src/gromacs/gmxana/gmx_trjcat.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "config.h"
  40
  41 #include <math.h>
  42 #include <stdlib.h>
  43 #include <string.h>
  44
  45 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  46 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  48 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  49 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  50 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  51 #include "gromacs/fileio/trnio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/tngio.h"
  53 #include "gromacs/fileio/tngio_for_tools.h"
  54 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  55 #include "gromacs/utility/futil.h"
  56 #include "gromacs/fileio/pdbio.h"
  57 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  58 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  59 #include "gromacs/topology/index.h"
  60 #include "gromacs/math/vec.h"
  61 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  62 #include "gromacs/fileio/xvgr.h"
  63 #include "gmx_ana.h"
  64
  65 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  66
  67 #define TIME_EXPLICIT 0
  68 #define TIME_CONTINUE 1
  69 #define TIME_LAST     2
  70 #ifndef FLT_MAX
  71 #define FLT_MAX 1e36
  72 #endif
  73 #define FLAGS (TRX_READ_X | TRX_READ_V | TRX_READ_F)
  74
  75 static void scan_trj_files(char **fnms, int nfiles, real *readtime,
  76                            real *timestep, atom_id imax,
  77                            const output_env_t oenv)
  78 {
  79     /* Check start time of all files */
  80     int          i, natoms = 0;
  81     t_trxstatus *status;
  82     real         t;
  83     t_trxframe   fr;
  84     gmx_bool     ok;
  85
  86     for (i = 0; i < nfiles; i++)
  87     {
  88         ok = read_first_frame(oenv, &status, fnms[i], &fr, FLAGS);
  89
  90         if (!ok)
  91         {
  92             gmx_fatal(FARGS, "\nCouldn't read frame from file." );
  93         }
  94         if (fr.bTime)
  95         {
  96             readtime[i] = fr.time;
  97         }
  98         else
  99         {
 100             readtime[i] = 0;
 101             fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
 102         }
 103
 104         if (i == 0)
 105         {
 106             natoms = fr.natoms;
 107         }
 108         else
 109         {
 110             if (imax == NO_ATID)
 111             {
 112                 if (natoms != fr.natoms)
 113                 {
 114                     gmx_fatal(FARGS, "\nDifferent numbers of atoms (%d/%d) in files",
 115                               natoms, fr.natoms);
 116                 }
 117             }
 118             else
 119             {
 120                 if (fr.natoms <= imax)
 121                 {
 122                     gmx_fatal(FARGS, "\nNot enough atoms (%d) for index group (%d)",
 123                               fr.natoms, imax);
 124                 }
 125             }
 126         }
 127         ok = read_next_frame(oenv, status, &fr);
 128         if (ok && fr.bTime)
 129         {
 130             timestep[i] = fr.time - readtime[i];
 131         }
 132         else
 133         {
 134             timestep[i] = 0;
 135         }
 136
 137         close_trj(status);
 138         if (fr.bX)
 139         {
 140             sfree(fr.x);
 141         }
 142         if (fr.bV)
 143         {
 144             sfree(fr.v);
 145         }
 146         if (fr.bF)
 147         {
 148             sfree(fr.f);
 149         }
 150     }
 151     fprintf(stderr, "\n");
 152
 153 }
 154
 155 static void sort_files(char **fnms, real *settime, int nfile)
 156 {
 157     int   i, j, minidx;
 158     real  timeswap;
 159     char *chptr;
 160
 161     for (i = 0; i < nfile; i++)
 162     {
 163         minidx = i;
 164         for (j = i + 1; j < nfile; j++)
 165         {
 166             if (settime[j] < settime[minidx])
 167             {
 168                 minidx = j;
 169             }
 170         }
 171         if (minidx != i)
 172         {
 173             timeswap        = settime[i];
 174             settime[i]      = settime[minidx];
 175             settime[minidx] = timeswap;
 176             chptr           = fnms[i];
 177             fnms[i]         = fnms[minidx];
 178             fnms[minidx]    = chptr;
 179         }
 180     }
