src/gromacs/gmxlib/txtdump.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "config.h"
  40
  41 /* This file is completely threadsafe - please keep it that way! */
  42
  43 #include <stdio.h>
  44 #include <stdlib.h>
  45
  46 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/types/commrec.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/txtdump.h"
  50 #include "gromacs/math/vec.h"
  51 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  52
  53 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  54 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  55
  56 int pr_indent(FILE *fp, int n)
  57 {
  58     int i;
  59
  60     for (i = 0; i < n; i++)
  61     {
  62         (void) fprintf(fp, " ");
  63     }
  64     return n;
  65 }
  66
  67 int available(FILE *fp, void *p, int indent, const char *title)
  68 {
  69     if (!p)
  70     {
  71         if (indent > 0)
  72         {
  73             pr_indent(fp, indent);
  74         }
  75         (void) fprintf(fp, "%s: not available\n", title);
  76     }
  77     return (p != NULL);
  78 }
  79
  80 int pr_title(FILE *fp, int indent, const char *title)
  81 {
  82     (void) pr_indent(fp, indent);
  83     (void) fprintf(fp, "%s:\n", title);
  84     return (indent+INDENT);
  85 }
  86
  87 int pr_title_n(FILE *fp, int indent, const char *title, int n)
  88 {
  89     (void) pr_indent(fp, indent);
  90     (void) fprintf(fp, "%s (%d):\n", title, n);
  91     return (indent+INDENT);
  92 }
  93
  94 int pr_title_nxn(FILE *fp, int indent, const char *title, int n1, int n2)
  95 {
  96     (void) pr_indent(fp, indent);
  97     (void) fprintf(fp, "%s (%dx%d):\n", title, n1, n2);
  98     return (indent+INDENT);
  99 }
 100
 101 void pr_ivec(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 102 {
 103     int i;
 104
 105     if (available(fp, vec, indent, title))
 106     {
 107         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 108         for (i = 0; i < n; i++)
 109         {
 110             (void) pr_indent(fp, indent);
 111             (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 112         }
 113     }
 114 }
 115
 116 void pr_ivec_block(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 117 {
 118     int i, j;
 119
 120     if (available(fp, vec, indent, title))
 121     {
 122         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 123         i      = 0;
 124         while (i < n)
 125         {
 126             j = i+1;
 127             while (j < n && vec[j] == vec[j-1]+1)
 128             {
 129                 j++;
 130             }
 131             /* Print consecutive groups of 3 or more as blocks */
 132             if (j - i < 3)
 133             {
 134                 while (i < j)
 135                 {
 136                     (void) pr_indent(fp, indent);
 137                     (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n",
 138                                    title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 139                     i++;
 140                 }
 141             }
 142             else
 143             {
 144                 (void) pr_indent(fp, indent);
 145                 (void) fprintf(fp, "%s[%d,...,%d] = {%d,...,%d}\n",
 146                                title,
 147                                bShowNumbers ? i : -1,
 148                                bShowNumbers ? j-1 : -1,
 149                                vec[i], vec[j-1]);
 150                 i = j;
 151             }
 152         }
 153     }
 154 }
 155
 156 void pr_bvec(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_bool vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 157 {
 158     int i;
 159
 160     if (available(fp, vec, indent, title))
 161     {
 162         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 163         for (i = 0; i < n; i++)
 164         {
 165             (void) pr_indent(fp, indent);
 166             (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%s\n", title, bShowNumbers ? i : -1,
 167                            EBOOL(vec[i]));
 168         }
 169     }
 170 }
 171
 172 void pr_ivecs(FILE *fp, int indent, const char *title, ivec vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 173 {
 174     int i, j;
 175
 176     if (available(fp, vec, indent, title))
 177     {
 178         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 179         for (i = 0; i < n; i++)
 180         {
 181             (void) pr_indent(fp, indent);
 182             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={", title, bShowNumbers ? i : -1);
 183             for (j = 0; j < DIM; j++)
 184             {
 185                 if (j != 0)
 186                 {
 187                     (void) fprintf(fp, ", ");
 188                 }
 189                 fprintf(fp, "%d", vec[i][j]);
 190             }
 191             (void) fprintf(fp, "}\n");
 192         }
 193     }
 194 }
 195
 196 void pr_rvec(FILE *fp, int indent, const char *title, real vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 197 {
 198     int i;
 199
 200     if (available(fp, vec, indent, title))
 201     {
 202         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 203         for (i = 0; i < n; i++)
 204         {
 205             pr_indent(fp, indent);
 206             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 207         }
 208     }
 209 }
 210
 211 void pr_dvec(FILE *fp, int indent, const char *title, double vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 212 {
 213     int i;
 214
 215     if (available(fp, vec, indent, title))
 216     {
 217         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 218         for (i = 0; i < n; i++)
 219         {
 220             pr_indent(fp, indent);
 221             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 222         }
 223     }
 224 }
 225
 226
 227 /*
 228    void pr_mat(FILE *fp,int indent,char *title,matrix m)
 229    {
 230    int i,j;
 231
 232    if (available(fp,m,indent,title)) {
 233     indent=pr_title_n(fp,indent,title,n);
 234     for(i=0; i<n; i++) {
 235       pr_indent(fp,indent);
 236       fprintf(fp,"%s[%d]=%12.5e %12.5e %12.5e\n",
 237           title,bShowNumbers?i:-1,m[i][XX],m[i][YY],m[i][ZZ]);
 238     }
 239    }
 240    }
 241  */
 242
 243 void pr_rvecs_len(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 244 {
 245     int i, j;
 246
 247     if (available(fp, vec, indent, title))
 248     {
 249         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 250         for (i = 0; i < n; i++)
 251         {
 252             (void) pr_indent(fp, indent);
 253             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 254             for (j = 0; j < DIM; j++)
 255             {
 256                 if (j != 0)
 257                 {
 258                     (void) fprintf(fp, ", ");
 259                 }
 260                 (void) fprintf(fp, "%12.5e", vec[i][j]);
 261             }
 262             (void) fprintf(fp, "} len=%12.5e\n", norm(vec[i]));
 263         }
 264     }
 265 }
 266
 267 void pr_rvecs(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 268 {
 269     const char *fshort = "%12.5e";
 270     const char *flong  = "%15.8e";
 271     const char *format;
 272     int         i, j;
 273
 274     if (getenv("GMX_PRINT_LONGFORMAT") != NULL)
 275     {
 276         format = flong;
 277     }
 278     else
 279     {
 280         format = fshort;
 281     }
 282
 283     if (available(fp, vec, indent, title))
 284     {
 285         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 286         for (i = 0; i < n; i++)
 287         {
 288             (void) pr_indent(fp, indent);
 289             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 290             for (j = 0; j < DIM; j++)
 291             {
 292                 if (j != 0)
 293                 {
 294                     (void) fprintf(fp, ", ");
 295                 }
 296                 (void) fprintf(fp, format, vec[i][j]);
 297             }
 298             (void) fprintf(fp, "}\n");
 299         }
 300     }
 301 }
 302
 303
 304 void pr_rvecs_of_dim(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n, int dim)
 305 {
 306     const char *fshort = "%12.5e";
 307     const char *flong  = "%15.8e";
 308     const char *format;
 309     int         i, j;
 310
 311     if (getenv("GMX_PRINT_LONGFORMAT") != NULL)
 312     {
 313         format = flong;
 314     }
 315     else
 316     {
 317         format = fshort;
 318     }
 319
 320     if (available(fp, vec, indent, title))
 321     {
 322         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, dim);
 323         for (i = 0; i < n; i++)
 324         {
 325             (void) pr_indent(fp, indent);
 326             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 327             for (j = 0; j < dim; j++)
 328             {
 329                 if (j != 0)
 330                 {
 331                     (void) fprintf(fp, ", ");
 332                 }
 333                 (void) fprintf(fp, format, vec[i][j]);
 334             }
 335             (void) fprintf(fp, "}\n");
 336         }
 337     }
 338 }
 339
 340 void pr_reals(FILE *fp, int indent, const char *title, real *vec, int n)
 341 {
 342     int i;
 343
 344     if (available(fp, vec, indent, title))
