src/gromacs/gmxlib/rbin.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "config.h"
  41
  42 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  43 #include "gromacs/legacyheaders/network.h"
  44 #include "gromacs/legacyheaders/rbin.h"
  45 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  46
  47 t_bin *mk_bin(void)
  48 {
  49     t_bin *b;
  50
  51     snew(b, 1);
  52
  53     return b;
  54 }
  55
  56 void destroy_bin(t_bin *b)
  57 {
  58     if (b->maxreal > 0)
  59     {
  60         sfree(b->rbuf);
  61     }
  62
  63     sfree(b);
  64 }
  65
  66 void reset_bin(t_bin *b)
  67 {
  68     b->nreal = 0;
  69 }
  70
  71 int add_binr(t_bin *b, int nr, real r[])
  72 {
  73 #define MULT 4
  74     int     i, rest, index;
  75     double *rbuf;
  76
  77     if (b->nreal+nr > b->maxreal)
  78     {
  79         b->maxreal = b->nreal+nr;
  80         rest       = b->maxreal % MULT;
  81         if (rest != 0)
  82         {
  83             b->maxreal += MULT-rest;
  84         }
  85         srenew(b->rbuf, b->maxreal);
  86     }
  87     /* Copy pointer */
  88     rbuf = b->rbuf+b->nreal;
  89     for (i = 0; (i < nr); i++)
  90     {
  91         rbuf[i] = r[i];
  92     }
  93
  94     index     = b->nreal;
  95     b->nreal += nr;
  96
  97     return index;
  98 }
  99
 100 int add_bind(t_bin *b, int nr, double r[])
 101 {
 102 #define MULT 4
 103     int     i, rest, index;
 104     double *rbuf;
 105
 106     if (b->nreal+nr > b->maxreal)
 107     {
 108         b->maxreal = b->nreal+nr;
 109         rest       = b->maxreal % MULT;
 110         if (rest != 0)
 111         {
 112             b->maxreal += MULT-rest;
 113         }
 114         srenew(b->rbuf, b->maxreal);
 115     }
 116     /* Copy pointer */
 117     rbuf = b->rbuf+b->nreal;
 118     for (i = 0; (i < nr); i++)
 119     {
 120         rbuf[i] = r[i];
 121     }
 122
 123     index     = b->nreal;
 124     b->nreal += nr;
 125
 126     return index;
 127 }
 128
 129 void sum_bin(t_bin *b, t_commrec *cr)
 130 {
 131     int i;
 132
 133     for (i = b->nreal; (i < b->maxreal); i++)
 134     {
 135         b->rbuf[i] = 0;
 136     }
 137     gmx_sumd(b->maxreal, b->rbuf, cr);
 138 }
 139
 140 void extract_binr(t_bin *b, int index, int nr, real r[])
 141 {
 142     int     i;
 143     double *rbuf;
 144
 145     rbuf = b->rbuf+index;
 146     for (i = 0; (i < nr); i++)
 147     {
 148         r[i] = rbuf[i];
 149     }
 150 }
 151
 152 void extract_bind(t_bin *b, int index, int nr, double r[])
 153 {
 154     int     i;
 155     double *rbuf;
 156
 157     rbuf = b->rbuf+index;
 158     for (i = 0; (i < nr); i++)
 159     {
 160         r[i] = rbuf[i];
 161     }
 162 }
 163
 164 #ifdef DEBUGRBIN
 165 int main(int argc, char *argv[])
 166 {
 167     t_commrec *cr;
 168     t_bin     *rb;
 169     double    *r;
 170     rvec      *v;
 171     int        k, i, ni, mi, n, m;
 172
 173     cr = init_par(&argc, argv);
 174     n  = strtol(argv[1], NULL, 10);
 175     m  = strtol(argv[2], NULL, 10);
 176     fprintf(stdlog, "n=%d\n", n);
 177     rb = mk_bin();
 178     snew(r, n);
 179     snew(v, m);
 180
 181     for (k = 0; (k < 3); k++)
 182     {
 183         fprintf(stdlog, "\nk=%d\n", k);
 184         reset_bin(rb);
 185
 186         for (i = 0; (i < n); i++)
 187         {
 188             r[i] = i+k;
 189         }
 190         for (i = 0; (i < m); i++)
 191         {
 192             v[i][XX] = 4*i+k;
 193             v[i][YY] = 4*i+k+1;
 194             v[i][ZZ] = 4*i+k+2;
 195         }
 196
 197         ni = add_bind(stdlog, rb, n, r);
 198         mi = add_binr(stdlog, rb, DIM*m, v[0]);
 199
 200         sum_bin(rb, cr);
 201
 202         extract_bind(rb, ni, n, r);
 203         extract_binr(rb, mi, DIM*m, v[0]);
 204
 205         for (i = 0; (i < n); i++)
 206         {
 207             fprintf(stdlog, "r[%d] = %e\n", i, r[i]);
 208         }
 209         for (i = 0; (i < m); i++)
 210         {
 211             fprintf(stdlog, "v[%d] = (%e,%e,%e)\n", i, v[i][XX], v[i][YY], v[i][ZZ]);
 212         }
 213     }
 214     fflush(stdlog);
 215
 216     return 0;
 217 }
 218 #endif