src/gromacs/gmxlib/txtdump.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 /* This file is completely threadsafe - please keep it that way! */
  40
  41 #include <stdio.h>
  42 #include <stdlib.h>
  43
  44 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  45 #include "gromacs/legacyheaders/types/commrec.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/txtdump.h"
  48 #include "gromacs/math/vec.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  50
  51 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  52 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  53
  54 int pr_indent(FILE *fp, int n)
  55 {
  56     int i;
  57
  58     for (i = 0; i < n; i++)
  59     {
  60         (void) fprintf(fp, " ");
  61     }
  62     return n;
  63 }
  64
  65 int available(FILE *fp, void *p, int indent, const char *title)
  66 {
  67     if (!p)
  68     {
  69         if (indent > 0)
  70         {
  71             pr_indent(fp, indent);
  72         }
  73         (void) fprintf(fp, "%s: not available\n", title);
  74     }
  75     return (p != NULL);
  76 }
  77
  78 int pr_title(FILE *fp, int indent, const char *title)
  79 {
  80     (void) pr_indent(fp, indent);
  81     (void) fprintf(fp, "%s:\n", title);
  82     return (indent+INDENT);
  83 }
  84
  85 int pr_title_n(FILE *fp, int indent, const char *title, int n)
  86 {
  87     (void) pr_indent(fp, indent);
  88     (void) fprintf(fp, "%s (%d):\n", title, n);
  89     return (indent+INDENT);
  90 }
  91
  92 int pr_title_nxn(FILE *fp, int indent, const char *title, int n1, int n2)
  93 {
  94     (void) pr_indent(fp, indent);
  95     (void) fprintf(fp, "%s (%dx%d):\n", title, n1, n2);
  96     return (indent+INDENT);
  97 }
  98
  99 void pr_ivec(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 100 {
 101     int i;
 102
 103     if (available(fp, vec, indent, title))
 104     {
 105         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 106         for (i = 0; i < n; i++)
 107         {
 108             (void) pr_indent(fp, indent);
 109             (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 110         }
 111     }
 112 }
 113
 114 void pr_ivec_block(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 115 {
 116     int i, j;
 117
 118     if (available(fp, vec, indent, title))
 119     {
 120         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 121         i      = 0;
 122         while (i < n)
 123         {
 124             j = i+1;
 125             while (j < n && vec[j] == vec[j-1]+1)
 126             {
 127                 j++;
 128             }
 129             /* Print consecutive groups of 3 or more as blocks */
 130             if (j - i < 3)
 131             {
 132                 while (i < j)
 133                 {
 134                     (void) pr_indent(fp, indent);
 135                     (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n",
 136                                    title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 137                     i++;
 138                 }
 139             }
 140             else
 141             {
 142                 (void) pr_indent(fp, indent);
 143                 (void) fprintf(fp, "%s[%d,...,%d] = {%d,...,%d}\n",
 144                                title,
 145                                bShowNumbers ? i : -1,
 146                                bShowNumbers ? j-1 : -1,
 147                                vec[i], vec[j-1]);
 148                 i = j;
 149             }
 150         }
 151     }
 152 }
 153
 154 void pr_bvec(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_bool vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 155 {
 156     int i;
 157
 158     if (available(fp, vec, indent, title))
 159     {
 160         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 161         for (i = 0; i < n; i++)
 162         {
 163             (void) pr_indent(fp, indent);
 164             (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%s\n", title, bShowNumbers ? i : -1,
 165                            EBOOL(vec[i]));
 166         }
 167     }
 168 }
 169
 170 void pr_ivecs(FILE *fp, int indent, const char *title, ivec vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 171 {
 172     int i, j;
 173
 174     if (available(fp, vec, indent, title))
 175     {
 176         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 177         for (i = 0; i < n; i++)
 178         {
 179             (void) pr_indent(fp, indent);
 180             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={", title, bShowNumbers ? i : -1);
 181             for (j = 0; j < DIM; j++)
 182             {
 183                 if (j != 0)
 184                 {
 185                     (void) fprintf(fp, ", ");
 186                 }
 187                 fprintf(fp, "%d", vec[i][j]);
 188             }
 189             (void) fprintf(fp, "}\n");
 190         }
 191     }
 192 }
 193
 194 void pr_rvec(FILE *fp, int indent, const char *title, real vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 195 {
 196     int i;
 197
 198     if (available(fp, vec, indent, title))
 199     {
 200         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 201         for (i = 0; i < n; i++)
 202         {
 203             pr_indent(fp, indent);
 204             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 205         }
 206     }
 207 }
 208
 209 void pr_dvec(FILE *fp, int indent, const char *title, double vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 210 {
 211     int i;
 212
 213     if (available(fp, vec, indent, title))
 214     {
 215         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 216         for (i = 0; i < n; i++)
 217         {
 218             pr_indent(fp, indent);
 219             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 220         }
 221     }
 222 }
 223
 224
 225 /*
 226    void pr_mat(FILE *fp,int indent,char *title,matrix m)
 227    {
 228    int i,j;
 229
 230    if (available(fp,m,indent,title)) {
 231     indent=pr_title_n(fp,indent,title,n);
 232     for(i=0; i<n; i++) {
 233       pr_indent(fp,indent);
 234       fprintf(fp,"%s[%d]=%12.5e %12.5e %12.5e\n",
 235           title,bShowNumbers?i:-1,m[i][XX],m[i][YY],m[i][ZZ]);
 236     }
 237    }
 238    }
 239  */
 240
 241 void pr_rvecs_len(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 242 {
 243     int i, j;
 244
 245     if (available(fp, vec, indent, title))
 246     {
 247         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 248         for (i = 0; i < n; i++)
 249         {
 250             (void) pr_indent(fp, indent);
 251             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 252             for (j = 0; j < DIM; j++)
 253             {
 254                 if (j != 0)
 255                 {
 256                     (void) fprintf(fp, ", ");
 257                 }
 258                 (void) fprintf(fp, "%12.5e", vec[i][j]);
 259             }
 260             (void) fprintf(fp, "} len=%12.5e\n", norm(vec[i]));
 261         }
 262     }
 263 }
 264
 265 void pr_rvecs(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 266 {
 267     const char *fshort = "%12.5e";
 268     const char *flong  = "%15.8e";
 269     const char *format;
 270     int         i, j;
 271
 272     if (getenv("GMX_PRINT_LONGFORMAT") != NULL)
 273     {
 274         format = flong;
 275     }
 276     else
 277     {
 278         format = fshort;
 279     }
 280
 281     if (available(fp, vec, indent, title))
 282     {
 283         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 284         for (i = 0; i < n; i++)
 285         {
 286             (void) pr_indent(fp, indent);
 287             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 288             for (j = 0; j < DIM; j++)
 289             {
 290                 if (j != 0)
 291                 {
 292                     (void) fprintf(fp, ", ");
 293                 }
 294                 (void) fprintf(fp, format, vec[i][j]);
 295             }
 296             (void) fprintf(fp, "}\n");
 297         }
 298     }
 299 }
 300
 301
 302 void pr_rvecs_of_dim(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n, int dim)
 303 {
 304     const char *fshort = "%12.5e";
 305     const char *flong  = "%15.8e";
 306     const char *format;
 307     int         i, j;
 308
 309     if (getenv("GMX_PRINT_LONGFORMAT") != NULL)
 310     {
 311         format = flong;
 312     }
 313     else
 314     {
 315         format = fshort;
 316     }
 317
 318     if (available(fp, vec, indent, title))
 319     {
 320         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, dim);
 321         for (i = 0; i < n; i++)
 322         {
 323             (void) pr_indent(fp, indent);
 324             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 325             for (j = 0; j < dim; j++)
 326             {
 327                 if (j != 0)
 328                 {
 329                     (void) fprintf(fp, ", ");
 330                 }
 331                 (void) fprintf(fp, format, vec[i][j]);
 332             }
 333             (void) fprintf(fp, "}\n");
 334         }
 335     }
 336 }
 337
 338 void pr_reals(FILE *fp, int indent, const char *title, real *vec, int n)
 339 {
 340     int i;
 341
 342     if (available(fp, vec, indent, title))
