src/gromacs/gmxpreprocess/convparm.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include <math.h>
  41 #include <string.h>
  42
  43 #include "gromacs/math/units.h"
  44 #include "gromacs/math/vec.h"
  45 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  47 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  48 #include "topio.h"
  49 #include "toputil.h"
  50 #include "convparm.h"
  51 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  52 #include "gpp_atomtype.h"
  53 #include "gromacs/math/utilities.h"
  54
  55 static int round_check(real r, int limit, int ftype, const char *name)
  56 {
  57     int i;
  58
  59     if (r >= 0)
  60     {
  61         i = (int)(r + 0.5);
  62     }
  63     else
  64     {
  65         i = (int)(r - 0.5);
  66     }
  67
  68     if (r-i > 0.01 || r-i < -0.01)
  69     {
  70         gmx_fatal(FARGS, "A non-integer value (%f) was supplied for '%s' in %s",
  71                   r, name, interaction_function[ftype].longname);
  72     }
  73
  74     if (i < limit)
  75     {
  76         gmx_fatal(FARGS, "Value of '%s' in %s is %d, which is smaller than the minimum of %d",
  77                   name, interaction_function[ftype].longname, i, limit);
  78     }
  79
  80     return i;
  81 }
  82
  83 static void set_ljparams(int comb, double reppow, real v, real w,
  84                          real *c6, real *c12)
  85 {
  86     if (comb == eCOMB_ARITHMETIC || comb == eCOMB_GEOM_SIG_EPS)
  87     {
  88         if (v >= 0)
  89         {
  90             *c6  = 4*w*pow(v, 6.0);
  91             *c12 = 4*w*pow(v, reppow);
  92         }
  93         else
  94         {
  95             /* Interpret negative sigma as c6=0 and c12 with -sigma */
  96             *c6  = 0;
  97             *c12 = 4*w*pow(-v, reppow);
  98         }
  99     }
 100     else
 101     {
 102         *c6  = v;
 103         *c12 = w;
 104     }
 105 }
 106
 107 /* A return value of 0 means parameters were assigned successfully,
 108  * returning -1 means this is an all-zero interaction that should not be added.
 109  */
 110 static int
 111 assign_param(t_functype ftype, t_iparams *newparam,
 112              real old[MAXFORCEPARAM], int comb, double reppow)
 113 {
 114     int      i, j;
 115     real     tmp;
 116     gmx_bool all_param_zero = TRUE;
 117
 118     /* Set to zero */
 119     for (j = 0; (j < MAXFORCEPARAM); j++)
 120     {
 121         newparam->generic.buf[j] = 0.0;
 122         /* If all parameters are zero we might not add some interaction types (selected below).
 123          * We cannot apply this to ALL interactions, since many have valid reasons for having
 124          * zero parameters (e.g. an index to a Cmap interaction, or LJ parameters), but
 125          * we use it for angles and torsions that are typically generated automatically.
 126          */
 127         all_param_zero = (all_param_zero == TRUE) && fabs(old[j]) < GMX_REAL_MIN;
 128     }
 129
 130     if (all_param_zero == TRUE)
 131     {
 132         if (IS_ANGLE(ftype) || IS_RESTRAINT_TYPE(ftype) || ftype == F_IDIHS ||
 133             ftype == F_PDIHS || ftype == F_PIDIHS || ftype == F_RBDIHS || ftype == F_FOURDIHS)
 134         {
 135             return -1;
 136         }
 137     }
 138
 139     switch (ftype)
 140     {
 141         case F_G96ANGLES:
 142             /* Post processing of input data: store cosine iso angle itself */
 143             newparam->harmonic.rA  = cos(old[0]*DEG2RAD);
 144             newparam->harmonic.krA = old[1];
 145             newparam->harmonic.rB  = cos(old[2]*DEG2RAD);
 146             newparam->harmonic.krB = old[3];
 147             break;
 148         case F_G96BONDS:
 149             /* Post processing of input data: store square of length itself */
 150             newparam->harmonic.rA  = sqr(old[0]);
 151             newparam->harmonic.krA = old[1];
 152             newparam->harmonic.rB  = sqr(old[2]);
