src/gromacs/fileio/tngio_for_tools.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "gmxpre.h"
  36
  37 #include "tngio_for_tools.h"
  38
  39 #include "config.h"
  40
  41 #include <math.h>
  42
  43 #include "tngio.h"
  44 #include "trx.h"
  45
  46 #ifdef GMX_USE_TNG
  47 #include "tng/tng_io.h"
  48 #endif
  49
  50 #include "gromacs/math/units.h"
  51 #include "gromacs/utility/common.h"
  52 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  53 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  54
  55 void gmx_prepare_tng_writing(const char              *filename,
  56                              char                     mode,
  57                              tng_trajectory_t        *input,
  58                              tng_trajectory_t        *output,
  59                              int                      nAtoms,
  60                              const gmx_mtop_t        *mtop,
  61                              const atom_id           *index,
  62                              const char              *indexGroupName)
  63 {
  64 #ifdef GMX_USE_TNG
  65     /* FIXME after 5.0: Currently only standard block types are read */
  66     const int           defaultNumIds              = 5;
  67     static gmx_int64_t  fallbackIds[defaultNumIds] =
  68     {
  69         TNG_TRAJ_BOX_SHAPE, TNG_TRAJ_POSITIONS,
  70         TNG_TRAJ_VELOCITIES, TNG_TRAJ_FORCES,
  71         TNG_GMX_LAMBDA
  72     };
  73     static char         fallbackNames[defaultNumIds][32] =
  74     {
  75         "BOX SHAPE", "POSITIONS", "VELOCITIES",
  76         "FORCES", "LAMBDAS"
  77     };
  78
  79     typedef tng_function_status (*set_writing_interval_func_pointer)(tng_trajectory_t,
  80                                                                      const gmx_int64_t,
  81                                                                      const gmx_int64_t,
  82                                                                      const gmx_int64_t,
  83                                                                      const char*,
  84                                                                      const char,
  85                                                                      const char);
  86 #ifdef GMX_DOUBLE
  87     set_writing_interval_func_pointer set_writing_interval = tng_util_generic_write_interval_double_set;
  88 #else
  89     set_writing_interval_func_pointer set_writing_interval = tng_util_generic_write_interval_set;
  90 #endif
  91
  92     gmx_tng_open(filename, mode, output);
  93
  94     /* Do we have an input file in TNG format? If so, then there's
  95        more data we can copy over, rather than having to improvise. */
  96     if (*input)
  97     {
  98         /* Set parameters (compression, time per frame, molecule
  99          * information, number of frames per frame set and writing
 100          * intervals of positions, box shape and lambdas) of the
 101          * output tng container based on their respective values int
 102          * the input tng container */
 103         double      time, compression_precision;
 104         gmx_int64_t n_frames_per_frame_set, interval = -1;
 105
 106         tng_compression_precision_get(*input, &compression_precision);
 107         tng_compression_precision_set(*output, compression_precision);
 108         // TODO make this configurable in a future version
 109         char compression_type = TNG_TNG_COMPRESSION;
 110
 111         tng_molecule_system_copy(*input, *output);
 112
 113         tng_time_per_frame_get(*input, &time);
 114         tng_time_per_frame_set(*output, time);
 115
 116         tng_num_frames_per_frame_set_get(*input, &n_frames_per_frame_set);
 117         tng_num_frames_per_frame_set_set(*output, n_frames_per_frame_set);
 118
 119         for (int i = 0; i < defaultNumIds; i++)
 120         {
 121             if (tng_data_get_stride_length(*input, fallbackIds[i], -1, &interval)
 122                 == TNG_SUCCESS)
 123             {
 124                 switch (fallbackIds[i])
 125                 {
 126                     case TNG_TRAJ_POSITIONS:
 127                     case TNG_TRAJ_VELOCITIES:
 128                         set_writing_interval(*output, interval, 3, fallbackIds[i],
 129                                              fallbackNames[i], TNG_PARTICLE_BLOCK_DATA,
 130                                              compression_type);
 131                         break;
 132                     case TNG_TRAJ_FORCES:
 133                         set_writing_interval(*output, interval, 3, fallbackIds[i],
 134                                              fallbackNames[i], TNG_PARTICLE_BLOCK_DATA,
 135                                              TNG_GZIP_COMPRESSION);
 136                         break;
 137                     case TNG_TRAJ_BOX_SHAPE:
 138                         set_writing_interval(*output, interval, 9, fallbackIds[i],
 139                                              fallbackNames[i], TNG_NON_PARTICLE_BLOCK_DATA,
 140                                              TNG_GZIP_COMPRESSION);
 141                         break;
 142                     case TNG_GMX_LAMBDA:
 143                         set_writing_interval(*output, interval, 1, fallbackIds[i],
 144                                              fallbackNames[i], TNG_NON_PARTICLE_BLOCK_DATA,
 145                                              TNG_GZIP_COMPRESSION);
 146                     default:
 147                         continue;
 148                 }
 149             }
 150         }
 151
 152     }
 153     else
 154     {
 155         /* TODO after trjconv is modularized: fix this so the user can
 156            change precision when they are doing an operation where
 157            this makes sense, and not otherwise.