 343     {
 344         (void) pr_indent(fp, indent);
 345         (void) fprintf(fp, "%s:\t", title);
 346         for (i = 0; i < n; i++)
 347         {
 348             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 349         }
 350         (void) fprintf(fp, "\n");
 351     }
 352 }
 353
 354 void pr_doubles(FILE *fp, int indent, const char *title, double *vec, int n)
 355 {
 356     int i;
 357
 358     if (available(fp, vec, indent, title))
 359     {
 360         (void) pr_indent(fp, indent);
 361         (void) fprintf(fp, "%s:\t", title);
 362         for (i = 0; i < n; i++)
 363         {
 364             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 365         }
 366         (void) fprintf(fp, "\n");
 367     }
 368 }
 369
 370 void pr_reals_of_dim(FILE *fp, int indent, const char *title, real *vec, int n, int dim)
 371 {
 372     int         i, j;
 373     const char *fshort = "%12.5e";
 374     const char *flong  = "%15.8e";
 375     const char *format;
 376
 377     if (getenv("GMX_PRINT_LONGFORMAT") != NULL)
 378     {
 379         format = flong;
 380     }
 381     else
 382     {
 383         format = fshort;
 384     }
 385
 386     if (available(fp, vec, indent, title))
 387     {
 388         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, dim);
 389         for (i = 0; i < n; i++)
 390         {
 391             (void) pr_indent(fp, indent);
 392             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 393             for (j = 0; j < dim; j++)
 394             {
 395                 if (j != 0)
 396                 {
 397                     (void) fprintf(fp, ", ");
 398                 }
 399                 (void) fprintf(fp, format, vec[i * dim  + j]);
 400             }
 401             (void) fprintf(fp, "}\n");
 402         }
 403     }
 404 }
 405
 406 static void pr_int(FILE *fp, int indent, const char *title, int i)
 407 {
 408     pr_indent(fp, indent);
 409     fprintf(fp, "%-30s = %d\n", title, i);
 410 }
 411
 412 static void pr_int64(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_int64_t i)
 413 {
 414     char buf[STEPSTRSIZE];
 415
 416     pr_indent(fp, indent);
 417     fprintf(fp, "%-30s = %s\n", title, gmx_step_str(i, buf));
 418 }
 419
 420 static void pr_real(FILE *fp, int indent, const char *title, real r)
 421 {
 422     pr_indent(fp, indent);
 423     fprintf(fp, "%-30s = %g\n", title, r);
 424 }
 425
 426 static void pr_double(FILE *fp, int indent, const char *title, double d)
 427 {
 428     pr_indent(fp, indent);
 429     fprintf(fp, "%-30s = %g\n", title, d);
 430 }
 431
 432 static void pr_str(FILE *fp, int indent, const char *title, const char *s)
 433 {
 434     pr_indent(fp, indent);
 435     fprintf(fp, "%-30s = %s\n", title, s);
 436 }
 437
 438 void pr_qm_opts(FILE *fp, int indent, const char *title, t_grpopts *opts)
 439 {
 440     int i, m, j;
 441
 442     fprintf(fp, "%s:\n", title);
 443
 444     pr_int(fp, indent, "ngQM", opts->ngQM);
 445     if (opts->ngQM > 0)
 446     {
 447         pr_ivec(fp, indent, "QMmethod", opts->QMmethod, opts->ngQM, FALSE);
 448         pr_ivec(fp, indent, "QMbasis", opts->QMbasis, opts->ngQM, FALSE);
 449         pr_ivec(fp, indent, "QMcharge", opts->QMcharge, opts->ngQM, FALSE);
 450         pr_ivec(fp, indent, "QMmult", opts->QMmult, opts->ngQM, FALSE);
 451         pr_bvec(fp, indent, "SH", opts->bSH, opts->ngQM, FALSE);
 452         pr_ivec(fp, indent, "CASorbitals", opts->CASorbitals, opts->ngQM, FALSE);
 453         pr_ivec(fp, indent, "CASelectrons", opts->CASelectrons, opts->ngQM, FALSE);
 454         pr_rvec(fp, indent, "SAon", opts->SAon, opts->ngQM, FALSE);
 455         pr_rvec(fp, indent, "SAoff", opts->SAoff, opts->ngQM, FALSE);
 456         pr_ivec(fp, indent, "SAsteps", opts->SAsteps, opts->ngQM, FALSE);
 457         pr_bvec(fp, indent, "bOPT", opts->bOPT, opts->ngQM, FALSE);
 458         pr_bvec(fp, indent, "bTS", opts->bTS, opts->ngQM, FALSE);
 459     }
 460 }
 461
 462 static void pr_grp_opts(FILE *out, int indent, const char *title, t_grpopts *opts,
 463                         gmx_bool bMDPformat)
 464 {
 465     int i, m, j;
 466
 467     if (!bMDPformat)
 468     {
 469         fprintf(out, "%s:\n", title);
 470     }
 471
 472     pr_indent(out, indent);
 473     fprintf(out, "nrdf%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 474     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 475     {
 476         fprintf(out, "  %10g", opts->nrdf[i]);
 477     }
 478     fprintf(out, "\n");
 479
 480     pr_indent(out, indent);
 481     fprintf(out, "ref-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 482     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 483     {
 484         fprintf(out, "  %10g", opts->ref_t[i]);
 485     }
 486     fprintf(out, "\n");
 487
 488     pr_indent(out, indent);
 489     fprintf(out, "tau-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 490     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 491     {
 492         fprintf(out, "  %10g", opts->tau_t[i]);
 493     }
 494     fprintf(out, "\n");
 495
 496     /* Pretty-print the simulated annealing info */
 497     fprintf(out, "annealing%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 498     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 499     {
 500         fprintf(out, "  %10s", EANNEAL(opts->annealing[i]));
 501     }
 502     fprintf(out, "\n");
 503
 504     fprintf(out, "annealing-npoints%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 505     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 506     {
 507         fprintf(out, "  %10d", opts->anneal_npoints[i]);
 508     }
 509     fprintf(out, "\n");
 510
 511     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 512     {
 513         if (opts->anneal_npoints[i] > 0)
 514         {
 515             fprintf(out, "annealing-time [%d]:\t", i);
 516             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 517             {
 518                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_time[i][j]);
 519             }
 520             fprintf(out, "\n");
 521             fprintf(out, "annealing-temp [%d]:\t", i);
 522             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 523             {
 524                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_temp[i][j]);
 525             }
 526             fprintf(out, "\n");
 527         }
 528     }
 529
 530     pr_indent(out, indent);
 531     fprintf(out, "acc:\t");
 532     for (i = 0; (i < opts->ngacc); i++)
 533     {
 534         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 535         {
 536             fprintf(out, "  %10g", opts->acc[i][m]);
 537         }
 538     }
 539     fprintf(out, "\n");
 540
 541     pr_indent(out, indent);
 542     fprintf(out, "nfreeze:");
 543     for (i = 0; (i < opts->ngfrz); i++)
 544     {
 545         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 546         {
 547             fprintf(out, "  %10s", opts->nFreeze[i][m] ? "Y" : "N");
 548         }
 549     }
 550     fprintf(out, "\n");
 551
 552
 553     for (i = 0; (i < opts->ngener); i++)
 554     {
 555         pr_indent(out, indent);
 556         fprintf(out, "energygrp-flags[%3d]:", i);
 557         for (m = 0; (m < opts->ngener); m++)
 558         {
 559             fprintf(out, " %d", opts->egp_flags[opts->ngener*i+m]);
 560         }
 561         fprintf(out, "\n");
 562     }
 563
 564     fflush(out);
 565 }
 566
 567 static void pr_matrix(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec *m,
 568                       gmx_bool bMDPformat)
 569 {
 570     if (bMDPformat)
 571     {
 572         fprintf(fp, "%-10s    = %g %g %g %g %g %g\n", title,
 573                 m[XX][XX], m[YY][YY], m[ZZ][ZZ], m[XX][YY], m[XX][ZZ], m[YY][ZZ]);
 574     }
 575     else
 576     {
 577         pr_rvecs(fp, indent, title, m, DIM);
 578     }
 579 }
 580
 581 static void pr_cosine(FILE *fp, int indent, const char *title, t_cosines *cos,
 582                       gmx_bool bMDPformat)
 583 {
 584     int j;
 585
 586     if (bMDPformat)
 587     {
 588         fprintf(fp, "%s = %d\n", title, cos->n);
 589     }
 590     else
 591     {
 592         indent = pr_title(fp, indent, title);
 593         (void) pr_indent(fp, indent);
 594         fprintf(fp, "n = %d\n", cos->n);
 595         if (cos->n > 0)
 596         {
 597             (void) pr_indent(fp, indent+2);
 598             fprintf(fp, "a =");
 599             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 600             {
 601                 fprintf(fp, " %e", cos->a[j]);
 602             }
 603             fprintf(fp, "\n");
 604             (void) pr_indent(fp, indent+2);
 605             fprintf(fp, "phi =");
 606             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 607             {
 608                 fprintf(fp, " %e", cos->phi[j]);
 609             }
 610             fprintf(fp, "\n");
 611         }
 612     }
 613 }
 614
 615 #define PS(t, s) pr_str(fp, indent, t, s)
 616 #define PI(t, s) pr_int(fp, indent, t, s)
 617 #define PSTEP(t, s) pr_int64(fp, indent, t, s)
 618 #define PR(t, s) pr_real(fp, indent, t, s)
 619 #define PD(t, s) pr_double(fp, indent, t, s)
 620
 621 static void pr_pull_group(FILE *fp, int indent, int g, t_pull_group *pgrp)
 622 {
 623     pr_indent(fp, indent);
