src/gromacs/gmxana/sfactor.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "config.h"
  40
  41 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  42 #include "gromacs/utility/futil.h"
  43 #include "gromacs/math/utilities.h"
  44 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  45 #include "gromacs/math/vec.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  47 #include "gromacs/topology/index.h"
  48 #include "gromacs/fileio/strdb.h"
  49 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  50 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  51 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  52 #include "gromacs/legacyheaders/oenv.h"
  53 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/xvgr.h"
  55 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  56 #include "sfactor.h"
  57
  58
  59 typedef struct gmx_structurefactors {
  60     int    nratoms;
  61     int   *p;      /* proton number */
  62     int   *n;      /* neutron number */
  63     /* Parameters for the Cromer Mann fit */
  64     real **a;      /* parameter a */
  65     real **b;      /* parameter b */
  66     real  *c;      /* parameter c */
  67     char **atomnm; /* atomname */
  68
  69 } gmx_structurefactors;
  70
  71 typedef struct reduced_atom{
  72     rvec x;
  73     int  t;
  74 } reduced_atom;
  75
  76
  77 typedef struct structure_factor
  78 {
  79     int       n_angles;
  80     int       n_groups;
  81     double    lambda;
  82     double    energy;
  83     double    momentum;
  84     double    ref_k;
  85     double  **F;
  86     int       nSteps;
  87     int       total_n_atoms;
  88 } structure_factor;
  89
  90
  91 extern int * create_indexed_atom_type (reduced_atom_t * atm, int size)
  92 {
  93 /*
  94  * create an index of the atom types found in a  group
  95  * i.e.: for water index_atp[0]=type_number_of_O and
  96  *                 index_atp[1]=type_number_of_H
  97  *
  98  * the last element is set to 0
  99  */
 100     int          *index_atp, i, i_tmp, j;
 101
 102     reduced_atom *att = (reduced_atom *)atm;
 103
 104     snew (index_atp, 1);
 105     i_tmp        = 1;
 106     index_atp[0] = att[0].t;
 107     for (i = 1; i < size; i++)
 108     {
 109         for (j = 0; j < i_tmp; j++)
 110         {
 111             if (att[i].t == index_atp[j])
 112             {
 113                 break;
 114             }
 115         }
 116         if (j == i_tmp) /* i.e. no indexed atom type is  == to atm[i].t */
 117         {
 118             i_tmp++;
 119             srenew (index_atp, i_tmp * sizeof (int));
 120             index_atp[i_tmp - 1] = att[i].t;
 121         }
 122     }
 123     i_tmp++;
 124     srenew (index_atp, i_tmp * sizeof (int));
 125     index_atp[i_tmp - 1] = 0;
 126     return index_atp;
 127 }
 128
 129
 130
 131 extern t_complex *** rc_tensor_allocation(int x, int y, int z)
 132 {
 133     t_complex ***t;
 134     int          i, j;
 135
 136     snew(t, x);
 137     snew(t[0], x*y);
 138     snew(t[0][0], x*y*z);
 139
 140     for (j = 1; j < y; j++)
 141     {
 142         t[0][j] = t[0][j-1] + z;
 143     }
 144     for (i = 1; i < x; i++)
 145     {
 146         t[i]    = t[i-1] + y;
 147         t[i][0] = t[i-1][0] + y*z;
 148         for (j = 1; j < y; j++)
 149         {
 150             t[i][j] = t[i][j-1] + z;
 151         }
 152     }
 153     return t;
 154 }
 155
 156
 157 extern void compute_structure_factor (structure_factor_t * sft, matrix box,
 158                                       reduced_atom_t * red, int isize, real start_q,
 159                                       real end_q, int group, real **sf_table)
 160 {
 161     structure_factor *sf   = (structure_factor *)sft;
 162     reduced_atom     *redt = (reduced_atom *)red;
 163
 164     t_complex      ***tmpSF;
 165     rvec              k_factor;
 166     real              kdotx, asf, kx, ky, kz, krr;
 167     int               kr, maxkx, maxky, maxkz, i, j, k, p, *counter;
 168
 169
 170     k_factor[XX] = 2 * M_PI / box[XX][XX];
 171     k_factor[YY] = 2 * M_PI / box[YY][YY];
 172     k_factor[ZZ] = 2 * M_PI / box[ZZ][ZZ];
 173
 174     maxkx = (int) (end_q / k_factor[XX] + 0.5);
 175     maxky = (int) (end_q / k_factor[YY] + 0.5);
 176     maxkz = (int) (end_q / k_factor[ZZ] + 0.5);
 177
 178     snew (counter, sf->n_angles);
 179
 180     tmpSF = rc_tensor_allocation(maxkx, maxky, maxkz);
 181 /*
 182  * The big loop...
