src/gromacs/fileio/tngio.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2018,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "gmxpre.h"
  36
  37 #include "tngio.h"
  38
  39 #include "config.h"
  40
  41 #include <cmath>
  42
  43 #include <algorithm>
  44 #include <iterator>
  45 #include <memory>
  46 #include <numeric>
  47 #include <vector>
  48
  49 #if GMX_USE_TNG
  50 #    include "tng/tng_io.h"
  51 #endif
  52
  53 #include "gromacs/math/units.h"
  54 #include "gromacs/math/utilities.h"
  55 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  56 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  57 #include "gromacs/topology/topology.h"
  58 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  59 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  60 #include "gromacs/utility/baseversion.h"
  61 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  62 #include "gromacs/utility/futil.h"
  63 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  64 #include "gromacs/utility/programcontext.h"
  65 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  66 #include "gromacs/utility/sysinfo.h"
  67 #include "gromacs/utility/unique_cptr.h"
  68
  69 #if !GMX_USE_TNG
  70 using tng_trajectory_t = void*;
  71 #endif
  72
  73 /*! \brief Gromacs Wrapper around tng datatype
  74  *
  75  * This could in principle hold any GROMACS-specific requirements not yet
  76  * implemented in or not relevant to the TNG library itself. However, for now
  77  * we only use it to handle some shortcomings we have discovered, where the TNG
  78  * API itself is a bit fragile and can end up overwriting data if called several
  79  * times with the same frame number.
  80  * The logic to determine the time per step was also a bit fragile. This is not
  81  * critical, but since we anyway need a wrapper for ensuring unique frame
  82  * numbers, we can also use it to store the time of the first step and use that
  83  * to derive a slightly better/safer estimate of the time per step.
  84  *
  85  * At some future point where we have a second-generation TNG API we should
  86  * consider removing this again.
  87  */
  88 struct gmx_tng_trajectory
  89 {
  90     tng_trajectory_t tng;                  //!< Actual TNG handle (pointer)
  91     bool             lastStepDataIsValid;  //!< True if lastStep has been set
  92     std::int64_t     lastStep;             //!< Index/step used for last frame
  93     bool             lastTimeDataIsValid;  //!< True if lastTime has been set
  94     double           lastTime;             //!< Time of last frame (TNG unit is seconds)
  95     bool             timePerFrameIsSet;    //!< True if we have set the time per frame
  96     int              boxOutputInterval;    //!< Number of steps between the output of box size
  97     int              lambdaOutputInterval; //!< Number of steps between the output of lambdas
  98 };
  99
 100 #if GMX_USE_TNG
 101 static const char* modeToVerb(char mode)
 102 {
 103     const char* p;
 104     switch (mode)
 105     {
 106         case 'r': p = "reading"; break;
 107         case 'w': p = "writing"; break;
 108         case 'a': p = "appending"; break;
 109         default: gmx_fatal(FARGS, "Invalid file opening mode %c", mode);
 110     }
 111     return p;
 112 }
 113 #endif
 114
 115 void gmx_tng_open(const char* filename, char mode, gmx_tng_trajectory_t* gmx_tng)
 116 {
 117 #if GMX_USE_TNG
 118     /* First check whether we have to make a backup,
 119      * only for writing, not for read or append.
 120      */
 121     if (mode == 'w')
 122     {
 123         make_backup(filename);
 124     }
 125
 126     *gmx_tng                        = new gmx_tng_trajectory;
 127     (*gmx_tng)->lastStepDataIsValid = false;
 128     (*gmx_tng)->lastTimeDataIsValid = false;
 129     (*gmx_tng)->timePerFrameIsSet   = false;
 130     tng_trajectory_t* tng           = &(*gmx_tng)->tng;
 131
 132     /* tng must not be pointing at already allocated memory.
 133      * Memory will be allocated by tng_util_trajectory_open() and must
 134      * later on be freed by tng_util_trajectory_close(). */
 135     if (TNG_SUCCESS != tng_util_trajectory_open(filename, mode, tng))
 136     {
 137         /* TNG does return more than one degree of error, but there is
 138            no use case for GROMACS handling the non-fatal errors
 139            gracefully. */
 140         gmx_fatal(FARGS, "File I/O error while opening %s for %s", filename, modeToVerb(mode));
 141     }
 142
 143     if (mode == 'w' || mode == 'a')
 144     {
 145         char hostname[256];
 146         gmx_gethostname(hostname, 256);
 147         if (mode == 'w')
 148         {
 149             tng_first_computer_name_set(*tng, hostname);
 150         }
 151         else
 152         {
 153             tng_last_computer_name_set(*tng, hostname);
 154         }
 155
 156         char        programInfo[256];
 157         const char* precisionString = "";
 158 #    if GMX_DOUBLE
 159         precisionString = " (double precision)";
 160 #    endif
 161         sprintf(programInfo, "%.100s %.128s%.24s", gmx::getProgramContext().displayName(), gmx_version(), precisionString);
 162         if (mode == 'w')
 163         {
 164             tng_first_program_name_set(*tng, programInfo);
 165         }
 166         else
 167         {
 168             tng_last_program_name_set(*tng, programInfo);
 169         }
 170
 171         char username[256];
 172         if (!gmx_getusername(username, 256))
 173         {
 174             if (mode == 'w')
 175             {
 176                 tng_first_user_name_set(*tng, username);
 177             }
 178             else
 179             {
 180                 tng_last_user_name_set(*tng, username);
 181                 tng_file_headers_write(*tng, TNG_USE_HASH);
 182             }
 183         }
 184     }
 185 #else
 186     gmx_file("GROMACS was compiled without TNG support, cannot handle this file type");
 187     GMX_UNUSED_VALUE(filename);
 188     GMX_UNUSED_VALUE(mode);
 189     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng);
 190 #endif
 191 }
 192
 193 void gmx_tng_close(gmx_tng_trajectory_t* gmx_tng)
 194 {
 195     /* We have to check that tng is set because
 196      * tng_util_trajectory_close wants to return a NULL in it, and
 197      * gives a fatal error if it is NULL. */
 198 #if GMX_USE_TNG
 199     if (gmx_tng == nullptr || *gmx_tng == nullptr)
 200     {
 201         return;
 202     }
 203     tng_trajectory_t* tng = &(*gmx_tng)->tng;
 204
 205     if (tng)
 206     {
 207         tng_util_trajectory_close(tng);
 208     }
 209     delete *gmx_tng;
 210     *gmx_tng = nullptr;
 211
 212 #else
 213     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng);
 214 #endif
 215 }
 216
 217 #if GMX_USE_TNG
 218 static void addTngMoleculeFromTopology(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng,
 219                                        const char*          moleculeName,
 220                                        const t_atoms*       atoms,
 221                                        int64_t              numMolecules,
 222                                        tng_molecule_t*      tngMol)
 223 {
 224     tng_trajectory_t tng      = gmx_tng->tng;
 225     tng_chain_t      tngChain = nullptr;
 226     tng_residue_t    tngRes   = nullptr;
 227
 228     if (tng_molecule_add(tng, moleculeName, tngMol) != TNG_SUCCESS)
 229     {
 230         gmx_file("Cannot add molecule to TNG molecular system.");
 231     }
 232
 233     for (int atomIndex = 0; atomIndex < atoms->nr; atomIndex++)
 234     {
 235         const t_atom* at = &atoms->atom[atomIndex];
 236         /* FIXME: Currently the TNG API can only add atoms belonging to a
 237          * residue and chain. Wait for TNG 2.0*/
 238         if (atoms->nres > 0)
 239         {
 240             const t_resinfo* resInfo      = &atoms->resinfo[at->resind];
 241             char             chainName[2] = { resInfo->chainid, 0 };
 242             tng_atom_t       tngAtom      = nullptr;
 243             t_atom*          prevAtom;
 244
 245             if (atomIndex > 0)
 246             {
 247                 prevAtom = &atoms->atom[atomIndex - 1];
 248             }
 249             else
 250             {
 251                 prevAtom = nullptr;
 252             }
 253
 254             /* If this is the first atom or if the residue changed add the
 255              * residue to the TNG molecular system. */
 256             if (!prevAtom || resInfo != &atoms->resinfo[prevAtom->resind])
 257             {
 258                 /* If this is the first atom or if the chain changed add
 259                  * the chain to the TNG molecular system. */
 260                 if (!prevAtom || resInfo->chainid != atoms->resinfo[prevAtom->resind].chainid)
 261                 {
 262                     tng_molecule_chain_add(tng, *tngMol, chainName, &tngChain);
 263                 }
 264                 /* FIXME: When TNG supports both residue index and residue
 265                  * number the latter should be used. Wait for TNG 2.0*/
 266                 tng_chain_residue_add(tng, tngChain, *resInfo->name, &tngRes);
 267             }
 268             tng_residue_atom_add(
 269                     tng, tngRes, *(atoms->atomname[atomIndex]), *(atoms->atomtype[atomIndex]), &tngAtom);
 270         }
 271     }
 272     tng_molecule_cnt_set(tng, *tngMol, numMolecules);
 273 }
 274
 275 void gmx_tng_add_mtop(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng, const gmx_mtop_t* mtop)
 276 {
 277     int               i;
 278     int               j;
 279     std::vector<real> atomCharges;
 280     std::vector<real> atomMasses;
 281     tng_bond_t        tngBond;
 282     char              datatype;
 283
 284     tng_trajectory_t tng = gmx_tng->tng;
 285
 286     if (!mtop)
 287     {
 288         /* No topology information available to add. */
 289         return;
 290     }
 291
 292 #    if GMX_DOUBLE
 293     datatype = TNG_DOUBLE_DATA;
 294 #    else
 295     datatype                                               = TNG_FLOAT_DATA;
 296 #    endif
 297
 298     atomCharges.reserve(mtop->natoms);
 299     atomMasses.reserve(mtop->natoms);
 300
 301     for (const gmx_molblock_t& molBlock : mtop->molblock)
 302     {
 303         tng_molecule_t       tngMol  = nullptr;
 304         const gmx_moltype_t* molType = &mtop->moltype[molBlock.type];
 305
 306         /* Add a molecule to the TNG trajectory with the same name as the
 307          * current molecule. */
 308         addTngMoleculeFromTopology(gmx_tng, *(molType->name), &molType->atoms, molBlock.nmol, &tngMol);
 309
 310         /* Bonds have to be deduced from interactions (constraints etc). Different
 311          * interactions have different sets of parameters. */
 312         /* Constraints are specified using two atoms */
 313         for (i = 0; i < F_NRE; i++)
 314         {
 315             if (IS_CHEMBOND(i))
 316             {
 317                 const InteractionList& ilist = molType->ilist[i];
 318                 j                            = 1;
 319                 while (j < ilist.size())
 320                 {
 321                     tng_molecule_bond_add(tng, tngMol, ilist.iatoms[j], ilist.iatoms[j + 1], &tngBond);
 322                     j += 3;
 323                 }
 324             }
 325         }
 326         /* Settle is described using three atoms */
 327         const InteractionList& ilist = molType->ilist[F_SETTLE];
 328         j                            = 1;
 329         while (j < ilist.size())
 330         {
 331             tng_molecule_bond_add(tng, tngMol, ilist.iatoms[j], ilist.iatoms[j + 1], &tngBond);
 332             tng_molecule_bond_add(tng, tngMol, ilist.iatoms[j], ilist.iatoms[j + 2], &tngBond);
 333             j += 4;
 334         }
 335         /* First copy atom charges and masses, first atom by atom and then copy the memory for the molecule instances.