 624     fprintf(fp, "pull-group %d:\n", g);
 625     indent += 2;
 626     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", pgrp->ind, pgrp->nat, TRUE);
 627     pr_rvec(fp, indent, "weight", pgrp->weight, pgrp->nweight, TRUE);
 628     PI("pbcatom", pgrp->pbcatom);
 629 }
 630
 631 static void pr_pull_coord(FILE *fp, int indent, int c, t_pull_coord *pcrd)
 632 {
 633     pr_indent(fp, indent);
 634     fprintf(fp, "pull-coord %d:\n", c);
 635     PI("group[0]", pcrd->group[0]);
 636     PI("group[1]", pcrd->group[1]);
 637     pr_rvec(fp, indent, "origin", pcrd->origin, DIM, TRUE);
 638     pr_rvec(fp, indent, "vec", pcrd->vec, DIM, TRUE);
 639     PR("init", pcrd->init);
 640     PR("rate", pcrd->rate);
 641     PR("k", pcrd->k);
 642     PR("kB", pcrd->kB);
 643 }
 644
 645 static void pr_simtempvals(FILE *fp, int indent, t_simtemp *simtemp, int n_lambda)
 646 {
 647     PS("simulated-tempering-scaling", ESIMTEMP(simtemp->eSimTempScale));
 648     PR("sim-temp-low", simtemp->simtemp_low);
 649     PR("sim-temp-high", simtemp->simtemp_high);
 650     pr_rvec(fp, indent, "simulated tempering temperatures", simtemp->temperatures, n_lambda, TRUE);
 651 }
 652
 653 static void pr_expandedvals(FILE *fp, int indent, t_expanded *expand, int n_lambda)
 654 {
 655
 656     PI("nstexpanded", expand->nstexpanded);
 657     PS("lmc-stats", elamstats_names[expand->elamstats]);
 658     PS("lmc-move", elmcmove_names[expand->elmcmove]);
 659     PS("lmc-weights-equil", elmceq_names[expand->elmceq]);
 660     if (expand->elmceq == elmceqNUMATLAM)
 661     {
 662         PI("weight-equil-number-all-lambda", expand->equil_n_at_lam);
 663     }
 664     if (expand->elmceq == elmceqSAMPLES)
 665     {
 666         PI("weight-equil-number-samples", expand->equil_samples);
 667     }
 668     if (expand->elmceq == elmceqSTEPS)
 669     {
 670         PI("weight-equil-number-steps", expand->equil_steps);
 671     }
 672     if (expand->elmceq == elmceqWLDELTA)
 673     {
 674         PR("weight-equil-wl-delta", expand->equil_wl_delta);
 675     }
 676     if (expand->elmceq == elmceqRATIO)
 677     {
 678         PR("weight-equil-count-ratio", expand->equil_ratio);
 679     }
 680     PI("lmc-seed", expand->lmc_seed);
 681     PR("mc-temperature", expand->mc_temp);
 682     PI("lmc-repeats", expand->lmc_repeats);
 683     PI("lmc-gibbsdelta", expand->gibbsdeltalam);
 684     PI("lmc-forced-nstart", expand->lmc_forced_nstart);
 685     PS("symmetrized-transition-matrix", EBOOL(expand->bSymmetrizedTMatrix));
 686     PI("nst-transition-matrix", expand->nstTij);
 687     PI("mininum-var-min", expand->minvarmin); /*default is reasonable */
 688     PI("weight-c-range", expand->c_range);    /* default is just C=0 */
 689     PR("wl-scale", expand->wl_scale);
 690     PR("wl-ratio", expand->wl_ratio);
 691     PR("init-wl-delta", expand->init_wl_delta);
 692     PS("wl-oneovert", EBOOL(expand->bWLoneovert));
 693
 694     pr_indent(fp, indent);
 695     pr_rvec(fp, indent, "init-lambda-weights", expand->init_lambda_weights, n_lambda, TRUE);
 696     PS("init-weights", EBOOL(expand->bInit_weights));
 697 }
 698
 699 static void pr_fepvals(FILE *fp, int indent, t_lambda *fep, gmx_bool bMDPformat)
 700 {
 701     int i, j;
 702
 703     PR("init-lambda", fep->init_lambda);
 704     PI("init-lambda-state", fep->init_fep_state);
 705     PR("delta-lambda", fep->delta_lambda);
 706     PI("nstdhdl", fep->nstdhdl);
 707
 708     if (!bMDPformat)
 709     {
 710         PI("n-lambdas", fep->n_lambda);
 711     }
 712     if (fep->n_lambda > 0)
 713     {
 714         pr_indent(fp, indent);
 715         fprintf(fp, "separate-dvdl%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 716         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 717         {
 718             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 719             if (fep->separate_dvdl[i])
 720             {
 721                 fprintf(fp, "  TRUE");
 722             }
 723             else
 724             {
 725                 fprintf(fp, "  FALSE");
 726             }
 727             fprintf(fp, "\n");
 728         }
 729         fprintf(fp, "all-lambdas%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 730         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 731         {
 732             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 733             for (j = 0; j < fep->n_lambda; j++)
 734             {
 735                 fprintf(fp, "  %10g", fep->all_lambda[i][j]);
 736             }
 737             fprintf(fp, "\n");
 738         }
 739     }
 740     PI("calc-lambda-neighbors", fep->lambda_neighbors);
 741     PS("dhdl-print-energy", edHdLPrintEnergy_names[fep->edHdLPrintEnergy]);
 742     PR("sc-alpha", fep->sc_alpha);
 743     PI("sc-power", fep->sc_power);
 744     PR("sc-r-power", fep->sc_r_power);
 745     PR("sc-sigma", fep->sc_sigma);
 746     PR("sc-sigma-min", fep->sc_sigma_min);
 747     PS("sc-coul", EBOOL(fep->bScCoul));
 748     PI("dh-hist-size", fep->dh_hist_size);
 749     PD("dh-hist-spacing", fep->dh_hist_spacing);
 750     PS("separate-dhdl-file", SEPDHDLFILETYPE(fep->separate_dhdl_file));
 751     PS("dhdl-derivatives", DHDLDERIVATIVESTYPE(fep->dhdl_derivatives));
 752 };
 753
 754 static void pr_pull(FILE *fp, int indent, t_pull *pull)
 755 {
 756     int g;
 757
 758     PS("pull-geometry", EPULLGEOM(pull->eGeom));
 759     pr_ivec(fp, indent, "pull-dim", pull->dim, DIM, TRUE);
 760     PR("pull-r1", pull->cyl_r1);
 761     PR("pull-r0", pull->cyl_r0);
 762     PR("pull-constr-tol", pull->constr_tol);
 763     PS("pull-print-reference", EBOOL(pull->bPrintRef));
 764     PI("pull-nstxout", pull->nstxout);
 765     PI("pull-nstfout", pull->nstfout);
 766     PI("pull-ngroups", pull->ngroup);
 767     for (g = 0; g < pull->ngroup; g++)
 768     {
 769         pr_pull_group(fp, indent, g, &pull->group[g]);
 770     }
 771     PI("pull-ncoords", pull->ncoord);
 772     for (g = 0; g < pull->ncoord; g++)
 773     {
 774         pr_pull_coord(fp, indent, g, &pull->coord[g]);
 775     }
 776 }
 777
 778 static void pr_rotgrp(FILE *fp, int indent, int g, t_rotgrp *rotg)
 779 {
 780     pr_indent(fp, indent);
 781     fprintf(fp, "rot-group %d:\n", g);
 782     indent += 2;
 783     PS("rot-type", EROTGEOM(rotg->eType));
 784     PS("rot-massw", EBOOL(rotg->bMassW));
 785     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", rotg->ind, rotg->nat, TRUE);
 786     pr_rvecs(fp, indent, "x-ref", rotg->x_ref, rotg->nat);
 787     pr_rvec(fp, indent, "rot-vec", rotg->vec, DIM, TRUE);
 788     pr_rvec(fp, indent, "rot-pivot", rotg->pivot, DIM, TRUE);
 789     PR("rot-rate", rotg->rate);
 790     PR("rot-k", rotg->k);
 791     PR("rot-slab-dist", rotg->slab_dist);
 792     PR("rot-min-gauss", rotg->min_gaussian);
 793     PR("rot-eps", rotg->eps);
 794     PS("rot-fit-method", EROTFIT(rotg->eFittype));
 795     PI("rot_potfit_nstep", rotg->PotAngle_nstep);
 796     PR("rot_potfit_step", rotg->PotAngle_step);
 797 }
 798
 799 static void pr_rot(FILE *fp, int indent, t_rot *rot)
 800 {
 801     int g;
 802
 803     PI("rot-nstrout", rot->nstrout);
 804     PI("rot-nstsout", rot->nstsout);
 805     PI("rot-ngroups", rot->ngrp);
 806     for (g = 0; g < rot->ngrp; g++)
 807     {
 808         pr_rotgrp(fp, indent, g, &rot->grp[g]);
 809     }
 810 }
 811
 812
 813 static void pr_swap(FILE *fp, int indent, t_swapcoords *swap)
 814 {
 815     int  i, j;
 816     char str[STRLEN];
 817
 818
 819     PI("swap-frequency", swap->nstswap);
 820     for (j = 0; j < 2; j++)
 821     {
 822         sprintf(str, "massw_split%d", j);
 823         PS(str, EBOOL(swap->massw_split[j]));
 824         sprintf(str, "split atoms group %d", j);
 825         pr_ivec_block(fp, indent, str, swap->ind_split[j], swap->nat_split[j], TRUE);
 826     }
 827     pr_ivec_block(fp, indent, "swap atoms", swap->ind, swap->nat, TRUE);
 828     pr_ivec_block(fp, indent, "solvent atoms", swap->ind_sol, swap->nat_sol, TRUE);
 829     PR("cyl0-r", swap->cyl0r);
 830     PR("cyl0-up", swap->cyl0u);
 831     PR("cyl0-down", swap->cyl0l);
 832     PR("cyl1-r", swap->cyl1r);
 833     PR("cyl1-up", swap->cyl1u);
 834     PR("cyl1-down", swap->cyl1l);
 835     PI("coupl-steps", swap->nAverage);
 836     for (j = 0; j < 2; j++)
 837     {
 838         sprintf(str, "anions%c", j+'A');
 839         PI(str, swap->nanions[j]);
 840         sprintf(str, "cations%c", j+'A');
 841         PI(str, swap->ncations[j]);
 842     }
 843     PR("threshold", swap->threshold);
 844 }
 845
 846
 847 static void pr_imd(FILE *fp, int indent, t_IMD *imd)
 848 {
 849     PI("IMD-atoms", imd->nat);
 850     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", imd->ind, imd->nat, TRUE);
 851 }
 852
 853
 854 void pr_inputrec(FILE *fp, int indent, const char *title, t_inputrec *ir,
 855                  gmx_bool bMDPformat)
 856 {
 857     const char *infbuf = "inf";
 858     int         i;
 859
 860     if (available(fp, ir, indent, title))
 861     {
 862         if (!bMDPformat)
 863         {
 864             indent = pr_title(fp, indent, title);
 865         }
 866         /* Try to make this list appear in the same order as the
 867          * options are written in the default mdout.mdp, and with
 868          * the same user-exposed names to facilitate debugging.