 181 }
 182
 183 static void edit_files(char **fnms, int nfiles, real *readtime, real *timestep,
 184                        real *settime, int *cont_type, gmx_bool bSetTime,
 185                        gmx_bool bSort, const output_env_t oenv)
 186 {
 187     int      i;
 188     gmx_bool ok;
 189     char     inputstring[STRLEN], *chptr;
 190
 191     if (bSetTime)
 192     {
 193         fprintf(stderr, "\n\nEnter the new start time (%s) for each file.\n"
 194                 "There are two special options, both disable sorting:\n\n"
 195                 "c (continue) - The start time is taken from the end\n"
 196                 "of the previous file. Use it when your continuation run\n"
 197                 "restarts with t=0.\n\n"
 198                 "l (last) - The time in this file will be changed the\n"
 199                 "same amount as in the previous. Use it when the time in the\n"
 200                 "new run continues from the end of the previous one,\n"
 201                 "since this takes possible overlap into account.\n\n",
 202                 output_env_get_time_unit(oenv));
 203
 204         fprintf(
 205                 stderr,
 206                 "          File             Current start (%s)  New start (%s)\n"
 207                 "---------------------------------------------------------\n",
 208                 output_env_get_time_unit(oenv), output_env_get_time_unit(oenv));
 209
 210         for (i = 0; i < nfiles; i++)
 211         {
 212             fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s          ", fnms[i],
 213                     output_env_conv_time(oenv, readtime[i]), output_env_get_time_unit(oenv));
 214             ok = FALSE;
 215             do
 216             {
 217                 if (NULL == fgets(inputstring, STRLEN - 1, stdin))
 218                 {
 219                     gmx_fatal(FARGS, "Error reading user input" );
 220                 }
 221
 222                 inputstring[strlen(inputstring)-1] = 0;
 223
 224                 if (inputstring[0] == 'c' || inputstring[0] == 'C')
 225                 {
 226                     cont_type[i] = TIME_CONTINUE;
 227                     bSort        = FALSE;
 228                     ok           = TRUE;
 229                     settime[i]   = FLT_MAX;
 230                 }
 231                 else if (inputstring[0] == 'l' ||
 232                          inputstring[0] == 'L')
 233                 {
 234                     cont_type[i] = TIME_LAST;
 235                     bSort        = FALSE;
 236                     ok           = TRUE;
 237                     settime[i]   = FLT_MAX;
 238                 }
 239                 else
 240                 {
 241                     settime[i] = strtod(inputstring, &chptr)*
 242                         output_env_get_time_invfactor(oenv);
 243                     if (chptr == inputstring)
 244                     {
 245                         fprintf(stderr, "'%s' not recognized as a floating point number, 'c' or 'l'. "
 246                                 "Try again: ", inputstring);
 247                     }
 248                     else
 249                     {
 250                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 251                         ok           = TRUE;
 252                     }
 253                 }
 254             }
 255             while (!ok);
 256         }
 257         if (cont_type[0] != TIME_EXPLICIT)
 258         {
 259             cont_type[0] = TIME_EXPLICIT;
 260             settime[0]   = 0;
 261         }
 262     }
 263     else
 264     {
 265         for (i = 0; i < nfiles; i++)
 266         {
 267             settime[i] = readtime[i];
 268         }
 269     }
 270     if (!bSort)
 271     {
 272         fprintf(stderr, "Sorting disabled.\n");
 273     }
 274     else
 275     {
 276         sort_files(fnms, settime, nfiles);
 277     }
 278     /* Write out the new order and start times */
 279     fprintf(stderr, "\nSummary of files and start times used:\n\n"
 280             "          File                Start time       Time step\n"
 281             "---------------------------------------------------------\n");
 282     for (i = 0; i < nfiles; i++)
 283     {
 284         switch (cont_type[i])
 285         {
 286             case TIME_EXPLICIT:
