src/gromacs/fileio/xtcio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_FILEIO_XTCIO_H
  39 #define GMX_FILEIO_XTCIO_H
  40
  41 #include "../math/vectypes.h"
  42 #include "../utility/basedefinitions.h"
  43 #include "../utility/real.h"
  44 #include "gmxfio.h"
  45
  46 #ifdef __cplusplus
  47 extern "C" {
  48 #endif
  49
  50 /* All functions return 1 if successful, 0 otherwise
  51  * bOK tells if a frame is not corrupted
  52  */
  53
  54 t_fileio *open_xtc(const char *filename, const char *mode);
  55 /* Open a file for xdr I/O */
  56
  57 void close_xtc(t_fileio *fio);
  58 /* Close the file for xdr I/O */
  59
  60 int read_first_xtc(t_fileio *fio,
  61                    int *natoms, int *step, real *time,
  62                    matrix box, rvec **x, real *prec, gmx_bool *bOK);
  63 /* Open xtc file, read xtc file first time, allocate memory for x */
  64
  65 int read_next_xtc(t_fileio *fio,
  66                   int natoms, int *step, real *time,
  67                   matrix box, rvec *x, real *prec, gmx_bool *bOK);
  68 /* Read subsequent frames */
  69
  70 int write_xtc(t_fileio *fio,
  71               int natoms, int step, real time,
  72               matrix box, rvec *x, real prec);
  73 /* Write a frame to xtc file */
  74
  75 int xtc_check(const char *str, gmx_bool bResult, const char *file, int line);
  76 #define XTC_CHECK(s, b) xtc_check(s, b, __FILE__, __LINE__)
  77
  78 void xtc_check_fat_err(const char *str, gmx_bool bResult, const char *file, int line);
  79 #define XTC_CHECK_FAT_ERR(s, b) xtc_check_fat_err(s, b, __FILE__, __LINE__)
  80
  81 #ifdef __cplusplus
  82 }
  83 #endif
  84
  85 #endif