 869          */
 870         PS("integrator", EI(ir->eI));
 871         PR("tinit", ir->init_t);
 872         PR("dt", ir->delta_t);
 873         PSTEP("nsteps", ir->nsteps);
 874         PSTEP("init-step", ir->init_step);
 875         PI("simulation-part", ir->simulation_part);
 876         PS("comm-mode", ECOM(ir->comm_mode));
 877         PI("nstcomm", ir->nstcomm);
 878
 879         /* Langevin dynamics */
 880         PR("bd-fric", ir->bd_fric);
 881         PSTEP("ld-seed", ir->ld_seed);
 882
 883         /* Energy minimization */
 884         PR("emtol", ir->em_tol);
 885         PR("emstep", ir->em_stepsize);
 886         PI("niter", ir->niter);
 887         PR("fcstep", ir->fc_stepsize);
 888         PI("nstcgsteep", ir->nstcgsteep);
 889         PI("nbfgscorr", ir->nbfgscorr);
 890
 891         /* Test particle insertion */
 892         PR("rtpi", ir->rtpi);
 893
 894         /* Output control */
 895         PI("nstxout", ir->nstxout);
 896         PI("nstvout", ir->nstvout);
 897         PI("nstfout", ir->nstfout);
 898         PI("nstlog", ir->nstlog);
 899         PI("nstcalcenergy", ir->nstcalcenergy);
 900         PI("nstenergy", ir->nstenergy);
 901         PI("nstxout-compressed", ir->nstxout_compressed);
 902         PR("compressed-x-precision", ir->x_compression_precision);
 903
 904         /* Neighborsearching parameters */
 905         PS("cutoff-scheme", ECUTSCHEME(ir->cutoff_scheme));
 906         PI("nstlist", ir->nstlist);
 907         PS("ns-type", ENS(ir->ns_type));
 908         PS("pbc", EPBC(ir->ePBC));
 909         PS("periodic-molecules", EBOOL(ir->bPeriodicMols));
 910         PR("verlet-buffer-tolerance", ir->verletbuf_tol);
 911         PR("rlist", ir->rlist);
 912         PR("rlistlong", ir->rlistlong);
 913         PR("nstcalclr", ir->nstcalclr);
 914
 915         /* Options for electrostatics and VdW */
 916         PS("coulombtype", EELTYPE(ir->coulombtype));
 917         PS("coulomb-modifier", INTMODIFIER(ir->coulomb_modifier));
 918         PR("rcoulomb-switch", ir->rcoulomb_switch);
 919         PR("rcoulomb", ir->rcoulomb);
 920         if (ir->epsilon_r != 0)
 921         {
 922             PR("epsilon-r", ir->epsilon_r);
 923         }
 924         else
 925         {
 926             PS("epsilon-r", infbuf);
 927         }
 928         if (ir->epsilon_rf != 0)
 929         {
 930             PR("epsilon-rf", ir->epsilon_rf);
 931         }
 932         else
 933         {
 934             PS("epsilon-rf", infbuf);
 935         }
 936         PS("vdw-type", EVDWTYPE(ir->vdwtype));
 937         PS("vdw-modifier", INTMODIFIER(ir->vdw_modifier));
 938         PR("rvdw-switch", ir->rvdw_switch);
 939         PR("rvdw", ir->rvdw);
 940         PS("DispCorr", EDISPCORR(ir->eDispCorr));
 941         PR("table-extension", ir->tabext);
 942
 943         PR("fourierspacing", ir->fourier_spacing);
 944         PI("fourier-nx", ir->nkx);
 945         PI("fourier-ny", ir->nky);
 946         PI("fourier-nz", ir->nkz);
 947         PI("pme-order", ir->pme_order);
 948         PR("ewald-rtol", ir->ewald_rtol);
 949         PR("ewald-rtol-lj", ir->ewald_rtol_lj);
 950         PS("lj-pme-comb-rule", ELJPMECOMBNAMES(ir->ljpme_combination_rule));
 951         PR("ewald-geometry", ir->ewald_geometry);
 952         PR("epsilon-surface", ir->epsilon_surface);
 953
 954         /* Implicit solvent */
 955         PS("implicit-solvent", EIMPLICITSOL(ir->implicit_solvent));
 956
 957         /* Generalized born electrostatics */
 958         PS("gb-algorithm", EGBALGORITHM(ir->gb_algorithm));
 959         PI("nstgbradii", ir->nstgbradii);
 960         PR("rgbradii", ir->rgbradii);
 961         PR("gb-epsilon-solvent", ir->gb_epsilon_solvent);
 962         PR("gb-saltconc", ir->gb_saltconc);
 963         PR("gb-obc-alpha", ir->gb_obc_alpha);
 964         PR("gb-obc-beta", ir->gb_obc_beta);
 965         PR("gb-obc-gamma", ir->gb_obc_gamma);
 966         PR("gb-dielectric-offset", ir->gb_dielectric_offset);
 967         PS("sa-algorithm", ESAALGORITHM(ir->gb_algorithm));
 968         PR("sa-surface-tension", ir->sa_surface_tension);
 969
 970         /* Options for weak coupling algorithms */
 971         PS("tcoupl", ETCOUPLTYPE(ir->etc));
 972         PI("nsttcouple", ir->nsttcouple);
 973         PI("nh-chain-length", ir->opts.nhchainlength);
 974         PS("print-nose-hoover-chain-variables", EBOOL(ir->bPrintNHChains));
 975
 976         PS("pcoupl", EPCOUPLTYPE(ir->epc));
 977         PS("pcoupltype", EPCOUPLTYPETYPE(ir->epct));
 978         PI("nstpcouple", ir->nstpcouple);
 979         PR("tau-p", ir->tau_p);
 980         pr_matrix(fp, indent, "compressibility", ir->compress, bMDPformat);
 981         pr_matrix(fp, indent, "ref-p", ir->ref_p, bMDPformat);
 982         PS("refcoord-scaling", EREFSCALINGTYPE(ir->refcoord_scaling));
 983
 984         if (bMDPformat)
 985         {
 986             fprintf(fp, "posres-com  = %g %g %g\n", ir->posres_com[XX],
 987                     ir->posres_com[YY], ir->posres_com[ZZ]);
 988             fprintf(fp, "posres-comB = %g %g %g\n", ir->posres_comB[XX],
 989                     ir->posres_comB[YY], ir->posres_comB[ZZ]);
 990         }
 991         else
 992         {
 993             pr_rvec(fp, indent, "posres-com", ir->posres_com, DIM, TRUE);
 994             pr_rvec(fp, indent, "posres-comB", ir->posres_comB, DIM, TRUE);
 995         }
 996
 997         /* QMMM */
 998         PS("QMMM", EBOOL(ir->bQMMM));
 999         PI("QMconstraints", ir->QMconstraints);
1000         PI("QMMMscheme", ir->QMMMscheme);
1001         PR("MMChargeScaleFactor", ir->scalefactor);
1002         pr_qm_opts(fp, indent, "qm-opts", &(ir->opts));
1003
1004         /* CONSTRAINT OPTIONS */
1005         PS("constraint-algorithm", ECONSTRTYPE(ir->eConstrAlg));
1006         PS("continuation", EBOOL(ir->bContinuation));
1007
1008         PS("Shake-SOR", EBOOL(ir->bShakeSOR));
1009         PR("shake-tol", ir->shake_tol);
1010         PI("lincs-order", ir->nProjOrder);
1011         PI("lincs-iter", ir->nLincsIter);
1012         PR("lincs-warnangle", ir->LincsWarnAngle);
1013
1014         /* Walls */
1015         PI("nwall", ir->nwall);
1016         PS("wall-type", EWALLTYPE(ir->wall_type));
1017         PR("wall-r-linpot", ir->wall_r_linpot);
1018         /* wall-atomtype */
1019         PI("wall-atomtype[0]", ir->wall_atomtype[0]);
1020         PI("wall-atomtype[1]", ir->wall_atomtype[1]);
1021         /* wall-density */
1022         PR("wall-density[0]", ir->wall_density[0]);
1023         PR("wall-density[1]", ir->wall_density[1]);
1024         PR("wall-ewald-zfac", ir->wall_ewald_zfac);
1025
1026         /* COM PULLING */
1027         PS("pull", EPULLTYPE(ir->ePull));
1028         if (ir->ePull != epullNO)
1029         {
1030             pr_pull(fp, indent, ir->pull);
1031         }
1032
1033         /* ENFORCED ROTATION */
1034         PS("rotation", EBOOL(ir->bRot));
1035         if (ir->bRot)
1036         {
1037             pr_rot(fp, indent, ir->rot);
1038         }
1039
1040         /* INTERACTIVE MD */
1041         PS("interactiveMD", EBOOL(ir->bIMD));
1042         if (ir->bIMD)
1043         {
1044             pr_imd(fp, indent, ir->imd);
1045         }
1046
1047         /* NMR refinement stuff */
1048         PS("disre", EDISRETYPE(ir->eDisre));
1049         PS("disre-weighting", EDISREWEIGHTING(ir->eDisreWeighting));
1050         PS("disre-mixed", EBOOL(ir->bDisreMixed));
1051         PR("dr-fc", ir->dr_fc);
1052         PR("dr-tau", ir->dr_tau);
1053         PR("nstdisreout", ir->nstdisreout);
1054
1055         PR("orire-fc", ir->orires_fc);
1056         PR("orire-tau", ir->orires_tau);
1057         PR("nstorireout", ir->nstorireout);
1058
1059         /* FREE ENERGY VARIABLES */
1060         PS("free-energy", EFEPTYPE(ir->efep));
1061         if (ir->efep != efepNO || ir->bSimTemp)
1062         {
1063             pr_fepvals(fp, indent, ir->fepvals, bMDPformat);
1064         }
1065         if (ir->bExpanded)
1066         {
1067             pr_expandedvals(fp, indent, ir->expandedvals, ir->fepvals->n_lambda);
1068         }
1069
1070         /* NON-equilibrium MD stuff */
1071         PR("cos-acceleration", ir->cos_accel);
1072         pr_matrix(fp, indent, "deform", ir->deform, bMDPformat);
1073
1074         /* SIMULATED TEMPERING */
1075         PS("simulated-tempering", EBOOL(ir->bSimTemp));
1076         if (ir->bSimTemp)
1077         {
1078             pr_simtempvals(fp, indent, ir->simtempvals, ir->fepvals->n_lambda);
1079         }
1080
1081         /* ELECTRIC FIELDS */
1082         pr_cosine(fp, indent, "E-x", &(ir->ex[XX]), bMDPformat);
1083         pr_cosine(fp, indent, "E-xt", &(ir->et[XX]), bMDPformat);
1084         pr_cosine(fp, indent, "E-y", &(ir->ex[YY]), bMDPformat);
1085         pr_cosine(fp, indent, "E-yt", &(ir->et[YY]), bMDPformat);
1086         pr_cosine(fp, indent, "E-z", &(ir->ex[ZZ]), bMDPformat);
1087         pr_cosine(fp, indent, "E-zt", &(ir->et[ZZ]), bMDPformat);
1088
1089         /* ION/WATER SWAPPING FOR COMPUTATIONAL ELECTROPHYSIOLOGY */
1090         PS("swapcoords", ESWAPTYPE(ir->eSwapCoords));
1091         if (ir->eSwapCoords != eswapNO)
1092         {
1093             pr_swap(fp, indent, ir->swap);