 158
 159            char compression = bUseLossyCompression ? TNG_TNG_COMPRESSION : TNG_GZIP_COMPRESSION;
 160            gmx_tng_set_compression_precision(*output, ndec2prec(nDecimalsOfPrecision));
 161          */
 162         gmx_tng_add_mtop(*output, mtop);
 163         tng_num_frames_per_frame_set_set(*output, 1);
 164     }
 165
 166     if (index && nAtoms > 0)
 167     {
 168         gmx_tng_setup_atom_subgroup(*output, nAtoms, index, indexGroupName);
 169     }
 170
 171     /* If for some reason there are more requested atoms than there are atoms in the
 172      * molecular system create a number of implicit atoms (without atom data) to
 173      * compensate for that. */
 174     if (nAtoms >= 0)
 175     {
 176         tng_implicit_num_particles_set(*output, nAtoms);
 177     }
 178 #else
 179     GMX_UNUSED_VALUE(filename);
 180     GMX_UNUSED_VALUE(mode);
 181     GMX_UNUSED_VALUE(input);
 182     GMX_UNUSED_VALUE(output);
 183     GMX_UNUSED_VALUE(nAtoms);
 184     GMX_UNUSED_VALUE(mtop);
 185     GMX_UNUSED_VALUE(index);
 186     GMX_UNUSED_VALUE(indexGroupName);
 187 #endif
 188 }
 189
 190 void gmx_write_tng_from_trxframe(tng_trajectory_t        output,
 191                                  t_trxframe             *frame,
 192                                  int                     natoms)
 193 {
 194 #ifdef GMX_USE_TNG
 195     if (frame->step > 0)
 196     {
 197         double timePerFrame = frame->time * PICO / frame->step;
 198         tng_time_per_frame_set(output, timePerFrame);
 199     }
 200     if (natoms < 0)
 201     {
 202         natoms = frame->natoms;
 203     }
 204     gmx_fwrite_tng(output,
 205                    TRUE,
 206                    frame->step,
 207                    frame->time,
 208                    0,
 209                    (const rvec *) frame->box,
 210                    natoms,
 211                    (const rvec *) frame->x,
 212                    (const rvec *) frame->v,
 213                    (const rvec *) frame->f);
 214 #else
 215     GMX_UNUSED_VALUE(output);
 216     GMX_UNUSED_VALUE(frame);
 217     GMX_UNUSED_VALUE(natoms);
 218 #endif
 219 }
 220
 221 #ifdef GMX_USE_TNG
 222 static void
 223 convert_array_to_real_array(void       *from,
 224                             real       *to,
 225                             const float fact,
 226                             const int   nAtoms,
 227                             const int   nValues,
 228                             const char  datatype)
 229 {
 230     int i, j;
 231
 232     switch (datatype)
 233     {
 234         case TNG_FLOAT_DATA:
 235             if (sizeof(real) == sizeof(float))
 236             {
 237                 if (fact == 1)
 238                 {
 239                     memcpy(to, from, nValues * sizeof(real) * nAtoms);
 240                 }
 241                 else
 242                 {
 243                     for (i = 0; i < nAtoms; i++)
 244                     {
 245                         for (j = 0; j < nValues; j++)
 246                         {
 247                             to[i*nValues+j] = (real)((float *)from)[i*nValues+j] * fact;
 248                         }
 249                     }
 250                 }
 251             }
 252             else
 253             {
 254                 for (i = 0; i < nAtoms; i++)
 255                 {
 256                     for (j = 0; j < nValues; j++)
 257                     {
 258                         to[i*nValues+j] = (real)((float *)from)[i*nValues+j] * fact;
 259                     }
 260                 }
 261             }
 262             break;
 263         case TNG_INT_DATA:
 264             for (i = 0; i < nAtoms; i++)
 265             {
 266                 for (j = 0; j < nValues; j++)
 267                 {
 268                     to[i*nValues+j] = (real)((gmx_int64_t *)from)[i*nValues+j] * fact;
 269                 }
 270             }
 271             break;
 272         case TNG_DOUBLE_DATA:
 273             if (sizeof(real) == sizeof(double))
 274             {
 275                 if (fact == 1)
 276                 {
 277                     memcpy(to, from, nValues * sizeof(real) * nAtoms);