 345     {
 346         (void) pr_indent(fp, indent);
 347         (void) fprintf(fp, "%s:\t", title);
 348         for (i = 0; i < n; i++)
 349         {
 350             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 351         }
 352         (void) fprintf(fp, "\n");
 353     }
 354 }
 355
 356 void pr_doubles(FILE *fp, int indent, const char *title, double *vec, int n)
 357 {
 358     int i;
 359
 360     if (available(fp, vec, indent, title))
 361     {
 362         (void) pr_indent(fp, indent);
 363         (void) fprintf(fp, "%s:\t", title);
 364         for (i = 0; i < n; i++)
 365         {
 366             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 367         }
 368         (void) fprintf(fp, "\n");
 369     }
 370 }
 371
 372 void pr_reals_of_dim(FILE *fp, int indent, const char *title, real *vec, int n, int dim)
 373 {
 374     int         i, j;
 375     const char *fshort = "%12.5e";
 376     const char *flong  = "%15.8e";
 377     const char *format;
 378
 379     if (getenv("GMX_PRINT_LONGFORMAT") != NULL)
 380     {
 381         format = flong;
 382     }
 383     else
 384     {
 385         format = fshort;
 386     }
 387
 388     if (available(fp, vec, indent, title))
 389     {
 390         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, dim);
 391         for (i = 0; i < n; i++)
 392         {
 393             (void) pr_indent(fp, indent);
 394             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 395             for (j = 0; j < dim; j++)
 396             {
 397                 if (j != 0)
 398                 {
 399                     (void) fprintf(fp, ", ");
 400                 }
 401                 (void) fprintf(fp, format, vec[i * dim  + j]);
 402             }
 403             (void) fprintf(fp, "}\n");
 404         }
 405     }
 406 }
 407
 408 static void pr_int(FILE *fp, int indent, const char *title, int i)
 409 {
 410     pr_indent(fp, indent);
 411     fprintf(fp, "%-30s = %d\n", title, i);
 412 }
 413
 414 static void pr_int64(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_int64_t i)
 415 {
 416     char buf[STEPSTRSIZE];
 417
 418     pr_indent(fp, indent);
 419     fprintf(fp, "%-30s = %s\n", title, gmx_step_str(i, buf));
 420 }
 421
 422 static void pr_real(FILE *fp, int indent, const char *title, real r)
 423 {
 424     pr_indent(fp, indent);
 425     fprintf(fp, "%-30s = %g\n", title, r);
 426 }
 427
 428 static void pr_double(FILE *fp, int indent, const char *title, double d)
 429 {
 430     pr_indent(fp, indent);
 431     fprintf(fp, "%-30s = %g\n", title, d);
 432 }
 433
 434 static void pr_str(FILE *fp, int indent, const char *title, const char *s)
 435 {
 436     pr_indent(fp, indent);
 437     fprintf(fp, "%-30s = %s\n", title, s);
 438 }
 439
 440 void pr_qm_opts(FILE *fp, int indent, const char *title, t_grpopts *opts)
 441 {
 442     int i, m, j;
 443
 444     fprintf(fp, "%s:\n", title);
 445
 446     pr_int(fp, indent, "ngQM", opts->ngQM);
 447     if (opts->ngQM > 0)
 448     {
 449         pr_ivec(fp, indent, "QMmethod", opts->QMmethod, opts->ngQM, FALSE);
 450         pr_ivec(fp, indent, "QMbasis", opts->QMbasis, opts->ngQM, FALSE);
 451         pr_ivec(fp, indent, "QMcharge", opts->QMcharge, opts->ngQM, FALSE);
 452         pr_ivec(fp, indent, "QMmult", opts->QMmult, opts->ngQM, FALSE);
 453         pr_bvec(fp, indent, "SH", opts->bSH, opts->ngQM, FALSE);
 454         pr_ivec(fp, indent, "CASorbitals", opts->CASorbitals, opts->ngQM, FALSE);
 455         pr_ivec(fp, indent, "CASelectrons", opts->CASelectrons, opts->ngQM, FALSE);
 456         pr_rvec(fp, indent, "SAon", opts->SAon, opts->ngQM, FALSE);
 457         pr_rvec(fp, indent, "SAoff", opts->SAoff, opts->ngQM, FALSE);
 458         pr_ivec(fp, indent, "SAsteps", opts->SAsteps, opts->ngQM, FALSE);
 459         pr_bvec(fp, indent, "bOPT", opts->bOPT, opts->ngQM, FALSE);
 460         pr_bvec(fp, indent, "bTS", opts->bTS, opts->ngQM, FALSE);
 461     }
 462 }
 463
 464 static void pr_grp_opts(FILE *out, int indent, const char *title, t_grpopts *opts,
 465                         gmx_bool bMDPformat)
 466 {
 467     int i, m, j;
 468
 469     if (!bMDPformat)
 470     {
 471         fprintf(out, "%s:\n", title);
 472     }
 473
 474     pr_indent(out, indent);
 475     fprintf(out, "nrdf%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 476     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 477     {
 478         fprintf(out, "  %10g", opts->nrdf[i]);
 479     }
 480     fprintf(out, "\n");
 481
 482     pr_indent(out, indent);
 483     fprintf(out, "ref-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 484     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 485     {
 486         fprintf(out, "  %10g", opts->ref_t[i]);
 487     }
 488     fprintf(out, "\n");
 489
 490     pr_indent(out, indent);
 491     fprintf(out, "tau-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 492     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 493     {
 494         fprintf(out, "  %10g", opts->tau_t[i]);
 495     }
 496     fprintf(out, "\n");
 497
 498     /* Pretty-print the simulated annealing info */
 499     fprintf(out, "annealing%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 500     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 501     {
 502         fprintf(out, "  %10s", EANNEAL(opts->annealing[i]));
 503     }
 504     fprintf(out, "\n");
 505
 506     fprintf(out, "annealing-npoints%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 507     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 508     {
 509         fprintf(out, "  %10d", opts->anneal_npoints[i]);
 510     }
 511     fprintf(out, "\n");
 512
 513     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 514     {
 515         if (opts->anneal_npoints[i] > 0)
 516         {
 517             fprintf(out, "annealing-time [%d]:\t", i);
 518             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 519             {
 520                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_time[i][j]);
 521             }
 522             fprintf(out, "\n");
 523             fprintf(out, "annealing-temp [%d]:\t", i);
 524             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 525             {
 526                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_temp[i][j]);
 527             }
 528             fprintf(out, "\n");
 529         }
 530     }
 531
 532     pr_indent(out, indent);
 533     fprintf(out, "acc:\t");
 534     for (i = 0; (i < opts->ngacc); i++)
 535     {
 536         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 537         {
 538             fprintf(out, "  %10g", opts->acc[i][m]);
 539         }
 540     }
 541     fprintf(out, "\n");
 542
 543     pr_indent(out, indent);
 544     fprintf(out, "nfreeze:");
 545     for (i = 0; (i < opts->ngfrz); i++)
 546     {
 547         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 548         {
 549             fprintf(out, "  %10s", opts->nFreeze[i][m] ? "Y" : "N");
 550         }
 551     }
 552     fprintf(out, "\n");
 553
 554
 555     for (i = 0; (i < opts->ngener); i++)
 556     {
 557         pr_indent(out, indent);
 558         fprintf(out, "energygrp-flags[%3d]:", i);
 559         for (m = 0; (m < opts->ngener); m++)
 560         {
 561             fprintf(out, " %d", opts->egp_flags[opts->ngener*i+m]);
 562         }
 563         fprintf(out, "\n");
 564     }
 565
 566     fflush(out);
 567 }
 568
 569 static void pr_matrix(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec *m,
 570                       gmx_bool bMDPformat)
 571 {
 572     if (bMDPformat)
 573     {
 574         fprintf(fp, "%-10s    = %g %g %g %g %g %g\n", title,
 575                 m[XX][XX], m[YY][YY], m[ZZ][ZZ], m[XX][YY], m[XX][ZZ], m[YY][ZZ]);
 576     }
 577     else
 578     {
 579         pr_rvecs(fp, indent, title, m, DIM);
 580     }
 581 }
 582
 583 static void pr_cosine(FILE *fp, int indent, const char *title, t_cosines *cos,
 584                       gmx_bool bMDPformat)
 585 {
 586     int j;
 587
 588     if (bMDPformat)
 589     {
 590         fprintf(fp, "%s = %d\n", title, cos->n);
 591     }
 592     else
 593     {
 594         indent = pr_title(fp, indent, title);
 595         (void) pr_indent(fp, indent);
 596         fprintf(fp, "n = %d\n", cos->n);
 597         if (cos->n > 0)
 598         {
 599             (void) pr_indent(fp, indent+2);
 600             fprintf(fp, "a =");
 601             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 602             {
 603                 fprintf(fp, " %e", cos->a[j]);
 604             }
 605             fprintf(fp, "\n");
 606             (void) pr_indent(fp, indent+2);
 607             fprintf(fp, "phi =");
 608             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 609             {
 610                 fprintf(fp, " %e", cos->phi[j]);
 611             }
 612             fprintf(fp, "\n");
 613         }
 614     }
 615 }
 616
 617 #define PS(t, s) pr_str(fp, indent, t, s)
 618 #define PI(t, s) pr_int(fp, indent, t, s)
 619 #define PSTEP(t, s) pr_int64(fp, indent, t, s)
 620 #define PR(t, s) pr_real(fp, indent, t, s)
 621 #define PD(t, s) pr_double(fp, indent, t, s)
 622
 623 static void pr_pull_group(FILE *fp, int indent, int g, t_pull_group *pgrp)
 624 {
 625     pr_indent(fp, indent);
