvec_sub(pbc, x[a2l], x[a2k], h2);
3345
3346         ra22  = iprod(a2, a2);         /* 5 */
3347         rb22  = iprod(b2, b2);         /* 5 */
3348         rg22  = iprod(r2_kj, r2_kj);   /* 5 */
3349         rg2   = sqrt(rg22);
3350
3351         rgr2  = 1.0/rg2;
3352         ra2r2 = 1.0/ra22;
3353         rb2r2 = 1.0/rb22;
3354         rabr2 = sqrt(ra2r2*rb2r2);
3355
3356         sin_phi2 = rg2 * rabr2 * iprod(a2, h2) * (-1);
3357
3358         if (cos_phi2 < -0.5 || cos_phi2 > 0.5)
3359         {
3360             phi2 = asin(sin_phi2);
3361
3362             if (cos_phi2 < 0)
3363             {
3364                 if (phi2 > 0)
3365                 {
3366                     phi2 = M_PI - phi2;
3367                 }
3368                 else
3369                 {
3370                     phi2 = -M_PI - phi2;
3371                 }
3372             }
3373         }
3374         else
3375         {
3376             phi2 = acos(cos_phi2);
3377
3378             if (sin_phi2 < 0)
3379             {
3380                 phi2 = -phi2;
3381             }
3382         }
3383
3384         xphi2 = phi2 + M_PI; /* 1 */
3385
3386         /* Range mangling */
3387         if (xphi1 < 0)
3388         {
3389             xphi1 = xphi1 + 2*M_PI;
3390         }
3391         else if (xphi1 >= 2*M_PI)
3392         {
3393             xphi1 = xphi1 - 2*M_PI;
3394         }
3395
3396         if (xphi2 < 0)
3397         {
3398             xphi2 = xphi2 + 2*M_PI;
3399         }
3400         else if (xphi2 >= 2*M_PI)
3401         {
3402             xphi2 = xphi2 - 2*M_PI;
3403         }
3404
3405         /* Number of grid points */
3406         dx = 2*M_PI / cmap_grid->grid_spacing;
3407
3408         /* Where on the grid are we */
3409         iphi1 = static_cast<int>(xphi1/dx);
3410         iphi2 = static_cast<int>(xphi2/dx);
3411
3412         iphi1 = cmap_setup_grid_index(iphi1, cmap_grid->grid_spacing, &ip1m1, &ip1p1, &ip1p2);
3413         iphi2 = cmap_setup_grid_index(iphi2, cmap_grid->grid_spacing, &ip2m1, &ip2p1, &ip2p2);
3414
3415         pos1    = iphi1*cmap_grid->grid_spacing+iphi2;
3416         pos2    = ip1p1*cmap_grid->grid_spacing+iphi2;
3417         pos3    = ip1p1*cmap_grid->grid_spacing+ip2p1;
3418         pos4    = iphi1*cmap_grid->grid_spacing+ip2p1;
3419
3420         ty[0]   = cmapd[pos1*4];
3421         ty[1]   = cmapd[pos2*4];
3422         ty[2]   = cmapd[pos3*4];
3423         ty[3]   = cmapd[pos4*4];
3424
3425         ty1[0]   = cmapd[pos1*4+1];
3426         ty1[1]   = cmapd[pos2*4+1];
3427         ty1[2]   = cmapd[pos3*4+1];
3428         ty1[3]   = cmapd[pos4*4+1];
3429
3430         ty2[0]   = cmapd[pos1*4+2];
3431         ty2[1]   = cmapd[pos2*4+2];
3432         ty2[2]   = cmapd[pos3*4+2];
3433         ty2[3]   = cmapd[pos4*4+2];
3434
3435         ty12[0]   = cmapd[pos1*4+3];
3436         ty12[1]   = cmapd[pos2*4+3];
3437         ty12[2]   = cmapd[pos3*4+3];
3438         ty12[3]   = cmapd[pos4*4+3];
3439
3440         /* Switch to degrees */
3441         dx    = 360.0 / cmap_grid->grid_spacing;
3442         xphi1 = xphi1 * RAD2DEG;
3443         xphi2 = xphi2 * RAD2DEG;
3444
3445         for (i = 0; i < 4; i++) /* 16 */
3446         {
3447             tx[i]    = ty[i];
3448             tx[i+4]  = ty1[i]*dx;
3449             tx[i+8]  = ty2[i]*dx;
3450             tx[i+12] = ty12[i]*dx*dx;
3451         }
3452
3453         idx = 0;
3454         for (i = 0; i < 4; i++) /* 1056 */
3455         {
3456             for (j = 0; j < 4; j++)
3457             {
3458                 xx = 0;
3459                 for (k = 0; k < 16; k++)
3460                 {
3461                     xx = xx + cmap_coeff_matrix[k*16+idx]*tx[k];
3462                 }
3463
3464                 idx++;
3465                 tc[i*4+j] = xx;
3466             }
3467         }
3468
3469         tt    = (xphi1-iphi1*dx)/dx;
3470         tu    = (xphi2-iphi2*dx)/dx;
3471
3472         e     = 0;
3473         df1   = 0;
3474         df2   = 0;
3475
3476         for (i = 3; i >= 0; i--)
3477         {
3478             l1 = loop_index[i][3];
3479             l2 = loop_index[i][2];
3480             l3 = loop_index[i][1];
3481
3482             e     = tt * e    + ((tc[i*4+3]*tu+tc[i*4+2])*tu + tc[i*4+1])*tu+tc[i*4];
3483             df1   = tu * df1  + (3.0*tc[l1]*tt+2.0*tc[l2])*tt+tc[l3];
3484             df2   = tt * df2  + (3.0*tc[i*4+3]*tu+2.0*tc[i*4+2])*tu+tc[i*4+1];
3485         }
3486
3487         fac     = RAD2DEG/dx;
3488         df1     = df1   * fac;
3489         df2     = df2   * fac;
3490
3491         /* CMAP energy */
3492         vtot += e;
3493
3494         /* Do forces - first torsion */
3495         fg1       = iprod(r1_ij, r1_kj);
3496         hg1       = iprod(r1_kl, r1_kj);
3497         fga1      = fg1*ra2r1*rgr1;
3498         hgb1      = hg1*rb2r1*rgr1;
3499         gaa1      = -ra2r1*rg1;
3500         gbb1      = rb2r1*rg1;
3501
3502         for (i = 0; i < DIM; i++)
3503         {
3504             dtf1[i]   = gaa1 * a1[i];
3505             dtg1[i]   = fga1 * a1[i] - hgb1 * b1[i];
3506             dth1[i]   = gbb1 * b1[i];
3507
3508             f1[i]     = df1  * dtf1[i];
3509             g1[i]     = df1  * dtg1[i];
3510             h1[i]     = df1  * dth1[i];
3511
3512             f1_i[i]   =  f1[i];
3513             f1_j[i]   = -f1[i] - g1[i];
3514             f1_k[i]   =  h1[i] + g1[i];