 278                 }
 279                 else
 280                 {
 281                     for (i = 0; i < nAtoms; i++)
 282                     {
 283                         for (j = 0; j < nValues; j++)
 284                         {
 285                             to[i*nValues+j] = (real)((double *)from)[i*nValues+j] * fact;
 286                         }
 287                     }
 288                 }
 289             }
 290             else
 291             {
 292                 for (i = 0; i < nAtoms; i++)
 293                 {
 294                     for (j = 0; j < nValues; j++)
 295                     {
 296                         to[i*nValues+j] = (real)((double *)from)[i*nValues+j] * fact;
 297                     }
 298                 }
 299             }
 300             break;
 301         default:
 302             gmx_incons("Illegal datatype when converting values to a real array!");
 303             return;
 304     }
 305     return;
 306 }
 307
 308 static real getDistanceScaleFactor(tng_trajectory_t in)
 309 {
 310     gmx_int64_t exp = -1;
 311     real        distanceScaleFactor;
 312
 313     // TODO Hopefully, TNG 2.0 will do this kind of thing for us
 314     tng_distance_unit_exponential_get(in, &exp);
 315
 316     // GROMACS expects distances in nm
 317     switch (exp)
 318     {
 319         case 9:
 320             distanceScaleFactor = NANO/NANO;
 321             break;
 322         case 10:
 323             distanceScaleFactor = NANO/ANGSTROM;
 324             break;
 325         default:
 326             distanceScaleFactor = pow(10.0, exp + 9.0);
 327     }
 328
 329     return distanceScaleFactor;
 330 }
 331 #endif
 332
 333 void gmx_tng_setup_atom_subgroup(tng_trajectory_t tng,
 334                                  const int        nind,
 335                                  const atom_id   *ind,
 336                                  const char      *name)
 337 {
 338 #ifdef GMX_USE_TNG
 339     gmx_int64_t              nAtoms, cnt, nMols;
 340     tng_molecule_t           mol, iterMol;
 341     tng_chain_t              chain;
 342     tng_residue_t            res;
 343     tng_atom_t               atom;
 344     tng_function_status      stat;
 345
 346     tng_num_particles_get(tng, &nAtoms);
 347
 348     if (nAtoms == nind)
 349     {
 350         return;
 351     }
 352
 353     stat = tng_molecule_find(tng, name, -1, &mol);
 354     if (stat == TNG_SUCCESS)
 355     {
 356         tng_molecule_num_atoms_get(tng, mol, &nAtoms);
 357         tng_molecule_cnt_get(tng, mol, &cnt);
 358         if (nAtoms == nind)
 359         {
 360             stat = TNG_SUCCESS;
 361         }
 362         else
 363         {
 364             stat = TNG_FAILURE;
 365         }
 366     }
 367     if (stat == TNG_FAILURE)
 368     {
 369         /* The indexed atoms are added to one separate molecule. */
 370         tng_molecule_alloc(tng, &mol);
 371         tng_molecule_name_set(tng, mol, name);
 372         tng_molecule_chain_add(tng, mol, "", &chain);
 373
 374         for (int i = 0; i < nind; i++)
 375         {
 376             char        temp_name[256], temp_type[256];
 377
 378             /* Try to retrieve the residue name of the atom */
 379             stat = tng_residue_name_of_particle_nr_get(tng, ind[i], temp_name, 256);
 380             if (stat != TNG_SUCCESS)
 381             {
 382                 temp_name[0] = '\0';
 383             }
 384             /* Check if the molecule of the selection already contains this residue */
 385             if (tng_chain_residue_find(tng, chain, temp_name, -1, &res)
 386                 != TNG_SUCCESS)
 387             {
 388                 tng_chain_residue_add(tng, chain, temp_name, &res);
 389             }
 390             /* Try to find the original name and type of the atom */
 391             stat = tng_atom_name_of_particle_nr_get(tng, ind[i], temp_name, 256);
 392             if (stat != TNG_SUCCESS)
 393             {
 394                 temp_name[0] = '\0';
 395             }
 396             stat = tng_atom_type_of_particle_nr_get(tng, ind[i], temp_type, 256);
 397             if (stat != TNG_SUCCESS)
