src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #ifndef _nb_kernel_h_
  36 #define _nb_kernel_h_
  37
  38 #include "config.h"
  39
  40
  41 #ifdef __cplusplus
  42 extern "C" {
  43 #endif
  44 #if 0
  45 } /* fixes auto-indentation problems */
  46 #endif
  47
  48
  49 #include "gromacs/legacyheaders/types/simple.h"
  50 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  51
  52 /* Structure to collect kernel data not available in forcerec or mdatoms structures.
  53  * This is only used inside the nonbonded module.
  54  */
  55 typedef struct
  56 {
  57     int                flags;
  58     t_blocka *         exclusions;
  59     real *             lambda;
  60     real *             dvdl;
  61
  62     /* pointers to tables */
  63     t_forcetable *     table_elec;
  64     t_forcetable *     table_vdw;
  65     t_forcetable *     table_elec_vdw;
  66
  67     /* potentials */
  68     real *             energygrp_elec;
  69     real *             energygrp_vdw;
  70     real *             energygrp_polarization;
  71 }
  72 nb_kernel_data_t;
  73
  74
  75 typedef void
  76     nb_kernel_t (t_nblist *                nlist,
  77                  rvec *                    x,
  78                  rvec *                    f,
  79                  t_forcerec *              fr,
  80                  t_mdatoms *               mdatoms,
  81                  nb_kernel_data_t *        kernel_data,
  82                  t_nrnb *                  nrnb);
  83
  84
  85 /* Structure with a kernel pointer and settings. This cannot be abstract
  86  * since we define the kernel list statically for each architecture in a header,
  87  * and use it to set up the kernel hash functions to find kernels.
  88  *
  89  * The electrostatics/vdw names should be obvious and correspond to the
  90  * forms of the interactions calculated in this function, and the interaction
  91  * modifiers describe switch/shift and similar alterations. Geometry refers
  92  * to whether this kernel calculates interactions between single particles or
  93  * waters (groups of 3/4 atoms) for better performance. Finally, the VF string
  94  * selects whether the kernel calculates only potential, only force, or both
  95  *
  96  * The allowed values for kernel interactions are described by the
  97  * enumerated types gmx_nbkernel_elec and gmx_nbkernel_vdw (see types/enums.h).
  98  * Note that these are deliberately NOT identical to the interactions the
  99  * user can set, since some user-specified interactions will be tabulated, and
 100  * Lennard-Jones and Buckingham use different kernels while their setting in
 101  * the input is decided by nonbonded parameter formats rather than mdp options.
 102  *
 103  * The interaction modifiers are described by the eintmod enum type, while
 104  * the kernel geometry is decided from the neighborlist geometry, which is
 105  * described by the enum gmx_nblist_kernel_geometry (again, see types/enums.h).
 106  * The
 107  *
 108  * Note that any particular implementation of kernels might not support all of
 109  * these strings. In fact, some might not be supported by any architecture yet.
 110  * The whole point of using strings and hashes is that we do not have to define a
 111  * unique set of strings in a single place. Thus, as long as you implement a
 112  * corresponding kernel, you could in theory provide any string you want.
 113  */
 114 typedef struct nb_kernel_info
 115 {
 116     nb_kernel_t *   kernelptr;
 117     const char *    kernelname;
 118     const char *    architecture;     /* e.g. "C", "SSE", "BlueGene", etc. */
 119
 120     const char *    electrostatics;
 121     const char *    electrostatics_modifier;
 122     const char *    vdw;
 123     const char *    vdw_modifier;
 124     const char *    geometry;
 125     const char *    other;  /* Any extra info you want/need to select a kernel */
 126     const char *    vf;     /* "PotentialAndForce", "Potential", or "Force" */
 127 }
 128 nb_kernel_info_t;
 129
 130
 131 void
 132 nb_kernel_list_add_kernels(nb_kernel_info_t *   new_kernelinfo,
 133                            int                  new_size);
 134
 135 int
 136 nb_kernel_list_hash_init(void);
 137
 138 /* Return a function pointer to the nonbonded kernel pointer with
 139  * settings according to the text strings provided. GROMACS does not guarantee
 140  * the existence of accelerated kernels for any combination, so the return value
 141  * can be NULL.
 142  * In that case, you can try a different/lower-level acceleration, and
 143  * eventually you need to prepare to fall back to generic kernels or change
 144  * your settings and try again.
 145  *
 146  * The names of the text strings are obviously meant to reflect settings in
 147  * GROMACS, but inside this routine they are merely used as a set of text
 148  * strings not defined here. The routine will simply compare the arguments with
 149  * the contents of the corresponding strings in the nb_kernel_list_t structure.
 150  *
 151  * This function does not check whether the kernel in question can run on the
 152  * present architecture since that would require a slow cpuid call for every
 153  * single invocation.
 154  */
 155 nb_kernel_t *
 156 nb_kernel_list_findkernel(FILE *              log,
 157                           const char *        architecture,
 158                           const char *        electrostatics,
 159                           const char *        electrostatics_modifier,
 160                           const char *        vdw,
 161                           const char *        vdw_modifier,
 162                           const char *        geometry,
 163                           const char *        other,
 164                           const char *        vf);
 165
 166
 167
 168 #ifdef __cplusplus
 169 }
 170 #endif
 171
 172 #endif /* _nb_kernel_h_ */