src/gromacs/gmxpreprocess/topio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_GMXPREPROCESS_TOPIO_H
  39 #define GMX_GMXPREPROCESS_TOPIO_H
  40
  41 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  42 #include "readir.h"
  43 #include "grompp-impl.h"
  44 #include "gpp_atomtype.h"
  45
  46 #ifdef __cplusplus
  47 extern "C" {
  48 #endif
  49
  50 double check_mol(gmx_mtop_t *mtop, warninp_t wi);
  51 /* Check mass and charge */
  52
  53 char **do_top(gmx_bool         bVerbose,
  54               const char      *topfile,
  55               const char      *topppfile,
  56               t_gromppopts    *opts,
  57               gmx_bool         bZero,
  58               struct t_symtab *symtab,
  59               t_params         plist[],
  60               int             *combination_rule,
  61               double          *repulsion_power,
  62               real            *fudgeQQ,
  63               gpp_atomtype_t   atype,
  64               int             *nrmols,
  65               t_molinfo      **molinfo,
  66               t_inputrec      *ir,
  67               int             *nmolblock,
  68               gmx_molblock_t **molblock,
  69               gmx_bool         bGB,
  70               warninp_t        wi);
  71
  72
  73 /* This routine expects sys->molt[m].ilist to be of size F_NRE and ordered. */
  74 void generate_qmexcl(gmx_mtop_t *sys, t_inputrec *ir, warninp_t    wi);
  75
  76 #ifdef __cplusplus
  77 }
  78 #endif
  79
  80 #endif