 398             {
 399                 temp_type[0] = '\0';
 400             }
 401             tng_residue_atom_w_id_add(tng, res, temp_name, temp_type, ind[i], &atom);
 402         }
 403         tng_molecule_existing_add(tng, &mol);
 404     }
 405     /* Set the count of the molecule containing the selected atoms to 1 and all
 406      * other molecules to 0 */
 407     tng_molecule_cnt_set(tng, mol, 1);
 408     tng_num_molecule_types_get(tng, &nMols);
 409     for (gmx_int64_t k = 0; k < nMols; k++)
 410     {
 411         tng_molecule_of_index_get(tng, k, &iterMol);
 412         if (iterMol == mol)
 413         {
 414             continue;
 415         }
 416         tng_molecule_cnt_set(tng, iterMol, 0);
 417     }
 418 #else
 419     GMX_UNUSED_VALUE(tng);
 420     GMX_UNUSED_VALUE(nind);
 421     GMX_UNUSED_VALUE(ind);
 422     GMX_UNUSED_VALUE(name);
 423 #endif
 424 }
 425
 426 /* TODO: If/when TNG acquires the ability to copy data blocks without
 427  * uncompressing them, then this implemenation should be reconsidered.
 428  * Ideally, gmx trjconv -f a.tng -o b.tng -b 10 -e 20 would be fast
 429  * and lose no information. */
 430 gmx_bool gmx_read_next_tng_frame(tng_trajectory_t            input,
 431                                  t_trxframe                 *fr,
 432                                  gmx_int64_t                *requestedIds,
 433                                  int                         numRequestedIds)
 434 {
 435 #ifdef GMX_USE_TNG
 436     gmx_bool                bOK = TRUE;
 437     tng_function_status     stat;
 438     gmx_int64_t             numberOfAtoms = -1, frameNumber = -1;
 439     gmx_int64_t             nBlocks, blockId, *blockIds = NULL, codecId;
 440     char                    datatype      = -1;
 441     void                   *values        = NULL;
 442     double                  frameTime     = -1.0;
 443     int                     size, blockDependency;
 444     double                  prec;
 445     const int               defaultNumIds = 5;
 446     static gmx_int64_t      fallbackRequestedIds[defaultNumIds] =
 447     {
 448         TNG_TRAJ_BOX_SHAPE, TNG_TRAJ_POSITIONS,
 449         TNG_TRAJ_VELOCITIES, TNG_TRAJ_FORCES,
 450         TNG_GMX_LAMBDA
 451     };
 452
 453
 454     fr->bStep     = FALSE;
 455     fr->bTime     = FALSE;
 456     fr->bLambda   = FALSE;
 457     fr->bAtoms    = FALSE;
 458     fr->bPrec     = FALSE;
 459     fr->bX        = FALSE;
 460     fr->bV        = FALSE;
 461     fr->bF        = FALSE;
 462     fr->bBox      = FALSE;
 463
 464     /* If no specific IDs were requested read all block types that can
 465      * currently be interpreted */
 466     if (!requestedIds || numRequestedIds == 0)
 467     {
 468         numRequestedIds = defaultNumIds;
 469         requestedIds    = fallbackRequestedIds;
 470     }
 471
 472     stat = tng_num_particles_get(input, &numberOfAtoms);
 473     if (stat != TNG_SUCCESS)
 474     {
 475         gmx_file("Cannot determine number of atoms from TNG file.");
 476     }
 477     fr->natoms = numberOfAtoms;
 478
 479     if (!gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(input,
 480                                                     fr->step,
 481                                                     numRequestedIds,
 482                                                     requestedIds,
 483                                                     &frameNumber,
 484                                                     &nBlocks,
 485                                                     &blockIds))
 486     {
 487         return FALSE;
 488     }
 489
 490     if (nBlocks == 0)
 491     {
 492         return FALSE;
 493     }
 494
 495     for (gmx_int64_t i = 0; i < nBlocks; i++)
 496     {
 497         blockId = blockIds[i];
 498         tng_data_block_dependency_get(input, blockId, &blockDependency);
 499         if (blockDependency & TNG_PARTICLE_DEPENDENT)
 500         {
 501             stat = tng_util_particle_data_next_frame_read(input,
 502                                                           blockId,
 503                                                           &values,
