src/gromacs/gmxana/sfactor.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  40 #include "gromacs/utility/futil.h"
  41 #include "gromacs/math/utilities.h"
  42 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  43 #include "gromacs/math/vec.h"
  44 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  45 #include "gromacs/topology/index.h"
  46 #include "gromacs/fileio/strdb.h"
  47 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  48 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  50 #include "gromacs/legacyheaders/oenv.h"
  51 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/xvgr.h"
  53 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  54 #include "sfactor.h"
  55
  56
  57 typedef struct gmx_structurefactors {
  58     int    nratoms;
  59     int   *p;      /* proton number */
  60     int   *n;      /* neutron number */
  61     /* Parameters for the Cromer Mann fit */
  62     real **a;      /* parameter a */
  63     real **b;      /* parameter b */
  64     real  *c;      /* parameter c */
  65     char **atomnm; /* atomname */
  66
  67 } gmx_structurefactors;
  68
  69 typedef struct reduced_atom{
  70     rvec x;
  71     int  t;
  72 } reduced_atom;
  73
  74
  75 typedef struct structure_factor
  76 {
  77     int       n_angles;
  78     int       n_groups;
  79     double    lambda;
  80     double    energy;
  81     double    momentum;
  82     double    ref_k;
  83     double  **F;
  84     int       nSteps;
  85     int       total_n_atoms;
  86 } structure_factor;
  87
  88
  89 extern int * create_indexed_atom_type (reduced_atom_t * atm, int size)
  90 {
  91 /*
  92  * create an index of the atom types found in a  group
  93  * i.e.: for water index_atp[0]=type_number_of_O and
  94  *                 index_atp[1]=type_number_of_H
  95  *
  96  * the last element is set to 0
  97  */
  98     int          *index_atp, i, i_tmp, j;
  99
 100     reduced_atom *att = (reduced_atom *)atm;
 101
 102     snew (index_atp, 1);
 103     i_tmp        = 1;
 104     index_atp[0] = att[0].t;
 105     for (i = 1; i < size; i++)
 106     {
 107         for (j = 0; j < i_tmp; j++)
 108         {
 109             if (att[i].t == index_atp[j])
 110             {
 111                 break;
 112             }
 113         }
 114         if (j == i_tmp) /* i.e. no indexed atom type is  == to atm[i].t */
 115         {
 116             i_tmp++;
 117             srenew (index_atp, i_tmp * sizeof (int));
 118             index_atp[i_tmp - 1] = att[i].t;
 119         }
 120     }
 121     i_tmp++;
 122     srenew (index_atp, i_tmp * sizeof (int));
 123     index_atp[i_tmp - 1] = 0;
 124     return index_atp;
 125 }
 126
 127
 128
 129 extern t_complex *** rc_tensor_allocation(int x, int y, int z)
 130 {
 131     t_complex ***t;
 132     int          i, j;
 133
 134     snew(t, x);
 135     snew(t[0], x*y);
 136     snew(t[0][0], x*y*z);
 137
 138     for (j = 1; j < y; j++)
 139     {
 140         t[0][j] = t[0][j-1] + z;
 141     }
 142     for (i = 1; i < x; i++)
 143     {
 144         t[i]    = t[i-1] + y;
 145         t[i][0] = t[i-1][0] + y*z;
 146         for (j = 1; j < y; j++)
 147         {
 148             t[i][j] = t[i][j-1] + z;
 149         }
 150     }
 151     return t;
 152 }
 153
 154
 155 extern void compute_structure_factor (structure_factor_t * sft, matrix box,
 156                                       reduced_atom_t * red, int isize, real start_q,
 157                                       real end_q, int group, real **sf_table)
 158 {
 159     structure_factor *sf   = (structure_factor *)sft;
 160     reduced_atom     *redt = (reduced_atom *)red;
 161
 162     t_complex      ***tmpSF;
 163     rvec              k_factor;
 164     real              kdotx, asf, kx, ky, kz, krr;
 165     int               kr, maxkx, maxky, maxkz, i, j, k, p, *counter;
 166
 167
 168     k_factor[XX] = 2 * M_PI / box[XX][XX];
 169     k_factor[YY] = 2 * M_PI / box[YY][YY];
 170     k_factor[ZZ] = 2 * M_PI / box[ZZ][ZZ];
 171
 172     maxkx = (int) (end_q / k_factor[XX] + 0.5);
 173     maxky = (int) (end_q / k_factor[YY] + 0.5);
 174     maxkz = (int) (end_q / k_factor[ZZ] + 0.5);
 175
 176     snew (counter, sf->n_angles);
 177
 178     tmpSF = rc_tensor_allocation(maxkx, maxky, maxkz);
 179 /*
 180  * The big loop...