1094         }
1095
1096         /* AdResS PARAMETERS */
1097         PS("adress", EBOOL(ir->bAdress));
1098         if (ir->bAdress)
1099         {
1100             PS("adress-type", EADRESSTYPE(ir->adress->type));
1101             PR("adress-const-wf", ir->adress->const_wf);
1102             PR("adress-ex-width", ir->adress->ex_width);
1103             PR("adress-hy-width", ir->adress->hy_width);
1104             PR("adress-ex-forcecap", ir->adress->ex_forcecap);
1105             PS("adress-interface-correction", EADRESSICTYPE(ir->adress->icor));
1106             PS("adress-site", EADRESSSITETYPE(ir->adress->site));
1107             pr_rvec(fp, indent, "adress-reference-coords", ir->adress->refs, DIM, TRUE);
1108             PS("adress-do-hybridpairs", EBOOL(ir->adress->do_hybridpairs));
1109         }
1110
1111         /* USER-DEFINED THINGIES */
1112         PI("userint1", ir->userint1);
1113         PI("userint2", ir->userint2);
1114         PI("userint3", ir->userint3);
1115         PI("userint4", ir->userint4);
1116         PR("userreal1", ir->userreal1);
1117         PR("userreal2", ir->userreal2);
1118         PR("userreal3", ir->userreal3);
1119         PR("userreal4", ir->userreal4);
1120
1121         pr_grp_opts(fp, indent, "grpopts", &(ir->opts), bMDPformat);
1122     }
1123 }
1124 #undef PS
1125 #undef PR
1126 #undef PI
1127
1128 static void pr_harm(FILE *fp, t_iparams *iparams, const char *r, const char *kr)
1129 {
1130     fprintf(fp, "%sA=%12.5e, %sA=%12.5e, %sB=%12.5e, %sB=%12.5e\n",
1131             r, iparams->harmonic.rA, kr, iparams->harmonic.krA,
1132             r, iparams->harmonic.rB, kr, iparams->harmonic.krB);
1133 }
1134
1135 void pr_iparams(FILE *fp, t_functype ftype, t_iparams *iparams)
1136 {
1137     int  i;
1138     real VA[4], VB[4], *rbcA, *rbcB;
1139
1140     switch (ftype)
1141     {
1142         case F_ANGLES:
1143         case F_G96ANGLES:
1144             pr_harm(fp, iparams, "th", "ct");
1145             break;
1146         case F_CROSS_BOND_BONDS:
1147             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r2e=%15.8e, krr=%15.8e\n",
1148                     iparams->cross_bb.r1e, iparams->cross_bb.r2e,
1149                     iparams->cross_bb.krr);
1150             break;
1151         case F_CROSS_BOND_ANGLES:
1152             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r1e=%15.8e, r3e=%15.8e, krt=%15.8e\n",
1153                     iparams->cross_ba.r1e, iparams->cross_ba.r2e,
1154                     iparams->cross_ba.r3e, iparams->cross_ba.krt);
1155             break;
1156         case F_LINEAR_ANGLES:
1157             fprintf(fp, "klinA=%15.8e, aA=%15.8e, klinB=%15.8e, aB=%15.8e\n",
1158                     iparams->linangle.klinA, iparams->linangle.aA,
1159                     iparams->linangle.klinB, iparams->linangle.aB);
1160             break;
1161         case F_UREY_BRADLEY:
1162             fprintf(fp, "thetaA=%15.8e, kthetaA=%15.8e, r13A=%15.8e, kUBA=%15.8e, thetaB=%15.8e, kthetaB=%15.8e, r13B=%15.8e, kUBB=%15.8e\n", iparams->u_b.thetaA, iparams->u_b.kthetaA, iparams->u_b.r13A, iparams->u_b.kUBA, iparams->u_b.thetaB, iparams->u_b.kthetaB, iparams->u_b.r13B, iparams->u_b.kUBB);
1163             break;
1164         case F_QUARTIC_ANGLES:
1165             fprintf(fp, "theta=%15.8e", iparams->qangle.theta);
1166             for (i = 0; i < 5; i++)
1167             {
1168                 fprintf(fp, ", c%c=%15.8e", '0'+i, iparams->qangle.c[i]);
1169             }
1170             fprintf(fp, "\n");
1171             break;
1172         case F_BHAM:
1173             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
1174                     iparams->bham.a, iparams->bham.b, iparams->bham.c);
1175             break;
1176         case F_BONDS:
1177         case F_G96BONDS:
1178         case F_HARMONIC:
1179             pr_harm(fp, iparams, "b0", "cb");
1180             break;
1181         case F_IDIHS:
1182             pr_harm(fp, iparams, "xi", "cx");
1183             break;
1184         case F_MORSE:
1185             fprintf(fp, "b0A=%15.8e, cbA=%15.8e, betaA=%15.8e, b0B=%15.8e, cbB=%15.8e, betaB=%15.8e\n",
1186                     iparams->morse.b0A, iparams->morse.cbA, iparams->morse.betaA,
1187                     iparams->morse.b0B, iparams->morse.cbB, iparams->morse.betaB);
1188             break;
1189         case F_CUBICBONDS:
1190             fprintf(fp, "b0=%15.8e, kb=%15.8e, kcub=%15.8e\n",
1191                     iparams->cubic.b0, iparams->cubic.kb, iparams->cubic.kcub);
1192             break;
1193         case F_CONNBONDS:
1194             fprintf(fp, "\n");
1195             break;
1196         case F_FENEBONDS:
1197             fprintf(fp, "bm=%15.8e, kb=%15.8e\n", iparams->fene.bm, iparams->fene.kb);
1198             break;
1199         case F_RESTRBONDS:
1200             fprintf(fp, "lowA=%15.8e, up1A=%15.8e, up2A=%15.8e, kA=%15.8e, lowB=%15.8e, up1B=%15.8e, up2B=%15.8e, kB=%15.8e,\n",
1201                     iparams->restraint.lowA, iparams->restraint.up1A,
1202                     iparams->restraint.up2A, iparams->restraint.kA,
1203                     iparams->restraint.lowB, iparams->restraint.up1B,
1204                     iparams->restraint.up2B, iparams->restraint.kB);
1205             break;
1206         case F_TABBONDS:
1207         case F_TABBONDSNC:
1208         case F_TABANGLES:
1209         case F_TABDIHS:
1210             fprintf(fp, "tab=%d, kA=%15.8e, kB=%15.8e\n",
1211                     iparams->tab.table, iparams->tab.kA, iparams->tab.kB);
1212             break;
1213         case F_POLARIZATION:
1214             fprintf(fp, "alpha=%15.8e\n", iparams->polarize.alpha);
1215             break;
1216         case F_ANHARM_POL:
1217             fprintf(fp, "alpha=%15.8e drcut=%15.8e khyp=%15.8e\n",
1218                     iparams->anharm_polarize.alpha,
1219                     iparams->anharm_polarize.drcut,
1220                     iparams->anharm_polarize.khyp);
1221             break;
1222         case F_THOLE_POL:
1223             fprintf(fp, "a=%15.8e, alpha1=%15.8e, alpha2=%15.8e, rfac=%15.8e\n",
1224                     iparams->thole.a, iparams->thole.alpha1, iparams->thole.alpha2,
1225                     iparams->thole.rfac);
1226             break;
1227         case F_WATER_POL:
1228             fprintf(fp, "al_x=%15.8e, al_y=%15.8e, al_z=%15.8e, rOH=%9.6f, rHH=%9.6f, rOD=%9.6f\n",
1229                     iparams->wpol.al_x, iparams->wpol.al_y, iparams->wpol.al_z,
1230                     iparams->wpol.rOH, iparams->wpol.rHH, iparams->wpol.rOD);
1231             break;
1232         case F_LJ:
1233             fprintf(fp, "c6=%15.8e, c12=%15.8e\n", iparams->lj.c6, iparams->lj.c12);
1234             break;
1235         case F_LJ14:
1236             fprintf(fp, "c6A=%15.8e, c12A=%15.8e, c6B=%15.8e, c12B=%15.8e\n",
1237                     iparams->lj14.c6A, iparams->lj14.c12A,
1238                     iparams->lj14.c6B, iparams->lj14.c12B);
1239             break;
1240         case F_LJC14_Q:
1241             fprintf(fp, "fqq=%15.8e, qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1242                     iparams->ljc14.fqq,
1243                     iparams->ljc14.qi, iparams->ljc14.qj,
1244                     iparams->ljc14.c6, iparams->ljc14.c12);
1245             break;
1246         case F_LJC_PAIRS_NB:
1247             fprintf(fp, "qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1248                     iparams->ljcnb.qi, iparams->ljcnb.qj,
1249                     iparams->ljcnb.c6, iparams->ljcnb.c12);
1250             break;
1251         case F_PDIHS:
1252         case F_PIDIHS:
1253         case F_ANGRES:
1254         case F_ANGRESZ:
1255             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, cpA=%15.8e, phiB=%15.8e, cpB=%15.8e, mult=%d\n",
1256                     iparams->pdihs.phiA, iparams->pdihs.cpA,
1257                     iparams->pdihs.phiB, iparams->pdihs.cpB,
1258                     iparams->pdihs.mult);
1259             break;
1260         case F_DISRES:
1261             fprintf(fp, "label=%4d, type=%1d, low=%15.8e, up1=%15.8e, up2=%15.8e, fac=%15.8e)\n",
1262                     iparams->disres.label, iparams->disres.type,
1263                     iparams->disres.low, iparams->disres.up1,
1264                     iparams->disres.up2, iparams->disres.kfac);
1265             break;
1266         case F_ORIRES:
1267             fprintf(fp, "ex=%4d, label=%d, power=%4d, c=%15.8e, obs=%15.8e, kfac=%15.8e)\n",
1268                     iparams->orires.ex, iparams->orires.label, iparams->orires.power,
1269                     iparams->orires.c, iparams->orires.obs, iparams->orires.kfac);
1270             break;
1271         case F_DIHRES:
1272             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, dphiA=%15.8e, kfacA=%15.8e, phiB=%15.8e, dphiB=%15.8e, kfacB=%15.8e\n",
1273                     iparams->dihres.phiA, iparams->dihres.dphiA, iparams->dihres.kfacA,
1274                     iparams->dihres.phiB, iparams->dihres.dphiB, iparams->dihres.kfacB);
1275             break;
1276         case F_POSRES:
1277             fprintf(fp, "pos0A=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcA=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), pos0B=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcB=(%15.8e,%15.8e,%15.8e)\n",
1278                     iparams->posres.pos0A[XX], iparams->posres.pos0A[YY],
1279                     iparams->posres.pos0A[ZZ], iparams->posres.fcA[XX],
1280                     iparams->posres.fcA[YY], iparams->posres.fcA[ZZ],
1281                     iparams->posres.pos0B[XX], iparams->posres.pos0B[YY],
1282                     iparams->posres.pos0B[ZZ], iparams->posres.fcB[XX],
1283                     iparams->posres.fcB[YY], iparams->posres.fcB[ZZ]);
1284             break;
1285         case F_FBPOSRES:
1286             fprintf(fp, "pos0=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), geometry=%d, r=%15.8e, k=%15.8e\n",
1287                     iparams->fbposres.pos0[XX], iparams->fbposres.pos0[YY],
1288                     iparams->fbposres.pos0[ZZ], iparams->fbposres.geom,
1289                     iparams->fbposres.r,        iparams->fbposres.k);
1290             break;
1291         case F_RBDIHS:
1292             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1293             {
1294                 fprintf(fp, "%srbcA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcA[i]);
1295             }
1296             fprintf(fp, "\n");
1297             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1298             {
1299                 fprintf(fp, "%srbcB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcB[i]);
1300             }
1301             fprintf(fp, "\n");
1302             break;
1303         case F_FOURDIHS:
1304             /* Use the OPLS -> Ryckaert-Bellemans formula backwards to get the
1305              * OPLS potential constants back.
1306              */
1307             rbcA = iparams->rbdihs.rbcA;
1308             rbcB = iparams->rbdihs.rbcB;
1309
1310             VA[3] = -0.25*rbcA[4];
1311             VA[2] = -0.5*rbcA[3];
1312             VA[1] = 4.0*VA[3]-rbcA[2];
1313             VA[0] = 3.0*VA[2]-2.0*rbcA[1];
1314
1315             VB[3] = -0.25*rbcB[4];
1316             VB[2] = -0.5*rbcB[3];
1317             VB[1] = 4.0*VB[3]-rbcB[2];
1318             VB[0] = 3.0*VB[2]-2.0*rbcB[1];
1319
1320             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1321             {
1322                 fprintf(fp, "%sFourA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VA[i]);
1323             }
1324             fprintf(fp, "\n");
1325             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1326             {
1327                 fprintf(fp, "%sFourB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VB[i]);
1328             }
1329             fprintf(fp, "\n");
1330             break;
1331
1332         case F_CONSTR:
1333         case F_CONSTRNC:
1334             fprintf(fp, "dA=%15.8e, dB=%15.8e\n", iparams->constr.dA, iparams->constr.dB);
1335             break;
1336         case F_SETTLE:
1337             fprintf(fp, "doh=%15.8e, dhh=%15.8e\n", iparams->settle.doh,
1338                     iparams->settle.dhh);
1339             break;
1340         case F_VSITE2:
1341             fprintf(fp, "a=%15.8e\n", iparams->vsite.a);
1342             break;
1343         case F_VSITE3:
1344         case F_VSITE3FD:
1345         case F_VSITE3FAD:
1346             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e\n", iparams->vsite.a, iparams->vsite.b);
1347             break;
1348         case F_VSITE3OUT:
1349         case F_VSITE4FD:
1350         case F_VSITE4FDN:
1351             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
1352                     iparams->vsite.a, iparams->vsite.b, iparams->vsite.c);
1353             break;
1354         case F_VSITEN:
1355             fprintf(fp, "n=%2d, a=%15.8e\n", iparams->vsiten.n, iparams->vsiten.a);
1356             break;
1357         case F_GB12:
1358         case F_GB13:
1359         case F_GB14:
1360             fprintf(fp, "sar=%15.8e, st=%15.8e, pi=%15.8e, gbr=%15.8e, bmlt=%15.8e\n", iparams->gb.sar, iparams->gb.st, iparams->gb.pi, iparams->gb.gbr, iparams->gb.bmlt);
1361             break;
1362         case F_CMAP:
1363             fprintf(fp, "cmapA=%1d, cmapB=%1d\n", iparams->cmap.cmapA, iparams->cmap.cmapB);
1364             break;
1365         case  F_RESTRANGLES:
1366             pr_harm(fp, iparams, "ktheta", "costheta0");
1367             break;
1368         case  F_RESTRDIHS:
1369             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, cpA=%15.8e",
1370                     iparams->pdihs.phiA, iparams->pdihs.cpA);
1371             break;
1372         case  F_CBTDIHS:
1373             fprintf(fp, "kphi=%15.8e", iparams->cbtdihs.cbtcA[0]);
1374             for (i = 1; i < NR_CBTDIHS; i++)
1375             {
1376                 fprintf(fp, ", cbtcA[%d]=%15.8e", i-1, iparams->cbtdihs.cbtcA[i]);
1377             }
1378             fprintf(fp, "\n");
1379             break;
1380         default:
1381             gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d (%s) in %s line %d",
1382                       ftype, interaction_function[ftype].name, __FILE__, __LINE__);
1383     }
1384 }
1385
1386 void pr_ilist(FILE *fp, int indent, const char *title,
1387               t_functype *functype, t_ilist *ilist, gmx_bool bShowNumbers)
1388 {
1389     int      i, j, k, type, ftype;
1390     t_iatom *iatoms;
1391
1392     if (available(fp, ilist, indent, title) && ilist->nr > 0)
1393     {
1394         indent = pr_title(fp, indent, title);
1395         (void) pr_indent(fp, indent);
1396         fprintf(fp, "nr: %d\n", ilist->nr);
1397         if (ilist->nr > 0)
1398         {
1399             (void) pr_indent(fp, indent);
1400             fprintf(fp, "iatoms:\n");
1401             iatoms = ilist->iatoms;
1402             for (i = j = 0; i < ilist->nr; )
1403             {
1404 #ifndef DEBUG
1405                 (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1406                 type  = *(iatoms++);
1407                 ftype = functype[type];
1408                 (void) fprintf(fp, "%d type=%d (%s)",
1409                                bShowNumbers ? j : -1, bShowNumbers ? type : -1,
1410                                interaction_function[ftype].name);
1411                 j++;
1412                 for (k = 0; k < interaction_function[ftype].nratoms; k++)
1413                 {
1414                     (void) fprintf(fp, " %u", *(iatoms++));
1415                 }
1416                 (void) fprintf(fp, "\n");
1417                 i += 1+interaction_function[ftype].nratoms;
1418 #else
1419                 fprintf(fp, "%5d%5d\n", i, iatoms[i]);
1420                 i++;
1421 #endif
1422             }
1423         }
1424     }
1425 }
1426
1427 static void pr_cmap(FILE *fp, int indent, const char *title,
1428                     gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bShowNumbers)
1429 {
1430     int  i, j, nelem;
1431     real dx, idx;
1432
1433     dx    = 360.0 / cmap_grid->grid_spacing;
1434     nelem = cmap_grid->grid_spacing*cmap_grid->grid_spacing;
1435
1436     if (available(fp, cmap_grid, indent, title))
1437     {
1438         fprintf(fp, "%s\n", title);
1439
1440         for (i = 0; i < cmap_grid->ngrid; i++)
1441         {
1442             idx = -180.0;
1443             fprintf(fp, "%8s %8s %8s %8s\n", "V", "dVdx", "dVdy", "d2dV");
1444
1445             fprintf(fp, "grid[%3d]={\n", bShowNumbers ? i : -1);
1446
1447             for (j = 0; j < nelem; j++)
1448             {
1449                 if ( (j%cmap_grid->grid_spacing) == 0)
1450                 {
1451                     fprintf(fp, "%8.1f\n", idx);
1452                     idx += dx;
1453                 }
1454
1455                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
1456                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
1457                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
1458                 fprintf(fp, "%8.3f\n", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
1459             }
1460             fprintf(fp, "\n");
1461         }
1462     }
1463
1464 }
1465
1466 void pr_ffparams(FILE *fp, int indent, const char *title,
1467                  gmx_ffparams_t *ffparams,
1468                  gmx_bool bShowNumbers)
1469 {
1470     int i, j;
1471
1472     indent = pr_title(fp, indent, title);
1473     (void) pr_indent(fp, indent);
1474     (void) fprintf(fp, "atnr=%d\n", ffparams->atnr);
1475     (void) pr_indent(fp, indent);
1476     (void) fprintf(fp, "ntypes=%d\n", ffparams->ntypes);
1477     for (i = 0; i < ffparams->ntypes; i++)
1478     {
1479         (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1480         (void) fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1481                        bShowNumbers ? i : -1,
1482                        interaction_function[ffparams->functype[i]].name);
1483         pr_iparams(fp, ffparams->functype[i], &ffparams->iparams[i]);
1484     }
1485     (void) pr_double(fp, indent, "reppow", ffparams->reppow);
1486     (void) pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", ffparams->fudgeQQ);
1487     pr_cmap(fp, indent, "cmap", &ffparams->cmap_grid, bShowNumbers);
1488 }
1489