 504                                                           &datatype,
 505                                                           &frameNumber,
 506                                                           &frameTime);
 507         }
 508         else
 509         {
 510             stat = tng_util_non_particle_data_next_frame_read(input,
 511                                                               blockId,
 512                                                               &values,
 513                                                               &datatype,
 514                                                               &frameNumber,
 515                                                               &frameTime);
 516         }
 517         if (stat == TNG_CRITICAL)
 518         {
 519             gmx_file("Cannot read positions from TNG file.");
 520             return FALSE;
 521         }
 522         else if (stat == TNG_FAILURE)
 523         {
 524             continue;
 525         }
 526         switch (blockId)
 527         {
 528             case TNG_TRAJ_BOX_SHAPE:
 529                 switch (datatype)
 530                 {
 531                     case TNG_INT_DATA:
 532                         size = sizeof(gmx_int64_t);
 533                         break;
 534                     case TNG_FLOAT_DATA:
 535                         size = sizeof(float);
 536                         break;
 537                     case TNG_DOUBLE_DATA:
 538                         size = sizeof(double);
 539                         break;
 540                     default:
 541                         gmx_incons("Illegal datatype of box shape values!");
 542                 }
 543                 for (int i = 0; i < DIM; i++)
 544                 {
 545                     convert_array_to_real_array((char *)(values) + size * i * DIM,
 546                                                 (real *) fr->box[i],
 547                                                 getDistanceScaleFactor(input),
 548                                                 1,
 549                                                 DIM,
 550                                                 datatype);
 551                 }
 552                 fr->bBox = TRUE;
 553                 break;
 554             case TNG_TRAJ_POSITIONS:
 555                 srenew(fr->x, fr->natoms);
 556                 convert_array_to_real_array(values,
 557                                             (real *) fr->x,
 558                                             getDistanceScaleFactor(input),
 559                                             fr->natoms,
 560                                             DIM,
 561                                             datatype);
 562                 fr->bX = TRUE;
 563                 tng_util_frame_current_compression_get(input, blockId, &codecId, &prec);
 564                 /* This must be updated if/when more lossy compression methods are added */
 565                 if (codecId == TNG_TNG_COMPRESSION)
 566                 {
 567                     fr->prec  = prec;
 568                     fr->bPrec = TRUE;
 569                 }
 570                 break;
 571             case TNG_TRAJ_VELOCITIES:
 572                 srenew(fr->v, fr->natoms);
 573                 convert_array_to_real_array(values,
 574                                             (real *) fr->v,
 575                                             getDistanceScaleFactor(input),
 576                                             fr->natoms,
 577                                             DIM,
 578                                             datatype);
 579                 fr->bV = TRUE;
 580                 tng_util_frame_current_compression_get(input, blockId, &codecId, &prec);
 581                 /* This must be updated if/when more lossy compression methods are added */
 582                 if (codecId == TNG_TNG_COMPRESSION)
 583                 {
 584                     fr->prec  = prec;
 585                     fr->bPrec = TRUE;
 586                 }
 587                 break;
 588             case TNG_TRAJ_FORCES:
 589                 srenew(fr->f, fr->natoms);