 336          * FIXME: Atom B state data should also be written to TNG (v 2.0?) */
 337         for (int atomCounter = 0; atomCounter < molType->atoms.nr; atomCounter++)
 338         {
 339             atomCharges.push_back(molType->atoms.atom[atomCounter].q);
 340             atomMasses.push_back(molType->atoms.atom[atomCounter].m);
 341         }
 342         for (int molCounter = 1; molCounter < molBlock.nmol; molCounter++)
 343         {
 344             std::copy_n(atomCharges.end() - molType->atoms.nr,
 345                         molType->atoms.nr,
 346                         std::back_inserter(atomCharges));
 347             std::copy_n(atomMasses.end() - molType->atoms.nr, molType->atoms.nr, std::back_inserter(atomMasses));
 348         }
 349     }
 350     /* Write the TNG data blocks. */
 351     tng_particle_data_block_add(tng,
 352                                 TNG_TRAJ_PARTIAL_CHARGES,
 353                                 "PARTIAL CHARGES",
 354                                 datatype,
 355                                 TNG_NON_TRAJECTORY_BLOCK,
 356                                 1,
 357                                 1,
 358                                 1,
 359                                 0,
 360                                 mtop->natoms,
 361                                 TNG_GZIP_COMPRESSION,
 362                                 atomCharges.data());
 363     tng_particle_data_block_add(tng,
 364                                 TNG_TRAJ_MASSES,
 365                                 "ATOM MASSES",
 366                                 datatype,
 367                                 TNG_NON_TRAJECTORY_BLOCK,
 368                                 1,
 369                                 1,
 370                                 1,
 371                                 0,
 372                                 mtop->natoms,
 373                                 TNG_GZIP_COMPRESSION,
 374                                 atomMasses.data());
 375 }
 376
 377 /*! \libinternal \brief Compute greatest common divisor of n1 and n2
 378  * if they are positive.
 379  *
 380  * If only one of n1 and n2 is positive, then return it.
 381  * If neither n1 or n2 is positive, then return -1. */
 382 static int greatest_common_divisor_if_positive(int n1, int n2)
 383 {
 384     if (0 >= n1)
 385     {
 386         return (0 >= n2) ? -1 : n2;
 387     }
 388     if (0 >= n2)
 389     {
 390         return n1;
 391     }
 392
 393     /* We have a non-trivial greatest common divisor to compute. */
 394     return std::gcd(n1, n2);
 395 }
 396
 397 /* By default try to write 100 frames (of actual output) in each frame set.
 398  * This number is the number of outputs of the most frequently written data
 399  * type per frame set.
 400  * TODO for 5.1: Verify that 100 frames per frame set is efficient for most
 401  * setups regarding compression efficiency and compression time. Make this
 402  * a hidden command-line option? */
 403 const int defaultFramesPerFrameSet = 100;
 404
 405 /*! \libinternal \brief  Set the number of frames per frame
 406  * set according to output intervals.
 407  * The default is that 100 frames are written of the data
 408  * that is written most often. */
 409 static void tng_set_frames_per_frame_set(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng,
 410                                          const gmx_bool       bUseLossyCompression,
 411                                          const t_inputrec*    ir)
 412 {
 413     int              gcd = -1;
 414     tng_trajectory_t tng = gmx_tng->tng;
 415
 416     /* Set the number of frames per frame set to contain at least
 417      * defaultFramesPerFrameSet of the lowest common denominator of
 418      * the writing interval of positions and velocities. */
 419     /* FIXME after 5.0: consider nstenergy also? */
 420     if (bUseLossyCompression)
 421     {
 422         gcd = ir->nstxout_compressed;
 423     }
 424     else
 425     {
 426         gcd = greatest_common_divisor_if_positive(ir->nstxout, ir->nstvout);
 427         gcd = greatest_common_divisor_if_positive(gcd, ir->nstfout);
 428     }
 429     if (0 >= gcd)
 430     {
 431         return;
 432     }
 433
 434     tng_num_frames_per_frame_set_set(tng, gcd * defaultFramesPerFrameSet);
 435 }
 436
 437 /*! \libinternal \brief Set the data-writing intervals, and number of
 438  * frames per frame set */
 439 static void set_writing_intervals(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng,
 440                                   const gmx_bool       bUseLossyCompression,
 441                                   const t_inputrec*    ir)
 442 {
 443     tng_trajectory_t tng = gmx_tng->tng;
 444
 445     /* Define pointers to specific writing functions depending on if we
 446      * write float or double data */
 447     typedef tng_function_status (*set_writing_interval_func_pointer)(
 448             tng_trajectory_t, const int64_t, const int64_t, const int64_t, const char*, const char, const char);
 449 #    if GMX_DOUBLE
 450     set_writing_interval_func_pointer set_writing_interval = tng_util_generic_write_interval_double_set;
 451 #    else
 452     set_writing_interval_func_pointer set_writing_interval = tng_util_generic_write_interval_set;
 453 #    endif
 454     int  xout, vout, fout;
 455     int  gcd = -1, lowest = -1;
 456     char compression;
 457
 458     tng_set_frames_per_frame_set(gmx_tng, bUseLossyCompression, ir);
 459
 460     if (bUseLossyCompression)
 461     {
 462         xout = ir->nstxout_compressed;
 463
 464         /* If there is no uncompressed coordinate output write forces
 465            and velocities to the compressed tng file. */
 466         if (ir->nstxout)
 467         {
 468             vout = 0;
 469             fout = 0;
 470         }
 471         else
 472         {
 473             vout = ir->nstvout;
 474             fout = ir->nstfout;
 475         }
 476         compression = TNG_TNG_COMPRESSION;
 477     }
 478     else
 479     {
 480         xout        = ir->nstxout;
 481         vout        = ir->nstvout;
 482         fout        = ir->nstfout;
 483         compression = TNG_GZIP_COMPRESSION;
 484     }
 485     if (xout)
 486     {
 487         set_writing_interval(
 488                 tng, xout, 3, TNG_TRAJ_POSITIONS, "POSITIONS", TNG_PARTICLE_BLOCK_DATA, compression);
 489         /* TODO: if/when we write energies to TNG also, reconsider how
 490          * and when box information is written, because GROMACS
 491          * behaviour pre-5.0 was to write the box with every
 492          * trajectory frame and every energy frame, and probably
 493          * people depend on this. */
 494
 495         gcd = greatest_common_divisor_if_positive(gcd, xout);
 496         if (lowest < 0 || xout < lowest)
 497         {
 498             lowest = xout;
 499         }
 500     }
 501     if (vout)
 502     {
 503         set_writing_interval(
 504                 tng, vout, 3, TNG_TRAJ_VELOCITIES, "VELOCITIES", TNG_PARTICLE_BLOCK_DATA, compression);
 505
 506         gcd = greatest_common_divisor_if_positive(gcd, vout);
 507         if (lowest < 0 || vout < lowest)
 508         {
 509             lowest = vout;
 510         }
 511     }
 512     if (fout)
 513     {
 514         set_writing_interval(
 515                 tng, fout, 3, TNG_TRAJ_FORCES, "FORCES", TNG_PARTICLE_BLOCK_DATA, TNG_GZIP_COMPRESSION);
 516
 517         gcd = greatest_common_divisor_if_positive(gcd, fout);
 518         if (lowest < 0 || fout < lowest)
 519         {
 520             lowest = fout;
 521         }
 522     }
 523     if (gcd > 0)
 524     {
 525         /* Lambdas and box shape written at an interval of the lowest common
 526            denominator of other output */
 527         set_writing_interval(
 528                 tng, gcd, 1, TNG_GMX_LAMBDA, "LAMBDAS", TNG_NON_PARTICLE_BLOCK_DATA, TNG_GZIP_COMPRESSION);
 529
 530         set_writing_interval(
 531                 tng, gcd, 9, TNG_TRAJ_BOX_SHAPE, "BOX SHAPE", TNG_NON_PARTICLE_BLOCK_DATA, TNG_GZIP_COMPRESSION);
 532         gmx_tng->lambdaOutputInterval = gcd;
 533         gmx_tng->boxOutputInterval    = gcd;
 534         if (gcd < lowest / 10)
 535         {
 536             gmx_warning(
 537                     "The lowest common denominator of trajectory output is "
 538                     "every %d step(s), whereas the shortest output interval "
 539                     "is every %d steps.",
 540                     gcd,
 541                     lowest);
 542         }
 543     }
 544 }
 545 #endif
 546
