src/gromacs/gmxana/gmx_trjcat.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <math.h>
  40 #include <stdlib.h>
  41 #include <string.h>
  42
  43 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  44 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  45 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  46 #include "gromacs/fileio/pdbio.h"
  47 #include "gromacs/fileio/tngio.h"
  48 #include "gromacs/fileio/tngio_for_tools.h"
  49 #include "gromacs/fileio/trnio.h"
  50 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  51 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/xvgr.h"
  53 #include "gromacs/gmxana/gmx_ana.h"
  54 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  55 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  56 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  57 #include "gromacs/math/vec.h"
  58 #include "gromacs/topology/index.h"
  59 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  60 #include "gromacs/utility/futil.h"
  61 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  62
  63 #define TIME_EXPLICIT 0
  64 #define TIME_CONTINUE 1
  65 #define TIME_LAST     2
  66 #ifndef FLT_MAX
  67 #define FLT_MAX 1e36
  68 #endif
  69 #define FLAGS (TRX_READ_X | TRX_READ_V | TRX_READ_F)
  70
  71 static void scan_trj_files(char **fnms, int nfiles, real *readtime,
  72                            real *timestep, atom_id imax,
  73                            const output_env_t oenv)
  74 {
  75     /* Check start time of all files */
  76     int          i, natoms = 0;
  77     t_trxstatus *status;
  78     real         t;
  79     t_trxframe   fr;
  80     gmx_bool     ok;
  81
  82     for (i = 0; i < nfiles; i++)
  83     {
  84         ok = read_first_frame(oenv, &status, fnms[i], &fr, FLAGS);
  85
  86         if (!ok)
  87         {
  88             gmx_fatal(FARGS, "\nCouldn't read frame from file." );
  89         }
  90         if (fr.bTime)
  91         {
  92             readtime[i] = fr.time;
  93         }
  94         else
  95         {
  96             readtime[i] = 0;
  97             fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
  98         }
  99
 100         if (i == 0)
 101         {
 102             natoms = fr.natoms;
 103         }
 104         else
 105         {
 106             if (imax == NO_ATID)
 107             {
 108                 if (natoms != fr.natoms)
 109                 {
 110                     gmx_fatal(FARGS, "\nDifferent numbers of atoms (%d/%d) in files",
 111                               natoms, fr.natoms);
 112                 }
 113             }
 114             else
 115             {
 116                 if (fr.natoms <= imax)
 117                 {
 118                     gmx_fatal(FARGS, "\nNot enough atoms (%d) for index group (%d)",
 119                               fr.natoms, imax);
 120                 }
 121             }
 122         }
 123         ok = read_next_frame(oenv, status, &fr);
 124         if (ok && fr.bTime)
 125         {
 126             timestep[i] = fr.time - readtime[i];
 127         }
 128         else
 129         {
 130             timestep[i] = 0;
 131         }
 132
 133         close_trj(status);
 134         if (fr.bX)
 135         {
 136             sfree(fr.x);
 137         }
 138         if (fr.bV)
 139         {
 140             sfree(fr.v);
 141         }
 142         if (fr.bF)
 143         {
 144             sfree(fr.f);
 145         }
 146     }
 147     fprintf(stderr, "\n");
 148
 149 }
 150
 151 static void sort_files(char **fnms, real *settime, int nfile)
 152 {
 153     int   i, j, minidx;
 154     real  timeswap;
 155     char *chptr;
 156
 157     for (i = 0; i < nfile; i++)
 158     {
 159         minidx = i;
 160         for (j = i + 1; j < nfile; j++)
 161         {
 162             if (settime[j] < settime[minidx])
 163             {
 164                 minidx = j;
 165             }
 166         }
 167         if (minidx != i)
 168         {
 169             timeswap        = settime[i];
 170             settime[i]      = settime[minidx];
 171             settime[minidx] = timeswap;
 172             chptr           = fnms[i];
 173             fnms[i]         = fnms[minidx];
 174             fnms[minidx]    = chptr;
 175         }
 176     }
 177 }
 178
 179 static void edit_files(char **fnms, int nfiles, real *readtime, real *timestep,