 626     fprintf(fp, "pull-group %d:\n", g);
 627     indent += 2;
 628     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", pgrp->ind, pgrp->nat, TRUE);
 629     pr_rvec(fp, indent, "weight", pgrp->weight, pgrp->nweight, TRUE);
 630     PI("pbcatom", pgrp->pbcatom);
 631 }
 632
 633 static void pr_pull_coord(FILE *fp, int indent, int c, t_pull_coord *pcrd)
 634 {
 635     pr_indent(fp, indent);
 636     fprintf(fp, "pull-coord %d:\n", c);
 637     PI("group[0]", pcrd->group[0]);
 638     PI("group[1]", pcrd->group[1]);
 639     pr_rvec(fp, indent, "origin", pcrd->origin, DIM, TRUE);
 640     pr_rvec(fp, indent, "vec", pcrd->vec, DIM, TRUE);
 641     PR("init", pcrd->init);
 642     PR("rate", pcrd->rate);
 643     PR("k", pcrd->k);
 644     PR("kB", pcrd->kB);
 645 }
 646
 647 static void pr_simtempvals(FILE *fp, int indent, t_simtemp *simtemp, int n_lambda)
 648 {
 649     PS("simulated-tempering-scaling", ESIMTEMP(simtemp->eSimTempScale));
 650     PR("sim-temp-low", simtemp->simtemp_low);
 651     PR("sim-temp-high", simtemp->simtemp_high);
 652     pr_rvec(fp, indent, "simulated tempering temperatures", simtemp->temperatures, n_lambda, TRUE);
 653 }
 654
 655 static void pr_expandedvals(FILE *fp, int indent, t_expanded *expand, int n_lambda)
 656 {
 657
 658     PI("nstexpanded", expand->nstexpanded);
 659     PS("lmc-stats", elamstats_names[expand->elamstats]);
 660     PS("lmc-move", elmcmove_names[expand->elmcmove]);
 661     PS("lmc-weights-equil", elmceq_names[expand->elmceq]);
 662     if (expand->elmceq == elmceqNUMATLAM)
 663     {
 664         PI("weight-equil-number-all-lambda", expand->equil_n_at_lam);
 665     }
 666     if (expand->elmceq == elmceqSAMPLES)
 667     {
 668         PI("weight-equil-number-samples", expand->equil_samples);
 669     }
 670     if (expand->elmceq == elmceqSTEPS)
 671     {
 672         PI("weight-equil-number-steps", expand->equil_steps);
 673     }
 674     if (expand->elmceq == elmceqWLDELTA)
 675     {
 676         PR("weight-equil-wl-delta", expand->equil_wl_delta);
 677     }
 678     if (expand->elmceq == elmceqRATIO)
 679     {
 680         PR("weight-equil-count-ratio", expand->equil_ratio);
 681     }
 682     PI("lmc-seed", expand->lmc_seed);
 683     PR("mc-temperature", expand->mc_temp);
 684     PI("lmc-repeats", expand->lmc_repeats);
 685     PI("lmc-gibbsdelta", expand->gibbsdeltalam);
 686     PI("lmc-forced-nstart", expand->lmc_forced_nstart);
 687     PS("symmetrized-transition-matrix", EBOOL(expand->bSymmetrizedTMatrix));
 688     PI("nst-transition-matrix", expand->nstTij);
 689     PI("mininum-var-min", expand->minvarmin); /*default is reasonable */
 690     PI("weight-c-range", expand->c_range);    /* default is just C=0 */
 691     PR("wl-scale", expand->wl_scale);
 692     PR("wl-ratio", expand->wl_ratio);
 693     PR("init-wl-delta", expand->init_wl_delta);
 694     PS("wl-oneovert", EBOOL(expand->bWLoneovert));
 695
 696     pr_indent(fp, indent);
 697     pr_rvec(fp, indent, "init-lambda-weights", expand->init_lambda_weights, n_lambda, TRUE);
 698     PS("init-weights", EBOOL(expand->bInit_weights));
 699 }
 700
 701 static void pr_fepvals(FILE *fp, int indent, t_lambda *fep, gmx_bool bMDPformat)
 702 {
 703     int i, j;
 704
 705     PR("init-lambda", fep->init_lambda);
 706     PI("init-lambda-state", fep->init_fep_state);
 707     PR("delta-lambda", fep->delta_lambda);
 708     PI("nstdhdl", fep->nstdhdl);
 709
 710     if (!bMDPformat)
 711     {
 712         PI("n-lambdas", fep->n_lambda);
 713     }
 714     if (fep->n_lambda > 0)
 715     {
 716         pr_indent(fp, indent);
 717         fprintf(fp, "separate-dvdl%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 718         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 719         {
 720             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 721             if (fep->separate_dvdl[i])
 722             {
 723                 fprintf(fp, "  TRUE");
 724             }
 725             else
 726             {
 727                 fprintf(fp, "  FALSE");
 728             }
 729             fprintf(fp, "\n");
 730         }
 731         fprintf(fp, "all-lambdas%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 732         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 733         {
 734             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 735             for (j = 0; j < fep->n_lambda; j++)
 736             {
 737                 fprintf(fp, "  %10g", fep->all_lambda[i][j]);
 738             }
 739             fprintf(fp, "\n");
 740         }
 741     }
 742     PI("calc-lambda-neighbors", fep->lambda_neighbors);
 743     PS("dhdl-print-energy", edHdLPrintEnergy_names[fep->edHdLPrintEnergy]);
 744     PR("sc-alpha", fep->sc_alpha);
 745     PI("sc-power", fep->sc_power);
 746     PR("sc-r-power", fep->sc_r_power);
 747     PR("sc-sigma", fep->sc_sigma);
 748     PR("sc-sigma-min", fep->sc_sigma_min);
 749     PS("sc-coul", EBOOL(fep->bScCoul));
 750     PI("dh-hist-size", fep->dh_hist_size);
 751     PD("dh-hist-spacing", fep->dh_hist_spacing);
 752     PS("separate-dhdl-file", SEPDHDLFILETYPE(fep->separate_dhdl_file));
 753     PS("dhdl-derivatives", DHDLDERIVATIVESTYPE(fep->dhdl_derivatives));
 754 };
 755
 756 static void pr_pull(FILE *fp, int indent, t_pull *pull)
 757 {
 758     int g;
 759
 760     PS("pull-geometry", EPULLGEOM(pull->eGeom));
 761     pr_ivec(fp, indent, "pull-dim", pull->dim, DIM, TRUE);
 762     PR("pull-r1", pull->cyl_r1);
 763     PR("pull-r0", pull->cyl_r0);
 764     PR("pull-constr-tol", pull->constr_tol);
 765     PS("pull-print-reference", EBOOL(pull->bPrintRef));
 766     PI("pull-nstxout", pull->nstxout);
 767     PI("pull-nstfout", pull->nstfout);
 768     PI("pull-ngroups", pull->ngroup);
 769     for (g = 0; g < pull->ngroup; g++)
 770     {
 771         pr_pull_group(fp, indent, g, &pull->group[g]);
 772     }
 773     PI("pull-ncoords", pull->ncoord);
 774     for (g = 0; g < pull->ncoord; g++)
 775     {
 776         pr_pull_coord(fp, indent, g, &pull->coord[g]);
 777     }
 778 }
 779
 780 static void pr_rotgrp(FILE *fp, int indent, int g, t_rotgrp *rotg)
 781 {
 782     pr_indent(fp, indent);
 783     fprintf(fp, "rot-group %d:\n", g);
 784     indent += 2;
 785     PS("rot-type", EROTGEOM(rotg->eType));
 786     PS("rot-massw", EBOOL(rotg->bMassW));
 787     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", rotg->ind, rotg->nat, TRUE);
 788     pr_rvecs(fp, indent, "x-ref", rotg->x_ref, rotg->nat);
 789     pr_rvec(fp, indent, "rot-vec", rotg->vec, DIM, TRUE);
 790     pr_rvec(fp, indent, "rot-pivot", rotg->pivot, DIM, TRUE);
 791     PR("rot-rate", rotg->rate);
 792     PR("rot-k", rotg->k);
 793     PR("rot-slab-dist", rotg->slab_dist);
 794     PR("rot-min-gauss", rotg->min_gaussian);
 795     PR("rot-eps", rotg->eps);
 796     PS("rot-fit-method", EROTFIT(rotg->eFittype));
 797     PI("rot_potfit_nstep", rotg->PotAngle_nstep);
 798     PR("rot_potfit_step", rotg->PotAngle_step);
 799 }
 800
 801 static void pr_rot(FILE *fp, int indent, t_rot *rot)
 802 {
 803     int g;
 804
 805     PI("rot-nstrout", rot->nstrout);
 806     PI("rot-nstsout", rot->nstsout);
 807     PI("rot-ngroups", rot->ngrp);
 808     for (g = 0; g < rot->ngrp; g++)
 809     {
 810         pr_rotgrp(fp, indent, g, &rot->grp[g]);
 811     }
 812 }
 813
 814
 815 static void pr_swap(FILE *fp, int indent, t_swapcoords *swap)
 816 {
 817     int  i, j;
 818     char str[STRLEN];
 819
 820
 821     PI("swap-frequency", swap->nstswap);
 822     for (j = 0; j < 2; j++)
 823     {
 824         sprintf(str, "massw_split%d", j);
 825         PS(str, EBOOL(swap->massw_split[j]));
 826         sprintf(str, "split atoms group %d", j);
 827         pr_ivec_block(fp, indent, str, swap->ind_split[j], swap->nat_split[j], TRUE);
 828     }
 829     pr_ivec_block(fp, indent, "swap atoms", swap->ind, swap->nat, TRUE);
 830     pr_ivec_block(fp, indent, "solvent atoms", swap->ind_sol, swap->nat_sol, TRUE);
 831     PR("cyl0-r", swap->cyl0r);
 832     PR("cyl0-up", swap->cyl0u);
 833     PR("cyl0-down", swap->cyl0l);
 834     PR("cyl1-r", swap->cyl1r);
 835     PR("cyl1-up", swap->cyl1u);
 836     PR("cyl1-down", swap->cyl1l);
 837     PI("coupl-steps", swap->nAverage);
 838     for (j = 0; j < 2; j++)
 839     {
 840         sprintf(str, "anions%c", j+'A');
 841         PI(str, swap->nanions[j]);
 842         sprintf(str, "cations%c", j+'A');
 843         PI(str, swap->ncations[j]);
 844     }
 845     PR("threshold", swap->threshold);
 846 }
 847
 848
 849 static void pr_imd(FILE *fp, int indent, t_IMD *imd)
 850 {
 851     PI("IMD-atoms", imd->nat);
 852     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", imd->ind, imd->nat, TRUE);
 853 }
 854
 855
 856 void pr_inputrec(FILE *fp, int indent, const char *title, t_inputrec *ir,
 857                  gmx_bool bMDPformat)
 858 {
 859     const char *infbuf = "inf";
 860     int         i;
 861
 862     if (available(fp, ir, indent, title))
 863     {
 864         if (!bMDPformat)
 865         {
 866             indent = pr_title(fp, indent, title);
 867         }
 868         /* Try to make this list appear in the same order as the
 869          * options are written in the default mdout.mdp, and with
 870          * the same user-exposed names to facilitate debugging.