 547 void gmx_tng_prepare_md_writing(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng, const gmx_mtop_t* mtop, const t_inputrec* ir)
 548 {
 549 #if GMX_USE_TNG
 550     gmx_tng_add_mtop(gmx_tng, mtop);
 551     set_writing_intervals(gmx_tng, FALSE, ir);
 552     tng_time_per_frame_set(gmx_tng->tng, ir->delta_t * gmx::c_pico);
 553     gmx_tng->timePerFrameIsSet = true;
 554 #else
 555     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng);
 556     GMX_UNUSED_VALUE(mtop);
 557     GMX_UNUSED_VALUE(ir);
 558 #endif
 559 }
 560
 561 #if GMX_USE_TNG
 562 /* Check if all atoms in the molecule system are selected
 563  * by a selection group of type specified by gtype. */
 564 static gmx_bool all_atoms_selected(const gmx_mtop_t* mtop, const SimulationAtomGroupType gtype)
 565 {
 566     /* Iterate through all atoms in the molecule system and
 567      * check if they belong to a selection group of the
 568      * requested type. */
 569     int i = 0;
 570     for (const gmx_molblock_t& molBlock : mtop->molblock)
 571     {
 572         const gmx_moltype_t& molType = mtop->moltype[molBlock.type];
 573         const t_atoms&       atoms   = molType.atoms;
 574
 575         for (int j = 0; j < molBlock.nmol; j++)
 576         {
 577             for (int atomIndex = 0; atomIndex < atoms.nr; atomIndex++, i++)
 578             {
 579                 if (getGroupType(mtop->groups, gtype, i) != 0)
 580                 {
 581                     return FALSE;
 582                 }
 583             }
 584         }
 585     }
 586     return TRUE;
 587 }
 588
 589 /* Create TNG molecules which will represent each of the selection
 590  * groups for writing. But do that only if there is actually a
 591  * specified selection group and it is not the whole system.
 592  * TODO: Currently the only selection that is taken into account
 593  * is egcCompressedX, but other selections should be added when
 594  * e.g. writing energies is implemented.
 595  */
 596 static void add_selection_groups(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng, const gmx_mtop_t* mtop)
 597 {
 598     const t_atoms*   atoms;
 599     const t_atom*    at;
 600     const t_resinfo* resInfo;
 601     int              nameIndex;
 602     int              atom_offset = 0;
 603     tng_molecule_t   mol, iterMol;
 604     tng_chain_t      chain;
 605     tng_residue_t    res;
 606     tng_atom_t       atom;
 607     tng_bond_t       tngBond;
 608     int64_t          nMols;
 609     char*            groupName;
 610     tng_trajectory_t tng = gmx_tng->tng;
 611
 612     /* TODO: When the TNG molecules block is more flexible TNG selection
 613      * groups should not need all atoms specified. It should be possible
 614      * just to specify what molecules are selected (and/or which atoms in
 615      * the molecule) and how many (if applicable). */
 616
 617     /* If no atoms are selected we do not need to create a
 618      * TNG selection group molecule. */
 619     if (mtop->groups.numberOfGroupNumbers(SimulationAtomGroupType::CompressedPositionOutput) == 0)
 620     {
 621         return;
 622     }
 623
 624     /* If all atoms are selected we do not have to create a selection
 625      * group molecule in the TNG molecule system. */
 626     if (all_atoms_selected(mtop, SimulationAtomGroupType::CompressedPositionOutput))
 627     {
 628         return;
 629     }
 630
 631     /* The name of the TNG molecule containing the selection group is the
 632      * same as the name of the selection group. */
 633     nameIndex = mtop->groups.groups[SimulationAtomGroupType::CompressedPositionOutput][0];
 634     groupName = *mtop->groups.groupNames[nameIndex];
 635
 636     tng_molecule_alloc(tng, &mol);
 637     tng_molecule_name_set(tng, mol, groupName);
 638     tng_molecule_chain_add(tng, mol, "", &chain);
 639     int i = 0;
 640     for (const gmx_molblock_t& molBlock : mtop->molblock)
 641     {
 642         const gmx_moltype_t& molType = mtop->moltype[molBlock.type];
 643
 644         atoms = &molType.atoms;
 645
 646         for (int j = 0; j < molBlock.nmol; j++)
 647         {
 648             bool bAtomsAdded = FALSE;
 649             for (int atomIndex = 0; atomIndex < atoms->nr; atomIndex++, i++)
 650             {
 651                 char* res_name;
 652                 int   res_id;
 653
 654                 if (getGroupType(mtop->groups, SimulationAtomGroupType::CompressedPositionOutput, i) != 0)
 655                 {
 656                     continue;
 657                 }
 658                 at = &atoms->atom[atomIndex];
 659                 if (atoms->nres > 0)
 660                 {
 661                     resInfo = &atoms->resinfo[at->resind];
 662                     /* FIXME: When TNG supports both residue index and residue
 663                      * number the latter should be used. */
 664                     res_name = *resInfo->name;
 665                     res_id   = at->resind + 1;
 666                 }
 667                 else
 668                 {
 669                     res_name = const_cast<char*>("");
 670                     res_id   = 0;
 671                 }
 672                 if (tng_chain_residue_find(tng, chain, res_name, res_id, &res) != TNG_SUCCESS)
 673                 {
 674                     /* Since there is ONE chain for selection groups do not keep the
 675                      * original residue IDs - otherwise there might be conflicts. */
 676                     tng_chain_residue_add(tng, chain, res_name, &res);
 677                 }
 678                 tng_residue_atom_w_id_add(tng,
 679                                           res,
 680                                           *(atoms->atomname[atomIndex]),
 681                                           *(atoms->atomtype[atomIndex]),
 682                                           atom_offset + atomIndex,
 683                                           &atom);
 684                 bAtomsAdded = TRUE;
 685             }
 686             /* Add bonds. */
 687             if (bAtomsAdded)
 688             {
 689                 for (int k = 0; k < F_NRE; k++)
 690                 {
 691                     if (IS_CHEMBOND(k))
 692                     {
 693                         const InteractionList& ilist = molType.ilist[k];
 694                         for (int l = 1; l < ilist.size(); l += 3)
 695                         {
 696                             int atom1, atom2;
 697                             atom1 = ilist.iatoms[l] + atom_offset;
 698                             atom2 = ilist.iatoms[l + 1] + atom_offset;
 699                             if (getGroupType(mtop->groups, SimulationAtomGroupType::CompressedPositionOutput, atom1)
 700                                         == 0
 701                                 && getGroupType(mtop->groups, SimulationAtomGroupType::CompressedPositionOutput, atom2)
 702                                            == 0)
 703                             {
 704                                 tng_molecule_bond_add(
 705                                         tng, mol, ilist.iatoms[l], ilist.iatoms[l + 1], &tngBond);
 706                             }
 707                         }
 708                     }
 709                 }
 710                 /* Settle is described using three atoms */
 711                 const InteractionList& ilist = molType.ilist[F_SETTLE];
 712                 for (int l = 1; l < ilist.size(); l += 4)
 713                 {
 714                     int atom1, atom2, atom3;
 715                     atom1 = ilist.iatoms[l] + atom_offset;
 716                     atom2 = ilist.iatoms[l + 1] + atom_offset;
 717                     atom3 = ilist.iatoms[l + 2] + atom_offset;
 718                     if (getGroupType(mtop->groups, SimulationAtomGroupType::CompressedPositionOutput, atom1)
 719                         == 0)
 720                     {
 721                         if (getGroupType(mtop->groups, SimulationAtomGroupType::CompressedPositionOutput, atom2)
 722                             == 0)
 723                         {
 724                             tng_molecule_bond_add(tng, mol, atom1, atom2, &tngBond);
 725                         }
 726                         if (getGroupType(mtop->groups, SimulationAtomGroupType::CompressedPositionOutput, atom3)
 727                             == 0)
 728                         {
 729                             tng_molecule_bond_add(tng, mol, atom1, atom3, &tngBond);
 730                         }
 731                     }
 732                 }
 733             }