 287                 fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s   %10.3f %s",
 288                         fnms[i],
 289                         output_env_conv_time(oenv, settime[i]), output_env_get_time_unit(oenv),
 290                         output_env_conv_time(oenv, timestep[i]), output_env_get_time_unit(oenv));
 291                 if (i > 0 &&
 292                     cont_type[i-1] == TIME_EXPLICIT && settime[i] == settime[i-1])
 293                 {
 294                     fprintf(stderr, " WARNING: same Start time as previous");
 295                 }
 296                 fprintf(stderr, "\n");
 297                 break;
 298             case TIME_CONTINUE:
 299                 fprintf(stderr, "%25s        Continue from last file\n", fnms[i]);
 300                 break;
 301             case TIME_LAST:
 302                 fprintf(stderr, "%25s        Change by same amount as last file\n",
 303                         fnms[i]);
 304                 break;
 305         }
 306     }
 307     fprintf(stderr, "\n");
 308
 309     settime[nfiles]   = FLT_MAX;
 310     cont_type[nfiles] = TIME_EXPLICIT;
 311     readtime[nfiles]  = FLT_MAX;
 312 }
 313
 314 static void do_demux(int nset, char *fnms[], char *fnms_out[], int nval,
 315                      real **value, real *time, real dt_remd, int isize,
 316                      atom_id index[], real dt, const output_env_t oenv)
 317 {
 318     int           i, j, k, natoms, nnn;
 319     t_trxstatus **fp_in, **fp_out;
 320     gmx_bool      bCont, *bSet;
 321     real          t, first_time = 0;
 322     t_trxframe   *trx;
 323
 324     snew(fp_in, nset);
 325     snew(trx, nset);
 326     snew(bSet, nset);
 327     natoms = -1;
 328     t      = -1;
 329     for (i = 0; (i < nset); i++)
 330     {
 331         nnn = read_first_frame(oenv, &(fp_in[i]), fnms[i], &(trx[i]),
 332                                TRX_NEED_X);
 333         if (natoms == -1)
 334         {
 335             natoms     = nnn;
 336             first_time = trx[i].time;
 337         }
 338         else if (natoms != nnn)
 339         {
 340             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has %d atoms while previous trajs had %d atoms", fnms[i], nnn, natoms);
 341         }
 342         if (t == -1)
 343         {
 344             t = trx[i].time;
 345         }
 346         else if (t != trx[i].time)
 347         {
 348             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has time %f while previous trajs had time %f", fnms[i], trx[i].time, t);
 349         }
 350     }
 351
 352     snew(fp_out, nset);
 353     for (i = 0; (i < nset); i++)
 354     {
 355         fp_out[i] = open_trx(fnms_out[i], "w");
 356     }
 357     k = 0;
 358     if (gmx_nint(time[k] - t) != 0)
 359     {
 360         gmx_fatal(FARGS, "First time in demuxing table does not match trajectories");
 361     }
 362     do
 363     {
 364         while ((k+1 < nval) && ((trx[0].time - time[k+1]) > dt_remd*0.1))
 365         {
 366             k++;
 367         }
 368         if (debug)
 369         {
 370             fprintf(debug, "trx[0].time = %g, time[k] = %g\n", trx[0].time, time[k]);
 371         }
 372         for (i = 0; (i < nset); i++)
 373         {
 374             bSet[i] = FALSE;
 375         }
 376         for (i = 0; (i < nset); i++)
 377         {
 378             j = gmx_nint(value[i][k]);
 379             range_check(j, 0, nset);
 380             if (bSet[j])
 381             {
 382                 gmx_fatal(FARGS, "Demuxing the same replica %d twice at time %f",
 383                           j, trx[0].time);
 384             }
 385             bSet[j] = TRUE;
 386
 387             if (dt == 0 || bRmod(trx[i].time, first_time, dt))
 388             {
 389                 if (index)
 390                 {
 391                     write_trxframe_indexed(fp_out[j], &trx[i], isize, index, NULL);
 392                 }
 393                 else
 394                 {
 395                     write_trxframe(fp_out[j], &trx[i], NULL);
 396                 }
 397             }
 398         }
 399
 400         bCont = (k < nval);
 401         for (i = 0; (i < nset); i++)
 402         {
 403             bCont = bCont && read_next_frame(oenv, fp_in[i], &trx[i]);
 404         }
 405     }
 406     while (bCont);
 407
 408     for (i = 0; (i < nset); i++)