3515             f1_l[i]   = -h1[i];
3516
3517             f[a1i][i] = f[a1i][i] + f1_i[i];
3518             f[a1j][i] = f[a1j][i] + f1_j[i]; /* - f1[i] - g1[i] */
3519             f[a1k][i] = f[a1k][i] + f1_k[i]; /* h1[i] + g1[i] */
3520             f[a1l][i] = f[a1l][i] + f1_l[i]; /* h1[i] */
3521         }
3522
3523         /* Do forces - second torsion */
3524         fg2       = iprod(r2_ij, r2_kj);
3525         hg2       = iprod(r2_kl, r2_kj);
3526         fga2      = fg2*ra2r2*rgr2;
3527         hgb2      = hg2*rb2r2*rgr2;
3528         gaa2      = -ra2r2*rg2;
3529         gbb2      = rb2r2*rg2;
3530
3531         for (i = 0; i < DIM; i++)
3532         {
3533             dtf2[i]   = gaa2 * a2[i];
3534             dtg2[i]   = fga2 * a2[i] - hgb2 * b2[i];
3535             dth2[i]   = gbb2 * b2[i];
3536
3537             f2[i]     = df2  * dtf2[i];
3538             g2[i]     = df2  * dtg2[i];
3539             h2[i]     = df2  * dth2[i];
3540
3541             f2_i[i]   =  f2[i];
3542             f2_j[i]   = -f2[i] - g2[i];
3543             f2_k[i]   =  h2[i] + g2[i];
3544             f2_l[i]   = -h2[i];
3545
3546             f[a2i][i] = f[a2i][i] + f2_i[i]; /* f2[i] */
3547             f[a2j][i] = f[a2j][i] + f2_j[i]; /* - f2[i] - g2[i] */
3548             f[a2k][i] = f[a2k][i] + f2_k[i]; /* h2[i] + g2[i] */
3549             f[a2l][i] = f[a2l][i] + f2_l[i]; /* - h2[i] */
3550         }
3551
3552         /* Shift forces */
3553         if (g)
3554         {
3555             copy_ivec(SHIFT_IVEC(g, a1j), jt1);
3556             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, a1i),  jt1, dt1_ij);
3557             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, a1k),  jt1, dt1_kj);
3558             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, a1l),  jt1, dt1_lj);
3559             t11 = IVEC2IS(dt1_ij);
3560             t21 = IVEC2IS(dt1_kj);
3561             t31 = IVEC2IS(dt1_lj);
3562
3563             copy_ivec(SHIFT_IVEC(g, a2j), jt2);
3564             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, a2i),  jt2, dt2_ij);
3565             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, a2k),  jt2, dt2_kj);
3566             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, a2l),  jt2, dt2_lj);
3567             t12 = IVEC2IS(dt2_ij);
3568             t22 = IVEC2IS(dt2_kj);
3569             t32 = IVEC2IS(dt2_lj);
3570         }
3571         else if (pbc)
3572         {
3573             t31 = pbc_rvec_sub(pbc, x[a1l], x[a1j], h1);
3574             t32 = pbc_rvec_sub(pbc, x[a2l], x[a2j], h2);
3575         }
3576         else
3577         {
3578             t31 = CENTRAL;
3579             t32 = CENTRAL;
3580         }
3581
3582         rvec_inc(fshift[t11], f1_i);
3583         rvec_inc(fshift[CENTRAL], f1_j);
3584         rvec_inc(fshift[t21], f1_k);
3585         rvec_inc(fshift[t31], f1_l);
3586
3587         rvec_inc(fshift[t21], f2_i);
3588         rvec_inc(fshift[CENTRAL], f2_j);
3589         rvec_inc(fshift[t22], f2_k);
3590         rvec_inc(fshift[t32], f2_l);
3591     }
3592     return vtot;
3593 }
3594
3595
3596 //! \cond
3597 /***********************************************************
3598  *
3599  *   G R O M O S  9 6   F U N C T I O N S
3600  *
3601  ***********************************************************/
3602 real g96harmonic(real kA, real kB, real xA, real xB, real x, real lambda,
3603                  real *V, real *F)
3604 {
3605     const real half = 0.5;
3606     real       L1, kk, x0, dx, dx2;
3607     real       v, f, dvdlambda;
3608
3609     L1    = 1.0-lambda;
3610     kk    = L1*kA+lambda*kB;
3611     x0    = L1*xA+lambda*xB;
3612
3613     dx    = x-x0;
3614     dx2   = dx*dx;
3615
3616     f          = -kk*dx;
3617     v          = half*kk*dx2;
3618     dvdlambda  = half*(kB-kA)*dx2 + (xA-xB)*kk*dx;
3619
3620     *F    = f;
3621     *V    = v;
3622
3623     return dvdlambda;
3624
3625     /* That was 21 flops */
3626 }
3627
3628 real g96bonds(int nbonds,
3629               const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
3630               const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
3631               const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
3632               real lambda, real *dvdlambda,
3633               const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
3634               int gmx_unused *global_atom_index)
3635 {
3636     int  i, m, ki, ai, aj, type;
3637     real dr2, fbond, vbond, fij, vtot;
3638     rvec dx;
3639     ivec dt;
3640
3641     vtot = 0.0;
3642     for (i = 0; (i < nbonds); )
3643     {
3644         type = forceatoms[i++];
3645         ai   = forceatoms[i++];
3646         aj   = forceatoms[i++];
3647
3648         ki   = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[aj], dx); /*   3      */
3649         dr2  = iprod(dx, dx);                       /*   5              */
3650
3651         *dvdlambda += g96harmonic(forceparams[type].harmonic.krA,
3652                                   forceparams[type].harmonic.krB,
3653                                   forceparams[type].harmonic.rA,
3654                                   forceparams[type].harmonic.rB,
3655                                   dr2, lambda, &vbond, &fbond);
3656
3657         vtot  += 0.5*vbond;                         /* 1*/
3658 #ifdef DEBUG
3659         if (debug)