 734             atom_offset += atoms->nr;
 735         }
 736     }
 737     tng_molecule_existing_add(tng, &mol);
 738     tng_molecule_cnt_set(tng, mol, 1);
 739     tng_num_molecule_types_get(tng, &nMols);
 740     for (int64_t k = 0; k < nMols; k++)
 741     {
 742         tng_molecule_of_index_get(tng, k, &iterMol);
 743         if (iterMol == mol)
 744         {
 745             continue;
 746         }
 747         tng_molecule_cnt_set(tng, iterMol, 0);
 748     }
 749 }
 750 #endif
 751
 752 void gmx_tng_set_compression_precision(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng, real prec)
 753 {
 754 #if GMX_USE_TNG
 755     tng_compression_precision_set(gmx_tng->tng, prec);
 756 #else
 757     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng);
 758     GMX_UNUSED_VALUE(prec);
 759 #endif
 760 }
 761
 762 void gmx_tng_prepare_low_prec_writing(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng, const gmx_mtop_t* mtop, const t_inputrec* ir)
 763 {
 764 #if GMX_USE_TNG
 765     gmx_tng_add_mtop(gmx_tng, mtop);
 766     add_selection_groups(gmx_tng, mtop);
 767     set_writing_intervals(gmx_tng, TRUE, ir);
 768     tng_time_per_frame_set(gmx_tng->tng, ir->delta_t * gmx::c_pico);
 769     gmx_tng->timePerFrameIsSet = true;
 770     gmx_tng_set_compression_precision(gmx_tng, ir->x_compression_precision);
 771 #else
 772     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng);
 773     GMX_UNUSED_VALUE(mtop);
 774     GMX_UNUSED_VALUE(ir);
 775 #endif
 776 }
 777
 778 void gmx_fwrite_tng(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng,
 779                     const gmx_bool       bUseLossyCompression,
 780                     int64_t              step,
 781                     real                 elapsedPicoSeconds,
 782                     real                 lambda,
 783                     const rvec*          box,
 784                     int                  nAtoms,
 785                     const rvec*          x,
 786                     const rvec*          v,
 787                     const rvec*          f)
 788 {
 789 #if GMX_USE_TNG
 790     typedef tng_function_status (*write_data_func_pointer)(tng_trajectory_t,
 791                                                            const int64_t,
 792                                                            const double,
 793                                                            const real*,
 794                                                            const int64_t,
 795                                                            const int64_t,
 796                                                            const char*,
 797                                                            const char,
 798                                                            const char);
 799 #    if GMX_DOUBLE
 800     static write_data_func_pointer write_data = tng_util_generic_with_time_double_write;
 801 #    else
 802     static write_data_func_pointer    write_data           = tng_util_generic_with_time_write;
 803 #    endif
 804     double  elapsedSeconds = elapsedPicoSeconds * gmx::c_pico;
 805     int64_t nParticles;
 806     char    compression;
 807
 808
 809     if (!gmx_tng)
 810     {
 811         /* This function might get called when the type of the
 812            compressed trajectory is actually XTC. So we exit and move
 813            on. */
 814         return;
 815     }
 816     tng_trajectory_t tng = gmx_tng->tng;
 817
 818     // While the GROMACS interface to this routine specifies 'step', TNG itself
 819     // only uses 'frame index' internally, although it suggests that it's a good
 820     // idea to let this represent the step rather than just frame numbers.
 821     //
 822     // However, the way the GROMACS interface works, there are cases where
 823     // the step is simply not set, so all frames rather have step=0.
 824     // If we call the lower-level TNG routines with the same frame index
 825     // (which is set from the step) multiple times, things will go very
 826     // wrong (overwritten data).
 827     //
 828     // To avoid this, we require the step value to always be larger than the
 829     // previous value, and if this is not true we simply set it to a value
 830     // one unit larger than the previous step.
 831     //
 832     // Note: We do allow the user to specify any crazy value the want for the
 833     // first step. If it is "not set", GROMACS will have used the value 0.
 834     if (gmx_tng->lastStepDataIsValid && step <= gmx_tng->lastStep)
 835     {
 836         step = gmx_tng->lastStep + 1;
 837     }
 838
 839     // Now that we have fixed the potentially incorrect step, we can also set
 840     // the time per frame if it was not already done, and we have
 841     // step/time information from the last frame so it is possible to calculate it.
 842     // Note that we do allow the time to be the same for all steps, or even
 843     // decreasing. In that case we will simply say the time per step is 0
 844     // or negative. A bit strange, but a correct representation of the data :-)
 845     if (!gmx_tng->timePerFrameIsSet && gmx_tng->lastTimeDataIsValid && gmx_tng->lastStepDataIsValid)
 846     {
 847         double       deltaTime = elapsedSeconds - gmx_tng->lastTime;
 848         std::int64_t deltaStep = step - gmx_tng->lastStep;
 849         tng_time_per_frame_set(tng, deltaTime / deltaStep);
 850         gmx_tng->timePerFrameIsSet = true;
 851     }
 852
 853     tng_num_particles_get(tng, &nParticles);
 854     if (nAtoms != static_cast<int>(nParticles))
 855     {
 856         tng_implicit_num_particles_set(tng, nAtoms);
 857     }
 858
 859     if (bUseLossyCompression)
 860     {
 861         compression = TNG_TNG_COMPRESSION;
 862     }
 863     else
 864     {
 865         compression = TNG_GZIP_COMPRESSION;
 866     }
 867
 868     /* The writing is done using write_data, which writes float or double
 869      * depending on the GROMACS compilation. */
 870     if (x)
 871     {
 872         GMX_ASSERT(box, "Need a non-NULL box if positions are written");
 873
 874         if (write_data(tng,
 875                        step,
 876                        elapsedSeconds,
 877                        reinterpret_cast<const real*>(x),
 878                        3,
 879                        TNG_TRAJ_POSITIONS,
 880                        "POSITIONS",
 881                        TNG_PARTICLE_BLOCK_DATA,
 882                        compression)
 883             != TNG_SUCCESS)
 884         {
 885             gmx_file("Cannot write TNG trajectory frame; maybe you are out of disk space?");
 886         }
 887     }
 888
 889     if (v)
 890     {
 891         if (write_data(tng,
 892                        step,
 893                        elapsedSeconds,
 894                        reinterpret_cast<const real*>(v),
 895                        3,
 896                        TNG_TRAJ_VELOCITIES,
 897                        "VELOCITIES",
 898                        TNG_PARTICLE_BLOCK_DATA,
 899                        compression)
 900             != TNG_SUCCESS)
 901         {
 902             gmx_file("Cannot write TNG trajectory frame; maybe you are out of disk space?");
 903         }
 904     }
 905
 906     if (f)
 907     {
 908         /* TNG-MF1 compression only compresses positions and velocities. Use lossless
 909          * compression for forces regardless of output mode */
 910         if (write_data(tng,
 911                        step,
 912                        elapsedSeconds,
 913                        reinterpret_cast<const real*>(f),
 914                        3,
 915                        TNG_TRAJ_FORCES,
 916                        "FORCES",
 917                        TNG_PARTICLE_BLOCK_DATA,
 918                        TNG_GZIP_COMPRESSION)
 919             != TNG_SUCCESS)
 920         {
 921             gmx_file("Cannot write TNG trajectory frame; maybe you are out of disk space?");
 922         }
 923     }
 924
 925     if (box)
 926     {
 927         /* TNG-MF1 compression only compresses positions and velocities. Use lossless
 928          * compression for box shape regardless of output mode */
 929         if (write_data(tng,
 930                        step,
 931                        elapsedSeconds,
 932                        reinterpret_cast<const real*>(box),
 933                        9,
 934                        TNG_TRAJ_BOX_SHAPE,
 935                        "BOX SHAPE",
 936                        TNG_NON_PARTICLE_BLOCK_DATA,
 937                        TNG_GZIP_COMPRESSION)