 409     {
 410         close_trx(fp_in[i]);
 411         close_trx(fp_out[i]);
 412     }
 413 }
 414
 415 int gmx_trjcat(int argc, char *argv[])
 416 {
 417     const char     *desc[] =
 418     {
 419         "[THISMODULE] concatenates several input trajectory files in sorted order. ",
 420         "In case of double time frames the one in the later file is used. ",
 421         "By specifying [TT]-settime[tt] you will be asked for the start time ",
 422         "of each file. The input files are taken from the command line, ",
 423         "such that a command like [TT]gmx trjcat -f *.trr -o fixed.trr[tt] should do ",
 424         "the trick. Using [TT]-cat[tt], you can simply paste several files ",
 425         "together without removal of frames with identical time stamps.[PAR]",
 426         "One important option is inferred when the output file is amongst the",
 427         "input files. In that case that particular file will be appended to",
 428         "which implies you do not need to store double the amount of data.",
 429         "Obviously the file to append to has to be the one with lowest starting",
 430         "time since one can only append at the end of a file.[PAR]",
 431         "If the [TT]-demux[tt] option is given, the N trajectories that are",
 432         "read, are written in another order as specified in the [TT].xvg[tt] file.",
 433         "The [TT].xvg[tt] file should contain something like:[PAR]",
 434         "[TT]0  0  1  2  3  4  5[BR]",
 435         "2  1  0  2  3  5  4[tt][BR]",
 436         "Where the first number is the time, and subsequent numbers point to",
 437         "trajectory indices.",
 438         "The frames corresponding to the numbers present at the first line",
 439         "are collected into the output trajectory. If the number of frames in",
 440         "the trajectory does not match that in the [TT].xvg[tt] file then the program",
 441         "tries to be smart. Beware."
 442     };
 443     static gmx_bool bVels           = TRUE;
 444     static gmx_bool bCat            = FALSE;
 445     static gmx_bool bSort           = TRUE;
 446     static gmx_bool bKeepLast       = FALSE;
 447     static gmx_bool bKeepLastAppend = FALSE;
 448     static gmx_bool bOverwrite      = FALSE;
 449     static gmx_bool bSetTime        = FALSE;
 450     static gmx_bool bDeMux;
 451     static real     begin = -1;
 452     static real     end   = -1;
 453     static real     dt    = 0;
 454
 455     t_pargs
 456         pa[] =
 457     {
 458         { "-b", FALSE, etTIME,
 459           { &begin }, "First time to use (%t)" },
 460         { "-e", FALSE, etTIME,
 461           { &end }, "Last time to use (%t)" },
 462         { "-dt", FALSE, etTIME,
 463           { &dt }, "Only write frame when t MOD dt = first time (%t)" },
 464         { "-vel", FALSE, etBOOL,
 465           { &bVels }, "Read and write velocities if possible" },
 466         { "-settime", FALSE, etBOOL,
 467           { &bSetTime }, "Change starting time interactively" },
 468         { "-sort", FALSE, etBOOL,
 469           { &bSort }, "Sort trajectory files (not frames)" },
 470         { "-keeplast", FALSE, etBOOL,
 471           { &bKeepLast }, "Keep overlapping frames at end of trajectory" },
 472         { "-overwrite", FALSE, etBOOL,
 473           { &bOverwrite }, "Overwrite overlapping frames during appending" },
 474         { "-cat", FALSE, etBOOL,
 475           { &bCat }, "Do not discard double time frames" }
 476     };
 477 #define npargs asize(pa)
 478     int          ftpin, i, frame, frame_out, step = 0, trjout = 0;
 479     t_trxstatus *status, *trxout = NULL;
 480     rvec        *x, *v;
 481     real         t_corr;
 482     t_trxframe   fr, frout;
 483     char       **fnms, **fnms_out, *in_file, *out_file;
 484     int          n_append;
 485     gmx_bool     bNewFile, bIndex, bWrite;
 486     int          earliersteps, nfile_in, nfile_out, *cont_type, last_ok_step;
 487     real        *readtime, *timest, *settime;
 488     real         first_time = 0, lasttime = NOTSET, last_ok_t = -1, timestep;
 489     real         last_frame_time, searchtime;
 490     int          isize, j;
 491     atom_id     *index = NULL, imax;
 492     char        *grpname;
 493     real       **val = NULL, *t = NULL, dt_remd;
