src/gromacs/gmxpreprocess/gpp_nextnb.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_GMXPREPROCESS_GPP_NEXTNB_H
  39 #define GMX_GMXPREPROCESS_GPP_NEXTNB_H
  40
  41 #include "grompp-impl.h"
  42
  43 #ifdef __cplusplus
  44 extern "C" {
  45 #endif
  46
  47 typedef struct {
  48     int nr;     /* nr atoms (0 <= i < nr) (atoms->nr)           */
  49     int nrex;   /* with nrex lists of neighbours                */
  50     /* respectively containing zeroth, first    */
  51     /* second etc. neigbours (0 <= nre < nrex)  */
  52     int  **nrexcl; /* with (0 <= nrx < nrexcl[i][nre]) neigbours    */
  53     /* per list stored in one 2d array of lists */
  54     int ***a;      /* like this: a[i][nre][nrx]                 */
  55 } t_nextnb;
  56
  57 void init_nnb(t_nextnb *nnb, int nr, int nrex);
  58 /* Initiate the arrays for nnb (see above) */
  59
  60 void done_nnb(t_nextnb *nnb);
  61 /* Cleanup the nnb struct */
  62
  63 #ifdef DEBUG_NNB
  64 #define print_nnb(nnb, s) __print_nnb(nnb, s)
  65 void print_nnb(t_nextnb *nnb, char *s);
  66 /* Print the nnb struct */
  67 #else
  68 #define print_nnb(nnb, s)
  69 #endif
  70
  71 void gen_nnb(t_nextnb *nnb, t_params plist[]);
  72 /* Generate a t_nextnb structure from bond information.
  73  * With the structure you can either generate exclusions
  74  * or generate angles and dihedrals. The structure must be
  75  * initiated using init_nnb.
  76  */
  77
  78 void generate_excl (int nrexcl, int nratoms,
  79                     t_params plist[], t_nextnb *nnb, t_blocka *excl);
  80 /* Generate an exclusion block from bonds and constraints in
  81  * plist.
  82  */
  83
  84 #ifdef __cplusplus
  85 }
  86 #endif
  87
  88 #endif