 153             newparam->harmonic.krB = old[3];
 154             break;
 155         case F_FENEBONDS:
 156             newparam->fene.bm = old[0];
 157             newparam->fene.kb = old[1];
 158             break;
 159         case F_RESTRBONDS:
 160             newparam->restraint.lowA = old[0];
 161             newparam->restraint.up1A = old[1];
 162             newparam->restraint.up2A = old[2];
 163             newparam->restraint.kA   = old[3];
 164             newparam->restraint.lowB = old[4];
 165             newparam->restraint.up1B = old[5];
 166             newparam->restraint.up2B = old[6];
 167             newparam->restraint.kB   = old[7];
 168             break;
 169         case F_TABBONDS:
 170         case F_TABBONDSNC:
 171         case F_TABANGLES:
 172         case F_TABDIHS:
 173             newparam->tab.table = round_check(old[0], 0, ftype, "table index");
 174             newparam->tab.kA    = old[1];
 175             newparam->tab.kB    = old[3];
 176             break;
 177         case F_CROSS_BOND_BONDS:
 178             newparam->cross_bb.r1e = old[0];
 179             newparam->cross_bb.r2e = old[1];
 180             newparam->cross_bb.krr = old[2];
 181             break;
 182         case F_CROSS_BOND_ANGLES:
 183             newparam->cross_ba.r1e = old[0];
 184             newparam->cross_ba.r2e = old[1];
 185             newparam->cross_ba.r3e = old[2];
 186             newparam->cross_ba.krt = old[3];
 187             break;
 188         case F_UREY_BRADLEY:
 189             newparam->u_b.thetaA  = old[0];
 190             newparam->u_b.kthetaA = old[1];
 191             newparam->u_b.r13A    = old[2];
 192             newparam->u_b.kUBA    = old[3];
 193             newparam->u_b.thetaB  = old[4];
 194             newparam->u_b.kthetaB = old[5];
 195             newparam->u_b.r13B    = old[6];
 196             newparam->u_b.kUBB    = old[7];
 197             break;
 198         case F_QUARTIC_ANGLES:
 199             newparam->qangle.theta = old[0];
 200             for (i = 0; i < 5; i++)
 201             {
 202                 newparam->qangle.c[i] = old[i+1];
 203             }
 204             break;
 205         case F_LINEAR_ANGLES:
 206             newparam->linangle.aA    = old[0];
 207             newparam->linangle.klinA = old[1];
 208             newparam->linangle.aB    = old[2];
 209             newparam->linangle.klinB = old[3];
 210             break;
 211         case F_BONDS:
 212         case F_ANGLES:
 213         case F_HARMONIC:
 214         case F_IDIHS:
 215             newparam->harmonic.rA  = old[0];
 216             newparam->harmonic.krA = old[1];
 217             newparam->harmonic.rB  = old[2];
 218             newparam->harmonic.krB = old[3];
 219             break;
 220         case F_RESTRANGLES:
 221             newparam->harmonic.rA  = old[0];
 222             newparam->harmonic.krA = old[1];
 223             break;
 224         case F_MORSE:
 225             newparam->morse.b0A    = old[0];
 226             newparam->morse.cbA    = old[1];
 227             newparam->morse.betaA  = old[2];
 228             newparam->morse.b0B    = old[3];
 229             newparam->morse.cbB    = old[4];
 230             newparam->morse.betaB  = old[5];
 231             break;
 232         case F_CUBICBONDS:
 233             newparam->cubic.b0    = old[0];
 234             newparam->cubic.kb    = old[1];
 235             newparam->cubic.kcub  = old[2];
 236             break;
 237         case F_CONNBONDS:
 238             break;
 239         case F_POLARIZATION:
 240             newparam->polarize.alpha = old[0];
 241             break;
 242         case F_ANHARM_POL:
 243             newparam->anharm_polarize.alpha = old[0];
 244             newparam->anharm_polarize.drcut = old[1];
 245             newparam->anharm_polarize.khyp  = old[2];
 246             break;