 183  * compute real and imaginary part of the structure factor for every
 184  * (kx,ky,kz))
 185  */
 186     fprintf(stderr, "\n");
 187     for (i = 0; i < maxkx; i++)
 188     {
 189         fprintf (stderr, "\rdone %3.1f%%     ", (double)(100.0*(i+1))/maxkx);
 190         kx = i * k_factor[XX];
 191         for (j = 0; j < maxky; j++)
 192         {
 193             ky = j * k_factor[YY];
 194             for (k = 0; k < maxkz; k++)
 195             {
 196                 if (i != 0 || j != 0 || k != 0)
 197                 {
 198                     kz  = k * k_factor[ZZ];
 199                     krr = sqrt (sqr (kx) + sqr (ky) + sqr (kz));
 200                     if (krr >= start_q && krr <= end_q)
 201                     {
 202                         kr = (int) (krr/sf->ref_k + 0.5);
 203                         if (kr < sf->n_angles)
 204                         {
 205                             counter[kr]++; /* will be used for the copmutation
 206                                               of the average*/
 207                             for (p = 0; p < isize; p++)
 208                             {
 209                                 asf = sf_table[redt[p].t][kr];
 210
 211                                 kdotx = kx * redt[p].x[XX] +
 212                                     ky * redt[p].x[YY] + kz * redt[p].x[ZZ];
 213
 214                                 tmpSF[i][j][k].re += cos (kdotx) * asf;
 215                                 tmpSF[i][j][k].im += sin (kdotx) * asf;
 216                             }
 217                         }
 218                     }
 219                 }
 220             }
 221         }
 222     }               /* end loop on i */
 223 /*
 224  *  compute the square modulus of the structure factor, averaging on the surface
 225  *  kx*kx + ky*ky + kz*kz = krr*krr
 226  *  note that this is correct only for a (on the macroscopic scale)
 227  *  isotropic system.
 228  */
 229     for (i = 0; i < maxkx; i++)
 230     {
 231         kx = i * k_factor[XX]; for (j = 0; j < maxky; j++)
 232         {
 233             ky = j * k_factor[YY]; for (k = 0; k < maxkz; k++)
 234             {
 235                 kz = k * k_factor[ZZ]; krr = sqrt (sqr (kx) + sqr (ky)
 236                                                    + sqr (kz)); if (krr >= start_q && krr <= end_q)
 237                 {
 238                     kr = (int) (krr / sf->ref_k + 0.5);
 239                     if (kr < sf->n_angles && counter[kr] != 0)
 240                     {
 241                         sf->F[group][kr] +=
 242                             (sqr (tmpSF[i][j][k].re) +
 243                              sqr (tmpSF[i][j][k].im))/ counter[kr];
 244                     }
 245                 }
 246             }
 247         }
 248     }
 249     sfree(counter);
 250     sfree(tmpSF[0][0]);
 251     sfree(tmpSF[0]);
 252     sfree(tmpSF);
 253 }
 254
 255
 256 extern gmx_structurefactors_t *gmx_structurefactors_init(const char *datfn)
 257 {
 258
 259     /* Read the database for the structure factor of the different atoms */
 260
 261     FILE                 *fp;
 262     char                  line[STRLEN];
 263     gmx_structurefactors *gsf;
 264     double                a1, a2, a3, a4, b1, b2, b3, b4, c;
 265     int                   p;
 266     int                   i;
 267     int                   nralloc = 10;
 268     int                   line_no;
 269     char                  atomn[32];
 270     fp      = libopen(datfn);
 271     line_no = 0;