 494     int          n, nset, ftpout = -1, prevEndStep = 0, filetype;
 495     gmx_bool     bOK;
 496     gmx_off_t    fpos;
 497     output_env_t oenv;
 498     t_filenm     fnm[] =
 499     {
 500         { efTRX, "-f", NULL, ffRDMULT },
 501         { efTRO, "-o", NULL, ffWRMULT },
 502         { efNDX, "-n", "index", ffOPTRD },
 503         { efXVG, "-demux", "remd", ffOPTRD }
 504     };
 505
 506 #define NFILE asize(fnm)
 507
 508     if (!parse_common_args(&argc, argv, PCA_TIME_UNIT, NFILE, fnm,
 509                            asize(pa), pa, asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
 510     {
 511         return 0;
 512     }
 513
 514     bIndex = ftp2bSet(efNDX, NFILE, fnm);
 515     bDeMux = ftp2bSet(efXVG, NFILE, fnm);
 516     bSort  = bSort && !bDeMux;
 517
 518     imax = NO_ATID;
 519     if (bIndex)
 520     {
 521         printf("Select group for output\n");
 522         rd_index(ftp2fn(efNDX, NFILE, fnm), 1, &isize, &index, &grpname);
 523         /* scan index */
 524         imax = index[0];
 525         for (i = 1; i < isize; i++)
 526         {
 527             imax = max(imax, index[i]);
 528         }
 529     }
 530     if (bDeMux)
 531     {
 532         nset    = 0;
 533         dt_remd = 0;
 534         val     = read_xvg_time(opt2fn("-demux", NFILE, fnm), TRUE,
 535                                 opt2parg_bSet("-b", npargs, pa), begin,
 536                                 opt2parg_bSet("-e", npargs, pa), end, 1, &nset, &n,
 537                                 &dt_remd, &t);
 538         printf("Read %d sets of %d points, dt = %g\n\n", nset, n, dt_remd);
 539         if (debug)
 540         {
 541             fprintf(debug, "Dump of replica_index.xvg\n");
 542             for (i = 0; (i < n); i++)
 543             {
 544                 fprintf(debug, "%10g", t[i]);
 545                 for (j = 0; (j < nset); j++)
 546                 {
 547                     fprintf(debug, "  %3d", gmx_nint(val[j][i]));
 548                 }
 549                 fprintf(debug, "\n");
 550             }
 551         }
 552     }
 553
 554     nfile_in = opt2fns(&fnms, "-f", NFILE, fnm);
 555     if (!nfile_in)
 556     {
 557         gmx_fatal(FARGS, "No input files!" );
 558     }
 559
 560     if (bDeMux && (nfile_in != nset))
 561     {
 562         gmx_fatal(FARGS, "You have specified %d files and %d entries in the demux table", nfile_in, nset);
 563     }
 564
 565     ftpin = fn2ftp(fnms[0]);
 566
 567     for (i = 1; i < nfile_in; i++)
 568     {
 569         if (ftpin != fn2ftp(fnms[i]))
 570         {
 571             gmx_fatal(FARGS, "All input files must be of the same format");
 572         }
 573     }
 574
 575     nfile_out = opt2fns(&fnms_out, "-o", NFILE, fnm);
 576     if (!nfile_out)
 577     {
 578         gmx_fatal(FARGS, "No output files!");
 579     }
 580     if ((nfile_out > 1) && !bDeMux)
 581     {
 582         gmx_fatal(FARGS, "Don't know what to do with more than 1 output file if  not demultiplexing");
 583     }
 584     else if (bDeMux && (nfile_out != nset) && (nfile_out != 1))
 585     {
 586         gmx_fatal(FARGS, "Number of output files should be 1 or %d (#input files), not %d", nset, nfile_out);
 587     }
 588     if (bDeMux)
 589     {
 590         if (nfile_out != nset)
 591         {
 592             char *buf = gmx_strdup(fnms_out[0]);
 593             snew(fnms_out, nset);
 594             for (i = 0; (i < nset); i++)
 595             {
 596                 snew(fnms_out[i], strlen(buf)+32);
 597                 sprintf(fnms_out[i], "%d_%s", i, buf);
 598             }
 599             sfree(buf);
 600         }
 601         do_demux(nfile_in, fnms, fnms_out, n, val, t, dt_remd, isize, index, dt, oenv);
 602     }
 603     else
 604     {
 605         snew(readtime, nfile_in+1);
 606         snew(timest, nfile_in+1);
 607         scan_trj_files(fnms, nfile_in, readtime, timest, imax, oenv);
 608
 609         snew(settime, nfile_in+1);
 610         snew(cont_type, nfile_in+1);
 611         edit_files(fnms, nfile_in, readtime, timest, settime, cont_type, bSetTime, bSort,
 612                    oenv);
 613
 614         /* Check whether the output file is amongst the input files
 615          * This has to be done after sorting etc.
 616          */
 617         out_file = fnms_out[0];
 618         ftpout   = fn2ftp(out_file);
 619         n_append = -1;