 181  * compute real and imaginary part of the structure factor for every
 182  * (kx,ky,kz))
 183  */
 184     fprintf(stderr, "\n");
 185     for (i = 0; i < maxkx; i++)
 186     {
 187         fprintf (stderr, "\rdone %3.1f%%     ", (double)(100.0*(i+1))/maxkx);
 188         kx = i * k_factor[XX];
 189         for (j = 0; j < maxky; j++)
 190         {
 191             ky = j * k_factor[YY];
 192             for (k = 0; k < maxkz; k++)
 193             {
 194                 if (i != 0 || j != 0 || k != 0)
 195                 {
 196                     kz  = k * k_factor[ZZ];
 197                     krr = sqrt (sqr (kx) + sqr (ky) + sqr (kz));
 198                     if (krr >= start_q && krr <= end_q)
 199                     {
 200                         kr = (int) (krr/sf->ref_k + 0.5);
 201                         if (kr < sf->n_angles)
 202                         {
 203                             counter[kr]++; /* will be used for the copmutation
 204                                               of the average*/
 205                             for (p = 0; p < isize; p++)
 206                             {
 207                                 asf = sf_table[redt[p].t][kr];
 208
 209                                 kdotx = kx * redt[p].x[XX] +
 210                                     ky * redt[p].x[YY] + kz * redt[p].x[ZZ];
 211
 212                                 tmpSF[i][j][k].re += cos (kdotx) * asf;
 213                                 tmpSF[i][j][k].im += sin (kdotx) * asf;
 214                             }
 215                         }
 216                     }
 217                 }
 218             }
 219         }
 220     }               /* end loop on i */
 221 /*
 222  *  compute the square modulus of the structure factor, averaging on the surface
 223  *  kx*kx + ky*ky + kz*kz = krr*krr
 224  *  note that this is correct only for a (on the macroscopic scale)
 225  *  isotropic system.
 226  */
 227     for (i = 0; i < maxkx; i++)
 228     {
 229         kx = i * k_factor[XX]; for (j = 0; j < maxky; j++)
 230         {
 231             ky = j * k_factor[YY]; for (k = 0; k < maxkz; k++)
 232             {
 233                 kz = k * k_factor[ZZ]; krr = sqrt (sqr (kx) + sqr (ky)
 234                                                    + sqr (kz)); if (krr >= start_q && krr <= end_q)
 235                 {
 236                     kr = (int) (krr / sf->ref_k + 0.5);
 237                     if (kr < sf->n_angles && counter[kr] != 0)
 238                     {
 239                         sf->F[group][kr] +=
 240                             (sqr (tmpSF[i][j][k].re) +
 241                              sqr (tmpSF[i][j][k].im))/ counter[kr];
 242                     }
 243                 }
 244             }
 245         }
 246     }
 247     sfree(counter);
 248     sfree(tmpSF[0][0]);
 249     sfree(tmpSF[0]);
 250     sfree(tmpSF);
 251 }
 252
 253
 254 extern gmx_structurefactors_t *gmx_structurefactors_init(const char *datfn)
 255 {
 256
 257     /* Read the database for the structure factor of the different atoms */
 258
 259     FILE                 *fp;
 260     char                  line[STRLEN];
 261     gmx_structurefactors *gsf;
 262     double                a1, a2, a3, a4, b1, b2, b3, b4, c;
 263     int                   p;
 264     int                   i;
 265     int                   nralloc = 10;
 266     int                   line_no;
 267     char                  atomn[32];
 268     fp      = libopen(datfn);
 269     line_no = 0;