 180                        real *settime, int *cont_type, gmx_bool bSetTime,
 181                        gmx_bool bSort, const output_env_t oenv)
 182 {
 183     int      i;
 184     gmx_bool ok;
 185     char     inputstring[STRLEN], *chptr;
 186
 187     if (bSetTime)
 188     {
 189         fprintf(stderr, "\n\nEnter the new start time (%s) for each file.\n"
 190                 "There are two special options, both disable sorting:\n\n"
 191                 "c (continue) - The start time is taken from the end\n"
 192                 "of the previous file. Use it when your continuation run\n"
 193                 "restarts with t=0.\n\n"
 194                 "l (last) - The time in this file will be changed the\n"
 195                 "same amount as in the previous. Use it when the time in the\n"
 196                 "new run continues from the end of the previous one,\n"
 197                 "since this takes possible overlap into account.\n\n",
 198                 output_env_get_time_unit(oenv));
 199
 200         fprintf(
 201                 stderr,
 202                 "          File             Current start (%s)  New start (%s)\n"
 203                 "---------------------------------------------------------\n",
 204                 output_env_get_time_unit(oenv), output_env_get_time_unit(oenv));
 205
 206         for (i = 0; i < nfiles; i++)
 207         {
 208             fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s          ", fnms[i],
 209                     output_env_conv_time(oenv, readtime[i]), output_env_get_time_unit(oenv));
 210             ok = FALSE;
 211             do
 212             {
 213                 if (NULL == fgets(inputstring, STRLEN - 1, stdin))
 214                 {
 215                     gmx_fatal(FARGS, "Error reading user input" );
 216                 }
 217
 218                 inputstring[strlen(inputstring)-1] = 0;
 219
 220                 if (inputstring[0] == 'c' || inputstring[0] == 'C')
 221                 {
 222                     cont_type[i] = TIME_CONTINUE;
 223                     bSort        = FALSE;
 224                     ok           = TRUE;
 225                     settime[i]   = FLT_MAX;
 226                 }
 227                 else if (inputstring[0] == 'l' ||
 228                          inputstring[0] == 'L')
 229                 {
 230                     cont_type[i] = TIME_LAST;
 231                     bSort        = FALSE;
 232                     ok           = TRUE;
 233                     settime[i]   = FLT_MAX;
 234                 }
 235                 else
 236                 {
 237                     settime[i] = strtod(inputstring, &chptr)*
 238                         output_env_get_time_invfactor(oenv);
 239                     if (chptr == inputstring)
 240                     {
 241                         fprintf(stderr, "'%s' not recognized as a floating point number, 'c' or 'l'. "
 242                                 "Try again: ", inputstring);
 243                     }
 244                     else
 245                     {
 246                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 247                         ok           = TRUE;
 248                     }
 249                 }
 250             }
 251             while (!ok);
 252         }
 253         if (cont_type[0] != TIME_EXPLICIT)
 254         {
 255             cont_type[0] = TIME_EXPLICIT;
 256             settime[0]   = 0;
 257         }
 258     }
 259     else
 260     {
 261         for (i = 0; i < nfiles; i++)
 262         {
 263             settime[i] = readtime[i];
 264         }
 265     }
 266     if (!bSort)
 267     {
 268         fprintf(stderr, "Sorting disabled.\n");
 269     }
 270     else
 271     {
 272         sort_files(fnms, settime, nfiles);
 273     }
 274     /* Write out the new order and start times */
 275     fprintf(stderr, "\nSummary of files and start times used:\n\n"
 276             "          File                Start time       Time step\n"
 277             "---------------------------------------------------------\n");
 278     for (i = 0; i < nfiles; i++)
 279     {
 280         switch (cont_type[i])
 281         {
 282             case TIME_EXPLICIT:
 283                 fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s   %10.3f %s",
 284                         fnms[i],