 871          */
 872         PS("integrator", EI(ir->eI));
 873         PR("tinit", ir->init_t);
 874         PR("dt", ir->delta_t);
 875         PSTEP("nsteps", ir->nsteps);
 876         PSTEP("init-step", ir->init_step);
 877         PI("simulation-part", ir->simulation_part);
 878         PS("comm-mode", ECOM(ir->comm_mode));
 879         PI("nstcomm", ir->nstcomm);
 880
 881         /* Langevin dynamics */
 882         PR("bd-fric", ir->bd_fric);
 883         PSTEP("ld-seed", ir->ld_seed);
 884
 885         /* Energy minimization */
 886         PR("emtol", ir->em_tol);
 887         PR("emstep", ir->em_stepsize);
 888         PI("niter", ir->niter);
 889         PR("fcstep", ir->fc_stepsize);
 890         PI("nstcgsteep", ir->nstcgsteep);
 891         PI("nbfgscorr", ir->nbfgscorr);
 892
 893         /* Test particle insertion */
 894         PR("rtpi", ir->rtpi);
 895
 896         /* Output control */
 897         PI("nstxout", ir->nstxout);
 898         PI("nstvout", ir->nstvout);
 899         PI("nstfout", ir->nstfout);
 900         PI("nstlog", ir->nstlog);
 901         PI("nstcalcenergy", ir->nstcalcenergy);
 902         PI("nstenergy", ir->nstenergy);
 903         PI("nstxout-compressed", ir->nstxout_compressed);
 904         PR("compressed-x-precision", ir->x_compression_precision);
 905
 906         /* Neighborsearching parameters */
 907         PS("cutoff-scheme", ECUTSCHEME(ir->cutoff_scheme));
 908         PI("nstlist", ir->nstlist);
 909         PS("ns-type", ENS(ir->ns_type));
 910         PS("pbc", EPBC(ir->ePBC));
 911         PS("periodic-molecules", EBOOL(ir->bPeriodicMols));
 912         PR("verlet-buffer-tolerance", ir->verletbuf_tol);
 913         PR("rlist", ir->rlist);
 914         PR("rlistlong", ir->rlistlong);
 915         PR("nstcalclr", ir->nstcalclr);
 916
 917         /* Options for electrostatics and VdW */
 918         PS("coulombtype", EELTYPE(ir->coulombtype));
 919         PS("coulomb-modifier", INTMODIFIER(ir->coulomb_modifier));
 920         PR("rcoulomb-switch", ir->rcoulomb_switch);
 921         PR("rcoulomb", ir->rcoulomb);
 922         if (ir->epsilon_r != 0)
 923         {
 924             PR("epsilon-r", ir->epsilon_r);
 925         }
 926         else
 927         {
 928             PS("epsilon-r", infbuf);
 929         }
 930         if (ir->epsilon_rf != 0)
 931         {
 932             PR("epsilon-rf", ir->epsilon_rf);
 933         }
 934         else
 935         {
 936             PS("epsilon-rf", infbuf);
 937         }
 938         PS("vdw-type", EVDWTYPE(ir->vdwtype));
 939         PS("vdw-modifier", INTMODIFIER(ir->vdw_modifier));
 940         PR("rvdw-switch", ir->rvdw_switch);
 941         PR("rvdw", ir->rvdw);
 942         PS("DispCorr", EDISPCORR(ir->eDispCorr));
 943         PR("table-extension", ir->tabext);
 944
 945         PR("fourierspacing", ir->fourier_spacing);
 946         PI("fourier-nx", ir->nkx);
 947         PI("fourier-ny", ir->nky);
 948         PI("fourier-nz", ir->nkz);
 949         PI("pme-order", ir->pme_order);
 950         PR("ewald-rtol", ir->ewald_rtol);
 951         PR("ewald-rtol-lj", ir->ewald_rtol_lj);
 952         PS("lj-pme-comb-rule", ELJPMECOMBNAMES(ir->ljpme_combination_rule));
 953         PR("ewald-geometry", ir->ewald_geometry);
 954         PR("epsilon-surface", ir->epsilon_surface);
 955
 956         /* Implicit solvent */
 957         PS("implicit-solvent", EIMPLICITSOL(ir->implicit_solvent));
 958
 959         /* Generalized born electrostatics */
 960         PS("gb-algorithm", EGBALGORITHM(ir->gb_algorithm));
 961         PI("nstgbradii", ir->nstgbradii);
 962         PR("rgbradii", ir->rgbradii);
 963         PR("gb-epsilon-solvent", ir->gb_epsilon_solvent);
 964         PR("gb-saltconc", ir->gb_saltconc);
 965         PR("gb-obc-alpha", ir->gb_obc_alpha);
 966         PR("gb-obc-beta", ir->gb_obc_beta);
 967         PR("gb-obc-gamma", ir->gb_obc_gamma);
 968         PR("gb-dielectric-offset", ir->gb_dielectric_offset);
 969         PS("sa-algorithm", ESAALGORITHM(ir->gb_algorithm));
 970         PR("sa-surface-tension", ir->sa_surface_tension);
 971
 972         /* Options for weak coupling algorithms */
 973         PS("tcoupl", ETCOUPLTYPE(ir->etc));
 974         PI("nsttcouple", ir->nsttcouple);
 975         PI("nh-chain-length", ir->opts.nhchainlength);
 976         PS("print-nose-hoover-chain-variables", EBOOL(ir->bPrintNHChains));
 977
 978         PS("pcoupl", EPCOUPLTYPE(ir->epc));
 979         PS("pcoupltype", EPCOUPLTYPETYPE(ir->epct));
 980         PI("nstpcouple", ir->nstpcouple);
 981         PR("tau-p", ir->tau_p);
 982         pr_matrix(fp, indent, "compressibility", ir->compress, bMDPformat);
 983         pr_matrix(fp, indent, "ref-p", ir->ref_p, bMDPformat);
 984         PS("refcoord-scaling", EREFSCALINGTYPE(ir->refcoord_scaling));
 985
 986         if (bMDPformat)
 987         {
 988             fprintf(fp, "posres-com  = %g %g %g\n", ir->posres_com[XX],
 989                     ir->posres_com[YY], ir->posres_com[ZZ]);
 990             fprintf(fp, "posres-comB = %g %g %g\n", ir->posres_comB[XX],
 991                     ir->posres_comB[YY], ir->posres_comB[ZZ]);
 992         }
 993         else
 994         {
 995             pr_rvec(fp, indent, "posres-com", ir->posres_com, DIM, TRUE);
 996             pr_rvec(fp, indent, "posres-comB", ir->posres_comB, DIM, TRUE);
 997         }
 998
 999         /* QMMM */
1000         PS("QMMM", EBOOL(ir->bQMMM));
1001         PI("QMconstraints", ir->QMconstraints);
1002         PI("QMMMscheme", ir->QMMMscheme);
1003         PR("MMChargeScaleFactor", ir->scalefactor);
1004         pr_qm_opts(fp, indent, "qm-opts", &(ir->opts));
1005
1006         /* CONSTRAINT OPTIONS */
1007         PS("constraint-algorithm", ECONSTRTYPE(ir->eConstrAlg));
1008         PS("continuation", EBOOL(ir->bContinuation));
1009
1010         PS("Shake-SOR", EBOOL(ir->bShakeSOR));
1011         PR("shake-tol", ir->shake_tol);
1012         PI("lincs-order", ir->nProjOrder);
1013         PI("lincs-iter", ir->nLincsIter);
1014         PR("lincs-warnangle", ir->LincsWarnAngle);
1015
1016         /* Walls */
1017         PI("nwall", ir->nwall);
1018         PS("wall-type", EWALLTYPE(ir->wall_type));
1019         PR("wall-r-linpot", ir->wall_r_linpot);
1020         /* wall-atomtype */
1021         PI("wall-atomtype[0]", ir->wall_atomtype[0]);
1022         PI("wall-atomtype[1]", ir->wall_atomtype[1]);
1023         /* wall-density */
1024         PR("wall-density[0]", ir->wall_density[0]);
1025         PR("wall-density[1]", ir->wall_density[1]);
1026         PR("wall-ewald-zfac", ir->wall_ewald_zfac);
1027
1028         /* COM PULLING */
1029         PS("pull", EPULLTYPE(ir->ePull));
1030         if (ir->ePull != epullNO)
1031         {
1032             pr_pull(fp, indent, ir->pull);
1033         }
1034
1035         /* ENFORCED ROTATION */
1036         PS("rotation", EBOOL(ir->bRot));
1037         if (ir->bRot)
1038         {
1039             pr_rot(fp, indent, ir->rot);
1040         }
1041
1042         /* INTERACTIVE MD */
1043         PS("interactiveMD", EBOOL(ir->bIMD));
1044         if (ir->bIMD)
1045         {
1046             pr_imd(fp, indent, ir->imd);
1047         }
1048
1049         /* NMR refinement stuff */
1050         PS("disre", EDISRETYPE(ir->eDisre));
1051         PS("disre-weighting", EDISREWEIGHTING(ir->eDisreWeighting));
1052         PS("disre-mixed", EBOOL(ir->bDisreMixed));
1053         PR("dr-fc", ir->dr_fc);
1054         PR("dr-tau", ir->dr_tau);
1055         PR("nstdisreout", ir->nstdisreout);
1056
1057         PR("orire-fc", ir->orires_fc);
1058         PR("orire-tau", ir->orires_tau);
1059         PR("nstorireout", ir->nstorireout);
1060
1061         /* FREE ENERGY VARIABLES */
1062         PS("free-energy", EFEPTYPE(ir->efep));
1063         if (ir->efep != efepNO || ir->bSimTemp)
1064         {
1065             pr_fepvals(fp, indent, ir->fepvals, bMDPformat);
1066         }
1067         if (ir->bExpanded)
1068         {
1069             pr_expandedvals(fp, indent, ir->expandedvals, ir->fepvals->n_lambda);
1070         }
1071
1072         /* NON-equilibrium MD stuff */
1073         PR("cos-acceleration", ir->cos_accel);
1074         pr_matrix(fp, indent, "deform", ir->deform, bMDPformat);
1075
1076         /* SIMULATED TEMPERING */
1077         PS("simulated-tempering", EBOOL(ir->bSimTemp));
1078         if (ir->bSimTemp)
1079         {
1080             pr_simtempvals(fp, indent, ir->simtempvals, ir->fepvals->n_lambda);
1081         }
1082
1083         /* ELECTRIC FIELDS */
1084         pr_cosine(fp, indent, "E-x", &(ir->ex[XX]), bMDPformat);
1085         pr_cosine(fp, indent, "E-xt", &(ir->et[XX]), bMDPformat);
1086         pr_cosine(fp, indent, "E-y", &(ir->ex[YY]), bMDPformat);
1087         pr_cosine(fp, indent, "E-yt", &(ir->et[YY]), bMDPformat);
1088         pr_cosine(fp, indent, "E-z", &(ir->ex[ZZ]), bMDPformat);
1089         pr_cosine(fp, indent, "E-zt", &(ir->et[ZZ]), bMDPformat);
1090
1091         /* ION/WATER SWAPPING FOR COMPUTATIONAL ELECTROPHYSIOLOGY */
1092         PS("swapcoords", ESWAPTYPE(ir->eSwapCoords));
1093         if (ir->eSwapCoords != eswapNO)
1094         {
1095             pr_swap(fp, indent, ir->swap);