 938             != TNG_SUCCESS)
 939         {
 940             gmx_file("Cannot write TNG trajectory frame; maybe you are out of disk space?");
 941         }
 942     }
 943
 944     if (lambda >= 0)
 945     {
 946         /* TNG-MF1 compression only compresses positions and velocities. Use lossless
 947          * compression for lambda regardless of output mode */
 948         if (write_data(tng,
 949                        step,
 950                        elapsedSeconds,
 951                        reinterpret_cast<const real*>(&lambda),
 952                        1,
 953                        TNG_GMX_LAMBDA,
 954                        "LAMBDAS",
 955                        TNG_NON_PARTICLE_BLOCK_DATA,
 956                        TNG_GZIP_COMPRESSION)
 957             != TNG_SUCCESS)
 958         {
 959             gmx_file("Cannot write TNG trajectory frame; maybe you are out of disk space?");
 960         }
 961     }
 962
 963     // Update the data in the wrapper
 964
 965     gmx_tng->lastStepDataIsValid = true;
 966     gmx_tng->lastStep            = step;
 967     gmx_tng->lastTimeDataIsValid = true;
 968     gmx_tng->lastTime            = elapsedSeconds;
 969 #else
 970     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng);
 971     GMX_UNUSED_VALUE(bUseLossyCompression);
 972     GMX_UNUSED_VALUE(step);
 973     GMX_UNUSED_VALUE(elapsedPicoSeconds);
 974     GMX_UNUSED_VALUE(lambda);
 975     GMX_UNUSED_VALUE(box);
 976     GMX_UNUSED_VALUE(nAtoms);
 977     GMX_UNUSED_VALUE(x);
 978     GMX_UNUSED_VALUE(v);
 979     GMX_UNUSED_VALUE(f);
 980 #endif
 981 }
 982
 983 void fflush_tng(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng)
 984 {
 985 #if GMX_USE_TNG
 986     if (!gmx_tng)
 987     {
 988         return;
 989     }
 990     tng_frame_set_premature_write(gmx_tng->tng, TNG_USE_HASH);
 991 #else
 992     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng);
 993 #endif
 994 }
 995
 996 float gmx_tng_get_time_of_final_frame(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng)
 997 {
 998 #if GMX_USE_TNG
 999     int64_t          nFrames;
1000     double           time;
1001     float            fTime;
1002     tng_trajectory_t tng = gmx_tng->tng;
1003
1004     tng_num_frames_get(tng, &nFrames);
1005     tng_util_time_of_frame_get(tng, nFrames - 1, &time);
1006
1007     fTime = time / gmx::c_pico;
1008     return fTime;
1009 #else
1010     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng);
1011     return -1.0;
1012 #endif
1013 }
1014
1015 void gmx_prepare_tng_writing(const char*              filename,
1016                              char                     mode,
1017                              gmx_tng_trajectory_t*    gmx_tng_input,
1018                              gmx_tng_trajectory_t*    gmx_tng_output,
1019                              int                      nAtoms,
1020                              const gmx_mtop_t*        mtop,
1021                              gmx::ArrayRef<const int> index,
1022                              const char*              indexGroupName)
1023 {
1024 #if GMX_USE_TNG
1025     tng_trajectory_t* input = (gmx_tng_input && *gmx_tng_input) ? &(*gmx_tng_input)->tng : nullptr;
1026     /* FIXME after 5.0: Currently only standard block types are read */
1027     const int      defaultNumIds              = 5;
1028     static int64_t fallbackIds[defaultNumIds] = {
1029         TNG_TRAJ_BOX_SHAPE, TNG_TRAJ_POSITIONS, TNG_TRAJ_VELOCITIES, TNG_TRAJ_FORCES, TNG_GMX_LAMBDA
1030     };
1031     static char fallbackNames[defaultNumIds][32] = {
1032         "BOX SHAPE", "POSITIONS", "VELOCITIES", "FORCES", "LAMBDAS"
1033     };
1034
1035     typedef tng_function_status (*set_writing_interval_func_pointer)(
1036             tng_trajectory_t, const int64_t, const int64_t, const int64_t, const char*, const char, const char);
1037 #    if GMX_DOUBLE
1038     set_writing_interval_func_pointer set_writing_interval = tng_util_generic_write_interval_double_set;
1039 #    else
1040     set_writing_interval_func_pointer set_writing_interval = tng_util_generic_write_interval_set;
1041 #    endif
1042
1043     gmx_tng_open(filename, mode, gmx_tng_output);
1044     tng_trajectory_t* output = &(*gmx_tng_output)->tng;
1045
1046     /* Do we have an input file in TNG format? If so, then there's
1047        more data we can copy over, rather than having to improvise. */
1048     if (gmx_tng_input && *gmx_tng_input)
1049     {
1050         /* Set parameters (compression, time per frame, molecule
1051          * information, number of frames per frame set and writing
1052          * intervals of positions, box shape and lambdas) of the
1053          * output tng container based on their respective values int
1054          * the input tng container */
1055         double  time, compression_precision;
1056         int64_t n_frames_per_frame_set, interval = -1;
1057
1058         tng_compression_precision_get(*input, &compression_precision);
1059         tng_compression_precision_set(*output, compression_precision);
1060         // TODO make this configurable in a future version
1061         char compression_type = TNG_TNG_COMPRESSION;
1062
1063         tng_molecule_system_copy(*input, *output);
1064
1065         tng_time_per_frame_get(*input, &time);
1066         tng_time_per_frame_set(*output, time);
1067         // Since we have copied the value from the input TNG we should not change it again
1068         (*gmx_tng_output)->timePerFrameIsSet = true;
1069
1070         tng_num_frames_per_frame_set_get(*input, &n_frames_per_frame_set);
1071         tng_num_frames_per_frame_set_set(*output, n_frames_per_frame_set);
1072
1073         for (int i = 0; i < defaultNumIds; i++)
1074         {
1075             if (tng_data_get_stride_length(*input, fallbackIds[i], -1, &interval) == TNG_SUCCESS)
1076             {
1077                 switch (fallbackIds[i])
1078                 {
1079                     case TNG_TRAJ_POSITIONS:
1080                     case TNG_TRAJ_VELOCITIES:
1081                         set_writing_interval(*output,
1082                                              interval,
1083                                              3,
1084                                              fallbackIds[i],
1085                                              fallbackNames[i],
1086                                              TNG_PARTICLE_BLOCK_DATA,
1087                                              compression_type);
1088                         break;
1089                     case TNG_TRAJ_FORCES:
1090                         set_writing_interval(*output,
1091                                              interval,
1092                                              3,
1093                                              fallbackIds[i],
1094                                              fallbackNames[i],
1095                                              TNG_PARTICLE_BLOCK_DATA,
1096                                              TNG_GZIP_COMPRESSION);
1097                         break;
1098                     case TNG_TRAJ_BOX_SHAPE:
1099                         set_writing_interval(*output,
1100                                              interval,
1101                                              9,
1102                                              fallbackIds[i],
1103                                              fallbackNames[i],
1104                                              TNG_NON_PARTICLE_BLOCK_DATA,
1105                                              TNG_GZIP_COMPRESSION);
1106                         (*gmx_tng_output)->boxOutputInterval = interval;
1107                         break;
1108                     case TNG_GMX_LAMBDA:
1109                         set_writing_interval(*output,
1110                                              interval,
1111                                              1,
1112                                              fallbackIds[i],
1113                                              fallbackNames[i],
1114                                              TNG_NON_PARTICLE_BLOCK_DATA,
1115                                              TNG_GZIP_COMPRESSION);
1116                         (*gmx_tng_output)->lambdaOutputInterval = interval;
1117                         break;
1118                     default: continue;
1119                 }
1120             }
1121         }
1122     }
1123     else
1124     {
1125         /* TODO after trjconv is modularized: fix this so the user can
1126            change precision when they are doing an operation where
1127            this makes sense, and not otherwise.