 285                         output_env_conv_time(oenv, settime[i]), output_env_get_time_unit(oenv),
 286                         output_env_conv_time(oenv, timestep[i]), output_env_get_time_unit(oenv));
 287                 if (i > 0 &&
 288                     cont_type[i-1] == TIME_EXPLICIT && settime[i] == settime[i-1])
 289                 {
 290                     fprintf(stderr, " WARNING: same Start time as previous");
 291                 }
 292                 fprintf(stderr, "\n");
 293                 break;
 294             case TIME_CONTINUE:
 295                 fprintf(stderr, "%25s        Continue from last file\n", fnms[i]);
 296                 break;
 297             case TIME_LAST:
 298                 fprintf(stderr, "%25s        Change by same amount as last file\n",
 299                         fnms[i]);
 300                 break;
 301         }
 302     }
 303     fprintf(stderr, "\n");
 304
 305     settime[nfiles]   = FLT_MAX;
 306     cont_type[nfiles] = TIME_EXPLICIT;
 307     readtime[nfiles]  = FLT_MAX;
 308 }
 309
 310 static void do_demux(int nset, char *fnms[], char *fnms_out[], int nval,
 311                      real **value, real *time, real dt_remd, int isize,
 312                      atom_id index[], real dt, const output_env_t oenv)
 313 {
 314     int           i, j, k, natoms, nnn;
 315     t_trxstatus **fp_in, **fp_out;
 316     gmx_bool      bCont, *bSet;
 317     real          t, first_time = 0;
 318     t_trxframe   *trx;
 319
 320     snew(fp_in, nset);
 321     snew(trx, nset);
 322     snew(bSet, nset);
 323     natoms = -1;
 324     t      = -1;
 325     for (i = 0; (i < nset); i++)
 326     {
 327         nnn = read_first_frame(oenv, &(fp_in[i]), fnms[i], &(trx[i]),
 328                                TRX_NEED_X);
 329         if (natoms == -1)
 330         {
 331             natoms     = nnn;
 332             first_time = trx[i].time;
 333         }
 334         else if (natoms != nnn)
 335         {
 336             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has %d atoms while previous trajs had %d atoms", fnms[i], nnn, natoms);
 337         }
 338         if (t == -1)
 339         {
 340             t = trx[i].time;
 341         }
 342         else if (t != trx[i].time)
 343         {
 344             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has time %f while previous trajs had time %f", fnms[i], trx[i].time, t);
 345         }
 346     }
 347
 348     snew(fp_out, nset);
 349     for (i = 0; (i < nset); i++)
 350     {
 351         fp_out[i] = open_trx(fnms_out[i], "w");
 352     }
 353     k = 0;
 354     if (gmx_nint(time[k] - t) != 0)
 355     {
 356         gmx_fatal(FARGS, "First time in demuxing table does not match trajectories");
 357     }
 358     do
 359     {
 360         while ((k+1 < nval) && ((trx[0].time - time[k+1]) > dt_remd*0.1))
 361         {
 362             k++;
 363         }
 364         if (debug)
 365         {
 366             fprintf(debug, "trx[0].time = %g, time[k] = %g\n", trx[0].time, time[k]);
 367         }
 368         for (i = 0; (i < nset); i++)
 369         {
 370             bSet[i] = FALSE;
 371         }
 372         for (i = 0; (i < nset); i++)
 373         {
 374             j = gmx_nint(value[i][k]);
 375             range_check(j, 0, nset);
 376             if (bSet[j])
 377             {
 378                 gmx_fatal(FARGS, "Demuxing the same replica %d twice at time %f",
 379                           j, trx[0].time);
 380             }
 381             bSet[j] = TRUE;
 382
 383             if (dt == 0 || bRmod(trx[i].time, first_time, dt))
 384             {
 385                 if (index)
 386                 {
 387                     write_trxframe_indexed(fp_out[j], &trx[i], isize, index, NULL);
 388                 }
 389                 else
 390                 {
 391                     write_trxframe(fp_out[j], &trx[i], NULL);
 392                 }
 393             }
 394         }
 395
 396         bCont = (k < nval);
 397         for (i = 0; (i < nset); i++)
 398         {
 399             bCont = bCont && read_next_frame(oenv, fp_in[i], &trx[i]);
 400         }
 401     }
 402     while (bCont);
 403
 404     for (i = 0; (i < nset); i++)
 405     {
 406         close_trx(fp_in[i]);
 407         close_trx(fp_out[i]);
 408     }
 409 }
 410