 620         for (i = 0; ((i < nfile_in) && (n_append == -1)); i++)
 621         {
 622             if (strcmp(fnms[i], out_file) == 0)
 623             {
 624                 n_append = i;
 625             }
 626         }
 627         if (n_append == 0)
 628         {
 629             fprintf(stderr, "Will append to %s rather than creating a new file\n",
 630                     out_file);
 631         }
 632         else if (n_append != -1)
 633         {
 634             gmx_fatal(FARGS, "Can only append to the first file which is %s (not %s)",
 635                       fnms[0], out_file);
 636         }
 637         earliersteps = 0;
 638
 639         /* Not checking input format, could be dangerous :-) */
 640         /* Not checking output format, equally dangerous :-) */
 641
 642         frame     = -1;
 643         frame_out = -1;
 644         /* the default is not to change the time at all,
 645          * but this is overridden by the edit_files routine
 646          */
 647         t_corr = 0;
 648
 649         if (n_append == -1)
 650         {
 651             if (ftpout == efTNG)
 652             {
 653                 if (bIndex)
 654                 {
 655                     trjtools_gmx_prepare_tng_writing(out_file, 'w', NULL, &trxout,
 656                                                      fnms[0], isize, NULL, index, grpname);
 657                 }
 658                 else
 659                 {
 660                     trjtools_gmx_prepare_tng_writing(out_file, 'w', NULL, &trxout,
 661                                                      fnms[0], -1, NULL, NULL, NULL);
 662                 }
 663             }
 664             else
 665             {
 666                 trxout = open_trx(out_file, "w");
 667             }
 668             memset(&frout, 0, sizeof(frout));
 669         }
 670         else
 671         {
 672             t_fileio *stfio;
 673
 674             if (!read_first_frame(oenv, &status, out_file, &fr, FLAGS))
 675             {
 676                 gmx_fatal(FARGS, "Reading first frame from %s", out_file);
 677             }
 678
 679             stfio = trx_get_fileio(status);
 680             if (!bKeepLast && !bOverwrite)
 681             {
 682                 fprintf(stderr, "\n\nWARNING: Appending without -overwrite implies -keeplast "
 683                         "between the first two files. \n"
 684                         "If the trajectories have an overlap and have not been written binary \n"
 685                         "reproducible this will produce an incorrect trajectory!\n\n");
 686
 687                 filetype = gmx_fio_getftp(stfio);
 688                 /* Fails if last frame is incomplete
 689                  * We can't do anything about it without overwriting
 690                  * */
 691                 if (filetype == efXTC || filetype == efTNG)
 692                 {
 693                     lasttime = trx_get_time_of_final_frame(status);
 694                     fr.time  = lasttime;
 695                 }
 696                 else
 697                 {
 698                     while (read_next_frame(oenv, status, &fr))
 699                     {
 700                         ;
 701                     }
 702                     lasttime = fr.time;
 703                 }
 704                 bKeepLastAppend = TRUE;
 705                 close_trj(status);
 706                 trxout = open_trx(out_file, "a");
 707             }
 708             else if (bOverwrite)
 709             {
 710                 if (gmx_fio_getftp(stfio) != efXTC)
 711                 {
 712                     gmx_fatal(FARGS, "Overwrite only supported for XTC." );
 713                 }
 714                 last_frame_time = trx_get_time_of_final_frame(status);
 715
 716                 /* xtc_seek_time broken for trajectories containing only 1 or 2 frames
 717                  *     or when seek time = 0 */
 718                 if (nfile_in > 1 && settime[1] < last_frame_time+timest[0]*0.5)
 719                 {
 720                     /* Jump to one time-frame before the start of next
 721                      *  trajectory file */
 722                     searchtime = settime[1]-timest[0]*1.25;
 723                 }
 724                 else
 725                 {
 726                     searchtime = last_frame_time;
