src/gromacs/gmxpreprocess/nm2type.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef GMX_GMX_NM2TYPE_H
  38 #define GMX_GMX_NM2TYPE_H
  39
  40 #include <stdio.h>
  41
  42 #include "gromacs/gmxpreprocess/gpp_atomtype.h"
  43 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp-impl.h"
  44 #include "gromacs/topology/atoms.h"
  45
  46 #ifdef __cplusplus
  47 extern "C" {
  48 #endif
  49
  50 typedef struct {
  51     char    *elem, *type;
  52     double   q, m;
  53     int      nbonds;
  54     char   **bond;
  55     double  *blen;
  56 } t_nm2type;
  57
  58 t_nm2type *rd_nm2type(const char *ffdir, int *nnm);
  59 /* Read the name 2 type database. nnm is the number of entries
  60  * ff is the force field.
  61  */
  62
  63 void dump_nm2type(FILE *fp, int nnm, t_nm2type nm2t[]);
  64 /* Dump the database for debugging. Can be reread by the program */
  65
  66 int nm2type(int nnm, t_nm2type nm2t[], struct t_symtab *tab, t_atoms *atoms,
  67             gpp_atomtype_t atype, int *nbonds, t_params *bond);
  68 /* Try to determine the atomtype (force field dependent) for the atoms
  69  * with help of the bond list
  70  */
  71
  72 #ifdef __cplusplus
  73 }
  74 #endif
  75
  76 #endif