1490 void pr_idef(FILE *fp, int indent, const char *title, t_idef *idef, gmx_bool bShowNumbers)
1491 {
1492     int i, j;
1493
1494     if (available(fp, idef, indent, title))
1495     {
1496         indent = pr_title(fp, indent, title);
1497         (void) pr_indent(fp, indent);
1498         (void) fprintf(fp, "atnr=%d\n", idef->atnr);
1499         (void) pr_indent(fp, indent);
1500         (void) fprintf(fp, "ntypes=%d\n", idef->ntypes);
1501         for (i = 0; i < idef->ntypes; i++)
1502         {
1503             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1504             (void) fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1505                            bShowNumbers ? i : -1,
1506                            interaction_function[idef->functype[i]].name);
1507             pr_iparams(fp, idef->functype[i], &idef->iparams[i]);
1508         }
1509         (void) pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", idef->fudgeQQ);
1510
1511         for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1512         {
1513             pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1514                      idef->functype, &idef->il[j], bShowNumbers);
1515         }
1516     }
1517 }
1518
1519 static int pr_block_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block)
1520 {
1521     int i;
1522
1523     if (available(fp, block, indent, title))
1524     {
1525         indent = pr_title(fp, indent, title);
1526         (void) pr_indent(fp, indent);
1527         (void) fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1528     }
1529     return indent;
1530 }
1531
1532 static int pr_blocka_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block)
1533 {
1534     int i;
1535
1536     if (available(fp, block, indent, title))
1537     {
1538         indent = pr_title(fp, indent, title);
1539         (void) pr_indent(fp, indent);
1540         (void) fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1541         (void) pr_indent(fp, indent);
1542         (void) fprintf(fp, "nra=%d\n", block->nra);
1543     }
1544     return indent;
1545 }
1546
1547 static void low_pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1548 {
1549     int i;
1550
1551     if (available(fp, block, indent, title))
1552     {
1553         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1554         for (i = 0; i <= block->nr; i++)
1555         {
1556             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1557             (void) fprintf(fp, "%s->index[%d]=%d\n",
1558                            title, bShowNumbers ? i : -1, block->index[i]);
1559         }
1560         for (i = 0; i < block->nra; i++)
1561         {
1562             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1563             (void) fprintf(fp, "%s->a[%d]=%d\n",
1564                            title, bShowNumbers ? i : -1, block->a[i]);
1565         }
1566     }
1567 }
1568
1569 void pr_block(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block, gmx_bool bShowNumbers)
1570 {
1571     int i, j, ok, size, start, end;
1572
1573     if (available(fp, block, indent, title))
1574     {
1575         indent = pr_block_title(fp, indent, title, block);
1576         start  = 0;
1577         end    = start;
1578         if ((ok = (block->index[start] == 0)) == 0)
1579         {
1580             (void) fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1581         }
1582         else
1583         {
1584             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1585             {
1586                 end  = block->index[i+1];
1587                 size = pr_indent(fp, indent);
1588                 if (end <= start)
1589                 {
1590                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={}\n", title, i);
1591                 }
1592                 else
1593                 {
1594                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={%d..%d}\n",
1595                                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1596                                     bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1597                 }
1598                 start = end;
1599             }
1600         }
1601     }
1602 }
1603
1604 void pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1605 {
1606     int i, j, ok, size, start, end;
1607
1608     if (available(fp, block, indent, title))
1609     {
1610         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1611         start  = 0;
1612         end    = start;
1613         if ((ok = (block->index[start] == 0)) == 0)
1614         {
1615             (void) fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1616         }
1617         else
1618         {
1619             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1620             {
1621                 end  = block->index[i+1];
1622                 size = pr_indent(fp, indent);
1623                 if (end <= start)
1624                 {
1625                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={", title, i);
1626                 }
1627                 else
1628                 {
1629                     size += fprintf(fp, "%s[%d][%d..%d]={",
1630                                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1631                                     bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1632                 }
1633                 for (j = start; j < end; j++)
1634                 {
1635                     if (j > start)
1636                     {
1637                         size += fprintf(fp, ", ");
1638                     }
1639                     if ((size) > (USE_WIDTH))
1640                     {
1641                         (void) fprintf(fp, "\n");
1642                         size = pr_indent(fp, indent+INDENT);
1643                     }
1644                     size += fprintf(fp, "%d", block->a[j]);
1645                 }
1646                 (void) fprintf(fp, "}\n");
1647                 start = end;
1648             }
1649         }
1650         if ((end != block->nra) || (!ok))
1651         {
1652             (void) pr_indent(fp, indent);
1653             (void) fprintf(fp, "tables inconsistent, dumping complete tables:\n");
1654             low_pr_blocka(fp, indent, title, block, bShowNumbers);
1655         }
1656     }
1657 }
1658
1659 static void pr_strings(FILE *fp, int indent, const char *title, char ***nm, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1660 {
1661     int i;
1662
1663     if (available(fp, nm, indent, title))
1664     {
1665         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1666         for (i = 0; i < n; i++)
1667         {
1668             (void) pr_indent(fp, indent);
1669             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\"}\n",
1670                            title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]));
1671         }
1672     }
1673 }
1674
1675 static void pr_strings2(FILE *fp, int indent, const char *title,
1676                         char ***nm, char ***nmB, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1677 {
1678     int i;
1679
1680     if (available(fp, nm, indent, title))
1681     {
1682         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1683         for (i = 0; i < n; i++)
1684         {
1685             (void) pr_indent(fp, indent);
1686             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\",nameB=\"%s\"}\n",
1687                            title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]), *(nmB[i]));
1688         }
1689     }
1690 }
1691
1692 static void pr_resinfo(FILE *fp, int indent, const char *title, t_resinfo *resinfo, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1693 {
1694     int i;
1695
1696     if (available(fp, resinfo, indent, title))
1697     {
1698         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1699         for (i = 0; i < n; i++)
1700         {
1701             (void) pr_indent(fp, indent);
1702             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\", nr=%d, ic='%c'}\n",
1703                            title, bShowNumbers ? i : -1,
1704                            *(resinfo[i].name), resinfo[i].nr,
1705                            (resinfo[i].ic == '\0') ? ' ' : resinfo[i].ic);
1706         }
1707     }
1708 }
1709
1710 static void pr_atom(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atom *atom, int n)
1711 {
1712     int i, j;
1713
1714     if (available(fp, atom, indent, title))
1715     {
1716         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1717         for (i = 0; i < n; i++)
1718         {
1719             (void) pr_indent(fp, indent);
1720             fprintf(fp, "%s[%6d]={type=%3d, typeB=%3d, ptype=%8s, m=%12.5e, "
1721                     "q=%12.5e, mB=%12.5e, qB=%12.5e, resind=%5d, atomnumber=%3d}\n",
1722                     title, i, atom[i].type, atom[i].typeB, ptype_str[atom[i].ptype],
1723                     atom[i].m, atom[i].q, atom[i].mB, atom[i].qB,
1724                     atom[i].resind, atom[i].atomnumber);
1725         }
1726     }
1727 }
1728
1729 static void pr_grps(FILE *fp, const char *title, t_grps grps[], char **grpname[])
