src/gromacs/legacyheaders/shellfc.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #include "../timing/wallcycle.h"
  39
  40 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  41 #include "gromacs/legacyheaders/vsite.h"
  42
  43 #ifdef __cplusplus
  44 extern "C" {
  45 #endif
  46
  47 struct t_graph;
  48
  49 /* Initialization function, also predicts the initial shell postions.
  50  * If x!=NULL, the shells are predict for the global coordinates x.
  51  */
  52 gmx_shellfc_t init_shell_flexcon(FILE *fplog,
  53                                  gmx_mtop_t *mtop, int nflexcon,
  54                                  rvec *x);
  55
  56 /* Get the local shell with domain decomposition */
  57 void make_local_shells(t_commrec *cr, t_mdatoms *md,
  58                        gmx_shellfc_t shfc);
  59
  60 /* Optimize shell positions */
  61 int relax_shell_flexcon(FILE *log, t_commrec *cr, gmx_bool bVerbose,
  62                         gmx_int64_t mdstep, t_inputrec *inputrec,
  63                         gmx_bool bDoNS, int force_flags,
  64                         gmx_localtop_t *top,
  65                         gmx_constr_t constr,
  66                         gmx_enerdata_t *enerd, t_fcdata *fcd,
  67                         t_state *state, rvec f[],
  68                         tensor force_vir,
  69                         t_mdatoms *md,
  70                         t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
  71                         struct t_graph *graph,
  72                         gmx_groups_t *groups,
  73                         gmx_shellfc_t shfc,
  74                         t_forcerec *fr,
  75                         gmx_bool bBornRadii,
  76                         double t, rvec mu_tot,
  77                         gmx_bool *bConverged,
  78                         gmx_vsite_t *vsite,
  79                         FILE *fp_field);
  80
  81
  82 #ifdef __cplusplus
  83 }
  84 #endif