1128
1129            char compression = bUseLossyCompression ? TNG_TNG_COMPRESSION : TNG_GZIP_COMPRESSION;
1130            gmx_tng_set_compression_precision(*output, ndec2prec(nDecimalsOfPrecision));
1131          */
1132         gmx_tng_add_mtop(*gmx_tng_output, mtop);
1133         tng_num_frames_per_frame_set_set(*output, 1);
1134     }
1135
1136     if ((!index.empty()) && nAtoms > 0)
1137     {
1138         gmx_tng_setup_atom_subgroup(*gmx_tng_output, index, indexGroupName);
1139     }
1140
1141     /* If for some reason there are more requested atoms than there are atoms in the
1142      * molecular system create a number of implicit atoms (without atom data) to
1143      * compensate for that. */
1144     if (nAtoms >= 0)
1145     {
1146         tng_implicit_num_particles_set(*output, nAtoms);
1147     }
1148 #else
1149     GMX_UNUSED_VALUE(filename);
1150     GMX_UNUSED_VALUE(mode);
1151     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng_input);
1152     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng_output);
1153     GMX_UNUSED_VALUE(nAtoms);
1154     GMX_UNUSED_VALUE(mtop);
1155     GMX_UNUSED_VALUE(index);
1156     GMX_UNUSED_VALUE(indexGroupName);
1157 #endif
1158 }
1159
1160 void gmx_write_tng_from_trxframe(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng_output, const t_trxframe* frame, int natoms)
1161 {
1162 #if GMX_USE_TNG
1163     if (natoms < 0)
1164     {
1165         natoms = frame->natoms;
1166     }
1167     gmx_fwrite_tng(
1168             gmx_tng_output, TRUE, frame->step, frame->time, 0, frame->box, natoms, frame->x, frame->v, frame->f);
1169 #else
1170     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng_output);
1171     GMX_UNUSED_VALUE(frame);
1172     GMX_UNUSED_VALUE(natoms);
1173 #endif
1174 }
1175
1176 namespace
1177 {
1178
1179 #if GMX_USE_TNG
1180 void convert_array_to_real_array(void*       from,
1181                                  real*       to,
1182                                  const float fact,
1183                                  const int   nAtoms,
1184                                  const int   nValues,
1185                                  const char  datatype)
1186 {
1187     int i, j;
1188
1189     const bool useDouble = GMX_DOUBLE;
1190     switch (datatype)
1191     {
1192         case TNG_FLOAT_DATA:
1193             if (!useDouble)
1194             {
1195                 if (fact == 1)
1196                 {
1197                     memcpy(to, from, nValues * sizeof(real) * nAtoms);
1198                 }
1199                 else
1200                 {
1201                     for (i = 0; i < nAtoms; i++)
1202                     {
1203                         for (j = 0; j < nValues; j++)
1204                         {
1205                             to[i * nValues + j] = reinterpret_cast<float*>(from)[i * nValues + j] * fact;
1206                         }
1207                     }
1208                 }
1209             }
1210             else
1211             {
1212                 for (i = 0; i < nAtoms; i++)
1213                 {
1214                     for (j = 0; j < nValues; j++)
1215                     {
1216                         to[i * nValues + j] = reinterpret_cast<float*>(from)[i * nValues + j] * fact;
1217                     }
1218                 }
1219             }
1220             break;
1221         case TNG_INT_DATA:
1222             for (i = 0; i < nAtoms; i++)
1223             {
1224                 for (j = 0; j < nValues; j++)
1225                 {
1226                     to[i * nValues + j] = reinterpret_cast<int64_t*>(from)[i * nValues + j] * fact;
1227                 }
1228             }
1229             break;
1230         case TNG_DOUBLE_DATA:
1231             if (sizeof(real) == sizeof(double))
1232             {
1233                 if (fact == 1)
1234                 {
1235                     memcpy(to, from, nValues * sizeof(real) * nAtoms);
1236                 }
1237                 else
1238                 {
1239                     for (i = 0; i < nAtoms; i++)
1240                     {
1241                         for (j = 0; j < nValues; j++)
1242                         {
1243                             to[i * nValues + j] = reinterpret_cast<double*>(from)[i * nValues + j] * fact;
1244                         }
1245                     }
1246                 }
1247             }
1248             else
1249             {
1250                 for (i = 0; i < nAtoms; i++)
1251                 {
1252                     for (j = 0; j < nValues; j++)
1253                     {
1254                         to[i * nValues + j] = reinterpret_cast<double*>(from)[i * nValues + j] * fact;
1255                     }
1256                 }
1257             }
1258             break;
1259         default: gmx_incons("Illegal datatype when converting values to a real array!");
1260     }
1261 }
1262
1263 real getDistanceScaleFactor(gmx_tng_trajectory_t in)
1264 {
1265     int64_t exp = -1;
1266     real    distanceScaleFactor;
1267
1268     // TODO Hopefully, TNG 2.0 will do this kind of thing for us
1269     tng_distance_unit_exponential_get(in->tng, &exp);
1270
1271     // GROMACS expects distances in nm
1272     switch (exp)
1273     {
1274         case 9: distanceScaleFactor = gmx::c_nano / gmx::c_nano; break;
1275         case 10: distanceScaleFactor = gmx::c_nano / gmx::c_angstrom; break;
1276         default: distanceScaleFactor = pow(10.0, exp + 9.0);
1277     }
1278
1279     return distanceScaleFactor;
1280 }
1281 #endif
1282
1283 } // namespace
1284
1285 void gmx_tng_setup_atom_subgroup(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng, gmx::ArrayRef<const int> ind, const char* name)
1286 {
1287 #if GMX_USE_TNG
1288     int64_t             nAtoms, cnt, nMols;
1289     tng_molecule_t      mol, iterMol;
1290     tng_chain_t         chain;
1291     tng_residue_t       res;
1292     tng_atom_t          atom;
1293     tng_function_status stat;
1294     tng_trajectory_t    tng = gmx_tng->tng;
1295
1296     tng_num_particles_get(tng, &nAtoms);
1297
1298     if (nAtoms == ind.ssize())
1299     {
1300         return;
1301     }
1302
1303     stat = tng_molecule_find(tng, name, -1, &mol);
1304     if (stat == TNG_SUCCESS)
1305     {
1306         tng_molecule_num_atoms_get(tng, mol, &nAtoms);
1307         tng_molecule_cnt_get(tng, mol, &cnt);
1308         if (nAtoms == ind.ssize())
1309         {
1310             stat = TNG_SUCCESS;
1311         }
1312         else
1313         {
1314             stat = TNG_FAILURE;
1315         }
1316     }
1317     if (stat == TNG_FAILURE)
1318     {
1319         /* The indexed atoms are added to one separate molecule. */
1320         tng_molecule_alloc(tng, &mol);
1321         tng_molecule_name_set(tng, mol, name);
1322         tng_molecule_chain_add(tng, mol, "", &chain);
1323
1324         for (gmx::index i = 0; i < ind.ssize(); i++)
1325         {
1326             char temp_name[256], temp_type[256];
1327
1328             /* Try to retrieve the residue name of the atom */
1329             stat = tng_residue_name_of_particle_nr_get(tng, ind[i], temp_name, 256);
1330             if (stat != TNG_SUCCESS)
1331             {
1332                 temp_name[0] = '\0';
1333             }
1334             /* Check if the molecule of the selection already contains this residue */
1335             if (tng_chain_residue_find(tng, chain, temp_name, -1, &res) != TNG_SUCCESS)
1336             {
1337                 tng_chain_residue_add(tng, chain, temp_name, &res);
1338             }
1339             /* Try to find the original name and type of the atom */
1340             stat = tng_atom_name_of_particle_nr_get(tng, ind[i], temp_name, 256);
1341             if (stat != TNG_SUCCESS)
1342             {
1343                 temp_name[0] = '\0';
1344             }
1345             stat = tng_atom_type_of_particle_nr_get(tng, ind[i], temp_type, 256);
1346             if (stat != TNG_SUCCESS)
1347             {
1348                 temp_type[0] = '\0';
1349             }
1350             tng_residue_atom_w_id_add(tng, res, temp_name, temp_type, ind[i], &atom);
1351         }
1352         tng_molecule_existing_add(tng, &mol);
1353     }
1354     /* Set the count of the molecule containing the selected atoms to 1 and all
1355      * other molecules to 0 */
1356     tng_molecule_cnt_set(tng, mol, 1);
1357     tng_num_molecule_types_get(tng, &nMols);
1358     for (int64_t k = 0; k < nMols; k++)
1359     {
1360         tng_molecule_of_index_get(tng, k, &iterMol);
1361         if (iterMol == mol)
1362         {
1363             continue;
1364         }
1365         tng_molecule_cnt_set(tng, iterMol, 0);
1366     }
1367 #else
1368     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng);
1369     GMX_UNUSED_VALUE(ind);
1370     GMX_UNUSED_VALUE(name);
1371 #endif
1372 }
1373
1374 /* TODO: If/when TNG acquires the ability to copy data blocks without
1375  * uncompressing them, then this implemenation should be reconsidered.