 272     snew(gsf, 1);
 273
 274     snew(gsf->atomnm, nralloc);
 275     snew(gsf->a, nralloc);
 276     snew(gsf->b, nralloc);
 277     snew(gsf->c, nralloc);
 278     snew(gsf->p, nralloc);
 279     gsf->n       = NULL;
 280     gsf->nratoms = line_no;
 281     while (get_a_line(fp, line, STRLEN))
 282     {
 283         i = line_no;
 284         if (sscanf(line, "%s %d %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf",
 285                    atomn, &p, &a1, &a2, &a3, &a4, &b1, &b2, &b3, &b4, &c) == 11)
 286         {
 287             gsf->atomnm[i] = gmx_strdup(atomn);
 288             gsf->p[i]      = p;
 289             snew(gsf->a[i], 4);
 290             snew(gsf->b[i], 4);
 291             gsf->a[i][0] = a1;
 292             gsf->a[i][1] = a2;
 293             gsf->a[i][2] = a3;
 294             gsf->a[i][3] = a4;
 295             gsf->b[i][0] = b1;
 296             gsf->b[i][1] = b2;
 297             gsf->b[i][2] = b3;
 298             gsf->b[i][3] = b4;
 299             gsf->c[i]    = c;
 300             line_no++;
 301             gsf->nratoms = line_no;
 302             if (line_no == nralloc)
 303             {
 304                 nralloc += 10;
 305                 srenew(gsf->atomnm, nralloc);
 306                 srenew(gsf->a, nralloc);
 307                 srenew(gsf->b, nralloc);
 308                 srenew(gsf->c, nralloc);
 309                 srenew(gsf->p, nralloc);
 310             }
 311         }
 312         else
 313         {
 314             fprintf(stderr, "WARNING: Error in file %s at line %d ignored\n",
 315                     datfn, line_no);
 316         }
 317     }
 318
 319     srenew(gsf->atomnm, gsf->nratoms);
 320     srenew(gsf->a, gsf->nratoms);
 321     srenew(gsf->b, gsf->nratoms);
 322     srenew(gsf->c, gsf->nratoms);
 323     srenew(gsf->p, gsf->nratoms);
 324
 325     fclose(fp);
 326
 327     return (gmx_structurefactors_t *) gsf;
 328
 329 }
 330
 331
 332 extern void rearrange_atoms (reduced_atom_t * positions, t_trxframe *fr, atom_id * index,
 333                              int isize, t_topology * top, gmx_bool flag, gmx_structurefactors_t *gsf)
 334 /* given the group's index, return the (continuous) array of atoms */
 335 {
 336     int           i;
 337
 338     reduced_atom *pos = (reduced_atom *)positions;
 339
 340     if (flag)
 341     {
 342         for (i = 0; i < isize; i++)
 343         {
 344             pos[i].t =
 345                 return_atom_type (*(top->atoms.atomname[index[i]]), gsf);
 346         }
 347     }
 348     for (i = 0; i < isize; i++)
 349     {
 350         copy_rvec (fr->x[index[i]], pos[i].x);
 351     }
 352 }
 353
 354
 355 extern int return_atom_type (const char *name, gmx_structurefactors_t *gsf)
 356 {
 357     typedef struct {
 358         const char *name;
 359         int         nh;
 360     } t_united_h;
 361     t_united_h            uh[] = {
 362         { "CH1", 1 }, { "CH2", 2 }, { "CH3", 3 },
 363         { "CS1", 1 }, { "CS2", 2 }, { "CS3", 3 },
 364         { "CP1", 1 }, { "CP2", 2 }, { "CP3", 3 }
 365     };
 366     int                   i, cnt = 0;
 367     int                  *tndx;
 368     int                   nrc;
 369     int                   fndx = 0;
 370     int                   NCMT;
 371
 372     gmx_structurefactors *gsft = (gmx_structurefactors *)gsf;
 373
 374     NCMT = gsft->nratoms;
 375
 376     snew(tndx, NCMT);
 377
 378     for (i = 0; (i < asize(uh)); i++)
 379     {
 380         if (strcmp(name, uh[i].name) == 0)
 381         {
 382             return NCMT-1+uh[i].nh;