 411 int gmx_trjcat(int argc, char *argv[])
 412 {
 413     const char     *desc[] =
 414     {
 415         "[THISMODULE] concatenates several input trajectory files in sorted order. ",
 416         "In case of double time frames the one in the later file is used. ",
 417         "By specifying [TT]-settime[tt] you will be asked for the start time ",
 418         "of each file. The input files are taken from the command line, ",
 419         "such that a command like [TT]gmx trjcat -f *.trr -o fixed.trr[tt] should do ",
 420         "the trick. Using [TT]-cat[tt], you can simply paste several files ",
 421         "together without removal of frames with identical time stamps.[PAR]",
 422         "One important option is inferred when the output file is amongst the",
 423         "input files. In that case that particular file will be appended to",
 424         "which implies you do not need to store double the amount of data.",
 425         "Obviously the file to append to has to be the one with lowest starting",
 426         "time since one can only append at the end of a file.[PAR]",
 427         "If the [TT]-demux[tt] option is given, the N trajectories that are",
 428         "read, are written in another order as specified in the [REF].xvg[ref] file.",
 429         "The [REF].xvg[ref] file should contain something like::",
 430         "",
 431         "    0  0  1  2  3  4  5",
 432         "    2  1  0  2  3  5  4",
 433         "",
 434         "The first number is the time, and subsequent numbers point to",
 435         "trajectory indices.",
 436         "The frames corresponding to the numbers present at the first line",
 437         "are collected into the output trajectory. If the number of frames in",
 438         "the trajectory does not match that in the [REF].xvg[ref] file then the program",
 439         "tries to be smart. Beware."
 440     };
 441     static gmx_bool bVels           = TRUE;
 442     static gmx_bool bCat            = FALSE;
 443     static gmx_bool bSort           = TRUE;
 444     static gmx_bool bKeepLast       = FALSE;
 445     static gmx_bool bKeepLastAppend = FALSE;
 446     static gmx_bool bOverwrite      = FALSE;
 447     static gmx_bool bSetTime        = FALSE;
 448     static gmx_bool bDeMux;
 449     static real     begin = -1;
 450     static real     end   = -1;
 451     static real     dt    = 0;
 452
 453     t_pargs
 454         pa[] =
 455     {
 456         { "-b", FALSE, etTIME,
 457           { &begin }, "First time to use (%t)" },
 458         { "-e", FALSE, etTIME,
 459           { &end }, "Last time to use (%t)" },
 460         { "-dt", FALSE, etTIME,
 461           { &dt }, "Only write frame when t MOD dt = first time (%t)" },
 462         { "-vel", FALSE, etBOOL,
 463           { &bVels }, "Read and write velocities if possible" },
 464         { "-settime", FALSE, etBOOL,
 465           { &bSetTime }, "Change starting time interactively" },
 466         { "-sort", FALSE, etBOOL,
 467           { &bSort }, "Sort trajectory files (not frames)" },
 468         { "-keeplast", FALSE, etBOOL,
 469           { &bKeepLast }, "Keep overlapping frames at end of trajectory" },
 470         { "-overwrite", FALSE, etBOOL,
 471           { &bOverwrite }, "Overwrite overlapping frames during appending" },
 472         { "-cat", FALSE, etBOOL,
 473           { &bCat }, "Do not discard double time frames" }
 474     };
 475 #define npargs asize(pa)
 476     int          ftpin, i, frame, frame_out, step = 0, trjout = 0;
 477     t_trxstatus *status, *trxout = NULL;
 478     rvec        *x, *v;
 479     real         t_corr;
 480     t_trxframe   fr, frout;
 481     char       **fnms, **fnms_out, *in_file, *out_file;
 482     int          n_append;
 483     gmx_bool     bNewFile, bIndex, bWrite;
 484     int          earliersteps, nfile_in, nfile_out, *cont_type, last_ok_step;
 485     real        *readtime, *timest, *settime;
 486     real         first_time = 0, lasttime = NOTSET, last_ok_t = -1, timestep;
 487     real         last_frame_time, searchtime;
 488     int          isize, j;
 489     atom_id     *index = NULL, imax;
 490     char        *grpname;
 491     real       **val = NULL, *t = NULL, dt_remd;
 492     int          n, nset, ftpout = -1, prevEndStep = 0, filetype;
 493     gmx_bool     bOK;
 494     gmx_off_t    fpos;
 495     output_env_t oenv;