1730 {
1731     int i, j;
1732
1733     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
1734     {
1735         fprintf(fp, "%s[%-12s] nr=%d, name=[", title, gtypes[i], grps[i].nr);
1736         for (j = 0; (j < grps[i].nr); j++)
1737         {
1738             fprintf(fp, " %s", *(grpname[grps[i].nm_ind[j]]));
1739         }
1740         fprintf(fp, "]\n");
1741     }
1742 }
1743
1744 static void pr_groups(FILE *fp, int indent,
1745                       gmx_groups_t *groups,
1746                       gmx_bool bShowNumbers)
1747 {
1748     int grpnr[egcNR];
1749     int nat_max, i, g;
1750
1751     pr_grps(fp, "grp", groups->grps, groups->grpname);
1752     pr_strings(fp, indent, "grpname", groups->grpname, groups->ngrpname, bShowNumbers);
1753
1754     (void) pr_indent(fp, indent);
1755     fprintf(fp, "groups          ");
1756     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1757     {
1758         printf(" %5.5s", gtypes[g]);
1759     }
1760     printf("\n");
1761
1762     (void) pr_indent(fp, indent);
1763     fprintf(fp, "allocated       ");
1764     nat_max = 0;
1765     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1766     {
1767         printf(" %5d", groups->ngrpnr[g]);
1768         nat_max = max(nat_max, groups->ngrpnr[g]);
1769     }
1770     printf("\n");
1771
1772     if (nat_max == 0)
1773     {
1774         (void) pr_indent(fp, indent);
1775         fprintf(fp, "groupnr[%5s] =", "*");
1776         for (g = 0; g < egcNR; g++)
1777         {
1778             fprintf(fp, "  %3d ", 0);
1779         }
1780         fprintf(fp, "\n");
1781     }
1782     else
1783     {
1784         for (i = 0; i < nat_max; i++)
1785         {
1786             (void) pr_indent(fp, indent);
1787             fprintf(fp, "groupnr[%5d] =", i);
1788             for (g = 0; g < egcNR; g++)
1789             {
1790                 fprintf(fp, "  %3d ",
1791                         groups->grpnr[g] ? groups->grpnr[g][i] : 0);
1792             }
1793             fprintf(fp, "\n");
1794         }
1795     }
1796 }
1797
1798 void pr_atoms(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atoms *atoms,
1799               gmx_bool bShownumbers)
1800 {
1801     if (available(fp, atoms, indent, title))
1802     {
1803         indent = pr_title(fp, indent, title);
1804         pr_atom(fp, indent, "atom", atoms->atom, atoms->nr);
1805         pr_strings(fp, indent, "atom", atoms->atomname, atoms->nr, bShownumbers);
1806         pr_strings2(fp, indent, "type", atoms->atomtype, atoms->atomtypeB, atoms->nr, bShownumbers);
1807         pr_resinfo(fp, indent, "residue", atoms->resinfo, atoms->nres, bShownumbers);
1808     }
1809 }
1810
1811
1812 void pr_atomtypes(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atomtypes *atomtypes,
1813                   gmx_bool bShowNumbers)
1814 {
1815     int i;
1816     if (available(fp, atomtypes, indent, title))
1817     {
1818         indent = pr_title(fp, indent, title);
1819         for (i = 0; i < atomtypes->nr; i++)
1820         {
1821             pr_indent(fp, indent);
1822             fprintf(fp,
1823                     "atomtype[%3d]={radius=%12.5e, volume=%12.5e, gb_radius=%12.5e, surftens=%12.5e, atomnumber=%4d, S_hct=%12.5e)}\n",
1824                     bShowNumbers ? i : -1, atomtypes->radius[i], atomtypes->vol[i],
1825                     atomtypes->gb_radius[i],
1826                     atomtypes->surftens[i], atomtypes->atomnumber[i], atomtypes->S_hct[i]);
1827         }
1828     }
1829 }
1830
1831 static void pr_moltype(FILE *fp, int indent, const char *title,
1832                        gmx_moltype_t *molt, int n,
1833                        gmx_ffparams_t *ffparams,
1834                        gmx_bool bShowNumbers)
1835 {
1836     int j;
1837
1838     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1839     (void) pr_indent(fp, indent);
1840     (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(molt->name));
1841     pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(molt->atoms), bShowNumbers);
1842     pr_block(fp, indent, "cgs", &molt->cgs, bShowNumbers);
1843     pr_blocka(fp, indent, "excls", &molt->excls, bShowNumbers);
1844     for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1845     {
1846         pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1847                  ffparams->functype, &molt->ilist[j], bShowNumbers);
1848     }
1849 }
1850
1851 static void pr_molblock(FILE *fp, int indent, const char *title,
1852                         gmx_molblock_t *molb, int n,
1853                         gmx_moltype_t *molt)
1854 {
1855     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1856     (void) pr_indent(fp, indent);
1857     (void) fprintf(fp, "%-20s = %d \"%s\"\n",
1858                    "moltype", molb->type, *(molt[molb->type].name));
1859     pr_int(fp, indent, "#molecules", molb->nmol);
1860     pr_int(fp, indent, "#atoms_mol", molb->natoms_mol);
1861     pr_int(fp, indent, "#posres_xA", molb->nposres_xA);
1862     if (molb->nposres_xA > 0)
1863     {
1864         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xA", molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
1865     }
1866     pr_int(fp, indent, "#posres_xB", molb->nposres_xB);
1867     if (molb->nposres_xB > 0)
1868     {
1869         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xB", molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
1870     }
1871 }
1872
1873 void pr_mtop(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_mtop_t *mtop,
1874              gmx_bool bShowNumbers)
1875 {
1876     int mt, mb;
1877
1878     if (available(fp, mtop, indent, title))
1879     {
1880         indent = pr_title(fp, indent, title);
1881         (void) pr_indent(fp, indent);
1882         (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(mtop->name));
1883         pr_int(fp, indent, "#atoms", mtop->natoms);
1884         pr_int(fp, indent, "#molblock", mtop->nmolblock);
1885         for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
1886         {
1887             pr_molblock(fp, indent, "molblock", &mtop->molblock[mb], mb, mtop->moltype);
1888         }
1889         pr_ffparams(fp, indent, "ffparams", &(mtop->ffparams), bShowNumbers);
1890         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(mtop->atomtypes), bShowNumbers);
1891         for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
1892         {
1893             pr_moltype(fp, indent, "moltype", &mtop->moltype[mt], mt,
1894                        &mtop->ffparams, bShowNumbers);
1895         }
1896         pr_groups(fp, indent, &mtop->groups, bShowNumbers);
1897     }
1898 }
1899
1900 void pr_top(FILE *fp, int indent, const char *title, t_topology *top, gmx_bool bShowNumbers)
1901 {
1902     if (available(fp, top, indent, title))
1903     {
1904         indent = pr_title(fp, indent, title);
1905         (void) pr_indent(fp, indent);
1906         (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(top->name));
1907         pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(top->atoms), bShowNumbers);
1908         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(top->atomtypes), bShowNumbers);
1909         pr_block(fp, indent, "cgs", &top->cgs, bShowNumbers);
1910         pr_block(fp, indent, "mols", &top->mols, bShowNumbers);
1911         pr_blocka(fp, indent, "excls", &top->excls, bShowNumbers);
1912         pr_idef(fp, indent, "idef", &top->idef, bShowNumbers);
1913     }
1914 }
1915
1916 void pr_header(FILE *fp, int indent, const char *title, t_tpxheader *sh)
1917 {
1918     char buf[22];
1919
1920     if (available(fp, sh, indent, title))
1921     {
1922         indent = pr_title(fp, indent, title);
1923         pr_indent(fp, indent);
1924         fprintf(fp, "bIr    = %spresent\n", sh->bIr ? "" : "not ");
1925         pr_indent(fp, indent);
1926         fprintf(fp, "bBox   = %spresent\n", sh->bBox ? "" : "not ");
1927         pr_indent(fp, indent);
1928         fprintf(fp, "bTop   = %spresent\n", sh->bTop ? "" : "not ");
1929         pr_indent(fp, indent);
1930         fprintf(fp, "bX     = %spresent\n", sh->bX ? "" : "not ");
1931         pr_indent(fp, indent);
1932         fprintf(fp, "bV     = %spresent\n", sh->bV ? "" : "not ");
1933         pr_indent(fp, indent);
1934         fprintf(fp, "bF     = %spresent\n", sh->bF ? "" : "not ");
1935
1936         pr_indent(fp, indent);
1937         fprintf(fp, "natoms = %d\n", sh->natoms);
1938         pr_indent(fp, indent);
1939         fprintf(fp, "lambda = %e\n", sh->lambda);
1940     }
1941 }
1942
1943 void pr_commrec(FILE *fp, int indent, t_commrec *cr)
1944 {
1945     pr_indent(fp, indent);
1946     fprintf(fp, "commrec:\n");
1947     indent += 2;
1948     pr_indent(fp, indent);
1949     fprintf(fp, "rank      = %d\n", cr->nodeid);
1950     pr_indent(fp, indent);
1951     fprintf(fp, "number of ranks = %d\n", cr->nnodes);
1952     pr_indent(fp, indent);
1953     fprintf(fp, "PME-only ranks = %d\n", cr->npmenodes);
1954     /*
1955        pr_indent(fp,indent);
1956        fprintf(fp,"threadid  = %d\n",cr->threadid);
1957        pr_indent(fp,indent);
1958        fprintf(fp,"nthreads  = %d\n",cr->nthreads);
1959      */
1960 }