 383         }
 384     }
 385
 386     for (i = 0; (i < NCMT); i++)
 387     {
 388         if (strncmp (name, gsft->atomnm[i], strlen(gsft->atomnm[i])) == 0)
 389         {
 390             tndx[cnt] = i;
 391             cnt++;
 392         }
 393     }
 394
 395     if (cnt == 0)
 396     {
 397         gmx_fatal(FARGS, "\nError: atom (%s) not in list (%d types checked)!\n",
 398                   name, i);
 399     }
 400     else
 401     {
 402         nrc = 0;
 403         for (i = 0; i < cnt; i++)
 404         {
 405             if (strlen(gsft->atomnm[tndx[i]]) > (size_t)nrc)
 406             {
 407                 nrc  = strlen(gsft->atomnm[tndx[i]]);
 408                 fndx = tndx[i];
 409             }
 410         }
 411
 412         return fndx;
 413     }
 414
 415     return 0;
 416 }
 417
 418 extern int gmx_structurefactors_get_sf(gmx_structurefactors_t *gsf, int elem, real a[4], real b[4], real *c)
 419 {
 420
 421     int                   success;
 422     int                   i;
 423     gmx_structurefactors *gsft = (gmx_structurefactors *)gsf;
 424     success = 0;
 425
 426     for (i = 0; i < 4; i++)
 427     {
 428         a[i] = gsft->a[elem][i];
 429         b[i] = gsft->b[elem][i];
 430         *c   = gsft->c[elem];
 431     }
 432
 433     success += 1;
 434     return success;
 435 }
 436
 437 extern int do_scattering_intensity (const char* fnTPS, const char* fnNDX,
 438                                     const char* fnXVG, const char *fnTRX,
 439                                     const char* fnDAT,
 440                                     real start_q, real end_q,
 441                                     real energy, int ng, const output_env_t oenv)
 442 {
 443     int                     i, *isize, flags = TRX_READ_X, **index_atp;
 444     t_trxstatus            *status;
 445     char                  **grpname, title[STRLEN];
 446     atom_id               **index;
 447     t_topology              top;
 448     int                     ePBC;
 449     t_trxframe              fr;
 450     reduced_atom_t        **red;
 451     structure_factor       *sf;
 452     rvec                   *xtop;
 453     real                  **sf_table;
 454     int                     nsftable;
 455     matrix                  box;
 456     double                  r_tmp;
 457
 458     gmx_structurefactors_t *gmx_sf;
 459     real                   *a, *b, c;
 460     int                     success;
 461
 462     snew(a, 4);
 463     snew(b, 4);
 464
 465
 466     gmx_sf = gmx_structurefactors_init(fnDAT);
 467
 468     success = gmx_structurefactors_get_sf(gmx_sf, 0, a, b, &c);
 469
 470     snew (sf, 1);
 471     sf->energy = energy;
 472
 473     /* Read the topology informations */
 474     read_tps_conf (fnTPS, title, &top, &ePBC, &xtop, NULL, box, TRUE);
 475     sfree (xtop);
 476
 477     /* groups stuff... */
 478     snew (isize, ng);
 479     snew (index, ng);
 480     snew (grpname, ng);
 481
 482     fprintf (stderr, "\nSelect %d group%s\n", ng,
 483              ng == 1 ? "" : "s");
 484     if (fnTPS)
 485     {
 486         get_index (&top.atoms, fnNDX, ng, isize, index, grpname);
 487     }
 488     else
 489     {
 490         rd_index (fnNDX, ng, isize, index, grpname);
 491     }
 492
 493     /* The first time we read data is a little special */
 494     read_first_frame (oenv, &status, fnTRX, &fr, flags);
 495
 496     sf->total_n_atoms = fr.natoms;
 497
 498     snew (red, ng);
 499     snew (index_atp, ng);
 500