 590                 convert_array_to_real_array(values,
 591                                             (real *) fr->f,
 592                                             getDistanceScaleFactor(input),
 593                                             fr->natoms,
 594                                             DIM,
 595                                             datatype);
 596                 fr->bF = TRUE;
 597                 break;
 598             case TNG_GMX_LAMBDA:
 599                 switch (datatype)
 600                 {
 601                     case TNG_FLOAT_DATA:
 602                         fr->lambda = (*(float *)values);
 603                         break;
 604                     case TNG_DOUBLE_DATA:
 605                         fr->lambda = (*(double *)values);
 606                         break;
 607                     default:
 608                         gmx_incons("Illegal datatype lambda value!");
 609                 }
 610                 fr->bLambda = TRUE;
 611                 break;
 612             default:
 613                 gmx_warning("Illegal block type! Currently GROMACS tools can only handle certain data types. Skipping block.");
 614         }
 615         /* values does not have to be freed before reading next frame. It will
 616          * be reallocated if it is not NULL. */
 617     }
 618
 619     fr->step  = (int) frameNumber;
 620     fr->bStep = TRUE;
 621     // Convert the time to ps
 622     fr->time  = frameTime / PICO;
 623     fr->bTime = TRUE;
 624
 625     /* values must be freed before leaving this function */
 626     sfree(values);
 627
 628     return bOK;
 629 #else
 630     GMX_UNUSED_VALUE(input);
 631     GMX_UNUSED_VALUE(fr);
 632     GMX_UNUSED_VALUE(requestedIds);
 633     GMX_UNUSED_VALUE(numRequestedIds);
 634     return FALSE;
 635 #endif
 636 }
 637
 638 void gmx_print_tng_molecule_system(tng_trajectory_t input,
 639                                    FILE            *stream)
 640 {
 641 #ifdef GMX_USE_TNG
 642     gmx_int64_t        nMolecules, nChains, nResidues, nAtoms, *molCntList;
 643     tng_molecule_t     molecule;
 644     tng_chain_t        chain;
 645     tng_residue_t      residue;
 646     tng_atom_t         atom;
 647     char               str[256], varNAtoms;
 648
 649     tng_num_molecule_types_get(input, &nMolecules);
 650     tng_molecule_cnt_list_get(input, &molCntList);
 651     /* Can the number of particles change in the trajectory or is it constant? */
 652     tng_num_particles_variable_get(input, &varNAtoms);
 653
 654     for (gmx_int64_t i = 0; i < nMolecules; i++)
 655     {
 656         tng_molecule_of_index_get(input, i, &molecule);
 657         tng_molecule_name_get(input, molecule, str, 256);
 658         if (varNAtoms == TNG_CONSTANT_N_ATOMS)
 659         {
 660             if ((int)molCntList[i] == 0)
 661             {
 662                 continue;
 663             }
 664             fprintf(stream, "Molecule: %s, count: %d\n", str, (int)molCntList[i]);
 665         }
 666         else
 667         {
 668             fprintf(stream, "Molecule: %s\n", str);
 669         }
 670         tng_molecule_num_chains_get(input, molecule, &nChains);
 671         if (nChains > 0)
 672         {
 673             for (gmx_int64_t j = 0; j < nChains; j++)
 674             {
 675                 tng_molecule_chain_of_index_get(input, molecule, j, &chain);
 676                 tng_chain_name_get(input, chain, str, 256);
 677                 fprintf(stream, "\tChain: %s\n", str);
 678                 tng_chain_num_residues_get(input, chain, &nResidues);
 679                 for (gmx_int64_t k = 0; k < nResidues; k++)
 680                 {
 681                     tng_chain_residue_of_index_get(input, chain, k, &residue);
 682                     tng_residue_name_get(input, residue, str, 256);
 683                     fprintf(stream, "\t\tResidue: %s\n", str);
 684                     tng_residue_num_atoms_get(input, residue, &nAtoms);
 685                     for (gmx_int64_t l = 0; l < nAtoms; l++)
 686                     {
 687                         tng_residue_atom_of_index_get(input, residue, l, &atom);