 496     t_filenm     fnm[] =
 497     {
 498         { efTRX, "-f", NULL, ffRDMULT },
 499         { efTRO, "-o", NULL, ffWRMULT },
 500         { efNDX, "-n", "index", ffOPTRD },
 501         { efXVG, "-demux", "remd", ffOPTRD }
 502     };
 503
 504 #define NFILE asize(fnm)
 505
 506     if (!parse_common_args(&argc, argv, PCA_TIME_UNIT, NFILE, fnm,
 507                            asize(pa), pa, asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
 508     {
 509         return 0;
 510     }
 511
 512     bIndex = ftp2bSet(efNDX, NFILE, fnm);
 513     bDeMux = ftp2bSet(efXVG, NFILE, fnm);
 514     bSort  = bSort && !bDeMux;
 515
 516     imax = NO_ATID;
 517     if (bIndex)
 518     {
 519         printf("Select group for output\n");
 520         rd_index(ftp2fn(efNDX, NFILE, fnm), 1, &isize, &index, &grpname);
 521         /* scan index */
 522         imax = index[0];
 523         for (i = 1; i < isize; i++)
 524         {
 525             imax = max(imax, index[i]);
 526         }
 527     }
 528     if (bDeMux)
 529     {
 530         nset    = 0;
 531         dt_remd = 0;
 532         val     = read_xvg_time(opt2fn("-demux", NFILE, fnm), TRUE,
 533                                 opt2parg_bSet("-b", npargs, pa), begin,
 534                                 opt2parg_bSet("-e", npargs, pa), end, 1, &nset, &n,
 535                                 &dt_remd, &t);
 536         printf("Read %d sets of %d points, dt = %g\n\n", nset, n, dt_remd);
 537         if (debug)
 538         {
 539             fprintf(debug, "Dump of replica_index.xvg\n");
 540             for (i = 0; (i < n); i++)
 541             {
 542                 fprintf(debug, "%10g", t[i]);
 543                 for (j = 0; (j < nset); j++)
 544                 {
 545                     fprintf(debug, "  %3d", gmx_nint(val[j][i]));
 546                 }
 547                 fprintf(debug, "\n");
 548             }
 549         }
 550     }
 551
 552     nfile_in = opt2fns(&fnms, "-f", NFILE, fnm);
 553     if (!nfile_in)
 554     {
 555         gmx_fatal(FARGS, "No input files!" );
 556     }
 557
 558     if (bDeMux && (nfile_in != nset))
 559     {
 560         gmx_fatal(FARGS, "You have specified %d files and %d entries in the demux table", nfile_in, nset);
 561     }
 562
 563     ftpin = fn2ftp(fnms[0]);
 564
 565     for (i = 1; i < nfile_in; i++)
 566     {
 567         if (ftpin != fn2ftp(fnms[i]))
 568         {
 569             gmx_fatal(FARGS, "All input files must be of the same format");
 570         }
 571     }
 572
 573     nfile_out = opt2fns(&fnms_out, "-o", NFILE, fnm);
 574     if (!nfile_out)
 575     {
 576         gmx_fatal(FARGS, "No output files!");
 577     }
 578     if ((nfile_out > 1) && !bDeMux)
 579     {
 580         gmx_fatal(FARGS, "Don't know what to do with more than 1 output file if  not demultiplexing");
 581     }
 582     else if (bDeMux && (nfile_out != nset) && (nfile_out != 1))
 583     {
 584         gmx_fatal(FARGS, "Number of output files should be 1 or %d (#input files), not %d", nset, nfile_out);
 585     }
 586     if (bDeMux)
 587     {
 588         if (nfile_out != nset)
 589         {
 590             char *buf = gmx_strdup(fnms_out[0]);
 591             snew(fnms_out, nset);
 592             for (i = 0; (i < nset); i++)
 593             {
 594                 snew(fnms_out[i], strlen(buf)+32);
 595                 sprintf(fnms_out[i], "%d_%s", i, buf);
 596             }
 597             sfree(buf);
 598         }
 599         do_demux(nfile_in, fnms, fnms_out, n, val, t, dt_remd, isize, index, dt, oenv);
 600     }
 601     else
 602     {
 603         snew(readtime, nfile_in+1);
 604         snew(timest, nfile_in+1);
 605         scan_trj_files(fnms, nfile_in, readtime, timest, imax, oenv);
 606
 607         snew(settime, nfile_in+1);
 608         snew(cont_type, nfile_in+1);
 609         edit_files(fnms, nfile_in, readtime, timest, settime, cont_type, bSetTime, bSort,
 610                    oenv);
 611
 612         /* Check whether the output file is amongst the input files
 613          * This has to be done after sorting etc.
 614          */
 615         out_file = fnms_out[0];
 616         ftpout   = fn2ftp(out_file);
 617         n_append = -1;
 618         for (i = 0; ((i < nfile_in) && (n_append == -1)); i++)
 619         {
 620             if (strcmp(fnms[i], out_file) == 0)