1096         }
1097
1098         /* AdResS PARAMETERS */
1099         PS("adress", EBOOL(ir->bAdress));
1100         if (ir->bAdress)
1101         {
1102             PS("adress-type", EADRESSTYPE(ir->adress->type));
1103             PR("adress-const-wf", ir->adress->const_wf);
1104             PR("adress-ex-width", ir->adress->ex_width);
1105             PR("adress-hy-width", ir->adress->hy_width);
1106             PR("adress-ex-forcecap", ir->adress->ex_forcecap);
1107             PS("adress-interface-correction", EADRESSICTYPE(ir->adress->icor));
1108             PS("adress-site", EADRESSSITETYPE(ir->adress->site));
1109             pr_rvec(fp, indent, "adress-reference-coords", ir->adress->refs, DIM, TRUE);
1110             PS("adress-do-hybridpairs", EBOOL(ir->adress->do_hybridpairs));
1111         }
1112
1113         /* USER-DEFINED THINGIES */
1114         PI("userint1", ir->userint1);
1115         PI("userint2", ir->userint2);
1116         PI("userint3", ir->userint3);
1117         PI("userint4", ir->userint4);
1118         PR("userreal1", ir->userreal1);
1119         PR("userreal2", ir->userreal2);
1120         PR("userreal3", ir->userreal3);
1121         PR("userreal4", ir->userreal4);
1122
1123         pr_grp_opts(fp, indent, "grpopts", &(ir->opts), bMDPformat);
1124     }
1125 }
1126 #undef PS
1127 #undef PR
1128 #undef PI
1129
1130 static void pr_harm(FILE *fp, t_iparams *iparams, const char *r, const char *kr)
1131 {
1132     fprintf(fp, "%sA=%12.5e, %sA=%12.5e, %sB=%12.5e, %sB=%12.5e\n",
1133             r, iparams->harmonic.rA, kr, iparams->harmonic.krA,
1134             r, iparams->harmonic.rB, kr, iparams->harmonic.krB);
1135 }
1136
1137 void pr_iparams(FILE *fp, t_functype ftype, t_iparams *iparams)
1138 {
1139     int  i;
1140     real VA[4], VB[4], *rbcA, *rbcB;
1141
1142     switch (ftype)
1143     {
1144         case F_ANGLES:
1145         case F_G96ANGLES:
1146             pr_harm(fp, iparams, "th", "ct");
1147             break;
1148         case F_CROSS_BOND_BONDS:
1149             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r2e=%15.8e, krr=%15.8e\n",
1150                     iparams->cross_bb.r1e, iparams->cross_bb.r2e,
1151                     iparams->cross_bb.krr);
1152             break;
1153         case F_CROSS_BOND_ANGLES:
1154             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r1e=%15.8e, r3e=%15.8e, krt=%15.8e\n",
1155                     iparams->cross_ba.r1e, iparams->cross_ba.r2e,
1156                     iparams->cross_ba.r3e, iparams->cross_ba.krt);
1157             break;
1158         case F_LINEAR_ANGLES:
1159             fprintf(fp, "klinA=%15.8e, aA=%15.8e, klinB=%15.8e, aB=%15.8e\n",
1160                     iparams->linangle.klinA, iparams->linangle.aA,
1161                     iparams->linangle.klinB, iparams->linangle.aB);
1162             break;
1163         case F_UREY_BRADLEY:
1164             fprintf(fp, "thetaA=%15.8e, kthetaA=%15.8e, r13A=%15.8e, kUBA=%15.8e, thetaB=%15.8e, kthetaB=%15.8e, r13B=%15.8e, kUBB=%15.8e\n", iparams->u_b.thetaA, iparams->u_b.kthetaA, iparams->u_b.r13A, iparams->u_b.kUBA, iparams->u_b.thetaB, iparams->u_b.kthetaB, iparams->u_b.r13B, iparams->u_b.kUBB);
1165             break;
1166         case F_QUARTIC_ANGLES:
1167             fprintf(fp, "theta=%15.8e", iparams->qangle.theta);
1168             for (i = 0; i < 5; i++)
1169             {
1170                 fprintf(fp, ", c%c=%15.8e", '0'+i, iparams->qangle.c[i]);
1171             }
1172             fprintf(fp, "\n");
1173             break;
1174         case F_BHAM:
1175             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
1176                     iparams->bham.a, iparams->bham.b, iparams->bham.c);
1177             break;
1178         case F_BONDS:
1179         case F_G96BONDS:
1180         case F_HARMONIC:
1181             pr_harm(fp, iparams, "b0", "cb");
1182             break;
1183         case F_IDIHS:
1184             pr_harm(fp, iparams, "xi", "cx");
1185             break;
1186         case F_MORSE:
1187             fprintf(fp, "b0A=%15.8e, cbA=%15.8e, betaA=%15.8e, b0B=%15.8e, cbB=%15.8e, betaB=%15.8e\n",
1188                     iparams->morse.b0A, iparams->morse.cbA, iparams->morse.betaA,
1189                     iparams->morse.b0B, iparams->morse.cbB, iparams->morse.betaB);
1190             break;
1191         case F_CUBICBONDS:
1192             fprintf(fp, "b0=%15.8e, kb=%15.8e, kcub=%15.8e\n",
1193                     iparams->cubic.b0, iparams->cubic.kb, iparams->cubic.kcub);
1194             break;
1195         case F_CONNBONDS:
1196             fprintf(fp, "\n");
1197             break;
1198         case F_FENEBONDS:
1199             fprintf(fp, "bm=%15.8e, kb=%15.8e\n", iparams->fene.bm, iparams->fene.kb);
1200             break;
1201         case F_RESTRBONDS:
1202             fprintf(fp, "lowA=%15.8e, up1A=%15.8e, up2A=%15.8e, kA=%15.8e, lowB=%15.8e, up1B=%15.8e, up2B=%15.8e, kB=%15.8e,\n",
1203                     iparams->restraint.lowA, iparams->restraint.up1A,
1204                     iparams->restraint.up2A, iparams->restraint.kA,
1205                     iparams->restraint.lowB, iparams->restraint.up1B,
1206                     iparams->restraint.up2B, iparams->restraint.kB);
1207             break;
1208         case F_TABBONDS:
1209         case F_TABBONDSNC:
1210         case F_TABANGLES:
1211         case F_TABDIHS:
1212             fprintf(fp, "tab=%d, kA=%15.8e, kB=%15.8e\n",
1213                     iparams->tab.table, iparams->tab.kA, iparams->tab.kB);
1214             break;
1215         case F_POLARIZATION:
1216             fprintf(fp, "alpha=%15.8e\n", iparams->polarize.alpha);
1217             break;
1218         case F_ANHARM_POL:
1219             fprintf(fp, "alpha=%15.8e drcut=%15.8e khyp=%15.8e\n",
1220                     iparams->anharm_polarize.alpha,
1221                     iparams->anharm_polarize.drcut,
1222                     iparams->anharm_polarize.khyp);
1223             break;
1224         case F_THOLE_POL:
1225             fprintf(fp, "a=%15.8e, alpha1=%15.8e, alpha2=%15.8e, rfac=%15.8e\n",
1226                     iparams->thole.a, iparams->thole.alpha1, iparams->thole.alpha2,
1227                     iparams->thole.rfac);
1228             break;
1229         case F_WATER_POL:
1230             fprintf(fp, "al_x=%15.8e, al_y=%15.8e, al_z=%15.8e, rOH=%9.6f, rHH=%9.6f, rOD=%9.6f\n",
1231                     iparams->wpol.al_x, iparams->wpol.al_y, iparams->wpol.al_z,
1232                     iparams->wpol.rOH, iparams->wpol.rHH, iparams->wpol.rOD);
1233             break;
1234         case F_LJ:
1235             fprintf(fp, "c6=%15.8e, c12=%15.8e\n", iparams->lj.c6, iparams->lj.c12);
1236             break;
1237         case F_LJ14:
1238             fprintf(fp, "c6A=%15.8e, c12A=%15.8e, c6B=%15.8e, c12B=%15.8e\n",
1239                     iparams->lj14.c6A, iparams->lj14.c12A,
1240                     iparams->lj14.c6B, iparams->lj14.c12B);
1241             break;
1242         case F_LJC14_Q:
1243             fprintf(fp, "fqq=%15.8e, qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1244                     iparams->ljc14.fqq,
1245                     iparams->ljc14.qi, iparams->ljc14.qj,
1246                     iparams->ljc14.c6, iparams->ljc14.c12);
1247             break;
1248         case F_LJC_PAIRS_NB:
1249             fprintf(fp, "qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1250                     iparams->ljcnb.qi, iparams->ljcnb.qj,
1251                     iparams->ljcnb.c6, iparams->ljcnb.c12);
1252             break;
1253         case F_PDIHS:
1254         case F_PIDIHS:
1255         case F_ANGRES:
1256         case F_ANGRESZ:
1257             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, cpA=%15.8e, phiB=%15.8e, cpB=%15.8e, mult=%d\n",
1258                     iparams->pdihs.phiA, iparams->pdihs.cpA,
1259                     iparams->pdihs.phiB, iparams->pdihs.cpB,
1260                     iparams->pdihs.mult);
1261             break;
1262         case F_DISRES:
1263             fprintf(fp, "label=%4d, type=%1d, low=%15.8e, up1=%15.8e, up2=%15.8e, fac=%15.8e)\n",
1264                     iparams->disres.label, iparams->disres.type,
1265                     iparams->disres.low, iparams->disres.up1,
1266                     iparams->disres.up2, iparams->disres.kfac);
1267             break;
1268         case F_ORIRES:
1269             fprintf(fp, "ex=%4d, label=%d, power=%4d, c=%15.8e, obs=%15.8e, kfac=%15.8e)\n",
1270                     iparams->orires.ex, iparams->orires.label, iparams->orires.power,
1271                     iparams->orires.c, iparams->orires.obs, iparams->orires.kfac);
1272             break;
1273         case F_DIHRES:
1274             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, dphiA=%15.8e, kfacA=%15.8e, phiB=%15.8e, dphiB=%15.8e, kfacB=%15.8e\n",
1275                     iparams->dihres.phiA, iparams->dihres.dphiA, iparams->dihres.kfacA,
1276                     iparams->dihres.phiB, iparams->dihres.dphiB, iparams->dihres.kfacB);
1277             break;
1278         case F_POSRES:
1279             fprintf(fp, "pos0A=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcA=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), pos0B=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcB=(%15.8e,%15.8e,%15.8e)\n",
1280                     iparams->posres.pos0A[XX], iparams->posres.pos0A[YY],
1281                     iparams->posres.pos0A[ZZ], iparams->posres.fcA[XX],
1282                     iparams->posres.fcA[YY], iparams->posres.fcA[ZZ],
1283                     iparams->posres.pos0B[XX], iparams->posres.pos0B[YY],
1284                     iparams->posres.pos0B[ZZ], iparams->posres.fcB[XX],
1285                     iparams->posres.fcB[YY], iparams->posres.fcB[ZZ]);
1286             break;
1287         case F_FBPOSRES:
1288             fprintf(fp, "pos0=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), geometry=%d, r=%15.8e, k=%15.8e\n",
1289                     iparams->fbposres.pos0[XX], iparams->fbposres.pos0[YY],
1290                     iparams->fbposres.pos0[ZZ], iparams->fbposres.geom,
1291                     iparams->fbposres.r,        iparams->fbposres.k);
1292             break;
1293         case F_RBDIHS:
1294             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1295             {
1296                 fprintf(fp, "%srbcA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcA[i]);
1297             }
1298             fprintf(fp, "\n");
1299             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1300             {
1301                 fprintf(fp, "%srbcB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcB[i]);
1302             }
1303             fprintf(fp, "\n");
1304             break;
1305         case F_FOURDIHS:
1306             /* Use the OPLS -> Ryckaert-Bellemans formula backwards to get the
1307              * OPLS potential constants back.
1308              */
1309             rbcA = iparams->rbdihs.rbcA;
1310             rbcB = iparams->rbdihs.rbcB;
1311
1312             VA[3] = -0.25*rbcA[4];
1313             VA[2] = -0.5*rbcA[3];
1314             VA[1] = 4.0*VA[3]-rbcA[2];
1315             VA[0] = 3.0*VA[2]-2.0*rbcA[1];
1316
1317             VB[3] = -0.25*rbcB[4];
1318             VB[2] = -0.5*rbcB[3];
1319             VB[1] = 4.0*VB[3]-rbcB[2];
1320             VB[0] = 3.0*VB[2]-2.0*rbcB[1];
1321
1322             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1323             {
1324                 fprintf(fp, "%sFourA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VA[i]);
1325             }
1326             fprintf(fp, "\n");
1327             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1328             {
1329                 fprintf(fp, "%sFourB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VB[i]);
1330             }
1331             fprintf(fp, "\n");
1332             break;
1333
1334         case F_CONSTR:
1335         case F_CONSTRNC:
1336             fprintf(fp, "dA=%15.8e, dB=%15.8e\n", iparams->constr.dA, iparams->constr.dB);
1337             break;
1338         case F_SETTLE:
1339             fprintf(fp, "doh=%15.8e, dhh=%15.8e\n", iparams->settle.doh,
1340                     iparams->settle.dhh);
1341             break;
1342         case F_VSITE2:
1343             fprintf(fp, "a=%15.8e\n", iparams->vsite.a);
1344             break;
1345         case F_VSITE3:
1346         case F_VSITE3FD:
1347         case F_VSITE3FAD:
1348             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e\n", iparams->vsite.a, iparams->vsite.b);
1349             break;
1350         case F_VSITE3OUT:
1351         case F_VSITE4FD:
1352         case F_VSITE4FDN:
1353             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
1354                     iparams->vsite.a, iparams->vsite.b, iparams->vsite.c);
1355             break;
1356         case F_VSITEN:
1357             fprintf(fp, "n=%2d, a=%15.8e\n", iparams->vsiten.n, iparams->vsiten.a);
1358             break;
1359         case F_GB12:
1360         case F_GB13:
1361         case F_GB14:
1362             fprintf(fp, "sar=%15.8e, st=%15.8e, pi=%15.8e, gbr=%15.8e, bmlt=%15.8e\n", iparams->gb.sar, iparams->gb.st, iparams->gb.pi, iparams->gb.gbr, iparams->gb.bmlt);
1363             break;
1364         case F_CMAP:
1365             fprintf(fp, "cmapA=%1d, cmapB=%1d\n", iparams->cmap.cmapA, iparams->cmap.cmapB);
1366             break;
1367         case  F_RESTRANGLES:
1368             pr_harm(fp, iparams, "ktheta", "costheta0");
1369             break;
1370         case  F_RESTRDIHS:
1371             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, cpA=%15.8e",
1372                     iparams->pdihs.phiA, iparams->pdihs.cpA);
1373             break;
1374         case  F_CBTDIHS:
1375             fprintf(fp, "kphi=%15.8e", iparams->cbtdihs.cbtcA[0]);
1376             for (i = 1; i < NR_CBTDIHS; i++)
1377             {
1378                 fprintf(fp, ", cbtcA[%d]=%15.8e", i-1, iparams->cbtdihs.cbtcA[i]);
1379             }
1380             fprintf(fp, "\n");
1381             break;
1382         default:
1383             gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d (%s) in %s line %d",
1384                       ftype, interaction_function[ftype].name, __FILE__, __LINE__);
1385     }
1386 }
1387
1388 void pr_ilist(FILE *fp, int indent, const char *title,
1389               t_functype *functype, t_ilist *ilist, gmx_bool bShowNumbers)
1390 {
1391     int      i, j, k, type, ftype;
1392     t_iatom *iatoms;
1393
1394     if (available(fp, ilist, indent, title) && ilist->nr > 0)
1395     {
1396         indent = pr_title(fp, indent, title);
1397         (void) pr_indent(fp, indent);
1398         fprintf(fp, "nr: %d\n", ilist->nr);
1399         if (ilist->nr > 0)
1400         {
1401             (void) pr_indent(fp, indent);
1402             fprintf(fp, "iatoms:\n");
1403             iatoms = ilist->iatoms;
1404             for (i = j = 0; i < ilist->nr; )
1405             {
1406 #ifndef DEBUG
1407                 (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1408                 type  = *(iatoms++);
1409                 ftype = functype[type];
1410                 (void) fprintf(fp, "%d type=%d (%s)",
1411                                bShowNumbers ? j : -1, bShowNumbers ? type : -1,
1412                                interaction_function[ftype].name);
1413                 j++;
1414                 for (k = 0; k < interaction_function[ftype].nratoms; k++)
1415                 {
1416                     (void) fprintf(fp, " %u", *(iatoms++));
1417                 }
1418                 (void) fprintf(fp, "\n");
1419                 i += 1+interaction_function[ftype].nratoms;
1420 #else
1421                 fprintf(fp, "%5d%5d\n", i, iatoms[i]);
1422                 i++;
1423 #endif
1424             }
1425         }
1426     }
1427 }
1428
1429 static void pr_cmap(FILE *fp, int indent, const char *title,
1430                     gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bShowNumbers)
1431 {
1432     int  i, j, nelem;
1433     real dx, idx;
1434
1435     dx    = 360.0 / cmap_grid->grid_spacing;
1436     nelem = cmap_grid->grid_spacing*cmap_grid->grid_spacing;
1437
1438     if (available(fp, cmap_grid, indent, title))
1439     {
1440         fprintf(fp, "%s\n", title);
1441
1442         for (i = 0; i < cmap_grid->ngrid; i++)
1443         {
1444             idx = -180.0;
1445             fprintf(fp, "%8s %8s %8s %8s\n", "V", "dVdx", "dVdy", "d2dV");
1446
1447             fprintf(fp, "grid[%3d]={\n", bShowNumbers ? i : -1);
1448
1449             for (j = 0; j < nelem; j++)
1450             {
1451                 if ( (j%cmap_grid->grid_spacing) == 0)
1452                 {
1453                     fprintf(fp, "%8.1f\n", idx);
1454                     idx += dx;
1455                 }
1456
1457                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
1458                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
1459                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
1460                 fprintf(fp, "%8.3f\n", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
1461             }
1462             fprintf(fp, "\n");
1463         }
1464     }
1465
1466 }
1467
1468 void pr_ffparams(FILE *fp, int indent, const char *title,
1469                  gmx_ffparams_t *ffparams,
1470                  gmx_bool bShowNumbers)
1471 {
1472     int i, j;
1473
1474     indent = pr_title(fp, indent, title);
1475     (void) pr_indent(fp, indent);
1476     (void) fprintf(fp, "atnr=%d\n", ffparams->atnr);
1477     (void) pr_indent(fp, indent);
1478     (void) fprintf(fp, "ntypes=%d\n", ffparams->ntypes);
1479     for (i = 0; i < ffparams->ntypes; i++)
1480     {
1481         (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1482         (void) fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1483                        bShowNumbers ? i : -1,
1484                        interaction_function[ffparams->functype[i]].name);
1485         pr_iparams(fp, ffparams->functype[i], &ffparams->iparams[i]);
1486     }
1487     (void) pr_double(fp, indent, "reppow", ffparams->reppow);
1488     (void) pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", ffparams->fudgeQQ);
1489     pr_cmap(fp, indent, "cmap", &ffparams->cmap_grid, bShowNumbers);
1490 }
1491