 688                         tng_atom_name_get(input, atom, str, 256);
 689                         fprintf(stream, "\t\t\tAtom: %s", str);
 690                         tng_atom_type_get(input, atom, str, 256);
 691                         fprintf(stream, " (%s)\n", str);
 692                     }
 693                 }
 694             }
 695         }
 696         /* It is possible to have a molecule without chains, in which case
 697          * residues in the molecule can be iterated through without going
 698          * through chains. */
 699         else
 700         {
 701             tng_molecule_num_residues_get(input, molecule, &nResidues);
 702             if (nResidues > 0)
 703             {
 704                 for (gmx_int64_t k = 0; k < nResidues; k++)
 705                 {
 706                     tng_molecule_residue_of_index_get(input, molecule, k, &residue);
 707                     tng_residue_name_get(input, residue, str, 256);
 708                     fprintf(stream, "\t\tResidue: %s\n", str);
 709                     tng_residue_num_atoms_get(input, residue, &nAtoms);
 710                     for (gmx_int64_t l = 0; l < nAtoms; l++)
 711                     {
 712                         tng_residue_atom_of_index_get(input, residue, l, &atom);
 713                         tng_atom_name_get(input, atom, str, 256);
 714                         fprintf(stream, "\t\t\tAtom: %s", str);
 715                         tng_atom_type_get(input, atom, str, 256);
 716                         fprintf(stream, " (%s)\n", str);
 717                     }
 718                 }
 719             }
 720             else
 721             {
 722                 tng_molecule_num_atoms_get(input, molecule, &nAtoms);
 723                 for (gmx_int64_t l = 0; l < nAtoms; l++)
 724                 {
 725                     tng_molecule_atom_of_index_get(input, molecule, l, &atom);
 726                     tng_atom_name_get(input, atom, str, 256);
 727                     fprintf(stream, "\t\t\tAtom: %s", str);
 728                     tng_atom_type_get(input, atom, str, 256);
 729                     fprintf(stream, " (%s)\n", str);
 730                 }
 731             }
 732         }
 733     }
 734 #else
 735     GMX_UNUSED_VALUE(input);
 736     GMX_UNUSED_VALUE(stream);
 737 #endif
 738 }
 739
 740 gmx_bool gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng_trajectory_t     input,
 741                                                     int                  frame,
 742                                                     int                  nRequestedIds,
 743                                                     gmx_int64_t         *requestedIds,
 744                                                     gmx_int64_t         *nextFrame,
 745                                                     gmx_int64_t         *nBlocks,
 746                                                     gmx_int64_t        **blockIds)
 747 {
 748 #ifdef GMX_USE_TNG
 749     tng_function_status stat;
 750
 751     stat = tng_util_trajectory_next_frame_present_data_blocks_find(input, frame,
 752                                                                    nRequestedIds, requestedIds,
 753                                                                    nextFrame,
 754                                                                    nBlocks, blockIds);
 755
 756     if (stat == TNG_CRITICAL)
 757     {
 758         gmx_file("Cannot read TNG file. Cannot find data blocks of next frame.");
 759     }
 760     else if (stat == TNG_FAILURE)
 761     {
 762         return FALSE;
 763     }
 764     return TRUE;
 765 #else
 766     GMX_UNUSED_VALUE(input);
 767     GMX_UNUSED_VALUE(frame);
 768     GMX_UNUSED_VALUE(nRequestedIds);
 769     GMX_UNUSED_VALUE(requestedIds);
 770     GMX_UNUSED_VALUE(nextFrame);
 771     GMX_UNUSED_VALUE(nBlocks);
 772     GMX_UNUSED_VALUE(blockIds);
 773     return FALSE;
 774 #endif
 775 }
 776
 777 gmx_bool gmx_get_tng_data_next_frame_of_block_type(tng_trajectory_t     input,
 778                                                    gmx_int64_t          blockId,
 779                                                    real               **values,