 621             {
 622                 n_append = i;
 623             }
 624         }
 625         if (n_append == 0)
 626         {
 627             fprintf(stderr, "Will append to %s rather than creating a new file\n",
 628                     out_file);
 629         }
 630         else if (n_append != -1)
 631         {
 632             gmx_fatal(FARGS, "Can only append to the first file which is %s (not %s)",
 633                       fnms[0], out_file);
 634         }
 635         earliersteps = 0;
 636
 637         /* Not checking input format, could be dangerous :-) */
 638         /* Not checking output format, equally dangerous :-) */
 639
 640         frame     = -1;
 641         frame_out = -1;
 642         /* the default is not to change the time at all,
 643          * but this is overridden by the edit_files routine
 644          */
 645         t_corr = 0;
 646
 647         if (n_append == -1)
 648         {
 649             if (ftpout == efTNG)
 650             {
 651                 if (ftpout != ftpin)
 652                 {
 653                     gmx_fatal(FARGS, "When writing TNG the input file format must also be TNG");
 654                 }
 655                 if (bIndex)
 656                 {
 657                     trjtools_gmx_prepare_tng_writing(out_file, 'w', NULL, &trxout,
 658                                                      fnms[0], isize, NULL, index, grpname);
 659                 }
 660                 else
 661                 {
 662                     trjtools_gmx_prepare_tng_writing(out_file, 'w', NULL, &trxout,
 663                                                      fnms[0], -1, NULL, NULL, NULL);
 664                 }
 665             }
 666             else
 667             {
 668                 trxout = open_trx(out_file, "w");
 669             }
 670             memset(&frout, 0, sizeof(frout));
 671         }
 672         else
 673         {
 674             t_fileio *stfio;
 675
 676             if (!read_first_frame(oenv, &status, out_file, &fr, FLAGS))
 677             {
 678                 gmx_fatal(FARGS, "Reading first frame from %s", out_file);
 679             }
 680
 681             stfio = trx_get_fileio(status);
 682             if (!bKeepLast && !bOverwrite)
 683             {
 684                 fprintf(stderr, "\n\nWARNING: Appending without -overwrite implies -keeplast "
 685                         "between the first two files. \n"
 686                         "If the trajectories have an overlap and have not been written binary \n"
 687                         "reproducible this will produce an incorrect trajectory!\n\n");
 688
 689                 filetype = gmx_fio_getftp(stfio);
 690                 /* Fails if last frame is incomplete
 691                  * We can't do anything about it without overwriting
 692                  * */
 693                 if (filetype == efXTC || filetype == efTNG)
 694                 {
 695                     lasttime = trx_get_time_of_final_frame(status);
 696                     fr.time  = lasttime;
 697                 }
 698                 else
 699                 {
 700                     while (read_next_frame(oenv, status, &fr))
 701                     {
 702                         ;
 703                     }
 704                     lasttime = fr.time;
 705                 }
 706                 bKeepLastAppend = TRUE;
 707                 close_trj(status);
 708                 trxout = open_trx(out_file, "a");
 709             }
 710             else if (bOverwrite)
 711             {
 712                 if (gmx_fio_getftp(stfio) != efXTC)
 713                 {
 714                     gmx_fatal(FARGS, "Overwrite only supported for XTC." );
 715                 }
 716                 last_frame_time = trx_get_time_of_final_frame(status);
 717
 718                 /* xtc_seek_time broken for trajectories containing only 1 or 2 frames
 719                  *     or when seek time = 0 */
 720                 if (nfile_in > 1 && settime[1] < last_frame_time+timest[0]*0.5)
 721                 {
 722                     /* Jump to one time-frame before the start of next
 723                      *  trajectory file */
 724                     searchtime = settime[1]-timest[0]*1.25;
 725                 }
 726                 else
 727                 {