3660         {
3661             fprintf(debug, "G96-BONDS: dr = %10g  vbond = %10g  fbond = %10g\n",
3662                     sqrt(dr2), vbond, fbond);
3663         }
3664 #endif
3665
3666         if (g)
3667         {
3668             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), SHIFT_IVEC(g, aj), dt);
3669             ki = IVEC2IS(dt);
3670         }
3671         for (m = 0; (m < DIM); m++)     /*  15          */
3672         {
3673             fij                 = fbond*dx[m];
3674             f[ai][m]           += fij;
3675             f[aj][m]           -= fij;
3676             fshift[ki][m]      += fij;
3677             fshift[CENTRAL][m] -= fij;
3678         }
3679     }               /* 44 TOTAL */
3680     return vtot;
3681 }
3682
3683 real g96bond_angle(const rvec xi, const rvec xj, const rvec xk, const t_pbc *pbc,
3684                    rvec r_ij, rvec r_kj,
3685                    int *t1, int *t2)
3686 /* Return value is the angle between the bonds i-j and j-k */
3687 {
3688     real costh;
3689
3690     *t1 = pbc_rvec_sub(pbc, xi, xj, r_ij); /*  3                */
3691     *t2 = pbc_rvec_sub(pbc, xk, xj, r_kj); /*  3                */
3692
3693     costh = cos_angle(r_ij, r_kj);         /* 25                */
3694     /* 41 TOTAL */
3695     return costh;
3696 }
3697
3698 real g96angles(int nbonds,
3699                const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
3700                const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
3701                const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
3702                real lambda, real *dvdlambda,
3703                const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
3704                int gmx_unused *global_atom_index)
3705 {
3706     int  i, ai, aj, ak, type, m, t1, t2;
3707     rvec r_ij, r_kj;
3708     real cos_theta, dVdt, va, vtot;
3709     real rij_1, rij_2, rkj_1, rkj_2, rijrkj_1;
3710     rvec f_i, f_j, f_k;
3711     ivec jt, dt_ij, dt_kj;
3712
3713     vtot = 0.0;
3714     for (i = 0; (i < nbonds); )
3715     {
3716         type = forceatoms[i++];
3717         ai   = forceatoms[i++];
3718         aj   = forceatoms[i++];
3719         ak   = forceatoms[i++];
3720
3721         cos_theta  = g96bond_angle(x[ai], x[aj], x[ak], pbc, r_ij, r_kj, &t1, &t2);
3722
3723         *dvdlambda += g96harmonic(forceparams[type].harmonic.krA,
3724                                   forceparams[type].harmonic.krB,
3725                                   forceparams[type].harmonic.rA,
3726                                   forceparams[type].harmonic.rB,
3727                                   cos_theta, lambda, &va, &dVdt);
3728         vtot    += va;
3729
3730         rij_1    = gmx_invsqrt(iprod(r_ij, r_ij));
3731         rkj_1    = gmx_invsqrt(iprod(r_kj, r_kj));
3732         rij_2    = rij_1*rij_1;
3733         rkj_2    = rkj_1*rkj_1;
3734         rijrkj_1 = rij_1*rkj_1;                 /* 23 */
3735
3736 #ifdef DEBUG
3737         if (debug)
3738         {
3739             fprintf(debug, "G96ANGLES: costheta = %10g  vth = %10g  dV/dct = %10g\n",
3740                     cos_theta, va, dVdt);
3741         }
3742 #endif
3743         for (m = 0; (m < DIM); m++)     /*  42  */
3744         {
3745             f_i[m]    = dVdt*(r_kj[m]*rijrkj_1 - r_ij[m]*rij_2*cos_theta);
3746             f_k[m]    = dVdt*(r_ij[m]*rijrkj_1 - r_kj[m]*rkj_2*cos_theta);
3747             f_j[m]    = -f_i[m]-f_k[m];
3748             f[ai][m] += f_i[m];
3749             f[aj][m] += f_j[m];
3750             f[ak][m] += f_k[m];
3751         }
3752
3753         if (g)
3754         {
3755             copy_ivec(SHIFT_IVEC(g, aj), jt);
3756
3757             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), jt, dt_ij);
3758             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ak), jt, dt_kj);
3759             t1 = IVEC2IS(dt_ij);
3760             t2 = IVEC2IS(dt_kj);
3761         }
3762         rvec_inc(fshift[t1], f_i);
3763         rvec_inc(fshift[CENTRAL], f_j);
3764         rvec_inc(fshift[t2], f_k);          /* 9 */
3765         /* 163 TOTAL    */
3766     }
3767     return vtot;
3768 }
3769
3770 real cross_bond_bond(int nbonds,
3771                      const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
3772                      const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
3773                      const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
3774                      real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda,
3775                      const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused  *fcd,
3776                      int gmx_unused *global_atom_index)
3777 {
3778     /* Potential from Lawrence and Skimmer, Chem. Phys. Lett. 372 (2003)
3779      * pp. 842-847
3780      */
3781     int  i, ai, aj, ak, type, m, t1, t2;
3782     rvec r_ij, r_kj;
3783     real vtot, vrr, s1, s2, r1, r2, r1e, r2e, krr;
3784     rvec f_i, f_j, f_k;
3785     ivec jt, dt_ij, dt_kj;
3786
3787     vtot = 0.0;
3788     for (i = 0; (i < nbonds); )
3789     {
3790         type = forceatoms[i++];
3791         ai   = forceatoms[i++];
3792         aj   = forceatoms[i++];
3793         ak   = forceatoms[i++];
3794         r1e  = forceparams[type].cross_bb.r1e;
3795         r2e  = forceparams[type].cross_bb.r2e;