 247         case F_WATER_POL:
 248             newparam->wpol.al_x   = old[0];
 249             newparam->wpol.al_y   = old[1];
 250             newparam->wpol.al_z   = old[2];
 251             newparam->wpol.rOH    = old[3];
 252             newparam->wpol.rHH    = old[4];
 253             newparam->wpol.rOD    = old[5];
 254             break;
 255         case F_THOLE_POL:
 256             newparam->thole.a      = old[0];
 257             newparam->thole.alpha1 = old[1];
 258             newparam->thole.alpha2 = old[2];
 259             if ((old[1] > 0) && (old[2] > 0))
 260             {
 261                 newparam->thole.rfac = old[0]*pow(old[1]*old[2], -1.0/6.0);
 262             }
 263             else
 264             {
 265                 newparam->thole.rfac = 1;
 266             }
 267             break;
 268         case F_BHAM:
 269             newparam->bham.a = old[0];
 270             newparam->bham.b = old[1];
 271             newparam->bham.c = old[2];
 272             break;
 273         case F_LJ14:
 274             set_ljparams(comb, reppow, old[0], old[1], &newparam->lj14.c6A, &newparam->lj14.c12A);
 275             set_ljparams(comb, reppow, old[2], old[3], &newparam->lj14.c6B, &newparam->lj14.c12B);
 276             break;
 277         case F_LJC14_Q:
 278             newparam->ljc14.fqq = old[0];
 279             newparam->ljc14.qi  = old[1];
 280             newparam->ljc14.qj  = old[2];
 281             set_ljparams(comb, reppow, old[3], old[4], &newparam->ljc14.c6, &newparam->ljc14.c12);
 282             break;
 283         case F_LJC_PAIRS_NB:
 284             newparam->ljcnb.qi = old[0];
 285             newparam->ljcnb.qj = old[1];
 286             set_ljparams(comb, reppow, old[2], old[3], &newparam->ljcnb.c6, &newparam->ljcnb.c12);
 287             break;
 288         case F_LJ:
 289             set_ljparams(comb, reppow, old[0], old[1], &newparam->lj.c6, &newparam->lj.c12);
 290             break;
 291         case F_PDIHS:
 292         case F_PIDIHS:
 293         case F_ANGRES:
 294         case F_ANGRESZ:
 295             newparam->pdihs.phiA = old[0];
 296             newparam->pdihs.cpA  = old[1];
 297
 298             /* Change 20100720: Amber occasionally uses negative multiplicities (mathematically OK),
 299              * so I have changed the lower limit to -99 /EL
 300              */
 301             newparam->pdihs.phiB = old[3];
 302             newparam->pdihs.cpB  = old[4];
 303             /* If both force constants are zero there is no interaction. Return -1 to signal
 304              * this entry should NOT be added.
 305              */
 306             if (fabs(newparam->pdihs.cpA) < GMX_REAL_MIN && fabs(newparam->pdihs.cpB) < GMX_REAL_MIN)
 307             {
 308                 return -1;
 309             }
 310
 311             newparam->pdihs.mult = round_check(old[2], -99, ftype, "multiplicity");
 312
 313             break;
 314         case F_RESTRDIHS:
 315             newparam->pdihs.phiA = old[0];
 316             newparam->pdihs.cpA  = old[1];
 317             break;
 318         case F_POSRES:
 319             newparam->posres.fcA[XX]   = old[0];
 320             newparam->posres.fcA[YY]   = old[1];
 321             newparam->posres.fcA[ZZ]   = old[2];
 322             newparam->posres.fcB[XX]   = old[3];
 323             newparam->posres.fcB[YY]   = old[4];
 324             newparam->posres.fcB[ZZ]   = old[5];
 325             newparam->posres.pos0A[XX] = old[6];
 326             newparam->posres.pos0A[YY] = old[7];
 327             newparam->posres.pos0A[ZZ] = old[8];
 328             newparam->posres.pos0B[XX] = old[9];
 329             newparam->posres.pos0B[YY] = old[10];
 330             newparam->posres.pos0B[ZZ] = old[11];
 331             break;
 332         case F_FBPOSRES:
 333             newparam->fbposres.geom     = round_check(old[0], 0, ftype, "geometry");
