src/gromacs/gmxpreprocess/add_par.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2011,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "config.h"
  41
  42 #include <string.h>
  43 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  44 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  45 #include "grompp-impl.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  47 #include "toputil.h"
  48 #include "hackblock.h"
  49 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  50 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  51
  52 static void clear_atom_list(int i0, atom_id a[])
  53 {
  54     int i;
  55
  56     for (i = i0; i < MAXATOMLIST; i++)
  57     {
  58         a[i] = -1;
  59     }
  60 }
  61
  62 static void clear_force_param(int i0, real c[])
  63 {
  64     int i;
  65
  66     for (i = i0; i < MAXFORCEPARAM; i++)
  67     {
  68         c[i] = NOTSET;
  69     }
  70 }
  71
  72 void add_param(t_params *ps, int ai, int aj, real *c, char *s)
  73 {
  74     int i;
  75
  76     if ((ai < 0) || (aj < 0))
  77     {
  78         gmx_fatal(FARGS, "Trying to add impossible atoms: ai=%d, aj=%d", ai, aj);
  79     }
  80     pr_alloc(1, ps);
  81     ps->param[ps->nr].AI = ai;
  82     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
  83     clear_atom_list(2, ps->param[ps->nr].a);
  84     if (c == NULL)
  85     {
  86         clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
  87     }
  88     else
  89     {
  90         for (i = 0; (i < MAXFORCEPARAM); i++)
  91         {
  92             ps->param[ps->nr].c[i] = c[i];
  93         }
  94     }
  95     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), s);
  96     ps->nr++;
  97 }
  98
  99 void add_imp_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, real c0, real c1,
 100                    char *s)
 101 {
 102     pr_alloc(1, ps);
 103     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 104     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 105     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 106     ps->param[ps->nr].AL = al;
 107     clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
 108     ps->param[ps->nr].C0 = c0;
 109     ps->param[ps->nr].C1 = c1;
 110     clear_force_param(2, ps->param[ps->nr].c);
 111     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), s);
 112     ps->nr++;
 113 }
 114
 115 void add_dih_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, real c0, real c1,
 116                    real c2, char *s)
 117 {
 118     pr_alloc(1, ps);
 119     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 120     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 121     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 122     ps->param[ps->nr].AL = al;
 123     clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
 124     ps->param[ps->nr].C0 = c0;
 125     ps->param[ps->nr].C1 = c1;
 126     ps->param[ps->nr].C2 = c2;
 127     clear_force_param(3, ps->param[ps->nr].c);
 128     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), s);
 129     ps->nr++;
 130 }
 131
 132 void add_cmap_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, int am, char *s)
 133 {
 134     pr_alloc(1, ps);
 135     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 136     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 137     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 138     ps->param[ps->nr].AL = al;
 139     ps->param[ps->nr].AM = am;
 140     clear_atom_list(5, ps->param[ps->nr].a);
 141     clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
 142     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), s);
 143     ps->nr++;
 144 }
 145
 146 void add_vsite2_atoms(t_params *ps, int ai, int aj, int ak)
 147 {
 148     pr_alloc(1, ps);
 149     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 150     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 151     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 152     clear_atom_list  (3, ps->param[ps->nr].a);
 153     clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
 154     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), "");
 155     ps->nr++;
 156 }
 157
 158 void add_vsite2_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, real c0)
 159 {
 160     pr_alloc(1, ps);
 161     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 162     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 163     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 164     clear_atom_list  (3, ps->param[ps->nr].a);
 165     ps->param[ps->nr].C0 = c0;
 166     clear_force_param(1, ps->param[ps->nr].c);
 167     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), "");
 168     ps->nr++;
 169 }
 170
 171 void add_vsite3_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
 172                       real c0, real c1)
 173 {
 174     pr_alloc(1, ps);
 175     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 176     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 177     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 178     ps->param[ps->nr].AL = al;
 179     clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
 180     ps->param[ps->nr].C0 = c0;
 181     ps->param[ps->nr].C1 = c1;
 182     clear_force_param(2, ps->param[ps->nr].c);
 183     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), "");
 184     ps->nr++;
 185 }
 186
 187 void add_vsite3_atoms(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, gmx_bool bSwapParity)
 188 {
 189     pr_alloc(1, ps);
 190     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 191     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 192     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 193     ps->param[ps->nr].AL = al;
 194     clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
 195     clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
 196     if (bSwapParity)
 197     {
 198         ps->param[ps->nr].C1 = -1;
 199     }
 200     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), "");
 201     ps->nr++;
 202 }
 203
 204 void add_vsite4_atoms(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, int am)
 205 {
 206     pr_alloc(1, ps);
 207     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 208     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 209     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 210     ps->param[ps->nr].AL = al;
 211     ps->param[ps->nr].AM = am;
 212     clear_atom_list  (5, ps->param[ps->nr].a);
 213     clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
 214     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), "");
 215     ps->nr++;
 216 }
 217
 218 int search_jtype(t_restp *rtp, char *name, gmx_bool bNterm)
 219 {
 220     int   niter, iter, j, k, kmax, jmax, minstrlen;
 221     char *rtpname, searchname[12];
 222
 223     strcpy(searchname, name);
 224
 225     /* Do a best match comparison */
 226     /* for protein N-terminus, allow renaming of H1, H2 and H3 to H */
 227     if (bNterm && (strlen(searchname) == 2) && (searchname[0] == 'H') &&
 228         ( (searchname[1] == '1') || (searchname[1] == '2') ||
 229           (searchname[1] == '3') ) )
 230     {
 231         niter = 2;
 232     }
 233     else
 234     {
 235         niter = 1;
 236     }
 237     kmax = 0;
 238     jmax = -1;
 239     for (iter = 0; (iter < niter && jmax == -1); iter++)
 240     {
 241         if (iter == 1)
 242         {
 243             /* Try without the hydrogen number in the N-terminus */
 244             searchname[1] = '\0';
 245         }
 246         for (j = 0; (j < rtp->natom); j++)
 247         {
 248             rtpname = *(rtp->atomname[j]);
 249             if (gmx_strcasecmp(searchname, rtpname) == 0)
 250             {
 251                 jmax = j;
 252                 kmax = strlen(searchname);
 253                 break;
 254             }
 255             if (iter == niter - 1)
 256             {
 257                 minstrlen = min(strlen(searchname), strlen(rtpname));
 258                 for (k = 0; k < minstrlen; k++)
 259                 {
 260                     if (searchname[k] != rtpname[k])
 261                     {
 262                         break;
 263                     }
 264                 }
 265                 if (k > kmax)
 266                 {
 267                     kmax = k;
 268                     jmax = j;
 269                 }
 270             }
 271         }
 272     }
 273     if (jmax == -1)
 274     {
 275         gmx_fatal(FARGS, "Atom %s not found in rtp database in residue %s",
 276                   searchname, rtp->resname);
 277     }
 278     if (kmax != strlen(searchname))
 279     {
 280         gmx_fatal(FARGS, "Atom %s not found in rtp database in residue %s, "
 281                   "it looks a bit like %s",
 282                   searchname, rtp->resname, *(rtp->atomname[jmax]));
 283     }
 284     return jmax;
 285 }