src/gromacs/gmxpreprocess/readadress.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2009 Christoph Junghans, Brad Lambeth.
   5  * Copyright (c) 2012,2014, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36 #include "gmxpre.h"
  37
  38 #include <stdlib.h>
  39 #include <string.h>
  40
  41 #include "readir.h"
  42 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  43 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  44 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  45 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  46
  47 #define MAXPTR 254
  48
  49 static char adress_refs[STRLEN], adress_tf_grp_names[STRLEN], adress_cg_grp_names[STRLEN];
  50
  51 void read_adressparams(int *ninp_p, t_inpfile **inp_p, t_adress *adress, warninp_t wi)
  52 {
  53     int         nadress_refs, i;
  54     const char *tmp;
  55     char       *ptr1[MAXPTR];
  56
  57
  58     int        ninp;
  59     t_inpfile *inp;
  60
  61     ninp   = *ninp_p;
  62     inp    = *inp_p;
  63
  64     EETYPE("adress_type",                adress->type,         eAdresstype_names);
  65     RTYPE ("adress_const_wf",            adress->const_wf,     1);
  66     RTYPE ("adress_ex_width",            adress->ex_width,     0);
  67     RTYPE ("adress_hy_width",            adress->hy_width,     0);
  68     RTYPE ("adress_ex_forcecap",         adress->ex_forcecap,     0);
  69     EETYPE("adress_interface_correction", adress->icor,         eAdressICtype_names);
  70     EETYPE("adress_site",                adress->site,         eAdressSITEtype_names);
  71     STYPE ("adress_reference_coords",    adress_refs,             NULL);
  72     STYPE ("adress_tf_grp_names",        adress_tf_grp_names,     NULL);
  73     STYPE ("adress_cg_grp_names",        adress_cg_grp_names,     NULL);
  74     EETYPE("adress_do_hybridpairs",      adress->do_hybridpairs, yesno_names);
  75
  76     nadress_refs = str_nelem(adress_refs, MAXPTR, ptr1);
  77
  78     for (i = 0; (i < nadress_refs); i++) /*read vector components*/
  79     {
  80         adress->refs[i] = strtod(ptr1[i], NULL);
  81     }
  82     for (; (i < DIM); i++) /*remaining undefined components of the vector set to zero*/
  83     {
  84         adress->refs[i] = 0;
  85     }
  86
  87     *ninp_p   = ninp;
  88     *inp_p    = inp;
  89 }
  90
  91 void do_adress_index(t_adress *adress, gmx_groups_t *groups, char **gnames, t_grpopts *opts, warninp_t wi)
  92 {
  93     int      nr, i, j, k;
  94     char    *ptr1[MAXPTR];
  95     int      nadress_cg_grp_names, nadress_tf_grp_names;
  96
  97     /* AdResS coarse grained groups input */
  98
  99     nr = groups->grps[egcENER].nr;
 100     snew(adress->group_explicit, nr);
 101     for (i = 0; i < nr; i++)
 102     {
 103         adress->group_explicit[i] = TRUE;
 104     }
 105     adress->n_energy_grps = nr;
 106
 107     nadress_cg_grp_names = str_nelem(adress_cg_grp_names, MAXPTR, ptr1);
 108
 109     if (nadress_cg_grp_names > 0)
 110     {
 111         for (i = 0; i < nadress_cg_grp_names; i++)
 112         {
 113             /* search for the group name mathching the tf group name */
 114             k = 0;
 115             while ((k < nr) &&
 116                    gmx_strcasecmp(ptr1[i], (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]])))
 117             {
 118                 k++;
 119             }
 120             if (k == nr)
 121             {
 122                 gmx_fatal(FARGS, "Adress cg energy group %s not found\n", ptr1[i]);
 123             }
 124             adress->group_explicit[k] = FALSE;
 125             printf ("AdResS: Energy group %s is treated as coarse-grained \n",
 126                     (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]]));
 127         }
 128         /* set energy group exclusions between all coarse-grained and explicit groups */
 129         for (j = 0; j < nr; j++)
 130         {
 131             for (k = 0; k < nr; k++)
 132             {
 133                 if (!(adress->group_explicit[k] == adress->group_explicit[j]))
 134                 {
 135                     opts->egp_flags[nr * j + k] |= EGP_EXCL;
 136                     if (debug)
 137                     {
 138                         fprintf(debug, "AdResS excl %s %s \n",
 139                                 (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[j]]),
 140                                 (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]]));
 141                     }
 142                 }
 143             }
 144         }
 145     }
 146     else
 147     {
 148         warning(wi, "For an AdResS simulation at least one coarse-grained energy group has to be specified in adress_cg_grp_names");
 149     }
 150
 151
 152     /* AdResS multiple tf tables input */
 153     nadress_tf_grp_names = str_nelem(adress_tf_grp_names, MAXPTR, ptr1);
 154     adress->n_tf_grps    = nadress_tf_grp_names;
 155     snew(adress->tf_table_index, nadress_tf_grp_names);
 156
 157     nr = groups->grps[egcENER].nr;
 158
 159     if (nadress_tf_grp_names > 0)
 160     {
 161         for (i = 0; i < nadress_tf_grp_names; i++)
 162         {
 163             /* search for the group name mathching the tf group name */
 164             k = 0;
 165             while ((k < nr) &&
 166                    gmx_strcasecmp(ptr1[i], (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]])))
 167             {
 168                 k++;
 169             }
 170             if (k == nr)
 171             {
 172                 gmx_fatal(FARGS, "Adress tf energy group %s not found\n", ptr1[i]);
 173             }
 174
 175             adress->tf_table_index[i] = k;
 176             if (debug)
 177             {
 178                 fprintf(debug, "found tf group %s id %d \n", ptr1[i], k);
 179             }
 180             if (adress->group_explicit[k])
 181             {
 182                 gmx_fatal(FARGS, "Thermodynamic force group %s is not a coarse-grained group in adress_cg_grp_names. The thermodynamic force has to act on the coarse-grained vsite of a molecule.\n", ptr1[i]);
 183             }
 184
 185         }
 186     }
 187     /* end AdResS multiple tf tables input */
 188
 189
 190 }