1492 void pr_idef(FILE *fp, int indent, const char *title, t_idef *idef, gmx_bool bShowNumbers)
1493 {
1494     int i, j;
1495
1496     if (available(fp, idef, indent, title))
1497     {
1498         indent = pr_title(fp, indent, title);
1499         (void) pr_indent(fp, indent);
1500         (void) fprintf(fp, "atnr=%d\n", idef->atnr);
1501         (void) pr_indent(fp, indent);
1502         (void) fprintf(fp, "ntypes=%d\n", idef->ntypes);
1503         for (i = 0; i < idef->ntypes; i++)
1504         {
1505             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1506             (void) fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1507                            bShowNumbers ? i : -1,
1508                            interaction_function[idef->functype[i]].name);
1509             pr_iparams(fp, idef->functype[i], &idef->iparams[i]);
1510         }
1511         (void) pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", idef->fudgeQQ);
1512
1513         for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1514         {
1515             pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1516                      idef->functype, &idef->il[j], bShowNumbers);
1517         }
1518     }
1519 }
1520
1521 static int pr_block_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block)
1522 {
1523     int i;
1524
1525     if (available(fp, block, indent, title))
1526     {
1527         indent = pr_title(fp, indent, title);
1528         (void) pr_indent(fp, indent);
1529         (void) fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1530     }
1531     return indent;
1532 }
1533
1534 static int pr_blocka_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block)
1535 {
1536     int i;
1537
1538     if (available(fp, block, indent, title))
1539     {
1540         indent = pr_title(fp, indent, title);
1541         (void) pr_indent(fp, indent);
1542         (void) fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1543         (void) pr_indent(fp, indent);
1544         (void) fprintf(fp, "nra=%d\n", block->nra);
1545     }
1546     return indent;
1547 }
1548
1549 static void low_pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1550 {
1551     int i;
1552
1553     if (available(fp, block, indent, title))
1554     {
1555         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1556         for (i = 0; i <= block->nr; i++)
1557         {
1558             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1559             (void) fprintf(fp, "%s->index[%d]=%d\n",
1560                            title, bShowNumbers ? i : -1, block->index[i]);
1561         }
1562         for (i = 0; i < block->nra; i++)
1563         {
1564             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1565             (void) fprintf(fp, "%s->a[%d]=%d\n",
1566                            title, bShowNumbers ? i : -1, block->a[i]);
1567         }
1568     }
1569 }
1570
1571 void pr_block(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block, gmx_bool bShowNumbers)
1572 {
1573     int i, j, ok, size, start, end;
1574
1575     if (available(fp, block, indent, title))
1576     {
1577         indent = pr_block_title(fp, indent, title, block);
1578         start  = 0;
1579         end    = start;
1580         if ((ok = (block->index[start] == 0)) == 0)
1581         {
1582             (void) fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1583         }
1584         else
1585         {
1586             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1587             {
1588                 end  = block->index[i+1];
1589                 size = pr_indent(fp, indent);
1590                 if (end <= start)
1591                 {
1592                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={}\n", title, i);
1593                 }
1594                 else
1595                 {
1596                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={%d..%d}\n",
1597                                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1598                                     bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1599                 }
1600                 start = end;
1601             }
1602         }
1603     }
1604 }
1605
1606 void pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1607 {
1608     int i, j, ok, size, start, end;
1609
1610     if (available(fp, block, indent, title))
1611     {
1612         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1613         start  = 0;
1614         end    = start;
1615         if ((ok = (block->index[start] == 0)) == 0)
1616         {
1617             (void) fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1618         }
1619         else
1620         {
1621             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1622             {
1623                 end  = block->index[i+1];
1624                 size = pr_indent(fp, indent);
1625                 if (end <= start)
1626                 {
1627                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={", title, i);
1628                 }
1629                 else
1630                 {
1631                     size += fprintf(fp, "%s[%d][%d..%d]={",
1632                                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1633                                     bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1634                 }
1635                 for (j = start; j < end; j++)
1636                 {
1637                     if (j > start)
1638                     {
1639                         size += fprintf(fp, ", ");
1640                     }
1641                     if ((size) > (USE_WIDTH))
1642                     {
1643                         (void) fprintf(fp, "\n");
1644                         size = pr_indent(fp, indent+INDENT);
1645                     }
1646                     size += fprintf(fp, "%d", block->a[j]);
1647                 }
1648                 (void) fprintf(fp, "}\n");
1649                 start = end;
1650             }
1651         }
1652         if ((end != block->nra) || (!ok))
1653         {
1654             (void) pr_indent(fp, indent);
1655             (void) fprintf(fp, "tables inconsistent, dumping complete tables:\n");
1656             low_pr_blocka(fp, indent, title, block, bShowNumbers);
1657         }
1658     }
1659 }
1660
1661 static void pr_strings(FILE *fp, int indent, const char *title, char ***nm, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1662 {
1663     int i;
1664
1665     if (available(fp, nm, indent, title))
1666     {
1667         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1668         for (i = 0; i < n; i++)
1669         {
1670             (void) pr_indent(fp, indent);
1671             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\"}\n",
1672                            title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]));
1673         }
1674     }
1675 }
1676
1677 static void pr_strings2(FILE *fp, int indent, const char *title,
1678                         char ***nm, char ***nmB, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1679 {
1680     int i;
1681
1682     if (available(fp, nm, indent, title))
1683     {
1684         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1685         for (i = 0; i < n; i++)
1686         {
1687             (void) pr_indent(fp, indent);
1688             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\",nameB=\"%s\"}\n",
1689                            title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]), *(nmB[i]));
1690         }
1691     }
1692 }
1693
1694 static void pr_resinfo(FILE *fp, int indent, const char *title, t_resinfo *resinfo, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1695 {
1696     int i;
1697
1698     if (available(fp, resinfo, indent, title))
1699     {
1700         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1701         for (i = 0; i < n; i++)
1702         {
1703             (void) pr_indent(fp, indent);
1704             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\", nr=%d, ic='%c'}\n",
1705                            title, bShowNumbers ? i : -1,
1706                            *(resinfo[i].name), resinfo[i].nr,
1707                            (resinfo[i].ic == '\0') ? ' ' : resinfo[i].ic);
1708         }
1709     }
1710 }
1711
1712 static void pr_atom(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atom *atom, int n)
1713 {
1714     int i, j;
1715
1716     if (available(fp, atom, indent, title))
1717     {
1718         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1719         for (i = 0; i < n; i++)
1720         {
1721             (void) pr_indent(fp, indent);
1722             fprintf(fp, "%s[%6d]={type=%3d, typeB=%3d, ptype=%8s, m=%12.5e, "
1723                     "q=%12.5e, mB=%12.5e, qB=%12.5e, resind=%5d, atomnumber=%3d}\n",
1724                     title, i, atom[i].type, atom[i].typeB, ptype_str[atom[i].ptype],
1725                     atom[i].m, atom[i].q, atom[i].mB, atom[i].qB,
1726                     atom[i].resind, atom[i].atomnumber);
1727         }
1728     }
1729 }
1730
1731 static void pr_grps(FILE *fp, const char *title, t_grps grps[], char **grpname[])