1376  * Ideally, gmx trjconv -f a.tng -o b.tng -b 10 -e 20 would be fast
1377  * and lose no information. */
1378 gmx_bool gmx_read_next_tng_frame(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng_input,
1379                                  t_trxframe*          fr,
1380                                  int64_t*             requestedIds,
1381                                  int                  numRequestedIds)
1382 {
1383 #if GMX_USE_TNG
1384     tng_trajectory_t    input = gmx_tng_input->tng;
1385     gmx_bool            bOK   = TRUE;
1386     tng_function_status stat;
1387     int64_t             numberOfAtoms = -1, frameNumber = -1;
1388     int64_t             nBlocks, blockId, *blockIds = nullptr, codecId;
1389     char                datatype  = -1;
1390     void*               values    = nullptr;
1391     double              frameTime = -1.0;
1392     int                 size, blockDependency;
1393     double              prec;
1394     const int           defaultNumIds                       = 5;
1395     static int64_t      fallbackRequestedIds[defaultNumIds] = {
1396         TNG_TRAJ_BOX_SHAPE, TNG_TRAJ_POSITIONS, TNG_TRAJ_VELOCITIES, TNG_TRAJ_FORCES, TNG_GMX_LAMBDA
1397     };
1398
1399
1400     fr->bStep   = FALSE;
1401     fr->bTime   = FALSE;
1402     fr->bLambda = FALSE;
1403     fr->bAtoms  = FALSE;
1404     fr->bPrec   = FALSE;
1405     fr->bX      = FALSE;
1406     fr->bV      = FALSE;
1407     fr->bF      = FALSE;
1408     fr->bBox    = FALSE;
1409
1410     /* If no specific IDs were requested read all block types that can
1411      * currently be interpreted */
1412     if (!requestedIds || numRequestedIds == 0)
1413     {
1414         numRequestedIds = defaultNumIds;
1415         requestedIds    = fallbackRequestedIds;
1416     }
1417
1418     stat = tng_num_particles_get(input, &numberOfAtoms);
1419     if (stat != TNG_SUCCESS)
1420     {
1421         gmx_file("Cannot determine number of atoms from TNG file.");
1422     }
1423     fr->natoms = numberOfAtoms;
1424
1425     bool nextFrameExists = gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(
1426             gmx_tng_input, fr->step, numRequestedIds, requestedIds, &frameNumber, &nBlocks, &blockIds);
1427     gmx::unique_cptr<int64_t, gmx::free_wrapper> blockIdsGuard(blockIds);
1428     if (!nextFrameExists)
1429     {
1430         return FALSE;
1431     }
1432
1433     if (nBlocks == 0)
1434     {
1435         return FALSE;
1436     }
1437
1438     for (int64_t i = 0; i < nBlocks; i++)
1439     {
1440         blockId = blockIds[i];
1441         tng_data_block_dependency_get(input, blockId, &blockDependency);
1442         if (blockDependency & TNG_PARTICLE_DEPENDENT)
1443         {
1444             stat = tng_util_particle_data_next_frame_read(
1445                     input, blockId, &values, &datatype, &frameNumber, &frameTime);
1446         }
1447         else
1448         {
1449             stat = tng_util_non_particle_data_next_frame_read(
1450                     input, blockId, &values, &datatype, &frameNumber, &frameTime);
1451         }
1452         if (stat == TNG_CRITICAL)
1453         {
1454             gmx_file("Cannot read positions from TNG file.");
1455             return FALSE;
1456         }
1457         else if (stat == TNG_FAILURE)
1458         {
1459             continue;
1460         }
1461         switch (blockId)
1462         {
1463             case TNG_TRAJ_BOX_SHAPE:
1464                 switch (datatype)
1465                 {
1466                     case TNG_INT_DATA: size = sizeof(int64_t); break;
1467                     case TNG_FLOAT_DATA: size = sizeof(float); break;
1468                     case TNG_DOUBLE_DATA: size = sizeof(double); break;
1469                     default: gmx_incons("Illegal datatype of box shape values!");
1470                 }
1471                 for (int i = 0; i < DIM; i++)
1472                 {
1473                     convert_array_to_real_array(reinterpret_cast<char*>(values) + size * i * DIM,
1474                                                 reinterpret_cast<real*>(fr->box[i]),
1475                                                 getDistanceScaleFactor(gmx_tng_input),
1476                                                 1,
1477                                                 DIM,
1478                                                 datatype);
1479                 }
1480                 fr->bBox = TRUE;
1481                 break;
1482             case TNG_TRAJ_POSITIONS:
1483                 srenew(fr->x, fr->natoms);
1484                 convert_array_to_real_array(values,
1485                                             reinterpret_cast<real*>(fr->x),
1486                                             getDistanceScaleFactor(gmx_tng_input),
1487                                             fr->natoms,
1488                                             DIM,
1489                                             datatype);
1490                 fr->bX = TRUE;
1491                 tng_util_frame_current_compression_get(input, blockId, &codecId, &prec);
1492                 /* This must be updated if/when more lossy compression methods are added */
1493                 if (codecId == TNG_TNG_COMPRESSION)
1494                 {
1495                     fr->prec  = prec;
1496                     fr->bPrec = TRUE;
1497                 }
1498                 break;
1499             case TNG_TRAJ_VELOCITIES:
1500                 srenew(fr->v, fr->natoms);
1501                 convert_array_to_real_array(values,
1502                                             reinterpret_cast<real*>(fr->v),
1503                                             getDistanceScaleFactor(gmx_tng_input),
1504                                             fr->natoms,
1505                                             DIM,
1506                                             datatype);
1507                 fr->bV = TRUE;
1508                 tng_util_frame_current_compression_get(input, blockId, &codecId, &prec);
1509                 /* This must be updated if/when more lossy compression methods are added */
1510                 if (codecId == TNG_TNG_COMPRESSION)
1511                 {
1512                     fr->prec  = prec;
1513                     fr->bPrec = TRUE;
1514                 }
1515                 break;
1516             case TNG_TRAJ_FORCES:
1517                 srenew(fr->f, fr->natoms);
1518                 convert_array_to_real_array(values,
1519                                             reinterpret_cast<real*>(fr->f),
1520                                             getDistanceScaleFactor(gmx_tng_input),
1521                                             fr->natoms,
1522                                             DIM,
1523                                             datatype);
1524                 fr->bF = TRUE;
1525                 break;
1526             case TNG_GMX_LAMBDA:
1527                 switch (datatype)
1528                 {
1529                     case TNG_FLOAT_DATA: fr->lambda = *(reinterpret_cast<float*>(values)); break;
1530                     case TNG_DOUBLE_DATA: fr->lambda = *(reinterpret_cast<double*>(values)); break;
1531                     default: gmx_incons("Illegal datatype lambda value!");
1532                 }
1533                 fr->bLambda = TRUE;
1534                 break;
1535             default:
1536                 gmx_warning(
1537                         "Illegal block type! Currently GROMACS tools can only handle certain data "
1538                         "types. Skipping block.");
1539         }
1540         /* values does not have to be freed before reading next frame. It will
1541          * be reallocated if it is not NULL. */
1542     }
1543
1544     fr->step  = frameNumber;
1545     fr->bStep = TRUE;
1546
1547     // Convert the time to ps
1548     fr->time  = frameTime / gmx::c_pico;
1549     fr->bTime = (frameTime > 0);
1550
1551     // TODO This does not leak, but is not exception safe.
1552     /* values must be freed before leaving this function */
1553     sfree(values);
1554
1555     return bOK;
1556 #else
1557     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng_input);
1558     GMX_UNUSED_VALUE(fr);
1559     GMX_UNUSED_VALUE(requestedIds);
1560     GMX_UNUSED_VALUE(numRequestedIds);
1561     return FALSE;
1562 #endif
1563 }
1564
1565 void gmx_print_tng_molecule_system(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng_input, FILE* stream)
1566 {
1567 #if GMX_USE_TNG
1568     int64_t             nMolecules, nChains, nResidues, nAtoms, nFramesRead;
1569     int64_t             strideLength, nParticlesRead, nValuesPerFrameRead, *molCntList;
1570     tng_molecule_t      molecule;
1571     tng_chain_t         chain;
1572     tng_residue_t       residue;
1573     tng_atom_t          atom;
1574     tng_function_status stat;
1575     char                str[256];
1576     char                varNAtoms;
1577     char                datatype;
1578     void*               data = nullptr;
1579     std::vector<real>   atomCharges;
1580     std::vector<real>   atomMasses;
1581     tng_trajectory_t    input = gmx_tng_input->tng;
1582
1583     tng_num_molecule_types_get(input, &nMolecules);
1584     tng_molecule_cnt_list_get(input, &molCntList);
1585     /* Can the number of particles change in the trajectory or is it constant? */
1586     tng_num_particles_variable_get(input, &varNAtoms);
1587
1588     for (int64_t i = 0; i < nMolecules; i++)
1589     {
1590         tng_molecule_of_index_get(input, i, &molecule);
1591         tng_molecule_name_get(input, molecule, str, 256);
1592         if (varNAtoms == TNG_CONSTANT_N_ATOMS)
1593         {
1594             if (static_cast<int>(molCntList[i]) == 0)
1595             {
1596                 continue;
1597             }
1598             fprintf(stream, "Molecule: %s, count: %d\n", str, static_cast<int>(molCntList[i]));
1599         }
1600         else
1601         {
1602             fprintf(stream, "Molecule: %s\n", str);
1603         }
1604         tng_molecule_num_chains_get(input, molecule, &nChains);
1605         if (nChains > 0)
1606         {
1607             for (int64_t j = 0; j < nChains; j++)
1608             {
1609                 tng_molecule_chain_of_index_get(input, molecule, j, &chain);
1610                 tng_chain_name_get(input, chain, str, 256);
1611                 fprintf(stream, "\tChain: %s\n", str);
1612                 tng_chain_num_residues_get(input, chain, &nResidues);
1613                 for (int64_t k = 0; k < nResidues; k++)
1614                 {
1615                     tng_chain_residue_of_index_get(input, chain, k, &residue);
