src/gromacs/legacyheaders/types/genborn.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38
  39 #ifdef __cplusplus
  40 extern "C" {
  41 #endif
  42
  43 #include "gromacs/legacyheaders/types/simple.h"
  44
  45 typedef struct
  46 {
  47     int  nbonds;
  48     int  bond[10];
  49     real length[10];
  50 } genborn_bonds_t;
  51
  52 typedef struct gbtmpnbls *gbtmpnbls_t;
  53
  54 /* Struct to hold all the information for GB */
  55 typedef struct
  56 {
  57     int nr;                   /* number of atoms, length of arrays below */
  58     int n12;                  /* number of 1-2 (bond) interactions       */
  59     int n13;                  /* number of 1-3 (angle) terms             */
  60     int n14;                  /* number of 1-4 (torsion) terms           */
  61     int nalloc;               /* Allocation of local arrays (with DD)    */
  62
  63
  64     /* Arrays below that end with _globalindex are used for setting up initial values of
  65      * all gb parameters and values. They all have length natoms, which for DD is the
  66      * global atom number.
  67      * Values are then taken from these arrays to local copies, that have names without
  68      * _globalindex, in the routine make_local_gb(), which is called once for single
  69      * node runs, and for DD at every call to dd_partition_system
  70      */
  71
  72     real       *gpol;              /* Atomic polarisation energies */
  73     real       *gpol_globalindex;  /*  */
  74     real       *gpol_still_work;   /* Work array for Still model */
  75     real       *gpol_hct_work;     /* Work array for HCT/OBC models */
  76     real       *bRad;              /* Atomic Born radii */
  77     real       *vsolv;             /* Atomic solvation volumes */
  78     real       *vsolv_globalindex; /*  */
  79     real       *gb_radius;         /* Radius info, copied from atomtypes */
  80     real       *gb_radius_globalindex;
  81
  82     int        *use;                /* Array that till if this atom does GB */
  83     int        *use_globalindex;    /* Global array for parallelization */
  84
  85     real        es;                 /* Solvation energy and derivatives */
  86     real       *asurf;              /* Atomic surface area */
  87     rvec       *dasurf;             /* Surface area derivatives */
  88     real        as;                 /* Total surface area */
  89
  90     real       *drobc;              /* Parameters for OBC chain rule calculation */
  91     real       *param;              /* Precomputed factor rai*atype->S_hct for HCT/OBC */
  92     real       *param_globalindex;  /*  */
  93
  94     real       *log_table;          /* Table for logarithm lookup */
  95
  96     real        obc_alpha;          /* OBC parameters */
  97     real        obc_beta;           /* OBC parameters */
  98     real        obc_gamma;          /* OBC parameters */
  99     real        gb_doffset;         /* Dielectric offset for Still/HCT/OBC */
 100     real        gb_epsilon_solvent; /*   */
 101     real        epsilon_r;          /* Used for inner dielectric */
 102
 103     real        sa_surface_tension; /* Surface tension for non-polar solvation */
 104
 105     real       *work;               /* Used for parallel summation and in the chain rule, length natoms         */
 106     real       *buf;                /* Used for parallel summation and in the chain rule, length natoms         */
 107     int        *count;              /* Used for setting up the special gb nblist, length natoms                 */
 108     gbtmpnbls_t nblist_work;        /* Used for setting up the special gb nblist, dim natoms*nblist_work_nalloc */
 109     int         nblist_work_nalloc; /* Length of second dimension of nblist_work                                */
 110 }
 111 gmx_genborn_t;
 112
 113 #ifdef __cplusplus
 114 }
 115 #endif