3796         krr  = forceparams[type].cross_bb.krr;
3797
3798         /* Compute distance vectors ... */
3799         t1 = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[aj], r_ij);
3800         t2 = pbc_rvec_sub(pbc, x[ak], x[aj], r_kj);
3801
3802         /* ... and their lengths */
3803         r1 = norm(r_ij);
3804         r2 = norm(r_kj);
3805
3806         /* Deviations from ideality */
3807         s1 = r1-r1e;
3808         s2 = r2-r2e;
3809
3810         /* Energy (can be negative!) */
3811         vrr   = krr*s1*s2;
3812         vtot += vrr;
3813
3814         /* Forces */
3815         svmul(-krr*s2/r1, r_ij, f_i);
3816         svmul(-krr*s1/r2, r_kj, f_k);
3817
3818         for (m = 0; (m < DIM); m++)     /*  12  */
3819         {
3820             f_j[m]    = -f_i[m] - f_k[m];
3821             f[ai][m] += f_i[m];
3822             f[aj][m] += f_j[m];
3823             f[ak][m] += f_k[m];
3824         }
3825
3826         /* Virial stuff */
3827         if (g)
3828         {
3829             copy_ivec(SHIFT_IVEC(g, aj), jt);
3830
3831             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), jt, dt_ij);
3832             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ak), jt, dt_kj);
3833             t1 = IVEC2IS(dt_ij);
3834             t2 = IVEC2IS(dt_kj);
3835         }
3836         rvec_inc(fshift[t1], f_i);
3837         rvec_inc(fshift[CENTRAL], f_j);
3838         rvec_inc(fshift[t2], f_k);          /* 9 */
3839         /* 163 TOTAL    */
3840     }
3841     return vtot;
3842 }
3843
3844 real cross_bond_angle(int nbonds,
3845                       const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
3846                       const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
3847                       const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
3848                       real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda,
3849                       const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata gmx_unused *fcd,
3850                       int gmx_unused *global_atom_index)
3851 {
3852     /* Potential from Lawrence and Skimmer, Chem. Phys. Lett. 372 (2003)
3853      * pp. 842-847
3854      */
3855     int  i, ai, aj, ak, type, m, t1, t2;
3856     rvec r_ij, r_kj, r_ik;
3857     real vtot, vrt, s1, s2, s3, r1, r2, r3, r1e, r2e, r3e, krt, k1, k2, k3;
3858     rvec f_i, f_j, f_k;
3859     ivec jt, dt_ij, dt_kj;
3860
3861     vtot = 0.0;
3862     for (i = 0; (i < nbonds); )
3863     {
3864         type = forceatoms[i++];
3865         ai   = forceatoms[i++];
3866         aj   = forceatoms[i++];
3867         ak   = forceatoms[i++];
3868         r1e  = forceparams[type].cross_ba.r1e;
3869         r2e  = forceparams[type].cross_ba.r2e;
3870         r3e  = forceparams[type].cross_ba.r3e;
3871         krt  = forceparams[type].cross_ba.krt;
3872
3873         /* Compute distance vectors ... */
3874         t1 = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[aj], r_ij);
3875         t2 = pbc_rvec_sub(pbc, x[ak], x[aj], r_kj);
3876         pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[ak], r_ik);
3877
3878         /* ... and their lengths */
3879         r1 = norm(r_ij);
3880         r2 = norm(r_kj);
3881         r3 = norm(r_ik);
3882
3883         /* Deviations from ideality */
3884         s1 = r1-r1e;
3885         s2 = r2-r2e;
3886         s3 = r3-r3e;
3887
3888         /* Energy (can be negative!) */
3889         vrt   = krt*s3*(s1+s2);
3890         vtot += vrt;
3891
3892         /* Forces */
3893         k1 = -krt*(s3/r1);
3894         k2 = -krt*(s3/r2);
3895         k3 = -krt*(s1+s2)/r3;
3896         for (m = 0; (m < DIM); m++)
3897         {
3898             f_i[m] = k1*r_ij[m] + k3*r_ik[m];
3899             f_k[m] = k2*r_kj[m] - k3*r_ik[m];
3900             f_j[m] = -f_i[m] - f_k[m];
3901         }
3902
3903         for (m = 0; (m < DIM); m++)     /*  12  */
3904         {
3905             f[ai][m] += f_i[m];
3906             f[aj][m] += f_j[m];
3907             f[ak][m] += f_k[m];
3908         }
3909
3910         /* Virial stuff */
3911         if (g)
3912         {
3913             copy_ivec(SHIFT_IVEC(g, aj), jt);
3914
3915             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), jt, dt_ij);
3916             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ak), jt, dt_kj);
3917             t1 = IVEC2IS(dt_ij);
3918             t2 = IVEC2IS(dt_kj);
3919         }
3920         rvec_inc(fshift[t1], f_i);
3921         rvec_inc(fshift[CENTRAL], f_j);
3922         rvec_inc(fshift[t2], f_k);          /* 9 */
3923         /* 163 TOTAL    */
3924     }
3925     return vtot;
3926 }
3927
3928 static real bonded_tab(const char *type, int table_nr,
3929                        const bondedtable_t *table, real kA, real kB, real r,
3930                        real lambda, real *V, real *F)
3931 {
3932     real k, tabscale, *VFtab, rt, eps, eps2, Yt, Ft, Geps, Heps2, Fp, VV, FF;
3933     int  n0, nnn;
3934     real dvdlambda;
3935
3936     k = (1.0 - lambda)*kA + lambda*kB;
3937
3938     tabscale = table->scale;
3939     VFtab    = table->data;
3940
3941     rt    = r*tabscale;
3942     n0    = static_cast<int>(rt);
3943     if (n0 >= table->n)
3944     {
3945         gmx_fatal(FARGS, "A tabulated %s interaction table number %d is out of the table range: r %f, between table indices %d and %d, table length %d",
