src/gromacs/legacyheaders/types/ns.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #include "gromacs/legacyheaders/types/nsgrid.h"
  39 #include "gromacs/legacyheaders/types/nblist.h"
  40
  41 #ifdef __cplusplus
  42 extern "C" {
  43 #endif
  44
  45 enum {
  46     eNL_VDWQQ, eNL_VDW, eNL_QQ,
  47     eNL_VDWQQ_FREE, eNL_VDW_FREE, eNL_QQ_FREE,
  48     eNL_VDWQQ_WATER, eNL_QQ_WATER,
  49     eNL_VDWQQ_WATERWATER, eNL_QQ_WATERWATER,
  50     eNL_NR
  51 };
  52
  53 #define MAX_CG 1024
  54
  55 typedef struct {
  56     int     ncg;
  57     int     nj;
  58     atom_id jcg[MAX_CG];
  59 } t_ns_buf;
  60
  61 typedef struct {
  62     gmx_bool      bCGlist;
  63     atom_id      *simple_aaj;
  64     t_grid       *grid;
  65     t_excl       *bexcl;
  66     gmx_bool     *bHaveVdW;
  67     t_ns_buf    **ns_buf;
  68     gmx_bool     *bExcludeAlleg;
  69     int           nra_alloc;
  70     int           cg_alloc;
  71     atom_id     **nl_sr;
  72     int          *nsr;
  73     atom_id     **nl_lr_ljc;
  74     atom_id     **nl_lr_one;
  75     int          *nlr_ljc;
  76     int          *nlr_one;
  77     /* the nblists should probably go in here */
  78     gmx_bool      nblist_initialized; /* has the nblist been initialized?  */
  79     int           dump_nl;            /* neighbour list dump level (from env. var. GMX_DUMP_NL)*/
  80 } gmx_ns_t;
  81
  82 #ifdef __cplusplus
  83 }
  84 #endif