 334             if (!(newparam->fbposres.geom > efbposresZERO && newparam->fbposres.geom < efbposresNR))
 335             {
 336                 gmx_fatal(FARGS, "Invalid geometry for flat-bottomed position restraint.\n"
 337                           "Expected number between 1 and %d. Found %d\n", efbposresNR-1,
 338                           newparam->fbposres.geom);
 339             }
 340             newparam->fbposres.r        = old[1];
 341             newparam->fbposres.k        = old[2];
 342             newparam->fbposres.pos0[XX] = old[3];
 343             newparam->fbposres.pos0[YY] = old[4];
 344             newparam->fbposres.pos0[ZZ] = old[5];
 345             break;
 346         case F_DISRES:
 347             newparam->disres.label = round_check(old[0], 0, ftype, "label");
 348             newparam->disres.type  = round_check(old[1], 1, ftype, "type'");
 349             newparam->disres.low   = old[2];
 350             newparam->disres.up1   = old[3];
 351             newparam->disres.up2   = old[4];
 352             newparam->disres.kfac  = old[5];
 353             break;
 354         case F_ORIRES:
 355             newparam->orires.ex    = round_check(old[0], 1, ftype, "experiment") - 1;
 356             newparam->orires.label = round_check(old[1], 1, ftype, "label");
 357             newparam->orires.power = round_check(old[2], 0, ftype, "power");
 358             newparam->orires.c     = old[3];
 359             newparam->orires.obs   = old[4];
 360             newparam->orires.kfac  = old[5];
 361             break;
 362         case F_DIHRES:
 363             newparam->dihres.phiA   = old[0];
 364             newparam->dihres.dphiA  = old[1];
 365             newparam->dihres.kfacA  = old[2];
 366             newparam->dihres.phiB   = old[3];
 367             newparam->dihres.dphiB  = old[4];
 368             newparam->dihres.kfacB  = old[5];
 369             break;
 370         case F_RBDIHS:
 371             for (i = 0; (i < NR_RBDIHS); i++)
 372             {
 373                 newparam->rbdihs.rbcA[i] = old[i];
 374                 newparam->rbdihs.rbcB[i] = old[NR_RBDIHS+i];
 375             }
 376             break;
 377         case F_CBTDIHS:
 378             for (i = 0; (i < NR_CBTDIHS); i++)
 379             {
 380                 newparam->cbtdihs.cbtcA[i] = old[i];
 381             }
 382             break;
 383         case F_FOURDIHS:
 384             /* Read the dihedral parameters to temporary arrays,
 385              * and convert them to the computationally faster
 386              * Ryckaert-Bellemans form.
 387              */
 388             /* Use conversion formula for OPLS to Ryckaert-Bellemans: */
 389             newparam->rbdihs.rbcA[0] = old[1]+0.5*(old[0]+old[2]);
 390             newparam->rbdihs.rbcA[1] = 0.5*(3.0*old[2]-old[0]);
 391             newparam->rbdihs.rbcA[2] = 4.0*old[3]-old[1];
 392             newparam->rbdihs.rbcA[3] = -2.0*old[2];
 393             newparam->rbdihs.rbcA[4] = -4.0*old[3];
 394             newparam->rbdihs.rbcA[5] = 0.0;
 395
 396             newparam->rbdihs.rbcB[0] = old[NR_FOURDIHS+1]+0.5*(old[NR_FOURDIHS+0]+old[NR_FOURDIHS+2]);
 397             newparam->rbdihs.rbcB[1] = 0.5*(3.0*old[NR_FOURDIHS+2]-old[NR_FOURDIHS+0]);
 398             newparam->rbdihs.rbcB[2] = 4.0*old[NR_FOURDIHS+3]-old[NR_FOURDIHS+1];
 399             newparam->rbdihs.rbcB[3] = -2.0*old[NR_FOURDIHS+2];
 400             newparam->rbdihs.rbcB[4] = -4.0*old[NR_FOURDIHS+3];
 401             newparam->rbdihs.rbcB[5] = 0.0;
 402             break;
 403         case F_CONSTR:
 404         case F_CONSTRNC:
 405             newparam->constr.dA = old[0];
 406             newparam->constr.dB = old[1];
 407             break;
 408         case F_SETTLE:
 409             newparam->settle.doh = old[0];
 410             newparam->settle.dhh = old[1];
 411             break;
 412         case F_VSITE2:
 413         case F_VSITE3:
 414         case F_VSITE3FD:
 415         case F_VSITE3OUT:
 416         case F_VSITE4FD:
 417         case F_VSITE4FDN:
 418             newparam->vsite.a = old[0];
 419             newparam->vsite.b = old[1];
 420             newparam->vsite.c = old[2];
 421             newparam->vsite.d = old[3];
 422             newparam->vsite.e = old[4];
 423             newparam->vsite.f = old[5];
 424             break;
 425         case F_VSITE3FAD:
 426             newparam->vsite.a = old[1] * cos(DEG2RAD * old[0]);
 427             newparam->vsite.b = old[1] * sin(DEG2RAD * old[0]);
 428             newparam->vsite.c = old[2];
 429             newparam->vsite.d = old[3];
 430             newparam->vsite.e = old[4];
 431             newparam->vsite.f = old[5];
 432             break;
 433         case F_VSITEN:
 434             newparam->vsiten.n = round_check(old[0], 1, ftype, "number of atoms");
 435             newparam->vsiten.a = old[1];
 436             break;
 437         case F_CMAP:
 438             newparam->cmap.cmapA = old[0];
 439             newparam->cmap.cmapB = old[1];
 440             break;
 441         case F_GB12:
 442         case F_GB13:
 443         case F_GB14:
 444             newparam->gb.sar  = old[0];
 445             newparam->gb.st   = old[1];
 446             newparam->gb.pi   = old[2];
 447             newparam->gb.gbr  = old[3];
 448             newparam->gb.bmlt = old[4];
 449             break;
 450         default:
 451             gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d in %s line %d",
 452                       ftype, __FILE__, __LINE__);
 453     }
 454     return 0;
 455 }
 456
 457 static int enter_params(gmx_ffparams_t *ffparams, t_functype ftype,
 458                         real forceparams[MAXFORCEPARAM], int comb, real reppow,
 459                         int start, gmx_bool bAppend)
 460 {
 461     t_iparams newparam;
 462     int       type;
 463     int       rc;
 464
 465     if ( (rc = assign_param(ftype, &newparam, forceparams, comb, reppow)) < 0)
 466     {
 467         /* -1 means this interaction is all-zero and should not be added */
 468         return rc;
 469     }
 470
 471     if (!bAppend)
 472     {
 473         for (type = start; (type < ffparams->ntypes); type++)
 474         {
 475             if (ffparams->functype[type] == ftype)
 476             {
 477                 if (F_GB13 == ftype)
 478                 {
 479                     /* Occasionally, the way the 1-3 reference distance is
 480                      * computed can lead to non-binary-identical results, but I
 481                      * don't know why. */
 482                     if ((gmx_within_tol(newparam.gb.sar,  ffparams->iparams[type].gb.sar,  1e-6)) &&
 483                         (gmx_within_tol(newparam.gb.st,   ffparams->iparams[type].gb.st,   1e-6)) &&
 484                         (gmx_within_tol(newparam.gb.pi,   ffparams->iparams[type].gb.pi,   1e-6)) &&
 485                         (gmx_within_tol(newparam.gb.gbr,  ffparams->iparams[type].gb.gbr,  1e-6)) &&
 486                         (gmx_within_tol(newparam.gb.bmlt, ffparams->iparams[type].gb.bmlt, 1e-6)))
 487                     {
 488                         return type;
 489                     }
 490                 }
 491                 else
 492                 {
 493                     if (memcmp(&newparam, &ffparams->iparams[type], (size_t)sizeof(newparam)) == 0)
 494                     {
 495                         return type;
 496                     }
 497                 }
 498             }
 499         }
 500     }
 501     else
 502     {
 503         type = ffparams->ntypes;
 504     }
 505     if (debug)
 506     {
 507         fprintf(debug, "copying newparam to ffparams->iparams[%d] (ntypes=%d)\n",
 508                 type, ffparams->ntypes);
 509     }
 510     memcpy(&ffparams->iparams[type], &newparam, (size_t)sizeof(newparam));