 728                     searchtime = last_frame_time;
 729                 }
 730                 if (xtc_seek_time(stfio, searchtime, fr.natoms, TRUE))
 731                 {
 732                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 733                 }
 734                 read_next_frame(oenv, status, &fr);
 735                 if (fabs(searchtime - fr.time) > timest[0]*0.5)
 736                 {
 737                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking: attempted to seek to %f but got %f.",
 738                               searchtime, fr.time);
 739                 }
 740                 lasttime = fr.time;
 741                 fpos     = gmx_fio_ftell(stfio);
 742                 close_trj(status);
 743                 trxout = open_trx(out_file, "r+");
 744                 if (gmx_fio_seek(trx_get_fileio(trxout), fpos))
 745                 {
 746                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 747                 }
 748             }
 749             printf("\n Will append after %f \n", lasttime);
 750             frout = fr;
 751         }
 752         /* Lets stitch up some files */
 753         timestep = timest[0];
 754         for (i = n_append+1; (i < nfile_in); i++)
 755         {
 756             /* Open next file */
 757
 758             /* set the next time from the last frame in previous file */
 759             if (i > 0)
 760             {
 761                 /* When writing TNG the step determine which frame to write. Use an
 762                  * offset to be able to increase steps properly when changing files. */
 763                 if (ftpout == efTNG)
 764                 {
 765                     prevEndStep = frout.step;
 766                 }
 767
 768                 if (frame_out >= 0)
 769                 {
 770                     if (cont_type[i] == TIME_CONTINUE)
 771                     {
 772                         begin        = frout.time;
 773                         begin       += 0.5*timestep;
 774                         settime[i]   = frout.time;
 775                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 776                     }
 777                     else if (cont_type[i] == TIME_LAST)
 778                     {
 779                         begin  = frout.time;
 780                         begin += 0.5*timestep;
 781                     }
 782                     /* Or, if the time in the next part should be changed by the
 783                      * same amount, start at half a timestep from the last time
 784                      * so we dont repeat frames.
 785                      */
 786                     /* I don't understand the comment above, but for all the cases
 787                      * I tried the code seems to work properly. B. Hess 2008-4-2.
 788                      */
 789                 }
 790                 /* Or, if time is set explicitly, we check for overlap/gap */
 791                 if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 792                 {
 793                     if ( ( i < nfile_in ) &&
 794                          ( frout.time < settime[i]-1.5*timestep ) )
 795                     {
 796                         fprintf(stderr, "WARNING: Frames around t=%f %s have a different "
 797                                 "spacing than the rest,\n"
 798                                 "might be a gap or overlap that couldn't be corrected "
 799                                 "automatically.\n", output_env_conv_time(oenv, frout.time),
 800                                 output_env_get_time_unit(oenv));
 801                     }
 802                 }
 803             }
 804
 805             /* if we don't have a timestep in the current file, use the old one */
 806             if (timest[i] != 0)
 807             {
 808                 timestep = timest[i];
 809             }
 810             read_first_frame(oenv, &status, fnms[i], &fr, FLAGS);
 811             if (!fr.bTime)
 812             {
 813                 fr.time = 0;
 814                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
 815             }
 816
 817             if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 818             {
 819                 t_corr = settime[i]-fr.time;
 820             }
 821             /* t_corr is the amount we want to change the time.