3946                   type, table_nr, r, n0, n0+1, table->n);
3947     }
3948     eps   = rt - n0;
3949     eps2  = eps*eps;
3950     nnn   = 4*n0;
3951     Yt    = VFtab[nnn];
3952     Ft    = VFtab[nnn+1];
3953     Geps  = VFtab[nnn+2]*eps;
3954     Heps2 = VFtab[nnn+3]*eps2;
3955     Fp    = Ft + Geps + Heps2;
3956     VV    = Yt + Fp*eps;
3957     FF    = Fp + Geps + 2.0*Heps2;
3958
3959     *F         = -k*FF*tabscale;
3960     *V         = k*VV;
3961     dvdlambda  = (kB - kA)*VV;
3962
3963     return dvdlambda;
3964
3965     /* That was 22 flops */
3966 }
3967
3968 real tab_bonds(int nbonds,
3969                const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
3970                const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
3971                const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
3972                real lambda, real *dvdlambda,
3973                const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata *fcd,
3974                int gmx_unused  *global_atom_index)
3975 {
3976     int  i, m, ki, ai, aj, type, table;
3977     real dr, dr2, fbond, vbond, fij, vtot;
3978     rvec dx;
3979     ivec dt;
3980
3981     vtot = 0.0;
3982     for (i = 0; (i < nbonds); )
3983     {
3984         type = forceatoms[i++];
3985         ai   = forceatoms[i++];
3986         aj   = forceatoms[i++];
3987
3988         ki   = pbc_rvec_sub(pbc, x[ai], x[aj], dx); /*   3      */
3989         dr2  = iprod(dx, dx);                       /*   5              */
3990         dr   = dr2*gmx_invsqrt(dr2);                /*  10              */
3991
3992         table = forceparams[type].tab.table;
3993
3994         *dvdlambda += bonded_tab("bond", table,
3995                                  &fcd->bondtab[table],
3996                                  forceparams[type].tab.kA,
3997                                  forceparams[type].tab.kB,
3998                                  dr, lambda, &vbond, &fbond); /*  22 */
3999
4000         if (dr2 == 0.0)
4001         {
4002             continue;
4003         }
4004
4005
4006         vtot  += vbond;            /* 1*/
4007         fbond *= gmx_invsqrt(dr2); /*   6               */
4008 #ifdef DEBUG
4009         if (debug)
4010         {
4011             fprintf(debug, "TABBONDS: dr = %10g  vbond = %10g  fbond = %10g\n",
4012                     dr, vbond, fbond);
4013         }
4014 #endif
4015         if (g)
4016         {
4017             ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), SHIFT_IVEC(g, aj), dt);
4018             ki = IVEC2IS(dt);
4019         }
4020         for (m = 0; (m < DIM); m++)     /*  15          */
4021         {
4022             fij                 = fbond*dx[m];
4023             f[ai][m]           += fij;
4024             f[aj][m]           -= fij;
4025             fshift[ki][m]      += fij;
4026             fshift[CENTRAL][m] -= fij;
4027         }
4028     }               /* 62 TOTAL */
4029     return vtot;
4030 }
4031
4032 real tab_angles(int nbonds,
4033                 const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
4034                 const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
4035                 const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
4036                 real lambda, real *dvdlambda,
4037                 const t_mdatoms gmx_unused  *md, t_fcdata *fcd,
4038                 int gmx_unused *global_atom_index)
4039 {
4040     int  i, ai, aj, ak, t1, t2, type, table;
4041     rvec r_ij, r_kj;
4042     real cos_theta, cos_theta2, theta, dVdt, va, vtot;
4043     ivec jt, dt_ij, dt_kj;
4044
4045     vtot = 0.0;
4046     for (i = 0; (i < nbonds); )
4047     {
4048         type = forceatoms[i++];
4049         ai   = forceatoms[i++];
4050         aj   = forceatoms[i++];
4051         ak   = forceatoms[i++];
4052
4053         theta  = bond_angle(x[ai], x[aj], x[ak], pbc,
4054                             r_ij, r_kj, &cos_theta, &t1, &t2); /*  41           */
4055
4056         table = forceparams[type].tab.table;
4057
4058         *dvdlambda += bonded_tab("angle", table,
4059                                  &fcd->angletab[table],
4060                                  forceparams[type].tab.kA,
4061                                  forceparams[type].tab.kB,
4062                                  theta, lambda, &va, &dVdt); /*  22  */
4063         vtot += va;
4064
4065         cos_theta2 = sqr(cos_theta);            /*   1          */
4066         if (cos_theta2 < 1)
4067         {
4068             int  m;
4069             real st, sth;
4070             real cik, cii, ckk;
4071             real nrkj2, nrij2;
4072             rvec f_i, f_j, f_k;
4073
4074             st  = dVdt*gmx_invsqrt(1 - cos_theta2); /*  12              */
4075             sth = st*cos_theta;                     /*   1              */
4076 #ifdef DEBUG
4077             if (debug)
4078             {
4079                 fprintf(debug, "ANGLES: theta = %10g  vth = %10g  dV/dtheta = %10g\n",
4080                         theta*RAD2DEG, va, dVdt);
4081             }
4082 #endif
4083             nrkj2 = iprod(r_kj, r_kj);  /*   5          */
4084             nrij2 = iprod(r_ij, r_ij);
4085
4086             cik = st*gmx_invsqrt(nrkj2*nrij2); /*  12           */
4087             cii = sth/nrij2;                   /*  10           */