 511
 512     ffparams->ntypes++;
 513     ffparams->functype[type] = ftype;
 514
 515     return type;
 516 }
 517
 518 static void append_interaction(t_ilist *ilist,
 519                                int type, int nral, atom_id a[MAXATOMLIST])
 520 {
 521     int i, where1;
 522
 523     where1     = ilist->nr;
 524     ilist->nr += nral+1;
 525
 526     ilist->iatoms[where1++] = type;
 527     for (i = 0; (i < nral); i++)
 528     {
 529         ilist->iatoms[where1++] = a[i];
 530     }
 531 }
 532
 533 static void enter_function(t_params *p, t_functype ftype, int comb, real reppow,
 534                            gmx_ffparams_t *ffparams, t_ilist *il,
 535                            int *maxtypes,
 536                            gmx_bool bNB, gmx_bool bAppend)
 537 {
 538     int     k, type, nr, nral, delta, start;
 539
 540     start = ffparams->ntypes;
 541     nr    = p->nr;
 542
 543     for (k = 0; k < nr; k++)
 544     {
 545         if (*maxtypes <= ffparams->ntypes)
 546         {
 547             *maxtypes += 1000;
 548             srenew(ffparams->functype, *maxtypes);
 549             srenew(ffparams->iparams, *maxtypes);
 550             if (debug)
 551             {
 552                 fprintf(debug, "%s, line %d: srenewed idef->functype and idef->iparams to %d\n",
 553                         __FILE__, __LINE__, *maxtypes);
 554             }
 555         }
 556         type = enter_params(ffparams, ftype, p->param[k].c, comb, reppow, start, bAppend);
 557         /* Type==-1 is used as a signal that this interaction is all-zero and should not be added. */
 558         if (!bNB && type >= 0)
 559         {
 560             nral  = NRAL(ftype);
 561             delta = nr*(nral+1);
 562             srenew(il->iatoms, il->nr+delta);
 563             append_interaction(il, type, nral, p->param[k].a);
 564         }
 565     }
 566 }
 567
 568 void convert_params(int atnr, t_params nbtypes[],
 569                     t_molinfo *mi, int comb, double reppow, real fudgeQQ,
 570                     gmx_mtop_t *mtop)
 571 {
 572     int             i, j, maxtypes, mt;
 573     unsigned long   flags;
 574     gmx_ffparams_t *ffp;
 575     gmx_moltype_t  *molt;
 576     t_params       *plist;
 577
 578     maxtypes = 0;
 579
 580     ffp           = &mtop->ffparams;
 581     ffp->ntypes   = 0;
 582     ffp->atnr     = atnr;
 583     ffp->functype = NULL;
 584     ffp->iparams  = NULL;
 585     ffp->reppow   = reppow;
 586
 587     enter_function(&(nbtypes[F_LJ]),  (t_functype)F_LJ,    comb, reppow, ffp, NULL,
 588                    &maxtypes, TRUE, TRUE);
 589     enter_function(&(nbtypes[F_BHAM]), (t_functype)F_BHAM,  comb, reppow, ffp, NULL,
 590                    &maxtypes, TRUE, TRUE);
 591
 592     for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
 593     {
 594         molt = &mtop->moltype[mt];
 595         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 596         {
 597             molt->ilist[i].nr     = 0;
 598             molt->ilist[i].iatoms = NULL;
 599
 600             plist = mi[mt].plist;
 601
 602             flags = interaction_function[i].flags;
 603             if ((i != F_LJ) && (i != F_BHAM) && ((flags & IF_BOND) ||
 604                                                  (flags & IF_VSITE) ||
 605                                                  (flags & IF_CONSTRAINT)))
 606             {
 607                 enter_function(&(plist[i]), (t_functype)i, comb, reppow,
 608                                ffp, &molt->ilist[i],
 609                                &maxtypes, FALSE, (i == F_POSRES  || i == F_FBPOSRES));
 610             }
 611         }
 612     }
 613     if (debug)
 614     {
 615         fprintf(debug, "%s, line %d: There are %d functypes in idef\n",
 616                 __FILE__, __LINE__, ffp->ntypes);
 617     }
 618
 619     ffp->fudgeQQ = fudgeQQ;
 620 }