 822              * If the user has chosen not to change the time for
 823              * this part of the trajectory t_corr remains at
 824              * the value it had in the last part, changing this
 825              * by the same amount.
 826              * If no value was given for the first trajectory part
 827              * we let the time start at zero, see the edit_files routine.
 828              */
 829
 830             bNewFile = TRUE;
 831
 832             printf("\n");
 833             if (lasttime != NOTSET)
 834             {
 835                 printf("lasttime %g\n", lasttime);
 836             }
 837
 838             do
 839             {
 840                 /* copy the input frame to the output frame */
 841                 frout = fr;
 842                 /* set the new time by adding the correct calculated above */
 843                 frout.time += t_corr;
 844                 if (ftpout == efTNG)
 845                 {
 846                     frout.step += prevEndStep;
 847                 }
 848                 /* quit if we have reached the end of what should be written */
 849                 if ((end > 0) && (frout.time > end+GMX_REAL_EPS))
 850                 {
 851                     i = nfile_in;
 852                     break;
 853                 }
 854
 855                 /* determine if we should write this frame (dt is handled elsewhere) */
 856                 if (bCat) /* write all frames of all files */
 857                 {
 858                     bWrite = TRUE;
 859                 }
 860                 else if (bKeepLast || (bKeepLastAppend && i == 1))
 861                 /* write till last frame of this traj
 862                    and skip first frame(s) of next traj */
 863                 {
 864                     bWrite = ( frout.time > lasttime+0.5*timestep );
 865                 }
 866                 else /* write till first frame of next traj */
 867                 {
 868                     bWrite = ( frout.time < settime[i+1]-0.5*timestep );
 869                 }
 870
 871                 if (bWrite && (frout.time >= begin) )
 872                 {
 873                     frame++;
 874                     if (frame_out == -1)
 875                     {
 876                         first_time = frout.time;
 877                     }
 878                     lasttime = frout.time;
 879                     if (dt == 0 || bRmod(frout.time, first_time, dt))
 880                     {
 881                         frame_out++;
 882                         last_ok_t = frout.time;
 883                         if (bNewFile)
 884                         {
 885                             fprintf(stderr, "\nContinue writing frames from %s t=%g %s, "
 886                                     "frame=%d      \n",
 887                                     fnms[i], output_env_conv_time(oenv, frout.time), output_env_get_time_unit(oenv),
 888                                     frame);
 889                             bNewFile = FALSE;
 890                         }
 891
 892                         if (bIndex)
 893                         {
 894                             write_trxframe_indexed(trxout, &frout, isize, index,
 895                                                    NULL);
 896                         }
 897                         else
 898                         {
 899                             write_trxframe(trxout, &frout, NULL);
 900                         }
 901                         if ( ((frame % 10) == 0) || (frame < 10) )
 902                         {
 903                             fprintf(stderr, " ->  frame %6d time %8.3f %s     \r",
 904                                     frame_out, output_env_conv_time(oenv, frout.time), output_env_get_time_unit(oenv));
 905                         }
 906                     }
 907                 }
 908             }
 909             while (read_next_frame(oenv, status, &fr));
 910
 911             close_trj(status);
 912
 913             earliersteps += step;
 914         }
 915         if (trxout)
 916         {
 917             close_trx(trxout);
 918         }
 919         fprintf(stderr, "\nLast frame written was %d, time %f %s\n",
 920                 frame, output_env_conv_time(oenv, last_ok_t), output_env_get_time_unit(oenv));
 921     }
 922
 923     return 0;
 924 }