 501     r_tmp = max (box[XX][XX], box[YY][YY]);
 502     r_tmp = (double) max (box[ZZ][ZZ], r_tmp);
 503
 504     sf->ref_k = (2.0 * M_PI) / (r_tmp);
 505     /* ref_k will be the reference momentum unit */
 506     sf->n_angles = (int) (end_q / sf->ref_k + 0.5);
 507
 508     snew (sf->F, ng);
 509     for (i = 0; i < ng; i++)
 510     {
 511         snew (sf->F[i], sf->n_angles);
 512     }
 513     for (i = 0; i < ng; i++)
 514     {
 515         snew (red[i], isize[i]);
 516         rearrange_atoms (red[i], &fr, index[i], isize[i], &top, TRUE, gmx_sf);
 517         index_atp[i] = create_indexed_atom_type (red[i], isize[i]);
 518     }
 519
 520     sf_table = compute_scattering_factor_table (gmx_sf, (structure_factor_t *)sf);
 521
 522
 523     /* This is the main loop over frames */
 524
 525     do
 526     {
 527         sf->nSteps++;
 528         for (i = 0; i < ng; i++)
 529         {
 530             rearrange_atoms (red[i], &fr, index[i], isize[i], &top, FALSE, gmx_sf);
 531
 532             compute_structure_factor ((structure_factor_t *)sf, box, red[i], isize[i],
 533                                       start_q, end_q, i, sf_table);
 534         }
 535     }
 536
 537     while (read_next_frame (oenv, status, &fr));
 538
 539     save_data ((structure_factor_t *)sf, fnXVG, ng, start_q, end_q, oenv);
 540
 541
 542     sfree(a);
 543     sfree(b);
 544
 545     gmx_structurefactors_done(gmx_sf);
 546
 547     return 0;
 548 }
 549
 550
 551 extern void save_data (structure_factor_t *sft, const char *file, int ngrps,
 552                        real start_q, real end_q, const output_env_t oenv)
 553 {
 554
 555     FILE             *fp;
 556     int               i, g = 0;
 557     double           *tmp, polarization_factor, A;
 558
 559     structure_factor *sf = (structure_factor *)sft;
 560
 561     fp = xvgropen (file, "Scattering Intensity", "q (1/nm)",
 562                    "Intensity (a.u.)", oenv);
 563
 564     snew (tmp, ngrps);
 565
 566     for (g = 0; g < ngrps; g++)
 567     {
 568         for (i = 0; i < sf->n_angles; i++)
 569         {
 570
 571 /*
 572  *          theta is half the angle between incoming and scattered vectors.
 573  *
 574  *          polar. fact. = 0.5*(1+cos^2(2*theta)) = 1 - 0.5 * sin^2(2*theta)
 575  *
 576  *          sin(theta) = q/(2k) := A  ->  sin^2(theta) = 4*A^2 (1-A^2) ->
 577  *          -> 0.5*(1+cos^2(2*theta)) = 1 - 2 A^2 (1-A^2)
 578  */
 579             A                   = (double) (i * sf->ref_k) / (2.0 * sf->momentum);
 580             polarization_factor = 1 - 2.0 * sqr (A) * (1 - sqr (A));
 581             sf->F[g][i]        *= polarization_factor;
 582         }
 583     }
 584     for (i = 0; i < sf->n_angles; i++)
 585     {
 586         if (i * sf->ref_k >= start_q && i * sf->ref_k <= end_q)
 587         {
 588             fprintf (fp, "%10.5f  ", i * sf->ref_k);
 589             for (g = 0; g < ngrps; g++)
 590             {
 591                 fprintf (fp, "  %10.5f ", (sf->F[g][i]) /( sf->total_n_atoms*
 592                                                            sf->nSteps));
 593             }
 594             fprintf (fp, "\n");
 595         }
 596     }
 597
 598     gmx_ffclose (fp);
 599 }
 600
 601
 602 extern double CMSF (gmx_structurefactors_t *gsf, int type, int nh, double lambda, double sin_theta)
 603 /*
 604  * return Cromer-Mann fit for the atomic scattering factor:
 605  * sin_theta is the sine of half the angle between incoming and scattered
 606  * vectors. See g_sq.h for a short description of CM fit.