 270     snew(gsf, 1);
 271
 272     snew(gsf->atomnm, nralloc);
 273     snew(gsf->a, nralloc);
 274     snew(gsf->b, nralloc);
 275     snew(gsf->c, nralloc);
 276     snew(gsf->p, nralloc);
 277     gsf->n       = NULL;
 278     gsf->nratoms = line_no;
 279     while (get_a_line(fp, line, STRLEN))
 280     {
 281         i = line_no;
 282         if (sscanf(line, "%s %d %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf",
 283                    atomn, &p, &a1, &a2, &a3, &a4, &b1, &b2, &b3, &b4, &c) == 11)
 284         {
 285             gsf->atomnm[i] = gmx_strdup(atomn);
 286             gsf->p[i]      = p;
 287             snew(gsf->a[i], 4);
 288             snew(gsf->b[i], 4);
 289             gsf->a[i][0] = a1;
 290             gsf->a[i][1] = a2;
 291             gsf->a[i][2] = a3;
 292             gsf->a[i][3] = a4;
 293             gsf->b[i][0] = b1;
 294             gsf->b[i][1] = b2;
 295             gsf->b[i][2] = b3;
 296             gsf->b[i][3] = b4;
 297             gsf->c[i]    = c;
 298             line_no++;
 299             gsf->nratoms = line_no;
 300             if (line_no == nralloc)
 301             {
 302                 nralloc += 10;
 303                 srenew(gsf->atomnm, nralloc);
 304                 srenew(gsf->a, nralloc);
 305                 srenew(gsf->b, nralloc);
 306                 srenew(gsf->c, nralloc);
 307                 srenew(gsf->p, nralloc);
 308             }
 309         }
 310         else
 311         {
 312             fprintf(stderr, "WARNING: Error in file %s at line %d ignored\n",
 313                     datfn, line_no);
 314         }
 315     }
 316
 317     srenew(gsf->atomnm, gsf->nratoms);
 318     srenew(gsf->a, gsf->nratoms);
 319     srenew(gsf->b, gsf->nratoms);
 320     srenew(gsf->c, gsf->nratoms);
 321     srenew(gsf->p, gsf->nratoms);
 322
 323     fclose(fp);
 324
 325     return (gmx_structurefactors_t *) gsf;
 326
 327 }
 328
 329
 330 extern void rearrange_atoms (reduced_atom_t * positions, t_trxframe *fr, atom_id * index,
 331                              int isize, t_topology * top, gmx_bool flag, gmx_structurefactors_t *gsf)
 332 /* given the group's index, return the (continuous) array of atoms */
 333 {
 334     int           i;
 335
 336     reduced_atom *pos = (reduced_atom *)positions;
 337
 338     if (flag)
 339     {
 340         for (i = 0; i < isize; i++)
 341         {
 342             pos[i].t =
 343                 return_atom_type (*(top->atoms.atomname[index[i]]), gsf);
 344         }
 345     }
 346     for (i = 0; i < isize; i++)
 347     {
 348         copy_rvec (fr->x[index[i]], pos[i].x);
 349     }
 350 }
 351
 352
 353 extern int return_atom_type (const char *name, gmx_structurefactors_t *gsf)
 354 {
 355     typedef struct {
 356         const char *name;
 357         int         nh;
 358     } t_united_h;
 359     t_united_h            uh[] = {
 360         { "CH1", 1 }, { "CH2", 2 }, { "CH3", 3 },
 361         { "CS1", 1 }, { "CS2", 2 }, { "CS3", 3 },
 362         { "CP1", 1 }, { "CP2", 2 }, { "CP3", 3 }
 363     };
 364     int                   i, cnt = 0;
 365     int                  *tndx;
 366     int                   nrc;
 367     int                   fndx = 0;
 368     int                   NCMT;
 369
 370     gmx_structurefactors *gsft = (gmx_structurefactors *)gsf;
 371
 372     NCMT = gsft->nratoms;
 373
 374     snew(tndx, NCMT);
 375
 376     for (i = 0; (i < asize(uh)); i++)
 377     {
 378         if (strcmp(name, uh[i].name) == 0)
 379         {
 380             return NCMT-1+uh[i].nh;