 780                                                    gmx_int64_t         *frameNumber,
 781                                                    double              *frameTime,
 782                                                    gmx_int64_t         *nValuesPerFrame,
 783                                                    gmx_int64_t         *nAtoms,
 784                                                    real                *prec,
 785                                                    char                *name,
 786                                                    int                  maxLen,
 787                                                    gmx_bool            *bOK)
 788 {
 789 #ifdef GMX_USE_TNG
 790     tng_function_status stat;
 791     char                datatype = -1;
 792     gmx_int64_t         codecId;
 793     int                 blockDependency;
 794     void               *data = 0;
 795     double              localPrec;
 796
 797     stat = tng_data_block_name_get(input, blockId, name, maxLen);
 798     if (stat != TNG_SUCCESS)
 799     {
 800         gmx_file("Cannot read next frame of TNG file");
 801     }
 802     stat = tng_data_block_dependency_get(input, blockId, &blockDependency);
 803     if (stat != TNG_SUCCESS)
 804     {
 805         gmx_file("Cannot read next frame of TNG file");
 806     }
 807     if (blockDependency & TNG_PARTICLE_DEPENDENT)
 808     {
 809         tng_num_particles_get(input, nAtoms);
 810         stat = tng_util_particle_data_next_frame_read(input,
 811                                                       blockId,
 812                                                       &data,
 813                                                       &datatype,
 814                                                       frameNumber,
 815                                                       frameTime);
 816     }
 817     else
 818     {
 819         *nAtoms = 1; /* There are not actually any atoms, but it is used for
 820                         allocating memory */
 821         stat    = tng_util_non_particle_data_next_frame_read(input,
 822                                                              blockId,
 823                                                              &data,
 824                                                              &datatype,
 825                                                              frameNumber,
 826                                                              frameTime);
 827     }
 828     if (stat == TNG_CRITICAL)
 829     {
 830         gmx_file("Cannot read next frame of TNG file");
 831     }
 832     if (stat == TNG_FAILURE)
 833     {
 834         *bOK = TRUE;
 835         return FALSE;
 836     }
 837
 838     stat = tng_data_block_num_values_per_frame_get(input, blockId, nValuesPerFrame);
 839     if (stat != TNG_SUCCESS)
 840     {
 841         gmx_file("Cannot read next frame of TNG file");
 842     }
 843     snew(*values, sizeof(real) * *nValuesPerFrame * *nAtoms);
 844     convert_array_to_real_array(data,
 845                                 *values,
 846                                 getDistanceScaleFactor(input),
 847                                 *nAtoms,
 848                                 *nValuesPerFrame,
 849                                 datatype);
 850
 851     tng_util_frame_current_compression_get(input, blockId, &codecId, &localPrec);
 852
 853     /* This must be updated if/when more lossy compression methods are added */
 854     if (codecId != TNG_TNG_COMPRESSION)
 855     {
 856         *prec = -1.0;
 857     }
 858     else
 859     {
 860         *prec = localPrec;
 861     }
 862
 863     *bOK = TRUE;
 864     return TRUE;
 865 #else
 866     GMX_UNUSED_VALUE(input);
 867     GMX_UNUSED_VALUE(blockId);
 868     GMX_UNUSED_VALUE(values);
 869     GMX_UNUSED_VALUE(frameNumber);
 870     GMX_UNUSED_VALUE(frameTime);
 871     GMX_UNUSED_VALUE(nValuesPerFrame);
 872     GMX_UNUSED_VALUE(nAtoms);
 873     GMX_UNUSED_VALUE(prec);
 874     GMX_UNUSED_VALUE(name);
 875     GMX_UNUSED_VALUE(maxLen);
 876     GMX_UNUSED_VALUE(bOK);
 877     return FALSE;
 878 #endif
 879 }