src/gromacs/gmxpreprocess/gpp_bond_atomtype.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2011,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "config.h"
  40
  41 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  42 #include "gpp_bond_atomtype.h"
  43
  44 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  45 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  46 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  47
  48 typedef struct {
  49     int              nr;       /* The number of atomtypes               */
  50     char          ***atomname; /* Names of the atomtypes                */
  51 } gpp_bond_atomtype;
  52
  53 int get_bond_atomtype_type(char *str, t_bond_atomtype at)
  54 {
  55     gpp_bond_atomtype *ga = (gpp_bond_atomtype *) at;
  56
  57     int                i;
  58
  59     for (i = 0; (i < ga->nr); i++)
  60     {
  61         if (gmx_strcasecmp(str, *(ga->atomname[i])) == 0)
  62         {
  63             return i;
  64         }
  65     }
  66
  67     return NOTSET;
  68 }
  69
  70 char *get_bond_atomtype_name(int nt, t_bond_atomtype at)
  71 {
  72     gpp_bond_atomtype *ga = (gpp_bond_atomtype *) at;
  73
  74     if ((nt < 0) || (nt >= ga->nr))
  75     {
  76         return NULL;
  77     }
  78
  79     return *(ga->atomname[nt]);
  80 }
  81
  82 t_bond_atomtype init_bond_atomtype(void)
  83 {
  84     gpp_bond_atomtype *ga;
  85
  86     snew(ga, 1);
  87
  88     return (t_bond_atomtype ) ga;
  89 }
  90
  91 void add_bond_atomtype(t_bond_atomtype at, t_symtab *tab,
  92                        char *name)
  93 {
  94     gpp_bond_atomtype *ga = (gpp_bond_atomtype *) at;
  95
  96     ga->nr++;
  97     srenew(ga->atomname, ga->nr);
  98     ga->atomname[ga->nr-1] = put_symtab(tab, name);
  99 }
 100
 101 void done_bond_atomtype(t_bond_atomtype *at)
 102 {
 103     gpp_bond_atomtype *ga = (gpp_bond_atomtype *) *at;
 104
 105     sfree(ga->atomname);
 106     ga->nr = 0;
 107     sfree(ga);
 108
 109     *at = NULL;
 110 }