 727                 }
 728                 if (xtc_seek_time(stfio, searchtime, fr.natoms, TRUE))
 729                 {
 730                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 731                 }
 732                 read_next_frame(oenv, status, &fr);
 733                 if (fabs(searchtime - fr.time) > timest[0]*0.5)
 734                 {
 735                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking: attempted to seek to %f but got %f.",
 736                               searchtime, fr.time);
 737                 }
 738                 lasttime = fr.time;
 739                 fpos     = gmx_fio_ftell(stfio);
 740                 close_trj(status);
 741                 trxout = open_trx(out_file, "r+");
 742                 if (gmx_fio_seek(trx_get_fileio(trxout), fpos))
 743                 {
 744                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 745                 }
 746             }
 747             printf("\n Will append after %f \n", lasttime);
 748             frout = fr;
 749         }
 750         /* Lets stitch up some files */
 751         timestep = timest[0];
 752         for (i = n_append+1; (i < nfile_in); i++)
 753         {
 754             /* Open next file */
 755
 756             /* set the next time from the last frame in previous file */
 757             if (i > 0)
 758             {
 759                 /* When writing TNG the step determine which frame to write. Use an
 760                  * offset to be able to increase steps properly when changing files. */
 761                 if (ftpout == efTNG)
 762                 {
 763                     prevEndStep = frout.step;
 764                 }
 765
 766                 if (frame_out >= 0)
 767                 {
 768                     if (cont_type[i] == TIME_CONTINUE)
 769                     {
 770                         begin        = frout.time;
 771                         begin       += 0.5*timestep;
 772                         settime[i]   = frout.time;
 773                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 774                     }
 775                     else if (cont_type[i] == TIME_LAST)
 776                     {
 777                         begin  = frout.time;
 778                         begin += 0.5*timestep;
 779                     }
 780                     /* Or, if the time in the next part should be changed by the
 781                      * same amount, start at half a timestep from the last time
 782                      * so we dont repeat frames.
 783                      */
 784                     /* I don't understand the comment above, but for all the cases
 785                      * I tried the code seems to work properly. B. Hess 2008-4-2.
 786                      */
 787                 }
 788                 /* Or, if time is set explicitly, we check for overlap/gap */
 789                 if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 790                 {
 791                     if ( ( i < nfile_in ) &&
 792                          ( frout.time < settime[i]-1.5*timestep ) )
 793                     {
 794                         fprintf(stderr, "WARNING: Frames around t=%f %s have a different "
 795                                 "spacing than the rest,\n"
 796                                 "might be a gap or overlap that couldn't be corrected "
 797                                 "automatically.\n", output_env_conv_time(oenv, frout.time),
 798                                 output_env_get_time_unit(oenv));
 799                     }
 800                 }
 801             }
 802
 803             /* if we don't have a timestep in the current file, use the old one */
 804             if (timest[i] != 0)
 805             {
 806                 timestep = timest[i];
 807             }
 808             read_first_frame(oenv, &status, fnms[i], &fr, FLAGS);
 809             if (!fr.bTime)
 810             {
 811                 fr.time = 0;
 812                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
 813             }
 814
 815             if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 816             {
 817                 t_corr = settime[i]-fr.time;
 818             }
 819             /* t_corr is the amount we want to change the time.
