src/gromacs/gmxpreprocess/toputil.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_GMXPREPROCESS_TOPUTIL_H
  39 #define GMX_GMXPREPROCESS_TOPUTIL_H
  40
  41 #include "gromacs/gmxpreprocess/gpp_atomtype.h"
  42 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp-impl.h"
  43
  44 /* UTILITIES */
  45
  46 int name2index(char *str, char ***typenames, int ntypes);
  47
  48 void pr_alloc (int extra, t_params *pr);
  49
  50 void set_p_string(t_param *p, const char *s);
  51
  52 void cp_param(t_param *dest, t_param *src);
  53
  54 void add_param_to_list(t_params *list, t_param *b);
  55
  56 /* INITIATE */
  57
  58 void init_plist(t_params plist[]);
  59
  60 void init_molinfo(t_molinfo *mol);
  61
  62 /* FREE */
  63 void done_mi(t_molinfo *mi);
  64
  65 /* PRINTING */
  66
  67 void print_blocka(FILE *out, const char *szName, const char *szIndex,
  68                   const char *szA, t_blocka *block);
  69
  70 void print_atoms(FILE *out, gpp_atomtype_t atype, t_atoms *at, int *cgnr,
  71                  gmx_bool bRTPresname);
  72
  73 void print_bondeds(FILE *out, int natoms, directive d,
  74                    int ftype, int fsubtype, t_params plist[]);
  75
  76 void print_excl(FILE *out, int natoms, t_excls excls[]);
  77
  78 #endif