4088             ckk = sth/nrkj2;                   /*  10           */
4089
4090             for (m = 0; (m < DIM); m++)        /*  39           */
4091             {
4092                 f_i[m]    = -(cik*r_kj[m]-cii*r_ij[m]);
4093                 f_k[m]    = -(cik*r_ij[m]-ckk*r_kj[m]);
4094                 f_j[m]    = -f_i[m]-f_k[m];
4095                 f[ai][m] += f_i[m];
4096                 f[aj][m] += f_j[m];
4097                 f[ak][m] += f_k[m];
4098             }
4099             if (g)
4100             {
4101                 copy_ivec(SHIFT_IVEC(g, aj), jt);
4102
4103                 ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ai), jt, dt_ij);
4104                 ivec_sub(SHIFT_IVEC(g, ak), jt, dt_kj);
4105                 t1 = IVEC2IS(dt_ij);
4106                 t2 = IVEC2IS(dt_kj);
4107             }
4108             rvec_inc(fshift[t1], f_i);
4109             rvec_inc(fshift[CENTRAL], f_j);
4110             rvec_inc(fshift[t2], f_k);
4111         }                                       /* 169 TOTAL    */
4112     }
4113     return vtot;
4114 }
4115
4116 real tab_dihs(int nbonds,
4117               const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[],
4118               const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
4119               const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
4120               real lambda, real *dvdlambda,
4121               const t_mdatoms gmx_unused *md, t_fcdata *fcd,
4122               int gmx_unused *global_atom_index)
4123 {
4124     int  i, type, ai, aj, ak, al, table;
4125     int  t1, t2, t3;
4126     rvec r_ij, r_kj, r_kl, m, n;
4127     real phi, sign, ddphi, vpd, vtot;
4128
4129     vtot = 0.0;
4130     for (i = 0; (i < nbonds); )
4131     {
4132         type = forceatoms[i++];
4133         ai   = forceatoms[i++];
4134         aj   = forceatoms[i++];
4135         ak   = forceatoms[i++];
4136         al   = forceatoms[i++];
4137
4138         phi = dih_angle(x[ai], x[aj], x[ak], x[al], pbc, r_ij, r_kj, r_kl, m, n,
4139                         &sign, &t1, &t2, &t3);  /*  84  */
4140
4141         table = forceparams[type].tab.table;
4142
4143         /* Hopefully phi+M_PI never results in values < 0 */
4144         *dvdlambda += bonded_tab("dihedral", table,
4145                                  &fcd->dihtab[table],
4146                                  forceparams[type].tab.kA,
4147                                  forceparams[type].tab.kB,
4148                                  phi+M_PI, lambda, &vpd, &ddphi);
4149
4150         vtot += vpd;
4151         do_dih_fup(ai, aj, ak, al, -ddphi, r_ij, r_kj, r_kl, m, n,
4152                    f, fshift, pbc, g, x, t1, t2, t3); /* 112    */
4153
4154 #ifdef DEBUG
4155         fprintf(debug, "pdih: (%d,%d,%d,%d) phi=%g\n",
4156                 ai, aj, ak, al, phi);
4157 #endif
4158     } /* 227 TOTAL  */
4159
4160     return vtot;
4161 }
4162
4163 //! \endcond
4164
4165 gmx_bool
4166 ftype_is_bonded_potential(int ftype)
4167 {
4168     return
4169         (interaction_function[ftype].flags & IF_BOND) &&
4170         !(ftype == F_CONNBONDS || ftype == F_POSRES || ftype == F_FBPOSRES) &&
4171         (ftype < F_GB12 || ftype > F_GB14);
4172 }
4173
4174 /*! \brief Zero thread-local force-output buffers */
4175 static void zero_thread_forces(f_thread_t *f_t, int n,
4176                                int nblock, int blocksize)
4177 {
4178     int b, a0, a1, a, i, j;
4179
4180     if (n > f_t->f_nalloc)
4181     {
4182         f_t->f_nalloc = over_alloc_large(n);
4183         srenew(f_t->f, f_t->f_nalloc);
4184     }
4185
4186     if (f_t->red_mask != 0)
4187     {
4188         for (b = 0; b < nblock; b++)
4189         {
4190             if (f_t->red_mask && (1U<<b))
4191             {
4192                 a0 = b*blocksize;
4193                 a1 = std::min((b+1)*blocksize, n);
4194                 for (a = a0; a < a1; a++)
4195                 {
4196                     clear_rvec(f_t->f[a]);
4197                 }
4198             }
4199         }
4200     }
4201     for (i = 0; i < SHIFTS; i++)
4202     {
4203         clear_rvec(f_t->fshift[i]);
4204     }
4205     for (i = 0; i < F_NRE; i++)
4206     {
4207         f_t->ener[i] = 0;
4208     }
4209     for (i = 0; i < egNR; i++)
4210     {
4211         for (j = 0; j < f_t->grpp.nener; j++)
4212         {
4213             f_t->grpp.ener[i][j] = 0;
4214         }
4215     }
4216     for (i = 0; i < efptNR; i++)
4217     {
4218         f_t->dvdl[i] = 0;
4219     }
4220 }
4221
4222 /*! \brief The max thread number is arbitrary, we used a fixed number
4223  * to avoid memory management.  Using more than 16 threads is probably
4224  * never useful performance wise. */
4225 #define MAX_BONDED_THREADS 256
4226
4227 /*! \brief Reduce thread-local force buffers */
4228 static void reduce_thread_force_buffer(int n, rvec *f,
4229                                        int nthreads, f_thread_t *f_t,
4230                                        int nblock, int block_size)
4231 {
4232     int b;
4233
4234     if (nthreads > MAX_BONDED_THREADS)
4235     {
4236         gmx_fatal(FARGS, "Can not reduce bonded forces on more than %d threads",
4237                   MAX_BONDED_THREADS);
4238     }
4239
4240     /* This reduction can run on any number of threads,
4241      * independently of nthreads.