 381         }
 382     }
 383
 384     for (i = 0; (i < NCMT); i++)
 385     {
 386         if (strncmp (name, gsft->atomnm[i], strlen(gsft->atomnm[i])) == 0)
 387         {
 388             tndx[cnt] = i;
 389             cnt++;
 390         }
 391     }
 392
 393     if (cnt == 0)
 394     {
 395         gmx_fatal(FARGS, "\nError: atom (%s) not in list (%d types checked)!\n",
 396                   name, i);
 397     }
 398     else
 399     {
 400         nrc = 0;
 401         for (i = 0; i < cnt; i++)
 402         {
 403             if (strlen(gsft->atomnm[tndx[i]]) > (size_t)nrc)
 404             {
 405                 nrc  = strlen(gsft->atomnm[tndx[i]]);
 406                 fndx = tndx[i];
 407             }
 408         }
 409
 410         return fndx;
 411     }
 412
 413     return 0;
 414 }
 415
 416 extern int gmx_structurefactors_get_sf(gmx_structurefactors_t *gsf, int elem, real a[4], real b[4], real *c)
 417 {
 418
 419     int                   success;
 420     int                   i;
 421     gmx_structurefactors *gsft = (gmx_structurefactors *)gsf;
 422     success = 0;
 423
 424     for (i = 0; i < 4; i++)
 425     {
 426         a[i] = gsft->a[elem][i];
 427         b[i] = gsft->b[elem][i];
 428         *c   = gsft->c[elem];
 429     }
 430
 431     success += 1;
 432     return success;
 433 }
 434
 435 extern int do_scattering_intensity (const char* fnTPS, const char* fnNDX,
 436                                     const char* fnXVG, const char *fnTRX,
 437                                     const char* fnDAT,
 438                                     real start_q, real end_q,
 439                                     real energy, int ng, const output_env_t oenv)
 440 {
 441     int                     i, *isize, flags = TRX_READ_X, **index_atp;
 442     t_trxstatus            *status;
 443     char                  **grpname, title[STRLEN];
 444     atom_id               **index;
 445     t_topology              top;
 446     int                     ePBC;
 447     t_trxframe              fr;
 448     reduced_atom_t        **red;
 449     structure_factor       *sf;
 450     rvec                   *xtop;
 451     real                  **sf_table;
 452     int                     nsftable;
 453     matrix                  box;
 454     double                  r_tmp;
 455
 456     gmx_structurefactors_t *gmx_sf;
 457     real                   *a, *b, c;
 458     int                     success;
 459
 460     snew(a, 4);
 461     snew(b, 4);
 462
 463
 464     gmx_sf = gmx_structurefactors_init(fnDAT);
 465
 466     success = gmx_structurefactors_get_sf(gmx_sf, 0, a, b, &c);
 467
 468     snew (sf, 1);
 469     sf->energy = energy;
 470
 471     /* Read the topology informations */
 472     read_tps_conf (fnTPS, title, &top, &ePBC, &xtop, NULL, box, TRUE);
 473     sfree (xtop);
 474
 475     /* groups stuff... */
 476     snew (isize, ng);
 477     snew (index, ng);
 478     snew (grpname, ng);
 479
 480     fprintf (stderr, "\nSelect %d group%s\n", ng,
 481              ng == 1 ? "" : "s");
 482     if (fnTPS)
 483     {
 484         get_index (&top.atoms, fnNDX, ng, isize, index, grpname);
 485     }
 486     else
 487     {
 488         rd_index (fnNDX, ng, isize, index, grpname);
 489     }
 490
 491     /* The first time we read data is a little special */
 492     read_first_frame (oenv, &status, fnTRX, &fr, flags);
 493
 494     sf->total_n_atoms = fr.natoms;
 495
 496     snew (red, ng);
 497     snew (index_atp, ng);
 498