1616                     tng_residue_name_get(input, residue, str, 256);
1617                     fprintf(stream, "\t\tResidue: %s\n", str);
1618                     tng_residue_num_atoms_get(input, residue, &nAtoms);
1619                     for (int64_t l = 0; l < nAtoms; l++)
1620                     {
1621                         tng_residue_atom_of_index_get(input, residue, l, &atom);
1622                         tng_atom_name_get(input, atom, str, 256);
1623                         fprintf(stream, "\t\t\tAtom: %s", str);
1624                         tng_atom_type_get(input, atom, str, 256);
1625                         fprintf(stream, " (%s)\n", str);
1626                     }
1627                 }
1628             }
1629         }
1630         /* It is possible to have a molecule without chains, in which case
1631          * residues in the molecule can be iterated through without going
1632          * through chains. */
1633         else
1634         {
1635             tng_molecule_num_residues_get(input, molecule, &nResidues);
1636             if (nResidues > 0)
1637             {
1638                 for (int64_t k = 0; k < nResidues; k++)
1639                 {
1640                     tng_molecule_residue_of_index_get(input, molecule, k, &residue);
1641                     tng_residue_name_get(input, residue, str, 256);
1642                     fprintf(stream, "\t\tResidue: %s\n", str);
1643                     tng_residue_num_atoms_get(input, residue, &nAtoms);
1644                     for (int64_t l = 0; l < nAtoms; l++)
1645                     {
1646                         tng_residue_atom_of_index_get(input, residue, l, &atom);
1647                         tng_atom_name_get(input, atom, str, 256);
1648                         fprintf(stream, "\t\t\tAtom: %s", str);
1649                         tng_atom_type_get(input, atom, str, 256);
1650                         fprintf(stream, " (%s)\n", str);
1651                     }
1652                 }
1653             }
1654             else
1655             {
1656                 tng_molecule_num_atoms_get(input, molecule, &nAtoms);
1657                 for (int64_t l = 0; l < nAtoms; l++)
1658                 {
1659                     tng_molecule_atom_of_index_get(input, molecule, l, &atom);
1660                     tng_atom_name_get(input, atom, str, 256);
1661                     fprintf(stream, "\t\t\tAtom: %s", str);
1662                     tng_atom_type_get(input, atom, str, 256);
1663                     fprintf(stream, " (%s)\n", str);
1664                 }
1665             }
1666         }
1667     }
1668
1669     tng_num_particles_get(input, &nAtoms);
1670     stat = tng_particle_data_vector_get(input,
1671                                         TNG_TRAJ_PARTIAL_CHARGES,
1672                                         &data,
1673                                         &nFramesRead,
1674                                         &strideLength,
1675                                         &nParticlesRead,
1676                                         &nValuesPerFrameRead,
1677                                         &datatype);
1678     if (stat == TNG_SUCCESS)
1679     {
1680         atomCharges.resize(nAtoms);
1681         convert_array_to_real_array(data, atomCharges.data(), 1, nAtoms, 1, datatype);
1682
1683         fprintf(stream, "Atom Charges (%d):\n", int(nAtoms));
1684         for (int64_t i = 0; i < nAtoms; i += 10)
1685         {
1686             fprintf(stream, "Atom Charges [%8d-]=[", int(i));
1687             for (int64_t j = 0; (j < 10 && i + j < nAtoms); j++)
1688             {
1689                 fprintf(stream, " %12.5e", atomCharges[i + j]);
1690             }
1691             fprintf(stream, "]\n");
1692         }
1693     }
1694
1695     stat = tng_particle_data_vector_get(
1696             input, TNG_TRAJ_MASSES, &data, &nFramesRead, &strideLength, &nParticlesRead, &nValuesPerFrameRead, &datatype);
1697     if (stat == TNG_SUCCESS)
1698     {
1699         atomMasses.resize(nAtoms);
1700         convert_array_to_real_array(data, atomMasses.data(), 1, nAtoms, 1, datatype);
1701
1702         fprintf(stream, "Atom Masses (%d):\n", int(nAtoms));
1703         for (int64_t i = 0; i < nAtoms; i += 10)
1704         {
1705             fprintf(stream, "Atom Masses [%8d-]=[", int(i));
1706             for (int64_t j = 0; (j < 10 && i + j < nAtoms); j++)
1707             {
1708                 fprintf(stream, " %12.5e", atomMasses[i + j]);
1709             }
1710             fprintf(stream, "]\n");
1711         }
1712     }
1713
1714     sfree(data);
1715 #else
1716     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng_input);
1717     GMX_UNUSED_VALUE(stream);
1718 #endif
1719 }
1720
1721 gmx_bool gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng_input,
1722                                                     int                  frame,
1723                                                     int                  nRequestedIds,
1724                                                     int64_t*             requestedIds,
1725                                                     int64_t*             nextFrame,
1726                                                     int64_t*             nBlocks,
1727                                                     int64_t**            blockIds)
1728 {
1729 #if GMX_USE_TNG
1730     tng_function_status stat;
1731     tng_trajectory_t    input = gmx_tng_input->tng;
1732
1733     stat = tng_util_trajectory_next_frame_present_data_blocks_find(
1734             input, frame, nRequestedIds, requestedIds, nextFrame, nBlocks, blockIds);
1735
1736     if (stat == TNG_CRITICAL)
1737     {
1738         gmx_file("Cannot read TNG file. Cannot find data blocks of next frame.");
1739     }
1740     else if (stat == TNG_FAILURE)
1741     {
1742         return FALSE;
1743     }
1744     return TRUE;
1745 #else
1746     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng_input);
1747     GMX_UNUSED_VALUE(frame);
1748     GMX_UNUSED_VALUE(nRequestedIds);
1749     GMX_UNUSED_VALUE(requestedIds);
1750     GMX_UNUSED_VALUE(nextFrame);
1751     GMX_UNUSED_VALUE(nBlocks);
1752     GMX_UNUSED_VALUE(blockIds);
1753     return FALSE;
1754 #endif
1755 }
1756
1757 gmx_bool gmx_get_tng_data_next_frame_of_block_type(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng_input,
1758                                                    int64_t              blockId,
1759                                                    real**               values,
1760                                                    int64_t*             frameNumber,
1761                                                    double*              frameTime,
1762                                                    int64_t*             nValuesPerFrame,
1763                                                    int64_t*             nAtoms,
1764                                                    real*                prec,
1765                                                    char*                name,
1766                                                    int                  maxLen,
1767                                                    gmx_bool*            bOK)
1768 {
1769 #if GMX_USE_TNG
1770     tng_function_status stat;
1771     char                datatype = -1;
1772     int64_t             codecId;
1773     int                 blockDependency;
1774     void*               data = nullptr;
1775     double              localPrec;
1776     tng_trajectory_t    input = gmx_tng_input->tng;
1777
1778     stat = tng_data_block_name_get(input, blockId, name, maxLen);
1779     if (stat != TNG_SUCCESS)
1780     {
1781         gmx_file("Cannot read next frame of TNG file");
1782     }
1783     stat = tng_data_block_dependency_get(input, blockId, &blockDependency);
1784     if (stat != TNG_SUCCESS)
1785     {
1786         gmx_file("Cannot read next frame of TNG file");
1787     }
1788     if (blockDependency & TNG_PARTICLE_DEPENDENT)
1789     {
1790         tng_num_particles_get(input, nAtoms);
1791         stat = tng_util_particle_data_next_frame_read(
1792                 input, blockId, &data, &datatype, frameNumber, frameTime);
1793     }
1794     else
1795     {
1796         *nAtoms = 1; /* There are not actually any atoms, but it is used for
1797                         allocating memory */
1798         stat = tng_util_non_particle_data_next_frame_read(
1799                 input, blockId, &data, &datatype, frameNumber, frameTime);
1800     }
1801     if (stat == TNG_CRITICAL)
1802     {
1803         gmx_file("Cannot read next frame of TNG file");
1804     }
1805     if (stat == TNG_FAILURE)
1806     {
1807         *bOK = TRUE;
1808         return FALSE;
1809     }
1810
1811     stat = tng_data_block_num_values_per_frame_get(input, blockId, nValuesPerFrame);
1812     if (stat != TNG_SUCCESS)
1813     {
1814         gmx_file("Cannot read next frame of TNG file");
1815     }
1816     srenew(*values, sizeof(real) * *nValuesPerFrame * *nAtoms);
1817     convert_array_to_real_array(
1818             data, *values, getDistanceScaleFactor(gmx_tng_input), *nAtoms, *nValuesPerFrame, datatype);
1819
1820     tng_util_frame_current_compression_get(input, blockId, &codecId, &localPrec);
1821
1822     /* This must be updated if/when more lossy compression methods are added */
1823     if (codecId != TNG_TNG_COMPRESSION)
1824     {
1825         *prec = -1.0;
1826     }
1827     else
1828     {
1829         *prec = localPrec;
1830     }
1831
1832     sfree(data);
1833
1834     *bOK = TRUE;
1835     return TRUE;
1836 #else
1837     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng_input);
1838     GMX_UNUSED_VALUE(blockId);
1839     GMX_UNUSED_VALUE(values);
1840     GMX_UNUSED_VALUE(frameNumber);
1841     GMX_UNUSED_VALUE(frameTime);
1842     GMX_UNUSED_VALUE(nValuesPerFrame);
1843     GMX_UNUSED_VALUE(nAtoms);
1844     GMX_UNUSED_VALUE(prec);
1845     GMX_UNUSED_VALUE(name);
1846     GMX_UNUSED_VALUE(maxLen);
1847     GMX_UNUSED_VALUE(bOK);
1848     return FALSE;
1849 #endif
1850 }
1851
1852 int gmx_tng_get_box_output_interval(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng)
1853 {
1854 #if GMX_USE_TNG
1855     return gmx_tng->boxOutputInterval;
1856 #else
1857     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng);
1858     return -1;
1859 #endif
1860 }
1861
1862 int gmx_tng_get_lambda_output_interval(gmx_tng_trajectory_t gmx_tng)
1863 {
1864 #if GMX_USE_TNG
1865     return gmx_tng->lambdaOutputInterval;
1866 #else
1867     GMX_UNUSED_VALUE(gmx_tng);
1868     return -1;
1869 #endif
1870 }