src/gromacs/gmxana/hxprops.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef _hxprops_h
  39 #define _hxprops_h
  40
  41 #include <stdio.h>
  42 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  43
  44 #define PHI_AHX (-55.0)
  45 #define PSI_AHX (-45.0)
  46 /* Canonical values of the helix phi/psi angles */
  47
  48
  49 typedef struct {
  50     real     phi, psi, pprms2;
  51     real     jcaha;
  52     real     d3, d4, d5, rmsa;
  53     gmx_bool bHelix;
  54     int      nhx;
  55     int      nrms, resno;
  56     int      Cprev, N, H, CA, C, O, Nnext;
  57     char     label[32];
  58 } t_bb;
  59
  60 enum {
  61     efhRAD,  efhTWIST, efhRISE, efhLEN,
  62     efhDIP,  efhRMS,   efhRMSA, efhCD222,
  63     efhPPRMS, efhCPHI,  efhPHI,  efhPSI,
  64     efhHB3,  efhHB4,   efhHB5,  efhJCA,
  65     efhAHX,  efhNR
  66 };
  67
  68 extern real ahx_len(int gnx, atom_id index[], rvec x[]);
  69 /* Assume we have a list of Calpha atoms only! */
  70
  71 extern real ellipticity(int nres, t_bb bb[]);
  72
  73 extern real radius(FILE *fp, int nca, atom_id ca_index[], rvec x[]);
  74 /* Assume we have calphas */
  75
  76 extern real twist(int nca, atom_id caindex[], rvec x[]);
  77 /* Calculate the twist of the helix */
  78
  79 extern real pprms(FILE *fp, int nbb, t_bb bb[]);
  80 /* Calculate the average RMS from canonical phi/psi values
  81  * and the distance per residue
  82  */
  83
  84 extern real ca_phi(int gnx, atom_id index[], rvec x[]);
  85 /* Assume we have a list of Calpha atoms only! */
  86
  87 extern real dip(int nbb, atom_id bbind[], rvec x[], t_atom atom[]);
  88
  89 extern real rise(int gnx, atom_id index[], rvec x[]);
  90 /* Assume we have a list of Calpha atoms only! */
  91
  92 extern void av_hblen(FILE *fp3, FILE *fp3a,
  93                      FILE *fp4, FILE *fp4a,
  94                      FILE *fp5, FILE *fp5a,
  95                      real t, int nres, t_bb bb[]);
  96
  97 extern void av_phipsi(FILE *fphi, FILE *fpsi, FILE *fphi2, FILE *fpsi2,
  98                       real t, int nres, t_bb bb[]);
  99
 100 extern t_bb *mkbbind(const char *fn, int *nres, int *nbb, int res0,
 101                      int *nall, atom_id **index,
 102                      char ***atomname, t_atom atom[],
 103                      t_resinfo *resinfo);
 104
 105 extern void do_start_end(int nres, t_bb bb[], int *nbb,
 106                          atom_id bbindex[], int *nca, atom_id caindex[],
 107                          gmx_bool bRange, int rStart, int rEnd);
 108
 109 extern void calc_hxprops(int nres, t_bb bb[], rvec x[]);
 110
 111 extern void pr_bb(FILE *fp, int nres, t_bb bb[]);
 112
 113 #endif