1732 {
1733     int i, j;
1734
1735     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
1736     {
1737         fprintf(fp, "%s[%-12s] nr=%d, name=[", title, gtypes[i], grps[i].nr);
1738         for (j = 0; (j < grps[i].nr); j++)
1739         {
1740             fprintf(fp, " %s", *(grpname[grps[i].nm_ind[j]]));
1741         }
1742         fprintf(fp, "]\n");
1743     }
1744 }
1745
1746 static void pr_groups(FILE *fp, int indent,
1747                       gmx_groups_t *groups,
1748                       gmx_bool bShowNumbers)
1749 {
1750     int grpnr[egcNR];
1751     int nat_max, i, g;
1752
1753     pr_grps(fp, "grp", groups->grps, groups->grpname);
1754     pr_strings(fp, indent, "grpname", groups->grpname, groups->ngrpname, bShowNumbers);
1755
1756     (void) pr_indent(fp, indent);
1757     fprintf(fp, "groups          ");
1758     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1759     {
1760         printf(" %5.5s", gtypes[g]);
1761     }
1762     printf("\n");
1763
1764     (void) pr_indent(fp, indent);
1765     fprintf(fp, "allocated       ");
1766     nat_max = 0;
1767     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1768     {
1769         printf(" %5d", groups->ngrpnr[g]);
1770         nat_max = max(nat_max, groups->ngrpnr[g]);
1771     }
1772     printf("\n");
1773
1774     if (nat_max == 0)
1775     {
1776         (void) pr_indent(fp, indent);
1777         fprintf(fp, "groupnr[%5s] =", "*");
1778         for (g = 0; g < egcNR; g++)
1779         {
1780             fprintf(fp, "  %3d ", 0);
1781         }
1782         fprintf(fp, "\n");
1783     }
1784     else
1785     {
1786         for (i = 0; i < nat_max; i++)
1787         {
1788             (void) pr_indent(fp, indent);
1789             fprintf(fp, "groupnr[%5d] =", i);
1790             for (g = 0; g < egcNR; g++)
1791             {
1792                 fprintf(fp, "  %3d ",
1793                         groups->grpnr[g] ? groups->grpnr[g][i] : 0);
1794             }
1795             fprintf(fp, "\n");
1796         }
1797     }
1798 }
1799
1800 void pr_atoms(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atoms *atoms,
1801               gmx_bool bShownumbers)
1802 {
1803     if (available(fp, atoms, indent, title))
1804     {
1805         indent = pr_title(fp, indent, title);
1806         pr_atom(fp, indent, "atom", atoms->atom, atoms->nr);
1807         pr_strings(fp, indent, "atom", atoms->atomname, atoms->nr, bShownumbers);
1808         pr_strings2(fp, indent, "type", atoms->atomtype, atoms->atomtypeB, atoms->nr, bShownumbers);
1809         pr_resinfo(fp, indent, "residue", atoms->resinfo, atoms->nres, bShownumbers);
1810     }
1811 }
1812
1813
1814 void pr_atomtypes(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atomtypes *atomtypes,
1815                   gmx_bool bShowNumbers)
1816 {
1817     int i;
1818     if (available(fp, atomtypes, indent, title))
1819     {
1820         indent = pr_title(fp, indent, title);
1821         for (i = 0; i < atomtypes->nr; i++)
1822         {
1823             pr_indent(fp, indent);
1824             fprintf(fp,
1825                     "atomtype[%3d]={radius=%12.5e, volume=%12.5e, gb_radius=%12.5e, surftens=%12.5e, atomnumber=%4d, S_hct=%12.5e)}\n",
1826                     bShowNumbers ? i : -1, atomtypes->radius[i], atomtypes->vol[i],
1827                     atomtypes->gb_radius[i],
1828                     atomtypes->surftens[i], atomtypes->atomnumber[i], atomtypes->S_hct[i]);
1829         }
1830     }
1831 }
1832
1833 static void pr_moltype(FILE *fp, int indent, const char *title,
1834                        gmx_moltype_t *molt, int n,
1835                        gmx_ffparams_t *ffparams,
1836                        gmx_bool bShowNumbers)
1837 {
1838     int j;
1839
1840     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1841     (void) pr_indent(fp, indent);
1842     (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(molt->name));
1843     pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(molt->atoms), bShowNumbers);
1844     pr_block(fp, indent, "cgs", &molt->cgs, bShowNumbers);
1845     pr_blocka(fp, indent, "excls", &molt->excls, bShowNumbers);
1846     for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1847     {
1848         pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1849                  ffparams->functype, &molt->ilist[j], bShowNumbers);
1850     }
1851 }
1852
1853 static void pr_molblock(FILE *fp, int indent, const char *title,
1854                         gmx_molblock_t *molb, int n,
1855                         gmx_moltype_t *molt)
1856 {
1857     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1858     (void) pr_indent(fp, indent);
1859     (void) fprintf(fp, "%-20s = %d \"%s\"\n",
1860                    "moltype", molb->type, *(molt[molb->type].name));
1861     pr_int(fp, indent, "#molecules", molb->nmol);
1862     pr_int(fp, indent, "#atoms_mol", molb->natoms_mol);
1863     pr_int(fp, indent, "#posres_xA", molb->nposres_xA);
1864     if (molb->nposres_xA > 0)
1865     {
1866         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xA", molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
1867     }
1868     pr_int(fp, indent, "#posres_xB", molb->nposres_xB);
1869     if (molb->nposres_xB > 0)
1870     {
1871         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xB", molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
1872     }
1873 }
1874
1875 void pr_mtop(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_mtop_t *mtop,
1876              gmx_bool bShowNumbers)
1877 {
1878     int mt, mb;
1879
1880     if (available(fp, mtop, indent, title))
1881     {
1882         indent = pr_title(fp, indent, title);
1883         (void) pr_indent(fp, indent);
1884         (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(mtop->name));
1885         pr_int(fp, indent, "#atoms", mtop->natoms);
1886         pr_int(fp, indent, "#molblock", mtop->nmolblock);
1887         for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
1888         {
1889             pr_molblock(fp, indent, "molblock", &mtop->molblock[mb], mb, mtop->moltype);
1890         }
1891         pr_ffparams(fp, indent, "ffparams", &(mtop->ffparams), bShowNumbers);
1892         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(mtop->atomtypes), bShowNumbers);
1893         for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
1894         {
1895             pr_moltype(fp, indent, "moltype", &mtop->moltype[mt], mt,
1896                        &mtop->ffparams, bShowNumbers);
1897         }
1898         pr_groups(fp, indent, &mtop->groups, bShowNumbers);
1899     }
1900 }
1901
1902 void pr_top(FILE *fp, int indent, const char *title, t_topology *top, gmx_bool bShowNumbers)
1903 {
1904     if (available(fp, top, indent, title))
1905     {
1906         indent = pr_title(fp, indent, title);
1907         (void) pr_indent(fp, indent);
1908         (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(top->name));
1909         pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(top->atoms), bShowNumbers);
1910         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(top->atomtypes), bShowNumbers);
1911         pr_block(fp, indent, "cgs", &top->cgs, bShowNumbers);
1912         pr_block(fp, indent, "mols", &top->mols, bShowNumbers);
1913         pr_blocka(fp, indent, "excls", &top->excls, bShowNumbers);
1914         pr_idef(fp, indent, "idef", &top->idef, bShowNumbers);
1915     }
1916 }
1917
1918 void pr_header(FILE *fp, int indent, const char *title, t_tpxheader *sh)
1919 {
1920     char buf[22];
1921
1922     if (available(fp, sh, indent, title))
1923     {
1924         indent = pr_title(fp, indent, title);
1925         pr_indent(fp, indent);
1926         fprintf(fp, "bIr    = %spresent\n", sh->bIr ? "" : "not ");
1927         pr_indent(fp, indent);
1928         fprintf(fp, "bBox   = %spresent\n", sh->bBox ? "" : "not ");
1929         pr_indent(fp, indent);
1930         fprintf(fp, "bTop   = %spresent\n", sh->bTop ? "" : "not ");
1931         pr_indent(fp, indent);
1932         fprintf(fp, "bX     = %spresent\n", sh->bX ? "" : "not ");
1933         pr_indent(fp, indent);
1934         fprintf(fp, "bV     = %spresent\n", sh->bV ? "" : "not ");
1935         pr_indent(fp, indent);
1936         fprintf(fp, "bF     = %spresent\n", sh->bF ? "" : "not ");
1937
1938         pr_indent(fp, indent);
1939         fprintf(fp, "natoms = %d\n", sh->natoms);
1940         pr_indent(fp, indent);
1941         fprintf(fp, "lambda = %e\n", sh->lambda);
1942     }
1943 }
1944
1945 void pr_commrec(FILE *fp, int indent, t_commrec *cr)
1946 {
1947     pr_indent(fp, indent);
1948     fprintf(fp, "commrec:\n");
1949     indent += 2;
1950     pr_indent(fp, indent);
1951     fprintf(fp, "rank      = %d\n", cr->nodeid);
1952     pr_indent(fp, indent);
1953     fprintf(fp, "number of ranks = %d\n", cr->nnodes);
1954     pr_indent(fp, indent);
1955     fprintf(fp, "PME-only ranks = %d\n", cr->npmenodes);
1956     /*
1957        pr_indent(fp,indent);
1958        fprintf(fp,"threadid  = %d\n",cr->threadid);
1959        pr_indent(fp,indent);
1960        fprintf(fp,"nthreads  = %d\n",cr->nthreads);
1961      */
1962 }