 607  */
 608 {
 609     int    i, success;
 610     double tmp = 0.0, k2;
 611     real  *a, *b;
 612     real   c;
 613
 614     snew(a, 4);
 615     snew(b, 4);
 616
 617     /*
 618      *
 619      * f0[k] = c + [SUM a_i*EXP(-b_i*(k^2)) ]
 620      *             i=1,4
 621      */
 622
 623     /*
 624      *  united atoms case
 625      *  CH2 / CH3 groups
 626      */
 627     if (nh > 0)
 628     {
 629         tmp = (CMSF (gsf, return_atom_type ("C", gsf), 0, lambda, sin_theta) +
 630                nh*CMSF (gsf, return_atom_type ("H", gsf), 0, lambda, sin_theta));
 631     }
 632     /* all atom case */
 633     else
 634     {
 635         k2      = (sqr (sin_theta) / sqr (10.0 * lambda));
 636         success = gmx_structurefactors_get_sf(gsf, type, a, b, &c);
 637         tmp     = c;
 638         for (i = 0; (i < 4); i++)
 639         {
 640             tmp += a[i] * exp (-b[i] * k2);
 641         }
 642     }
 643     return tmp;
 644 }
 645
 646
 647
 648 extern real **gmx_structurefactors_table(gmx_structurefactors_t *gsf, real momentum, real ref_k, real lambda, int n_angles)
 649 {
 650
 651     int                   NCMT;
 652     int                   nsftable;
 653     int                   i, j;
 654     double                q, sin_theta;
 655     real                **sf_table;
 656     gmx_structurefactors *gsft = (gmx_structurefactors *)gsf;
 657
 658     NCMT     = gsft->nratoms;
 659     nsftable = NCMT+3;
 660
 661     snew (sf_table, nsftable);
 662     for (i = 0; (i < nsftable); i++)
 663     {
 664         snew (sf_table[i], n_angles);
 665         for (j = 0; j < n_angles; j++)
 666         {
 667             q = ((double) j * ref_k);
 668             /* theta is half the angle between incoming
 669                and scattered wavevectors. */
 670             sin_theta = q / (2.0 * momentum);
 671             if (i < NCMT)
 672             {
 673                 sf_table[i][j] = CMSF (gsf, i, 0, lambda, sin_theta);
 674             }
 675             else
 676             {
 677                 sf_table[i][j] = CMSF (gsf, i, i-NCMT+1, lambda, sin_theta);
 678             }
 679         }
 680     }
 681     return sf_table;
 682 }
 683
 684 extern void gmx_structurefactors_done(gmx_structurefactors_t *gsf)
 685 {
 686
 687     int                   i;
 688     gmx_structurefactors *sf;
 689     sf = (gmx_structurefactors *) gsf;
 690
 691     for (i = 0; i < sf->nratoms; i++)
 692     {
 693         sfree(sf->a[i]);
 694         sfree(sf->b[i]);
 695         sfree(sf->atomnm[i]);
 696     }
 697
 698     sfree(sf->a);
 699     sfree(sf->b);
 700     sfree(sf->atomnm);
 701     sfree(sf->p);
 702     sfree(sf->c);
 703
 704     sfree(sf);
 705
 706 }
 707
 708 extern real **compute_scattering_factor_table (gmx_structurefactors_t *gsf, structure_factor_t *sft)
 709 {
 710 /*
 711  *  this function build up a table of scattering factors for every atom
 712  *  type and for every scattering angle.
 713  */
 714
 715     double            hc = 1239.842;
 716     real           ** sf_table;
 717
 718     structure_factor *sf = (structure_factor *)sft;
 719
 720
 721     /* \hbar \omega \lambda = hc = 1239.842 eV * nm */
 722     sf->momentum = ((double) (2. * 1000.0 * M_PI * sf->energy) / hc);
 723     sf->lambda   = hc / (1000.0 * sf->energy);
 724     fprintf (stderr, "\nwavelenght = %f nm\n", sf->lambda);
 725
 726     sf_table = gmx_structurefactors_table(gsf, sf->momentum, sf->ref_k, sf->lambda, sf->n_angles);
 727
 728     return sf_table;
 729 }