4242      */
4243 #pragma omp parallel for num_threads(nthreads) schedule(static)
4244     for (b = 0; b < nblock; b++)
4245     {
4246         rvec *fp[MAX_BONDED_THREADS];
4247         int   nfb, ft, fb;
4248         int   a0, a1, a;
4249
4250         /* Determine which threads contribute to this block */
4251         nfb = 0;
4252         for (ft = 1; ft < nthreads; ft++)
4253         {
4254             if (f_t[ft].red_mask & (1U<<b))
4255             {
4256                 fp[nfb++] = f_t[ft].f;
4257             }
4258         }
4259         if (nfb > 0)
4260         {
4261             /* Reduce force buffers for threads that contribute */
4262             a0 =  b   *block_size;
4263             a1 = (b+1)*block_size;
4264             a1 = std::min(a1, n);
4265             for (a = a0; a < a1; a++)
4266             {
4267                 for (fb = 0; fb < nfb; fb++)
4268                 {
4269                     rvec_inc(f[a], fp[fb][a]);
4270                 }
4271             }
4272         }
4273     }
4274 }
4275
4276 /*! \brief Reduce thread-local forces */
4277 static void reduce_thread_forces(int n, rvec *f, rvec *fshift,
4278                                  real *ener, gmx_grppairener_t *grpp, real *dvdl,
4279                                  int nthreads, f_thread_t *f_t,
4280                                  int nblock, int block_size,
4281                                  gmx_bool bCalcEnerVir,
4282                                  gmx_bool bDHDL)
4283 {
4284     if (nblock > 0)
4285     {
4286         /* Reduce the bonded force buffer */
4287         reduce_thread_force_buffer(n, f, nthreads, f_t, nblock, block_size);
4288     }
4289
4290     /* When necessary, reduce energy and virial using one thread only */
4291     if (bCalcEnerVir)
4292     {
4293         int t, i, j;
4294
4295         for (i = 0; i < SHIFTS; i++)
4296         {
4297             for (t = 1; t < nthreads; t++)
4298             {
4299                 rvec_inc(fshift[i], f_t[t].fshift[i]);
4300             }
4301         }
4302         for (i = 0; i < F_NRE; i++)
4303         {
4304             for (t = 1; t < nthreads; t++)
4305             {
4306                 ener[i] += f_t[t].ener[i];
4307             }
4308         }
4309         for (i = 0; i < egNR; i++)
4310         {
4311             for (j = 0; j < f_t[1].grpp.nener; j++)
4312             {
4313                 for (t = 1; t < nthreads; t++)
4314                 {
4315
4316                     grpp->ener[i][j] += f_t[t].grpp.ener[i][j];
4317                 }
4318             }
4319         }
4320         if (bDHDL)
4321         {
4322             for (i = 0; i < efptNR; i++)
4323             {
4324
4325                 for (t = 1; t < nthreads; t++)
4326                 {
4327                     dvdl[i] += f_t[t].dvdl[i];
4328                 }
4329             }
4330         }
4331     }
4332 }
4333
4334 /*! \brief Calculate one element of the list of bonded interactions
4335     for this thread */
4336 static real calc_one_bond(int thread,
4337                           int ftype, const t_idef *idef,
4338                           const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
4339                           t_forcerec *fr,
4340                           const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
4341                           gmx_grppairener_t *grpp,
4342                           t_nrnb *nrnb,
4343                           real *lambda, real *dvdl,
4344                           const t_mdatoms *md, t_fcdata *fcd,
4345                           gmx_bool bCalcEnerVir,
4346                           int *global_atom_index)
4347 {
4348     int      nat1, nbonds, efptFTYPE;
4349     real     v = 0;
4350     t_iatom *iatoms;
4351     int      nb0, nbn;
4352
4353     if (IS_RESTRAINT_TYPE(ftype))
4354     {
4355         efptFTYPE = efptRESTRAINT;
4356     }
4357     else
4358     {
4359         efptFTYPE = efptBONDED;
4360     }
4361
4362     nat1      = interaction_function[ftype].nratoms + 1;
4363     nbonds    = idef->il[ftype].nr/nat1;
4364     iatoms    = idef->il[ftype].iatoms;
4365
4366     nb0 = idef->il_thread_division[ftype*(idef->nthreads+1)+thread];
4367     nbn = idef->il_thread_division[ftype*(idef->nthreads+1)+thread+1] - nb0;
4368
4369     if (!IS_LISTED_LJ_C(ftype))
4370     {
4371         if (ftype == F_CMAP)
4372         {
4373             v = cmap_dihs(nbn, iatoms+nb0,
4374                           idef->iparams, &idef->cmap_grid,
4375                           x, f, fshift,
4376                           pbc, g, lambda[efptFTYPE], &(dvdl[efptFTYPE]),
4377                           md, fcd, global_atom_index);
4378         }
4379 #ifdef GMX_SIMD_HAVE_REAL
4380         else if (ftype == F_ANGLES &&
4381                  !bCalcEnerVir && fr->efep == efepNO)
4382         {
4383             /* No energies, shift forces, dvdl */
4384             angles_noener_simd(nbn, idef->il[ftype].iatoms+nb0,
4385                                idef->iparams,
4386                                x, f,
4387                                pbc, g, lambda[efptFTYPE], md, fcd,
4388                                global_atom_index);
4389             v = 0;
4390         }
4391 #endif
4392         else if (ftype == F_PDIHS &&
4393                  !bCalcEnerVir && fr->efep == efepNO)
4394         {
4395             /* No energies, shift forces, dvdl */
4396 #ifdef GMX_SIMD_HAVE_REAL
4397             pdihs_noener_simd
4398 #else
4399             pdihs_noener
4400 #endif
4401                 (nbn, idef->il[ftype].iatoms+nb0,
4402                 idef->iparams,
4403                 x, f,
4404                 pbc, g, lambda[efptFTYPE], md, fcd,
4405                 global_atom_index);
4406             v = 0;
4407         }
4408         else
4409         {
4410             v = interaction_function[ftype].ifunc(nbn, iatoms+nb0,
4411                                                   idef->iparams,
4412                                                   x, f, fshift,
4413                                                   pbc, g, lambda[efptFTYPE], &(dvdl[efptFTYPE]),
4414                                                   md, fcd, global_atom_index);
4415         }
4416     }
4417     else
4418     {
4419         v = do_nonbonded_listed(ftype, nbn, iatoms+nb0, idef->iparams, x, f, fshift,
4420                                 pbc, g, lambda, dvdl, md, fr, grpp, global_atom_index);
4421     }
4422
4423     if (thread == 0)
4424     {
4425         inc_nrnb(nrnb, interaction_function[ftype].nrnb_ind, nbonds);
4426     }
4427
4428     return v;
4429 }
4430
4431 void calc_bonds(const gmx_multisim_t *ms,
4432                 const t_idef *idef,
4433                 const rvec x[], history_t *hist,
4434                 rvec f[], t_forcerec *fr,
4435                 const struct t_pbc *pbc, const struct t_graph *g,
4436                 gmx_enerdata_t *enerd, t_nrnb *nrnb,
