src/gromacs/gmxpreprocess/pgutil.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38
  39 #include "gmxpre.h"
  40
  41 #include "pgutil.h"
  42
  43 #include <string.h>
  44
  45 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  46 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  47 #include "gromacs/utility/snprintf.h"
  48
  49 #define BUFSIZE 1024
  50 static void atom_not_found(int fatal_errno, const char *file, int line,
  51                            const char *atomname, int resind,
  52                            const char *resname,
  53                            const char *bondtype, gmx_bool bAllowMissing)
  54 {
  55     char message_buffer[BUFSIZE];
  56     if (strcmp(bondtype, "check") != 0)
  57     {
  58         if (0 != strcmp(bondtype, "atom"))
  59         {
  60             snprintf(message_buffer, 1024,
  61                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  62                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  63                      "an interaction of type %s in that entry is not found in the\n"
  64                      "input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be\n"
  65                      "fixed.\n",
  66                      resind+1, resname, atomname, bondtype);
  67         }
  68         else
  69         {
  70             snprintf(message_buffer, 1024,
  71                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  72                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  73                      "that entry is not found in the input file. Perhaps your atom\n"
  74                      "and/or residue naming needs to be fixed.\n",
  75                      resind+1, resname, atomname);
  76         }
  77         if (bAllowMissing)
  78         {
  79             gmx_warning("WARNING: %s", message_buffer);
  80         }
  81         else
  82         {
  83             gmx_fatal(fatal_errno, file, line, message_buffer);
  84         }
  85     }
  86 }
  87
  88 atom_id search_atom(const char *type, int start,
  89                     t_atoms *atoms,
  90                     const char *bondtype, gmx_bool bAllowMissing)
  91 {
  92     int             i, resind = -1;
  93     gmx_bool        bPrevious, bNext;
  94     int             natoms = atoms->nr;
  95     t_atom         *at     = atoms->atom;
  96     char ** const * anm    = atoms->atomname;
  97
  98     bPrevious = (strchr(type, '-') != NULL);
  99     bNext     = (strchr(type, '+') != NULL);
 100
 101     if (!bPrevious)
 102     {
 103         resind = at[start].resind;
 104         if (bNext)
 105         {
 106             /* The next residue */
 107             type++;
 108             while ((start < natoms) && (at[start].resind == resind))
 109             {
 110                 start++;
 111             }
 112             if (start < natoms)
 113             {
 114                 resind = at[start].resind;
 115             }
 116         }
 117
 118         for (i = start; (i < natoms) && (bNext || (at[i].resind == resind)); i++)
 119         {
 120             if (anm[i] && gmx_strcasecmp(type, *(anm[i])) == 0)
 121             {
 122                 return (atom_id) i;
 123             }
 124         }
 125         if (!(bNext && at[start].resind == at[natoms-1].resind))
 126         {
 127             atom_not_found(FARGS, type, at[start].resind, *atoms->resinfo[resind].name, bondtype, bAllowMissing);
 128         }
 129     }
 130     else
 131     {
 132         /* The previous residue */
 133         type++;
 134         if (start > 0)
 135         {
 136             resind = at[start-1].resind;
 137         }
 138         for (i = start-1; (i >= 0) /*&& (at[i].resind == resind)*/; i--)
 139         {
 140             if (gmx_strcasecmp(type, *(anm[i])) == 0)
 141             {
 142                 return (atom_id) i;
 143             }
 144         }
 145         if (start > 0)
 146         {
 147             atom_not_found(FARGS, type, at[start].resind, *atoms->resinfo[resind].name, bondtype, bAllowMissing);
 148         }
 149     }
 150     return NO_ATID;
 151 }
 152
 153 atom_id
 154 search_res_atom(const char *type, int resind,
 155                 t_atoms *atoms,
 156                 const char *bondtype, gmx_bool bAllowMissing)
 157 {
 158     int i;
 159
 160     for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
 161     {
 162         if (atoms->atom[i].resind == resind)
 163         {
 164             return search_atom(type, i, atoms, bondtype, bAllowMissing);
 165         }
 166     }
 167
 168     return NO_ATID;
 169 }
 170
 171
 172 void set_at(t_atom *at, real m, real q, int type, int resind)
 173 {
 174     at->m      = m;
 175     at->q      = q;
 176     at->type   = type;
 177     at->resind = resind;
 178 }