 499     r_tmp = max (box[XX][XX], box[YY][YY]);
 500     r_tmp = (double) max (box[ZZ][ZZ], r_tmp);
 501
 502     sf->ref_k = (2.0 * M_PI) / (r_tmp);
 503     /* ref_k will be the reference momentum unit */
 504     sf->n_angles = (int) (end_q / sf->ref_k + 0.5);
 505
 506     snew (sf->F, ng);
 507     for (i = 0; i < ng; i++)
 508     {
 509         snew (sf->F[i], sf->n_angles);
 510     }
 511     for (i = 0; i < ng; i++)
 512     {
 513         snew (red[i], isize[i]);
 514         rearrange_atoms (red[i], &fr, index[i], isize[i], &top, TRUE, gmx_sf);
 515         index_atp[i] = create_indexed_atom_type (red[i], isize[i]);
 516     }
 517
 518     sf_table = compute_scattering_factor_table (gmx_sf, (structure_factor_t *)sf);
 519
 520
 521     /* This is the main loop over frames */
 522
 523     do
 524     {
 525         sf->nSteps++;
 526         for (i = 0; i < ng; i++)
 527         {
 528             rearrange_atoms (red[i], &fr, index[i], isize[i], &top, FALSE, gmx_sf);
 529
 530             compute_structure_factor ((structure_factor_t *)sf, box, red[i], isize[i],
 531                                       start_q, end_q, i, sf_table);
 532         }
 533     }
 534
 535     while (read_next_frame (oenv, status, &fr));
 536
 537     save_data ((structure_factor_t *)sf, fnXVG, ng, start_q, end_q, oenv);
 538
 539
 540     sfree(a);
 541     sfree(b);
 542
 543     gmx_structurefactors_done(gmx_sf);
 544
 545     return 0;
 546 }
 547
 548
 549 extern void save_data (structure_factor_t *sft, const char *file, int ngrps,
 550                        real start_q, real end_q, const output_env_t oenv)
 551 {
 552
 553     FILE             *fp;
 554     int               i, g = 0;
 555     double           *tmp, polarization_factor, A;
 556
 557     structure_factor *sf = (structure_factor *)sft;
 558
 559     fp = xvgropen (file, "Scattering Intensity", "q (1/nm)",
 560                    "Intensity (a.u.)", oenv);
 561
 562     snew (tmp, ngrps);
 563
 564     for (g = 0; g < ngrps; g++)
 565     {
 566         for (i = 0; i < sf->n_angles; i++)
 567         {
 568
 569 /*
 570  *          theta is half the angle between incoming and scattered vectors.
 571  *
 572  *          polar. fact. = 0.5*(1+cos^2(2*theta)) = 1 - 0.5 * sin^2(2*theta)
 573  *
 574  *          sin(theta) = q/(2k) := A  ->  sin^2(theta) = 4*A^2 (1-A^2) ->
 575  *          -> 0.5*(1+cos^2(2*theta)) = 1 - 2 A^2 (1-A^2)
 576  */
 577             A                   = (double) (i * sf->ref_k) / (2.0 * sf->momentum);
 578             polarization_factor = 1 - 2.0 * sqr (A) * (1 - sqr (A));
 579             sf->F[g][i]        *= polarization_factor;
 580         }
 581     }
 582     for (i = 0; i < sf->n_angles; i++)
 583     {
 584         if (i * sf->ref_k >= start_q && i * sf->ref_k <= end_q)
 585         {
 586             fprintf (fp, "%10.5f  ", i * sf->ref_k);
 587             for (g = 0; g < ngrps; g++)
 588             {
 589                 fprintf (fp, "  %10.5f ", (sf->F[g][i]) /( sf->total_n_atoms*
 590                                                            sf->nSteps));
 591             }
 592             fprintf (fp, "\n");
 593         }
 594     }
 595
 596     gmx_ffclose (fp);
 597 }
 598
 599
 600 extern double CMSF (gmx_structurefactors_t *gsf, int type, int nh, double lambda, double sin_theta)
 601 /*
 602  * return Cromer-Mann fit for the atomic scattering factor:
 603  * sin_theta is the sine of half the angle between incoming and scattered
 604  * vectors. See g_sq.h for a short description of CM fit.