4437                 real *lambda,
4438                 const t_mdatoms *md,
4439                 t_fcdata *fcd, int *global_atom_index,
4440                 int force_flags)
4441 {
4442     gmx_bool      bCalcEnerVir;
4443     int           i;
4444     real          dvdl[efptNR]; /* The dummy array is to have a place to store the dhdl at other values
4445                                                         of lambda, which will be thrown away in the end*/
4446     const  t_pbc *pbc_null;
4447     int           thread;
4448
4449     assert(fr->nthreads == idef->nthreads);
4450
4451     bCalcEnerVir = (force_flags & (GMX_FORCE_VIRIAL | GMX_FORCE_ENERGY));
4452
4453     for (i = 0; i < efptNR; i++)
4454     {
4455         dvdl[i] = 0.0;
4456     }
4457     if (fr->bMolPBC)
4458     {
4459         pbc_null = pbc;
4460     }
4461     else
4462     {
4463         pbc_null = NULL;
4464     }
4465
4466 #ifdef DEBUG
4467     if (g && debug)
4468     {
4469         p_graph(debug, "Bondage is fun", g);
4470     }
4471 #endif
4472
4473     /* Do pre force calculation stuff which might require communication */
4474     if (idef->il[F_ORIRES].nr)
4475     {
4476         enerd->term[F_ORIRESDEV] =
4477             calc_orires_dev(ms, idef->il[F_ORIRES].nr,
4478                             idef->il[F_ORIRES].iatoms,
4479                             idef->iparams, md, x,
4480                             pbc_null, fcd, hist);
4481     }
4482     if (idef->il[F_DISRES].nr)
4483     {
4484         calc_disres_R_6(idef->il[F_DISRES].nr,
4485                         idef->il[F_DISRES].iatoms,
4486                         idef->iparams, x, pbc_null,
4487                         fcd, hist);
4488 #ifdef GMX_MPI
4489         if (fcd->disres.nsystems > 1)
4490         {
4491             gmx_sum_sim(2*fcd->disres.nres, fcd->disres.Rt_6, ms);
4492         }
4493 #endif
4494     }
4495
4496 #pragma omp parallel for num_threads(fr->nthreads) schedule(static)
4497     for (thread = 0; thread < fr->nthreads; thread++)
4498     {
4499         int                ftype;
4500         real              *epot, v;
4501         /* thread stuff */
4502         rvec              *ft, *fshift;
4503         real              *dvdlt;
4504         gmx_grppairener_t *grpp;
4505
4506         if (thread == 0)
4507         {
4508             ft     = f;
4509             fshift = fr->fshift;
4510             epot   = enerd->term;
4511             grpp   = &enerd->grpp;
4512             dvdlt  = dvdl;
4513         }
4514         else
4515         {
4516             zero_thread_forces(&fr->f_t[thread], fr->natoms_force,
4517                                fr->red_nblock, 1<<fr->red_ashift);
4518
4519             ft     = fr->f_t[thread].f;
4520             fshift = fr->f_t[thread].fshift;
4521             epot   = fr->f_t[thread].ener;
4522             grpp   = &fr->f_t[thread].grpp;
4523             dvdlt  = fr->f_t[thread].dvdl;
4524         }
4525         /* Loop over all bonded force types to calculate the bonded forces */
4526         for (ftype = 0; (ftype < F_NRE); ftype++)
4527         {
4528             if (idef->il[ftype].nr > 0 && ftype_is_bonded_potential(ftype))
4529             {
4530                 v = calc_one_bond(thread, ftype, idef, x,
4531                                   ft, fshift, fr, pbc_null, g, grpp,
4532                                   nrnb, lambda, dvdlt,
4533                                   md, fcd, bCalcEnerVir,
4534                                   global_atom_index);
4535                 epot[ftype] += v;
4536             }
4537         }
4538     }
4539     if (fr->nthreads > 1)
4540     {
4541         reduce_thread_forces(fr->natoms_force, f, fr->fshift,
4542                              enerd->term, &enerd->grpp, dvdl,
4543                              fr->nthreads, fr->f_t,
4544                              fr->red_nblock, 1<<fr->red_ashift,
4545                              bCalcEnerVir,
4546                              force_flags & GMX_FORCE_DHDL);
4547     }
4548     if (force_flags & GMX_FORCE_DHDL)
4549     {
4550         for (i = 0; i < efptNR; i++)
4551         {
4552             enerd->dvdl_nonlin[i] += dvdl[i];
4553         }
4554     }
4555
4556     /* Copy the sum of violations for the distance restraints from fcd */
4557     if (fcd)
4558     {
4559         enerd->term[F_DISRESVIOL] = fcd->disres.sumviol;
4560
4561     }
4562 }
4563
4564 void calc_bonds_lambda(const t_idef *idef,
4565                        const rvec x[],
4566                        t_forcerec *fr,
4567                        const struct t_pbc *pbc, const struct t_graph *g,
4568                        gmx_grppairener_t *grpp, real *epot, t_nrnb *nrnb,
4569                        real *lambda,
4570                        const t_mdatoms *md,
4571                        t_fcdata *fcd,
4572                        int *global_atom_index)
4573 {
4574     int           ftype, nr_nonperturbed, nr;
4575     real          v;
4576     real          dvdl_dum[efptNR];
4577     rvec         *f, *fshift;
4578     const  t_pbc *pbc_null;
4579     t_idef        idef_fe;
4580
4581     if (fr->bMolPBC)
4582     {
4583         pbc_null = pbc;
4584     }
4585     else
4586     {
4587         pbc_null = NULL;
4588     }
4589
4590     /* Copy the whole idef, so we can modify the contents locally */
4591     idef_fe          = *idef;
4592     idef_fe.nthreads = 1;
4593     snew(idef_fe.il_thread_division, F_NRE*(idef_fe.nthreads+1));
4594
4595     /* We already have the forces, so we use temp buffers here */
4596     snew(f, fr->natoms_force);
4597     snew(fshift, SHIFTS);
4598
4599     /* Loop over all bonded force types to calculate the bonded energies */
4600     for (ftype = 0; (ftype < F_NRE); ftype++)
4601     {
4602         if (ftype_is_bonded_potential(ftype))
4603         {
4604             /* Set the work range of thread 0 to the perturbed bondeds only */
4605             nr_nonperturbed                       = idef->il[ftype].nr_nonperturbed;
4606             nr                                    = idef->il[ftype].nr;
4607             idef_fe.il_thread_division[ftype*2+0] = nr_nonperturbed;
4608             idef_fe.il_thread_division[ftype*2+1] = nr;
4609
4610             /* This is only to get the flop count correct */
4611             idef_fe.il[ftype].nr = nr - nr_nonperturbed;
4612
4613             if (nr - nr_nonperturbed > 0)
4614             {
4615                 v = calc_one_bond(0, ftype, &idef_fe,
4616                                   x, f, fshift, fr, pbc_null, g,
4617                                   grpp, nrnb, lambda, dvdl_dum,
4618                                   md, fcd, TRUE,
4619                                   global_atom_index);
4620                 epot[ftype] += v;
4621             }
4622         }
4623     }
4624
4625     sfree(fshift);
4626     sfree(f);
4627
4628     sfree(idef_fe.il_thread_division);
4629 }