src/gromacs/legacyheaders/ns.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef _ns_h
  39 #define _ns_h
  40
  41 #include <stdio.h>
  42
  43 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  44 #include "gromacs/legacyheaders/tgroup.h"
  45 #include "gromacs/legacyheaders/network.h"
  46
  47 #ifdef __cplusplus
  48 extern "C" {
  49 #endif
  50
  51 /****************************************************
  52  *
  53  *    U T I L I T I E S May be found in ns.c
  54  *
  55  ****************************************************/
  56
  57 void init_neighbor_list(FILE *log, t_forcerec *fr, int homenr);
  58 /*
  59  * nn is the number of energy terms in the energy matrix
  60  * (ngener*(ngener-1))/2
  61  * start is the first atom on this processor
  62  * homenr is the number of atoms on this processor
  63  */
  64
  65 int calc_naaj(int icg, int cgtot);
  66 /* Calculate the number of charge groups to interact with for icg */
  67
  68 /****************************************************
  69  *
  70  *    N E I G H B O R  S E A R C H I N G
  71  *
  72  *    Calls either ns5_core (when grid selected in .mdp file)
  73  *    or ns_simple_core (when simple selected in .mdp file)
  74  *
  75  *    Return total number of pairs searched
  76  *
  77  ****************************************************/
  78 void init_ns(FILE *fplog, const t_commrec *cr,
  79              gmx_ns_t *ns, t_forcerec *fr,
  80              const gmx_mtop_t *mtop);
  81
  82 int search_neighbours(FILE *log, t_forcerec *fr, matrix box,
  83                       gmx_localtop_t *top,
  84                       gmx_groups_t *groups,
  85                       t_commrec *cr,
  86                       t_nrnb *nrnb, t_mdatoms *md,
  87                       gmx_bool bFillGrid,
  88                       gmx_bool bDoLongRangeNS);
  89
  90
  91 /* Debugging routines from wnblist.c */
  92 void dump_nblist(FILE *out, t_commrec *cr, t_forcerec *fr, int nDNL);
  93
  94 int read_nblist(FILE *in, FILE *out, int **mat, int natoms, gmx_bool bSymm);
  95 /* Returns total number of neighbors. If bSymm the matrix is symmetrized. */
  96
  97 int natoms_beyond_ns_buffer(t_inputrec *ir, t_forcerec *fr, t_block *cgs,
  98                             matrix scale_tot, rvec *x);
  99 /* Returns the number of atoms that moved beyond the ns buffer */
 100
 101 void reallocate_nblist(t_nblist *nl);
 102 /* List reallocation, only exported for Verlet scheme use with FEP */
 103
 104 #ifdef __cplusplus
 105 }
 106 #endif
 107
 108
 109 #endif  /* _ns_h */