 605  */
 606 {
 607     int    i, success;
 608     double tmp = 0.0, k2;
 609     real  *a, *b;
 610     real   c;
 611
 612     snew(a, 4);
 613     snew(b, 4);
 614
 615     /*
 616      *
 617      * f0[k] = c + [SUM a_i*EXP(-b_i*(k^2)) ]
 618      *             i=1,4
 619      */
 620
 621     /*
 622      *  united atoms case
 623      *  CH2 / CH3 groups
 624      */
 625     if (nh > 0)
 626     {
 627         tmp = (CMSF (gsf, return_atom_type ("C", gsf), 0, lambda, sin_theta) +
 628                nh*CMSF (gsf, return_atom_type ("H", gsf), 0, lambda, sin_theta));
 629     }
 630     /* all atom case */
 631     else
 632     {
 633         k2      = (sqr (sin_theta) / sqr (10.0 * lambda));
 634         success = gmx_structurefactors_get_sf(gsf, type, a, b, &c);
 635         tmp     = c;
 636         for (i = 0; (i < 4); i++)
 637         {
 638             tmp += a[i] * exp (-b[i] * k2);
 639         }
 640     }
 641     return tmp;
 642 }
 643
 644
 645
 646 extern real **gmx_structurefactors_table(gmx_structurefactors_t *gsf, real momentum, real ref_k, real lambda, int n_angles)
 647 {
 648
 649     int                   NCMT;
 650     int                   nsftable;
 651     int                   i, j;
 652     double                q, sin_theta;
 653     real                **sf_table;
 654     gmx_structurefactors *gsft = (gmx_structurefactors *)gsf;
 655
 656     NCMT     = gsft->nratoms;
 657     nsftable = NCMT+3;
 658
 659     snew (sf_table, nsftable);
 660     for (i = 0; (i < nsftable); i++)
 661     {
 662         snew (sf_table[i], n_angles);
 663         for (j = 0; j < n_angles; j++)
 664         {
 665             q = ((double) j * ref_k);
 666             /* theta is half the angle between incoming
 667                and scattered wavevectors. */
 668             sin_theta = q / (2.0 * momentum);
 669             if (i < NCMT)
 670             {
 671                 sf_table[i][j] = CMSF (gsf, i, 0, lambda, sin_theta);
 672             }
 673             else
 674             {
 675                 sf_table[i][j] = CMSF (gsf, i, i-NCMT+1, lambda, sin_theta);
 676             }
 677         }
 678     }
 679     return sf_table;
 680 }
 681
 682 extern void gmx_structurefactors_done(gmx_structurefactors_t *gsf)
 683 {
 684
 685     int                   i;
 686     gmx_structurefactors *sf;
 687     sf = (gmx_structurefactors *) gsf;
 688
 689     for (i = 0; i < sf->nratoms; i++)
 690     {
 691         sfree(sf->a[i]);
 692         sfree(sf->b[i]);
 693         sfree(sf->atomnm[i]);
 694     }
 695
 696     sfree(sf->a);
 697     sfree(sf->b);
 698     sfree(sf->atomnm);
 699     sfree(sf->p);
 700     sfree(sf->c);
 701
 702     sfree(sf);
 703
 704 }
 705
 706 extern real **compute_scattering_factor_table (gmx_structurefactors_t *gsf, structure_factor_t *sft)
 707 {
 708 /*
 709  *  this function build up a table of scattering factors for every atom
 710  *  type and for every scattering angle.
 711  */
 712
 713     double            hc = 1239.842;
 714     real           ** sf_table;
 715
 716     structure_factor *sf = (structure_factor *)sft;
 717
 718
 719     /* \hbar \omega \lambda = hc = 1239.842 eV * nm */
 720     sf->momentum = ((double) (2. * 1000.0 * M_PI * sf->energy) / hc);
 721     sf->lambda   = hc / (1000.0 * sf->energy);
 722     fprintf (stderr, "\nwavelenght = %f nm\n", sf->lambda);
 723
 724     sf_table = gmx_structurefactors_table(gsf, sf->momentum, sf->ref_k, sf->lambda, sf->n_angles);
 725
 726     return sf_table;
 727 }