 820              * If the user has chosen not to change the time for
 821              * this part of the trajectory t_corr remains at
 822              * the value it had in the last part, changing this
 823              * by the same amount.
 824              * If no value was given for the first trajectory part
 825              * we let the time start at zero, see the edit_files routine.
 826              */
 827
 828             bNewFile = TRUE;
 829
 830             printf("\n");
 831             if (lasttime != NOTSET)
 832             {
 833                 printf("lasttime %g\n", lasttime);
 834             }
 835
 836             do
 837             {
 838                 /* copy the input frame to the output frame */
 839                 frout = fr;
 840                 /* set the new time by adding the correct calculated above */
 841                 frout.time += t_corr;
 842                 if (ftpout == efTNG)
 843                 {
 844                     frout.step += prevEndStep;
 845                 }
 846                 /* quit if we have reached the end of what should be written */
 847                 if ((end > 0) && (frout.time > end+GMX_REAL_EPS))
 848                 {
 849                     i = nfile_in;
 850                     break;
 851                 }
 852
 853                 /* determine if we should write this frame (dt is handled elsewhere) */
 854                 if (bCat) /* write all frames of all files */
 855                 {
 856                     bWrite = TRUE;
 857                 }
 858                 else if (bKeepLast || (bKeepLastAppend && i == 1))
 859                 /* write till last frame of this traj
 860                    and skip first frame(s) of next traj */
 861                 {
 862                     bWrite = ( frout.time > lasttime+0.5*timestep );
 863                 }
 864                 else /* write till first frame of next traj */
 865                 {
 866                     bWrite = ( frout.time < settime[i+1]-0.5*timestep );
 867                 }
 868
 869                 if (bWrite && (frout.time >= begin) )
 870                 {
 871                     frame++;
 872                     if (frame_out == -1)
 873                     {
 874                         first_time = frout.time;
 875                     }
 876                     lasttime = frout.time;
 877                     if (dt == 0 || bRmod(frout.time, first_time, dt))
 878                     {
 879                         frame_out++;
 880                         last_ok_t = frout.time;
 881                         if (bNewFile)
 882                         {
 883                             fprintf(stderr, "\nContinue writing frames from %s t=%g %s, "
 884                                     "frame=%d      \n",
 885                                     fnms[i], output_env_conv_time(oenv, frout.time), output_env_get_time_unit(oenv),
 886                                     frame);
 887                             bNewFile = FALSE;
 888                         }
 889
 890                         if (bIndex)
 891                         {
 892                             write_trxframe_indexed(trxout, &frout, isize, index,
 893                                                    NULL);
 894                         }
 895                         else
 896                         {
 897                             write_trxframe(trxout, &frout, NULL);
 898                         }
 899                         if ( ((frame % 10) == 0) || (frame < 10) )
 900                         {
 901                             fprintf(stderr, " ->  frame %6d time %8.3f %s     \r",
 902                                     frame_out, output_env_conv_time(oenv, frout.time), output_env_get_time_unit(oenv));
 903                         }
 904                     }
 905                 }
 906             }
 907             while (read_next_frame(oenv, status, &fr));
 908
 909             close_trj(status);
 910
 911             earliersteps += step;
 912         }
 913         if (trxout)
 914         {
 915             close_trx(trxout);
 916         }
 917         fprintf(stderr, "\nLast frame written was %d, time %f %s\n",
 918                 frame, output_env_conv_time(oenv, last_ok_t), output_env_get_time_unit(oenv));
 919     }
 920
 921     return 0;
 922 }